"Megavirales", a proposed new order for eukaryotic nucleocytoplasmic large DNA viruses
artículo científico publicado en 2013
'Conserved hypothetical' proteins: prioritization of targets for experimental study
artículo científico publicado en 2004
2020 taxonomic update for phylum Negarnaviricota (Riboviria: Orthornavirae), including the large orders Bunyavirales and Mononegavirales
artículo científico publicado en 2020
2022 taxonomic update of phylum Negarnaviricota (Riboviria: Orthornavirae), including the large orders Bunyavirales and Mononegavirales
94 Origin and evolution of adaptive immunity systems
artículo científico publicado en 2015
A Comparative Study on the u.v. Resistance of Double-stranded and Single-stranded Encephalomyocarditis Virus RNAs: Evaluation of the Possible Contribution of Host-mediated Repair
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artículo científico publicado el 1 de agosto de 1980
A DNA repair system specific for thermophilic Archaea and bacteria predicted by genomic context analysis
artículo científico publicado en 2002
A Genomic Perspective on Protein Families
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artículo científico publicado el 24 de octubre de 1997
A New Family of DNA Viruses Causing Disease in Crustaceans from Diverse Aquatic Biomes
scientific article published on 14 January 2020
A Novel Flavi-like Virus in Alfalfa (Medicago sativa L.) Crops along the Snake River Valley
A P-loop-like motif in a widespread ATP pyrophosphatase domain: implications for the evolution of sequence motifs and enzyme activity.
artículo científico publicado en 1994
A Reverse Transcriptase-Cas1 Fusion Protein Contains a Cas6 Domain Required for Both CRISPR RNA Biogenesis and RNA Spacer Acquisition
artículo científico publicado en 2018
A bipolar DNA helicase gene, herA, clusters with rad50, mre11 and nurA genes in thermophilic archaea
artículo científico publicado en 2004
A census of α-helical membrane proteins in double-stranded DNA viruses infecting bacteria and archaea
artículo científico publicado en 2015
A colipase fold in the carboxy-terminal domain of the Wnt antagonists – the Dickkopfs
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artículo científico publicado el 2 de julio de 1998
A common framework for understanding the origin of genetic dominance and evolutionary fates of gene duplications
artículo científico publicado en 2004
A common set of conserved motifs in a vast variety of putative nucleic acid-dependent ATPases including MCM proteins involved in the initiation of eukaryotic DNA replication
artículo científico publicado en 1993
A community experiment with fully open and published peer review
artículo científico publicado en 2006
A comprehensive census of horizontal gene transfers from prokaryotes to unikonts
artículo científico publicado en 2011
A comprehensive evolutionary classification of proteins encoded in complete eukaryotic genomes
artículo científico publicado en 2004
A conserved NTP-motif in putative helicases
scientific article published in Nature
A conserved ancient domain joins the growing superfamily of 3′–5′ exonucleases
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artículo científico publicado el 1 de octubre de 1997
A conserved domain in putative bacterial and bacteriophage transglycosylases
artículo científico publicado en 1994
A conserved poxvirus NlpC/P60 superfamily protein contributes to vaccinia virus virulence in mice but not to replication in cell culture
artículo científico publicado en 2008
A detailed history of intron-rich eukaryotic ancestors inferred from a global survey of 100 complete genomes
artículo científico publicado en 2011
A distinct abundant group of microbial rhodopsins discovered using functional metagenomics
artículo científico publicado en 2018
A diverse superfamily of enzymes with ATP‐dependent carboxylate—amine/thiol ligase activity
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artículo científico publicado el 1 de diciembre de 1997
A dual function of the CRISPR-Cas system in bacterial antivirus immunity and DNA repair
artículo científico publicado en 2011
A duplicated catalytic motif in a new superfamily of phosphohydrolases and phospholipid synthases that includes poxvirus envelope proteins
artículo científico publicado en 1996
A family of DNA virus genes that consists of fused portions of unrelated cellular genes
artículo científico publicado el 1 de junio de 1992
A family of lysozyme-like virulence factors in bacterial pathogens of plants and animals
artículo científico publicado en 1996
A family of ubiquitin-like proteins binds the ATPase domain of Hsp70-like Stch
artículo científico publicado en 2000
A flea has smaller fleas that on him prey: giant viruses, their parasites and evolutionary networks
artículo científico publicado en 2013
A genomic analysis of the archaeal system Ignicoccus hospitalis-Nanoarchaeum equitans
artículo científico publicado en 2008
A glimpse of a putative pre-intron phase of eukaryotic evolution
artículo científico publicado en 2007
A half-century after the molecular clock: new dimensions of molecular evolution
artículo científico publicado en 2012
A highly conserved family of inactivated archaeal B family DNA polymerases
artículo científico publicado en 2008
A highly conserved sequence motif defining the family of MutT-related proteins from eubacteria, eukaryotes and viruses
artículo científico publicado en 1993
A korarchaeal genome reveals insights into the evolution of the Archaea
artículo científico publicado en 2008
A late origin of the extant eukaryotic diversity: divergence time estimates using rare genomic changes
artículo científico publicado en 2011
A low-polynomial algorithm for assembling clusters of orthologous groups from intergenomic symmetric best matches
artículo científico publicado en 2010
A maximum likelihood method for reconstruction of the evolution of eukaryotic gene structure
artículo científico publicado en 2009
A minimal gene set for cellular life derived by comparison of complete bacterial genomes
artículo científico publicado en 1996
A natural classification of ribonucleases
artículo científico publicado en 2001
A network perspective on the virus world
artículo científico publicado en 2017
A new family of carbon-nitrogen hydrolases
artículo científico publicado en 1994
A new family of hybrid virophages from an animal gut metagenome
artículo científico publicado en 2015
A new family of peptidyl-prolyl isomerases
artículo científico publicado en 1995
A new group of putative RNA helicases
artículo científico publicado el 1 de diciembre de 1992
A new superfamily of putative NTP-binding domains encoded by genomes of small DNA and RNA viruses
artículo científico publicado en 1990
A non-adaptationist perspective on evolution of genomic complexity or the continued dethroning of man.
artículo científico publicado en 2004
A novel RNA-binding motif in omnipotent suppressors of translation termination, ribosomal proteins and a ribosome modification enzyme?
artículo científico publicado en 1994
A novel family of P-loop NTPases with an unusual phyletic distribution and transmembrane segments inserted within the NTPase domain
artículo científico publicado en 2004
A novel family of predicted phosphoesterases includes Drosophila prune protein and bacterial RecJ exonuclease
artículo científico publicado en 1998
A novel family of predicted retroviral-like aspartyl proteases with a possible key role in eukaryotic cell cycle control
artículo científico publicado en 2001
A novel family of sequence-specific endoribonucleases associated with the clustered regularly interspaced short palindromic repeats
artículo científico publicado en 2008
A novel group of diverse Polinton-like viruses discovered by metagenome analysis
artículo científico publicado en 2015
A novel group of negative-sense RNA viruses associated with epizootics in managed and free-ranging freshwater turtles in Florida, USA
artículo científico publicado en 2022
A novel superfamily of nucleoside triphosphate-binding motif containing proteins which are probably involved in duplex unwinding in DNA and RNA replication and recombination
artículo científico publicado en 1988
A novel superfamily of predicted cysteine proteases from eukaryotes, viruses and Chlamydia pneumoniae
artículo científico publicado en 2000
A phylogenetic approach to target selection for structural genomics: solution structure of YciH
artículo científico publicado en 1999
A positive definition of prokaryotes
artículo científico publicado en 2006
A poxvirus protein with a RING zinc finger motif is of crucial importance for virulence
artículo científico publicado en 1994
A primase subunit essential for efficient primer synthesis by an archaeal eukaryotic-type primase
artículo científico publicado en 2015
A protein splice-junction motif in hedgehog family proteins
artículo científico publicado en 1995
A putative FAD-binding domain in a distinct group of oxidases including a protein involved in plant development
artículo científico publicado en 1995
A putative RNA-interference-based immune system in prokaryotes: computational analysis of the predicted enzymatic machinery, functional analogies with eukaryotic RNAi, and hypothetical mechanisms of action
artículo científico publicado en 2006
A putative nucleic acid-binding domain in Bloom's and Werner's syndrome helicases
artículo científico publicado en 1997
A significant fraction of conserved noncoding DNA in human and mouse consists of predicted matrix attachment regions
artículo científico publicado en 2003
A simple tool to search for sequence motifs that are conserved in BLAST outputs
artículo científico publicado en 1994
A specialized version of the HD hydrolase domain implicated in signal transduction
artículo científico publicado en 1999
A superfamily of ATPases with diverse functions containing either classical or deviant ATP-binding motif
artículo científico publicado en 1993
A superfamily of archaeal, bacterial, and eukaryotic proteins homologous to animal transglutaminases
artículo científico publicado en 1999
A superfamily of conserved domains in DNA damage-responsive cell cycle checkpoint proteins
artículo científico publicado en 1997
A superfamily of metalloenzymes unifies phosphopentomutase and cofactor-independent phosphoglycerate mutase with alkaline phosphatases and sulfatases
artículo científico publicado en 1998
A tight link between orthologs and bidirectional best hits in bacterial and archaeal genomes
artículo científico publicado en 2012
A unique gene expression signature associated with serotonin 2C receptor RNA editing in the prefrontal cortex and altered in suicide
artículo científico publicado en 2014
A unique insert in the genomes of high-risk human papillomaviruses with a predicted dual role in conferring oncogenic risk
artículo científico publicado en 2019
A unique role for DNA (hydroxy)methylation in epigenetic regulation of human inhibitory neurons
artículo científico publicado en 2018
A universal nonmonotonic relationship between gene compactness and expression levels in multicellular eukaryotes
artículo científico publicado en 2009
A universal trend of amino acid gain and loss in protein evolution
artículo científico publicado en 2005
A vast pool of lineage-specific microproteins encoded by long non-coding RNAs in plants
artículo científico publicado en 2021
A viral member of the ERV1/ALR protein family participates in a cytoplasmic pathway of disulfide bond formation
artículo científico publicado en 2000
A virocentric perspective on the evolution of life
artículo científico publicado en 2013
AAA+: A class of chaperone-like ATPases associated with the assembly, operation, and disassembly of protein complexes
artículo científico publicado en 1999
APOBEC4, a new member of the AID/APOBEC family of polynucleotide (deoxy)cytidine deaminases predicted by computational analysis
artículo científico publicado en 2005
ATGC database and ATGC-COGs: an updated resource for micro- and macro-evolutionary studies of prokaryotic genomes and protein family annotation
artículo científico publicado en 2016
ATGC: a database of orthologous genes from closely related prokaryotic genomes and a research platform for microevolution of prokaryotes
artículo científico publicado en 2008
Abundance of type I toxin-antitoxin systems in bacteria: searches for new candidates and discovery of novel families
artículo científico publicado en 2010
Accumulation of GC donor splice signals in mammals
artículo científico publicado en 2008
Activation induced deaminase mutational signature overlaps with CpG methylation sites in follicular lymphoma and other cancers
artículo científico publicado en 2016
Adaptation of mRNA structure to control protein folding
artículo científico publicado en 2017
Adaptations of the helix-grip fold for ligand binding and catalysis in the START domain superfamily.
artículo científico publicado en 2001
Aldolases of the DhnA family: a possible solution to the problem of pentose and hexose biosynthesis in archaea
artículo científico publicado en 2000
Algorithms for computing parsimonious evolutionary scenarios for genome evolution, the last universal common ancestor and dominance of horizontal gene transfer in the evolution of prokaryotes
artículo científico publicado en 2003
Allele fixation probability in a Moran model with fluctuating fitness landscapes
artículo científico publicado en 2019
Allosteric Activation of SARS-CoV-2 RNA-Dependent RNA Polymerase by Remdesivir Triphosphate and Other Phosphorylated Nucleotides
artículo científico publicado en 2021
An NTP-binding motif is the most conserved sequence in a highly diverged monophyletic group of proteins involved in positive strand RNA viral replication
artículo científico publicado en 1989
An RNA-making reactor for the origin of life
artículo científico publicado en 2007
An alternating active-dormitive strategy enables disadvantaged prey to outcompete the perennially active prey through Parrondo’s paradox
artículo científico publicado en 2021
An apology for orthologs - or brave new memes
artículo científico publicado en 2001
An expanding family of helicases within the 'DEAD/H' superfamily
artículo científico publicado en 1993
An insect picornavirus may have genome organization similar to that of caliciviruses
artículo científico publicado en 1992
An updated evolutionary classification of CRISPR-Cas systems
artículo científico publicado en 2015
Analogous enzymes: independent inventions in enzyme evolution
artículo científico publicado en 1998
Analysis of evolution of exon-intron structure of eukaryotic genes
artículo científico publicado en 2005
Analysis of rare amino acid replacements supports the Coelomata clade
artículo científico publicado en 2007
Analysis of rare genomic changes does not support the unikont-bikont phylogeny and suggests cyanobacterial symbiosis as the point of primary radiation of eukaryotes
artículo científico publicado en 2009
Ancestral paralogs and pseudoparalogs and their role in the emergence of the eukaryotic cell
artículo científico publicado en 2005
Ancient Gene Capture and Recent Gene Loss Shape the Evolution of Orthopoxvirus-Host Interaction Genes
artículo científico publicado en 2021
Ancient Systems of Sodium/Potassium Homeostasis as Predecessors of Membrane Bioenergetics
artículo científico publicado en 2015
Ancient duplication of DNA polymerase inferred from analysis of complete bacterial genomes
artículo científico publicado en 1996
Ancient duplication of DNA polymerase inferred from analysis of complete bacterial genomes
article
Annotation and Classification of CRISPR-Cas Systems.
artículo científico publicado en 2015
Annual (2023) taxonomic update of RNA-directed RNA polymerase-encoding negative-sense RNA viruses (realm Riboviria: kingdom Orthornavirae: phylum Negarnaviricota)
artículo científico publicado en 2023
Anti-CRISPR proteins encoded by archaeal lytic viruses inhibit subtype I-D immunity
artículo científico publicado en 2018
Anti-CRISPRs on the march
scientific article published in Science
Antimicrobial Peptides, Polymorphic Toxins, and Self-Nonself Recognition Systems in Archaea: an Untapped Armory for Intermicrobial Conflicts
artículo científico publicado en 2019
Apoptosis. Searching for FLASH domains
artículo científico publicado en 1999
Apoptotic molecular machinery: vastly increased complexity in vertebrates revealed by genome comparisons
artículo científico publicado en 2001
Archaeal Clusters of Orthologous Genes (arCOGs): An Update and Application for Analysis of Shared Features between Thermococcales, Methanococcales, and Methanobacteriales
artículo científico publicado en 2015
Archaeal Ubiquitin-Like Proteins: Functional Versatility and Putative Ancestral Involvement in tRNA Modification Revealed by Comparative Genomic Analysis
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artículo científico publicado el 26 de septiembre de 2010
Archaeal ancestors of eukaryotes: not so elusive any more
artículo científico publicado en 2015
Archaeal origin of tubulin
artículo científico publicado en 2012
Archaebacterial virus SSV1 encodes a putative DnaA-like protein
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artículo científico publicado el 11 de marzo de 1992
Archaeology of eukaryotic DNA replication
artículo científico publicado en 2013
Are There Laws of Genome Evolution?
