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Lista de obras de Oliver G. Pybus

A Bayesian phylogenetic method to estimate unknown sequence ages

artículo científico publicado en 2010

A Bayesian statistical analysis of human T-cell lymphotropic virus evolutionary rates

artículo científico publicado en 2004

A Genomic Survey of SARS-CoV-2 Reveals Multiple Introductions into Northern California without a Predominant Lineage

artículo científico publicado en 2020

A Molecular-Level Account of the Antigenic Hantaviral Surface

artículo científico publicado en 2016

A Molecular-Level Account of the Antigenic Hantaviral Surface

A Phylogenetic Codon Substitution Model for Antibody Lineages

artículo científico publicado en 2017

A Protective Monoclonal Antibody Targets a Site of Vulnerability on the Surface of Rift Valley Fever Virus

artículo científico publicado en 2018

A computational method for the identification of Dengue, Zika and Chikungunya virus species and genotypes

artículo científico publicado en 2019

A computationally tractable birth-death model that combines phylogenetic and epidemiological data

scientific article published on 11 February 2022

A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology

artículo científico publicado en 2020

A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 to assist genomic epidemiology

artículo científico publicado en 2020

A mechanistic evolutionary model explains the time-dependent pattern of substitution rates in viruses

artículo científico publicado en 2021

A naturally protective epitope of limited variability as an influenza vaccine target

artículo científico publicado en 2018

A new evolutionary model for hepatitis C virus chronic infection

artículo científico publicado en 2012

A potent neutralizing epitope of limited variability in the head domain of haemagglutinin as a novel influenza vaccine target

A reversal of fortunes: climate change 'winners' and 'losers' in Antarctic Peninsula penguins

artículo científico publicado en 2014

A standardized framework for accurate, high-throughput genotyping of recombinant and non-recombinant viral sequences

artículo científico publicado en 2009

A structural basis for antibody-mediated neutralization of Nipah virus reveals a site of vulnerability at the fusion glycoprotein apex

scientific article published on 25 November 2019

A transitional endogenous lentivirus from the genome of a basal primate and implications for lentivirus evolution

artículo científico publicado en 2008

A10 The evolution and molecular epidemiology of epidemic GII.17 noroviruses.

artículo científico publicado en 2017

A32 Genomic surveillance of Zika virus transmission in the Amazonas State, Brazil

scholarly article by Marta Giovanetti et al published 22 August 2019 in Virus Evolution

A38 Genomic epidemiology quantifies gaps in Aedes-borne virus transmission in the Americas

A60 Revealing the evolution of virulence in RNA viruses

Adaptation of HIV-1 to human leukocyte antigen class I

artículo científico publicado en 2009

An expanded taxonomy of hepatitis C virus genotype 6: Characterization of 22 new full-length viral genomes

artículo científico publicado en 2015

An integrated framework for the inference of viral population history from reconstructed genealogies.

artículo científico publicado en 2000

An investigation of transmission control measures during the first 50 days of the COVID-19 epidemic in China

scientific article published on 31 March 2020

Analysis of the Evolutionary Forces in an Immunodominant CD8 Epitope in Hepatitis C Virus at a Population Level

artículo científico publicado en 2008

Analysis of the Evolutionary Forces in an Immunodominant CD8 Epitope in Hepatitis C Virus at a Population Level

artículo científico publicado en 2011

Ancient chicken remains reveal the origins of virulence in Marek’s disease virus

artículo científico publicado en 2023

Ancient urbanization predicts genetic resistance to tuberculosis

artículo científico publicado en 2010

Antibody responses to avian influenza viruses in wild birds broaden with age.

artículo científico publicado en 2016

Are Skyline Plot-Based Demographic Estimates Overly Dependent on Smoothing Prior Assumptions?

artículo científico publicado en 2021

Assessing the impact of COVID-19 border restrictions on dengue transmission in Yunnan Province, China: an observational epidemiological and phylogenetic analysis

artículo científico publicado en 2021

Assessing the role of live poultry trade in community-structured transmission of avian influenza in China

artículo científico publicado en 2020

Assignment of epidemiological lineages in an emerging pandemic using the pangolin tool

Author Correction: Malaria elimination on Hainan Island despite climate change

correction of a scholarly article

Author Correction: Metagenomic sequencing with spiked primer enrichment for viral diagnostics and genomic surveillance

scientific article published on 01 March 2020

B-cell depletion reveals a role for antibodies in the control of chronic HIV-1 infection

artículo científico publicado en 2010

Bacterial natural transformation by highly fragmented and damaged DNA ⬇️

artículo científico publicado en 2013

Bayesian coalescent inference of past population dynamics from molecular sequences

artículo científico publicado en 2005

COVID-19 pandemic interventions reshaped the global dispersal of seasonal influenza viruses

artículo científico publicado en 2024

Changing epidemiology of human parvovirus 4 infection in sub-Saharan Africa.

artículo científico publicado en 2010

Characterization of Hepatitis C Virus (HCV) Envelope Diversification from Acute to Chronic Infection within a Sexually Transmitted HCV Cluster by Using Single-Molecule, Real-Time Sequencing

artículo científico publicado en 2017

Characterization of Hepatitis C Virus Recombination in Cameroon by Use of Nonspecific Next-Generation Sequencing

artículo científico publicado en 2015

Characterization of full-length hepatitis C virus sequences for subtypes 1e, 1h and 1l, and a novel variant revealed Cameroon as an area in origin for genotype 1.

