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Lista de obras de David W. Ussery

16S rRNA Gene Amplicon Profiling of Baby and Adult Captive Elephants in Thailand

artículo científico publicado en 2020

A Classification of Possible Routes of Darwinian Evolution

article by RICHARD H THORNHILL & David W. Ussery published March 2000 in Journal of Theoretical Biology

A Closer Look at Bacteroides: Phylogenetic Relationship and Genomic Implications of a Life in the Human Gut

artículo científico publicado en 2011

A DNA structural atlas for Escherichia coli

artículo científico publicado en 2000

A domain sequence approach to pangenomics: applications to Escherichia coli

artículo científico publicado en 2012

A domain sequence approach to pangenomics: applications to Escherichia coli

scholarly article by Lars-Gustav Snipen & David W. Ussery published 1 October 2012 in F1000Research

Amino acid usage is asymmetrically biased in AT- and GC-rich microbial genomes.

artículo científico publicado en 2013

An Overview of Genome Databases

Analysis and prediction of gene splice sites in four Aspergillus genomes

artículo científico publicado en 2008

Analysis of DNA structure in vivo using psoralen photobinding: measurement of supercoiling, topological domains, and DNA-protein interactions

artículo científico publicado en 1992

Analysis of evolutionary patterns of genes in Campylobacter jejuni and C. coli

artículo científico publicado en 2012

Analysis of genomic signatures in prokaryotes using multinomial regression and hierarchical clustering

artículo científico publicado en 2009

Analysis of intra-genomic GC content homogeneity within prokaryotes

artículo científico publicado en 2010

Bayesian prediction of bacterial growth temperature range based on genome sequences

artículo científico publicado en 2012

Bayesian prediction of microbial oxygen requirement

artículo científico publicado en 2013

Benchmarking of methods for genomic taxonomy

artículo científico publicado en 2014

Bias of purine stretches in sequenced chromosomes

artículo científico publicado en 2002

Bioinformatics for Microbiologists: An Introduction

CBS Genome Atlas Database: a dynamic storage for bioinformatic results and sequence data

artículo científico publicado en 2004

CMG-biotools, a free workbench for basic comparative microbial genomics.

artículo científico publicado en 2013

Campylobacter fetus subspecies: comparative genomics and prediction of potential virulence targets

artículo científico publicado en 2012

Characterization of probiotic Escherichia coli isolates with a novel pan-genome microarray

artículo científico publicado en 2007

Comparative Genomics

Comparative Genomics of Four Pseudomonas Species

artículo científico publicado en 2004

Comparative genomic analysis of two-component regulatory proteins in Pseudomonas syringae

artículo científico publicado en 2007

Comparative genomics of Bifidobacterium, Lactobacillus and related probiotic genera

artículo científico publicado en 2012

Comparative genomics of green sulfur bacteria

artículo científico publicado en 2010

Comparative genomics of hepatitis A virus, hepatitis C virus, and hepatitis E virus provides insights into the evolutionary history of Hepatovirus species

artículo científico publicado en 2019

Comparative genomics to delineate pathogenic potential in non-O157 Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) from patients with and without haemolytic uremic syndrome (HUS) in Norway

artículo científico publicado en 2014

Comparison of 61 sequenced Escherichia coli genomes

artículo científico publicado en 2010

Comparison of protein coding gene contents of the fungal phyla Pezizomycotina and Saccharomycotina

artículo científico publicado en 2007

Complete DNA sequence of the linear mitochondrial genome of the pathogenic yeast Candida parapsilosis

artículo científico publicado en 2004

Complete Genome Sequences of Four Isolates of Vancomycin-Resistant Enterococcus faecium with the vanA Gene and Two Daptomycin Resistance Mutations, Obtained from Two Inpatients with Prolonged Bacteremia

artículo científico publicado en 2020

Complete Genome and Plasmid Sequences of Escherichia coli Type Strain ATCC 11775

artículo científico publicado en 2019

Complete genome sequence of the commensal Enterococcus faecalis 62, isolated from a healthy Norwegian infant

artículo científico publicado en 2011

Complete genomic and transcriptional landscape analysis using third-generation sequencing: a case study of Saccharomyces cerevisiae CEN.PK113-7D.

artículo científico publicado en 2018

Computational genomics-proteomics and Phylogeny analysis of twenty one mycobacterial genomes (Tuberculosis & non Tuberculosis strains).

