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Lista de obras de Gary D. Bader

A Map of Human Mitochondrial Protein Interactions Linked to Neurodegeneration Reveals New Mechanisms of Redox Homeostasis and NF-κB Signaling

artículo científico publicado en 2017

A Progesterone-CXCR4 Axis Controls Mammary Progenitor Cell Fate in the Adult Gland

artículo científico publicado en 2015

A Progesterone-CXCR4 Axis Controls Mammary Progenitor Cell Fate in the Adult Gland.

artículo científico publicado en 2015

A brief history of COMBINE

A combined experimental and computational strategy to define protein interaction networks for peptide recognition modules

artículo científico publicado en 2002

A comparative transcriptomic analysis reveals conserved features of stem cell pluripotency in planarians and mammals

artículo científico publicado en 2012

A comprehensive manually curated reaction map of RANKL/RANK-signaling pathway

artículo científico publicado en 2011

A draft map of the human proteome

artículo científico publicado en 2014

A flexible search system for high-accuracy identification of biological entities and molecules

scientific article published on 12 November 2021

A network analysis to identify mediators of germline-driven differences in breast cancer prognosis

artículo científico publicado en 2020

A predictive model for drug bioaccumulation and bioactivity in Caenorhabditis elegans

artículo científico publicado en 2010

A reference map of the human binary protein interactome

scientific article published on 08 April 2020

A regression framework incorporating quantitative and negative interaction data improves quantitative prediction of PDZ domain-peptide interaction from primary sequence.

artículo científico publicado en 2010

A specificity map for the PDZ domain family

artículo científico publicado en 2008

A travel guide to Cytoscape plugins

artículo científico publicado en 2012

ASCL1 Reorganizes Chromatin to Direct Neuronal Fate and Suppress Tumorigenicity of Glioblastoma Stem Cells

artículo científico publicado en 2017

ASCL1 Reorganizes Chromatin to Direct Neuronal Fate and Suppress Tumorigenicity of Glioblastoma Stem Cells.

artículo científico publicado en 2017

Abstracts

article by L. Bie et al published 1 April 2013 in Neuro-Oncology

An automated method for finding molecular complexes in large protein interaction networks

artículo científico publicado en 2003

An improved method for scoring protein-protein interactions using semantic similarity within the gene ontology

artículo científico publicado en 2010

Analyzing yeast protein-protein interaction data obtained from different sources

artículo científico publicado en 2002

Antitumor activity of the novel multi-kinase inhibitor EC-70124 in triple negative breast cancer

artículo científico publicado en 2015

Approaches to Analyze Protein Interactions.

artículo científico publicado en 2002

Association analysis identifies 65 new breast cancer risk loci.

artículo científico publicado en 2017

Attenuation of miR-126 activity expands HSC in vivo without exhaustion.

artículo científico publicado en 2012

Author-sourced capture of pathway knowledge in computable form using Biofactoid

artículo científico

AutoAnnotate: A Cytoscape app for summarizing networks with semantic annotations

artículo científico

Automated Computational Inference of Multi-protein Assemblies from Biochemical Co-purification Data.

artículo científico publicado en 2018

BIND--a data specification for storing and describing biomolecular interactions, molecular complexes and pathways.

artículo científico publicado en 2000

BIND: the Biomolecular Interaction Network Database

artículo científico publicado en 2003

Bayesian modeling of the yeast SH3 domain interactome predicts spatiotemporal dynamics of endocytosis proteins

artículo científico publicado en 2009

Biological and therapeutic implications of a unique subtype of NPM1 mutated AML

artículo científico publicado en 2021

Biological network exploration with Cytoscape 3

artículo científico publicado en 2014

Bringing order to protein disorder through comparative genomics and genetic interactions

artículo científico publicado en 2011

Broadening the horizon--level 2.5 of the HUPO-PSI format for molecular interactions

artículo científico publicado en 2007

CD200 expression marks leukemia stem cells in human AML

artículo científico publicado en 2020

Cardioprotective Signature of Short-Term Caloric Restriction

artículo científico publicado en 2015

Chromatin is an ancient innovation conserved between Archaea and Eukarya

artículo científico publicado en 2012

Combined deletion of Pten and p53 in mammary epithelium accelerates triple-negative breast cancer with dependency on eEF2K

artículo científico publicado en 2014

Comparative analysis reveals conserved protein phosphorylation networks implicated in multiple diseases

artículo científico publicado en 2009

Compound prioritization methods increase rates of chemical probe discovery in model organisms

artículo científico publicado en 2011

Comprehensive Analysis of the Human SH3 Domain Family Reveals a Wide Variety of Non-canonical Specificities.

