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Lista de obras de Thomas Rattei

A Bioinformatics Guide to Plant Microbiome Analysis

artículo científico publicado en 2019

A Nitrospira metagenome illuminates the physiology and evolution of globally important nitrite-oxidizing bacteria

artículo científico publicado en 2010

A comparative metagenome survey of the fecal microbiota of a breast- and a plant-fed Asian elephant reveals an unexpectedly high diversity of glycoside hydrolase family enzymes

artículo científico publicado en 2014

A distinct microbiota composition is associated with protection from food allergy in an oral mouse immunization model

artículo científico publicado en 2016

A promiscuous beta-glucosidase is involved in benzoxazinoid deglycosylation in Lamium galeobdolon

scientific article published on 15 October 2018

A proteotranscriptomic study of silk-producing glands from the orb-weaving spiders

scientific article published on 01 August 2019

A viability-linked metagenomic analysis of cleanroom environments: eukarya, prokaryotes, and viruses

artículo científico publicado en 2015

Antiviral immune response reveals host-specific virus infections in natural ant populations

artículo científico publicado en 2023

Asian horses deepen the MSY phylogeny

artículo científico publicado en 2018

Assessment of urban microbiome assemblies with the help of targeted in silico gold standards

scientific article published on 12 October 2018

B2G-FAR, a species-centered GO annotation repository

artículo científico publicado en 2011

Bacteriocyte-associated gammaproteobacterial symbionts of the Adelges nordmannianae/piceae complex (Hemiptera: Adelgidae)

artículo científico publicado en 2011

Beyond the 'best' match: machine learning annotation of protein sequences by integration of different sources of information.

artículo científico publicado en 2008

Biology of a widespread uncultivated archaeon that contributes to carbon fixation in the subsurface

artículo científico publicado en 2014

Cellulose as an extracellular matrix component present in Enterobacter sakazakii biofilms.

artículo científico publicado en 2008

Challenges in RNA virus bioinformatics

artículo científico

Characterization of 19 new microsatellite loci for the Omani barb Garra barreimiae from 454 sequences

artículo científico publicado en 2014

Characterization of a community-acquired-MRSA USA300 isolate from a river sample in Austria and whole genome sequence based comparison to a diverse collection of USA300 isolates.

artículo científico publicado en 2018

Characterization of a thaumarchaeal symbiont that drives incomplete nitrification in the tropical sponge Ianthella basta

artículo científico publicado en 2019

Cloning and characterization of Enterobacter sakazakii pigment genes and in situ spectroscopic analysis of the pigment.

artículo científico publicado en 2006

Combined genomic and proteomic approaches identify gene clusters involved in anaerobic 2-methylnaphthalene degradation in the sulfate-reducing enrichment culture N47.

artículo científico publicado en 2010

Comparative analysis of benzoxazinoid biosynthesis in monocots and dicots: independent recruitment of stabilization and activation functions

artículo científico publicado en 2012

Complete Genome Sequence of Listeria monocytogenes LL195, a Serotype 4b Strain from the 1983-1987 Listeriosis Epidemic in Switzerland

artículo científico publicado en 2013

Complete Genome Sequence of Listeria monocytogenes Lm60, a Strain with an Enhanced Cold Adaptation Capacity

artículo científico publicado en 2014

Complete genome sequence of Cronobacter turicensis LMG 23827, a food-borne pathogen causing deaths in neonates

artículo científico publicado en 2011

Complete genome sequences of Desulfosporosinus orientis DSM765T, Desulfosporosinus youngiae DSM17734T, Desulfosporosinus meridiei DSM13257T, and Desulfosporosinus acidiphilus DSM22704T

artículo científico publicado en 2012

Complete nitrification by Nitrospira bacteria

artículo científico publicado en 2015

Comprehensive Identification of Meningococcal Genes and Small Noncoding RNAs Required for Host Cell Colonization

artículo científico publicado en 2016

Comprehensive in silico prediction and analysis of chlamydial outer membrane proteins reflects evolution and life style of the Chlamydiae

artículo científico publicado en 2009

ConsPred: a rule-based (re-)annotation framework for prokaryotic genomes

artículo científico publicado en 2016

Conserved Secondary Structures in Viral mRNAs.

