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Lista de obras de Vijay Pande

"Cross-graining": efficient multi-scale simulation via Markov state models.

artículo científico publicado en 2010

A Simple Model Predicts Experimental Folding Rates and a Hub-Like Topology ⬇️

artículo científico publicado el 11 de abril de 2012

A bundling of viral fusion mechanisms

artículo científico publicado en 2011

A minimum variance clustering approach produces robust and interpretable coarse-grained models.

artículo científico publicado en 2017

A molecular interpretation of 2D IR protein folding experiments with Markov state models

artículo científico publicado en 2014

A network of molecular switches controls the activation of the two-component response regulator NtrC.

artículo científico publicado en 2015

A new set of molecular mechanics parameters for hydroxyproline and its use in molecular dynamics simulations of collagen-like peptides

artículo científico publicado en 2005

A role for confined water in chaperonin function

artículo científico publicado en 2008

Absolute comparison of simulated and experimental protein-folding dynamics

artículo científico publicado en 2002

Accelerated Molecular Dynamics Simulations with the AMOEBA Polarizable Force Field on Graphics Processing Units

artículo científico publicado en 2013

Accelerating molecular dynamic simulation on graphics processing units

artículo científico publicado en 2009

Accurate and efficient corrections for missing dispersion interactions in molecular simulations

artículo científico publicado en 2007

Activation pathway of Src kinase reveals intermediate states as targets for drug design

artículo científico publicado en 2014

Adaptive Seeding: A New Method for Simulating Biologically Relevant Timescales

Advanced Potential Energy Surfaces for Molecular Simulation

artículo científico publicado en 2016

Alchemical free energy methods for drug discovery: progress and challenges

artículo científico publicado en 2011

Are Protein Force Fields Getting Better? A Systematic Benchmark on 524 Diverse NMR Measurements

artículo científico publicado en 2012

Assessment of the protein-structure refinement category in CASP8

artículo científico publicado en 2009

Atomic-resolution simulations predict a transition state for vesicle fusion defined by contact of a few lipid tails

artículo científico publicado en 2010

Atomistic folding simulations of the five-helix bundle protein λ(6−85).

artículo científico publicado en 2011

Atomistic protein folding simulations on the submillisecond time scale using worldwide distributed computing

artículo científico publicado en 2003

Automated Discovery and Refinement of Reactive Molecular Dynamics Pathways

artículo científico publicado en 2015

Automated design of collective variables using supervised machine learning

scientific article published on 01 September 2018

Automatic Selection of Order Parameters in the Analysis of Large Scale Molecular Dynamics Simulations.

artículo científico publicado en 2014

Automatic discovery of metastable states for the construction of Markov models of macromolecular conformational dynamics

artículo científico publicado en 2007

Bayesian analysis of isothermal titration calorimetry for binding thermodynamics

artículo científico publicado en 2018

Bayesian comparison of Markov models of molecular dynamics with detailed balance constraint

artículo científico publicado en 2009

Bayesian detection of intensity changes in single molecule and molecular dynamics trajectories

artículo científico publicado en 2010

Bayesian energy landscape tilting: towards concordant models of molecular ensembles

artículo científico publicado en 2014

Bayesian inference for Brownian dynamics ⬇️

artículo científico publicado el 19 de julio de 2010

Bayesian single-exponential kinetics in single-molecule experiments and simulations

artículo científico publicado en 2009

Bayesian update method for adaptive weighted sampling

artículo científico publicado en 2006

Building Force Fields: An Automatic, Systematic, and Reproducible Approach.

artículo científico publicado en 2014

Building a More Predictive Protein Force Field: A Systematic and Reproducible Route to AMBER-FB15.

artículo científico publicado en 2017

CAMPAIGN: an open-source library of GPU-accelerated data clustering algorithms ⬇️

artículo científico publicado el 27 de junio de 2011

CCMA: A Robust, Parallelizable Constraint Method for Molecular Simulations

artículo científico publicado en 2010

CHARMM-GUI Input Generator for NAMD, GROMACS, AMBER, OpenMM, and CHARMM/OpenMM Simulations Using the CHARMM36 Additive Force Field

artículo científico publicado en 2015

Calculation of rate spectra from noisy time series data.