artículo científico publicado en 2012

Computing for Comparative Microbial Genomics

Consent insufficient for data release-Response

artículo científico publicado en 2019

DNA Bendability and Nucleosome Positioning in Transcriptional Regulation

DNA Structure: A-, B- and Z-DNA Helix Families

DNA microarray analysis of fim mutations in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2002

Databases, Sequenced Genomes

Decaffeinated Green Tea Extract Does Not Elicit Hepatotoxic Effects and Modulates the Gut Microbiome in Lean B6C3F₁ Mice

scientific article published on 03 April 2019

Defining the Pseudomonas genus: where do we draw the line with Azotobacter?

artículo científico publicado en 2011

Design and construction of a circular intensity differential scattering instrument

Design of a seven-genome Escherichia coli microarray for comparative genomic profiling

artículo científico publicado en 2006

Design of an Enterobacteriaceae Pan-Genome Microarray Chip

article by Oksana Lukjancenko & David W. Ussery published 2010 in Communications in Computer and Information Science

Differences in two-component signal transduction proteins among the genus Brucella: Implications for host preference and pathogenesis

artículo científico publicado en 2010

Diversity of Pseudomonas Genomes, Including Populus-Associated Isolates, as Revealed by Comparative Genome Analysis

artículo científico publicado en 2015

Draft Genome Sequences of 48 Vancomycin-Resistant Enterococcus faecium Strains Isolated from Inpatients with Bacteremia and Urinary Tract Infection

artículo científico publicado en 2019

Ebolavirus comparative genomics

artículo científico publicado en 2015

Environmental Influences on DNA Curvature

Environmental influences on the in vivo level of intramolecular triplex DNA in Escherichia coli

artículo científico publicado en 1993

Estimating variation within the genes and inferring the phylogeny of 186 sequenced diverse Escherichia coli genomes

artículo científico publicado en 2012

Estimation of superhelical density in vivo from analysis of the level of cruciforms existing in living cells

artículo científico publicado en 1991

Evaluation of potential regulatory elements identified as DNase I hypersensitive sites in the CFTR gene

artículo científico publicado en 2002

Evolution of Microbial Communities; or, On the Origins of Bacterial Species

Expression of Genes and Proteins

article

Extracytoplasmic function sigma factors in Pseudomonas syringae

artículo científico publicado en 2005

Faculty of 1000 evaluation for Bacterial species may exist, metagenomics reveal

Faculty of 1000 evaluation for Fast and accurate taxonomic assignments of metagenomic sequences using MetaBin

Faculty of 1000 evaluation for Finished bacterial genomes from shotgun sequence data

Faculty of 1000 evaluation for IS30 elements are mediators of genetic diversity in Oenococcus oeni

Faculty of 1000 evaluation for Origin and evolution of protein fold designs inferred from phylogenomic analysis of CATH domain structures in proteomes

Faculty of 1000 evaluation for Population genomics of early events in the ecological differentiation of bacteria

Faculty of 1000 evaluation for Ribosomal multilocus sequence typing: universal characterization of bacteria from domain to strain

Faculty of 1000 evaluation for The Streptococcus thermophilus CRISPR/Cas system provides immunity in Escherichia coli

Faculty of 1000 evaluation for Transposable elements re-wire and fine-tune the transcriptome

Formation of a combined H-DNA/open TATA box structure in the promoter sequence of the human Na,K-ATPase alpha2 gene

artículo científico publicado en 1996

From essential to persistent genes: a functional approach to constructing synthetic life.

artículo científico publicado en 2012

Functionality of System Components: Conservation of Protein Function in Protein Feature Space

artículo científico publicado en 2003

GeneWiz browser: An Interactive Tool for Visualizing Sequenced Chromosomes

artículo científico publicado en 2009

Genome Atlases, Potential Applications in Study of Metagenomes

Genome Atlases, Potential Applications in Study of Metagenomes

Genome Comparison of Bacterial Pathogens

scientific article published on 19 August 2009

Genome Sequence of Campylobacter jejuni strain 327, a strain isolated from a turkey slaughterhouse

artículo científico publicado en 2011

Genome Sequences of Zika Virus Strains Recovered from Amniotic Fluid, Placenta, and Fetal Brain of a Microcephaly Patient in Thailand, 2017

scholarly article published 20 September 2018

Genome Update: 161 prokaryotic genomes sequenced, and counting

artículo científico publicado en 2004

Genome Update: AT content in sequenced prokaryotic genomes

artículo científico publicado en 2004

Genome Update: annotation quality in sequenced microbial genomes

artículo científico publicado en 2004

Genome Update: length distributions of sequenced prokaryotic genomes

scientific article published on 01 March 2004

Genome Update: promoter profiles

artículo científico publicado en 2004

Genome Update: tRNAs in sequenced microbial genomes

scientific article published on 01 June 2004

Genome organisation and chromatin structure in Escherichia coli

artículo científico

Genome sequences of two stress-tolerant Campylobacter jejuni poultry strains, 305 and DFVF1099.

