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Lista de obras de Mark A. Ragan

A fine-scale dissection of the DNA double-strand break repair machinery and its implications for breast cancer therapy

artículo científico publicado en 2014

A genomic survey of the fish parasite Spironucleus salmonicida indicates genomic plasticity among diplomonads and significant lateral gene transfer in eukaryote genome evolution

artículo científico publicado en 2007

A genomic view of the reef-building coral Porites lutea and its microbial symbionts

artículo científico publicado en 2019

A hybrid clustering approach to recognition of protein families in 114 microbial genomes

artículo científico publicado en 2004

A molecular phylogeny of the marine red algae (Rhodophyta) based on the nuclear small-subunit rRNA gene.

artículo científico publicado en 1994

A new species of Burkholderia isolated from sugarcane roots promotes plant growth

artículo científico publicado en 2013

A novel alignment-free method for detection of lateral genetic transfer based on TF-IDF.

artículo científico publicado en 2016

A novel heuristic for local multiple alignment of interspersed DNA repeats

artículo científico publicado en 2009

A semantic web ontology for small molecules and their biological targets

artículo científico publicado en 2010

A visual framework for sequence analysis using n-grams and spectral rearrangement

artículo científico publicado en 2010

A word-oriented approach to alignment validation

artículo científico

Advanced computing for systems biology.

artículo científico publicado en 2006

Alignment-free microbial phylogenomics under scenarios of sequence divergence, genome rearrangement and lateral genetic transfer

artículo científico publicado en 2016

Annotated genes and nonannotated genomes: cross-species use of Gene Ontology in ecology and evolution research

artículo científico

Are Ichthyosporea animals or fungi? Bayesian phylogenetic analysis of elongation factor 1α of Ichthyophonus irregularis

article

Are protein domains modules of lateral genetic transfer?

artículo científico publicado en 2009

Are rRNA sequence comparisons the Rosetta stone of phylogenetics?

artículo científico publicado en 1986

Automatic selection of reference taxa for protein-protein interaction prediction with phylogenetic profiling

artículo científico publicado en 2012

Automatic, context-specific generation of Gene Ontology slims

artículo científico publicado en 2010

Bayesian and maximum likelihood phylogenetic analyses of protein sequence data under relative branch-length differences and model violation

artículo científico publicado en 2005

Biological Intuition in Alignment-Free Methods: Response to Posada

article

Breast cancer classification: linking molecular mechanisms to disease prognosis

artículo científico publicado en 2014

Characterization of a galactose-1-phosphate uridylyltransferase gene from the marine red alga Gracilaria gracilis

artículo científico publicado en 1998

Characterization of the nuclear gene encoding mitochondrial aconitase in the marine red alga Gracilaria verrucosa.

artículo científico publicado en 1995

Characterization of the polyubiquitin gene in the marine red alga Gracilaria verrucosa

artículo científico publicado en 1995

Characterizing cancer subtypes as attractors of Hopfield networks

artículo científico publicado en 2014

Chelation of divalent metal ions by brown algal polyphenols

article published in 1979

Chytridiomycosis causes amphibian mortality associated with population declines in the rain forests of Australia and Central America

artículo científico publicado en 1998

Cloning and characterization of a nuclear gene encoding a starch-branching enzyme from the marine red alga Gracilaria gracilis

artículo científico publicado en 1998

Cloning and characterization of the nuclear gene and cDNAs for triosephosphate isomerase of the marine red alga Gracilaria verrucosa

artículo científico publicado en 1995

Cloning and characterization of the nuclear gene encoding plastid glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from the marine red alga Gracilaria verrucosa

artículo científico publicado en 1994

Clustering evolving proteins into homologous families

artículo científico publicado en 2013

Completing the sequence of the Sulfolobus solfataricus P2 genome

artículo científico publicado en 1998

Complex-based analysis of dysregulated cellular processes in cancer

artículo científico publicado en 2014

Constructing multigenome views of whole microbial genomes.

artículo científico publicado en 1998

Crosstalk between sugarcane and a plant-growth promoting Burkholderia species

artículo científico publicado en 2016

Detecting lateral genetic transfer : a phylogenetic approach.

artículo científico publicado en 2008

Detecting recombination in evolving nucleotide sequences

artículo científico publicado en 2006

Detection of lateral gene transfer among microbial genomes.

artículo científico publicado en 2001

Distributional profiles of homologous open reading frames among bacterial phyla: implications for vertical and lateral transmission

artículo científico publicado en 2002

Do different surrogate methods detect lateral genetic transfer events of different relative ages?

