Filtros de búsqueda

Lista de obras de Pierre Baldi

A 3-Dimensional Trimeric β-Barrel Model for Chlamydia MOMP Contains Conserved and Novel Elements of Gram-Negative Bacterial Porins ⬇️

artículo científico publicado el 25 de julio de 2013

A Burkholderia pseudomallei protein microarray reveals serodiagnostic and cross-reactive antigens

scholarly article

A CROC stronger than ROC: measuring, visualizing and optimizing early retrieval.

artículo científico publicado en 2010

A Genomic Analysis Pipeline and Its Application to Pediatric Cancers

artículo científico publicado en 2014

A WNT/p21 Circuit Directed by the C-Clamp, a Sequence-Specific DNA Binding Domain in TCFs ⬇️

artículo científico publicado el 9 de julio de 2012

A genome-wide proteome array reveals a limited set of immunogens in natural infections of humans and white-footed mice with Borrelia burgdorferi

artículo científico publicado en 2008

A machine learning information retrieval approach to protein fold recognition.

artículo científico publicado en 2006

A non-pharmacological therapeutic approach in the gut triggers distal metabolic rewiring capable of ameliorating diet-induced dysfunctions encompassed by metabolic syndrome

artículo científico publicado en 2020

A prospective analysis of the Ab response to Plasmodium falciparum before and after a malaria season by protein microarray

artículo científico publicado en 2010

A scalable and integrative system for pathway bioinformatics and systems biology

artículo científico publicado en 2010

A tandem affinity tag for two-step purification under fully denaturing conditions: application in ubiquitin profiling and protein complex identification combined with in vivocross-linking

artículo científico publicado en 2006

A unifying kinetic framework for modeling oxidoreductase-catalyzed reactions ⬇️

artículo científico publicado el 23 de abril de 2013

Accurate and efficient target prediction using a potency-sensitive influence-relevance voter

artículo científico publicado en 2015

An enhanced MITOMAP with a global mtDNA mutational phylogeny

artículo científico publicado en 2006

Assessment of predictions submitted for the CASP7 domain prediction category.

artículo científico publicado en 2007

Asymptotic normality of some Graph-Related statistics

artículo científico publicado en 1989

Bayesian Causality

artículo científico publicado en 2019

Bayesian surprise attracts human attention

artículo científico publicado en 2008

Biomimetic Design of Protein Nanomaterials for Hydrophobic Molecular Transport

artículo científico publicado en 2012

COBEpro: a novel system for predicting continuous B-cell epitopes

artículo científico publicado en 2008

COBRA: a computational brewing application for predicting the molecular composition of organic aerosols

artículo científico publicado en 2012

ChemDB: a public database of small molecules and related chemoinformatics resources

artículo científico publicado en 2005

Chemoinformatics, drug design, and systems biology.

artículo científico publicado en 2005

CircadiOmics: circadian omic web portal.

artículo científico publicado en 2018

Circadian acetylome reveals regulation of mitochondrial metabolic pathways

artículo científico publicado en 2013

Circadian clock regulates the host response to Salmonella

artículo científico publicado en 2013

Circadian control of fatty acid elongation by SIRT1 protein-mediated deacetylation of acetyl-coenzyme A synthetase 1.

artículo científico publicado en 2014

Classifying shoulder implants in X-ray images using deep learning

artículo científico publicado en 2020

Cocaine-mediated circadian reprogramming in the striatum through dopamine D2R and PPARγ activation

artículo científico publicado en 2020

Combining Deep Learning With Optical Coherence Tomography Imaging to Determine Scalp Hair and Follicle Counts

scientific article published on 22 September 2020

Combining docking site and phosphosite predictions to find new substrates: identification of smoothelin-like-2 (SMTNL2) as a c-Jun N-terminal kinase (JNK) substrate

artículo científico publicado en 2013

Comparative Circadian Metabolomics Reveal Differential Effects of Nutritional Challenge in the Serum and Liver

