Filtros de búsqueda

Lista de obras de Vineet Bafna

A Note on Computing Interval Overlap Statistics

A covering method for detecting genetic associations between rare variants and common phenotypes

artículo científico publicado en 2010

A decomposition theory for phylogenetic networks and incompatible characters

artículo científico publicado en 2007

A multidimensional chromatography technology for in-depth phosphoproteome analysis

artículo científico publicado en 2008

A note on efficient computation of haplotypes via perfect phylogeny.

artículo científico publicado en 2004

A sequence-based filtering method for ncRNA identification and its application to searching for riboswitch elements.

artículo científico publicado en 2006

AMASS: algorithm for MSI analysis by semi-supervised segmentation

artículo científico publicado en 2011

Abstractions for Genomics

artículo científico publicado en 2013

Accurate annotation of peptide modifications through unrestrictive database search

artículo científico publicado en 2007

Accurate mass spectrometry based protein quantification via shared peptides

artículo científico publicado en 2012

Advanced Proteogenomic Analysis Reveals Multiple Peptide Mutations and Complex Immunoglobulin Peptides in Colon Cancer

artículo científico publicado en 2015

Age-related changes in human crystallins determined from comparative analysis of post-translational modifications in young and aged lens: does deamidation contribute to crystallin insolubility?

artículo científico publicado en 2006

Amplification and thrifty single-molecule sequencing of recurrent somatic structural variations

artículo científico publicado en 2013

An MCMC algorithm for haplotype assembly from whole-genome sequence data

artículo científico publicado en 2008

An algorithmic approach for breakage-fusion-bridge detection in tumor genomes

artículo científico publicado en 2013

An automated proteogenomic method uses mass spectrometry to reveal novel genes in Zea mays

artículo científico publicado en 2013

An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes

artículo científico publicado en 2012

Annotation of the zebrafish genome through an integrated transcriptomic and proteomic analysis.

artículo científico publicado en 2014

Assembly-free and alignment-free sample identification using genome skims

Automated querying and identification of novel peptides using MALDI mass spectrometric imaging

artículo científico publicado en 2011

Clear: Composition of Likelihoods for Evolve and Resequence Experiments.

artículo científico publicado en 2017

Combinatorics of the breakage-fusion-bridge mechanism

artículo científico publicado en 2012

Comparative proteogenomics: combining mass spectrometry and comparative genomics to analyze multiple genomes

artículo científico publicado en 2008

Compressing genomic sequence fragments using SlimGene

artículo científico publicado en 2011

Consensus folding of unaligned RNA sequences revisited

artículo científico publicado en 2006

Construction of a medicinal leech transcriptome database and its application to the identification of leech homologs of neural and innate immune genes

artículo científico publicado en 2010

Correction: Predicting Carriers of Ongoing Selective Sweeps without Knowledge of the Favored Allele

artículo científico publicado en 2016

De novo somatic mutations in components of the PI3K-AKT3-mTOR pathway cause hemimegalencephaly

artículo científico publicado en 2012

Deciphering the genetic basis of common diseases by integrated functional annotation of common and rare variants.

artículo científico publicado en 2010

Deconvolution and database search of complex tandem mass spectra of intact proteins: a combinatorial approach

artículo científico publicado en 2010

Designing deep sequencing experiments: detecting structural variation and estimating transcript abundance

artículo científico publicado en 2010

Discovery and revision of Arabidopsis genes by proteogenomics

scholarly article

Diversity, Productivity, and Stability of an Industrial Microbial Ecosystem

artículo científico publicado en 2016

Endothelin receptor B, a candidate gene from human studies at high altitude, improves cardiac tolerance to hypoxia in genetically engineered heterozygote mice

artículo científico publicado en 2015

Estimating repeat spectra and genome length from low-coverage genome skims with RESPECT

scientific article published on 15 November 2021

Evaluating genome architecture of a complex region via generalized bipartite matching

artículo científico publicado en 2013

Evaluation of paired-end sequencing strategies for detection of genome rearrangements in cancer

artículo científico publicado en 2008

Evidence for large inversion polymorphisms in the human genome from HapMap data

artículo científico publicado en 2006

Exome sequencing can improve diagnosis and alter patient management

artículo científico publicado en 2012

Expansion of the mycobacterial "PUPylome"

artículo científico publicado en 2009

Experimental selection of hypoxia-tolerant Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2011

Exploring the landscape of focal amplifications in cancer using AmpliconArchitect

artículo científico publicado en 2019

Extrachromosomal DNA in HPV-Mediated Oropharyngeal Cancer Drives Diverse Oncogene Transcription

artículo científico publicado en 2021

Extrachromosomal DNA is associated with oncogene amplification and poor outcome across multiple cancers

artículo científico publicado en 2020

Extrachromosomal oncogene amplification drives tumour evolution and genetic heterogeneity

artículo científico publicado en 2017

Extrachromosomal oncogene amplification in tumour pathogenesis and evolution

artículo científico publicado en 2019

Fast and accurate alignment of multiple protein networks

artículo científico publicado en 2009

FastR: fast database search tool for non-coding RNA.