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artículo científico publicado el 25 de agosto de 2011
Are viruses alive? The replicator paradigm sheds decisive light on an old but misguided question
artículo científico publicado en 2016
Assessment of assumptions underlying models of prokaryotic pangenome evolution
artículo científico publicado en 2021
Ataxin-2, global regulators and bacterial gene expression, and spliceosomal snRNP proteins share a conserved domain
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artículo científico publicado el 1 de enero de 1998
Author Correction: Programmable RNA targeting with the single-protein CRISPR effector Cas7-11
artículo científico publicado en 2022
Autogenous translation regulation by Escherichia coli ATPase SecA may be mediated by an intrinsic RNA helicase activity of this protein
artículo científico publicado en 1992
Avoidance of palindromic words in bacterial and archaeal genomes: a close connection with restriction enzymes
artículo científico publicado en 1997
BRCA1 protein products ... Functional motifs...
artículo científico publicado en 1996
Babela massiliensis, a representative of a widespread bacterial phylum with unusual adaptations to parasitism in amoebae
artículo científico publicado en 2015
Bacterial and bacteriophage protein phosphatases
artículo científico publicado en 1993
Bacterial genes in eukaryotes: relatively rare but real and important (Comment on DOI 10.1002/bies.201300095).
artículo científico publicado en 2014
Bacterial homologs of the small subunit of eukaryotic DNA primase
artículo científico publicado en 2000
Bacterial rhodopsin: evidence for a new type of phototrophy in the sea
artículo científico publicado en 2000
Bacterial-type DNA holliday junction resolvases in eukaryotic viruses
artículo científico publicado en 2000
Bacteriophage P2: genes involved in baseplate assembly
artículo científico publicado en 1995
Beet yellows closterovirus: complete genome structure and identification of a leader papain-like thiol protease
artículo científico publicado en 1994
Beyond complete genomes: from sequence to structure and function
artículo científico publicado en 1998
Big time for small genomes.
artículo científico publicado en 1997
Bioinformatics Meets Virology: The European Virus Bioinformatics Center's Second Annual Meeting.
artículo científico publicado en 2018
Biological applications of the theory of birth-and-death processes
artículo científico publicado en 2006
Biology Direct: celebrating 7 years of open, published peer review
artículo científico publicado en 2013
Bipartite Network Analysis of the Archaeal Virosphere: Evolutionary Connections between Viruses and Capsidless Mobile Elements
artículo científico publicado en 2016
Birnavirus RNA polymerase is related to polymerases of positive strand RNA viruses
artículo científico publicado en 1988
Birth and death of protein domains: a simple model of evolution explains power law behavior
artículo científico publicado en 2002
Bridging the gap between sequence and function
artículo científico publicado en 2000
C1/2 Energetics of the first bacteria as inferred from genome analysis
C2c2 is a single-component programmable RNA-guided RNA-targeting CRISPR effector
artículo científico publicado en 2016
CARF and WYL domains: ligand-binding regulators of prokaryotic defense systems
artículo científico publicado en 2014
COG database update: focus on microbial diversity, model organisms, and widespread pathogens
scientific article published on 09 November 2020
CRISPR Arrays Away from <i>cas</i> Genes
artículo científico publicado en 2020
CRISPR-Cas in mobile genetic elements: counter-defence and beyond
scientific article published on 01 August 2019
CRISPR-Cas: Complex Functional Networks and Multiple Roles beyond Adaptive Immunity
artículo científico publicado en 2018
CRISPR-Cas: an adaptive immunity system in prokaryotes
artículo científico publicado en 2009
CRISPR-Cas: evolution of an RNA-based adaptive immunity system in prokaryotes
artículo científico publicado en 2013
CRISPR: a new principle of genome engineering linked to conceptual shifts in evolutionary biology
artículo científico publicado en 2019
CRISPRidentify: identification of CRISPR arrays using machine learning approach
scientific article published on 08 December 2020
Calorie restriction à Lamarck
artículo científico publicado en 2014
Can Environmental Manipulation Help Suppress Cancer? Non-Linear Competition Among Tumor Cells in Periodically Changing Conditions
artículo científico publicado en 2020
Cancer-mutation network and the number and specificity of driver mutations
artículo científico publicado en 2018
Capsid-Less RNA Viruses
scholarly article published 16 July 2012
Cargo Genes of Tn<i>7</i>-Like Transposons Comprise an Enormous Diversity of Defense Systems, Mobile Genetic Elements, and Antibiotic Resistance Genes
artículo científico publicado en 2021
Carl Woese's vision of cellular evolution and the domains of life
artículo científico publicado en 2014
Cas13b Is a Type VI-B CRISPR-Associated RNA-Guided RNase Differentially Regulated by Accessory Proteins Csx27 and Csx28.
artículo científico publicado en 2017
Cas13d Is a Compact RNA-Targeting Type VI CRISPR Effector Positively Modulated by a WYL-Domain-Containing Accessory Protein
artículo científico publicado en 2018
Casposon integration shows strong target site preference and recapitulates protospacer integration by CRISPR-Cas systems
artículo científico publicado en 2016
Casposons: a new superfamily of self-synthesizing DNA transposons at the origin of prokaryotic CRISPR-Cas immunity
artículo científico publicado en 2014
Casposons: mobile genetic elements that gave rise to the CRISPR-Cas adaptation machinery
artículo científico publicado en 2017
Causes of trends in amino-acid gain and loss (Reply)
scientific article published in Nature
Cell cycle and apoptosis: possible roles of Gadd45 and MyD118 proteins inferred from their homology to ribosomal proteins
artículo científico publicado en 1997
Cell-to-cell movement of plant viruses. Insights from amino acid sequence comparisons of movement proteins and from analogies with cellular transport systems
artículo científico publicado en 1993
Cellular differentiation into hyphae and spores in halophilic archaea
artículo científico publicado en 2023
Cellular origin of the viral capsid-like bacterial microcompartments
artículo científico publicado en 2017
Chance and necessity in cellular response to challenge
artículo científico publicado en 2007
Chilo iridescent virus encodes a putative helicase belonging to a distinct family within the "DEAD/H" superfamily: implications for the evolution of large DNA viruses
artículo científico publicado en 1994
Chordopoxvirus protein F12 implicated in enveloped virion morphogenesis is an inactivated DNA polymerase
artículo científico publicado en 2014
Chromosome 2 sequence of the human malaria parasite Plasmodium falciparum
artículo científico publicado en 1998
Classification and Nomenclature of CRISPR-Cas Systems: Where from Here?
artículo científico publicado en 2018
Classification and Nomenclature of Metacaspases and Paracaspases: No More Confusion with Caspases
artículo científico publicado en 2020
Classification and evolution of P-loop GTPases and related ATPases
artículo científico publicado en 2002
Classification and evolution of type II CRISPR-Cas systems
artículo científico publicado en 2014
Classification and evolutionary history of the single-strand annealing proteins, RecT, Redbeta, ERF and RAD52
artículo científico publicado en 2002
Classification and quantification of bacteriophage taxa in human gut metagenomes
artículo científico publicado en 2014
Classification of prokaryotic genetic replicators: between selfishness and altruism
artículo científico publicado en 2015
Classification of the caspase-hemoglobinase fold: detection of new families and implications for the origin of the eukaryotic separins
artículo científico publicado en 2002
Classify viruses - the gain is worth the pain
scientific article published on 01 February 2019
Cleavage of cohesin by the CD clan protease separin triggers anaphase in yeast
artículo científico publicado en 2000
Cloning the human and mouse MMS19 genes and functional complementation of a yeast mms19 deletion mutant
artículo científico publicado en 2001
Clusters of orthologous genes for 41 archaeal genomes and implications for evolutionary genomics of archaea
artículo científico publicado en 2007
Co-evolution of primordial membranes and membrane proteins
artículo científico publicado en 2009
Coat protein gene duplication in a filamentous RNA virus of plants
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artículo científico publicado el 1 de octubre de 1992
Coelomata and not Ecdysozoa: evidence from genome-wide phylogenetic analysis
artículo científico publicado en 2004
Coevolution of Eukaryote-like Vps4 and ESCRT-III Subunits in the Asgard Archaea
scientific article published on 19 May 2020
Common origin of four diverse families of large eukaryotic DNA viruses
artículo científico publicado en 2001
Common origins and host-dependent diversity of plant and animal viromes
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artículo científico publicado el 1 de noviembre de 2011
Comparable contributions of structural-functional constraints and expression level to the rate of protein sequence evolution.
artículo científico publicado en 2008
Comparative Genomics Approaches to Identifying Functionally Related Genes
article
Comparative analysis of in vivo interactions between Rev1 protein and other Y-family DNA polymerases in animals and yeasts
artículo científico publicado en 2008
Comparative analysis of lipid biosynthesis in archaea, bacteria and eukaryotes: What was the structure of the first membrane lipids?
Comparative analysis of orthologous eukaryotic mRNAs: potential hidden functional signals
artículo científico publicado en 2004
Comparative genome analysis
Comparative genome analysis of the pathogenic spirochetes Borrelia burgdorferi and Treponema pallidum
artículo científico publicado en 2000
Comparative genomic analysis of archaeal genotypic variants in a single population and in two different oceanic provinces
artículo científico publicado en 2002
Comparative genomic analysis of evolutionarily conserved but functionally uncharacterized membrane proteins in archaea: Prediction of novel components of secretion, membrane remodeling and glycosylation systems
artículo científico publicado en 2015
Comparative genomics and evolution of proteins involved in RNA metabolism
artículo científico publicado en 2002
Comparative genomics and evolution of trans-activating RNAs in Class 2 CRISPR-Cas systems
scientific article published on 14 August 2018
Comparative genomics and structural biology of the molecular innovations of eukaryotes
artículo científico publicado en 2006
Comparative genomics of Archaea: how much have we learned in six years, and what's next?
artículo científico publicado en 2003
Comparative genomics of Thermus thermophilus and Deinococcus radiodurans: divergent routes of adaptation to thermophily and radiation resistance
artículo científico publicado en 2005
Comparative genomics of defense systems in archaea and bacteria
artículo científico publicado en 2013
Comparative genomics of the Archaea (Euryarchaeota): evolution of conserved protein families, the stable core, and the variable shell.
artículo científico publicado en 1999
Comparative genomics of the FtsK-HerA superfamily of pumping ATPases: implications for the origins of chromosome segregation, cell division and viral capsid packaging
artículo científico publicado en 2004
Comparative genomics of the lactic acid bacteria
artículo científico publicado en 2006
Comparative genomics, evolution and origins of the nuclear envelope and nuclear pore complex
artículo científico publicado en 2004
Comparative genomics, evolution and origins of the nuclear envelope and nuclear pore complex
artículo científico publicado en 2009
Comparative genomics, minimal gene-sets and the last universal common ancestor
artículo científico publicado en 2003
Comparison of archaeal and bacterial genomes: computer analysis of protein sequences predicts novel functions and suggests a chimeric origin for the archaea
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artículo científico publicado el 1 de agosto de 1997
Comparison of phylogenetic trees and search for a central trend in the "forest of life".
artículo científico publicado en 2011
Comparison of the complete protein sets of worm and yeast: orthology and divergence
artículo científico publicado en 1998
Compelling reasons why viruses are relevant for the origin of cells
artículo científico publicado en 2009
Compensatory relationship between splice sites and exonic splicing signals depending on the length of vertebrate introns
artículo científico publicado en 2006
Complete genome sequence of the extremely acidophilic methanotroph isolate V4, Methylacidiphilum infernorum, a representative of the bacterial phylum Verrucomicrobia
artículo científico publicado en 2008
Complete genome sequences of cellular life forms: glimpses of theoretical evolutionary genomics
artículo científico publicado en 1996
Complete genomic sequence and phylogenetic analysis of the lactate dehydrogenase-elevating virus (LDV).