artículo científico publicado en 2013

Chikungunya virus outbreak in the Amazon region: replacement of the Asian genotype by an ECSA lineage

article

Chronology of the HIV-1 CRF07_BC expansion in East Asia

article

Clinical, immunological and virological characterization of COVID-19 patients that test re-positive for SARS-CoV-2 by RT-PCR

scientific article published on 24 August 2020

Coalescent Inference Using Serially Sampled, High-Throughput Sequencing Data from Intrahost HIV Infection

artículo científico publicado en 2016

Coalescent inference using serially sampled, high-throughput sequencing data from intra-host HIV infection

article

Colonial history and contemporary transmission shape the genetic diversity of hepatitis C virus genotype 2 in Amsterdam

artículo científico publicado en 2012

Comparative micro-epidemiology of pathogenic avian influenza virus outbreaks in a wild bird population

artículo científico publicado en 2019

Comparative population dynamics of HIV-1 subtypes B and C: subtype-specific differences in patterns of epidemic growth.

artículo científico publicado en 2004

Comparative population dynamics of mosquito-borne flaviviruses

artículo científico publicado en 2003

Complete genome sequencing and phylogenetic analysis of HCV isolates from China reveals a new subtype, designated 6u.

artículo científico publicado en 2008

Complete genomes for hepatitis C virus subtypes 6f, 6i, 6j and 6m: viral genetic diversity among Thai blood donors and infected spouses

artículo científico publicado en 2007

Complete genomes of hepatitis C virus (HCV) subtypes 6c, 6l, 6o, 6p and 6q: completion of a full panel of genomes for HCV genotype 6.

artículo científico publicado en 2007

Computational and molecular analysis of conserved influenza A virus RNA secondary structures involved in infectious virion production

scientific article published on 11 July 2016

Conserved secondary structures predicted within the 5′ packaging signal region of influenza A virus PB2 segment

Contact between bird species of different lifespans can promote the emergence of highly pathogenic avian influenza strains

artículo científico publicado en 2014

Correlating viral phenotypes with phylogeny: accounting for phylogenetic uncertainty

artículo científico publicado en 2007

Corrigendum to “Explosive HIV-1 subtype B' epidemics in Asia driven by geographic and risk group founder events” [Virology 402 (2010) 223–227]

article

Cross-border spread, lineage displacement and evolutionary rate estimation of rabies virus in Yunnan Province, China

artículo científico publicado en 2017

Crowding and the epidemic intensity of COVID-19 transmission

artículo científico publicado en 2020

Crowding and the shape of COVID-19 epidemics

artículo científico publicado en 2020

Defining HIV-1 transmission clusters based on sequence data

artículo científico publicado en 2017

Detecting natural selection in RNA virus populations using sequence summary statistics

artículo científico publicado en 2009

Different epidemic potentials of the HIV-1B and C subtypes

artículo científico publicado en 2005

Discovery and analysis of the first endogenous lentivirus

artículo científico publicado en 2007

Discovery of a persistent Zika virus lineage in Bahia, Brazil

article

Discovery of a polyomavirus in European badgers (Meles meles) and the evolution of host range in the family Polyomaviridae

artículo científico publicado en 2015

Disease-associated XMRV sequences are consistent with laboratory contamination

artículo científico publicado en 2010

Distinct Zika Virus Lineage in Salvador, Bahia, Brazil

artículo científico publicado en 2016

Distinct rates and patterns of spread of the major HIV-1 subtypes in Central and East Africa

scientific article published on 06 December 2019

Do antiviral CD8+ T cells select hepatitis C virus escape mutants? Analysis in diverse epitopes targeted by human intrahepatic CD8+ T lymphocytes.

artículo científico publicado en 2006

Dominant influence of an HLA-B27 restricted CD8+ T cell response in mediating HCV clearance and evolution

artículo científico publicado en 2006

Dynamics of conflict during the Ebola outbreak in the Democratic Republic of the Congo 2018-2019

artículo científico publicado en 2020

Dynamics of immunoglobulin sequence diversity in HIV-1 infected individuals

artículo científico publicado en 2015

Early Genomic Detection of Cosmopolitan Genotype of Dengue Virus Serotype 2, Angola, 2018

artículo científico publicado en 2019

Early evaluation of the Wuhan City travel restrictions in response to the 2019 novel coronavirus outbreak

artículo científico publicado en 2020

Early genomic detection of the Cosmopolitan Genotype of Dengue Virus 2 in Angola, 2018

artículo científico publicado en 2018

Early identification of dengue virus lineage replacement in Brazil using portable genomic surveillance

artículo científico publicado en 2019

Editorial: A home for virology, ecology, epidemiology, and evolutionary biology

artículo científico publicado en 2015

Effect of Live Poultry Market Interventions on Influenza A(H7N9) Virus, Guangdong, China

artículo científico publicado en 2016

Effects of neutralizing antibodies on escape from CD8+ T-cell responses in HIV-1 infection

artículo científico publicado en 2015

Eight challenges in phylodynamic inference.

artículo científico publicado en 2014

Eight novel hepatitis C virus genomes reveal the changing taxonomic structure of genotype 6.

artículo científico publicado en 2012

Emergence and persistence of the Chikungunya virus East-Central-South-African genotype in Northeast Brazil

artículo científico publicado en 2017

Emergence and potential for spread of Chikungunya virus in Brazil

artículo científico publicado en 2015

Emergence of the Zika virus Asian lineage in Angola

artículo científico publicado en 2019

Endogenous viral elements in shrew genomes provide insights into <i>Pestivirus</i> ancient history

artículo científico publicado en 2022

Epidemic History and Iatrogenic Transmission of Blood-borne Viruses in Mid-20th Century Kinshasa.

