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Lista de obras de Teresa M Przytycka

A 2'FY-RNA Motif Defines an Aptamer for Ebolavirus Secreted Protein

artículo científico publicado en 2018

A gene-specific method for predicting hemophilia-causing point mutations

artículo científico publicado en 2013

A protein taxonomy based on secondary structure

artículo científico publicado en 1999

ARG-walker: inference of individual specific strengths of meiotic recombination hotspots by population genomics analysis

artículo científico publicado en 2015

Analysis of F9 point mutations and their correlation to severity of haemophilia B disease

artículo científico publicado en 2012

AptaBlocks: Designing RNA complexes and accelerating RNA-based drug delivery systems

AptaCluster - A Method to Cluster HT-SELEX Aptamer Pools and Lessons from its Application

AptaGUI-A Graphical User Interface for the Efficient Analysis of HT-SELEX Data

artículo científico publicado en 2015

AptaPLEX - A dedicated, multithreaded demultiplexer for HT-SELEX data

artículo científico publicado en 2016

AptaSUITE: A Full-Featured Bioinformatics Framework for the Comprehensive Analysis of Aptamers from HT-SELEX Experiments.

artículo científico publicado en 2018

AptaTRACE Elucidates RNA Sequence-Structure Motifs from Selection Trends in HT-SELEX Experiments

artículo científico publicado en 2016

Aptamer-Drug Conjugates of Active Metabolites of Nucleoside Analogs and Cytotoxic Agents Inhibit Pancreatic Tumor Cell Growth

artículo científico publicado en 2016

Author Correction: Reprogramming of regulatory network using expression uncovers sex-specific gene regulation in Drosophila

artículo científico publicado en 2019

BeWith: A Between-Within method to discover relationships between cancer modules via integrated analysis of mutual exclusivity, co-occurrence and functional interactions

artículo científico publicado en 2017

Bioinformatics pipeline using JUDI: Just Do It!

artículo científico publicado en 2019

Bridging the Gap between Genotype and Phenotype via Network Approaches ⬇️

artículo científico publicado el 31 de mayo de 2013

COCO-CL: hierarchical clustering of homology relations based on evolutionary correlations

artículo científico publicado en 2006

Chapter 5: Network biology approach to complex diseases.

artículo científico publicado en 2012

Characterization of coding synonymous and non-synonymous variants in ADAMTS13 using ex vivo and in silico approaches

artículo científico publicado en 2012

Co-SELECT reveals sequence non-specific contribution of DNA shape to transcription factor binding in vitro

Co-SELECT reveals sequence non-specific contribution of DNA shape to transcription factor binding in vitro

scientific article published on 01 July 2019

Co-evolutionary analysis of domains in interacting proteins reveals insights into domain-domain interactions mediating protein-protein interactions

artículo científico publicado en 2006

Comparative validation of the D. melanogaster modENCODE transcriptome annotation.

artículo científico publicado en 2014

Correction: Teasing Apart Translational and Transcriptional Components of Stochastic Variations in Eukaryotic Gene Expression.

artículo científico publicado en 2012

Correlated evolution of interacting proteins: looking behind the mirrortree

artículo científico publicado en 2008

Correlated rigid modes in protein families.

artículo científico publicado en 2016

Crystal Structures of the Outer Membrane Domain of Intimin and Invasin from Enterohemorrhagic E. coli and Enteropathogenic Y. pseudotuberculosis

artículo científico publicado en 2012

DNA break mapping reveals topoisomerase II activity genome-wide

artículo científico publicado en 2014

DNA copy number evolution in Drosophila cell lines

artículo científico publicado en 2014

Decomposition of overlapping protein complexes: a graph theoretical method for analyzing static and dynamic protein associations

artículo científico publicado en 2006

Detecting presence of mutational signatures in cancer with confidence

artículo científico publicado en 2017

Detecting sequence polymorphisms associated with meiotic recombination hotspots in the human genome

artículo científico publicado en 2010

Differences in evolutionary pressure acting within highly conserved ortholog groups

artículo científico publicado en 2008

Discovering functional linkages and uncharacterized cellular pathways using phylogenetic profile comparisons: a comprehensive assessment

artículo científico publicado en 2007

Dosage-Dependent Expression Variation Suppressed on the Drosophila Male X Chromosome

artículo científico publicado en 2018

Effects of Gene Dose, Chromatin, and Network Topology on Expression in Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2016