artículo científico publicado en 2019

Coral-associated viral communities show high levels of diversity and host auxiliary functions

artículo científico publicado en 2017

Correction: Sequence-Based Prediction of Type III Secreted Proteins.

artículo científico publicado en 2009

Corrigendum: Minimum information about a single amplified genome (MISAG) and a metagenome-assembled genome (MIMAG) of bacteria and archaea

artículo científico publicado en 2018

Corrigendum: Minimum information about a single amplified genome (MISAG) and a metagenome-assembled genome (MIMAG) of bacteria and archaea

article

Critical Assessment of Metagenome Interpretation − a benchmark of computational metagenomics software

article

Critical Assessment of Metagenome Interpretation-a benchmark of metagenomics software.

artículo científico publicado en 2017

DNA-foraging bacteria in the seafloor

Deciphering the evolution and metabolism of an anammox bacterium from a community genome

artículo científico publicado en 2006

Deep metagenome and metatranscriptome analyses of microbial communities affiliated with an industrial biogas fermenter, a cow rumen, and elephant feces reveal major differences in carbohydrate hydrolysis strategies

artículo científico publicado en 2016

Deep sequencing reveals exceptional diversity and modes of transmission for bacterial sponge symbionts

artículo científico publicado en 2009

DeepNOG: Fast and accurate protein orthologous group assignment

artículo científico publicado en 2020

Distinct gene set in two different lineages of ammonia-oxidizing archaea supports the phylum Thaumarchaeota

artículo científico publicado en 2010

Distinct signatures of host-microbial meta-metabolome and gut microbiome in two C57BL/6 strains under high-fat diet

artículo científico publicado en 2014

Draft Genome Sequence of the Growth-Promoting Endophyte Paenibacillus sp. P22, Isolated from Populus

artículo científico publicado en 2014

Draft genome sequence of Lactobacillus casei W56.

artículo científico publicado en 2012

Effective--a database of predicted secreted bacterial proteins

artículo científico publicado en 2011

EffectiveDB--updates and novel features for a better annotation of bacterial secreted proteins and Type III, IV, VI secretion systems

artículo científico publicado en 2015

Effects of season and experimental warming on the bacterial community in a temperate mountain forest soil assessed by 16S rRNA gene pyrosequencing

artículo científico publicado en 2012

Exploring Actinobacteria Associated With Rhizosphere and Endosphere of the Native Alpine Medicinal Plant Leontopodium nivale Subspecies alpinum

scientific article published on 08 November 2019

Functional Seasonality of Free-Living and Particle-Associated Prokaryotic Communities in the Coastal Adriatic Sea

artículo científico publicado en 2020

Functional analysis of the finO distal region of plasmid R1.

artículo científico publicado en 2010

Functionally relevant diversity of closely related Nitrospira in activated sludge.

artículo científico publicado en 2014

Genetic diversity of the obligate intracellular bacterium Chlamydophila pneumoniae by genome-wide analysis of single nucleotide polymorphisms: evidence for highly clonal population structure

artículo científico publicado en 2007

Genome of Acanthamoeba castellanii highlights extensive lateral gene transfer and early evolution of tyrosine kinase signaling

artículo científico publicado en 2013

Genome sequencing and analysis of the model grass Brachypodium distachyon

artículo científico publicado en 2010

Genome sequencing of Chlamydia trachomatis serovars E and F reveals substantial genetic variation

artículo científico publicado en 2017

Genomic factors related to tissue tropism in Chlamydia pneumoniae infection

artículo científico publicado en 2015

Genomic insights into diverse bacterial taxa that degrade extracellular DNA in marine sediments

artículo científico publicado en 2021

Genomic insights into the Acidobacteria reveal strategies for their success in terrestrial environments

artículo científico publicado en 2018

Genomic insights into the metabolic potential of the polycyclic aromatic hydrocarbon degrading sulfate-reducing Deltaproteobacterium N47.