artículo científico publicado en 1993
Complete pathway for protein disulfide bond formation encoded by poxviruses
artículo científico publicado en 2002
Complete sequence of the citrus tristeza virus RNA genome
artículo científico publicado en 1995
Completion of the mapping of transcription start sites for the five-gene block subgenomic RNAs of Beet yellows Closterovirus and identification of putative subgenomic promoters
artículo científico publicado en 2007
Complex selection on 5' splice sites in intron-rich organisms
artículo científico publicado en 2009
Comprehensive analysis of the HEPN superfamily: identification of novel roles in intra-genomic conflicts, defense, pathogenesis and RNA processing
artículo científico publicado en 2013
Comprehensive comparative-genomic analysis of type 2 toxin-antitoxin systems and related mobile stress response systems in prokaryotes
artículo científico publicado en 2009
Computational analysis of human disease-associated genes and their protein products
artículo científico publicado en 2001
Computational approaches for the analysis of gene neighbourhoods in prokaryotic genomes
artículo científico publicado en 2004
Computational genomics
artículo científico publicado en 2001
Computational methods for Gene Orthology inference
artículo científico publicado en 2011
Computer analysis of amino acid sequences. The case of plant virus capsid proteins
artículo científico publicado en 1998
Computer analysis of bacterial haloacid dehalogenases defines a large superfamily of hydrolases with diverse specificity. Application of an iterative approach to database search
artículo científico publicado en 1994
Computer analysis of transcription regulatory patterns in completely sequenced bacterial genomes
artículo científico publicado en 1999
Computer-assisted assignment of functional domains in the nonstructural polyprotein of hepatitis E virus: delineation of an additional group of positive-strand RNA plant and animal viruses
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artículo científico publicado el 1 de septiembre de 1992
Computer-assisted dissection of rolling circle DNA replication
Computer-assisted identification of a putative methyltransferase domain in NS5 protein of flaviviruses and lambda 2 protein of reovirus
artículo científico publicado en 1993
Conformational flexibility and molecular interactions of an archaeal homologue of the Shwachman-Bodian-Diamond syndrome protein
artículo científico publicado en 2009
Congruent evolution of different classes of non-coding DNA in prokaryotic genomes
artículo científico publicado en 2002
Connected gene neighborhoods in prokaryotic genomes
artículo científico publicado en 2002
Connections between alternative transcription and alternative splicing in mammals
artículo científico publicado en 2010
Consensus statement: Virus taxonomy in the age of metagenomics
artículo científico publicado en 2017
Conservation and coevolution in the scale-free human gene coexpression network
scientific article published on 28 July 2004
Conservation of major and minor jelly-roll capsid proteins in Polinton (Maverick) transposons suggests that they are bona fide viruses
artículo científico publicado en 2014
Conservation of the putative methyltransferase domain: a hallmark of the 'Sindbis-like' supergroup of positive-strand RNA viruses
artículo científico publicado en 1992
Conservation versus parallel gains in intron evolution
artículo científico publicado en 2005
Conservation versus parallel gains in intron evolution
artículo científico publicado en 2005
Conserved domains in DNA repair proteins and evolution of repair systems
artículo científico publicado en 1999
Conserved sequence motifs in bacterial and bacteriophage chaperonins
artículo científico publicado en 1995
Conserved sequence motifs in the initiator proteins for rolling circle DNA replication encoded by diverse replicons from eubacteria, eucaryotes and archaebacteria
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artículo científico publicado el 11 de julio de 1992
Conserved sequence pattern in a wide variety of phosphoesterases
artículo científico publicado en 1994
Constant relative rate of protein evolution and detection of functional diversification among bacterial, archaeal and eukaryotic proteins
artículo científico publicado en 2001
Constraints and plasticity in genome and molecular-phenome evolution
artículo científico publicado en 2010
Construction and analysis of bacterial artificial chromosome libraries from a marine microbial assemblage
artículo científico publicado en 2000
Contribution of phage-derived genomic islands to the virulence of facultative bacterial pathogens
artículo científico publicado en 2012
Coronavirus genome: prediction of putative functional domains in the non-structural polyprotein by comparative amino acid sequence analysis.
artículo científico publicado en 1989
Corrigendum: Genome and Environmental Activity of a Chrysochromulina parva Virus and Its Virophages
scholarly article published in Frontiers in Microbiology
Coupling between protein level selection and codon usage optimization in the evolution of bacteria and archaea
artículo científico publicado en 2014
Coupling immunity and programmed cell suicide in prokaryotes: Life-or-death choices
artículo científico publicado en 2016
Cpf1 is a single RNA-guided endonuclease of a class 2 CRISPR-Cas system
artículo científico publicado en 2015
Cressdnaviricota: a virus phylum unifying 7 families of Rep-encoding viruses with single-stranded, circular DNA genomes
scientific article published on 08 April 2020
Criticality in tumor evolution and clinical outcome
article published in the Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
Crossing fitness valleys via double substitutions within codons
scientific article published on 16 December 2019
Crossing fitness valleys via double substitutions within codons: Supplementary information
Crystal Structure of Cpf1 in Complex with Guide RNA and Target DNA
artículo científico publicado en 2016
Crystal Structure of a Hedgehog Autoprocessing Domain: Homology between Hedgehog and Self-Splicing Proteins
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artículo científico publicado el 3 de octubre de 1997
Crystal structure of Bacillus anthracis ThiI, a tRNA-modifying enzyme containing the predicted RNA-binding THUMP domain
artículo científico publicado en 2005
Crystal structure of Mil (Mth680): internal duplication and similarity between the Imp4/Brix domain and the anticodon-binding domain of class IIa aminoacyl-tRNA synthetases
artículo científico publicado en 2005
Cyanobacterial response regulator PatA contains a conserved N-terminal domain (PATAN) with an alpha-helical insertion
artículo científico publicado en 2006
Cysteine proteases of positive strand RNA viruses and chymotrypsin-like serine proteases. A distinct protein superfamily with a common structural fold
artículo científico publicado en 1989
DNA polymerase beta-like nucleotidyltransferase superfamily: identification of three new families, classification and evolutionary history
artículo científico publicado en 1999
DNA-binding proteins and evolution of transcription regulation in the archaea
artículo científico publicado en 1999
Dark matter in archaeal genomes: a rich source of novel mobile elements, defense systems and secretory complexes.
artículo científico publicado en 2014
Darwinian evolution in the light of genomics
artículo científico publicado en 2009
De-ubiquitination and ubiquitin ligase domains of A20 downregulate NF-kappaB signalling
artículo científico publicado en 2004
Decrease of mRNA Editing after Spinal Cord Injury is Caused by Down-regulation of ADAR2 that is Triggered by Inflammatory Response
artículo científico publicado en 2015
Deep Roots and Splendid Boughs of the Global Plant Virome
scientific article published on 27 May 2020
Deep phylogeny of cancer drivers and compensatory mutations
scientific article published on 02 October 2020
Defense islands in bacterial and archaeal genomes and prediction of novel defense systems
artículo científico publicado en 2011
Defining Life: An Exercise in Semantics or A Route to Biological Insights?
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artículo científico publicado el 1 de enero de 2012
Deinococcus geothermalis: the pool of extreme radiation resistance genes shrinks
artículo científico publicado en 2007
Dependencies among editing sites in serotonin 2C receptor mRNA.
artículo científico publicado en 2012
Detection of conserved segments in proteins: iterative scanning of sequence databases with alignment blocks
artículo científico publicado en 1994
Detection of new genes in a bacterial genome using Markov models for three gene classes
artículo científico publicado en 1995
Did DNA replication evolve twice independently?
artículo científico publicado en 1999
Differences in DNA methylation between human neuronal and glial cells are concentrated in enhancers and non-CpG sites
artículo científico publicado en 2013
Differential action of natural selection on the N and C-terminal domains of 2'-5' oligoadenylate synthetases and the potential nuclease function of the C-terminal domain
artículo científico publicado en 2003
Differential translation tunes uneven production of operon-encoded proteins
artículo científico publicado en 2013
Dimeric dUTPases, HisE, and MazG belong to a new superfamily of all-alpha NTP pyrophosphohydrolases with potential "house-cleaning" functions
artículo científico publicado en 2005
Discovery and Functional Characterization of Diverse Class 2 CRISPR-Cas Systems
artículo científico publicado en 2015
Discovery of Oligonucleotide Signaling Mediated by CRISPR-Associated Polymerases Solves Two Puzzles but Leaves an Enigma
artículo científico publicado en 2017
Discovery of an expansive bacteriophage family that includes the most abundant viruses from the human gut.
artículo científico publicado en 2017
Discovery of extremely halophilic, methyl-reducing euryarchaea provides insights into the evolutionary origin of methanogenesis
artículo científico publicado en 2017
Disentangling the effects of selection and loss bias on gene dynamics
artículo científico publicado en 2017
Displacement of the canonical single-stranded DNA-binding protein in the Thermoproteales
artículo científico publicado en 2012
Distinct patterns of expression and evolution of intronless and intron-containing mammalian genes
artículo científico publicado en 2010
Distribution of protein folds in the three superkingdoms of life.
artículo científico publicado en 1999
Divergence and convergence in enzyme evolution
artículo científico publicado en 2011
Diverse Groups of Plant RNA and DNA Viruses Share Related Movement Proteins that may Possess Chaperone-like Activity
artículo científico publicado el 1 de diciembre de 1991
Diverse enzymatic activities mediate antiviral immunity in prokaryotes
scientific article published on 01 August 2020
Diverse evolutionary roots and mechanistic variations of the CRISPR-Cas systems
artículo científico publicado en 2016
Diverse suppressors of RNA silencing enhance agroinfection by a viral replicon
artículo científico publicado en 2005
Diversity and Evolution of Type IV pili Systems in Archaea
artículo científico publicado en 2016
Diversity and evolution of class 2 CRISPR-Cas systems
artículo científico publicado en 2017
Diversity, classification and evolution of CRISPR-Cas systems
artículo científico publicado en 2017
DnaC protein contains a modified ATP-binding motif and belongs to a novel family of ATPases including also DnaA.
artículo científico publicado en 1992
Does the central dogma still stand?
artículo científico publicado en 2012
Dollo parsimony and the reconstruction of genome evolution
Doubling of the known set of RNA viruses by metagenomic analysis of an aquatic virome
artículo científico publicado en 2020
Drastic neofunctionalization associated with evolution of the timezyme AANAT 500 Mya
artículo científico publicado en 2013
Duplicated gelsolin family genes in zebrafish: a novel scinderin-like gene (scinla) encodes the major corneal crystallin
artículo científico publicado en 2007
Duplicated genes evolve slower than singletons despite the initial rate increase
artículo científico publicado en 2004
Dynein light chains of the Roadblock/LC7 group belong to an ancient protein superfamily implicated in NTPase regulation
artículo científico publicado en 2000
EREM: Parameter Estimation and Ancestral Reconstruction by Expectation-Maximization Algorithm for a Probabilistic Model of Genomic Binary Characters Evolution
artículo científico publicado en 2010
Ecdysozoan clade rejected by genome-wide analysis of rare amino acid replacements
artículo científico publicado en 2007
Elaborate security TRAINing to fight against expression of genomic junk
artículo científico publicado en 2013
Emergence of diverse biochemical activities in evolutionarily conserved structural scaffolds of proteins
artículo científico publicado en 2003
Encapsulated in silica: genome, proteome and physiology of the thermophilic bacterium Anoxybacillus flavithermus WK1
artículo científico publicado en 2008
Encephalomyocarditis virus RNA synthesis in vitro is protein-primed
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artículo científico publicado el 1 de noviembre de 1984
Encephalomyocarditis virus replication complexes preferentially utilizing nucleoside diphosphates as substrates for viral RNA synthesis. Nucleotide kinases specifically associated with the complex channel RNA precursor
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artículo científico publicado el 15 de octubre de 1984
Encephalomyocarditis virus replication complexes that Prefer nucleoside diphosphates as substrates for viral RNA synthesis
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artículo científico publicado el 1 de septiembre de 1983
Endonuclease (R) subunits of type-I and type-III restriction-modification enzymes contain a helicase-like domain
artículo científico publicado en 1991
Energetics and population genetics at the root of eukaryotic cellular and genomic complexity
artículo científico publicado en 2015
Engineering of CRISPR–Cas12b for human genome editing
artículo científico publicado en 2019
Environmental microbiology and metagenomics: the Brave New World is here, what's next?
scientific article published on 15 October 2018
Erratum for Gjessing et al., Salmon Gill Poxvirus, the Deepest Representative of the Chordopoxvirinae
artículo científico publicado en 2015
Erratum to: No simple dependence between protein evolution rate and the number of protein-protein interactions: only the most prolific interactors tend to evolve slowly
artículo científico publicado en 2003
Erratum: Classification and quantification of bacteriophage taxa in human gut metagenomes
scholarly article by Alison S Waller et al published 24 June 2014 in The ISME Journal
Escherichia coli dinG gene encodes a putative DNA helicase related to a group of eukaryotic helicases including Rad3 protein
artículo científico publicado en 1993
Essential genes are more evolutionarily conserved than are nonessential genes in bacteria
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artículo científico publicado en 2002
Estimating the number of protein folds and families from complete genome data
artículo científico publicado en 2000
Estimation of prokaryotic supergenome size and composition from gene frequency distributions
artículo científico publicado en 2014
Estimation of universal and taxon-specific parameters of prokaryotic genome evolution.
artículo científico publicado en 2018
Eugene V. Koonin
artículo científico publicado en 2004
Eukaryote-specific domains in translation initiation factors: implications for translation regulation and evolution of the translation system
artículo científico publicado en 2000
Eukaryotic DNA polymerases: proposal for a revised nomenclature.
artículo científico publicado en 2001
Eukaryotic RNAse H shares a conserved domain with caulimovirus proteins that facilitate translation of polycistronic RNA.
artículo científico publicado en 1994
Eukaryotic large nucleo-cytoplasmic DNA viruses: clusters of orthologous genes and reconstruction of viral genome evolution
artículo científico publicado en 2009
Eukaryotic signalling domain homologues in archaea and bacteria. Ancient ancestry and horizontal gene transfer
artículo científico publicado en 1999
Eukaryotic transcription regulators derive from ancient enzymatic domains
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artículo científico publicado el 12 de febrero de 1998
Eukaryotic translation elongation factor 1 gamma contains a glutathione transferase domain--study of a diverse, ancient protein superfamily using motif search and structural modeling
artículo científico publicado en 1994
Evidence for a family of archaeal ATPases
artículo científico publicado en 1997
Evidence for common ancestry of a chestnut blight hypovirulence-associated double-stranded RNA and a group of positive-strand RNA plant viruses
artículo científico publicado en 1991
Evidence for massive gene exchange between archaeal and bacterial hyperthermophiles
article
Evidence of splice signal migration from exon to intron during intron evolution
artículo científico publicado en 2003
Evolution and classification of P-loop kinases and related proteins
artículo científico publicado en 2003
Evolution and classification of the CRISPR-Cas systems
artículo científico publicado en 2011
Evolution and taxonomy of positive-strand RNA viruses: implications of comparative analysis of amino acid sequences
artículo científico publicado en 1993
Evolution at protein ends: major contribution of alternative transcription initiation and termination to the transcriptome and proteome diversity in mammals
artículo científico publicado en 2014
Evolution of AANAT: expansion of the gene family in the cephalochordate amphioxus
artículo científico publicado en 2010
Evolution of DNA ligases of nucleo-cytoplasmic large DNA viruses of eukaryotes: a case of hidden complexity
artículo científico publicado en 2009
Evolution of DNA packaging in gene transfer agents
artículo científico publicado en 2021
Evolution of DNA polymerases: an inactivated polymerase-exonuclease module in Pol epsilon and a chimeric origin of eukaryotic polymerases from two classes of archaeal ancestors
artículo científico publicado en 2009
Evolution of Genome Architecture in Archaea: Spontaneous Generation of a New Chromosome in Haloferax volcanii.