artículo científico publicado en 2017

Comprehensive identification of mutational cancer driver genes across 12 tumor types

artículo científico publicado en 2013

Computational Prediction of Protein–Protein Interactions

scientific article published on 14 August 2007

Computational approaches to identify functional genetic variants in cancer genomes

artículo científico publicado en 2013

Computational prediction of cancer-gene function

artículo científico publicado en 2006

Coordinate microRNA-mediated regulation of protein complexes in prostate cancer

artículo científico publicado en 2013

Corrigendum: The BioPAX community standard for pathway data sharing

correction; published 7 December 2010

Cytoscape Web: an interactive web-based network browser

artículo científico publicado en 2010

Cytoscape app store

artículo científico publicado en 2013

Cytoscape.js 2023 update: a graph theory library for visualization and analysis

artículo científico publicado en 2023

Cytoscape.js: a graph theory library for visualisation and analysis

artículo científico publicado en 2015

DRYGIN: a database of quantitative genetic interaction networks in yeast

artículo científico

Delineation of two clinically and molecularly distinct subgroups of posterior fossa ependymoma

artículo científico publicado en 2011

Detecting microRNAs of high influence on protein functional interaction networks: a prostate cancer case study

artículo científico publicado en 2012

Developmental Emergence of Adult Neural Stem Cells as Revealed by Single-Cell Transcriptional Profiling

artículo científico publicado en 2017

Displaying chemical information on a biological network using Cytoscape

artículo científico publicado en 2011

Divergent clonal selection dominates medulloblastoma at recurrence

artículo científico publicado en 2016

Domain-mediated protein interaction prediction: From genome to network

artículo científico publicado en 2012

Drugst.One — a plug-and-play solution for online systems medicine and network-based drug repurposing

artículo científico publicado en 2024

Dynamic interaction networks in a hierarchically organized tissue

artículo científico publicado en 2010

Dynamic interplay between locus-specific DNA methylation and hydroxymethylation regulates distinct biological pathways in prostate carcinogenesis.

artículo científico publicado en 2016

EAG2 potassium channel with evolutionarily conserved function as a brain tumor target

artículo científico publicado en 2015

EPIC: software toolkit for elution profile-based inference of protein complexes

scientific article published on 15 July 2019

Ectopic miR-125a Expression Induces Long-Term Repopulating Stem Cell Capacity in Mouse and Human Hematopoietic Progenitors

artículo científico publicado en 2016

Enhancer hijacking activates GFI1 family oncogenes in medulloblastoma

artículo científico publicado en 2014

Enrichment Map - a Cytoscape app to visualize and explore OMICs pathway enrichment results

artículo científico publicado en 2014

Enrichment map: a network-based method for gene-set enrichment visualization and interpretation

artículo científico publicado en 2010

Epigenomic alterations define lethal CIMP-positive ependymomas of infancy

artículo científico publicado en 2014

Erratum to: Inferring interaction type in gene regulatory networks using co-expression data

artículo científico publicado en 2015

Erratum: Corrigendum: The BioPAX community standard for pathway data sharing

scholarly article published in Nature Biotechnology

Evaluation of methods to assign cell type labels to cell clusters from single-cell RNA-sequencing data

artículo científico publicado en 2019

Evolutionary constraint and disease associations of post-translational modification sites in human genomes

artículo científico publicado en 2015

Exploring biological networks with Cytoscape software

artículo científico publicado en 2008

Faculty of 1000 evaluation for A comprehensive molecular interaction map of the budding yeast cell cycle

Faculty of 1000 evaluation for A global protein kinase and phosphatase interaction network in yeast

Faculty of 1000 evaluation for Global analysis of genome, transcriptome and proteome reveals the response to aneuploidy in human cells

Faculty of 1000 evaluation for Measuring the evolutionary rewiring of biological networks

Faculty of 1000 evaluation for Modeling synthetic lethality

Faculty of 1000 evaluation for Mutual exclusivity analysis identifies oncogenic network modules

