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Lista de obras de Ivo L. Hofacker

2D meets 4G: G-quadruplexes in RNA secondary structure prediction

artículo científico publicado en 2013

A folding algorithm for extended RNA secondary structures ⬇️

artículo científico publicado en 2011

AREsite2: an enhanced database for the comprehensive investigation of AU/GU/U-rich elements

artículo científico publicado en 2015

AREsite: a database for the comprehensive investigation of AU-rich elements

artículo científico publicado en 2011

Algebraic comparison of metabolic networks, phylogenetic inference, and metabolic innovation

artículo científico publicado en 2006

Algorithm independent properties of RNA secondary structure predictions

article published in 1996

Alignment of RNA base pairing probability matrices

artículo científico publicado en 2004

Alterations of the transcriptome of Sulfolobus acidocaldarius by exoribonuclease aCPSF2.

artículo científico publicado en 2013

Animal snoRNAs and scaRNAs with exceptional structures

artículo científico publicado en 2011

Arthropod 7SK RNA.

artículo científico publicado en 2008

Automated identification of RNA 3D modules with discriminative power in RNA structural alignments

artículo científico publicado en 2013

BarMap: RNA folding on dynamic energy landscapes

artículo científico publicado en 2010

Basin Hopping Graph: a computational framework to characterize RNA folding landscapes

artículo científico publicado en 2014

Bcheck: a wrapper tool for detecting RNase P RNA genes

artículo científico publicado en 2010

Beyond energy minimization: approaches to the kinetic folding of RNA

CMCompare webserver: comparing RNA families via covariance models ⬇️

artículo científico publicado el 2 de mayo de 2013

CMV: visualization for RNA and protein family models and their comparisons

scientific article published on 01 August 2018

Challenges in RNA virus bioinformatics

artículo científico

Comparative RNA Genomics

artículo científico publicado en 2018

Comparative genomics of Czech vaccine strains of Bordetella pertussis

scholarly article by Ana Dienstbier et al published 3 September 2018 in Pathogens and disease

Complete suboptimal folding of RNA and the stability of secondary structures

artículo científico publicado en 1999

Computational Design of a Circular RNA with Prionlike Behavior.

artículo científico publicado en 2016

Computational design of RNAs with complex energy landscapes

artículo científico publicado en 2013

Concepts and introduction to RNA bioinformatics

artículo científico publicado en 2014

Consensus folding of aligned sequences as a new measure for the detection of functional RNAs by comparative genomics

artículo científico publicado en 2004

Conserved RNA secondary structures in Flaviviridae genomes

artículo científico publicado en 2004

Conserved RNA secondary structures in viral genomes: a survey

artículo científico publicado en 2004

Conserved Secondary Structures in Viral mRNAs.

artículo científico publicado en 2019

Control of Cognate Sense mRNA Translation by cis-Natural Antisense RNAs

article

Corrigendum: Differential transcriptional responses to Ebola and Marburg virus infection in bat and human cells

artículo científico publicado en 2017

De novo prediction of structured RNAs from genomic sequences

artículo científico publicado en 2009

Design of multistable RNA molecules

artículo científico publicado en 2001

Designing optimal siRNA based on target site accessibility

artículo científico publicado en 2010

Detection of RNA structures in porcine EST data and related mammals.

artículo científico publicado en 2007

Differential transcriptional responses to Ebola and Marburg virus infection in bat and human cells

artículo científico publicado en 2016

Discriminatory power of RNA family models ⬇️

artículo científico publicado el 15 de septiembre de 2010

Efficient computation of RNA folding dynamics

article

Efficient computation of co-transcriptional RNA-ligand interaction dynamics

Efficient computation of co-transcriptional RNA-ligand interaction dynamics

scholarly article by Michael T. Wolfinger published in July 2018

Energy-directed RNA structure prediction

artículo científico

Enhancing the cell-free expression of native membrane proteins by in-silico optimization of the coding sequence – an experimental study of the human voltage-dependent anion channel

Evolution of metabolic networks: a computational frame-work

article

Evolutionary Genomics of microRNAs and Their Relatives

article published in 2010

Evolutionary patterns of non-coding RNAs

artículo científico publicado en 2005

Exploring the lower part of discrete polymer model energy landscapes

article

Fast accessibility-based prediction of RNA-RNA interactions

artículo científico publicado en 2011

Fast and reliable prediction of noncoding RNAs

artículo científico publicado en 2005

Folding RNA/DNA hybrid duplexes

artículo científico publicado en 2012

Folding kinetics of large RNAs

artículo científico publicado en 2008

Forna (force-directed RNA): Simple and effective online RNA secondary structure diagrams

artículo científico publicado en 2015

From Structure Prediction to Genomic Screens for Novel Non-Coding RNAs ⬇️

artículo científico publicado el 4 de agosto de 2011

From consensus structure prediction to RNA gene finding

artículo científico publicado en 2009

Functional RNA Structures in the 3'UTR of Tick-Borne, Insect-Specific and No-Known-Vector Flaviviruses

artículo científico publicado en 2019

How microRNAs choose their targets

How to Multiply Dynamic Programming Algorithms

Hybridization thermodynamics of NimbleGen microarrays.