artículo científico

Genome sequencing and analysis of the versatile cell factory Aspergillus niger CBS 513.88

artículo científico publicado en 2007

Genome sequencing identifies two nearly unchanged strains of persistent Listeria monocytogenes isolated at two different fish processing plants sampled 6 years apart

artículo científico publicado en 2013

Genome update: DNA repeats in bacterial genomes

artículo científico publicado en 2004

Genome update: alignment of bacterial chromosomes

artículo científico publicado en 2004

Genome update: rRNAs in sequenced microbial genomes

artículo científico publicado en 2004

Genome update: the 1000th genome--a cautionary tale

artículo científico publicado en 2010

Genomic Properties: Length, Base Composition and DNA Structures

article

Genomic analysis of two-component signal transduction proteins in basidiomycetes

artículo científico publicado en 2010

Genomic characterization of Campylobacter jejuni strain M1.

artículo científico publicado en 2010

Genomic comparisons of Brucella spp. and closely related bacteria using base compositional and proteome based methods

artículo científico publicado en 2010

Genomic taxonomy of Vibrios

artículo científico publicado en 2009

Genomic variation in Salmonella enterica core genes for epidemiological typing

artículo científico publicado en 2012

Global Genomic Epidemiology of Salmonella enterica Serovar Typhimurium DT104.

artículo científico publicado en 2016

Global features of the Alcanivorax borkumensis SK2 genome

artículo científico publicado en 2007

Identification and assembly of genomes and genetic elements in complex metagenomic samples without using reference genomes

artículo científico publicado en 2014

Identification of putative noncoding RNA genes in the Burkholderia cenocepacia J2315 genome

artículo científico publicado en 2007

Insights from 20 years of bacterial genome sequencing

artículo científico publicado en 2015

Investigations of oligonucleotide usage variance within and between prokaryotes

artículo científico publicado en 2008

Is the pan-genome also a pan-selectome?

artículo científico publicado en 2012

LeuO is a global regulator of gene expression in Salmonella enterica serovar Typhimurium

artículo científico publicado en 2012

Machine Learning Methods in Drug Discovery

artículo científico publicado en 2020

Mash-based analyses of Escherichia coli genomes reveal 14 distinct phylogroups

artículo científico publicado en 2021

Metabolic functions of Pseudomonas fluorescens strains from Populus deltoides depend on rhizosphere or endosphere isolation compartment

artículo científico publicado en 2015

Metagenomics of Microbial Communities

Methods to Compare Genomes The First Examples

Microbial Communities: Core and Pan-Genomics

Microbial Genome Sequences: A New Era in Microbiology

Microbial comparative pan-genomics using binomial mixture models

artículo científico publicado en 2009

Microbial taxonomy in the post-genomic era: rebuilding from scratch?

artículo científico publicado en 2014

Molecular analysis of the emergence of pandemic Vibrio parahaemolyticus.

artículo científico publicado en 2008

Multilocus sequence typing of total-genome-sequenced bacteria

artículo científico publicado en 2012

Natural genetic engineering: intelligence & design in evolution?

artículo científico publicado en 2011

Non-O1 Vibrio cholerae unlinked to cholera in Haiti

artículo científico publicado en 2012

Of Proteins, Genomes, and Proteomes

On the origins of a Vibrio species

artículo científico publicado en 2010

On the total number of genes and their length distribution in complete microbial genomes

artículo científico publicado en 2001

Opening the pan-genomics box

Origin of replication in circular prokaryotic chromosomes

artículo científico publicado en 2006

Pan-genome analysis of human gastric pathogen H. pylori: comparative genomics and pathogenomics approaches to identify regions associated with pathogenicity and prediction of potential core therapeutic targets.

