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Lista de obras de Paul P. Gardner

A VapBC toxin-antitoxin module is a posttranscriptional regulator of metabolic flux in mycobacteria.

artículo científico publicado en 2012

A benchmark of multiple sequence alignment programs upon structural RNAs

artículo científico publicado en 2005

A comparison of RNA folding measures.

artículo científico publicado en 2005

A comparison of dense transposon insertion libraries in the Salmonella serovars Typhi and Typhimurium

artículo científico publicado en 2013

A comprehensive benchmark of RNA-RNA interaction prediction tools for all domains of life.

artículo científico publicado en 2016

A comprehensive comparison of comparative RNA structure prediction approaches

artículo científico publicado en 2004

A draft genome sequence of the elusive giant squid, Architeuthis dux

artículo científico publicado en 2020

A hidden Markov model approach for determining expression from genomic tiling micro arrays

artículo científico publicado en 2006

A jumbo phage that forms a nucleus-like structure evades CRISPR-Cas DNA targeting but is vulnerable to type III RNA-based immunity

scientific article published on 09 December 2019

A profile-based method for identifying functional divergence of orthologous genes in bacterial genomes.

artículo científico publicado en 2016

A search for H/ACA snoRNAs in yeast using MFE secondary structure prediction

artículo científico publicado en 2003

A strand-specific RNA-Seq analysis of the transcriptome of the typhoid bacillus Salmonella typhi

artículo científico publicado en 2009

An evaluation of function of multicopy non-coding RNAs in mammals using ENCODE/FANTOM data and comparative genomics.

artículo científico publicado en 2018

An evaluation of the accuracy and speed of metagenome analysis tools

artículo científico publicado en 2016

An evaluation of the accuracy and speed of metagenome analysis tools

bioRxiv

An introduction to RNA databases

artículo científico

Analysis of 11,430 recombinant protein production experiments reveals that protein yield is tunable by synonymous codon changes of translation initiation sites

artículo científico publicado en 2021

Analysis of the genome of the New Zealand giant collembolan (Holacanthella duospinosa) sheds light on hexapod evolution ⬇️

artículo científico publicado en 2017

Annotating RNA motifs in sequences and alignments

artículo científico publicado en 2015

Author Correction: An evaluation of the accuracy and speed of metagenome analysis tools

artículo científico publicado en 2020

Avoidance of stochastic RNA interactions can be harnessed to control protein expression levels in bacteria and archaea

artículo científico publicado en 2016

Comparative analysis of RNA families reveals distinct repertoires for each domain of life

artículo científico publicado en 2012

Complete Genome Sequences of Two Geographically Distinct Legionella micdadei Clinical Isolates

artículo científico publicado en 2017

Conservation and losses of non-coding RNAs in avian genomes

artículo científico publicado en 2015

Convergent regulatory evolution and loss of flight in paleognathous birds

scientific article published on 01 April 2019

Convergent regulatory evolution and the origin of flightlessness in palaeognathous birds

Evolution of virulence in a novel family of transmissible mega‐plasmids

artículo científico publicado en 2021

Genome and transcriptome adaptation accompanying emergence of the definitive type 2 host-restricted Salmonella enterica serovar Typhimurium pathovar

artículo científico publicado en 2013

Genome-wide discovery and verification of novel structured RNAs in Plasmodium falciparum

artículo científico publicado en 2007

Genomic correlates of extraintestinal infection are linked with changes in cell morphology in Campylobacter jejuni

article

Genomic, Transcriptomic, and Phenotypic Analyses of Neisseria meningitidis Isolates from Disease Patients and Their Household Contacts.

artículo científico publicado en 2017

Identification of miRNA targets with stable isotope labeling by amino acids in cell culture.