artículo científico publicado en 2018
Evolution of Human Respiratory Virus Epidemics
scientific article published on 24 November 2020
Evolution of RNA genomes: does the high mutation rate necessitate high rate of evolution of viral proteins?
artículo científico publicado en 1989
Evolution of RNA- and DNA-guided antivirus defense systems in prokaryotes and eukaryotes: common ancestry vs convergence
artículo científico publicado en 2017
Evolution of adaptive immunity from transposable elements combined with innate immune systems
artículo científico publicado en 2014
Evolution of alternative and constitutive regions of mammalian 5'UTRs.
artículo científico publicado en 2009
Evolution of alternative splicing: deletions, insertions and origin of functional parts of proteins from intron sequences
artículo científico publicado en 2003
Evolution of aminoacyl-tRNA synthetases--analysis of unique domain architectures and phylogenetic trees reveals a complex history of horizontal gene transfer events.
artículo científico publicado en 1999
Evolution of an archaeal virus nucleocapsid protein from the CRISPR-associated Cas4 nuclease
artículo científico publicado en 2015
Evolution of bacterial RNA polymerase: implications for large-scale bacterial phylogeny, domain accretion, and horizontal gene transfer
artículo científico publicado en 2004
Evolution of cell division: from shear mechanics to complex molecular machineries
artículo científico publicado en 2013
Evolution of cell–cell signaling in animals: did late horizontal gene transfer from bacteria have a role?
artículo científico publicado en 2004
Evolution of complexity in the viral world: the dawn of a new vision
artículo científico publicado en 2006
Evolution of diverse cell division and vesicle formation systems in Archaea
artículo científico publicado en 2010
Evolution of double-stranded DNA viruses of eukaryotes: from bacteriophages to transposons to giant viruses
artículo científico publicado en 2015
Evolution of eukaryotic cell cycle regulation: stepwise addition of regulatory kinases and late advent of the CDKs
artículo científico publicado en 2003
Evolution of eukaryotic cysteine sulfinic acid reductase, sulfiredoxin (Srx), from bacterial chromosome partitioning protein ParB.
artículo científico publicado en 2005
Evolution of eukaryotic gene repertoire and gene structure: discovering the unexpected dynamics of genome evolution
artículo científico publicado en 2003
Evolution of eukaryotic single-stranded DNA viruses of the Bidnaviridae family from genes of four other groups of widely different viruses
artículo científico publicado en 2014
Evolution of gene fusions: horizontal transfer versus independent events
artículo científico publicado en 2002
Evolution of genome architecture
artículo científico publicado en 2008
Evolution of glyoxylate cycle enzymes in Metazoa: evidence of multiple horizontal transfer events and pseudogene formation
artículo científico publicado en 2006
Evolution of human respiratory virus epidemics
artículo científico publicado en 2021
Evolution of human respiratory virus epidemics
artículo científico publicado en 2021
Evolution of microbes and viruses: a paradigm shift in evolutionary biology?
artículo científico publicado en 2012
Evolution of mosaic operons by horizontal gene transfer and gene displacement in situ
artículo científico publicado en 2003
Evolution of optimal growth temperature in Asgard archaea inferred from the temperature dependence of GDP binding to EF-1A
artículo científico publicado en 2024
Evolution of protein domain promiscuity in eukaryotes
artículo científico publicado en 2008
Evolution of replicative DNA polymerases in archaea and their contributions to the eukaryotic replication machinery
artículo científico publicado en 2014
Evolution of the CRISPR-Cas adaptive immunity systems in prokaryotes: models and observations on virus-host coevolution
artículo científico publicado en 2014
Evolution of the Large Nucleocytoplasmic DNA Viruses of Eukaryotes and Convergent Origins of Viral Gigantism
Evolution of the RAG1-RAG2 locus: both proteins came from the same transposon
artículo científico publicado en 2015
Evolution of the genetic code: partial optimization of a random code for robustness to translation error in a rugged fitness landscape
artículo científico publicado en 2007
Evolution of thymidine and thymidylate kinases: The possibility of independent capture of TK genes by different groups of viruses
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artículo científico publicado el 1 de abril de 1992
Evolutionarily conserved genes preferentially accumulate introns
artículo científico publicado en 2007
Evolutionary Genomics of Defense Systems in Archaea and Bacteria
artículo científico publicado en 2017
Evolutionary and functional classification of the CARF domain superfamily, key sensors in prokaryotic antivirus defense
scientific article published on 31 July 2020
Evolutionary and functional genomics of the Archaea
artículo científico publicado en 2005
Evolutionary classification of CRISPR-Cas systems: a burst of class 2 and derived variants
artículo científico publicado en 2019
Evolutionary connection between the catalytic subunits of DNA-dependent RNA polymerases and eukaryotic RNA-dependent RNA polymerases and the origin of RNA polymerases
artículo científico publicado en 2003
Evolutionary conservation suggests a regulatory function of AUG triplets in 5'-UTRs of eukaryotic genes
artículo científico publicado en 2005
Evolutionary dynamics of introns in plastid-derived genes in plants: saturation nearly reached but slow intron gain continues
artículo científico publicado en 2007
Evolutionary dynamics of the prokaryotic adaptive immunity system CRISPR-Cas in an explicit ecological context
artículo científico publicado en 2013
Evolutionary entanglement of mobile genetic elements and host defence systems: guns for hire
artículo científico publicado en 2019
Evolutionary genomics of archaeal viruses: unique viral genomes in the third domain of life
artículo científico publicado en 2006
Evolutionary genomics of lactic acid bacteria
artículo científico publicado en 2006
Evolutionary genomics of nucleo-cytoplasmic large DNA viruses
artículo científico publicado en 2006
Evolutionary history and higher order classification of AAA+ ATPases
artículo científico publicado en 2004
Evolutionary primacy of sodium bioenergetics
artículo científico publicado en 2008
Evolutionary significance of gene expression divergence
artículo científico publicado en 2004
Evolutionary switches between two serine codon sets are driven by selection
artículo científico publicado en 2016
Evolutionary systems biology: links between gene evolution and function
artículo científico publicado en 2006
Evolvability of an Optimal Recombination Rate
artículo científico publicado en 2015
Exceptional error minimization in putative primordial genetic codes
artículo científico publicado en 2009
Expanded microbial genome coverage and improved protein family annotation in the COG database
artículo científico publicado en 2014
Expanding networks of RNA virus evolution
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artículo científico publicado el 20 de junio de 2012
Expression of the vaccinia virus A2.5L redox protein is required for virion morphogenesis
artículo científico publicado en 2002
Expression, splicing, and evolution of the myosin gene family in plants
artículo científico publicado en 2011
Extensive domain shuffling in transcription regulators of DNA viruses and implications for the origin of fungal APSES transcription factors
artículo científico publicado en 2002
Extreme Deviations from Expected Evolutionary Rates in Archaeal Protein Families
artículo científico publicado en 2017
Extremely intron-rich genes in the alveolate ancestors inferred with a flexible maximum-likelihood approach
artículo científico publicado en 2008
FMN- or DNA-binding?
artículo científico publicado en 1994
Filling a gap in the central metabolism of archaea: prediction of a novel aconitase by comparative-genomic analysis
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artículo científico publicado el 10 de octubre de 2003
Fold prediction and evolutionary analysis of the POZ domain: structural and evolutionary relationship with the potassium channel tetramerization domain
artículo científico publicado en 1999
Footprints of primordial introns on the eukaryotic genome: still no clear traces
artículo científico publicado en 2001
Fowlpox virus encodes a protein related to human deoxycytidine kinase: further evidence for independent acquisition of genes for enzymes of nucleotide metabolism by different viruses
artículo científico publicado en 1993
Friedreich's ataxia protein: phylogenetic evidence for mitochondrial dysfunction
article
From complete genome sequence to 'complete' understanding?
artículo científico publicado en 2010
From complete genomes to measures of substitution rate variability within and between proteins
artículo científico publicado en 2000
Frozen Accident Pushing 50: Stereochemistry, Expansion, and Chance in the Evolution of the Genetic Code
artículo científico publicado en 2017
Functional Diversity of Haloacid Dehalogenase Superfamily Phosphatases from Saccharomyces cerevisiae: BIOCHEMICAL, STRUCTURAL, AND EVOLUTIONARY INSIGHTS.
artículo científico publicado en 2015
Functional Long Non-coding RNAs Evolve from Junk Transcripts
artículo científico publicado en 2020
Functional and evolutionary implications of gene orthology.
artículo científico publicado en 2013
Functional genomics and enzyme evolution. Homologous and analogous enzymes encoded in microbial genomes
artículo científico publicado en 1999
Functional implications from crystal structures of the conserved Bacillus subtilis protein Maf with and without dUTP
artículo científico publicado en 2000
Functionally diverse type V CRISPR-Cas systems
scientific article published on 06 December 2018
Fusion of a superfamily 1 helicase and an inactivated DNA polymerase is a signature of common evolutionary history of Polintons, polinton-like viruses, Tlr1 transposons and transpovirons
artículo científico publicado en 2016
G-patch: a new conserved domain in eukaryotic RNA-processing proteins and type D retroviral polyproteins
artículo científico publicado en 1999
GINS, a central nexus in the archaeal DNA replication fork
artículo científico publicado en 2006
Game-Theoretical Modeling of Interviral Conflicts Mediated by Mini-CRISPR Arrays
artículo científico publicado en 2020
Geminivirus replication proteins are related to prokaryotic plasmid rolling circle DNA replication initiator proteins
artículo científico publicado el 1 de octubre de 1992
Gene A32 product of vaccinia virus may be an ATPase involved in viral DNA packaging as indicated by sequence comparisons with other putative viral ATPases
artículo científico publicado en 1993
Gene conversions in genes encoding outer-membrane proteins in H. pylori and C. pneumoniae
artículo científico publicado en 2001
Gene duplication with displacement and rearrangement: origin of the bacterial replication protein PriB from the single-stranded DNA-binding protein Ssb.
artículo científico publicado en 2003
Gene family evolution: an in-depth theoretical and simulation analysis of non-linear birth-death-innovation models
artículo científico publicado en 2004
Gene family level comparative analysis of gene expression in mammals validates the ortholog conjecture
artículo científico publicado en 2014
Gene frequency distributions reject a neutral model of genome evolution
artículo científico publicado en 2013
Gene gain and loss push prokaryotes beyond the homologous recombination barrier and accelerate genome sequence divergence
artículo científico publicado en 2019
Gene loss, protein sequence divergence, gene dispensability, expression level, and interactivity are correlated in eukaryotic evolution
artículo científico publicado en 2003
Gene order is not conserved in bacterial evolution
scientific article published on 01 August 1996
Gene-specific selective sweeps in bacteria and archaea caused by negative frequency-dependent selection
artículo científico publicado en 2015
Genome Sequence of an Obligate Intracellular Pathogen of Humans: Chlamydia trachomatis
artículo científico publicado en 1998
Genome alignment, evolution of prokaryotic genome organization, and prediction of gene function using genomic context
artículo científico publicado en 2001
Genome and Environmental Activity of a Virus and Its Virophages
artículo científico publicado en 2019
Genome as a stochastic evolutionary machine: comment on "How life changes itself: the Read-Write (RW) genome" by James Shapiro
artículo científico publicado en 2013
Genome of the extremely radiation-resistant bacterium Deinococcus radiodurans viewed from the perspective of comparative genomics
artículo científico publicado en 2001
Genome reduction as the dominant mode of evolution
artículo científico publicado en 2013
Genome replication/expression strategies of positive-strand RNA viruses: A simple version of a combinatorial classification and prediction of new strategies
⬇️
artículo científico publicado el 1 de julio de 1991
Genome sequence and comparative analysis of the solvent-producing bacterium Clostridium acetobutylicum
artículo científico publicado en 2001
Genome sequence comparison and scenarios for gene rearrangements: a test case
artículo científico publicado en 1995
Genome sequence of a human tumorigenic poxvirus: prediction of specific host response-evasion genes
artículo científico publicado en 1996
Genome sequence of the cyanobacterium Prochlorococcus marinus SS120, a nearly minimal oxyphototrophic genome
artículo científico publicado en 2003
Genome sequence of the deep-sea gamma-proteobacterium Idiomarina loihiensis reveals amino acid fermentation as a source of carbon and energy
artículo científico publicado en 2004
Genome sequences: Genome sequence of a model prokaryote
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artículo científico publicado el 1 de octubre de 1997
Genome sequencing: a glimpse of the area at the brink of the virus era.
artículo científico publicado en 1993
Genome structure and phylogenetic analysis of lettuce infectious yellows virus, a whitefly-transmitted, bipartite closterovirus
artículo científico publicado en 1995
Genome trees and the tree of life
artículo científico publicado en 2002
Genome trees constructed using five different approaches suggest new major bacterial clades
artículo científico publicado en 2001
Genome-Wide Comparative Analysis of Phylogenetic Trees: The Prokaryotic Forest of Life
scientific article published on 01 January 2019
Genome-wide analysis of substrate specificities of the Escherichia coli haloacid dehalogenase-like phosphatase family
artículo científico publicado en 2006
Genome-wide comparative analysis of phylogenetic trees: the prokaryotic forest of life
artículo científico publicado en 2012
Genome-wide molecular clock and horizontal gene transfer in bacterial evolution
artículo científico publicado en 2004
Genomes in turmoil: quantification of genome dynamics in prokaryote supergenomes
artículo científico publicado en 2014
Genomic and biological analysis of Grapevine leafroll-associated virus 7 reveals a possible new genus within the family Closteroviridae
⬇️
artículo científico publicado el 25 de octubre de 2011
Genomic determinants of pathogenicity in SARS-CoV-2 and other human coronaviruses
artículo científico publicado en 2020
Genomic determinants of pathogenicity in SARS-CoV-2 and other human coronaviruses
artículo científico publicado en 2020
Genomic microbiology: right on target?