artículo científico publicado en 2011

Calculations of the electric fields in liquid solutions

artículo científico publicado en 2013

Characterization and Rapid Sampling of Protein Folding Markov State Model Topologies ⬇️

artículo científico publicado el 11 de octubre de 2011

Chemical denaturants inhibit the onset of dewetting

artículo científico publicado en 2008

Choosing weights for simulated tempering

artículo científico publicado en 2007

Cloud computing approaches for prediction of ligand binding poses and pathways.

artículo científico publicado en 2015

Cloud-based simulations on Google Exacycle reveal ligand modulation of GPCR activation pathways

artículo científico publicado en 2013

Combining molecular dynamics with bayesian analysis to predict and evaluate ligand-binding mutations in influenza hemagglutinin

artículo científico publicado en 2009

Combining mutual information with structural analysis to screen for functionally important residues in influenza hemagglutinin

artículo científico publicado en 2009

Comparison of computational approaches for predicting the effects of missense mutations on p53 function

artículo científico publicado en 2008

Comparison of efficiency and bias of free energies computed by exponential averaging, the Bennett acceptance ratio, and thermodynamic integration

artículo científico publicado en 2005

Complex pathways in folding of protein G explored by simulation and experiment.

artículo científico publicado en 2014

Computational Modeling of β-Secretase 1 (BACE-1) Inhibitors Using Ligand Based Approaches.

artículo científico publicado en 2016

Conformational heterogeneity of the calmodulin binding interface.

artículo científico publicado en 2016

Conserve Water: A Method for the Analysis of Solvent in Molecular Dynamics.

artículo científico publicado en 2015

Control of membrane fusion mechanism by lipid composition: predictions from ensemble molecular dynamics

artículo científico publicado en 2007

Convergence of folding free energy landscapes via application of enhanced sampling methods in a distributed computing environment

artículo científico publicado en 2008

Copernicus

Corrigendum: Cloud-based simulations on Google Exacycle reveal ligand modulation of GPCR activation pathways

scientific article published on 01 September 2015

Corrigendum: Conformational heterogeneity of the calmodulin binding interface.

artículo científico publicado en 2016

Current status of the AMOEBA polarizable force field

artículo científico publicado en 2010

Derivation and assessment of phase-shifted, disordered vector field models for frustrated solvent interactions ⬇️

artículo científico publicado el 28 de febrero de 2013

Dimerization of the p53 oligomerization domain: identification of a folding nucleus by molecular dynamics simulations.

artículo científico publicado en 2005

Direct calculation of the binding free energies of FKBP ligands

artículo científico publicado en 2005

Discovering chemistry with an ab initio nanoreactor

artículo científico publicado en 2014

Discovery of a regioselectivity switch in nitrating P450s guided by molecular dynamics simulations and Markov models

artículo científico publicado en 2016

Discovery of novel brain permeable and G protein-biased beta-1 adrenergic receptor partial agonists for the treatment of neurocognitive disorders

artículo científico publicado en 2017

Does native state topology determine the RNA folding mechanism?

artículo científico publicado en 2004

Does water play a structural role in the folding of small nucleic acids?

artículo científico publicado en 2005

Dynamical model of the CLC-2 ion channel reveals conformational changes associated with selectivity-filter gating

scientific article published on 30 March 2020

Dynamical phase transitions reveal amyloid-like states on protein folding landscapes

artículo científico publicado en 2014

Dynamical reweighting: improved estimates of dynamical properties from simulations at multiple temperatures

artículo científico publicado en 2011

Effects of familial mutations on the monomer structure of Aβ₄₂.