artículo científico publicado en 2016

Epidemic dynamics revealed in dengue evolution.

artículo científico publicado en 2009

Epidemic establishment and cryptic transmission of Zika virus in Brazil and the Americas

artículo científico publicado en 2017

Epidemiological and clinical characteristics of the COVID-19 epidemic in Brazil

artículo científico publicado en 2020

Epidemiological and clinical characteristics of the early phase of the COVID-19 epidemic in Brazil

artículo científico publicado en 2020

Epidemiological and ecological determinants of Zika virus transmission in an urban setting

artículo científico publicado en 2017

Epidemiological and ecological determinants of Zika virus transmission in an urban setting.

artículo científico publicado en 2017

Epidemiological data from the COVID-19 outbreak, real-time case information

artículo científico publicado en 2020

Epidemiological hypothesis testing using a phylogeographic and phylodynamic framework

artículo científico publicado en 2020

Epidemiology of Chikungunya Virus in Bahia, Brazil, 2014-2015

artículo científico publicado en 2016

Epidemiology of the Zika Virus Outbreak in the Cabo Verde Islands, West Africa.

artículo científico publicado en 2018

Epidemiology of the Zika virus outbreak in the Cabo Verde Islands, West Africa

artículo científico publicado en 2017

Epidemiology: Sexual transmission of HIV in Africa

artículo científico publicado en 2003

Epistatic interactions between genetic disorders of hemoglobin can explain why the sickle-cell gene is uncommon in the Mediterranean

artículo científico publicado en 2009

Erratum: The multifurcating skyline plot

scientific article published on 01 July 2019

Establishment and cryptic transmission of Zika virus in Brazil and the Americas

artículo científico publicado en 2017

Establishment and lineage dynamics of the SARS-CoV-2 epidemic in the UK

artículo científico publicado en 2021

Estimating reassortment rates in co-circulating Eurasian swine influenza viruses

artículo científico publicado en 2012

Estimating the date of origin of an HIV-1 circulating recombinant form.

artículo científico publicado en 2009

Evaluating the Effects of SARS-CoV-2 Spike Mutation D614G on Transmissibility and Pathogenicity

artículo científico publicado en 2020

Evaluating the effects of SARS-CoV-2 Spike mutation D614G on transmissibility and pathogenicity

artículo científico publicado en 2020

Evaluation of Viremia Frequencies of a Novel Human Pegivirus by Using Bioinformatic Screening and PCR

artículo científico publicado en 2016

Evidence of a large, international network of HCV transmission in HIV-positive men who have sex with men

artículo científico publicado en 2009

Evolution and Diversity of the Human Leukocyte Antigen(HLA)

artículo científico publicado en 2015

Evolution and Transmission of Respiratory Syncytial Group A (RSV-A) Viruses in Guangdong, China 2008-2015.

artículo científico publicado en 2016

Evolution and dispersal of St. Louis encephalitis virus in the Americas

artículo científico publicado en 2008

Evolution and epidemic spread of SARS-CoV-2 in Brazil

artículo científico

Evolution and epidemic spread of SARS-CoV-2 in Brazil

preprint publicado en 2020

Evolution of the human immunodeficiency virus envelope gene is dominated by purifying selection.

artículo científico publicado en 2006

Evolutionary Analyses of Base-Pairing Interactions in DNA and RNA Secondary Structures

scientific article published on 01 February 2020

Evolutionary Dynamics of Oropouche Virus in South America

artículo científico publicado en 2020

Evolutionary analysis of hepatitis C virus gene sequences from 1953

artículo científico publicado en 2013

Evolutionary analysis of the dynamics of viral infectious disease

artículo científico publicado en 2009

Evolutionary and Phylogenetic Analysis of the Hepaciviruses and Pegiviruses

artículo científico publicado en 2015

Evolutionary and molecular analysis of the emergent severe fever with thrombocytopenia syndrome virus

artículo científico publicado en 2012

Evolutionary and transmission dynamics of reassortant H5N1 influenza virus in Indonesia.

artículo científico publicado en 2008

Evolutionary dynamics of local pandemic H1N1/2009 influenza virus lineages revealed by whole-genome analysis ⬇️

artículo científico publicado en 2011

Evolutionary epidemiology: preparing for an age of genomic plenty

artículo científico publicado en 2013

Evolutionary genetics of human enterovirus 71: origin, population dynamics, natural selection, and seasonal periodicity of the VP1 gene

artículo científico publicado en 2010

Exact Bayesian Inference for Phylogenetic Birth-Death Models.

artículo científico publicado en 2018

Exceptional Heterogeneity in Viral Evolutionary Dynamics Characterises Chronic Hepatitis C Virus Infection

artículo científico publicado en 2016

Explaining the geographic spread of emerging epidemics: a framework for comparing viral phylogenies and environmental landscape data

artículo científico publicado en 2016

Exploring the demographic history of DNA sequences using the generalized skyline plot

artículo científico publicado en 2001

Exploring the temporal structure of heterochronous sequences using TempEst (formerly Path-O-Gen).