artículo científico publicado en 2015

Complex-valued autoencoders ⬇️

artículo científico publicado el 4 de mayo de 2012

Computational and single-molecule force studies of a macro domain protein reveal a key molecular determinant for mechanical stability

artículo científico publicado en 2010

Computational prediction and experimental verification of new MAP kinase docking sites and substrates including Gli transcription factors

artículo científico publicado en 2010

Contrastive Learning and Neural Oscillations

Coordination of the transcriptome and metabolome by the circadian clock ⬇️

artículo científico publicado el 19 de marzo de 2012

Correction: Serological Profiling of a Candida albicans Protein Microarray Reveals Permanent Host-Pathogen Interplay and Stage-Specific Responses during Candidemia

artículo científico publicado en 2010

Cyber-T web server: differential analysis of high-throughput data

artículo científico publicado en 2012

Cycles in spatial and temporal chromosomal organization driven by the circadian clock

artículo científico publicado en 2013

Data structures and compression algorithms for genomic sequence data

artículo científico publicado en 2009

Data structures and compression algorithms for high-throughput sequencing technologies

artículo científico publicado en 2010

Data-Driven High-Throughput Prediction of the 3-D Structure of Small Molecules: Review and Progress ⬇️

artículo científico publicado el 18 de marzo de 2011

Data-Driven High-Throughput Prediction of the 3-D Structure of Small Molecules: Review and Progress. A Response to the Letter by the Cambridge Crystallographic Data Centre ⬇️

artículo científico publicado el 7 de diciembre de 2011

Deep Architectures and Deep Learning in Chemoinformatics: The Prediction of Aqueous Solubility for Drug-Like Molecules ⬇️

artículo científico publicado el 2 de julio de 2013

Deep Learning Analysis of Vibrational Spectra of Bacterial Lysate for Rapid Antimicrobial Susceptibility Testing

artículo científico publicado en 2020

Deep architectures for protein contact map prediction ⬇️

artículo científico publicado el 30 de julio de 2012

Deep-Learning Convolutional Neural Networks Accurately Classify Genetic Mutations in Gliomas

artículo científico publicado en 2018

Development and validation of a deep neural network model to predict postoperative mortality, acute kidney injury, and reintubation using a single feature set

scientific article published on 20 April 2020

Development of a Novel Cross-linking Strategy for Fast and Accurate Identification of Cross-linked Peptides of Protein Complexes ⬇️

artículo científico publicado el 24 de agosto de 2010

Differential analysis of DNA microarray gene expression data

artículo científico publicado en 2003

Discovery of power-laws in chemical space.

artículo científico publicado en 2008

Distinct Circadian Signatures in Liver and Gut Clocks Revealed by Ketogenic Diet.

artículo científico publicado en 2017

Distribution patterns of over-represented k-mers in non-coding yeast DNA.

artículo científico publicado en 2002

Editorial: Charting Chemical Space: Challenges and Opportunities for Artificial Intelligence and Machine Learning.

artículo científico publicado en 2011

Epigenetic regulation of the circadian gene Per1 contributes to age-related changes in hippocampal memory

scientific article published in Nature Communications

Erratum to "Muscle insulin sensitivity and glucose metabolism are controlled by the intrinsic muscle clock" [Mol Metab 3 (2014) 29-41].

artículo científico publicado en 2014

Fold recognition by scoring protein maps using the congruence coefficient

scientific article published on 25 September 2020

From protein microarrays to diagnostic antigen discovery: a study of the pathogen Francisella tularensis

artículo científico publicado en 2007

Function and Regulation of Cph2 in Candida albicans

artículo científico publicado en 2015

GRHL3/GET1 and trithorax group members collaborate to activate the epidermal progenitor differentiation program

artículo científico publicado en 2012

Genome-Wide Identification of Bcl11b Gene Targets Reveals Role in Brain-Derived Neurotrophic Factor Signaling ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2011

Global gene expression profiling in Escherichia coli K12. The effects of leucine-responsive regulatory protein

artículo científico publicado en 2002

Global gene expression profiling in Escherichia coli K12. The effects of oxygen availability and FNR.