artículo científico publicado en 2005

Dynamics of genome rearrangement in bacterial populations

artículo científico publicado en 2008

Erratum: Visualization of image data from cells to organisms

scholarly article by Thomas Walter et al published June 2010 in Nature Methods

Evolution and Controllability of Cancer Networks: A Boolean Perspective

artículo científico publicado en 2014

Evolution of gene function and regulatory control after whole-genome duplication: comparative analyses in vertebrates.

scientific article published on 13 May 2009

Evolutionary Dynamics of Small RNAs in 27 Escherichia coli and Shigella Genomes ⬇️

artículo científico publicado el 4 de enero de 2012

Exploring lateral genetic transfer among microbial genomes using TF-IDF.

artículo científico publicado en 2016

Extracting reaction networks from databases-opening Pandora's box.

artículo científico publicado en 2013

Functional implications of the emergence of alternative splicing in hnRNP A/B transcripts

artículo científico publicado en 2010

Gene Ontology-driven inference of protein-protein interactions using inducers

artículo científico publicado en 2011

Gene regulatory network inference: evaluation and application to ovarian cancer allows the prioritization of drug targets ⬇️

artículo científico publicado el 1 de mayo de 2012

Genome-scale computational biology and bioinformatics in Australia

artículo científico publicado en 2008

Genomic signatures in the coral holobiont reveal host adaptations driven by Holocene climate change and reef specific symbionts

artículo científico publicado en 2020

INsPeCT: INtegrative Platform for Cancer Transcriptomics.

scientific article published on 12 March 2014

Identification of human haploinsufficient genes and their genomic proximity to segmental duplications

artículo científico publicado en 2008

Illoura: a software tool for analysis, visualization and semantic querying of cellular and other spatial biological data

artículo científico publicado en 2009

Inferring phylogenies of evolving sequences without multiple sequence alignment.

artículo científico publicado en 2014

Inferring synthetic lethal interactions from mutual exclusivity of genetic events in cancer.

artículo científico publicado en 2015

Information Integration in Molecular Bioscience

Integrating Multi-omics Data to Dissect Mechanisms of DNA repair Dysregulation in Breast Cancer

artículo científico publicado en 2016

Introducing BASE: the Biomes of Australian Soil Environments soil microbial diversity database

artículo científico publicado en 2016

Is multiple-sequence alignment required for accurate inference of phylogeny?

artículo científico publicado en 2007

Lateral Transfer of Genes and Gene Fragments in Staphylococcus Extends beyond Mobile Elements ⬇️

artículo científico publicado el 27 de mayo de 2011

Lateral genetic transfer and the construction of genetic exchange communities

artículo científico publicado en 2011

Lateral genetic transfer: open issues

artículo científico publicado en 2009

Lateral transfer of genes and gene fragments in prokaryotes

artículo científico publicado en 2009

MACHOS: Markov clusters of homologous subsequences

artículo científico publicado en 2008

Matrix representation in reconstructing phylogenetic relationships among the eukaryotes

artículo científico publicado en 1992

Microbial phylogenomics: Branching out

scientific article published in Nature

Mineralocorticoid receptors: evolutionary and pathophysiological considerations

artículo científico publicado en 2011

Molecular epidemiology of clinical Cryptococcus neoformans strains from India

artículo científico publicado en 2005

Molecular phylogenetics before sequences: oligonucleotide catalogs as k-mer spectra

artículo científico publicado en 2014

Morphological stasis masks ecologically divergent coral species on tropical reefs

artículo científico publicado en 2021

Next-generation phylogenomics ⬇️

artículo científico publicado el 22 de enero de 2013

Nitrogen fertilizer dose alters fungal communities in sugarcane soil and rhizosphere

artículo científico publicado en 2015

Nucleotide sequences of 18S ribosomal RNA genes from the red algae Gracilaria tikvahiae McLachlan, Gracilaria verrucosa (Hudson) Papenfuss and Gracilariopsis sp

artículo científico publicado en 1990

Organizational characteristics and information content of an archaeal genome: 156 kb of sequence from Sulfolobus solfataricus P2.

artículo científico publicado en 1996

Paired-ion reversed-phase high-performance liquid chromatography of phenol sulfates in synthetic mixtures, algas extracts and urine

artículo científico publicado en 1979

Personalised pathway analysis reveals association between DNA repair pathway dysregulation and chromosomal instability in sporadic breast cancer.