artículo científico publicado en 1998
Genomics and biology of Rudiviruses, a model for the study of virus-host interactions in Archaea
artículo científico
Genomics of bacteria and archaea: the emerging dynamic view of the prokaryotic world
artículo científico publicado en 2008
Genomics: Re-evaluation of translation machinery evolution
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artículo científico publicado el 9 de abril de 1998
Germline viral "fossils" guide in silico reconstruction of a mid-Cenozoic era marsupial adeno-associated virus
artículo científico publicado en 2016
Getting positive about selection
artículo científico publicado en 2003
Giant Marseillevirus highlights the role of amoebae as a melting pot in emergence of chimeric microorganisms
artículo científico publicado en 2009
Giant viruses with an expanded complement of translation system components
artículo científico publicado en 2017
Gleaning non-trivial structural, functional and evolutionary information about proteins by iterative database searches
artículo científico publicado en 1999
Global Organization and Proposed Megataxonomy of the Virus World
artículo científico publicado en 2020
Global similarity and local divergence in human and mouse gene co-expression networks
artículo científico publicado en 2006
Grammar of protein domain architectures
artículo científico publicado en 2019
Hax1 lacks BH modules and is peripherally associated to heavy membranes: implications for Omi/HtrA2 and PARL activity in the regulation of mitochondrial stress and apoptosis
artículo científico publicado en 2009
Hedgehog patterning activity: role of a lipophilic modification mediated by the carboxy-terminal autoprocessing domain
scientific journal article
Helicases: amino acid sequence comparisons and structure-function relationships
Hidden evolutionary complexity of Nucleo-Cytoplasmic Large DNA viruses of eukaryotes
artículo científico publicado en 2012
Homologous Capsid Proteins Testify to the Common Ancestry of Retroviruses, Caulimoviruses, Pseudoviruses, and Metaviruses
artículo científico publicado en 2017
Homologous recombination substantially delays sequence but not gene content divergence of prokaryotic populations
article
Homoplasy in genome-wide analysis of rare amino acid replacements: the molecular-evolutionary basis for Vavilov's law of homologous series
artículo científico publicado en 2008
Horizontal gene transfer can rescue prokaryotes from Muller's ratchet: benefit of DNA from dead cells and population subdivision
artículo científico publicado en 2014
Horizontal gene transfer in prokaryotes: quantification and classification
artículo científico publicado en 2001
Horizontal gene transfer: essentiality and evolvability in prokaryotes, and roles in evolutionary transitions
artículo científico publicado en 2016
Horizontal gene transfer: the path to maturity
⬇️
artículo científico publicado el 1 de noviembre de 2003
Horizontal transfer beyond genes
artículo científico publicado en 2014
How many genes can make a cell: the minimal-gene-set concept
artículo científico publicado en 2000
How stands the Tree of Life a century and a half after The Origin?
artículo científico publicado en 2011
Human DNA polymerase kappa: a novel DNA polymerase of unknown biological function encoded by the DINB1 gene
artículo científico publicado en 2000
Human and mouse homologs of Escherichia coli DinB (DNA polymerase IV), members of the UmuC/DinB superfamily
artículo científico publicado en 1999
Human choroideremia protein contains a FAD-binding domain
scientific article published on 01 March 1996
Human choroideremia protein contains a FAD-binding domain
artículo científico publicado en 1996
Human pathogenic RNA viruses establish noncompeting lineages by occupying independent niches
artículo científico publicado en 2022
Hunting for Treasure Chests in Microbial Defense Islands
artículo científico publicado en 2018
IMPALA: matching a protein sequence against a collection of PSI-BLAST-constructed position-specific score matrices
artículo científico publicado en 1999
ISC, a Novel Group of Bacterial and Archaeal DNA Transposons That Encode Cas9 Homologs
artículo científico publicado en 2015
Identification and functional verification of archaeal-type phosphoenolpyruvate carboxylase, a missing link in archaeal central carbohydrate metabolism
artículo científico publicado en 2004
Identification and properties of the largest subunit of the DNA-dependent RNA polymerase of fish lymphocystis disease virus: dramatic difference in the domain organization in the family Iridoviridae
artículo científico publicado en 1995
Identification of Dephospho-Coenzyme A (Dephospho-CoA) Kinase in Thermococcus kodakarensis and Elucidation of the Entire CoA Biosynthesis Pathway in Archaea
artículo científico publicado en 2019
Identification of a DinB/UmuC homolog in the archeon Sulfolobus solfataricus
artículo científico publicado en 1996
Identification of an ortholog of the eukaryotic RNA polymerase III subunit RPC34 in Crenarchaeota and Thaumarchaeota suggests specialization of RNA polymerases for coding and non-coding RNAs in Archaea
scientific article published on 14 October 2009
Identification of genes encoding zinc finger proteins, non-histone chromosomal HMG protein homologue, and a putative GTP phosphohydrolase in the genome of Chilo iridescent virus
artículo científico publicado en 1994
Identification of myosin XI receptors in Arabidopsis defines a distinct class of transport vesicles
artículo científico publicado en 2013
Identification of novel positive-strand RNA viruses by metagenomic analysis of archaea-dominated Yellowstone hot springs
artículo científico publicado en 2012
Identification of paracaspases and metacaspases: two ancient families of caspase-like proteins, one of which plays a key role in MALT lymphoma
artículo científico publicado en 2000
Identification of the catalytic sites of a papain-like cysteine proteinase of murine coronavirus.
artículo científico publicado en 1993
Identification of the primase active site of the herpes simplex virus type 1 helicase-primase
artículo científico publicado en 1995
Immunity, suicide or both? Ecological determinants for the combined evolution of anti-pathogen defense systems
artículo científico publicado en 2015
Impairment of translation in neurons as a putative causative factor for autism
artículo científico publicado en 2014
Implications for proteasome nuclear localization revealed by the structure of the nuclear proteasome tether protein Cut8
⬇️
artículo científico publicado el 5 de octubre de 2011
Improving the accuracy of PSI-BLAST protein database searches with composition-based statistics and other refinements
artículo científico publicado en 2001
In silico learning of tumor evolution through mutational time series
artículo científico publicado en 2019
In vivo genome editing using Staphylococcus aureus Cas9
artículo científico publicado en 2015
Incorporating Machine Learning into Established Bioinformatics Frameworks
artículo científico publicado en 2021
Independent evolution of heavy metal-associated domains in copper chaperones and copper-transporting atpases
artículo científico publicado en 2001
Inevitability of genetic parasites
artículo científico publicado en 2016
Inevitability of the emergence and persistence of genetic parasites caused by evolutionary instability of parasite-free states
artículo científico publicado en 2017
Initial sequencing and analysis of the human genome
artículo científico publicado en 2001
Insect iridescent virus type 6 encodes a polypeptide related to the largest subunit of eukaryotic RNA polymerase II.
artículo científico publicado en 1994
Insights into archaeal evolution and symbiosis from the genomes of a nanoarchaeon and its inferred crenarchaeal host from Obsidian Pool, Yellowstone National Park
artículo científico publicado en 2013
Integrated mobile genetic elements in Thaumarchaeota.
artículo científico publicado en 2019
Interkingdom gene fusions
⬇️
artículo científico publicado en 2000
Interplay between DNA damage repair and apoptosis shapes cancer evolution through aneuploidy and microsatellite instability
artículo científico publicado en 2020
Intrinsic and extrinsic approaches for detecting genes in a bacterial genome
⬇️
artículo científico publicado en 1994
Intron sliding in conserved gene families.
artículo científico publicado en 2000
Intron-dominated genomes of early ancestors of eukaryotes
artículo científico publicado en 2009
Introns and the origin of nucleus-cytosol compartmentalization
artículo científico publicado en 2006
Inventing the dynamo machine: the evolution of the F-type and V-type ATPases
artículo científico publicado en 2007
Is Protein Folding a Thermodynamically Unfavorable, Active, Energy-Dependent Process?
Is evolution Darwinian or/and Lamarckian?
artículo científico publicado en 2009
Iterated profile searches with PSI-BLAST--a tool for discovery in protein databases
artículo científico publicado en 1998
Just how Lamarckian is CRISPR-Cas immunity: the continuum of evolvability mechanisms
artículo científico publicado en 2016
Key role of recombination in evolutionary processes with migration between two habitats
artículo científico publicado en 2019
Kinase activity of overexpressed HipA is required for growth arrest and multidrug tolerance in Escherichia coli
artículo científico publicado en 2006
Lineage-specific gene expansions in bacterial and archaeal genomes
artículo científico publicado en 2001
Lineage-specific loss and divergence of functionally linked genes in eukaryotes
artículo científico publicado en 2000
Live virus-free or die: coupling of antivirus immunity and programmed suicide or dormancy in prokaryotes
artículo científico publicado en 2012
Long intervals of stasis punctuated by bursts of positive selection in the seasonal evolution of influenza A virus
artículo científico publicado en 2006
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION OF CLOSTEROVIRUSES: Sophisticated Build-up of Large RNA Genomes
Machine-learning approach expands the repertoire of anti-CRISPR protein families
artículo científico publicado en 2020
Major reorientation of tRNA substrates defines specificity of dihydrouridine synthases
artículo científico publicado en 2015
Male-specific lethal 2, a dosage compensation gene of Drosophila, undergoes sex-specific regulation and encodes a protein with a RING finger and a metallothionein-like cysteine cluster.
scientific article published on June 1995
Mammalian retrovirus-like protein PEG10 packages its own mRNA and can be pseudotyped for mRNA delivery
artículo científico publicado en 2021
Mapping CRISPR spaceromes reveals vast host-specific viromes of prokaryotes
artículo científico publicado en 2020
Mathematical modeling of evolution of horizontally transferred genes
artículo científico publicado en 2005
Mathematical modeling of tumor therapy with oncolytic viruses: effects of parametric heterogeneity on cell dynamics
artículo científico publicado en 2006
Mathematical modeling of tumor therapy with oncolytic viruses: regimes with complete tumor elimination within the framework of deterministic models
artículo científico publicado en 2006
Metabolism and evolution of Haemophilus influenzae deduced from a whole-genome comparison with Escherichia coli
artículo científico publicado en 1996
Metagenomic sorcery and the expanding protein universe
artículo científico publicado en 2007
Metagenomics reshapes the concepts of RNA virus evolution by revealing extensive horizontal virus transfer
artículo científico publicado en 2017
Metaviromics: a tectonic shift in understanding virus evolution
artículo científico publicado en 2018
Methanonatronarchaeum thermophilum gen. nov., sp. nov. and 'Candidatus Methanohalarchaeum thermophilum', extremely halo(natrono)philic methyl-reducing methanogens from hypersaline lakes comprising a new euryarchaeal class Methanonatronarchaeia cla...
article
Microbial culturomics: paradigm shift in the human gut microbiome study
artículo científico publicado en 2012
Microbial genome analysis: the COG approach
artículo científico publicado en 2017
Microbial genomics challenge Darwin
artículo científico publicado en 2012
MicrobiologyThe Evolution and Emergence of RNA Viruses. Oxford Series in Ecology and Evolution. By EdwardC.Holmes. Oxford and New York: Oxford University Press. $130.00 (hardcover); $60.00 (paper). xii 254 p.; ill.; index. ISBN: 9780199211128 (hc); 9
article
Microevolutionary genomics of bacteria
artículo científico publicado en 2002
Mimiviridae: clusters of orthologous genes, reconstruction of gene repertoire evolution and proposed expansion of the giant virus family
artículo científico publicado en 2013
Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome (MIUViG)
artículo científico publicado en 2018
MitoCOGs: clusters of orthologous genes from mitochondria and implications for the evolution of eukaryotes
artículo científico publicado en 2014
Mobile Genetic Elements and Evolution of CRISPR-Cas Systems: All the Way There and Back
artículo científico publicado en 2017
Modeling genome evolution with a diffusion approximation of a birth-and-death process
artículo científico publicado en 2005
Modified base-binding EVE and DCD domains: striking diversity of genomic contexts in prokaryotes and predicted involvement in a variety of cellular processes
artículo científico publicado en 2020
Molecular adaptations during viral epidemics
artículo científico publicado en 2022
Molecular characterization and developmental expression of a retinoid- and fatty acid-binding glycoprotein from Drosophila. A putative lipophorin
artículo científico publicado en 1996
Molecular characterization of the plant virus genus Ourmiavirus and evidence of inter-kingdom reassortment of viral genome segments as its possible route of origin
artículo científico publicado en 2009
Molecular cloning and disease association of hepatitis G virus: a transfusion-transmissible agent
artículo científico publicado en 1996
Molecular dating: ape bones agree with chicken entrails
artículo científico publicado en 2005
Monophyly of class I aminoacyl tRNA synthetase, USPA, ETFP, photolyase, and PP-ATPase nucleotide-binding domains: implications for protein evolution in the RNA.
artículo científico publicado en 2002
Multicopy suppressors, mssA and mssB, of an smbA mutation of Escherichia coli.
artículo científico publicado en 1994
Multidomain organization of eukaryotic guanine nucleotide exchange translation initiation factor eIF-2B subunits revealed by analysis of conserved sequence motifs
artículo científico publicado en 1995
Multiple evolutionary origins of giant viruses
Multiple layers of chimerism in a single-stranded DNA virus discovered by deep sequencing
artículo científico publicado en 2015
Multiple origins of prokaryotic and eukaryotic single-stranded DNA viruses from bacterial and archaeal plasmids
artículo científico publicado en 2019
Multiple origins of viral capsid proteins from cellular ancestors
artículo científico publicado en 2017
Multiplicative fitness, rapid haplotype discovery, and fitness decay explain evolution of human MHC
artículo científico publicado en 2019
Mutation hotspots in the p53 gene in tumors of different origin: correlation with evolutionary conservation and signs of positive selection
artículo científico publicado en 2004
Mutation-selection balance and compensatory mechanisms in tumour evolution
artículo científico publicado en 2020
Mutational hotspots in the TP53 gene and, possibly, other tumor suppressors evolve by positive selection
artículo científico publicado en 2006
Myosin XI-K Is required for rapid trafficking of Golgi stacks, peroxisomes, and mitochondria in leaf cells of Nicotiana benthamiana
artículo científico publicado en 2008
Myosin-driven transport network in plants
artículo científico publicado en 2017
N-terminal domains of putative helicases of flavi- and pestiviruses may be serine proteases
artículo científico publicado en 1989
Nature and intensity of selection pressure on CRISPR-associated genes
artículo científico publicado en 2011
Negative correlation between expression level and evolutionary rate of long intergenic noncoding RNAs
artículo científico publicado en 2011
Nested genes and increasing organizational complexity of metazoan genomes
artículo científico publicado en 2008
New archaeal viruses discovered by metagenomic analysis of viral communities in enrichment cultures
article
New dimensions of the virus world discovered through metagenomics
artículo científico publicado en 2010
New genes in old sequence: a strategy for finding genes in the bacterial genome
scientific article published on 01 August 1994
New variants of known folds: do they bring new biology?