artículo científico publicado en 2010

Genotyping of evolving prokaryotic populations

Genotyping of evolving prokaryotic populations

Gepard: a rapid and sensitive tool for creating dotplots on genome scale.

artículo científico publicado en 2007

Great Cause-Small Effect: Undeclared Genetically Engineered Orange Petunias Harbor an Inefficient Dihydroflavonol 4-Reductase.

artículo científico publicado en 2018

Growth of Chlamydia pneumoniae Is Enhanced in Cells with Impaired Mitochondrial Function

artículo científico publicado en 2017

Hallstatt miners consumed blue cheese and beer during the Iron Age and retained a non-Westernized gut microbiome until the Baroque period

artículo científico publicado en 2021

Helicobacter pylori in ancient human remains

artículo científico publicado en 2019

High definition for systems biology of microbial communities: metagenomics gets genome-centric and strain-resolved

artículo científico publicado en 2016

Highly variable mRNA half-life time within marine bacterial taxa and functional genes

artículo científico publicado en 2019

HoloVir: A Workflow for Investigating the Diversity and Function of Viruses in Invertebrate Holobionts

artículo científico publicado en 2016

Identification of enzymes involved in anaerobic benzene degradation by a strictly anaerobic iron-reducing enrichment culture

artículo científico publicado en 2010

Illuminating the Evolutionary History of Chlamydiae

artículo científico publicado en 2004

Impact of natural genetic variation on the transcriptome of autotetraploid Arabidopsis thaliana

artículo científico publicado en 2010

In vitro inhibition activity of different bacteriocin-producing Escherichia coli against Salmonella strains isolated from clinical cases

artículo científico publicado en 2009

Independent evolution of the core domain and its flanking sequences in small heat shock proteins

scientific article published on 25 May 2010

Insecticidal Toxicity of Involves the Novel Enterotoxin YacT

article

Integrating metagenomic and amplicon databases to resolve the phylogenetic and ecological diversity of the Chlamydiae

artículo científico publicado en 2013

Internalization of Pseudomonas aeruginosa Strain PAO1 into Epithelial Cells Is Promoted by Interaction of a T6SS Effector with the Microtubule Network

artículo científico publicado en 2015

Interplay between gut microbiota metabolism and inflammation in HIV infection

article

Learning From Limited Data: Towards Best Practice Techniques for Antimicrobial Resistance Prediction From Whole Genome Sequencing Data

publication published on 15 February 2021

Lifestyle and Horizontal Gene Transfer-Mediated Evolution of Mucispirillum schaedleri, a Core Member of the Murine Gut Microbiota.

artículo científico publicado en 2017

Long-Term Transcriptional Activity at Zero Growth of a Cosmopolitan Rare Biosphere Member

artículo científico publicado en 2019

Long-term transcriptional activity at zero growth by a cosmopolitan rare biosphere member

MIPS: analysis and annotation of genome information in 2007

artículo científico publicado en 2008

MIPS: analysis and annotation of proteins from whole genomes in 2005.

artículo científico publicado en 2006

MIPS: curated databases and comprehensive secondary data resources in 2010

artículo científico publicado en 2011

MScDB: a mass spectrometry-centric protein sequence database for proteomics

artículo científico publicado en 2013

Man-made microbial resistances in built environments

article published in 2019

Massive expansion of Ubiquitination-related gene families within the Chlamydiae

artículo científico publicado en 2014

Metagenomic analysis reveals presence of Treponema denticola in a tissue biopsy of the Iceman

artículo científico publicado en 2014

Metagenomics of Kamchatkan hot spring filaments reveal two new major (hyper)thermophilic lineages related to Thaumarchaeota

artículo científico publicado en 2013

Metatranscriptomics of the marine sponge Geodia barretti: tackling phylogeny and function of its microbial community

artículo científico publicado en 2012

Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome (MIUViG)

artículo científico publicado en 2018

Minimum information about a single amplified genome (MISAG) and a metagenome-assembled genome (MIMAG) of bacteria and archaea.

