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Lista de obras de Alexey I Nesvizhskii

"Topological significance" analysis of gene expression and proteomic profiles from prostate cancer cells reveals key mechanisms of androgen response

artículo científico publicado en 2010

A PP2A phosphatase high density interaction network identifies a novel striatin-interacting phosphatase and kinase complex linked to the cerebral cavernous malformation 3 (CCM3) protein

artículo científico publicado en 2009

A Web Resource for Improved Analysis of AP-MS Protein Interaction Data

artículo científico publicado en 2013

A data-independent acquisition-based global phosphoproteomics system enables deep profiling

artículo científico publicado en 2021

A dual role for receptor-interacting protein kinase 2 (RIP2) kinase activity in nucleotide-binding oligomerization domain 2 (NOD2)-dependent autophagy

artículo científico publicado en 2012

A global protein kinase and phosphatase interaction network in yeast.

artículo científico publicado en 2010

A guided tour of the Trans-Proteomic Pipeline

artículo científico publicado en 2010

A role for the MLL fusion partner ENL in transcriptional elongation and chromatin modification

artículo científico publicado en 2007

A statistical model for identifying proteins by tandem mass spectrometry

artículo científico publicado en 2003

A statistical model-building perspective to identification of MS/MS spectra with PeptideProphet

artículo científico publicado en 2012

A survey of computational methods and error rate estimation procedures for peptide and protein identification in shotgun proteomics ⬇️

artículo científico publicado el 8 de septiembre de 2010

Abacus: a computational tool for extracting and pre-processing spectral count data for label-free quantitative proteomic analysis

artículo científico publicado en 2011

Adaptive discriminant function analysis and reranking of MS/MS database search results for improved peptide identification in shotgun proteomics

artículo científico publicado en 2008

Advancing next-generation proteomics through computational research

artículo científico publicado en 2011

An embryonic stem cell chromatin remodeling complex, esBAF, is essential for embryonic stem cell self-renewal and pluripotency

scholarly article

Analysis and validation of proteomic data generated by tandem mass spectrometry

artículo científico publicado en 2007

Analysis of protein complexes through model-based biclustering of label-free quantitative AP-MS data

artículo científico publicado en 2010

Analysis of the Saccharomyces cerevisiae proteome with PeptideAtlas

artículo científico publicado en 2006

Analysis, statistical validation and dissemination of large-scale proteomics datasets generated by tandem MS.

artículo científico publicado en 2004

Analyzing protein-protein interactions from affinity purification-mass spectrometry data with SAINT

artículo científico publicado en 2012

Anisotropic hole subband states and interband optical absorption in [mmn]-oriented quantum wells

artículo científico publicado en 1996

BatMass: a Java Software Platform for LC-MS Data Visualization in Proteomics and Metabolomics.

artículo científico publicado en 2016

Combining results of multiple search engines in proteomics

artículo científico publicado en 2013

Comparative analysis of different label-free mass spectrometry based protein abundance estimates and their correlation with RNA-Seq gene expression data

artículo científico publicado en 2012

Comparison of MS(2)-only, MSA, and MS(2)/MS(3) methodologies for phosphopeptide identification

scientific article published on February 2009

Comprehensive analysis of protein digestion using six trypsins reveals the origin of trypsin as a significant source of variability in proteomics

artículo científico publicado en 2013

Comprehensive analysis of proteins of pH fractionated samples using monolithic LC/MS/MS, intact MW measurement and MALDI-QIT-TOF MS

artículo científico publicado en 2007

Computational analysis of unassigned high-quality MS/MS spectra in proteomic data sets

artículo científico publicado en 2010

Computational and informatics strategies for identification of specific protein interaction partners in affinity purification mass spectrometry experiments ⬇️

artículo científico publicado el 1 de mayo de 2012

DIA-Umpire: comprehensive computational framework for data-independent acquisition proteomics

artículo científico publicado en 2015

Data Independent Acquisition analysis in ProHits 4.0.