Endogenous factor VIII synthesis from the intron 22-inverted F8 locus may modulate the immunogenicity of replacement therapy for hemophilia A

artículo científico publicado en 2013

Epigenetic functions enriched in transcription factors binding to mouse recombination hotspots

artículo científico publicado en 2012

Exploring tumor-normal cross-talk with TranNet: Role of the environment in tumor progression

artículo científico publicado en 2023

Fly Cell Atlas: A single-nucleus transcriptomic atlas of the adult fruit fly

artículo científico publicado en 2022

Fold classification based on secondary structure--how much is gained by including loop topology?

artículo científico publicado en 2006

From hype to reality: data science enabling personalized medicine

artículo científico publicado en 2018

Generalized logical model based on network topology to capture the dynamical trends of cellular signaling pathways

artículo científico publicado en 2016

Genome-wide detection of DNase I hypersensitive sites in single cells and FFPE tissue samples.

artículo científico publicado en 2015

Genomic analysis reveals a tight link between transcription factor dynamics and regulatory network architecture

artículo científico publicado en 2009

Global regulation of promoter melting in naive lymphocytes

artículo científico publicado en 2013

Graph theoretical approach to study eQTL: a case study of Plasmodium falciparum

artículo científico publicado en 2009

Graph theoretical insights into evolution of multidomain proteins

artículo científico publicado en 2006

Guest Editors' Introduction to the Special Section on Bioinformatics Research and Applications

artículo científico publicado en 2011

Hidden Markov Models Lead to Higher Resolution Maps of Mutation Signature Activity in Cancer

Highly Constrained Bicyclic Scaffolds for the Discovery of Protease-Stable Peptides via mRNA Display

artículo científico publicado en 2017

ISMB 2016 Proceedings

artículo científico publicado en 2016

Identification of sequence–structure RNA binding motifs for SELEX-derived aptamers ⬇️

artículo científico publicado el 15 de junio de 2012

Identifying causal genes and dysregulated pathways in complex diseases

artículo científico publicado en 2011

Identifying high-affinity aptamer ligands with defined cross-reactivity using high-throughput guided systematic evolution of ligands by exponential enrichment

artículo científico publicado en 2015

Improving strand pairing prediction through exploring folding cooperativity

scientific article published on October 2008

Influence network model uncovers relations between biological processes and mutational signatures

artículo científico publicado en 2023

Interrogating domain-domain interactions with parsimony based approaches

artículo científico publicado en 2008

LDSplitDB: a database for studies of meiotic recombination hotspots in MHC using human genomic data

artículo científico publicado en 2018

LDsplit: screening for cis-regulatory motifs stimulating meiotic recombination hotspots by analysis of DNA sequence polymorphisms

artículo científico publicado en 2014

Large scale analysis of the mutational landscape in HT-SELEX improves aptamer discovery

artículo científico publicado en 2015

MEMCover: integrated analysis of mutual exclusivity and functional network reveals dysregulated pathways across multiple cancer types

artículo científico publicado en 2015

Mapping DNA Breaks by Next-Generation Sequencing

artículo científico publicado en 2018

Mediation of Drosophila autosomal dosage effects and compensation by network interactions

artículo científico publicado en 2012

Modeling cell heterogeneity: from single-cell variations to mixed cells

artículo científico publicado en 2013

Modeling information flow in biological networks ⬇️

artículo científico publicado el 13 de mayo de 2011

Module cover - a new approach to genotype-phenotype studies.

artículo científico publicado en 2013

NetREX: Network Rewiring using EXpression - Towards Context Specific Regulatory Networks

