Filtros de búsqueda

Lista de obras de Jernej Ule

'Oming in on RNA-protein interactions

artículo científico publicado en 2014

'Read-through marking' reveals differential nucleotide composition of read-through and truncated cDNAs in iCLIP

article

3' UTR length and messenger ribonucleoprotein composition determine endocleavage efficiencies at termination codons

artículo científico publicado en 2014

A genetically-encoded crosslinker screen identifies SERBP1 as a PKCε substrate influencing translation and cell division

artículo científico publicado en 2021

A global regulatory mechanism for activating an exon network required for neurogenesis

artículo científico publicado en 2014

A retained intron in the 3'-UTR of Calm3 mRNA mediates its Staufen2- and activity-dependent localization to neuronal dendrites

artículo científico publicado en 2017

A systems view of spliceosomal assembly and branchpoints with iCLIP

A systems view of spliceosomal assembly and branchpoints with iCLIP

scientific article published on 30 September 2019

Aberrant methylation of tRNAs links cellular stress to neuro-developmental disorders

artículo científico publicado en 2014

Aberrant sodium channel activity in the complex seizure disorder of Celf4 mutant mice

artículo científico publicado en 2012

Advances in CLIP Technologies for Studies of Protein-RNA Interactions

artículo científico publicado en 2018

Alternative Splicing Regulatory Networks: Functions, Mechanisms, and Evolution

scientific article published on 01 October 2019

Alu elements: at the crossroads between disease and evolution

artículo científico publicado en 2013

An RNA map predicting Nova-dependent splicing regulation

artículo científico publicado en 2006

Analysis of CLIP and iCLIP methods for nucleotide-resolution studies of protein-RNA interactions

artículo científico publicado en 2012

Analysis of Protein-RNA Interactions with Single-Nucleotide Resolution Using iCLIP and Next-Generation Sequencing

artículo científico publicado en 2012

Analysis of alternative splicing associated with aging and neurodegeneration in the human brain.

artículo científico publicado en 2011

Author Correction: A systems view of spliceosomal assembly and branchpoints with iCLIP

artículo científico publicado en 2020

CDK11 is required for transcription of replication-dependent histone genes

artículo científico publicado en 2020

CELF4 regulates translation and local abundance of a vast set of mRNAs, including genes associated with regulation of synaptic function

artículo científico publicado en 2012

CLIP identifies Nova-regulated RNA networks in the brain

artículo científico publicado en 2003

CLIP: a method for identifying protein-RNA interaction sites in living cells

artículo científico publicado en 2005

CLIP: construction of cDNA libraries for high-throughput sequencing from RNAs cross-linked to proteins in vivo

artículo científico publicado en 2009

CLIPing the brain: Studies of protein–RNA interactions important for neurodegenerative disorders ⬇️

artículo científico publicado el 10 de abril de 2013

CPSF30 and Wdr33 directly bind to AAUAAA in mammalian mRNA 3' processing

artículo científico publicado en 2014

Characterizing the RNA targets and position-dependent splicing regulation by TDP-43.

artículo científico publicado en 2011

Charting DENR-dependent translation reinitiation uncovers predictive uORF features and links to circadian timekeeping via Clock.

artículo científico publicado en 2019

Cholinergic Surveillance over Hippocampal RNA Metabolism and Alzheimer's-Like Pathology

artículo científico publicado en 2016

Cholinergic regulation of striatal Nova mRNAs

artículo científico publicado en 2010

Chromatin-contact atlas reveals disorder-mediated protein interactions and moonlighting chromatin-associated RBPs

artículo científico publicado en 2021

Common molecular pathways mediate long-term potentiation of synaptic excitation and slow synaptic inhibition.

artículo científico publicado en 2005

Control of a neuronal morphology program by an RNA-binding zinc finger protein, Unkempt

artículo científico publicado en 2015

Cross-Regulation between TDP-43 and Paraspeckles Promotes Pluripotency-Differentiation Transition.