artículo científico publicado en 2016

Explosive HIV-1 subtype B' epidemics in Asia driven by geographic and risk group founder events

artículo científico publicado en 2010

Faster Adaptation in Smaller Populations: Counterintuitive Evolution of HIV during Childhood Infection

artículo científico publicado en 2016

Fatal outcome of chikungunya virus infection in Brazil

artículo científico publicado en 2020

First Complete Genome Sequences of Zika Virus Isolated from Febrile Patient Sera in Ecuador

artículo científico publicado en 2017

Full-Length Characterization of Hepatitis C Virus Subtype 3a Reveals Novel Hypervariable Regions under Positive Selection during Acute Infection

artículo científico publicado en 2009

Full-Length Characterization of Hepatitis C Virus Subtype 3a Reveals Novel Hypervariable Regions under Positive Selection during Acute Infection

artículo científico publicado en 2010

Full-genome deep sequencing and phylogenetic analysis of novel human betacoronavirus

artículo científico publicado en 2013

GENIE: estimating demographic history from molecular phylogenies.

artículo científico publicado en 2002

Generation and transmission of interlineage recombinants in the SARS-CoV-2 pandemic

artículo científico publicado en 2021

Generation of neutralizing antibodies and divergence of SIVmac239 in cynomolgus macaques following short-term early antiretroviral therapy

artículo científico publicado en 2010

Genetic analysis reveals the complex structure of HIV-1 transmission within defined risk groups

artículo científico publicado en 2005

Genetic diversity and models of viral evolution for the hepatitis C virus

artículo científico publicado en 2002

Genetic diversity and phenotypic associations of feline caliciviruses from cats in Switzerland

artículo científico publicado en 2016

Genetic history of hepatitis C virus in East Asia

artículo científico publicado en 2009

Genetic structure of the deep-sea coral Lophelia pertusa in the northeast Atlantic revealed by microsatellites and internal transcribed spacer sequences

artículo científico publicado en 2004

Genome Sequence of a Candidate World Health Organization Reference Strain of Zika Virus for Nucleic Acid Testing

artículo científico publicado en 2016

Genome-wide evolutionary dynamics of influenza B viruses on a global scale

artículo científico publicado en 2017

Genomic Epidemiology Reconstructs the Introduction and Spread of Zika Virus in Central America and Mexico.

artículo científico publicado en 2018

Genomic Epidemiology of SARS-CoV-2 in Guangdong Province, China

scientific article published on 28 April 2020

Genomic Insights into Zika Virus Emergence and Spread

artículo científico publicado en 2018

Genomic Surveillance of Yellow Fever Virus Epizootic in São Paulo, Brazil, 2016 - 2018

artículo científico publicado en 2020

Genomic Surveillance of Yellow Fever Virus Epizootic in São Paulo, Brazil, 2016 – 2018

artículo científico publicado en 2019

Genomic and Epidemiological Surveillance of Zika Virus in the Amazon Region

artículo científico publicado en 2020

Genomic and epidemiological characterisation of a dengue virus outbreak among blood donors in Brazil

artículo científico publicado en 2017

Genomic and epidemiological monitoring of yellow fever virus transmission potential

artículo científico publicado en 2018

Genomic and epidemiological monitoring of yellow fever virus transmission potential

article

Genomic assessment of invasion dynamics of SARS-CoV-2 Omicron BA.1

artículo científico publicado en 2023

Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 in Guangdong Province, China

artículo científico publicado en 2020

Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 in a UK university identifies dynamics of transmission

artículo científico publicado en 2022

Genomic epidemiology reveals multiple introductions of Zika virus into the United States ⬇️

artículo científico publicado en 2017

Genomic surveillance of avian-origin influenza A viruses causing human disease.

artículo científico publicado en 2018

Genomic surveillance reveals multiple introductions of SARS-CoV-2 into Northern California ⬇️

artículo científico publicado en 2020

Genomic, epidemiological and digital surveillance of Chikungunya virus in the Brazilian Amazon

article

Genomics and epidemiology of the P.1 SARS-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil

artículo científico publicado en 2021

Global distribution and prevalence of hepatitis C virus genotypes

artículo científico publicado en 2014

HIV Maintains an Evolving and Dispersed Population in Multiple Tissues during Suppressive Combined Antiretroviral Therapy in Individuals with Cancer.

artículo científico publicado en 2016

HIV epidemiology. The early spread and epidemic ignition of HIV-1 in human populations

artículo científico publicado en 2014

HIV evolutionary dynamics within and among hosts

artículo científico publicado en 2006

HLA Footprints on Human Immunodeficiency Virus Type 1 Are Associated with Interclade Polymorphisms and Intraclade Phylogenetic Clustering

scholarly article by Philippa C Matthews et al published 15 April 2011 in Journal of Virology

HLA footprints on human immunodeficiency virus type 1 are associated with interclade polymorphisms and intraclade phylogenetic clustering

artículo científico publicado en 2009

Hepacivirus cross-species transmission and the origins of the hepatitis C virus

artículo científico publicado en 2015

Hepatitis C virus genotype 4 in England: diversity and demographic associations

artículo científico publicado en 2014

Hepatitis C virus infections in the Democratic Republic of Congo exhibit a cohort effect

artículo científico publicado en 2013

High prevalence of hepatitis C virus infection and predominance of genotype 4 in rural Gabon.

artículo científico publicado en 2008

High resolution evolutionary analysis of within-host hepatitis C virus infection

High-Resolution Evolutionary Analysis of Within-Host Hepatitis C Virus Infection

scholarly article by Jayna Raghwani et al published 5 May 2019 in Journal of Infectious Diseases

High-resolution phylogenetic analysis of hepatitis C virus adaptation and its relationship to disease progression

artículo científico publicado en 2004

Historical demography of Mullerian mimicry in the neotropical Heliconius butterflies

artículo científico publicado en 2004

Hologenomic adaptations underlying the evolution of sanguivory in the common vampire bat

artículo científico publicado en 2018

Host switch leads to emergence of Plasmodium vivax malaria in humans

artículo científico publicado en 2005

Human immunodeficiency virus. Phylogeny and the origin of HIV-1.