artículo científico publicado en 2010

Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project

artículo científico publicado en 2007

Identification of new protein coding sequences and signal peptidase cleavage sites of Helicobacter pylori strain 26695 by proteogenomics.

artículo científico publicado en 2013

Impact of Hfq on the Bacillus subtilis transcriptome

artículo científico publicado en 2014

In silico design of ligand triggered RNA switches

artículo científico publicado en 2018

In silico design of ligand triggered RNA switches

Inferring Non-Coding RNA Families and Classes by Means of Genome-Scale Structure-Based Clustering

Inferring noncoding RNA families and classes by means of genome-scale structure-based clustering

artículo científico publicado en 2007

Insights into the secondary and tertiary structure of the Bovine Viral Diarrhea Virus Internal Ribosome Entry Site

artículo científico publicado en 2021

Interactions in Oligonucleotide Hybrid Duplexes on Microarrays

article published in 2004

Invertebrate 7SK snRNAs.

artículo científico publicado en 2008

LocARNA-P: accurate boundary prediction and improved detection of structural RNAs

artículo científico publicado en 2012

Local RNA base pairing probabilities in large sequences

artículo científico publicado en 2005

MSF: Modulated Sub-graph Finder

scientific article published on 29 August 2018

Mapping of conserved RNA secondary structures predicts thousands of functional noncoding RNAs in the human genome

article published in 2005

Memory efficient folding algorithms for circular RNA secondary structures

artículo científico publicado en 2006

Model-Free RNA Sequence and Structure Alignment Informed by SHAPE Probing Reveals a Conserved Alternate Secondary Structure for 16S rRNA

artículo científico publicado en 2015

Model-based probe set optimization for high-performance microarrays

artículo científico publicado en 2008

Modelling Translation Initiation under the Influence of sRNA ⬇️

artículo científico publicado el 30 de noviembre de 2012

Multiple sequence alignments of partially coding nucleic acid sequences

artículo científico publicado en 2005

NMR structural profiling of transcriptional intermediates reveals riboswitch regulation by metastable RNA conformations

artículo científico publicado en 2017

Nematode sbRNAs: homologs of vertebrate Y RNAs

artículo científico publicado en 2010

Next-generation sequencing of the Chinese hamster ovary microRNA transcriptome: Identification, annotation and profiling of microRNAs as targets for cellular engineering

artículo científico publicado en 2011

Nucleic acid sequence and structure databases

artículo científico publicado en 2010

On the evolution of primitive genetic codes

article

Optimizing RNA structures by sequence extensions using RNAcop

artículo científico publicado en 2015

Oxygen and proton pathways in cytochrome c oxidase

artículo científico publicado en 1998

Partition function and base pairing probabilities of RNA heterodimers

artículo científico publicado en 2006

Practical Guidelines for Incorporating Knowledge-Based and Data-Driven Strategies into the Inference of Gene Regulatory Networks

artículo científico publicado en 2015

Predicting RNA 3D structure using a coarse-grain helix-centered model

artículo científico publicado en 2015

Predicting RNA secondary structures from sequence and probing data

artículo científico publicado en 2016

Predicting RNA structure: advances and limitations

artículo científico publicado en 2014

Prediction of RNA base pairing probabilities on massively parallel computers

artículo científico publicado en 2000

Prediction of consensus RNA secondary structures including pseudoknots

artículo científico publicado en 2004

Prediction of locally stable RNA secondary structures for genome-wide surveys

artículo científico publicado en 2004

Primary relaxation in a hard-sphere system

artículo científico publicado en 1992

Product Grammars for Alignment and Folding

artículo científico

Pseudoknots in RNA folding landscapes.