artículo científico

PhySortR: a fast, flexible tool for sorting phylogenetic trees in R.

artículo científico publicado en 2016

Phylogenetic inference based on matrix representation of trees

artículo científico publicado en 1992

Phylogeny rather than ecology or lifestyle biases the construction of Escherichia coli-Shigella genetic exchange communities.

artículo científico publicado en 2012

Protein contact prediction using patterns of correlation

artículo científico publicado en 2004

Protein-protein interaction as a predictor of subcellular location

artículo científico publicado en 2009

Protistan parasite QPX of hard-shell clam Mercenaria mercenaria is a member of Labyrinthulomycota

artículo científico publicado en 2000

Quantitative Prediction of miRNA-mRNA Interaction Based on Equilibrium Concentrations ⬇️

artículo científico publicado el 24 de febrero de 2011

RMaNI: Regulatory Module Network Inference framework

artículo científico publicado en 2013

Recapitulating phylogenies using k-mers: from trees to networks

artículo científico publicado en 2016

Research resource: nuclear receptors as transcriptome: discriminant and prognostic value in breast cancer

artículo científico publicado en 2013

Rewiring the dynamic interactome

artículo científico publicado en 2012

Ribosomal RNA and the major lines of evolution: a perspective

artículo científico publicado en 1988

Sampling phylogenetic tree space with the generalized Gibbs sampler

artículo científico publicado en 2005

Scaling Up the Phylogenetic Detection of Lateral Gene Transfer Events.

artículo científico publicado en 2017

Searching for convergence in phylogenetic Markov chain Monte Carlo

artículo científico publicado en 2006

Seevolution: visualizing chromosome evolution

artículo científico publicado en 2009

Supervised, semi-supervised and unsupervised inference of gene regulatory networks.

artículo científico publicado en 2013

Systematic tracking of dysregulated modules identifies novel genes in cancer

artículo científico publicado en 2013

The Sulfolobus solfataricus P2 genome project.

artículo científico publicado en 1996

The core root microbiome of sugarcanes cultivated under varying nitrogen fertilizer application

artículo científico publicado en 2015

The lobster parasite Anophryoides haemophila (Scuticociliatida: Orchitophryidae): nuclear 18S rDNA sequence, phylogeny and detection using oligonucleotide primers

artículo científico publicado en 1996

The mammalian PYHIN gene family: phylogeny, evolution and expression

artículo científico publicado en 2012

The metastasis suppressor RARRES3 as an endogenous inhibitor of the immunoproteasome expression in breast cancer cells

artículo científico publicado en 2017

The nuclear gene and cDNAs encoding cytosolic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from the marine red alga Gracilaria verrucosa: cloning, characterization and phylogenetic analysis

artículo científico

The transcriptomic response of the coral Acropora digitifera to a competent Symbiodinium strain: the symbiosome as an arrested early phagosome.

artículo científico publicado en 2016

The use of concept maps during knowledge elicitation in ontology development processes--the nutrigenomics use case

artículo científico publicado en 2006

Towards the mammalian interactome: Inference of a core mammalian interaction set in mouse

artículo científico publicado en 2009

Transcriptome-wide prediction of miRNA targets in human and mouse using FASTH.

artículo científico publicado en 2009

Trees and networks before and after Darwin

artículo científico publicado en 2009

Understanding cellular function and disease with comparative pathway analysis

artículo científico publicado en 2013

Understanding the functional impact of copy number alterations in breast cancer using a network modeling approach

artículo científico publicado en 2016

Untangling hybrid phylogenetic signals: horizontal gene transfer and artifacts of phylogenetic reconstruction

artículo científico publicado en 2009

Visualization of image data from cells to organisms

artículo científico publicado en 2010

Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium

artículo científico publicado en 2019

Within-species lateral genetic transfer and the evolution of transcriptional regulation in Escherichia coli and Shigella.

artículo científico publicado en 2011

Workflows in bioinformatics: meta-analysis and prototype implementation of a workflow generator

artículo científico publicado en 2005

Yeast rises to the occasion ⬇️

artículo científico publicado el 18 de junio de 2013

cDNA cloning and characterization of the nuclear gene encoding chloroplast glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from the marine red alga Gracilaria verrucosa

artículo científico publicado en 1993

k-mer Similarity, Networks of Microbial Genomes, and Taxonomic Rank

scientific article published on 20 November 2018

mCOPA: analysis of heterogeneous features in cancer expression data

artículo científico publicado en 2012

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