Faculty of 1000 evaluation for NOA: a novel Network Ontology Analysis method

Faculty of 1000 evaluation for Predicting selective drug targets in cancer through metabolic networks

Faculty of 1000 evaluation for Quantitative epistasis analysis and pathway inference from genetic interaction data

Faculty of 1000 evaluation for Reverse engineering a signaling network using alternative inputs

Faculty of 1000 evaluation for Sequence signatures and mRNA concentration can explain two-thirds of protein abundance variation in a human cell line

Faculty of 1000 evaluation for Structure-based prediction of protein-protein interactions on a genome-wide scale

Faculty of 1000 evaluation for Testing the ortholog conjecture with comparative functional genomic data from mammals

Faculty of 1000 evaluation for Toward an understanding of the protein interaction network of the human liver

Frequent mutations in acetylation and ubiquitination sites suggest novel driver mechanisms of cancer

artículo científico publicado en 2016

From bytes to bedside: data integration and computational biology for translational cancer research

artículo científico publicado en 2007

Functional Genomic Landscape of Human Breast Cancer Drivers, Vulnerabilities, and Resistance

artículo científico publicado en 2016

Functional complexes between YAP2 and ZO-2 are PDZ domain-dependent, and regulate YAP2 nuclear localization and signalling

artículo científico publicado en 2010

Functional genomic landscape of cancer-intrinsic evasion of killing by T cells

scientific article published on 23 September 2020

Functional genomics and proteomics: charting a multidimensional map of the yeast cell

artículo científico publicado en 2003

Functional genomics of intracellular peptide recognition domains with combinatorial biology methods

artículo científico publicado en 2003

Functional impact of global rare copy number variation in autism spectrum disorders

artículo científico publicado en 2010

GESTODIFFERENT: a Cytoscape plugin for the generation and the identification of gene regulatory networks describing a stochastic cell differentiation process

artículo científico publicado en 2013

GeneMANIA Cytoscape plugin: fast gene function predictions on the desktop

artículo científico publicado en 2010

GeneMANIA prediction server 2013 update

artículo científico

GeneMANIA: Fast gene network construction and function prediction for Cytoscape

artículo científico

Genome sequencing of SHH medulloblastoma predicts genotype-related response to smoothened inhibition

artículo científico publicado en 2014

Germ-line DNA copy number variation frequencies in a large North American population

artículo científico publicado en 2007

Global mapping of the yeast genetic interaction network

artículo científico publicado en 2004

GreedyPlus: An Algorithm for the Alignment of Interface Interaction Networks

artículo científico publicado en 2015

HOX gene complement and expression in the planarian Schmidtea mediterranea

artículo científico publicado en 2016

Highlights of B/D-HPP and HPP Resource Pillar Workshops at 12th Annual HUPO World Congress of Proteomics: September 14-18, 2013, Yokohama, Japan

artículo científico publicado en 2014

How to visually interpret biological data using networks

artículo científico publicado en 2009

HyperModules: identifying clinically and phenotypically significant network modules with disease mutations for biomarker discovery

artículo científico publicado en 2014

Hypophosphorylated pRb knock-in mice exhibit hallmarks of aging and vitamin C-preventable diabetes

artículo científico publicado en 2022

IL-7 coordinates proliferation, differentiation and Tcra recombination during thymocyte β-selection.

artículo científico publicado en 2015

Identification of CD146 as a marker enriched for tumor-propagating capacity reveals targetable pathways in primary human sarcoma

artículo científico publicado en 2015

Inferring interaction type in gene regulatory networks using co-expression data

artículo científico publicado en 2015

Inhibition of Dopamine Receptor D4 Impedes Autophagic Flux, Proliferation, and Survival of Glioblastoma Stem Cells

artículo científico publicado en 2016

Inhibition of the Mitochondrial Protease ClpP as a Therapeutic Strategy for Human Acute Myeloid Leukemia.

artículo científico publicado en 2015

Integrated (epi)-Genomic Analyses Identify Subgroup-Specific Therapeutic Targets in CNS Rhabdoid Tumors

artículo científico publicado en 2016

Integrated analysis of proteome, phosphotyrosine-proteome, tyrosine-kinome, and tyrosine-phosphatome in acute myeloid leukemia

artículo científico publicado en 2017

Integrated genomics elucidates relative spatial homogeneity of embryonal brain tumors.