artículo científico publicado en 2016

Deep-Learning-Derived Evaluation Metrics Enable Effective Benchmarking of Computational Tools for Phosphopeptide Identification

artículo científico

Discovering and linking public omics data sets using the Omics Discovery Index.

artículo científico publicado en 2017

Do we want our data raw? Including binary mass spectrometry data in public proteomics data repositories

artículo científico publicado en 2005

Do we want our data raw? Including binary mass spectrometry data in public proteomics data repositories

Dynamic spectrum quality assessment and iterative computational analysis of shotgun proteomic data: toward more efficient identification of post-translational modifications, sequence polymorphisms, and novel peptides

artículo científico publicado en 2005

Empirical statistical model to estimate the accuracy of peptide identifications made by MS/MS and database search

artículo científico publicado en 2002

Examination of the relationship between essential genes in PPI network and hub proteins in reverse nearest neighbor topology

artículo científico publicado en 2010

False discovery rates and related statistical concepts in mass spectrometry-based proteomics

artículo científico publicado en 2007

Fast and comprehensive N- and O-glycoproteomics analysis with MSFragger-Glyco

artículo científico publicado en 2020

Fast quantitative analysis of timsTOF PASEF data with MSFragger and IonQuant

artículo científico publicado en 2020

Fusion peptides from oncogenic chimeric proteins as putative specific biomarkers of cancer.

artículo científico publicado en 2013

GSK3β controls epithelial-mesenchymal transition and tumor metastasis by CHIP-mediated degradation of Slug

artículo científico publicado en 2013

Genetic networks inducing invasive growth in Saccharomyces cerevisiae identified through systematic genome-wide overexpression

artículo científico publicado en 2013

Global analysis of protein palmitoylation in African trypanosomes.

artículo científico publicado en 2010

Global phosphoproteomic profiling reveals distinct signatures in B-cell non-Hodgkin lymphomas

artículo científico

Hands-on workshops as an effective means of learning advanced technologies including genomics, proteomics and bioinformatics

artículo científico publicado en 2013

Hierarchical hidden Markov model with application to joint analysis of ChIP-chip and ChIP-seq data

artículo científico publicado en 2009

Hole counts from X-ray absorption spectra

artículo científico publicado en 2001

Human Plasma PeptideAtlas

artículo científico publicado en 2005

Humoral response profiling reveals pathways to prostate cancer progression

artículo científico publicado en 2007

Identification of modified peptides using localization-aware open search

artículo científico publicado en 2020

Immunopeptidomics-based identification of naturally presented non-canonical circRNA-derived peptides

artículo científico publicado en 2024

Improved sequence tag generation method for peptide identification in tandem mass spectrometry

artículo científico publicado en 2008

Improving sensitivity by probabilistically combining results from multiple MS/MS search methodologies

artículo científico publicado en 2008

Initial proteome analysis of model microorganism Haemophilus influenzae strain Rd KW20.

artículo científico publicado en 2003

Integrated phosphoproteomics analysis of a signaling network governing nutrient response and peroxisome induction

artículo científico publicado en 2010

Integration with the human genome of peptide sequences obtained by high-throughput mass spectrometry

artículo científico publicado en 2005

Interpretation of shotgun proteomic data: the protein inference problem

artículo científico publicado en 2005

Investigating MS2/MS3 matching statistics: a model for coupling consecutive stage mass spectrometry data for increased peptide identification confidence

artículo científico publicado en 2007

Investigation of neutral loss during collision-induced dissociation of peptide ions

artículo científico publicado en 2005

Kinesin-binding protein remodels the kinesin motor to prevent microtubule binding

artículo científico publicado en 2021

Kir2.1 interactome mapping uncovers PKP4 as a modulator of the Kir2.1-regulated inward rectifier potassium currents

artículo científico publicado en 2020

L-edge XANES of 3d-transition metals

artículo científico publicado en 1999

Label-free quantitative proteomics and SAINT analysis enable interactome mapping for the human Ser/Thr protein phosphatase 5

artículo científico publicado en 2011

Large-scale determination of absolute phosphorylation stoichiometries in human cells by motif-targeting quantitative proteomics

artículo científico publicado en 2015

Light-mediated discovery of surfaceome nanoscale organization and intercellular receptor interaction networks

artículo científico publicado en 2021

Lipid raft proteins and their identification in T lymphocytes.