artículo científico publicado en 2003

Global gene expression profiling in Escherichia coli K12: effects of oxygen availability and ArcA.

artículo científico publicado en 2005

Global landscape of recent inferred Darwinian selection for Homo sapiens

artículo científico publicado en 2005

Graph kernels for chemical informatics

artículo científico publicado en 2005

Guidelines for Genome-Scale Analysis of Biological Rhythms

artículo científico publicado en 2017

Gut microbiota directs PPARγ-driven reprogramming of the liver circadian clock by nutritional challenge

artículo científico publicado en 2016

Hashing algorithms and data structures for rapid searches of fingerprint vectors

artículo científico publicado en 2010

High-throughput prediction of protein antigenicity using protein microarray data ⬇️

artículo científico publicado el 7 de octubre de 2010

Hippocampal gene expression patterns linked to late-life physical activity oppose age and AD-related transcriptional decline

scientific article published on 20 February 2019

How noisy and replicable are DNA microarry data?

artículo científico publicado en 2005

Identification of Immunodominant Antigens by Probing a Whole Chlamydia trachomatis Open Reading Frame Proteome Microarray Using Sera from Immunized Mice ⬇️

artículo científico publicado el 18 de octubre de 2010

Identification of humoral immune responses in protein microarrays using DNA microarray data analysis techniques

artículo científico publicado en 2006

Identification of immunodominant antigens of Chlamydia trachomatis using proteome microarrays

artículo científico publicado en 2009

Immunodominant Francisella tularensis antigens identified using proteome microarray

artículo científico publicado en 2007

Improved residue contact prediction using support vector machines and a large feature set.

artículo científico publicado en 2007

Improving the prediction of protein secondary structure in three and eight classes using recurrent neural networks and profiles.

artículo científico publicado en 2002

Incorporating post-translational modifications and unnatural amino acids into high-throughput modeling of protein structures.

artículo científico publicado en 2014

Influence relevance voting: an accurate and interpretable virtual high throughput screening method

artículo científico publicado en 2009

Inner and Outer Recursive Neural Networks for Chemoinformatics Applications

artículo científico publicado en 2018

Integration of feeding behavior by the liver circadian clock reveals network dependency of metabolic rhythms

artículo científico publicado en 2021

Large scale immune profiling of infected humans and goats reveals differential recognition of Brucella melitensis antigens

artículo científico publicado en 2010

Large-scale prediction of disulphide bridges using kernel methods, two-dimensional recursive neural networks, and weighted graph matching

artículo científico publicado en 2006

Learning in the Machine: Random Backpropagation and the Deep Learning Channel

scholarly article by Pierre Baldi et al published July 2018 in Artificial Intelligence

Learning to play Go using recursive neural networks

artículo científico publicado en 2008

Leptin engages a hypothalamic neurocircuitry to permit survival in the absence of insulin

artículo científico publicado en 2013

LineUp: statistical detection of chromosomal homology with application to plant comparative genomics

artículo científico publicado en 2003

Local features determine Ty3 targeting frequency at RNA polymerase III transcription start sites

scientific article published on 27 June 2019

Longitudinal Monitoring of Biofilm Formation via Robust Surface-Enhanced Raman Scattering Quantification of Pseudomonas aeruginosa-Produced Metabolites

artículo científico publicado en 2018

Lung Adenocarcinoma Distally Rewires Hepatic Circadian Homeostasis

artículo científico publicado en 2016

MITOMAP: a human mitochondrial genome database--2004 update

artículo científico publicado en 2005

MITOMASTER: a bioinformatics tool for the analysis of mitochondrial DNA sequences

artículo científico publicado en 2009

Machine learning methods for protein structure prediction

artículo científico publicado en 2008

Mapping the protein interaction network of the human COP9 signalosome complex using a label-free QTAX strategy

artículo científico publicado en 2012

Mapping the structural topology of the yeast 19S proteasomal regulatory particle using chemical cross-linking and probabilistic modeling

