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Lista de obras de John Parkinson

200 000 nematode expressed sequence tags on the Net

scientific article published on 01 August 2001

400000 nematode ESTs on the Net.

artículo científico publicado en 2003

A comprehensive analysis of structural and sequence conservation in the TetR family transcriptional regulators

artículo científico publicado en 2010

A family of diverse Kunitz inhibitors from Echinococcus granulosus potentially involved in host-parasite cross-talk.

artículo científico publicado en 2009

A family of secreted mucins from the parasitic nematode Toxocara canis bears diverse mucin domains but shares similar flanking six-cysteine repeat motifs.

artículo científico publicado en 2000

A systematic pipeline for classifying bacterial operons reveals the evolutionary landscape of biofilm machineries

scientific article published on 01 April 2020

A transcriptomic analysis of Echinococcus granulosus larval stages: implications for parasite biology and host adaptation

artículo científico publicado en 2012

A transcriptomic analysis of the phylum Nematoda

article

Accumulation of genetic variants associated with immunity in the selective breeding of broilers

scientific article published on 17 January 2020

Caenorhabditis elegans-applications to nematode genomics

artículo científico publicado en 2003

Cell++--simulating biochemical pathways

artículo científico publicado en 2006

Central modules of the vaccinia virus complement control protein are not in extensive contact

artículo científico publicado en 1999

Centric diatom morphogenesis: a model based on a DLA algorithm investigating the potential role of microtubules

artículo científico publicado en 1999

Characterization of the Arabidopsis thaliana exocyst complex gene families by phylogenetic, expression profiling, and subcellular localization studies

article

Chemogenetic Interrogation of a Brain-wide Fear Memory Network in Mice.

artículo científico publicado en 2017

Codon usage patterns in Nematoda: analysis based on over 25 million codons in thirty-two species

artículo científico publicado en 2006

Comparative Genomics and Evolutionary Modularity of Prokaryotes

artículo científico publicado en 2015

Comparative genomics of elastin: Sequence analysis of a highly repetitive protein

artículo científico publicado en 2007

Comparative genomics of the apicomplexan parasites Toxoplasma gondii and Neospora caninum: Coccidia differing in host range and transmission strategy

artículo científico publicado en 2012

Comparative transcriptomic analyses and single-cell RNA sequencing of the freshwater planarian Schmidtea mediterranea identify major cell types and pathway conservation

Comparison of assembly algorithms for improving rate of metatranscriptomic functional annotation

artículo científico publicado en 2014

Conditional Epistatic Interaction Maps Reveal Global Functional Rewiring of Genome Integrity Pathways in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2016

Conserved surface-exposed K/R-X-K/R motifs and net positive charge on poxvirus complement control proteins serve as putative heparin binding sites and contribute to inhibition of molecular interactions with human endothelial cells: a novel [...]

artículo científico publicado en 2000

Correction: Identification of Candidate Adherent-Invasive E. coli Signature Transcripts by Genomic/Transcriptomic Analysis

artículo científico publicado en 2015

DAnCER: disease-annotated chromatin epigenetics resource

artículo científico publicado en 2011

DETECT--a density estimation tool for enzyme classification and its application to Plasmodium falciparum.

artículo científico

Design and application of a novel two-amplicon approach for defining eukaryotic microbiota

artículo científico publicado en 2018

Discovery and characterization of a Gram-positive Pel polysaccharide biosynthetic gene cluster ⬇️

scientific article published on 01 April 2020

Discovery of novel and potent aryl diamines as leukotriene A4 hydrolase inhibitors

artículo científico publicado en 2008

Dissecting Sites Important for Complement Regulatory Activity in Membrane Cofactor Protein (MCP; CD46)

artículo científico publicado en 2000

Draft genome of the filarial nematode parasite Brugia malayi

artículo científico publicado en 2007

E.coli Nissle increases transcription of flagella assembly and formate hydrogenlyase genes in response to colitis

publication published on 01 January 2021

Evolution and architecture of the inner membrane complex in asexual and sexual stages of the malaria parasite

artículo científico publicado en 2012

Expanding the landscape of chromatin modification (CM)-related functional domains and genes in human

artículo científico publicado en 2010

Expressed sequence tag survey of gene expression in the scab mite Psoroptes ovis--allergens, proteases and free-radical scavengers.

artículo científico publicado en 2003

Expressed sequence tags: an overview

artículo científico publicado en 2009

Generation and analysis of a mouse intestinal metatranscriptome through Illumina based RNA-sequencing

artículo científico publicado en 2012

Genetic interaction maps in Escherichia coli reveal functional crosstalk among cell envelope biogenesis pathways

artículo científico publicado en 2011

Genomic analysis of the causative agents of coccidiosis in domestic chickens

artículo científico publicado en 2014

Genomics of apicomplexan parasites.

artículo científico publicado en 2017

Global landscape of protein complexes in the yeast Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2006

Hyperscape: visualization for complex biological networks

artículo científico publicado en 2015

IDBA-MT: de novo assembler for metatranscriptomic data generated from next-generation sequencing technology.