artículo científico publicado en 2015

Integration of biological networks and gene expression data using Cytoscape

artículo científico publicado en 2007

Integrative Cancer Pharmacogenomics to Infer Large-Scale Drug Taxonomy

artículo científico publicado en 2017

Integrative pathway dissection of molecular mechanisms of moxLDL-induced vascular smooth muscle phenotype transformation

artículo científico publicado en 2013

Intercellular network structure and regulatory motifs in the human hematopoietic system

artículo científico publicado en 2014

International network of cancer genome projects

artículo científico publicado en 2010

Intertumoral Heterogeneity within Medulloblastoma Subgroups

artículo científico

Leveraging increased cytoplasmic nucleoside kinase activity to target mtDNA and oxidative phosphorylation in AML.

artículo científico publicado en 2017

List of Contributors

Long read nanopore sequencing for detection of HLA and CYP2D6 variants and haplotypes

artículo científico publicado en 2015

MB-21INTEGRATED GENOMICS ELUCIDATES RELATIVE SPATIAL HOMOGENEITY OF EMBRYONAL BRAIN TUMORS.

artículo científico publicado en 2015

MIMP: predicting the impact of mutations on kinase-substrate phosphorylation.

artículo científico publicado en 2015

MUSI: an integrated system for identifying multiple specificity from very large peptide or nucleic acid data sets

artículo científico publicado en 2012

Mammary molecular portraits reveal lineage-specific features and progenitor cell vulnerabilities

scientific article published on 19 June 2018

Mapping the Hsp90 genetic interaction network in Candida albicans reveals environmental contingency and rewired circuitry

artículo científico publicado en 2012

Mapping the cellular response to small molecules using chemogenomic fitness signatures

artículo científico publicado en 2014

Medical and socio-professional impact of insomnia.

artículo científico publicado en 2002

Medulloblastoma Arises from the Persistence of a Rare and Transient Sox2+ Granule Neuron Precursor

scientific article published on 01 April 2020

Meeting report from the first meetings of the Computational Modeling in Biology Network (COMBINE).

artículo científico publicado en 2011

Metabolic adaptation to chronic inhibition of mitochondrial protein synthesis in acute myeloid leukemia cells

artículo científico publicado en 2013

Metabolomic profiling in liver of adiponectin-knockout mice uncovers lysophospholipid metabolism as an important target of adiponectin action.

artículo científico publicado en 2015

Molecular Classification of Ependymal Tumors across All CNS Compartments, Histopathological Grades, and Age Groups

artículo científico publicado en 2015

Molecular subgroups of atypical teratoid rhabdoid tumours in children: an integrated genomic and clinicopathological analysis

artículo científico publicado en 2015

Multiple genetic interaction experiments provide complementary information useful for gene function prediction

artículo científico publicado en 2012

Musashi-2 attenuates AHR signalling to expand human haematopoietic stem cells

artículo científico publicado en 2016

NetMatchStar: an enhanced Cytoscape network querying app

artículo científico publicado en 2015

NetPath: a public resource of curated signal transduction pathways

artículo científico publicado en 2010

NetSlim: high-confidence curated signaling maps

artículo científico publicado en 2011

Network Assessor: an automated method for quantitative assessment of a network's potential for gene function prediction

artículo científico publicado en 2014

Novel function discovery with GeneMANIA: a new integrated resource for gene function prediction in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2014

PRMT5 inhibition disrupts splicing and stemness in glioblastoma

artículo científico publicado en 2021

PSICQUIC and PSISCORE: accessing and scoring molecular interactions

artículo científico publicado en 2011

Pathway Commons, a web resource for biological pathway data

artículo científico publicado en 2011

Pathway analysis of dilated cardiomyopathy using global proteomic profiling and enrichment maps

artículo científico publicado en 2010

Pathway and network analysis of cancer genomes

artículo científico publicado en 2015

Pathway enrichment analysis and visualization of omics data using g:Profiler, GSEA, Cytoscape and EnrichmentMap

artículo científico publicado en 2019

Pathway information for systems biology

artículo científico publicado en 2005

Phosphorylation sites of higher stoichiometry are more conserved

Playing tag with the yeast proteome ⬇️

artículo científico publicado el 1 de noviembre de 2003

Positive selection of tyrosine loss in metazoan evolution.