artículo científico publicado en 2001

Human parvovirus 4 infection, Cameroon

artículo científico publicado en 2012

Identification of a common deletion in the spike protein of SARS-CoV-2

artículo científico publicado en 2020

Identification of a novel second-generation circulating recombinant form (CRF48_01B) in Malaysia: a descendant of the previously identified CRF33_01B.

artículo científico publicado en 2010

Identification of common deletions in the spike protein of SARS-CoV-2

artículo científico publicado en 2020

Impact of HIV on host-virus interactions during early hepatitis C virus infection

artículo científico publicado en 2008

Increased positive selection pressure in persistent (SSPE) versus acute measles virus infections

artículo científico publicado en 2002

Increasing Prevalence of HIV‐1 Subtype A in Greece: Estimating Epidemic History and Origin

article

Increasing airline travel may facilitate co-circulation of multiple dengue virus serotypes in Asia

artículo científico publicado en 2017

Infection frequency of hepatitis C virus and IL28B haplotypes in Papua New Guinea, Fiji, and Kiribati

artículo científico publicado en 2013

Inference of viral evolutionary rates from molecular sequences

artículo científico publicado en 2003

Integrating phylodynamics and epidemiology to estimate transmission diversity in viral epidemics

artículo científico publicado en 2013

Intercontinental dispersal of HIV-1 subtype B associated with transmission among men who have sex with men in Japan

artículo científico publicado en 2014

Invasion and Maintenance of Dengue Virus Type 2 and Type 4 in the Americas

artículo científico publicado en 2005

Investigating the Origin and Spread of Hepatitis C Virus Genotype 5a

artículo científico publicado en 2006

Investigating the endemic transmission of the hepatitis C virus

artículo científico publicado en 2007

JC virus evolution and its association with human populations

artículo científico publicado en 2006

Jointly inferring the dynamics of population size and sampling intensity from molecular sequences

artículo científico publicado en 2020

Large-scale spatial and temporal genetic diversity of feline calicivirus

artículo científico publicado en 2012

Levels of SARS-CoV-2 Lineage P.1 Neutralization by Antibodies Elicited after Natural Infection and Vaccination

artículo científico publicado en 2021

Long-term evolution and transmission dynamics of swine influenza A virus

artículo científico publicado en 2011

Macroevolution of complex retroviruses

artículo científico publicado en 2009

Malaria elimination on Hainan Island despite climate change

scientific article published in 2022

Measurably evolving pathogens in the genomic era

artículo científico publicado en 2015

Measurably evolving populations

scientific article published in 2003

Measuring the Temporal Structure in Serially-Sampled Phylogenies

artículo científico publicado en 2011

Metagenomic Next-Generation Sequencing of the 2014 Ebola Virus Disease Outbreak in the Democratic Republic of the Congo

scientific article published on 26 August 2019

Metagenomic sequencing with spiked primer enrichment for viral diagnostics and genomic surveillance

scientific article published on 13 January 2020

Mitogenetic structure of brown bears (Ursus arctos L.) in northeastern Europe and a new time frame for the formation of European brown bear lineages

artículo científico publicado en 2007

Mobile real-time surveillance of Zika virus in Brazil

artículo científico publicado en 2016

Model selection and the molecular clock

artículo científico publicado en 2006

Molecular Epidemiology and Evolution of Influenza Viruses Circulating within European Swine between 2009 and 2013

artículo científico publicado en 2015

Molecular Evolution, Diversity, and Adaptation of Influenza A(H7N9) Viruses in China

article

Molecular archaeoparasitology identifies cultural changes in the Medieval Hanseatic trading centre of Lübeck

artículo científico publicado en 2018

Molecular detection and genomic characterization of diverse hepaciviruses in African rodents

artículo científico publicado en 2021

Molecular epidemiology reveals the role of war in the spread of HIV in Ukraine.

artículo científico publicado en 2018

Molecular epidemiology: HIV-1 and HCV sequences from Libyan outbreak

artículo científico publicado en 2006

Molecular evolution, diversity and adaptation of H7N9 influenza A viruses in China

article

Multiple introductions of Zika virus into the United States revealed through genomic epidemiology

artículo científico publicado en 2017

Multiplex PCR method for MinION and Illumina sequencing of Zika and other virus genomes directly from clinical samples

artículo científico publicado en 2017

Multiplex PCR method for MinION and Illumina sequencing of Zika and other virus genomes directly from clinical samples.

artículo científico publicado en 2017

Neutralisation of SARS-CoV-2 lineage P.1 by antibodies elicited through natural SARS-CoV-2 infection or vaccination with an inactivated SARS-CoV-2 vaccine: an immunological study

artículo científico publicado en 2021

New findings regarding the epidemic history and population dynamics of Japan-indigenous genotype 3 hepatitis E virus inferred by molecular evolution

artículo científico publicado en 2011

New highly diverse hepatitis C strains detected in sub-Saharan Africa have unknown susceptibility to direct-acting antiviral treatments

article

New inferences from tree shape: numbers of missing taxa and population growth rates

artículo científico publicado en 2002

New trends of HCV infection in China revealed by genetic analysis of viral sequences determined from first-time volunteer blood donors.