artículo científico publicado en 2013

IL-4 dependent alternatively-activated macrophages have a distinctive in vivo gene expression phenotype

artículo científico publicado en 2002

Identification of Candidate Adherent-Invasive E. coli Signature Transcripts by Genomic/Transcriptomic Analysis

artículo científico publicado en 2015

Identification of a functional connectome for long-term fear memory in mice

artículo científico publicado en 2013

Interaction network containing conserved and essential protein complexes in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2005

Large-scale modelling as a route to multiple surface comparisons of the CCP module family

article

Local admixture of amplified and diversified secreted pathogenesis determinants shapes mosaic Toxoplasma gondii genomes

artículo científico publicado en 2016

Making sense of EST sequences by CLOBBing them

artículo científico publicado en 2002

Malaria parasites possess a telomere repeat-binding protein that shares ancestry with transcription factor IIIA

artículo científico publicado en 2017

Metabolic reconstruction identifies strain-specific regulation of virulence in Toxoplasma gondii.

artículo científico publicado en 2013

Metabolomic Changes in Serum of Children with Different Clinical Diagnoses of Malnutrition

artículo científico publicado en 2016

Metatranscriptomic analysis of diverse microbial communities reveals core metabolic pathways and microbiome-specific functionality.

artículo científico publicado en 2016

Modeling the metabolic interplay between a parasitic worm and its bacterial endosymbiont allows the identification of novel drug targets

artículo científico publicado en 2020

Modelling the self-assembly of elastomeric proteins provides insights into the evolution of their domain architectures

artículo científico publicado en 2012

Mutations in NBEAL2, encoding a BEACH protein, cause gray platelet syndrome

artículo científico publicado en 2011

New tricks for "old" domains: how novel architectures and promiscuous hubs contributed to the organization and evolution of the ECM

artículo científico publicado en 2014

Panorama of ancient metazoan macromolecular complexes

artículo científico publicado en 2015

PartiGene--constructing partial genomes

artículo científico publicado en 2004

PartiGeneDB--collating partial genomes

artículo científico publicado en 2005

Perilipin-2 modulates dietary fat-induced microbial global gene expression profiles in the mouse intestine

artículo científico publicado en 2017

PhyloPro2.0: a database for the dynamic exploration of phylogenetically conserved proteins and their domain architectures across the Eukarya

artículo científico publicado en 2016

PhyloPro: a web-based tool for the generation and visualization of phylogenetic profiles across Eukarya

scientific article published on 19 January 2011

Phylogenomic analysis of EST datasets

artículo científico publicado en 2009

Polymorphisms in the human tropoelastin gene modify in vitro self-assembly and mechanical properties of elastin-like polypeptides

artículo científico publicado en 2012

PopNet: A Markov Clustering Approach to Study Population Genetic Structure

artículo científico

Post-genomics resources and tools for studying apicomplexan metabolism

artículo científico publicado en 2010

Proteome-wide dataset supporting the study of ancient metazoan macromolecular complexes

artículo científico publicado en 2015

Quantitative genome-wide genetic interaction screens reveal global epistatic relationships of protein complexes in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2014

Self-assembly of rodlike particles in two dimensions: A simple model for collagen fibrillogenesis

article

Sequences and domain structures of mammalian, avian, amphibian and teleost tropoelastins: Clues to the evolutionary history of elastins

artículo científico publicado en 2006

Sequencing and annotation of the Ophiostoma ulmi genome

artículo científico publicado en 2013

SimiTri--visualizing similarity relationships for groups of sequences

artículo científico publicado en 2003

Simple physical model of collagen fibrillogenesis based on diffusion limited aggregation

artículo científico publicado en 1995

Simple physical model of collagen fibrillogenesis based on diffusion limited aggregation

article

SubSeqer: a graph-based approach for the detection and identification of repetitive elements in low-complexity sequences

artículo científico publicado en 2008

Synthesis of N-alkyl glycine amides as potent inhibitors of leukotriene A4 hydrolase

artículo científico publicado en 2008

Systems-based analysis of the Sarcocystis neurona genome identifies pathways that contribute to a heteroxenous life cycle

artículo científico publicado en 2015

The Brugia malayi genome project: expressed sequence tags and gene discovery

artículo científico publicado en 2002

The Modular Organization of Protein Interactions in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2009

The VPS33B-binding protein VPS16B is required in megakaryocyte and platelet α-granule biogenesis

artículo científico publicado en 2012

The apicomplexan inner membrane complex

artículo científico

The conservation and evolutionary modularity of metabolism

artículo científico publicado en 2009

The evolutionary landscape of the chromatin modification machinery reveals lineage specific gains, expansions, and losses

artículo científico publicado en 2010

The genome of Onchocerca volvulus, agent of river blindness

artículo científico publicado en 2016

The genomes of four tapeworm species reveal adaptations to parasitism

artículo científico publicado en 2013

The mechanical properties of simulated collagen fibrils

The origins of apicomplexan sequence innovation.

artículo científico publicado en 2009

The role of palmitoylation for protein recruitment to the inner membrane complex of the malaria parasite

artículo científico publicado en 2015

Toward a systems level view of the ECM and related proteins: a framework for the systematic definition and analysis of biological systems

article

Ubiquitination screen using protein microarrays for comprehensive identification of Rsp5 substrates in yeast

artículo científico publicado en 2007

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