artículo científico publicado en 2012

Efficient gaussian density formulation of volume and surface areas of macromolecules on graphical processing units

artículo científico publicado en 2017

Efficient maximum likelihood parameterization of continuous-time Markov processes

artículo científico publicado en 2015

Efficient nonbonded interactions for molecular dynamics on a graphics processing unit

artículo científico publicado en 2010

Eigenvalues of the homogeneous finite linear one step master equation: Applications to downhill folding ⬇️

artículo científico publicado el 7 de diciembre de 2012

Electric fields at the active site of an enzyme: direct comparison of experiment with theory.

artículo científico publicado en 2006

Elucidating Ligand-Modulated Conformational Landscape of GPCRs Using Cloud-Computing Approaches

artículo científico

Emergence of Glass-like Behavior in Markov State Models of Protein Folding Dynamics ⬇️

artículo científico publicado el 3 de abril de 2013

Empirical force-field assessment: The interplay between backbone torsions and noncovalent term scaling

artículo científico publicado en 2005

Engineering a Single-Agent Cytokine/Antibody Fusion That Selectively Expands Regulatory T Cells for Autoimmune Disease Therapy

artículo científico publicado en 2018

Enhanced Modeling via Network Theory: Adaptive Sampling of Markov State Models ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2010

Ensemble molecular dynamics yields submillisecond kinetics and intermediates of membrane fusion

artículo científico publicado en 2006

Entropy-production-driven oscillators in simple nonequilibrium networks

artículo científico publicado en 2015

Equilibrium Free Energies from Nonequilibrium Measurements Using Maximum-Likelihood Methods ⬇️

artículo científico publicado el 2 de octubre de 2003

Erratum: Corrigendum: Discovering chemistry with an ab initio nanoreactor

artículo científico publicado en 2014

Error analysis and efficient sampling in Markovian state models for molecular dynamics

artículo científico publicado en 2005

Everything you wanted to know about Markov State Models but were afraid to ask

artículo científico publicado en 2010

Exploring the helix-coil transition via all-atom equilibrium ensemble simulations

artículo científico publicado en 2005

Extremely precise free energy calculations of amino acid side chain analogs: Comparison of common molecular mechanics force fields for proteins

article

Finding Our Way in the Dark Proteome

artículo científico publicado en 2016

Foldamer dynamics expressed via Markov state models. I. Explicit solvent molecular-dynamics simulations in acetonitrile, chloroform, methanol, and water

artículo científico publicado en 2005

Foldamer dynamics expressed via Markov state models. II. State space decomposition

artículo científico publicado en 2005

Foldamer simulations: novel computational methods and applications to poly-phenylacetylene oligomers

artículo científico publicado en 2004

Folding and misfolding of the collagen triple helix: Markov analysis of molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2007

Folding probabilities: a novel approach to folding transitions and the two-dimensional Ising-model

scientific article published on 01 April 2004

Folding@home: Lessons from eight years of volunteer distributed computing

article published in 2009

Functional understanding of solvent structure in GroEL cavity through dipole field analysis ⬇️

artículo científico publicado el 28 de abril de 2013

Heat dissipation guides activation in signaling proteins

artículo científico publicado en 2015

Heterogeneity even at the speed limit of folding: large-scale molecular dynamics study of a fast-folding variant of the villin headpiece

artículo científico publicado en 2007

How does averaging affect protein structure comparison on the ensemble level?

artículo científico publicado en 2004

How well can simulation predict protein folding kinetics and thermodynamics?

artículo científico publicado en 2005

Identification of simple reaction coordinates from complex dynamics. ⬇️

artículo científico publicado en 2017

Improvements in Markov State Model Construction Reveal Many Non-Native Interactions in the Folding of NTL9 ⬇️

artículo científico publicado el 9 de abril de 2013

Inclusion of persistence length-based secondary structure in replica field theoretic models of heteropolymer freezing

artículo científico publicado en 2013

Increased detection of structural templates using alignments of designed sequences ⬇️

artículo científico publicado el 15 de mayo de 2003

Inferring the rate-length law of protein folding

artículo científico publicado en 2013

Inside the chaperonin toolbox: theoretical and computational models for chaperonin mechanism

artículo científico publicado en 2009

Insights into nucleic acid conformational dynamics from massively parallel stochastic simulations

artículo científico publicado en 2003

Introduction and overview of this book

artículo científico publicado en 2014

Investigating how peptide length and a pathogenic mutation modify the structural ensemble of amyloid beta monomer.