artículo científico publicado en 2006

Identifying accurate metagenome and amplicon software via a meta-analysis of sequence to taxonomy benchmarking studies

scientific article published on 04 January 2019

Long- and short-term selective forces on malaria parasite genomes

artículo científico publicado en 2010

MASTR: multiple alignment and structure prediction of non-coding RNAs using simulated annealing

artículo científico publicado en 2007

Machine learning identifies signatures of host adaptation in the bacterial pathogen Salmonella enterica.

artículo científico publicado en 2018

Machine learning identifies signatures of host adaptation in the bacterial pathogenSalmonella enterica

scholarly article published 17 October 2017

Making your database available through Wikipedia: the pros and cons ⬇️

artículo científico publicado el 5 de diciembre de 2011

Molecular characterization of a new member of the lariat capping twin-ribozyme introns

artículo científico publicado en 2014

Multiple alignment and structure prediction of non-coding RNA sequences

Mutation of miRNA target sequences during human evolution

artículo científico publicado en 2008

Optimal alphabets for an RNA world

artículo científico publicado en 2003

Predicting RNA structure using mutual information

artículo científico publicado en 2005

Publisher Correction: The tuatara genome reveals ancient features of amniote evolution

artículo científico publicado en 2020

Quantitative RNA-seq analysis of the Campylobacter jejuni transcriptome

artículo científico publicado en 2011

RNA Biology. Letter from the editor

artículo científico publicado en 2013

RNASTAR: an RNA STructural Alignment Repository that provides insight into the evolution of natural and artificial RNAs

artículo científico publicado en 2012

RNAcentral: A vision for an international database of RNA sequences

artículo científico publicado en 2011

RNIE: genome-wide prediction of bacterial intrinsic terminators

artículo científico publicado en 2011

Rfam 11.0: 10 years of RNA families

artículo científico publicado en 2013

Rfam 12.0: updates to the RNA families database

artículo científico publicado en 2015

Rfam: Wikipedia, clans and the "decimal" release

artículo científico publicado en 2011

Rfam: updates to the RNA families database

artículo científico publicado en 2009

Robust identification of noncoding RNA from transcriptomes requires phylogenetically-informed sampling ⬇️

artículo científico publicado en 2014

Sequence diversity and functional conservation of the origin of replication in lactococcal prolate phages.

artículo científico publicado en 2003

Simulating the RNA-world and computational ribonomics

2003 doctoral thesis by Paul Phillip Gardner at Massey University

SnoPatrol: how many snoRNA genes are there?

artículo científico publicado en 2010

Solubility-Weighted Index: fast and accurate prediction of protein solubility

scientific article published on 17 February 2020

Studying RNA Homology and Conservation with Infernal: From Single Sequences to RNA Families

artículo científico publicado en 2016

Sustained software development, not number of citations or journal choice, is indicative of accurate bioinformatic software

artículo científico publicado en 2022

Ten simple rules for editing Wikipedia ⬇️

artículo científico publicado en 2010

The Gene Ontology Resource: 20 years and still GOing strong

article

The RNA WikiProject: community annotation of RNA families ⬇️

artículo científico publicado en 2008

The tuatara genome reveals ancient features of amniote evolution

artículo científico publicado en 2020

The use of covariance models to annotate RNAs in whole genomes

artículo científico publicado en 2009

Third Report on Chicken Genes and Chromosomes 2015.

scientific article published on 14 July 2015

Towards robust and repeatable sampling methods in eDNA-based studies

artículo científico publicado en 2018

Transcriptional noise and exaptation as sources for bacterial sRNAs

artículo científico publicado en 2019

Transposon insertion libraries for the characterization of mutants from the kiwifruit pathogen Pseudomonas syringae pv. actinidiae

artículo científico publicado en 2017

Two covariance models for iron-responsive elements ⬇️

artículo científico publicado el 1 de septiembre de 2011

Use of tiling array data and RNA secondary structure predictions to identify noncoding RNA genes

artículo científico publicado en 2007

Why so narrow: Distribution of anti-sense regulated, type I toxin-antitoxin systems compared with type II and type III systems

artículo científico publicado en 2017

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