Network integration meets network dynamics

artículo científico publicado en 2010

Network-based approaches elucidate differences within APOBEC and clock-like signatures in breast cancer

artículo científico publicado en 2020

Permanganate/S1 Nuclease Footprinting Reveals Non-B DNA Structures with Regulatory Potential across a Mammalian Genome

artículo científico publicado en 2017

Phenotypic variation meets systems biology

artículo científico publicado en 2009

Phylogenetic analysis of mitochondrial outer membrane β-barrel channels.

artículo científico publicado en 2011

Physics approaches to protein interactions and gene regulation

artículo científico publicado en 2011

Potential non-B DNA regions in the human genome are associated with higher rates of nucleotide mutation and expression variation

artículo científico publicado en 2014

Predicting domain-domain interactions using a parsimony approach

artículo científico publicado en 2006

Predicting protein domain interactions from coevolution of conserved regions

artículo científico publicado en 2007

Predicting protein-protein interaction by searching evolutionary tree automorphism space

artículo científico publicado en 2005

RNA Polymerase II Regulates Topoisomerase 1 Activity to Favor Efficient Transcription

artículo científico publicado en 2016

Recursive domains in proteins.

artículo científico publicado en 2002

Refining multiple sequence alignments with conserved core regions

artículo científico publicado en 2006

Reprogramming of regulatory network using expression uncovers sex-specific gene regulation in Drosophila

artículo científico publicado en 2018

Scale-free networks versus evolutionary drift

artículo científico publicado en 2004

Secondary structure spatial conformation footprint: a novel method for fast protein structure comparison and classification

artículo científico publicado en 2006

Selection for minimization of translational frameshifting errors as a factor in the evolution of codon usage

artículo científico publicado en 2009

Sensitive measurement of single-nucleotide polymorphism-induced changes of RNA conformation: application to disease studies

artículo científico publicado en 2012

Sex- and tissue-specific functions of Drosophila doublesex transcription factor target genes

artículo científico publicado en 2014

Shapely DNA attracts the right partner

artículo científico publicado en 2015

Significance of conformational biases in Monte Carlo simulations of protein folding: lessons from Metropolis-Hastings approach.

artículo científico publicado en 2004

SimBoolNet--a Cytoscape plugin for dynamic simulation of signaling networks

artículo científico publicado en 2009

Stability of characters and construction of phylogenetic trees

artículo científico publicado en 2007

State of the art: refinement of multiple sequence alignments

artículo científico publicado en 2006

State of the art: refinement of multiple sequence alignments

Structural footprinting in protein structure comparison: the impact of structural fragments.

artículo científico publicado en 2007

Support for the Coelomata clade of animals from a rigorous analysis of the pattern of intron conservation

artículo científico publicado en 2007

Symmetric Epistasis Estimation (SEE) and its application to dissecting interaction map of Plasmodium falciparum

artículo científico publicado en 2012

Systems-biology dissection of eukaryotic cell growth

artículo científico publicado en 2010

Teasing apart translational and transcriptional components of stochastic variations in eukaryotic gene expression

artículo científico publicado en 2012

The crosstalk between EGF, IGF, and Insulin cell signaling pathways--computational and experimental analysis

artículo científico publicado en 2009

The genome-wide distribution of non-B DNA motifs is shaped by operon structure and suggests the transcriptional importance of non-B DNA structures in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2013

Toward the dynamic interactome: it's about time

artículo científico publicado en 2010

Transcription factor networks in Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2014

Transcription-dependent dynamic supercoiling is a short-range genomic force

artículo científico publicado en 2013

Transforming Rooted Agreement into Unrooted Agreement ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 1998

Understanding Genotype-Phenotype Effects in Cancer via Network Approaches

artículo científico publicado en 2016

Unique cost dynamics elucidate the role of frameshifting errors in promoting translational robustness

artículo científico publicado en 2010

Ups and Downs of Poised RNA Polymerase II in B-Cells

artículo científico publicado en 2016

WeSME: uncovering mutual exclusivity of cancer drivers and beyond

artículo científico publicado en 2016

Why do hubs in the yeast protein interaction network tend to be essential: reexamining the connection between the network topology and essentiality

artículo científico publicado en 2008

eQTL Epistasis - Challenges and Computational Approaches

artículo científico publicado en 2013

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