artículo científico publicado en 2019

Crosslinking-immunoprecipitation (iCLIP) analysis reveals global regulatory roles of hnRNP L.

artículo científico

Cytotoxic T-cells mediate exercise-induced reductions in tumor growth

artículo científico publicado en 2020

Data Science Issues in Understanding Protein-RNA Interactions

scholarly article published 25 October 2017

Differential Binding of Mitochondrial Transcripts by MRB8170 and MRB4160 Regulates Distinct Editing Fates of Mitochondrial mRNA in Trypanosomes

artículo científico publicado en 2017

Direct competition between hnRNP C and U2AF65 protects the transcriptome from the exonization of Alu elements

artículo científico publicado en 2013

Epiblast morphogenesis is controlled by selective mRNA decay triggered by LIN28A relocation

artículo científico publicado en 2021

Erratum to: Insights into the design and interpretation of iCLIP experiments.

artículo científico publicado en 2017

Evolution of Nova-dependent splicing regulation in the brain

artículo científico publicado en 2007

Exon Junction Complex Shapes the Transcriptome by Repressing Recursive Splicing

artículo científico publicado en 2018

FICC-Seq: a method for enzyme-specified profiling of methyl-5-uridine in cellular RNA

scientific article published on 01 November 2019

Flow: a web platform and open database to analyse, store, curate and share bioinformatics data at scale

artículo científico publicado en 2023

Functional and mechanistic insights from genome-wide studies of splicing regulation in the brain

artículo científico publicado en 2007

Gene regulation via protein–RNA interactions

article

Genomic Accumulation of Retrotransposons Was Facilitated by Repressive RNA-Binding Proteins: A Hypothesis

artículo científico publicado en 2019

HIF-driven SF3B1 induces KHK-C to enforce fructolysis and heart disease.

artículo científico publicado en 2015

HITS-CLIP yields genome-wide insights into brain alternative RNA processing

artículo científico publicado en 2008

Heteromeric RNP Assembly at LINEs Controls Lineage-Specific RNA Processing

artículo científico publicado en 2018

Hexanucleotide repeats in ALS/FTD form length-dependent RNA foci, sequester RNA binding proteins, and are neurotoxic

artículo científico publicado en 2013

High-Resolution RNA Maps Suggest Common Principles of Splicing and Polyadenylation Regulation by TDP-43.

artículo científico publicado en 2017

High-throughput sequencing methods to study neuronal RNA-protein interactions

artículo científico publicado en 2009

Illustrating the Epitranscriptome at Nucleotide Resolution Using Methylation-iCLIP (miCLIP).

artículo científico publicado en 2017

Insights into the design and interpretation of iCLIP experiments

artículo científico publicado en 2017

Integrative analysis of higher-order transcriptome organisation and RNA condensation principles

artículo científico publicado en 2024

Intergenic Alu exonisation facilitates the evolution of tissue-specific transcript ends.

artículo científico publicado en 2015

Intron retention and nuclear loss of SFPQ are molecular hallmarks of ALS.

artículo científico publicado en 2018

Jernej Ule: an RNA runaway success. Interview by Ruth Williams

artículo científico publicado en 2008

Lessons from non-canonical splicing

artículo científico publicado en 2016

MIR-NATs repress MAPT translation and aid proteostasis in neurodegeneration

artículo científico publicado en 2021

Major Shifts in Glial Regional Identity Are a Transcriptional Hallmark of Human Brain Aging

artículo científico publicado en 2017

Matrin3: connecting gene expression with the nuclear matrix

artículo científico publicado en 2016

Metabolic turnover and dynamics of modified ribonucleosides by 13C labeling

artículo científico publicado en 2021

Molecular basis of UG-rich RNA recognition by the human splicing factor TDP-43

artículo científico publicado en 2013

NSun2-mediated cytosine-5 methylation of vault noncoding RNA determines its processing into regulatory small RNAs

artículo científico publicado en 2013

Neuronal Elav-like (Hu) proteins regulate RNA splicing and abundance to control glutamate levels and neuronal excitability

artículo científico publicado en 2012

No way out: when RNA elements promote nuclear retention

scientific article published on 27 February 2018

Nova regulates brain-specific splicing to shape the synapse

artículo científico publicado en 2005

Nuclear matrix protein Matrin3 regulates alternative splicing and forms overlapping regulatory networks with PTB.