artículo científico publicado en 2009

Potential Therapeutic Targets for Lung Repair During Human Ex Vivo Lung Perfusion

artículo científico publicado en 2020

Powerful gene set analysis in GWAS with the Generalized Berk-Jones statistic

article

PreBIND and Textomy--mining the biomedical literature for protein-protein interactions using a support vector machine

artículo científico publicado en 2003

Predicting PDZ domain mediated protein interactions from structure

artículo científico publicado en 2013

Predicting physiologically relevant SH3 domain mediated protein-protein interactions in yeast

artículo científico publicado en 2016

Prediction and experimental characterization of nsSNPs altering human PDZ-binding motifs

artículo científico publicado en 2014

Promoting Coordinated Development of Community-Based Information Standards for Modeling in Biology: The COMBINE Initiative

artículo científico publicado en 2015

Protein complexes are central in the yeast genetic landscape

artículo científico publicado en 2011

Proteome scanning to predict PDZ domain interactions using support vector machines ⬇️

artículo científico publicado el 12 de octubre de 2010

Quantitative analysis of fitness and genetic interactions in yeast on a genome scale

artículo científico publicado en 2010

Quiescent sox2(+) cells drive hierarchical growth and relapse in sonic hedgehog subgroup medulloblastoma

artículo científico publicado en 2014

RB1 deficiency in triple-negative breast cancer induces mitochondrial protein translation

artículo científico publicado en 2016

Rapid evolution of functional complexity in a domain family

artículo científico publicado en 2009

Relapse-Fated Latent Diagnosis Subclones in Acute B Lineage Leukemia Are Drug Tolerant and Possess Distinct Metabolic Programs

scientific article published on 21 February 2020

SC-05DOPAMINE RECEPTOR ANTAGONISTS ARE SELECTIVE INHIBITORS OF GLIOBLASTOMA STEM CELLS THROUGH IMPAIRMENT OF AUTOPHAGY

SH3 interactome conserves general function over specific form.

artículo científico publicado en 2013

SeqHound: biological sequence and structure database as a platform for bioinformatics research

artículo científico publicado en 2002

Seventeen-gene signature from enriched Her2/Neu mammary tumor-initiating cells predicts clinical outcome for human HER2+:ERα- breast cancer

artículo científico publicado en 2012

Single cell RNA sequencing of human liver reveals distinct intrahepatic macrophage populations

scientific article published in Nature Communications

Single cell-derived clonal analysis of human glioblastoma links functional and genomic heterogeneity

artículo científico publicado en 2015

Single-cell transcriptomic profiling of the aging mouse brain

scientific article published on 24 September 2019

Social Network: a Cytoscape app for visualizing co-authorship networks

artículo científico publicado en 2015

Spatial heterogeneity in medulloblastoma

artículo científico publicado en 2017

Specifications of Standards in Systems and Synthetic Biology

artículo científico

Specifications of Standards in Systems and Synthetic Biology

artículo científico publicado en 2015

Specifications of Standards in Systems and Synthetic Biology: Status and Developments in 2016.

artículo científico publicado en 2016

Specifications of Standards in Systems and Synthetic Biology: Status and Developments in 2016.

artículo científico publicado en 2016

Specifications of standards in systems and synthetic biology: status, developments, and tools in 2024

Sphingosine-1-phosphate receptor 3 potentiates inflammatory programs in normal and leukemia stem cells to promote differentiation

artículo científico publicado en 2020

Subgroup-specific structural variation across 1,000 medulloblastoma genomes

artículo científico publicado en 2012

Systematic analysis of somatic mutations impacting gene expression in 12 tumour types

artículo científico publicado en 2015

Systematic analysis of somatic mutations in phosphorylation signaling predicts novel cancer drivers

artículo científico publicado en 2013

Systematic genetic analysis with ordered arrays of yeast deletion mutants

artículo científico publicado en 2001

Systematic identification of protein complexes in Saccharomyces cerevisiae by mass spectrometry

artículo científico publicado en 2002

Systems analysis reveals down-regulation of a network of pro-survival miRNAs drives the apoptotic response in dilated cardiomyopathy

artículo científico publicado en 2014

Tempora: Cell trajectory inference using time-series single-cell RNA sequencing data

artículo científico publicado en 2020

Temporal profiling of therapy resistance in human medulloblastoma identifies novel targetable drivers of recurrence

artículo científico publicado en 2021

Ten Simple Rules for Developing Public Biological Databases

artículo científico publicado en 2016

The BioPAX Validator

artículo científico publicado en 2013

The BioPAX community standard for pathway data sharing

artículo científico publicado en 2010

The Biomolecular Interaction Network Database in PSI-MI 2.5.