artículo científico publicado en 2011

Occurrence and reassortment of avian influenza A (H7N9) viruses derived from coinfected birds in China

artículo científico publicado en 2014

Optimal Point Process Filtering for Birth-Death Model Estimation

Optimal point process filtering and estimation of the coalescent process

artículo científico publicado en 2017

Origin and evolution of the unique hepatitis C virus circulating recombinant form 2k/1b

artículo científico publicado en 2011

Origins and evolutionary genomics of the 2009 swine-origin H1N1 influenza A epidemic

artículo científico publicado en 2009

Oropouche virus cases identified in Ecuador using an optimised qRT-PCR informed by metagenomic sequencing

artículo científico publicado en 2020

Pacing a small cage: mutation and RNA viruses

article

Paleovirology reveals the macroevolution of complex retroviruses

artículo científico publicado en 2009

Pandemic potential of a strain of influenza A (H1N1): early findings

artículo científico publicado en 2009

Parallel Evolution and the Emergence of Highly Pathogenic Avian Influenza A Viruses

Parallel evolution in the emergence of highly pathogenic avian influenza A viruses

scientific article published on 02 November 2020

Parallel molecular evolution and adaptation in viruses

artículo científico publicado en 2019

Partial immunity and SARS-CoV-2 mutations—Response

artículo científico publicado en 2021

Past and future spread of the arbovirus vectors Aedes aegypti and Aedes albopictus

scientific article published on 04 March 2019

Phylodynamic analysis of the dissemination of HIV-1 CRF01_AE in Vietnam.

artículo científico publicado en 2009

Phylodynamic assessment of intervention strategies for the West African Ebola virus outbreak

Phylodynamic assessment of intervention strategies for the West African Ebola virus outbreak.

artículo científico publicado en 2018

Phylodynamics Helps to Evaluate the Impact of an HIV Prevention Intervention

scientific article published on 20 April 2020

Phylodynamics of H5N1 avian influenza virus in Indonesia

artículo científico publicado en 2012

Phylogenetic Evidence for Deleterious Mutation Load in RNA Viruses and Its Contribution to Viral Evolution

article

Phylogenetic analysis of hepatitis C virus isolates indicates a unique pattern of endemic infection in Cameroon

artículo científico publicado en 2003

Phylogenetic analysis of migration, differentiation, and class switching in B cells

artículo científico publicado en 2022

Phylogenetic and phylodynamic approaches to understanding and combating the early SARS-CoV-2 pandemic

artículo científico publicado en 2022

Phylogenetic clustering of hepatitis C virus among people who inject drugs in Vancouver, Canada

artículo científico publicado en 2014

Phylogenetic surveillance of viral genetic diversity and the evolving molecular epidemiology of human immunodeficiency virus type 1.

artículo científico publicado en 2007

Phylogeny, niches, and relative abundance in natural communities

artículo científico publicado en 2008

Phylogeography and epidemic history of hepatitis C virus genotype 4 in Africa

artículo científico publicado en 2014

Phylogeography and molecular epidemiology of hepatitis C virus genotype 2 in Africa

artículo científico publicado en 2009

Phylogeography and population dynamics of dengue viruses in the Americas

artículo científico publicado en 2012

Population Genetics of HIV: Parameter Estimation Using Genealogy-based Methods

article

Population genetic history of hepatitis C virus 1b infection in China

artículo científico publicado en 2006

Possible sources and spreading routes of highly pathogenic avian influenza virus subtype H5N1 infections in poultry and wild birds in Central Europe in 2007 inferred through likelihood analyses

artículo científico publicado en 2010

Precision epidemiology for infectious disease control

scientific article published on 06 February 2019

Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations. ⬇️

artículo científico publicado en 2020

Profibrogenic chemokines and viral evolution predict rapid progression of hepatitis C to cirrhosis

artículo científico publicado en 2012

Publisher Correction: Parallel evolution in the emergence of highly pathogenic avian influenza A viruses

artículo científico publicado en 2020

Publisher Correction: Past and future spread of the arbovirus vectors Aedes aegypti and Aedes albopictus

scholarly article published in Nature Microbiology

Publisher Correction: Past and future spread of the arbovirus vectors Aedes aegypti and Aedes albopictus

artículo científico publicado en 2019

Publisher Correction: Past and future spread of the arbovirus vectors Aedes aegypti and Aedes albopictus

artículo científico publicado en 2019

Purifying Selection Determines the Short-Term Time Dependency of Evolutionary Rates in SARS-CoV-2 and pH1N1 Influenza

artículo científico publicado en 2022

Questioning the evidence for genetic recombination in the 1918 "Spanish flu" virus

artículo científico publicado en 2002

Rapid HIV disease progression following superinfection in an HLA-B*27:05/B*57:01-positive transmission recipient

artículo científico publicado en 2018

Rapid epidemic expansion of the SARS-CoV-2 Omicron variant in southern Africa

artículo científico publicado en 2022

Rapid epidemic expansion of the SARS-CoV-2 Omicron variant in southern Africa

artículo científico publicado en 2022

Rapid outbreak sequencing of Ebola virus in Sierra Leone identifies transmission chains linked to sporadic cases ⬇️

artículo científico publicado en 2016

Rates of molecular evolution in RNA viruses: a quantitative phylogenetic analysis

artículo científico publicado en 2002

Re-emergent hepatitis C viremia after apparent clearance in HIV-positive men who have sex with men: reinfection or late recurrence?

