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Lista de obras de Ian Holmes

A "Long Indel" model for evolutionary sequence alignment

artículo científico publicado en 2003

A probabilistic model for the evolution of RNA structure

artículo científico publicado en 2004

Accelerated probabilistic inference of RNA structure evolution

artículo científico publicado en 2005

Accurate detection of recombinant breakpoints in whole-genome alignments

artículo científico publicado en 2009

Accurate estimation of gene evolutionary rates using XRATE, with an application to transmembrane proteins.

artículo científico publicado en 2009

Accurate reconstruction of insertion-deletion histories by statistical phylogenetics

artículo científico publicado en 2012

An Empirical Codon Model for Protein Sequence Evolution

scientific article published in 2007

An empirical codon model for protein sequence evolution

artículo científico publicado en 2007

An expectation maximization algorithm for training hidden substitution models.

artículo científico publicado en 2002

Analyses of deep mammalian sequence alignments and constraint predictions for 1% of the human genome

artículo científico publicado en 2007

Colorstock, SScolor, Ratón: RNA alignment visualization tools

artículo científico publicado en 2008

Developing and applying heterogeneous phylogenetic models with XRate

artículo científico publicado en 2012

Dirichlet multinomial mixtures: generative models for microbial metagenomics

artículo científico publicado en 2012

Estimating empirical codon hidden Markov models

artículo científico publicado en 2012

Evaluating bacterial gene-finding HMM structures as probabilistic logic programs

artículo científico publicado en 2012

Evolution of genes and genomes on the Drosophila phylogeny

artículo científico publicado en 2007

Evolutionary modeling and prediction of non-coding RNAs in Drosophila

artículo científico publicado en 2009

Evolutionary triplet models of structured RNA

artículo científico publicado en 2009

Fast statistical alignment

artículo científico publicado en 2009

Fitting Birth-Death Processes to Panel Data with Applications to Bacterial DNA Fingerprinting

artículo científico publicado en 2013

Genome-wide nucleotide-level mammalian ancestor reconstruction

artículo científico publicado en 2008

HandAlign: Bayesian multiple sequence alignment, phylogeny and ancestral reconstruction

artículo científico publicado en 2012

Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project

artículo científico publicado en 2007

JBrowse 2: a modular genome browser with views of synteny and structural variation

artículo científico publicado en 2023

JBrowse Connect: A server API to connect JBrowse instances and users

artículo científico publicado en 2020

JBrowse Connect: A server API to connect JBrowse instances and users

JBrowse: a dynamic web platform for genome visualization and analysis

artículo científico publicado en 2016

JBrowse: a next-generation genome browser

artículo científico publicado en 2009

Linking Statistical and Ecological Theory: Hubbell's Unified Neutral Theory of Biodiversity as a Hierarchical Dirichlet Process

Phylocomposer and phylodirector: analysis and visualization of transducer indel models.

artículo científico publicado en 2007

RNAcentral: A vision for an international database of RNA sequences

artículo científico publicado en 2011

Setting up the JBrowse genome browser

artículo científico publicado en 2010

Solving the master equation for Indels

artículo científico publicado en 2017

Specific alignment of structured RNA: stochastic grammars and sequence annealing

artículo científico publicado en 2008

Tools for simulating evolution of aligned genomic regions with integrated parameter estimation

artículo científico publicado en 2008

Transcendent elements: whole-genome transposon screens and open evolutionary questions

artículo científico publicado en 2002

Transducers: an emerging probabilistic framework for modeling indels on trees

article

Using evolutionary Expectation Maximization to estimate indel rates

article

Using guide trees to construct multiple-sequence evolutionary HMMs

article

Visualizing next-generation sequencing data with JBrowse

artículo científico publicado en 2012

Web Apollo: a web-based genomic annotation editing platform

artículo científico publicado en 2013

XRate: a fast prototyping, training and annotation tool for phylo-grammars

artículo científico publicado en 2006

k-BOOM: A Bayesian approach to ontology structure inference, with applications in disease ontology construction

xREI: a phylo-grammar visualization webserver

artículo científico publicado en 2008

Pipeline

videojuego de 1988

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