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artículo científico publicado el 6 de julio de 2010
No evidence of inhibition of horizontal gene transfer by CRISPR-Cas on evolutionary timescales
artículo científico publicado en 2015
No footprints of primordial introns in a eukaryotic genome
artículo científico publicado en 2000
No simple dependence between protein evolution rate and the number of protein-protein interactions: only the most prolific interactors tend to evolve slowly
artículo científico publicado en 2003
No waves of intelligent design
scientific article published on 01 August 2020
Non-homologous isofunctional enzymes: a systematic analysis of alternative solutions in enzyme evolution
artículo científico publicado en 2010
Non-orthologous gene displacement
scientific article published on 01 September 1996
Novel Abundant Oceanic Viruses of Uncultured Marine Group II Euryarchaeota
artículo científico publicado en 2017
Novel bacteriophages containing a genome of another bacteriophage within their genomes
artículo científico publicado en 2012
Novel domains of the prokaryotic two-component signal transduction systems
artículo científico publicado en 2001
Novel families of putative protein kinases in bacteria and archaea: evolution of the "eukaryotic" protein kinase superfamily
artículo científico publicado en 1998
Novel predicted RNA-binding domains associated with the translation machinery
artículo científico publicado en 1999
Novel predicted peptidases with a potential role in the ubiquitin signaling pathway
artículo científico publicado en 2004
Nucleic acid detection with CRISPR-Cas13a/C2c2
artículo científico publicado en 2017
Nucleotide sequence of XhoI O fragment of ectromelia virus DNA reveals significant differences from vaccinia virus
artículo científico publicado en 1993
Nucleotide sequence of the 3'-terminal half of beet yellows closterovirus RNA genome: unique arrangement of eight virus genes
artículo científico publicado en 1991
Obituary: Walter Fitch and the orthology paradigm
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artículo científico publicado el 1 de septiembre de 2011
On the Origin of DNA Genomes: Evolution of the Division of Labor between Template and Catalyst in Model Replicator Systems
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artículo científico publicado el 24 de marzo de 2011
On the Origin of Reverse Transcriptase-Using CRISPR-Cas Systems and Their Hyperdiverse, Enigmatic Spacer Repertoires
artículo científico publicado en 2017
On the feasibility of saltational evolution
scientific article published on 30 September 2019
On the origin of cells and viruses: primordial virus world scenario
artículo científico publicado en 2009
On the origin of genomes and cells within inorganic compartments
artículo científico publicado en 2005
On the origin of the translation system and the genetic code in the RNA world by means of natural selection, exaptation, and subfunctionalization
artículo científico publicado en 2007
One more conserved sequence motif in helicases
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artículo científico publicado el 11 de agosto de 1988
One-component systems dominate signal transduction in prokaryotes
scientific article published on February 2005
Ongoing Adaptive Evolution and Globalization of Sars-Cov-2
scientific article published on 13 October 2020
Open questions on the origin of life at anoxic geothermal fields
scientific article published on October 2012
Open questions: CRISPR biology
article published in 2018
Organization and evolution of bacterial and bacteriophage primase-helicase systems
artículo científico publicado el 1 de abril de 1992
Origin and Evolution of the Universal Genetic Code
artículo científico publicado en 2017
Origin and evolution of eukaryotic apoptosis: the bacterial connection
artículo científico publicado en 2002
Origin and evolution of eukaryotic large nucleo-cytoplasmic DNA viruses
artículo científico publicado en 2010
Origin and evolution of spliceosomal introns
artículo científico publicado en 2012
Origin and evolution of the archaeo-eukaryotic primase superfamily and related palm-domain proteins: structural insights and new members
artículo científico publicado en 2005
Origin and evolution of the genetic code: the universal enigma
artículo científico publicado en 2009
Origin of a substantial fraction of human regulatory sequences from transposable elements
artículo científico publicado en 2003
Origin of alternative splicing by tandem exon duplication
artículo científico publicado en 2001
Origin of an animal mitochondrial DNA polymerase subunit via lineage-specific acquisition of a glycyl-tRNA synthetase from bacteria of the Thermus-Deinococcus group
artículo científico publicado en 2001
Origin of eukaryotes from within archaea, archaeal eukaryome and bursts of gene gain: eukaryogenesis just made easier?
artículo científico publicado en 2015
Origin of first cells at terrestrial, anoxic geothermal fields
artículo científico publicado en 2012
Origin of giant viruses from smaller DNA viruses not from a fourth domain of cellular life
artículo científico publicado en 2014
Origin of programmed cell death from antiviral defense?
artículo científico publicado en 2019
Origin of viruses: primordial replicators recruiting capsids from hosts
artículo científico publicado en 2019
Origins and Evolution of the Global RNA Virome
artículo científico publicado en 2018
Origins and Evolution of the Global RNA Virome
artículo científico publicado en 2018
Origins and evolution of CRISPR-Cas systems
Origins and evolution of eukaryotic RNA interference
artículo científico publicado en 2008
Origins and evolution of viruses of eukaryotes: The ultimate modularity
artículo científico publicado en 2015
Origins and impact of constraints in evolution of gene families
artículo científico publicado en 2006
Ortervirales: A new viral order unifying five families of reverse-transcribing viruses.
artículo científico publicado en 2018
Orthologous gene clusters and taxon signature genes for viruses of prokaryotes
artículo científico publicado en 2012
Orthologs of the small RPB8 subunit of the eukaryotic RNA polymerases are conserved in hyperthermophilic Crenarchaeota and "Korarchaeota".
artículo científico publicado en 2007
Orthologs, paralogs, and evolutionary genomics
artículo científico publicado en 2005
Orthology, paralogy and proposed classification for paralog subtypes
artículo científico publicado en 2002
PAMP and PARL, two novel putative metalloproteases interacting with the COOH-terminus of Presenilin-1 and -2
artículo científico publicado en 2001
Pandoraviruses are highly derived phycodnaviruses
artículo científico publicado en 2013
Parabolic replicator dynamics and the principle of minimum Tsallis information gain
artículo científico publicado en 2013
Paralogs and mutational robustness linked through transcriptional reprogramming
artículo científico publicado en 2005
Patterns of intron gain and conservation in eukaryotic genes
artículo científico publicado en 2007
Peptide-N-glycanases and DNA repair proteins, Xp-C/Rad4, are, respectively, active and inactivated enzymes sharing a common transglutaminase fold
artículo científico publicado en 2001
Phage lysis-lysogeny switches and programmed cell death: Danse macabre
artículo científico publicado en 2020
Phages build anti-defence barriers
artículo científico publicado en 2020
Phosphoesterase domains associated with DNA polymerases of diverse origins
⬇️
artículo científico publicado el 15 de agosto de 1998
Photosystem I gene cassettes are present in marine virus genomes
artículo científico publicado en 2009
Phyletic distribution and lineage-specific domain architectures of archaeal two-component signal transduction systems
artículo científico publicado en 2017
Phylogenomic analysis of the Giardia intestinalis transcarboxylase reveals multiple instances of domain fusion and fission in the evolution of biotin-dependent enzymes
artículo científico publicado en 2003
Phylogenomic analysis of the diversity of graspetides and proteins involved in their biosynthesis
artículo científico publicado en 2022
Phylogenomics of Cas4 family nucleases
artículo científico publicado en 2017
Phylogenomics of prokaryotic ribosomal proteins
artículo científico publicado en 2012
Phylogenomics of prokaryotic ribosomal proteins
Phylogeny of Cas9 determines functional exchangeability of dual-RNA and Cas9 among orthologous type II CRISPR-Cas systems
artículo científico publicado en 2013
Phylogeny of capsid proteins of rod-shaped and filamentous RNA plant viruses: two families with distinct patterns of sequence and probably structure conservation
artículo científico publicado en 1991
Phylogeny of capsid proteins of small icosahedral RNA plant viruses
artículo científico publicado el 1 de julio de 1991
Physical foundations of biological complexity
article published in the Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
Pineal serotonin N-acetyltransferase: expression cloning and molecular analysis
artículo científico publicado en 1995
Planctomycetes and eukaryotes: a case of analogy not homology
artículo científico publicado en 2011
Plant viruses of the Amalgaviridae family evolved via recombination between viruses with double-stranded and negative-strand RNA genomes
artículo científico publicado en 2015
Plasmodium falciparum protein associated with the invasion junction contains a conserved oxidoreductase domain
artículo científico publicado en 1995
Polintons, virophages and transpovirons: a tangled web linking viruses, transposons and immunity.
artículo científico publicado en 2017
Polintons: a hotbed of eukaryotic virus, transposon and plasmid evolution
artículo científico publicado en 2014
Positionally cloned human disease genes: patterns of evolutionary conservation and functional motifs
artículo científico publicado en 1997
Positive and strongly relaxed purifying selection drive the evolution of repeats in proteins
artículo científico publicado en 2016
Potential genomic determinants of hyperthermophily
artículo científico publicado en 2003
Poxvirus DNA primase
artículo científico publicado en 2007
Predator Dormancy is a Stable Adaptive Strategy due to Parrondo's Paradox
scientific article published on 12 December 2019
Predictability of evolutionary trajectories in fitness landscapes
artículo científico publicado en 2011
Predicted highly derived class 1 CRISPR-Cas system in Haloarchaea containing diverged Cas5 and Cas7 homologs but no CRISPR array
scientific article published on 01 April 2019
Predicted poxvirus FEN1-like nuclease required for homologous recombination, double-strand break repair and full-size genome formation
scientific article published on October 2009
Predicting functions from protein sequences--where are the bottlenecks?
artículo científico publicado en 1998
Prediction of an rRNA methyltransferase domain in human tumor-specific nucleolar protein P120.
artículo científico publicado en 1994
Prediction of the archaeal exosome and its connections with the proteasome and the translation and transcription machineries by a comparative-genomic approach
artículo científico publicado en 2001
Prediction of the incubation period for COVID-19 and future virus disease outbreaks
scientific article published on 30 November 2020
Prediction of the virus incubation period for COVID-19 and future outbreaks
artículo científico publicado en 2020
Prediction of transcription regulatory sites in Archaea by a comparative genomic approach
artículo científico publicado en 2000
Preferential loss and gain of introns in 3' portions of genes suggests a reverse-transcription mechanism of intron insertion
artículo científico publicado en 2004
Presence of ATG triplets in 5' untranslated regions of eukaryotic cDNAs correlates with a 'weak' context of the start codon
artículo científico publicado en 2001
Prevalence of intron gain over intron loss in the evolution of paralogous gene families
artículo científico publicado en 2004
Preview. The incredible expanding ancestor of eukaryotes
artículo científico publicado en 2010
Primordial spliceosomal introns were probably U2-type
artículo científico publicado en 2008
Projection of seasonal influenza severity from sequence and serological data
artículo científico publicado en 2010
Prokaryotic Virus Orthologous Groups (pVOGs): a resource for comparative genomics and protein family annotation
artículo científico publicado en 2016
Prokaryotic genomes: the emerging paradigm of genome-based microbiology
artículo científico publicado en 1997
Prokaryotic homologs of Argonaute proteins are predicted to function as key components of a novel system of defense against mobile genetic elements
artículo científico publicado en 2009
Prokaryotic homologs of the eukaryotic DNA-end-binding protein Ku, novel domains in the Ku protein and prediction of a prokaryotic double-strand break repair system
artículo científico publicado en 2001
Proposed Role for KaiC-Like ATPases as Major Signal Transduction Hubs in Archaea
artículo científico publicado en 2017
Protein fold recognition using sequence profiles and its application in structural genomics
artículo científico publicado en 2000
Protein sequence comparison at genome scale
artículo científico publicado en 1996
Protein sequence motifs
artículo científico publicado en 1996
Protein sequence similarity searches using patterns as seeds
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artículo científico publicado el 1 de septiembre de 1998
Proteomic Analysis of Methanonatronarchaeum thermophilum AMET1, a Representative of a Putative New Class of Euryarchaeota, "Methanonatronarchaeia".
artículo científico publicado en 2018
Proteomic and genomic signatures of repeat instability in cancer and adjacent normal tissues
artículo científico publicado en 2019
Proteorhodopsin genes in giant viruses
artículo científico publicado en 2012
Provirophages and transpovirons as the diverse mobilome of giant viruses
artículo científico publicado en 2012
Pseudo-chaotic oscillations in CRISPR-virus coevolution predicted by bifurcation analysis
artículo científico publicado en 2014
Pseudouridine synthases: four families of enzymes containing a putative uridine-binding motif also conserved in dUTPases and dCTP deaminases
artículo científico publicado en 1996
Publisher Correction: Anti-CRISPR proteins encoded by archaeal lytic viruses inhibit subtype I-D immunity
scholarly article by Fei He et al published 21 June 2018 in Nature Microbiology
Publisher Correction: Mutation-selection balance and compensatory mechanisms in tumour evolution
scientific article published on 14 December 2020
Purifying and directional selection in overlapping prokaryotic genes
artículo científico publicado en 2002
Purifying and positive selection in the evolution of stop codons.
artículo científico publicado en 2018
Putative 65 kDa protein of beet yellows closterovirus is a homologue of HSP70 heat shock proteins
artículo científico publicado en 1991
Putative papain-related thiol proteases of positive-strand RNA viruses. Identification of rubi- and aphthovirus proteases and delineation of a novel conserved domain associated with proteases of rubi-, alpha- and coronaviruses
artículo científico publicado en 1991
Q & A
article published in 2004
Quantifying the similarity of monotonic trajectories in rough and smooth fitness landscapes
artículo científico publicado en 2013
Quod erat demonstrandum? The mystery of experimental validation of apparently erroneous computational analyses of protein sequences
artículo científico publicado en 2001
RNA sequence of astrovirus: distinctive genomic organization and a putative retrovirus-like ribosomal frameshifting signal that directs the viral replicase synthesis
artículo científico publicado en 1993
RNA-guided DNA insertion with CRISPR-associated transposases
scientific article published on 06 June 2019
RNA-triggered protein cleavage and cell growth arrest by the type III-E CRISPR nuclease-protease
artículo científico publicado en 2022
RNase T shares conserved sequence motifs with DNA proofreading exonucleases
artículo científico publicado en 1993
Rapid evolution of a cyclin A inhibitor gene, roughex, in Drosophila.