artículo científico publicado en 2017

Modification of the in vitro release profile of Cetrorelix by complexation with biophilic partners

artículo científico publicado en 2008

Molecular causes of an evolutionary shift along the parasitism-mutualism continuum in a bacterial symbiont

artículo científico publicado en 2020

Molecular characterization of the alpha-glucosidase activity in Enterobacter sakazakii reveals the presence of a putative gene cluster for palatinose metabolism.

artículo científico publicado en 2006

Molecular recognition determinants for type IV secretion of diverse families of conjugative relaxases.

artículo científico publicado en 2010

NVT: a fast and simple tool for the assessment of RNA-seq normalization strategies

artículo científico publicado en 2016

Novel taxa of Acidobacteriota implicated in seafloor sulfur cycling

artículo científico publicado en 2021

NxrB encoding the beta subunit of nitrite oxidoreductase as functional and phylogenetic marker for nitrite-oxidizing Nitrospira.

artículo científico publicado en 2013

PEDANT covers all complete RefSeq genomes

scientific article published on 21 October 2008

Peatland Acidobacteria with a dissimilatory sulfur metabolism

artículo científico publicado en 2018

Peatland Acidobacteria with a dissimilatory sulfur metabolism

article published in 2017

Peripheral blood vessels are a niche for blood-borne meningococci.

artículo científico publicado en 2017

Phage morphology recapitulates phylogeny: the comparative genomics of a new group of myoviruses

artículo científico publicado en 2012

Phenotypic and transcriptomic analyses of Sigma L-dependent characteristics in Listeria monocytogenes EGD-e.

artículo científico publicado en 2012

Phylogenetic and environmental diversity of DsrAB-type dissimilatory (bi)sulfite reductases

artículo científico publicado en 2014

Plasmid DNA contaminant in molecular reagents

artículo científico publicado en 2019

Prebiotic Effects of Partially Hydrolyzed Guar Gum on the Composition and Function of the Human Microbiota-Results from the PAGODA Trial

scientific article published on 28 April 2020

Prediction of microbial phenotypes based on comparative genomics.

artículo científico publicado en 2015

Proteome Changes Paralleling the Olfactory Conditioning in the Forager Honey Bee and Provision of a Brain Proteomics Dataset

artículo científico publicado en 2019

Questioning the fetal microbiome illustrates pitfalls of low-biomass microbial studies

artículo científico publicado en 2023

Recombination drives evolution of the Clostridium difficile 16S-23S rRNA intergenic spacer region

artículo científico publicado en 2014

Reef invertebrate viromics: diversity, host specificity and functional capacity.

artículo científico publicado en 2018

Revealing the venomous secrets of the spider's web

artículo científico publicado en 2020

SIMAP--a comprehensive database of pre-calculated protein sequence similarities, domains, annotations and clusters

artículo científico publicado en 2009

SIMAP--structuring the network of protein similarities

artículo científico publicado en 2007

SIMAP--the database of all-against-all protein sequence similarities and annotations with new interfaces and increased coverage

artículo científico publicado en 2013

SIMAP--the similarity matrix of proteins.

artículo científico publicado en 2005

SIMAP: the similarity matrix of proteins

artículo científico publicado en 2006

Sequence-based prediction of type III secreted proteins

artículo científico publicado en 2009

Shotgun sequencing of Yersinia enterocolitica strain W22703 (biotype 2, serotype O:9): genomic evidence for oscillation between invertebrates and mammals

artículo científico publicado en 2011

Signature protein of the PVC superphylum

artículo científico publicado en 2014

Sulfonolipids as novel metabolite markers of Alistipes and Odoribacter affected by high-fat diets

artículo científico publicado en 2017

Sulfoquinovose is a select nutrient of prominent bacteria and a source of hydrogen sulfide in the human gut

artículo científico publicado en 2021

Tamock: simulation of habitat-specific benchmark data in metagenomics

artículo científico publicado en 2021

Targeting effectors: the molecular recognition of Type III secreted proteins

artículo científico publicado en 2010

The 5300-year-old Helicobacter pylori genome of the Iceman

artículo científico publicado en 2016

The Genetic Transformation of Chlamydia pneumoniae

article

The Genome of Nitrospina gracilis Illuminates the Metabolism and Evolution of the Major Marine Nitrite Oxidizer