artículo científico publicado en 2010

Recent epidemic of acute hepatitis C virus in HIV-positive men who have sex with men linked to high-risk sexual behaviours

artículo científico publicado en 2007

Reconstructing the epidemic history of HIV-1 circulating recombinant forms CRF07_BC and CRF08_BC in East Asia: the relevance of genetic diversity and phylodynamics for vaccine strategies

artículo científico publicado en 2010

Reconstruction and prediction of viral disease epidemics

artículo científico publicado en 2018

Reconstruction of the Genetic History and the Current Spread of HIV-1 Subtype A in Germany

scientific article published on 29 May 2019

Reducing HIV infection in people who inject drugs is impossible without targeting recently-infected subjects.

artículo científico publicado en 2016

Repertoire-wide phylogenetic models of B cell molecular evolution reveal evolutionary signatures of aging and vaccination

scientific article published on 21 October 2019

Resurgence of COVID-19 in Manaus, Brazil, despite high seroprevalence

scholarly article by Zulma M. Cucunubá published in 2021

Reverse immunodynamics: a new method for identifying targets of protective immunity

artículo científico publicado en 2019

Reverse immunodynamics: a new method to identifying targets of protective immunity

Rise and fall of the Beringian steppe bison

artículo científico publicado en 2004

Risk factors for hepatitis C virus transmission in colonial Cameroon

artículo científico publicado en 2010

Robust Design for Coalescent Model Inference

scientific article published on 01 September 2019

Role of HIV-specific CD8(+) T cells in pediatric HIV cure strategies after widespread early viral escape.

artículo científico publicado en 2017

Routes for COVID-19 importation in Brazil

artículo científico publicado en 2020

Routes for COVID-19 importation in Brazil

scientific article published on 23 March 2020

SARS-CoV-2 Variants of Interest and Concern naming scheme conducive for global discourse

scientific article published in 2021

SERAPHIM: studying environmental rasters and phylogenetically informed movements

artículo científico publicado en 2016

Serial Interval Distribution of SARS-CoV-2 Infection in Brazil

artículo científico publicado en 2020

Serial Interval Distribution of SARS-CoV-2 Infection in Brazil

artículo científico publicado en 2020

Short-Sighted Virus Evolution and a Germline Hypothesis for Chronic Viral Infections

artículo científico publicado en 2017

Spread of Chikungunya Virus East/Central/South African Genotype in Northeast Brazil

artículo científico publicado en 2017

Spread of yellow fever virus outbreak in Angola and the Democratic Republic of the Congo 2015–16: a modelling study

artículo científico publicado en 2016

Synonymous Substitution Rates Predict HIV Disease Progression as a Result of Underlying Replication Dynamics

artículo científico publicado en 2007

Synonymous substitution rates predict HIV disease progression as a result of underlying replication dynamics

artículo científico publicado en 2007

Systematic phylogenetic analysis of influenza A virus reveals many novel mosaic genome segments

artículo científico publicado en 2013

Taming the BEAST - A community teaching material resource for BEAST 2.

artículo científico publicado en 2018

Temporal and spatial dynamics of human immunodeficiency virus type 1 circulating recombinant forms 08_BC and 07_BC in Asia

artículo científico publicado en 2008

Testing macro-evolutionary models using incomplete molecular phylogenies

artículo científico publicado en 2000

Testing spatiotemporal hypothesis of bacterial evolution using methicillin-resistant Staphylococcus aureus ST239 genome-wide data within a bayesian framework

artículo científico publicado en 2010

The Diversity and Molecular Evolution of B-Cell Receptors during Infection

artículo científico publicado en 2016

The Evolution and Transmission of Epidemic GII.17 Noroviruses

artículo científico publicado en 2016

The changing epidemiological profile of HIV-1 subtype B epidemic in Ukraine

article

The ecology and age structure of a highly pathogenic avian influenza virus outbreak in wild mute swans.

artículo científico publicado en 2012

The effect of RNA substitution models on viroid and RNA virus phylogenies

artículo científico publicado en 2018

The effect of human mobility and control measures on the COVID-19 epidemic in China

artículo científico publicado en 2020

The effect of human mobility and control measures on the COVID-19 epidemic in China

artículo científico publicado en 2020

The epidemic behavior of the hepatitis C virus

artículo científico publicado en 2001

The epidemiology and iatrogenic transmission of hepatitis C virus in Egypt: a Bayesian coalescent approach

artículo científico publicado en 2003

The evolution of genome compression and genomic novelty in RNA viruses

artículo científico publicado en 2007

The evolutionary dynamics of Oropouche Virus (OROV) in South America

artículo científico publicado en 2019

The evolutionary dynamics of endogenous retroviruses

artículo científico publicado en 2005

The evolutionary dynamics of influenza A virus adaptation to mammalian hosts.

artículo científico publicado en 2013

The generation of a simian adenoviral vectored HCV vaccine encoding genetically conserved gene segments to target multiple HCV genotypes

artículo científico publicado en 2017

The generation of influenza outbreaks by a network of host immune responses against a limited set of antigenic types

artículo científico publicado en 2007

The genesis and source of the H7N9 influenza viruses causing human infections in China

artículo científico publicado en 2013

The genomic and epidemiological dynamics of human influenza A virus

artículo científico publicado en 2008

The genomic rate of molecular adaptation of the human influenza A virus

artículo científico publicado en 2011

The global spread of hepatitis C virus 1a and 1b: a phylodynamic and phylogeographic analysis

artículo científico publicado en 2009

The hepatitis C virus epidemic among injecting drug users.

artículo científico publicado en 2005

The low evolutionary rate of human T-cell lymphotropic virus type-1 confirmed by analysis of vertical transmission chains.

artículo científico publicado en 2004

The mid-depth method and HIV-1: a practical approach for testing hypotheses of viral epidemic history.