artículo científico publicado en 2001
Recent Mobility of Casposons, Self-Synthesizing Transposons at the Origin of the CRISPR-Cas Immunity
artículo científico publicado en 2016
Reconstruction of ancestral protosplice sites
artículo científico publicado en 2004
Reconstruction of the evolution of microbial defense systems
artículo científico publicado en 2017
Recruitment of CRISPR-Cas systems by Tn7-like transposons
artículo científico publicado en 2017
Recurrent intragenomic recombination leading to sequence homogenization during the evolution of the lipoyl-binding domain
artículo científico publicado en 2002
Regeneration of peroxiredoxins by p53-regulated sestrins, homologs of bacterial AhpD
scientific journal article
Regulatory potential, phyletic distribution and evolution of ancient, intracellular small-molecule-binding domains.
artículo científico publicado en 2001
Related domains in yeast tRNA ligase, bacteriophage T4 polynucleotide kinase and RNA ligase, and mammalian myelin 2',3'-cyclic nucleotide phosphohydrolase revealed by amino acid sequence comparison
artículo científico publicado en 1990
Related giant viruses in distant locations and different habitats: Acanthamoeba polyphaga moumouvirus represents a third lineage of the Mimiviridae that is close to the megavirus lineage
artículo científico publicado en 2012
Relative contributions of intrinsic structural-functional constraints and translation rate to the evolution of protein-coding genes
artículo científico publicado en 2010
Remarkable interkingdom conservation of intron positions and massive, lineage-specific intron loss and gain in eukaryotic evolution
artículo científico publicado en 2003
Replaying the tape of life: quantification of the predictability of evolution
artículo científico publicado en 2012
Reply
article published in 1999
Reply to "codon usage frequency of RNA virus genomes from high-temperature acidic-environment metagenomes".
artículo científico publicado en 2013
Reply to 'Evolutionary placement of Methanonatronarchaeia'
scientific article published on 01 April 2019
Reply to Hedrick and Klitz: High haplotype discovery rate in the HLA locus
artículo científico publicado en 2019
Reply to Holmes and Duchêne, "Can Sequence Phylogenies Safely Infer the Origin of the Global Virome?": Deep Phylogenetic Analysis of RNA Viruses Is Highly Challenging but Not Meaningless
scientific article published on 16 April 2019
Response to Comment on "RNA-guided DNA insertion with CRISPR-associated transposases"
scientific article published on 01 June 2020
Reviewer acknowledgement
Reviving a culture of scientific debate
scientific article published in Nature
Rickettsiae and Chlamydiae: evidence of horizontal gene transfer and gene exchange
artículo científico publicado en 1999
Role of CED-4 in the activation of CED-3
⬇️
artículo científico publicado el 21 de agosto de 1997
Role of Rpn11 metalloprotease in deubiquitination and degradation by the 26S proteasome
artículo científico publicado en 2002
Role of mRNA structure in the control of protein folding
artículo científico publicado en 2016
Role of predicted metalloprotease motif of Jab1/Csn5 in cleavage of Nedd8 from Cul1.
artículo científico publicado en 2002
SAP - a putative DNA-binding motif involved in chromosomal organization
artículo científico publicado en 2000
SEALS: a system for easy analysis of lots of sequences
artículo científico publicado el 1 de enero de 1997
SPOUT: a class of methyltransferases that includes spoU and trmD RNA methylase superfamilies, and novel superfamilies of predicted prokaryotic RNA methylases.
artículo científico publicado en 2002
STAND, a class of P-loop NTPases including animal and plant regulators of programmed cell death: multiple, complex domain architectures, unusual phyletic patterns, and evolution by horizontal gene transfer
artículo científico publicado en 2004
SURVEY AND SUMMARY: holliday junction resolvases and related nucleases: identification of new families, phyletic distribution and evolutionary trajectories
artículo científico publicado en 2000
SWIM, a novel Zn-chelating domain present in bacteria, archaea and eukaryotes
artículo científico publicado en 2002
Saccharomyces cerevisiae SMT4 encodes an evolutionarily conserved protease with a role in chromosome condensation regulation
artículo científico publicado en 2001
Salmon Gill Poxvirus, the Deepest Representative of the Chordopoxvirinae
artículo científico publicado en 2015
Scale-free networks in biology: new insights into the fundamentals of evolution?
artículo científico publicado en 2002
Scores of RINGS but No PHDs in Ubiquitin Signaling
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artículo científico publicado el 1 de marzo de 2003
Screening of the closterovirus genome by degenerate primer-mediated polymerase chain reaction
artículo científico publicado en 1994
Search for a 'Tree of Life' in the thicket of the phylogenetic forest
artículo científico publicado en 2009
Searching for drug targets in microbial genomes
artículo científico publicado en 1999
Seeing the Tree of Life behind the phylogenetic forest
artículo científico publicado en 2013
Seeker: alignment-free identification of bacteriophage genomes by deep learning
artículo científico publicado en 2020
Selection for Reducing Energy Cost of Protein Production Drives the GC Content and Amino Acid Composition Bias in Gene Transfer Agents
artículo científico publicado en 2020
Selection for minimization of translational frameshifting errors as a factor in the evolution of codon usage
artículo científico publicado en 2009
Selection for short introns in highly expressed genes
artículo científico publicado en 2002
Selection in the evolution of gene duplications
artículo científico publicado en 2002
Selection on start codons in prokaryotes and potential compensatory nucleotide substitutions
artículo científico publicado en 2017
Self-regulated cleavage of the mitochondrial intramembrane-cleaving protease PARL yields Pbeta, a nuclear-targeted peptide
artículo científico publicado en 2004
Self-synthesizing transposons: unexpected key players in the evolution of viruses and defense systems
artículo científico publicado en 2016
Sequence - Evolution - Function: Computational Approaches in Comparative Genomics
artículo científico publicado en 2010
Sequence analysis of an exceptionally conserved operon suggests enzymes for a new link between histidine and purine biosynthesis
artículo científico publicado en 1997
Sequence analysis of eukaryotic developmental proteins: ancient and novel domains
artículo científico publicado en 1996
Sequence similarity analysis of Escherichia coli proteins: functional and evolutionary implications
artículo científico publicado en 1995
Sequencing and analysis of bacterial genomes
artículo científico publicado en 1996
Signs of positive selection of somatic mutations in human cancers detected by EST sequence analysis
artículo científico publicado en 2006
Similarities in RNA helicases
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artículo científico publicado el 25 de julio de 1991
Simple stochastic birth and death models of genome evolution: was there enough time for us to evolve?
artículo científico publicado en 2003
Site-selected mutagenesis of a conserved nucleotide binding HXGH motif located in the ATP sulfurylase domain of human bifunctional 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate synthase
artículo científico publicado en 1999
Small CRISPR RNAs guide antiviral defense in prokaryotes
artículo científico publicado en 2008
Small cysteine-rich proteins of different groups of plant RNA viruses are related to different families of nucleic acid-binding proteins
artículo científico publicado en 1991
Small cytoplasmic RNA from mouse cells covalently linked to a protein
scientific article published on 01 May 1988
SnapShot: Class 1 CRISPR-Cas Systems
artículo científico publicado en 2017
SnapShot: Class 2 CRISPR-Cas Systems
artículo científico publicado en 2017
Sobemovirus genome appears to encode a serine protease related to cysteine proteases of picornaviruses
artículo científico publicado en 1988
Sources of systematic error in functional annotation of genomes: domain rearrangement, non-orthologous gene displacement and operon disruption.
artículo científico publicado en 1998
Specific Expansion of Protein Families in the Radioresistant Bacterium Deinococcus Radiodurans
article
Splendor and misery of adaptation, or the importance of neutral null for understanding evolution
artículo científico publicado en 2016
SpoU protein of Escherichia coli belongs to a new family of putative rRNA methylases
artículo científico publicado en 1993
Stability along with extreme variability in core genome evolution
artículo científico publicado en 2013
Stable coevolutionary regimes for genetic parasites and their hosts: you must differ to coevolve
scientific article published on 14 December 2018
Structure and Activity of a Novel Archaeal β-CASP Protein with N-Terminal KH Domains
artículo científico publicado en 2011
Structure and function of virion RNA polymerase of a crAss-like phage
artículo científico publicado en 2020
Structure and regulation of the mouse ing1 gene. Three alternative transcripts encode two phd finger proteins that have opposite effects on p53 function
artículo científico publicado en 1999
Structure of the L (polymerase) protein gene of sonchus yellow net virus
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artículo científico publicado el 1 de julio de 1992
Structure-based insights into evolution of rhodopsins
artículo científico publicado en 2021
Substantial DNA methylation differences between two major neuronal subtypes in human brain
artículo científico publicado en 2015
Substantial Impact of Post Vaccination Contacts on Cumulative Infections during Viral Epidemics
artículo científico publicado en 2020
Substantial impact of post-vaccination contacts on cumulative infections during viral epidemics
artículo científico publicado en 2021
Substantial impact of post-vaccination contacts on cumulative infections during viral epidemics
artículo científico publicado en 2021
Superfamily of UvrA-related NTP-binding proteins. Implications for rational classification of recombination/repair systems
artículo científico publicado en 1990
Support for the Coelomata clade of animals from a rigorous analysis of the pattern of intron conservation
artículo científico publicado en 2007
Swift publication would reward good reviewers
artículo científico publicado en 2003
Systematic prediction of functionally linked genes in bacterial and archaeal genomes
artículo científico publicado en 2019
Systematic prediction of genes functionally linked to CRISPR-Cas systems by gene neighborhood analysis
article
Systemic determinants of gene evolution and function
artículo científico publicado en 2005
Systems biology of bacteriophage proteins and new dimensions of the virus world discovered through metagenomics.
artículo científico publicado en 2011
THUMP--a predicted RNA-binding domain shared by 4-thiouridine, pseudouridine synthases and RNA methylases
artículo científico publicado en 2001
TPV1, the first virus isolated from the hyperthermophilic genus Thermococcus
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artículo científico publicado el 12 de diciembre de 2011
TRAM, a predicted RNA-binding domain, common to tRNA uracil methylation and adenine thiolation enzymes
artículo científico publicado en 2001
TSG101 may be the prototype of a class of dominant negative ubiquitin regulators
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artículo científico publicado el 1 de agosto de 1997
Taking the first steps towards a standard for reporting on phylogenies: Minimum Information About a Phylogenetic Analysis (MIAPA)
artículo científico publicado en 2006
Tale of two serines
artículo científico publicado en 1989
Taming of the shrewd: novel eukaryotic genes from RNA viruses
artículo científico publicado en 2010
Taxonomy of the family Arenaviridae and the order Bunyavirales: update 2018.
artículo científico publicado en 2018
Taxonomy of the order Mononegavirales: update 2018.
artículo científico publicado en 2018
Template switching and duplications in SARS-CoV-2 genomes give rise to insertion variants that merit monitoring
artículo científico publicado en 2021
Temporal order of evolution of DNA replication systems inferred by comparison of cellular and viral DNA polymerases
artículo científico publicado en 2006
Temporal regulation of gene expression of the Thermus thermophilus bacteriophage P23-45.
artículo científico publicado en 2010
Tentative identification of RNA-dependent RNA polymerases of dsRNA viruses and their relationship to positive strand RNA viral polymerases
artículo científico publicado en 1989
The 35-kDa protein from the N-terminus of the potyviral polyprotein functions as a third virus-encoded proteinase
artículo científico publicado en 1991
The 64-kilodalton capsid protein homolog of Beet yellows virus is required for assembly of virion tails
artículo científico publicado en 2003
The ATP-cone: an evolutionarily mobile, ATP-binding regulatory domain.
artículo científico publicado en 2000
The Big Bang of picorna-like virus evolution antedates the radiation of eukaryotic supergroups
artículo científico publicado en 2008
The Biological Big Bang model for the major transitions in evolution
artículo científico publicado en 2007
The CMG (CDC45/RecJ, MCM, GINS) complex is a conserved component of the DNA replication system in all archaea and eukaryotes
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artículo científico publicado el 13 de febrero de 2012
The COG database: a tool for genome-scale analysis of protein functions and evolution
artículo científico publicado en 2000
The COG database: an updated version includes eukaryotes
artículo científico publicado en 2003
The COG database: new developments in phylogenetic classification of proteins from complete genomes
artículo científico publicado en 2001
The CRISPR Spacer Space Is Dominated by Sequences from Species-Specific Mobilomes
artículo científico publicado en 2017
The DNA-repair protein AlkB, EGL-9, and leprecan define new families of 2-oxoglutarate- and iron-dependent dioxygenases
artículo científico publicado en 2001
The Double-Stranded DNA Virosphere as a Modular Hierarchical Network of Gene Sharing
artículo científico publicado en 2016
The Escherichia coli hflA locus encodes a putative GTP-binding protein and two membrane proteins, one of which contains a protease-like domain
artículo científico publicado en 1993
The HD domain defines a new superfamily of metal-dependent phosphohydrolases
artículo científico publicado en 1998
The HORMA domain: a common structural denominator in mitotic checkpoints, chromosome synapsis and DNA repair
artículo científico publicado en 1998
The HicAB cassette, a putative novel, RNA-targeting toxin-antitoxin system in archaea and bacteria
artículo científico publicado en 2006
The LUCA and its complex virome
artículo científico publicado en 2020
The Miniature CRISPR-Cas12m Effector Binds DNA To Block Transcription
scientific article published in 2021
The NACHT family - a new group of predicted NTPases implicated in apoptosis and MHC transcription activation
artículo científico publicado en 2000
The Origin at 150: is a new evolutionary synthesis in sight?