artículo científico publicado en 2015

RIsearch2: suffix array-based large-scale prediction of RNA-RNA interactions and siRNA off-targets

artículo científico publicado en 2017

RNA 3D Modules in Genome-Wide Predictions of RNA 2D Structure

artículo científico publicado en 2015

RNA Accessibility in cubic time

artículo científico publicado en 2011

RNA Consensus Structure Prediction With RNAalifold

RNA Folding Algorithms with G-Quadruplexes

RNA In Silico The Computational Biology of RNA Secondary Structures

RNA Secondary Structures

RNA Structure Elements Conserved between Mouse and 59 Other Vertebrates

article

RNA folding and combinatory landscapes

artículo científico publicado en 1993

RNA folding at elementary step resolution

artículo científico publicado en 2000

RNA folding with hard and soft constraints

artículo científico publicado en 2016

RNA folding with soft constraints: reconciliation of probing data and thermodynamic secondary structure prediction

artículo científico publicado en 2012

RNA modifications in structure prediction - status quo and future challenges

artículo científico publicado en 2018

RNA secondary structure analysis using the Vienna RNA package

artículo científico publicado en 2009

RNAalifold: improved consensus structure prediction for RNA alignments

artículo científico publicado en 2008

RNAblueprint: Flexible multiple target nucleic acid sequence design

artículo científico

RNAcode: robust discrimination of coding and noncoding regions in comparative sequence data.

artículo científico publicado en 2011

RNAlien - Unsupervised RNA family model construction

artículo científico publicado en 2016

RNAplex: a fast tool for RNA-RNA interaction search

artículo científico publicado en 2008

RNApredator: fast accessibility-based prediction of sRNA targets

artículo científico publicado en 2011

RNAs everywhere: genome-wide annotation of structured RNAs

artículo científico publicado en 2007

RNAsnoop: efficient target prediction for H/ACA snoRNAs

artículo científico publicado en 2009

RNAsnp: Efficient Detection of Local RNA Secondary Structure Changes Induced bySNPs.

artículo científico publicado en 2013

RNAsnp: efficient detection of local RNA secondary structure changes induced by SNPs

artículo científico publicado en 2013

RNPomics: defining the ncRNA transcriptome by cDNA library generation from ribonucleo-protein particles

artículo científico publicado en 2010

SHAPE directed RNA folding

artículo científico publicado en 2015

SHAPE directed RNA folding

Secondary structure prediction for aligned RNA sequences

artículo científico publicado en 2002

Sequence-controlled RNA self-processing: computational design, biochemical analysis, and visualization by AFM.

artículo científico publicado en 2015

Small ncRNA transcriptome analysis from Aspergillus fumigatus suggests a novel mechanism for regulation of protein synthesis

artículo científico publicado en 2008

SnoReport: computational identification of snoRNAs with unknown targets

artículo científico publicado en 2007

Strategies for measuring evolutionary conservation of RNA secondary structures

artículo científico publicado en 2008

Structural and evolutionary analysis of the transcribed sequence of Boudicca, a Schistosoma mansoni retrotransposon

artículo científico publicado en 2004

Structural parameters affecting the kinetics of RNA hairpin formation

artículo científico publicado en 2006

Structured RNAs in the ENCODE selected regions of the human genome

artículo científico publicado en 2007

Symmetric circular matchings and RNA folding

TSSAR: TSS annotation regime for dRNA-seq data

artículo científico publicado en 2014

The RNAsnp web server: predicting SNP effects on local RNA secondary structure

artículo científico

The RNAz web server: prediction of thermodynamically stable and evolutionarily conserved RNA structures

artículo científico publicado en 2007

The Trouble with Long-Range Base Pairs in RNA Folding

article published in 2013

The Vienna RNA websuite

artículo científico publicado en 2008

The expansion of the metazoan microRNA repertoire

artículo científico publicado en 2006

The impact of target site accessibility on the design of effective siRNAs

artículo científico publicado en 2008

Thermodynamic and kinetic folding of riboswitches

artículo científico publicado en 2015

Thermodynamics of RNA-RNA binding

artículo científico publicado en 2006

Transcriptional profiling of human macrophages during infection with Bordetella pertussis

artículo científico publicado en 2020

Transcriptome-wide effects of inverted SINEs on gene expression and their impact on RNA polymerase II activity.

artículo científico publicado en 2016

Tristetraprolin binding site atlas in the macrophage transcriptome reveals a switch for inflammation resolution

artículo científico publicado en 2016

Unorthodox mRNA start site to extend the highly structured leader of retrotransposon Tto1 mRNA increases transposition rate

artículo científico publicado en 2005

Variations on RNA folding and alignment: lessons from Benasque.

artículo científico publicado en 2007

Vienna RNA secondary structure server

artículo científico publicado en 2003

ViennaRNA Package 2.0

artículo científico publicado en 2011

Visualization of Barrier Tree Sequences Revisited

scholarly article by Christian Heine et al published 2008 in Mathematics and visualization

Visualization of barrier tree sequences

artículo científico publicado en 2006

Zinc-finger protein CNBP alters the 3-D structure of lncRNA Braveheart in solution

scientific article published on 09 January 2020

microRNA-122 target sites in the hepatitis C virus RNA NS5B coding region and 3' untranslated region: function in replication and influence of RNA secondary structure.

artículo científico publicado en 2016

www.rnaworkbench.com: A new program for analyzing RNA interference

artículo científico publicado en 2008

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