artículo científico publicado en 1999

The mode and tempo of hepatitis C virus evolution within and among hosts ⬇️

artículo científico publicado en 2011

The molecular population genetics of HIV-1 group O

artículo científico publicado en 2004

The multifurcating skyline plot

The multifurcating skyline plot

scientific article published on 01 July 2019

The rapidly expanding CRF01_AE epidemic in China is driven by multiple lineages of HIV-1 viruses introduced in the 1990s

artículo científico publicado en 2013

The recombinant origin of emerging human norovirus GII.4/2008: intra-genotypic exchange of the capsid P2 domain

artículo científico publicado en 2012

The relationship between rising temperatures and malaria incidence in Hainan, China, from 1984 to 2010: a longitudinal cohort study

artículo científico publicado en 2022

The seroprevalence of hepatitis C virus (HCV) among 559,890 first-time volunteer blood donors in China reflects regional heterogeneity in HCV prevalence and changes in blood donor recruitment models

scientific article published on 23 April 2010

Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic

artículo científico publicado en 2020

Towards an understanding of the avian virome

artículo científico publicado en 2020

Tracing the HIV-1 subtype B mobility in Europe: a phylogeographic approach

artículo científico publicado en 2009

Tracing the Impact of Public Health Interventions on HIV-1 Transmission in Portugal Using Molecular Epidemiology

article

Tracing the origin and history of the HIV-2 epidemic

artículo científico publicado en 2003

Tracing the origin of Brazilian HTLV-1 as determined by analysis of host and viral genes

artículo científico publicado en 2006

Track Omicron’s spread with molecular data

artículo científico publicado en 2021

Tracking the international spread of SARS-CoV-2 lineages B.1.1.7 and B.1.351/501Y-V2

artículo científico publicado en 2021

Tracking virus outbreaks in the twenty-first century

artículo científico publicado en 2018

Transmission dynamics of re-emerging rabies in domestic dogs of rural China

article

Transmission of hepatitis C virus in HIV-positive and PrEP-using MSM in England

artículo científico publicado en 2020

Transmission of hepatitis C virus infection among younger and older people who inject drugs in Vancouver, Canada

artículo científico publicado en 2016

U.S. Human immunodeficiency virus type 1 epidemic: date of origin, population history, and characterization of early strains

artículo científico publicado en 2003

Unexpected maintenance of hepatitis C viral diversity following liver transplantation

artículo científico publicado en 2012

Unifying the epidemiological and evolutionary dynamics of pathogens

artículo científico publicado en 2004

Unifying the spatial epidemiology and molecular evolution of emerging epidemics

artículo científico publicado en 2012

Unifying viral genetics and human transportation data to predict the global transmission dynamics of human influenza H3N2.

artículo científico publicado en 2014

Using human immunodeficiency virus type 1 sequences to infer historical features of the acquired immune deficiency syndrome epidemic and human immunodeficiency virus evolution

artículo científico publicado en 2001

Using viral gene sequences to compare and explain the heterogeneous spatial dynamics of virus epidemics

artículo científico publicado en 2017

Utilizing general human movement models to predict the spread of emerging infectious diseases in resource poor settings

artículo científico publicado en 2019

Vaccine nationalism and the dynamics and control of SARS-CoV-2

artículo científico publicado en 2021

Variable epidemic histories of hepatitis C virus genotype 2 infection in West Africa and Cameroon

artículo científico publicado en 2008

Venue-Based Networks May Underpin HCV Transmissions amongst HIV-Infected Gay and Bisexual Men.

artículo científico publicado en 2016

Viral evolution explains the associations among hepatitis C virus genotype, clinical outcomes, and human genetic variation

artículo científico publicado en 2013

Viral gene sequences reveal the variable history of hepatitis C virus infection among countries

artículo científico publicado en 2004

Viral mutation and substitution: units and levels

artículo científico publicado en 2011

Viral phylogeny in court: the unusual case of the Valencian anesthetist

artículo científico publicado en 2013

Virology: The virus whose family expanded

artículo científico publicado en 2013

Virus evolution and transmission in an ever more connected world

artículo científico publicado en 2015

Virus genomes reveal factors that spread and sustained the Ebola epidemic

artículo científico publicado en 2017

Virus genomes reveal the factors that spread and sustained the West African Ebola epidemic

article published in 2016

Virus genomics and evolution: the transformative effect of new technologies and multidisciplinary collaboration on virus research and outbreak management

artículo científico publicado en 2016

Vulnerabilities in coronavirus glycan shields despite extensive glycosylation

artículo científico publicado en 2020

Westward Spread of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H7N9) Virus among Humans, China.

artículo científico publicado en 2018

Where do all the subtypes go? Temporal dynamics of H8-H12 influenza A viruses in waterfowl

article by Michelle Wille et al published July 2018 in Virus Evolution

Widespread infection with homologues of human parvoviruses B19, PARV4, and human bocavirus of chimpanzees and gorillas in the wild

artículo científico publicado en 2010

Wild waterfowl migration and domestic duck density shape the epidemiology of highly pathogenic H5N8 influenza in the Republic of Korea

artículo científico publicado en 2015

Yellow fever virus maintenance in Trinidad and its dispersal throughout the Americas

artículo científico publicado en 2010

Zika virus complete genome from Salvador, Bahia, Brazil

artículo científico publicado en 2016

Zika virus in the Americas: Early epidemiological and genetic findings

artículo científico publicado en 2016

Emergence of the Asian lineage of Zika virus in Angola: an outbreak investigation

scientific article published on 01 October 2019

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