artículo científico publicado en 2004

Fine-mapping the Favored Mutation in a Positive Selective Sweep

Form follows function in cancer genomes

artículo científico publicado en 2022

Genetic simulation tools for post-genome wide association studies of complex diseases

artículo científico publicado en 2014

Global DNA hypomethylation coupled to repressive chromatin domain formation and gene silencing in breast cancer

artículo científico publicado en 2011

HapCUT2: robust and accurate haplotype assembly for diverse sequencing technologies

artículo científico publicado en 2016

HapCUT: an efficient and accurate algorithm for the haplotype assembly problem

artículo científico publicado en 2008

Haplotyping as perfect phylogeny: a direct approach

artículo científico publicado en 2003

High-altitude adaptation in humans: from genomics to integrative physiology

artículo científico publicado en 2017

Human beta-defensin 2 is a salt-sensitive peptide antibiotic expressed in human lung

artículo científico publicado en 1998

Human genomic regions with exceptionally high levels of population differentiation identified from 911 whole-genome sequences

artículo científico publicado en 2014

Identification of post-translational modifications by blind search of mass spectra.

artículo científico publicado en 2005

Identification of post-translational modifications via blind search of mass-spectra

artículo científico publicado en 2005

Identifying the favored mutation in a positive selective sweep.

artículo científico publicado en 2018

Improving gene annotation using peptide mass spectrometry

artículo científico publicado en 2006

InPhaDel: integrative shotgun and proximity-ligation sequencing to phase deletions with single nucleotide polymorphisms

artículo científico publicado en 2016

Inference about recombination from haplotype data: lower bounds and recombination hotspots

artículo científico publicado en 2006

Inferring gene ontologies from pairwise similarity data

artículo científico publicado en 2014

InsPecT: identification of posttranslationally modified peptides from tandem mass spectra

artículo científico publicado en 2005

Integrated Proteogenomic Characterization of Human High-Grade Serous Ovarian Cancer.

artículo científico publicado en 2016

Integrating scientific cultures

artículo científico publicado en 2007

Integrating sequence and array data to create an improved 1000 Genomes Project haplotype reference panel

artículo científico publicado en 2014

Juvenile granulosa cell tumor associated with Ollier disease

artículo científico publicado en 2016

Learning natural selection from the site frequency spectrum

scientific article published on 14 June 2013

Ligand-receptor pairing via tree comparison.

artículo científico publicado en 2000

New Insights into the Genetic Basis of Monge's Disease and Adaptation to High-Altitude

artículo científico publicado en 2017

Next-Generation Sequencing of Plasmodium vivax Patient Samples Shows Evidence of Direct Evolution in Drug-Resistance Genes

artículo científico publicado en 2015

Novel insight into the genetic basis of high-altitude pulmonary hypertension in Kyrgyz highlanders

artículo científico publicado en 2018

On the design of clone-based haplotyping

artículo científico publicado en 2013

Optimal haplotype block-free selection of tagging SNPs for genome-wide association studies

artículo científico publicado en 2004

Optimization of primer design for the detection of variable genomic lesions in cancer

artículo científico publicado en 2007

Optimizing PCR assays for DNA-based cancer diagnostics

artículo científico publicado en 2010

Orthologous repeats and mammalian phylogenetic inference

artículo científico publicado en 2005

Peptide sequence tags for fast database search in mass-spectrometry.

artículo científico publicado en 2005

Phosphorylation-specific MS/MS scoring for rapid and accurate phosphoproteome analysis

artículo científico publicado en 2008

Population sequencing of two endocannabinoid metabolic genes identifies rare and common regulatory variants associated with extreme obesity and metabolite level

artículo científico publicado en 2010

Practical 4'-phosphopantetheine active site discovery from proteomic samples

artículo científico publicado en 2010

Predicting Carriers of Ongoing Selective Sweeps without Knowledge of the Favored Allele

artículo científico publicado en 2015

Prevalence of hereditary tubulointerstitial kidney diseases in the German Chronic Kidney Disease study

artículo científico publicado en 2021

Protein identification using top-down.