artículo científico publicado en 2012

Kinetic computational alanine scanning: application to p53 oligomerization

artículo científico publicado en 2006

Kinetic definition of protein folding transition state ensembles and reaction coordinates

artículo científico publicado en 2006

Learning Kinetic Distance Metrics for Markov State Models of Protein Conformational Dynamics

artículo científico publicado en 2013

Length dependent folding kinetics of phenylacetylene oligomers: structural characterization of a kinetic trap

artículo científico publicado en 2005

Local structure formation in simulations of two small proteins

artículo científico publicado en 2006

Low Data Drug Discovery with One-Shot Learning

artículo científico publicado en 2017

MDTraj: A Modern Open Library for the Analysis of Molecular Dynamics Trajectories.

artículo científico publicado en 2015

MSMBuilder2: Modeling Conformational Dynamics on the Picosecond to Millisecond Scale ⬇️

artículo científico publicado el 11 de octubre de 2011

MSMBuilder: Statistical Models for Biomolecular Dynamics.

artículo científico publicado en 2017

Marked difference in saxitoxin and tetrodotoxin affinity for the human nociceptive voltage-gated sodium channel (Nav1.7) [corrected]

artículo científico publicado en 2012

Markov State Models and tICA Reveal a Nonnative Folding Nucleus in Simulations of NuG2.

artículo científico publicado en 2016

Markov State Models: From an Art to a Science.

artículo científico publicado en 2018

Markov modeling reveals novel intracellular modulation of the human TREK-2 selectivity filter

artículo científico publicado en 2017

Markov state model reveals folding and functional dynamics in ultra-long MD trajectories

artículo científico publicado en 2011

Markov state models provide insights into dynamic modulation of protein function

artículo científico publicado en 2015

Millisecond dynamics of BTK reveal kinome-wide conformational plasticity within the apo kinase domain. ⬇️

artículo científico publicado en 2017

Modeling molecular kinetics with tICA and the kernel trick

artículo científico publicado en 2015

Modeling the mechanism of CLN025 beta-hairpin formation

artículo científico publicado en 2017

Molecular Dynamics Simulations for the Ranking, Evaluation, and Refinement of Computationally Designed Proteins ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2013

Molecular dynamics simulation of lipid reorientation at bilayer edges.

artículo científico publicado en 2004

Molecular simulation of ab initio protein folding for a millisecond folder NTL9(1-39)

artículo científico publicado en 2010

Molecular simulation of multistate peptide dynamics: a comparison between microsecond timescale sampling and multiple shorter trajectories

artículo científico publicado en 2008

MoleculeNet: a benchmark for molecular machine learning.

artículo científico publicado en 2017

Multiplexed-replica exchange molecular dynamics method for protein folding simulation

artículo científico publicado en 2003

Nanotube confinement denatures protein helices.

artículo científico publicado en 2006

Native-like mean structure in the unfolded ensemble of small proteins

artículo científico publicado en 2002

Non-bulk-like solvent behavior in the ribosome exit tunnel

artículo científico publicado en 2010

Note: MSM lag time cannot be used for variational model selection.

artículo científico publicado en 2017

Note: Variational encoding of protein dynamics benefits from maximizing latent autocorrelation

scientific article published on 01 December 2018

One-dimensional reaction coordinate and the corresponding potential of mean force from commitment probability distribution

artículo científico publicado en 2005

OpenMM 4: A Reusable, Extensible, Hardware Independent Library for High Performance Molecular Simulation

artículo científico publicado en 2012

OpenMM 7: Rapid development of high performance algorithms for molecular dynamics.