artículo científico publicado en 2004

LuciPHOr2: site localization of generic post-translational modifications from tandem mass spectrometry data.

artículo científico publicado en 2014

LuciPHOr: algorithm for phosphorylation site localization with false localization rate estimation using modified target-decoy approach

artículo científico publicado en 2013

MSFragger: ultrafast and comprehensive peptide identification in mass spectrometry-based proteomics

artículo científico publicado en 2017

MSblender: A probabilistic approach for integrating peptide identifications from multiple database search engines

artículo científico publicado en 2011

MassIVE.quant: a community resource of quantitative mass spectrometry-based proteomics datasets

scientific article published on 14 September 2020

Metabolites of purine nucleoside phosphorylase (NP) in serum have the potential to delineate pancreatic adenocarcinoma

artículo científico publicado en 2011

Modularity and hormone sensitivity of the Drosophila melanogaster insulin receptor/target of rapamycin interaction proteome

artículo científico publicado en 2011

Omics Discovery Index - Discovering and Linking Public Omics Datasets

Optimized peptide separation and identification for mass spectrometry based proteomics via free-flow electrophoresis

artículo científico publicado en 2006

PIQED: automated identification and quantification of protein modifications from DIA-MS data

artículo científico publicado en 2017

PTM-Shepherd: analysis and summarization of post-translational and chemical modifications from open search results

artículo científico publicado en 2020

Parthenolide Destabilizes Microtubules by Covalently Modifying Tubulin

scientific article published on 21 January 2021

Phosphoproteomic analysis reveals interconnected system-wide responses to perturbations of kinases and phosphatases in yeast

artículo científico publicado en 2010

Prestroke proteomic changes in cerebral microvessels in stroke-prone, transgenic[hCETP]-Hyperlipidemic, Dahl salt-sensitive hypertensive rats

artículo científico publicado en 2011

ProHits-viz: a suite of web tools for visualizing interaction proteomics data.

artículo científico publicado en 2017

ProHits: integrated software for mass spectrometry-based interaction proteomics

artículo científico publicado en 2010

Protein Complexes and Interaction Networks ⬇️

artículo científico publicado el 1 de mayo de 2012

Protein identification by tandem mass spectrometry and sequence database searching

artículo científico publicado en 2007

Proteogenomics: concepts, applications and computational strategies

artículo científico publicado en 2014

Proteomic interrogation of androgen action in prostate cancer cells reveals roles of aminoacyl tRNA synthetases

artículo científico publicado en 2009

Proteomic profiling of naïve multiple myeloma patient plasma cells identifies pathways associated with favourable response to bortezomib-based treatment regimens

artículo científico publicado en 2015

Proteomic study of the mucin granulae in an intestinal goblet cell model

artículo científico publicado en 2012

QPROT: Statistical method for testing differential expression using protein-level intensity data in label-free quantitative proteomics.

artículo científico publicado en 2015

Quantitative mass spectrometry reveals a role for the GTPase Rho1p in actin organization on the peroxisome membrane

artículo científico publicado en 2004

Quantitative proteomic landscape of metaplastic breast carcinoma pathological subtypes and their relationship to triple-negative tumors

artículo científico publicado en 2020

Quantitative proteomic profiling of prostate cancer reveals a role for miR-128 in prostate cancer

artículo científico publicado en 2009

Recommendations from the 2008 International Summit on Proteomics Data Release and Sharing Policy: the Amsterdam principles

artículo científico publicado en 2009

Reconstructing targetable pathways in lung cancer by integrating diverse omics data

artículo científico publicado en 2013

Regulation of ALT-associated homology-directed repair by polyADP-ribosylation

artículo científico publicado en 2020

SAINT-MS1: protein-protein interaction scoring using label-free intensity data in affinity purification-mass spectrometry experiments

