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Lista de obras de Christoph Flamm

50 Shades of Rule Composition

article

A Sequence-to-Function Map for Ribozyme-Catalyzed Metabolisms

article by Alexander Ullrich & Christoph Flamm published 2011 in Lecture Notes in Computer Science

A Software Package for Chemically Inspired Graph Transformation

scholarly article by Jakob L. Andersen et al published 2016 in Lecture Notes in Computer Science

A generalized model of the repressilator

artículo científico publicado en 2006

A graph-based toy model of chemistry

artículo científico publicado en 2003

A minimal and self-consistent in silico cell model based on macromolecular interactions

artículo científico publicado en 2007

A topological approach to chemical organizations

artículo científico publicado en 2009

Algebraic comparison of metabolic networks, phylogenetic inference, and metabolic innovation

artículo científico publicado en 2006

An intermediate level of abstraction for computational systems chemistry

artículo científico publicado en 2017

Atom Mapping with Constraint Programming

Atom mapping with constraint programming

artículo científico publicado en 2014

Automatic Inference of Graph Transformation Rules Using the Cyclic Nature of Chemical Reactions

Automatic detection of conserved RNA structure elements in complete RNA virus genomes

artículo científico publicado en 1998

BarMap: RNA folding on dynamic energy landscapes

artículo científico publicado en 2010

Beyond energy minimization: approaches to the kinetic folding of RNA

CelloS: A Multi-level Approach to Evolutionary Dynamics

article

Chemical Graph Transformation with Stereo-Information

Chemical Transformation Motifs-Modelling Pathways as Integer Hyperflows

artículo científico publicado en 2017

Computational Design of a Circular RNA with Prionlike Behavior.

artículo científico publicado en 2016

Computational design of RNAs with complex energy landscapes

artículo científico publicado en 2013

Counterexamples in chemical ring perception

artículo científico publicado en 2004

Design of multistable RNA molecules

artículo científico publicado en 2001

Determination of thermodynamic parameters for HIV DIS type loop-loop kissing complexes

artículo científico publicado en 2004

Efficient computation of RNA folding dynamics

article

Efficient computation of co-transcriptional RNA-ligand interaction dynamics

Efficient computation of co-transcriptional RNA-ligand interaction dynamics

scholarly article by Michael T. Wolfinger published in July 2018

Evolution of metabolic networks: a computational frame-work

article

Evolutionary patterns of non-coding RNAs

artículo científico publicado en 2005

Explicit Collision Simulation of Chemical Reactions in a Graph Based Artificial Chemistry

Exploring Chemistry Using SMT

Exploring Plant Sesquiterpene Diversity by Generating Chemical Networks

artículo científico publicado en 2019

Finding the K best synthesis plans

artículo científico publicado en 2018

Folding kinetics of large RNAs

artículo científico publicado en 2008

Functional Evolution of Ribozyme-Catalyzed Metabolisms in a Graph-Based Toy-Universe

article

Funnels in energy landscapes

article published in 2008

Generic Context-Aware Group Contributions

artículo científico publicado en 2020

Generic Properties of Chemical Networks: Artificial Chemistry Based on Graph Rewriting

Generic strategies for chemical space exploration

artículo científico publicado en 2014

Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project

artículo científico publicado en 2007

In Silico Evolution of Early Metabolism

article

In silico design of ligand triggered RNA switches

artículo científico publicado en 2018

In silico design of ligand triggered RNA switches

In silicoSupport for Eschenmoser’s Glyoxylate Scenario

Inferring chemical reaction patterns using rule composition in graph grammars

article

Inverse problems in systems biology

Maximizing output and recognizing autocatalysis in chemical reaction networks is NP-complete

article

Memory-efficient RNA energy landscape exploration ⬇️

artículo científico publicado en 2014

Modelling Translation Initiation under the Influence of sRNA ⬇️

artículo científico publicado el 30 de noviembre de 2012

Navigating the Chemical Space of HCN Polymerization and Hydrolysis: Guiding Graph Grammars by Mass Spectrometry Data

article by Jakob L. Andersen et al published 25 September 2013 in Entropy

Noisy: identification of problematic columns in multiple sequence alignments

artículo científico publicado en 2008

On the Complexity of Reconstructing Chemical Reaction Networks

Partition function and base pairing probabilities of RNA heterodimers

artículo científico publicado en 2006

Physiological environment induces quick response - slow exhaustion reactions.

artículo científico

Practical Guidelines for Incorporating Knowledge-Based and Data-Driven Strategies into the Inference of Gene Regulatory Networks

artículo científico publicado en 2015

RNA folding at elementary step resolution

artículo científico publicado en 2000

RNAblueprint: Flexible multiple target nucleic acid sequence design

artículo científico

Sequence-controlled RNA self-processing: computational design, biochemical analysis, and visualization by AFM.

artículo científico publicado en 2015

Structural parameters affecting the kinetics of RNA hairpin formation

artículo científico publicado en 2006

Surveying phylogenetic footprints in large gene clusters: applications to Hox cluster duplications.

artículo científico publicado en 2004

The Graph Grammar Library - A Generic Framework for Chemical Graph Rewrite Systems

article

The SBML ODE Solver Library: a native API for symbolic and fast numerical analysis of reaction networks

artículo científico publicado en 2006

The expansion of the metazoan microRNA repertoire

artículo científico publicado en 2006

Thermodynamic and kinetic folding of riboswitches

artículo científico publicado en 2015

ViennaRNA Package 2.0

artículo científico publicado en 2011

Visualization of Lattice-Based Protein Folding Simulations

scholarly article

Visualization of barrier tree sequences

artículo científico publicado en 2006

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