artículo científico publicado en 2012

Mathematical correction for fingerprint similarity measures to improve chemical retrieval

artículo científico publicado en 2007

Metabolic changes associated with methionine stress sensitivity in MDA-MB-468 breast cancer cells

artículo científico publicado en 2016

Metabolomic and transcriptomic signatures of prenatal excessive methionine support nature rather than nurture in schizophrenia pathogenesis

scientific article published on 30 July 2020

Methyl Anion Affinities of the Canonical Organic Functional Groups

scientific article published on 04 March 2020

MiR-29 coordinates age-dependent plasticity brakes in the adult visual cortex

scientific article published on 07 October 2020

Minimizing the overlap problem in protein NMR: a computational framework for precision amino acid labeling.

artículo científico publicado en 2007

Mir-132/212 is required for maturation of binocular matching of orientation preference and depth perception

artículo científico publicado en 2017

Mitochondrial Akt Signaling Modulated Reprogramming of Somatic Cells

scientific article published on 09 July 2019

Mitochondrial mutations and polymorphisms in psychiatric disorders

artículo científico publicado en 2012

Mitochondrial mutations in subjects with psychiatric disorders

artículo científico publicado en 2015

Modeling of Mitochondria Bioenergetics Using a Composable Chemiosmotic Energy Transduction Rate Law: Theory and Experimental Validation ⬇️

artículo científico publicado el 8 de septiembre de 2011

Modular DAG-RNN architectures for assembling coarse protein structures.

artículo científico publicado en 2006

MotifMap-RNA: a genome-wide map of RBP binding sites

artículo científico publicado en 2017

MotifMap: a human genome-wide map of candidate regulatory motif sites

artículo científico publicado en 2008

MotifMap: integrative genome-wide maps of regulatory motif sites for model species

artículo científico publicado en 2011

Muscle insulin sensitivity and glucose metabolism are controlled by the intrinsic muscle clock

scientific article published on 23 October 2013

Neural Networks and Principal Component Analysis: Learning from Examples Without Local Minima

article

No electron left behind: a rule-based expert system to predict chemical reactions and reaction mechanisms

artículo científico publicado en 2009

On the relationship between deterministic and probabilistic directed Graphical models: from Bayesian networks to recursive neural networks.

artículo científico publicado en 2005

One- to four-dimensional kernels for virtual screening and the prediction of physical, chemical, and biological properties.

artículo científico publicado en 2007

PEPITO: improved discontinuous B-cell epitope prediction using multiple distance thresholds and half sphere exposure

artículo científico publicado en 2008

Partitioning circadian transcription by SIRT6 leads to segregated control of cellular metabolism

artículo científico publicado en 2014

Prediction of coordination number and relative solvent accessibility in proteins.

artículo científico publicado en 2002

Prediction of protein stability changes for single-site mutations using support vector machines

artículo científico publicado en 2006

Profiling humoral immune responses to P. falciparum infection with protein microarrays

artículo científico publicado en 2008

Profiling the humoral immune response to infection by using proteome microarrays: high-throughput vaccine and diagnostic antigen discovery

artículo científico publicado en 2005

Protein profiles: Biases and protocols

artículo científico publicado en 2020

Quantum Mechanics and Machine Learning Synergies: Graph Attention Neural Networks to Predict Chemical Reactivity

artículo científico publicado en 2022

Rationally selected single‐site mutants of the Thermoascus aurantiacus endoglucanase increase hydrolytic activity on cellulosic substrates ⬇️

artículo científico publicado el 2 de enero de 2012

Reprogramming of the circadian clock by nutritional challenge.