artículo científico publicado en 2012

SAINT: probabilistic scoring of affinity purification-mass spectrometry data

artículo científico publicado en 2010

SAINTexpress: improvements and additional features in Significance Analysis of INTeractome software

artículo científico publicado en 2013

SP3-Enabled Rapid and High Coverage Chemoproteomic Identification of Cell-State-Dependent Redox-Sensitive Cysteines

artículo científico publicado en 2022

SUMOylation pathway in Trypanosoma cruzi: functional characterization and proteomic analysis of target proteins

artículo científico publicado en 2011

Semisupervised model-based validation of peptide identifications in mass spectrometry-based proteomics

artículo científico publicado en 2007

Significance analysis of spectral count data in label-free shotgun proteomics

artículo científico publicado en 2008

Sparsely correlated hidden Markov models with application to genome-wide location studies

artículo científico publicado en 2013

Stark effect near the type-I–type-II transition point in semiconductor quantum wells

artículo científico publicado en 1994

Statistical validation of peptide identifications in large-scale proteomics using the target-decoy database search strategy and flexible mixture modeling

artículo científico publicado en 2008

Targeting SWI/SNF ATPases in enhancer-addicted prostate cancer

artículo científico publicado en 2021

Targeting the MLL complex in castration-resistant prostate cancer

artículo científico publicado en 2015

The CRAPome: a contaminant repository for affinity purification-mass spectrometry data

artículo científico publicado en 2013

The PeptideAtlas project

artículo científico publicado en 2006

The SysteMHC Atlas project

artículo científico publicado en 2017

The application of new software tools to quantitative protein profiling via isotope-coded affinity tag (ICAT) and tandem mass spectrometry: I. Statistically annotated datasets for peptide sequences and proteins identified via the application of ICAT

artículo científico publicado en 2003

The application of new software tools to quantitative protein profiling via isotope-coded affinity tag (ICAT) and tandem mass spectrometry: II. Evaluation of tandem mass spectrometry methodologies for large-scale protein analysis, and the applicatio

artículo científico publicado en 2003

The functional interactome landscape of the human histone deacetylase family

artículo científico publicado en 2013

The need for guidelines in publication of peptide and protein identification data: Working Group on Publication Guidelines for Peptide and Protein Identification Data

artículo científico publicado en 2004

The nucleotide synthesis enzyme CAD inhibits NOD2 antibacterial function in human intestinal epithelial cells

artículo científico publicado en 2012

The transcription elongation factor TFIIS is a component of RNA polymerase II preinitiation complexes

artículo científico publicado en 2007

The utility of mass spectrometry-based proteomic data for validation of novel alternative splice forms reconstructed from RNA-Seq data: a preliminary assessment

artículo científico publicado en 2010

The yeast Sks1p kinase signaling network regulates pseudohyphal growth and glucose response

artículo científico publicado en 2014

Toward More Transparent and Reproducible Omics Studies Through a Common Metadata Checklist and Data Publications

artículo científico publicado en 2013

Toward more transparent and reproducible omics studies through a common metadata checklist and data publications

artículo científico publicado en 2014

Untargeted, spectral library-free analysis of data-independent acquisition proteomics data generated using Orbitrap mass spectrometers

artículo científico publicado en 2016

Using ProHits to store, annotate, and analyze affinity purification-mass spectrometry (AP-MS) data

artículo científico publicado en 2012

Utility of RNA-seq and GPMDB protein observation frequency for improving the sensitivity of protein identification by tandem MS

artículo científico publicado en 2014

iProphet: multi-level integrative analysis of shotgun proteomic data improves peptide and protein identification rates and error estimates

artículo científico publicado en 2011

mapDIA: Preprocessing and statistical analysis of quantitative proteomics data from data independent acquisition mass spectrometry

artículo científico publicado en 2015

p38-mediated phosphorylation at T367 induces EZH2 cytoplasmic localization to promote breast cancer metastasis

artículo científico publicado en 2018

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