artículo científico publicado en 2011

The Cytoscape Automation app article collection.

artículo científico publicado en 2018

The Cytoscape app article collection.

artículo científico publicado en 2014

The GeneMANIA prediction server: biological network integration for gene prioritization and predicting gene function

artículo científico publicado en 2010

The HUPO PSI's molecular interaction format--a community standard for the representation of protein interaction data

artículo científico publicado en 2004

The Human Cell Atlas White Paper ⬇️

artículo científico publicado en 2018

The biology/disease-driven human proteome project (B/D-HPP): enabling protein research for the life sciences community

artículo científico publicado en 2012

The genetic landscape of a cell

artículo científico publicado en 2010

The health care and life sciences community profile for dataset descriptions

artículo científico publicado en 2016

The health care and life sciences community profile for dataset descriptions

The health care and life sciences community profile for dataset descriptions

The health care and life sciences community profile for dataset descriptions

article published in 2016

The minimum information required for reporting a molecular interaction experiment (MIMIx).

artículo científico publicado en 2007

The mitochondrial peptidase, neurolysin, regulates respiratory chain supercomplex formation and is necessary for AML viability

scientific article published on 01 April 2020

The mutational landscape of phosphorylation signaling in cancer

artículo científico publicado en 2013

The reactome pathway knowledgebase 2022

scientific article published on 14 October 2021

The transcriptional landscape of Shh medulloblastoma

artículo científico publicado en 2021

Too many roads not taken

artículo científico publicado en 2011

Towards reliable named entity recognition in the biomedical domain

scientific article published on 01 January 2020

Tracing the origins of relapse in acute myeloid leukaemia to stem cells.

artículo científico publicado en 2017

Transcriptomic analysis reveals abnormal muscle repair and remodeling in survivors of critical illness with sustained weakness

artículo científico publicado en 2016

Transfer learning for biomedical named entity recognition with neural networks

artículo científico publicado en 2018

Transfer learning for biomedical named entity recognition with neural networks.

scientific article published in Bioinformatics

Tutorial: guidelines for annotating single-cell transcriptomic maps using automated and manual methods

artículo científico publicado en 2021

Uncovering the Contribution of Moderate-Penetrance Susceptibility Genes to Breast Cancer by Whole-Exome Sequencing and Targeted Enrichment Sequencing of Candidate Genes in Women of European Ancestry

artículo científico publicado en 2022

Using biological pathway data with paxtools

artículo científico publicado en 2013

Visualizing gene-set enrichment results using the Cytoscape plug-in enrichment map

artículo científico publicado en 2011

Wnt activation as a therapeutic strategy in medulloblastoma

scientific article published on 28 August 2020

WordCloud: a Cytoscape plugin to create a visual semantic summary of networks

artículo científico publicado en 2011

cPath: open source software for collecting, storing, and querying biological pathways

artículo científico publicado en 2006

clusterMaker: a multi-algorithm clustering plugin for Cytoscape

artículo científico publicado en 2011

miR-126 Regulates Distinct Self-Renewal Outcomes in Normal and Malignant Hematopoietic Stem Cells

artículo científico publicado en 2016

miR-126 Regulates Distinct Self-Renewal Outcomes in Normal and Malignant Hematopoietic Stem Cells.

artículo científico publicado en 2016

netDx: Interpretable patient classification using integrated patient similarity networks

netDx: Software for building interpretable patient classifiers by multi-'omic data integration using patient similarity networks

artículo científico publicado en 2021

netDx: interpretable patient classification using integrated patient similarity networks

artículo científico publicado en 2019

scClustViz - Single-cell RNAseq cluster assessment and visualization

artículo científico publicado en 2018

scNetViz: from single cells to networks using Cytoscape

scientific article published on 07 June 2021

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