artículo científico publicado en 2011

Protein-protein interaction network evaluation for identifying potential drug targets

artículo científico publicado en 2010

ProteoStorm: An Ultrafast Metaproteomics Database Search Framework

article by Doruk Beyter et al published September 2018 in Cell systems

Proteogenomic database construction driven from large scale RNA-seq data

artículo científico publicado en 2013

Proteogenomic strategies for identification of aberrant cancer peptides using large-scale next-generation sequencing data

artículo científico publicado en 2014

Proteogenomics to discover the full coding content of genomes: a computational perspective

artículo científico publicado en 2010

QNet: a tool for querying protein interaction networks

artículo científico publicado en 2008

RAPID detection of gene-gene interactions in genome-wide association studies

artículo científico publicado en 2010

Reconstructing breakage fusion bridge architectures using noisy copy numbers

artículo científico publicado en 2015

Reprever: resolving low-copy duplicated sequences using template driven assembly

artículo científico publicado en 2013

Resurrection of a clinical antibody: template proteogenomic de novo proteomic sequencing and reverse engineering of an anti-lymphotoxin-α antibody

artículo científico publicado en 2011

Robustness of inference of haplotype block structure

artículo científico publicado en 2003

SCOPE: a probabilistic model for scoring tandem mass spectra against a peptide database.

artículo científico publicado en 2001

Sample reproducibility of genetic association using different multimarker TDTs in genome-wide association studies: characterization and a new approach.

artículo científico publicado en 2012

Searching genomes for noncoding RNA using FastR.

artículo científico publicado en 2005

Senp1 drives hypoxia-induced polycythemia via GATA1 and Bcl-xL in subjects with Monge's disease

artículo científico publicado en 2016

Sensitive gene fusion detection using ambiguously mapping RNA-Seq read pairs

artículo científico publicado en 2011

Sequence and structural variation in a human genome uncovered by short-read, massively parallel ligation sequencing using two-base encoding

artículo científico publicado en 2009

Shotgun protein sequencing by tandem mass spectra assembly

artículo científico publicado en 2004

Speeding up tandem mass spectral identification using indexes.

artículo científico publicado en 2012

Strobe sequence design for haplotype assembly

artículo científico publicado en 2011

Structural alignment of pseudoknotted RNA.

artículo científico publicado en 2008

TCLUST: a fast method for clustering genome-scale expression data

artículo científico publicado en 2011

Template proteogenomics: sequencing whole proteins using an imperfect database

artículo científico publicado en 2010

Tests of selection in pooled case-control data: an empirical study

artículo científico publicado en 2011

The Sorcerer II Global Ocean Sampling expedition: expanding the universe of protein families

artículo científico publicado en 2007

The TGFβ1 Promoter SNP C-509T and Food Sensitization Promote Esophageal Remodeling in Pediatric Eosinophilic Esophagitis

artículo científico publicado en 2015

The antibody repertoire of colorectal cancer.

artículo científico publicado en 2017

The conserved exon method for gene finding

article

The diploid genome sequence of an individual human

artículo científico publicado en 2007

The dog genome: survey sequencing and comparative analysis

artículo científico publicado en 2003

The elusive evidence for chromothripsis

artículo científico publicado en 2014

The genetic basis of chronic mountain sickness

artículo científico publicado en 2014

The impact of contaminants on the accuracy of genome skimming and the effectiveness of exclusion read filters

artículo científico publicado en 2020

The number of recombination events in a sample history: conflict graph and lower bounds

artículo científico publicado en 2004

The ribosome scanning model for translation initiation: implications for gene prediction and full-length cDNA detection.

artículo científico publicado en 1998

The variant call format and VCFtools

artículo científico publicado en 2011

Ultraaccurate genome sequencing and haplotyping of single human cells.

artículo científico publicado en 2017

Unrestrictive identification of post-translational modifications through peptide mass spectrometry

artículo científico publicado en 2006

Using Genome Query Language to uncover genetic variation

artículo científico publicado en 2013

ViFi: accurate detection of viral integration and mRNA fusion reveals indiscriminate and unregulated transcription in proximal genomic regions in cervical cancer.

artículo científico publicado en 2018

Virmid: accurate detection of somatic mutations with sample impurity inference

artículo científico publicado en 2013

Wessim: a whole-exome sequencing simulator based on in silico exome capture

artículo científico publicado en 2013

Whole genome sequencing of Ethiopian highlanders reveals conserved hypoxia tolerance genes

artículo científico publicado en 2014

Whole proteome analysis of post-translational modifications: applications of mass-spectrometry for proteogenomic annotation

artículo científico publicado en 2007

Whole-genome sequencing uncovers the genetic basis of chronic mountain sickness in Andean highlanders

artículo científico publicado en 2013

ecDNA hubs drive cooperative intermolecular oncogene expression

scientific article published on 24 November 2021

iDASH: integrating data for analysis, anonymization, and sharing

artículo científico publicado en 2012

The Sequence of the Human Genome

artículo científico publicado en 2001

Dominio Público Uruguay está sostenido por:

Acerca de Dominio Público Uruguay

Ayuda