artículo científico publicado en 2015

PanFunPro: PAN-genome analysis based on FUNctional PROfiles

artículo científico

Physical Maps of Chromosomes

Polyclonality of concurrent natural populations of Alteromonas macleodii

artículo científico publicado en 2012

Quality scores for 32,000 genomes

artículo científico publicado en 2014

RNAmmer: consistent and rapid annotation of ribosomal RNA genes

artículo científico publicado en 2007

Relative entropy differences in bacterial chromosomes, plasmids, phages and genomic islands

artículo científico publicado en 2012

Reliability and applications of statistical methods based on oligonucleotide frequencies in bacterial and archaeal genomes

artículo científico publicado en 2008

Review and phylogenetic analysis of qac genes that reduce susceptibility to quaternary ammonium compounds in Staphylococcus species

artículo científico publicado en 2015

RpoD Promoters in Campylobacter jejuni Exhibit a Strong Periodic Signal Instead of a −35 Box

scientific article published on 01 March 2003

Sequences as Biological Information: Cells Obey the Laws of Chemistry and Physics

Sigma factors in a thousand E. coli genomes

artículo científico publicado en 2013

Special Issue on Campylobacter and Helicobacter Genomics

Standard operating procedure for computing pangenome trees

artículo científico publicado en 2010

Strand misalignments lead to quasipalindrome correction

article

Stretches of alternating pyrimidine/purines and purines are respectively linked with pathogenicity and growth temperature in prokaryotes

artículo científico publicado en 2009

Structural features of fungal genomes

Studies on monitoring and tracking genetic resources: an executive summary.

artículo científico publicado en 2009

Suggested mechanisms for Zika virus causing microcephaly: what do the genomes tell us?

artículo científico publicado en 2017

Ten years of bacterial genome sequencing: comparative-genomics-based discoveries.

artículo científico publicado en 2006

The Atlas visualization of genomewide information

artículo científico publicado en 2002

The Challenges of Programming: A Brief Introduction

The Genome Atlas Resource

The Genomic Standards Consortium

artículo científico publicado en 2011

The Importance of Virulence Prediction and Gene Networks in Microbial Risk Assessment

article

The Salmonella enterica pan-genome

artículo científico publicado en 2011

The TNFα receptor TNFRSF1A and genes encoding the amiloride-sensitive sodium channel ENaC as modulators in cystic fibrosis

article

The chromatin-associated protein H-NS.

artículo científico publicado en 1994

The complete genome sequence and analysis of the epsilonproteobacterium Arcobacter butzleri

artículo científico publicado en 2007

The genome BLASTatlas—a GeneWiz extension for visualization of whole-genome homology

article

The genome of the versatile nitrogen fixer Azorhizobium caulinodans ORS571

artículo científico publicado en 2008

The genomic code: inferring Vibrionaceae niche specialization

artículo científico publicado en 2006

The genus burkholderia: analysis of 56 genomic sequences.

artículo científico publicado en 2009

The minimum information about a genome sequence (MIGS) specification

artículo científico publicado en 2008

The qacC Gene Has Recently Spread between Rolling Circle Plasmids of Staphylococcus, Indicative of a Novel Gene Transfer Mechanism

artículo científico publicado en 2016

The sigma54 regulon (sigmulon) of Pseudomonas putida

artículo científico publicado en 2003

The transcriptional landscape and small RNAs of Salmonella enterica serovar Typhimurium.

artículo científico publicado en 2012

Three Complete Genome Sequences of Genotype G Mumps Virus from the 2016 Outbreak in Arkansas, USA.

artículo científico publicado en 2017

Three views of microbial genomes

artículo científico publicado en 1999

Tools for Comparison of Bacterial Genomes

Toward unrestricted use of public genomic data:

artículo científico publicado en 2019

Transcriptomics and adaptive genomics of the asymptomatic bacteriuria Escherichia coli strain 83972.

artículo científico publicado en 2008

Transcriptomics: Translated and Untranslated RNA

Two Cases of Vancomycin-Resistant Enterococcus faecium Bacteremia With Development of Daptomycin-Resistant Phenotype and its Detection Using Oxford Nanopore Sequencing

scientific article published on 23 May 2020

Two novel methods for using genome sequences to infer taxonomy ⬇️

artículo científico publicado el 13 de abril de 2012

Unique and conserved genome regions in Vibrio harveyi and related species in comparison with the shrimp pathogen Vibrio harveyi CAIM 1792.

artículo científico publicado en 2015

Veillonella, Firmicutes: Microbes disguised as Gram negatives

artículo científico publicado en 2013

Vibrio chromosome-specific families

artículo científico publicado en 2014

Word Frequencies and Repeats

[13] Probing DNA structure with psoralen in vitro

article

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