artículo científico publicado en 2013

Reshaping circadian metabolism in the suprachiasmatic nucleus and prefrontal cortex by nutritional challenge

artículo científico publicado en 2020

Retrotransposon profiling of RNA polymerase III initiation sites

artículo científico publicado en 2012

S-adenosyl-l-homocysteine hydrolase links methionine metabolism to the circadian clock and chromatin remodeling

artículo científico publicado en 2020

SELECTpro: effective protein model selection using a structure-based energy function resistant to BLUNDERs

artículo científico publicado en 2008

SIDEpro: A novel machine learning approach for the fast and accurate prediction of side‐chain conformations ⬇️

artículo científico publicado el 9 de noviembre de 2011

SSpro/ACCpro 5: almost perfect prediction of protein secondary structure and relative solvent accessibility using profiles, machine learning and structural similarity.

artículo científico publicado en 2014

Sequence Assembly of Yarrowia lipolytica Strain W29/CLIB89 Shows Transposable Element Diversity

artículo científico publicado en 2016

Serological profiling of a Candida albicans protein microarray reveals permanent host-pathogen interplay and stage-specific responses during candidemia

artículo científico publicado en 2010

Small-molecule 3D structure prediction using open crystallography data

artículo científico publicado en 2013

Speeding up chemical searches using the inverted index: the convergence of chemoinformatics and text search methods

artículo científico publicado en 2012

Sterile protective immunity to malaria is associated with a panel of novel P. falciparum antigens

artículo científico publicado en 2011

Structural proteomics of the poxvirus family

artículo científico

Structure, self-assembly, and properties of a truncated reflectin variant

scientific article published on 15 December 2020

Structure-based inhibitor design of AccD5, an essential acyl-CoA carboxylase carboxyltransferase domain of Mycobacterium tuberculosis

artículo científico publicado en 2006

TMBpro: secondary structure, beta-contact and tertiary structure prediction of transmembrane beta-barrel proteins

artículo científico publicado en 2007

Temporal Evolution of Generalization during Learning in Linear Networks

article published in 1991

The Dropout Learning Algorithm

artículo científico publicado en 2014

The TCF C-clamp DNA binding domain expands the Wnt transcriptome via alternative target recognition

artículo científico publicado en 2014

The TY3 Gag3 Spacer Controls Intracellular Condensation and Uncoating ⬇️

artículo científico publicado el 26 de enero de 2011

The absence of favorable aromatic interactions between beta-sheet peptides.

artículo científico publicado en 2005

The central clock suffices to drive the majority of circulatory metabolic rhythms

artículo científico publicado en 2022

The fixed-size Luria-Delbruck model with a nonzero death rate

artículo científico publicado en 2007

The neuron-specific chromatin regulatory subunit BAF53b is necessary for synaptic plasticity and memory

artículo científico publicado en 2013

The pervasiveness and plasticity of circadian oscillations: the coupled circadian-oscillators framework

artículo científico publicado en 2015

The stability and complexity of antibody responses to the major surface antigen of Plasmodium falciparum are associated with age in a malaria endemic area

artículo científico publicado en 2011

Three-stage prediction of protein beta-sheets by neural networks, alignments and graph algorithms.

artículo científico publicado en 2005

Towards a systems view of IBS

artículo científico publicado en 2015

Training and Validation of Deep Neural Networks for the Prediction of 90-Day Post-Liver Transplant Mortality Using UNOS Registry Data

scientific article published on 08 January 2020

Tree and Hashing Data Structures to Speed up Chemical Searches: Analysis and Experiments

artículo científico publicado en 2011

Ty3 capsid mutations reveal early and late functions of the amino-terminal domain

artículo científico publicado en 2007

User contribution and trust in Wikipedia

artículo científico publicado en 2012

VIRALpro: a tool to identify viral capsid and tail sequences

artículo científico publicado en 2016

Weakly Supervised Polyp Segmentation in Colonoscopy Images Using Deep Neural Networks

artículo científico publicado en 2022

What time is it? Deep learning approaches for circadian rhythms

artículo científico publicado en 2016

What time is it? Deep learning approaches for circadian rhythms

artículo científico publicado en 2016

When is chemical similarity significant? The statistical distribution of chemical similarity scores and its extreme values

artículo científico publicado en 2010

Dominio Público Uruguay está sostenido por:

Acerca de Dominio Público Uruguay

Ayuda