artículo científico publicado en 2013

The Genome of the Amoeba Symbiont "Candidatus Amoebophilus asiaticus" Reveals Common Mechanisms for Host Cell Interaction among Amoeba-Associated Bacteria

artículo científico publicado en 2009

The Iceman's Last Meal Consisted of Fat, Wild Meat, and Cereals

article

The Intraperitoneal Transcriptome of the Opportunistic Pathogen Enterococcus faecalis in Mice

artículo científico publicado en 2015

The Mouse Functional Genome Database (MfunGD): functional annotation of proteins in the light of their cellular context

artículo científico publicado en 2006

The Negatome database: a reference set of non-interacting protein pairs

artículo científico publicado en 2009

The Prevotella copri Complex Comprises Four Distinct Clades Underrepresented in Westernized Populations

scientific article published on 10 October 2019

The dynamic genome of Hydra

artículo científico publicado en 2010

The evolutionary dynamics of protein-protein interaction networks inferred from the reconstruction of ancient networks

artículo científico publicado en 2013

The genome of Desulfotalea psychrophila, a sulfate-reducing bacterium from permanently cold Arctic sediments

artículo científico publicado en 2004

The genome of the ammonia-oxidizing Candidatus Nitrososphaera gargensis: insights into metabolic versatility and environmental adaptations.

artículo científico publicado en 2012

The genome of the obligate intracellular parasite Trachipleistophora hominis: new insights into microsporidian genome dynamics and reductive evolution

artículo científico publicado en 2012

The genomes of closely related Pantoea ananatis maize seed endophytes having different effects on the host plant differ in secretion system genes and mobile genetic elements

artículo científico publicado en 2015

The horse Y chromosome as an informative marker for tracing sire lines

artículo científico publicado en 2019

The morphology, systematic position and inferred biology of Spirematospermum — An extinct genus of Zingiberales

Thermal stress modifies the marine sponge virome

scientific article published on 28 July 2019

Transcriptome Profiling of the Endophyte Burkholderia phytofirmans PsJN Indicates Sensing of the Plant Environment and Drought Stress

artículo científico publicado en 2015

Transcriptomic and Proteomic Analysis of Arion vulgaris--Proteins for Probably Successful Survival Strategies? ⬇️

artículo científico publicado en 2016

Ultra deep sequencing of Listeria monocytogenes sRNA transcriptome revealed new antisense RNAs

artículo científico publicado en 2014

Unity in variety--the pan-genome of the Chlamydiae

artículo científico publicado en 2011

Unraveling the microbial processes of black band disease in corals through integrated genomics

artículo científico publicado en 2017

VOGDB—Database of Virus Orthologous Groups

artículo científico publicado en 2024

Variant profiling of evolving prokaryotic populations

artículo científico publicado en 2017

Viral ecogenomics across the Porifera

scientific article published on 02 October 2020

Viruses comprise an extensive pool of mobile genetic elements in eukaryote cell cultures and human clinical samples

artículo científico publicado en 2017

amoA-based consensus phylogeny of ammonia-oxidizing archaea and deep sequencing of amoA genes from soils of four different geographic regions

artículo científico publicado en 2011

eggNOG 4.5: a hierarchical orthology framework with improved functional annotations for eukaryotic, prokaryotic and viral sequences

artículo científico publicado en 2015

eggNOG 5.0: a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated orthology resource based on 5090 organisms and 2502 viruses

artículo científico publicado en 2019

eggNOG v3.0: orthologous groups covering 1133 organisms at 41 different taxonomic ranges

artículo científico publicado en 2012

eggNOG v4.0: nested orthology inference across 3686 organisms

artículo científico publicado en 2013

pH as a Driver for Ammonia-Oxidizing Archaea in Forest Soils

artículo científico publicado en 2014

probeBase--an online resource for rRNA-targeted oligonucleotide probes and primers: new features 2016

artículo científico publicado en 2015

probeCheck--a central resource for evaluating oligonucleotide probe coverage and specificity

artículo científico publicado en 2008

scikit-hubness: Hubness Reduction and Approximate Neighbor Search

artículo científico publicado en 2020

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