artículo científico

Orthogonal matrix factorization enables integrative analysis of multiple RNA binding proteins

artículo científico publicado en 2016

P-TEFb Activation by RBM7 Shapes a Pro-survival Transcriptional Response to Genotoxic Stress

artículo científico publicado en 2019

P-TEFb activation by RBM7 shapes a pro-survival transcriptional response to genotoxic stress

Perturbation of chromatin structure globally affects localization and recruitment of splicing factors

artículo científico publicado en 2012

Poised PABP-RNA hubs implement signal-dependent mRNA decay in development

artículo científico publicado en 2024

Poised PABP-RNA hubs implement signal-dependent mRNA decay in development

artículo científico publicado en 2023

Positioning Europe for the EPITRANSCRIPTOMICS challenge.

artículo científico publicado en 2018

Post-transcriptional remodelling is temporally deregulated during motor neurogenesis in human ALS models

Progressive Motor Neuron Pathology and the Role of Astrocytes in a Human Stem Cell Model of VCP-Related ALS

artículo científico publicado en 2017

Promiscuous RNA binding ensures effective encapsidation of APOBEC3 proteins by HIV-1.

artículo científico publicado en 2015

Psip1/Ledgf p52 binds methylated histone H3K36 and splicing factors and contributes to the regulation of alternative splicing

artículo científico publicado en 2012

RNA binding proteins and the regulation of neuronal synaptic plasticity.

artículo científico publicado en 2006

RNA modifications detection by comparative Nanopore direct RNA sequencing

artículo científico

RNA regulation and modular control of the neuronal synapse

RNA-Binding Protein Musashi1 Is a Central Regulator of Adhesion Pathways in Glioblastoma

artículo científico publicado en 2015

RNAmotifs: prediction of multivalent RNA motifs that control alternative splicing

artículo científico publicado en 2014

Rbfox2-coordinated alternative splicing of Mef2d and Rock2 controls myoblast fusion during myogenesis

artículo científico publicado en 2014

Recursive splicing in long vertebrate genes

artículo científico publicado en 2015

Regulation of alternative splicing by the circadian clock and food related cues

artículo científico publicado en 2012

Regulation of constitutive and alternative mRNA splicing across the human transcriptome by PRPF8 is determined by 5' splice site strength

artículo científico publicado en 2015

Regulation of cyclin-dependent kinase 5 and casein kinase 1 by metabotropic glutamate receptors

artículo científico publicado en 2001

Regulatory feedback from nascent RNA to chromatin and transcription

artículo científico publicado en 2017

Requirement of heterogeneous nuclear ribonucleoprotein C for BRCA gene expression and homologous recombination

artículo científico publicado en 2013

Ribonucleoprotein complexes in neurologic diseases

artículo científico publicado en 2008

SRSF3 maintains transcriptome integrity in oocytes by regulation of alternative splicing and transposable elements.

artículo científico publicado en 2018

Selective inhibition of microRNA accessibility by RBM38 is required for p53 activity

artículo científico publicado en 2011

Sixty years of genome biology

artículo científico publicado en 2013

Splicing changes in SMA mouse motoneurons and SMN-depleted neuroblastoma cells: evidence for involvement of splicing regulatory proteins

artículo científico publicado en 2014

Splicing repression allows the gradual emergence of new Alu-exons in primate evolution

artículo científico publicado en 2016

TDP-43 loss and ALS-risk SNPs drive mis-splicing and depletion of UNC13A

artículo científico publicado en 2022

TDP-43 regulates its mRNA levels through a negative feedback loop

artículo científico publicado en 2010

The Cyclin K/Cdk12 complex maintains genomic stability via regulation of expression of DNA damage response genes

artículo científico publicado en 2011

The Future of Cross-Linking and Immunoprecipitation (CLIP)

scientific article published on 01 August 2018

The Neuronal Splicing Factor Nova Co-Localizes with Target RNAs in the Dendrite

artículo científico publicado en 2010

The RNA-binding landscapes of two SR proteins reveal unique functions and binding to diverse RNA classes.