artículo científico publicado en 2017

OpenMM: A Hardware Independent Framework for Molecular Simulations

artículo científico publicado en 2015

Optimal use of data in parallel tempering simulations for the construction of discrete-state Markov models of biomolecular dynamics ⬇️

artículo científico publicado el 28 de junio de 2011

Optimized parameter selection reveals trends in Markov state models for protein folding.

artículo científico publicado en 2016

PAPER--accelerating parallel evaluations of ROCS.

artículo científico publicado en 2010

Parallelized-over-parts computation of absolute binding free energy with docking and molecular dynamics

artículo científico publicado en 2006

Percolation-like phase transitions in network models of protein dynamics

artículo científico publicado en 2015

Persistent Topology and Metastable State in Conformational Dynamics ⬇️

artículo científico publicado el 2 de abril de 2013

Persistent voids: a new structural metric for membrane fusion.

artículo científico publicado en 2007

Perspective: Computational chemistry software and its advancement as illustrated through three grand challenge cases for molecular science

artículo científico publicado en 2018

Polarizable Atomic Multipole X-Ray Refinement: Particle Mesh Ewald Electrostatics for Macromolecular Crystals

artículo científico publicado en 2011

Polarizable atomic multipole X-ray refinement: application to peptide crystals

artículo científico publicado en 2009

Polarizable atomic multipole x-ray refinement: hydration geometry and application to macromolecules

artículo científico publicado en 2010

Potential-based dynamical reweighting for Markov state models of protein dynamics

artículo científico publicado en 2015

PotentialNet for Molecular Property Prediction

artículo científico publicado en 2018

Predicting small-molecule solvation free energies: an informal blind test for computational chemistry

artículo científico publicado en 2008

Predicting structure and dynamics of loosely-ordered protein complexes: influenza hemagglutinin fusion peptide.

artículo científico publicado en 2007

Probing the origins of two-state folding

artículo científico publicado en 2013

Progress and challenges in the automated construction of Markov state models for full protein systems

artículo científico publicado en 2009

Protein Folding Is Mechanistically Robust ⬇️

artículo científico publicado el 21 de febrero de 2012

Protein folded states are kinetic hubs

artículo científico publicado en 2010

Protein folding under confinement: a role for solvent

artículo científico publicado en 2007

Quantitative comparison of villin headpiece subdomain simulations and triplet-triplet energy transfer experiments

artículo científico publicado en 2011

RNA simulations: probing hairpin unfolding and the dynamics of a GNRA tetraloop

artículo científico publicado en 2002

Rapid equilibrium sampling initiated from nonequilibrium data

artículo científico publicado en 2009

Rationally designed turn promoting mutation in the amyloid-β peptide sequence stabilizes oligomers in solution

artículo científico publicado en 2011

Rattling the cage: computational models of chaperonin-mediated protein folding

artículo científico publicado en 2008

Reintroducing Electrostatics into Macromolecular Crystallographic Refinement: Application to Neutron Crystallography and DNA Hydration

artículo científico publicado en 2011

Revised Parameters for the AMOEBA Polarizable Atomic Multipole Water Model

artículo científico publicado en 2015

SWEETLEAD: an in silico database of approved drugs, regulated chemicals, and herbal isolates for computer-aided drug discovery

artículo científico publicado en 2013

Sequence optimization for native state stability determines the evolution and folding kinetics of a small protein

artículo científico publicado en 2003

Side-chain recognition and gating in the ribosome exit tunnel.