artículo científico publicado en 2009
The SPANX gene family of cancer/testis-specific antigens: rapid evolution and amplification in African great apes and hominids
artículo científico publicado en 2004
The STAS domain - a link between anion transporters and antisigma-factor antagonists
scientific article published on 01 January 2000
The Turbulent Network Dynamics of Microbial Evolution and the Statistical Tree of Life
artículo científico publicado en 2015
The U box is a modified RING finger — a common domain in ubiquitination
artículo científico publicado en 2000
The Wolbachia genome of Brugia malayi: endosymbiont evolution within a human pathogenic nematode
artículo científico publicado en 2005
The alpha/beta fold uracil DNA glycosylases: a common origin with diverse fates
artículo científico publicado en 2000
The ancient Virus World and evolution of cells
artículo científico publicado en 2006
The bacterial replicative helicase DnaB evolved from a RecA duplication
artículo científico publicado en 2000
The basic building blocks and evolution of CRISPR-CAS systems
artículo científico
The catalytic domain of the P-type ATPase has the haloacid dehalogenase fold
artículo científico publicado en 1998
The chromo superfamily: new members, duplication of the chromo domain and possible role in delivering transcription regulators to chromatin
artículo científico publicado en 1995
The closterovirus-derived gene expression and RNA interference vectors as tools for research and plant biotechnology
artículo científico publicado en 2013
The common ancestry of life
artículo científico publicado en 2010
The complete genome of hyperthermophile Methanopyrus kandleri AV19 and monophyly of archaeal methanogens
artículo científico publicado en 2002
The complete sequence (22 kilobases) of murine coronavirus gene 1 encoding the putative proteases and RNA polymerase
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artículo científico publicado el 1 de febrero de 1991
The complex domain architecture of SAMD9 family proteins, predicted STAND-like NTPases, suggests new links to inflammation and apoptosis
artículo científico publicado en 2017
The cosmological model of eternal inflation and the transition from chance to biological evolution in the history of life
artículo científico publicado en 2007
The crAss-like Phage Group: How Metagenomics Reshaped the Human Virome
scientific article published on 28 February 2020
The cyanobacterial genome core and the origin of photosynthesis
artículo científico publicado en 2006
The cytidylyltransferase superfamily: identification of the nucleotide-binding site and fold prediction
artículo científico publicado en 1995
The deep archaeal roots of eukaryotes
artículo científico publicado en 2008
The depths of virus exaptation
The depths of virus exaptation
The dispersed archaeal eukaryome and the complex archaeal ancestor of eukaryotes
artículo científico publicado en 2014
The domains of death: evolution of the apoptosis machinery
artículo científico publicado en 1999
The double-edged sword of Lamarck: comment on "Diversity, evolution, and therapeutic applications of small RNAs in prokaryotic and eukaryotic immune systems" by Edwin L. Cooper and Nicola Overstreet
artículo científico publicado en 2013
The ecoresponsive genome of Daphnia pulex
artículo científico publicado en 2011
The emerging paradigm and open problems in comparative genomics.
artículo científico publicado en 1999
The enigmatic archaeal virosphere
artículo científico publicado en 2017
The evolution of eukaryotes
artículo científico publicado en 2007
The evolutionary journey of Argonaute proteins
artículo científico publicado en 2014
The fukutin protein family--predicted enzymes modifying cell-surface molecules
scientific article published on 01 November 1999
The fundamental units, processes and patterns of evolution, and the tree of life conundrum
artículo científico publicado en 2009
The gene for the longest known Escherichia coli protein is a member of helicase superfamily II.
artículo científico publicado en 1995
The genome of AR9, a giant transducing Bacillus phage encoding two multisubunit RNA polymerases
artículo científico publicado en 2016
The genome of molluscum contagiosum virus: analysis and comparison with other poxviruses
artículo científico publicado en 1997
The highly conserved KEOPS/EKC complex is essential for a universal tRNA modification, t6A
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artículo científico publicado el 24 de diciembre de 2010
The impact of comparative genomics on our understanding of evolution
artículo científico publicado en 2000
The meaning of biological information
artículo científico publicado en 2016
The miniature CRISPR-Cas12m effector binds DNA to block transcription
scientific article published in 2022
The origin and early evolution of eukaryotes in the light of phylogenomics
artículo científico publicado en 2010
The origin of introns and their role in eukaryogenesis: a compromise solution to the introns-early versus introns-late debate?
artículo científico publicado en 2006
The origins of cellular life
article published in 2014
The origins of phagocytosis and eukaryogenesis
artículo científico publicado en 2009
The phylogenetic forest and the quest for the elusive tree of life
artículo científico publicado en 2009
The phylogeny of RNA-dependent RNA polymerases of positive-strand RNA viruses
artículo científico publicado en 1991
The prokaryotic V4R domain is the likely ancestor of a key component of the eukaryotic vesicle transport system
artículo científico publicado en 2008
The proposed plant connexin is a protein kinase-like protein
artículo científico publicado en 1993
The relationship of protein conservation and sequence length
artículo científico publicado en 2002
The replication machinery of LUCA: common origin of DNA replication and transcription
artículo científico publicado en 2020
The rhomboids: a nearly ubiquitous family of intramembrane serine proteases that probably evolved by multiple ancient horizontal gene transfers
artículo científico publicado en 2003
The role of energy in the emergence of biology from chemistry
artículo científico publicado en 2012
The role of lineage-specific gene family expansion in the evolution of eukaryotes
artículo científico publicado en 2002
The second cholera toxin, Zot, and its plasmid-encoded and phage-encoded homologues constitute a group of putative ATPases with an altered purine NTP-binding motif
artículo científico publicado el 2 de noviembre de 1992
The structure and evolution of Penelope in the virilis species group of Drosophila: an ancient lineage of retroelements
artículo científico publicado en 2001
The structure of the protein universe and genome evolution
artículo científico publicado en 2002
The superfamily of UvrA-related ATPases includes three more subunits of putative ATP-dependent nucleases
artículo científico publicado el 1 de enero de 1992
The tree and net components of prokaryote evolution
artículo científico publicado en 2010
The universal distribution of evolutionary rates of genes and distinct characteristics of eukaryotic genes of different apparent ages
artículo científico publicado en 2009
The vast, conserved mammalian lincRNome
artículo científico publicado en 2013
The virophage as a unique parasite of the giant mimivirus
artículo científico publicado en 2008
The wonder world of microbial viruses
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artículo científico publicado el 1 de octubre de 2010
Theory of prokaryotic genome evolution
artículo científico publicado en 2016
Thousands of previously unknown phages discovered in whole-community human gut metagenomes
artículo científico publicado en 2021
Three distinct modes of intron dynamics in the evolution of eukaryotes
artículo científico publicado en 2007
Three families of Asgard archaeal viruses identified in metagenome-assembled genomes
artículo científico publicado en 2022
Toprim--a conserved catalytic domain in type IA and II topoisomerases, DnaG-type primases, OLD family nucleases and RecR proteins
artículo científico publicado en 1998
Towards a postmodern synthesis of evolutionary biology
artículo científico publicado en 2009
Towards functional characterization of archaeal genomic dark matter
artículo científico publicado en 2019
Towards understanding the first genome sequence of a crenarchaeon by genome annotation using clusters of orthologous groups of proteins (COGs)
artículo científico publicado en 2000
Transcription of mammalian messenger RNAs by a nuclear RNA polymerase of mitochondrial origin
artículo científico publicado en 2005
Transcriptome dynamics of Deinococcus radiodurans recovering from ionizing radiation
artículo científico publicado en 2003
Translational coupling via termination-reinitiation in archaea and bacteria
scientific article published on 05 September 2019
Transposable Element Insertions in Long Intergenic Non-Coding RNA Genes
artículo científico publicado en 2015
Trends in prokaryotic evolution revealed by comparison of closely related bacterial and archaeal genomes
artículo científico publicado en 2008
Trends in protein evolution inferred from sequence and structure analysis.
artículo científico publicado en 2002
Two C or not two C: recurrent disruption of Zn-ribbons, gene duplication, lineage-specific gene loss, and horizontal gene transfer in evolution of bacterial ribosomal proteins
artículo científico publicado en 2001
Two domains of superfamily I helicases may exist as separate proteins
artículo científico publicado en 1996
Two early genes of bacteriophage T5 encode proteins containing an NTP-binding sequence motif and probably involved in DNA replication, recombination and repair
artículo científico publicado en 1989
Two fundamentally different classes of microbial genes
artículo científico publicado en 2016
Two new families of the FtsZ-tubulin protein superfamily implicated in membrane remodeling in diverse bacteria and archaea
artículo científico publicado en 2010
Two related superfamilies of putative helicases involved in replication, recombination, repair and expression of DNA and RNA genomes
artículo científico publicado en 1989
U12 intron positions are more strongly conserved between animals and plants than U2 intron positions
artículo científico publicado en 2008
Ultrastructural localization and epitope mapping of the methyltransferase-like and helicase-like proteins of Beet yellows virus
artículo científico publicado en 2001
Uncertainty-aware and interpretable evaluation of Cas9–gRNA and Cas12a–gRNA specificity for fully matched and partially mismatched targets with Deep Kernel Learning
scientific article published on 12 November 2021
Uncovering the functional diversity of rare CRISPR-Cas systems with deep terascale clustering
artículo científico publicado en 2023
Unexpected connections between type VI-B CRISPR-Cas systems, bacterial natural competence, ubiquitin signaling network and DNA modification through a distinct family of membrane proteins
artículo científico publicado en 2019
Unexpected sequence similarity between nucleosidases and phosphoribosyltransferases of different specificity
artículo científico publicado en 1994
Unification of Cas protein families and a simple scenario for the origin and evolution of CRISPR-Cas systems
artículo científico publicado en 2011
Unifying measures of gene function and evolution
artículo científico publicado en 2006
Unique structure and function of viral rhodopsins
scientific article published on 30 October 2019
Universal distribution of mutational effects on protein stability, uncoupling of protein robustness from sequence evolution and distinct evolutionary modes of prokaryotic and eukaryotic proteins
artículo científico publicado en 2015
Universal distribution of protein evolution rates as a consequence of protein folding physics
artículo científico publicado en 2010
Universal pacemaker of genome evolution
artículo científico publicado en 2012
Universal pacemaker of genome evolution in animals and fungi and variation of evolutionary rates in diverse organisms
artículo científico publicado en 2014
Unusual insertion element polymorphisms in the promoter and terminator regions of the mucAB-like genes of R471a and R446b
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artículo científico publicado el 2 de febrero de 1998
Updated clusters of orthologous genes for Archaea: a complex ancestor of the Archaea and the byways of horizontal gene transfer
artículo científico publicado en 2012
Using the COG database to improve gene recognition in complete genomes
artículo científico publicado en 2000
Vaccinia virus F16 protein, a predicted catalytically inactive member of the prokaryotic serine recombinase superfamily, is targeted to nucleoli
artículo científico publicado en 2011
Vaccinia virus encodes four putative DNA and/or RNA helicases distantly related to each other
artículo científico publicado el 1 de abril de 1992
Varidnaviruses in the Human Gut: A Major Expansion of the Order Vinavirales
Vast diversity of prokaryotic virus genomes encoding double jelly-roll major capsid proteins uncovered by genomic and metagenomic sequence analysis
artículo científico publicado en 2018
Viral AlkB proteins repair RNA damage by oxidative demethylation
artículo científico publicado en 2008
Viral diversity threshold for adaptive immunity in prokaryotes
artículo científico publicado en 2012
Viral proteins containing the purine NTP-binding sequence pattern
artículo científico publicado en 1989
Viral rhodopsins 1 are an unique family of light-gated cation channels
artículo científico publicado en 2020
Viriforms-A New Category of Classifiable Virus-Derived Genetic Elements
scientific article published in 2023
ViroidDB: a database of viroids and viroid-like circular RNAs
artículo científico publicado en 2022
Viroids and Viroid-like Circular RNAs: Do They Descend from Primordial Replicators?
Virology: A parasite's parasite saves host's neighbours
artículo científico publicado en 2016
Virology: Gulliver among the Lilliputians
artículo científico publicado en 2005
Virophages, polintons, and transpovirons: a complex evolutionary network of diverse selfish genetic elements with different reproduction strategies
artículo científico publicado en 2013
Virus Genomes from Deep Sea Sediments Expand the Ocean Megavirome and Support Independent Origins of Viral Gigantism
artículo científico publicado en 2019
Virus world as an evolutionary network of viruses and capsidless selfish elements
artículo científico publicado en 2014
Virus-borne mini-CRISPR arrays are involved in interviral conflicts
scientific article published on 15 November 2019
Virus-host arms race at the joint origin of multicellularity and programmed cell death
artículo científico publicado en 2014
Viruses Defined by the Position of the Virosphere within the Replicator Space
artículo científico publicado en 2021
Viruses and mobile elements as drivers of evolutionary transitions
artículo científico publicado en 2016
Viruses know more than one way to don a cap
artículo científico publicado en 2010
Viruses of archaea: Structural, functional, environmental and evolutionary genomics.
artículo científico publicado en 2017
Viruses with more than 1,000 genes: Mamavirus, a new Acanthamoeba polyphaga mimivirus strain, and reannotation of Mimivirus genes
artículo científico publicado en 2011
Whence genes in pieces: reconstruction of the exon-intron gene structures of the last eukaryotic common ancestor and other ancestral eukaryotes
artículo científico publicado en 2012
Who's your neighbor? New computational approaches for functional genomics
artículo científico publicado en 2000
Why the Central Dogma: on the nature of the great biological exclusion principle
artículo científico publicado en 2015
Widespread positive selection in synonymous sites of mammalian genes
artículo científico publicado en 2007
Winnowing sequences from a database search
artículo científico publicado en 2000
X-ray structure of the complex of regulatory subunits of human DNA polymerase delta
artículo científico publicado en 2008
Yeast POL5 is an evolutionarily conserved regulator of rDNA transcription unrelated to any known DNA polymerases
artículo científico publicado en 2003
Yeast chromosome III: new gene functions.
artículo científico publicado en 1994
Yeast protein controlling inter-organelle communication is related to bacterial phosphatases containing the Hsp 70-type ATP-binding domain
artículo científico publicado en 1994
YjeQ, an essential, conserved, uncharacterized protein from Escherichia coli, is an unusual GTPase with circularly permuted G-motifs and marked burst kinetics
artículo científico publicado en 2002
dlg-R proteins: modified guanylate kinases
artículo científico publicado en 1992
p53 gain-of-function: tumor biology and bioinformatics come together
artículo científico publicado en 2005