artículo científico publicado en 2012

The RNA-binding protein HuR is essential for the B cell antibody response.

artículo científico publicado en 2015

The RNA-binding protein Rrm4 is essential for efficient secretion of endochitinase Cts1

artículo científico publicado en 2011

The SMAD2/3 interactome reveals that TGFβ controls m6A mRNA methylation in pluripotency

artículo científico publicado en 2018

The Transcriptome-wide Landscape and Modalities of EJC Binding in Adult Drosophila

artículo científico publicado en 2019

The alternative splicing program of differentiated smooth muscle cells involves concerted non-productive splicing of post-transcriptional regulators

artículo científico publicado en 2016

The coilin interactome identifies hundreds of small noncoding RNAs that traffic through Cajal bodies

artículo científico publicado en 2014

The greatest catch: big game fishing for mRNA-bound proteins ⬇️

artículo científico publicado el 17 de julio de 2012

The interaction of PRC2 with RNA or chromatin is mutually antagonistic

artículo científico publicado en 2016

The key protein of endosomal mRNP transport Rrm4 binds translational landmark sites of cargo mRNAs

artículo científico publicado en 2018

The origin of neural microexons

scientific article published on 01 April 2019

The transcriptome-wide landscape and modalities of EJC binding in adult Drosophila

Tia1 dependent regulation of mRNA subcellular location and translation controls p53 expression in B cells.

artículo científico publicado en 2017

Transcript-specific characteristics determine the contribution of endo- and exonucleolytic decay pathways during the degradation of nonsense-mediated decay substrates

artículo científico publicado en 2017

U1A is a positive regulator of the expression of heterologous and cellular genes involved in cell proliferation and migration

artículo científico publicado en 2022

Ultraplex: A rapid, flexible, all-in-one fastq demultiplexer

artículo científico publicado en 2021

Understanding splicing regulation through RNA splicing maps

artículo científico publicado en 2011

Using hiCLIP to identify RNA duplexes that interact with a specific RNA-binding protein.

artículo científico publicado en 2017

Using human pluripotent stem cells to study post-transcriptional mechanisms of neurodegenerative diseases

artículo científico

What, where, and when: the importance of post-transcriptional regulation in the brain

artículo científico publicado en 2013

Widespread FUS mislocalization is a molecular hallmark of amyotrophic lateral sclerosis

scientific article published on 01 September 2019

Widespread binding of FUS along nascent RNA regulates alternative splicing in the brain

artículo científico publicado en 2012

hiCLIP reveals the in vivo atlas of mRNA secondary structures recognized by Staufen 1.

artículo científico publicado en 2015

iCLIP identifies novel roles for SAFB1 in regulating RNA processing and neuronal function

artículo científico publicado en 2015

iCLIP predicts the dual splicing effects of TIA-RNA interactions.

artículo científico publicado en 2010

iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution

artículo científico publicado en 2010

iCLIP--transcriptome-wide mapping of protein-RNA interactions with individual nucleotide resolution.

artículo científico publicado en 2011

iCLIP: protein-RNA interactions at nucleotide resolution

artículo científico publicado en 2014

psiCLIP reveals dynamic RNA binding by DEAH-box helicases before and after exon ligation

artículo científico publicado en 2021

Dominio Público Uruguay está sostenido por:

Acerca de Dominio Público Uruguay

Ayuda