artículo científico publicado en 2008

Simbios: an NIH national center for physics-based simulation of biological structures

artículo científico publicado en 2011

Simple few-state models reveal hidden complexity in protein folding ⬇️

artículo científico publicado el 9 de julio de 2012

Simulated tempering yields insight into the low-resolution Rosetta scoring functions

artículo científico publicado en 2009

Simulated unfolded-state ensemble and the experimental NMR structures of villin headpiece yield similar wide-angle solution X-ray scattering profiles

scientific article published on 01 September 2006

Simulating oligomerization at experimental concentrations and long timescales: A Markov state model approach

artículo científico publicado en 2008

Simulation of folding of a small alpha-helical protein in atomistic detail using worldwide-distributed computing

artículo científico publicado en 2002

Simulations of the role of water in the protein-folding mechanism

artículo científico publicado en 2004

Slow unfolded-state structuring in Acyl-CoA binding protein folding revealed by simulation and experiment

artículo científico publicado en 2012

Solvation free energies of amino acid side chain analogs for common molecular mechanics water models

artículo científico publicado en 2005

Solvent viscosity dependence of the folding rate of a small protein: distributed computing study

artículo científico publicado en 2003

Solvent viscosity dependence of the protein folding dynamics

artículo científico publicado en 2008

Solving the RNA design problem with reinforcement learning.

artículo científico publicado en 2018

Splitting probabilities as a test of reaction coordinate choice in single-molecule experiments.

artículo científico publicado en 2011

Statistical model selection for Markov models of biomolecular dynamics

artículo científico publicado en 2014

Structural basis for influence of viral glycans on ligand binding by influenza hemagglutinin.

artículo científico publicado en 2008

Systematic improvement of a classical molecular model of water

artículo científico publicado en 2013

Taming the complexity of protein folding ⬇️

artículo científico publicado el 1 de febrero de 2011

The Fip35 WW domain folds with structural and mechanistic heterogeneity in molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2009

The Simbios National Center: Systems Biology in Motion

artículo científico publicado en 2008

The Trp cage: folding kinetics and unfolded state topology via molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2002

The roles of entropy and kinetics in structure prediction

artículo científico publicado en 2009

The social network (of protein conformations)

artículo científico publicado en 2011

The solvation interface is a determining factor in peptide conformational preferences

artículo científico publicado en 2005

Theory for an order-driven disruption of the liquid state in water

artículo científico publicado en 2008

Thoroughly sampling sequence space: large-scale protein design of structural ensembles

artículo científico publicado en 2002

To milliseconds and beyond: challenges in the simulation of protein folding

artículo científico

Towards simple kinetic models of functional dynamics for a kinase subfamily

scientific article published on 09 July 2018

Training and Validation of a Liquid-Crystalline Phospholipid Bilayer Force Field

artículo científico publicado en 2016

Transfer Learning from Markov Models Leads to Efficient Sampling of Related Systems.

artículo científico publicado en 2017

Transferable neural networks for enhanced sampling of protein dynamics

artículo científico publicado en 2018

Transition path theory analysis of c-Src kinase activation

artículo científico publicado en 2016

Trp zipper folding kinetics by molecular dynamics and temperature-jump spectroscopy.

scholarly article

Tungstate as a Transition State Analog for Catalysis by Alkaline Phosphatase

artículo científico publicado en 2016

Unfolded-state dynamics and structure of protein L characterized by simulation and experiment

artículo científico publicado en 2010

United polarizable multipole water model for molecular mechanics simulation ⬇️

artículo científico publicado en 2015

Using massively parallel simulation and Markovian models to study protein folding: examining the dynamics of the villin headpiece

artículo científico publicado en 2006

Using path sampling to build better Markovian state models: predicting the folding rate and mechanism of a tryptophan zipper beta hairpin

artículo científico publicado en 2004

Validation of Markov state models using Shannon's entropy.

artículo científico publicado en 2006

Variational cross-validation of slow dynamical modes in molecular kinetics ⬇️

artículo científico publicado en 2015

Variational encoding of complex dynamics

scientific article published on 01 June 2018

Ward Clustering Improves Cross-Validated Markov State Models of Protein Folding.

artículo científico publicado en 2017

Water ordering at membrane interfaces controls fusion dynamics

artículo científico publicado en 2011

tICA-Metadynamics: Accelerating Metadynamics by Using Kinetically Selected Collective Variables.

artículo científico publicado en 2017

Folding@home

volunteer computing project simulating protein folding

Rings of Power

videojuego de rol de 1992

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