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Lista de obras de John J Tyson

A Model of Yeast Cell-Cycle Regulation Based on a Standard Component Modeling Strategy for Protein Regulatory Networks

artículo científico publicado en 2016

A Stochastic Model of the Yeast Cell Cycle Reveals Roles for Feedback Regulation in Limiting Cellular Variability

artículo científico publicado en 2016

A cellular automation model of excitable media including curvature and dispersion

artículo científico publicado en 1990

A hybrid model of mammalian cell cycle regulation

artículo científico publicado en 2011

A hybrid stochastic model of the budding yeast cell cycle

scientific article published on 27 March 2020

A kinetic hairpin transfer model for parvoviral DNA replication

artículo científico publicado en 1989

A kinetic model of the cyclin E/Cdk2 developmental timer in Xenopus laevis embryos

artículo científico publicado en 2003

A mathematical model for the reciprocal differentiation of T helper 17 cells and induced regulatory T cells

artículo científico publicado en 2011

A mathematical model of mitotic exit in budding yeast: the role of Polo kinase

artículo científico publicado en 2012

A model for restriction point control of the mammalian cell cycle.

artículo científico publicado en 2004

A model of yeast cell-cycle regulation based on multisite phosphorylation

artículo científico publicado en 2010

A precarious balance.

artículo científico publicado en 2004

A proposal for robust temperature compensation of circadian rhythms

artículo científico publicado en 2007

A proposal for temperature compensation of the circadian rhythm in Drosophila based on dimerization of the per protein

artículo científico publicado en 1997

A quantitative model of the effect of unreplicated DNA on cell cycle progression in frog egg extracts

artículo científico publicado en 2009

A quantitative study of the division cycle of Caulobacter crescentus stalked cells

artículo científico publicado en 2007

A simple model of circadian rhythms based on dimerization and proteolysis of PER and TIM.

artículo científico publicado en 1999

A simple theoretical framework for understanding heterogeneous differentiation of CD4+ T cells.

artículo científico publicado en 2012

A stochastic model correctly predicts changes in budding yeast cell cycle dynamics upon periodic expression of CLN2

artículo científico publicado en 2014

A stochastic, molecular model of the fission yeast cell cycle: role of the nucleocytoplasmic ratio in cycle time regulation.

artículo científico publicado en 2001

An improved data analysis method for interleukin 2 microassay

artículo científico publicado en 1986

Analysis of Physarum proteins throughout the cell cycle by two-dimensional PAGE.

artículo científico publicado en 1985

Analysis of a generic model of eukaryotic cell-cycle regulation

artículo científico publicado en 2006

Another turn for p53.

artículo científico publicado en 2006

Antagonism and bistability in protein interaction networks.

artículo científico publicado en 2007

Arthur T. Winfree (1942-2002).

artículo científico publicado en 2004

Bifurcation analysis of a model of mitotic control in frog eggs

artículo científico publicado en 1998

Bifurcation analysis of a model of the budding yeast cell cycle

artículo científico publicado en 2004

Bistability by multiple phosphorylation of regulatory proteins

artículo científico publicado en 2009

Bringing cartoons to life

artículo científico publicado en 2007

Cell cycle regulation by feed-forward loops coupling transcription and phosphorylation

artículo científico publicado en 2009

Cell cycle: who turns the crank?

artículo científico publicado en 2011

Cell growth and division: a deterministic/probabilistic model of the cell cycle

artículo científico publicado en 1986

Challenges for Modeling and Simulation Methods in Systems Biology

Computational analysis of dynamical responses to the intrinsic pathway of programmed cell death

artículo científico publicado en 2009

Computer evaluation of network dynamics models with application to cell cycle control in budding yeast

artículo científico publicado en 2006

Control of cell growth, division and death: information processing in living cells

artículo científico publicado en 2014

Derepression as a model for control of the DNA-division cycle in eukaryotes

artículo científico publicado el 7 de agosto de 1979

Design principles of biochemical oscillators

scientific article published on 30 October 2008

Dilution and titration of cell-cycle regulators may control cell size in budding yeast

article

Dynamical modeling of syncytial mitotic cycles in Drosophila embryos

artículo científico publicado en 2007

Effects of asymmetric division on a stochastic model of the cell division cycle

artículo científico publicado en 1989

Endoplasmic reticulum stress, the unfolded protein response, autophagy, and the integrated regulation of breast cancer cell fate.

artículo científico publicado en 2012

Exploring mechanisms of the DNA-damage response: p53 pulses and their possible relevance to apoptosis.

artículo científico publicado en 2007

Exploring the roles of noise in the eukaryotic cell cycle.

scholarly article

From START to FINISH: computational analysis of cell cycle control in budding yeast.

artículo científico publicado en 2015

Functional motifs in biochemical reaction networks.

artículo científico publicado en 2010

Genetic interactions derived from high-throughput phenotyping of 6589 yeast cell cycle mutants

scientific article published on 06 May 2020

Globally optimised parameters for a model of mitotic control in frog egg extracts.

artículo científico publicado en 2005

Hybrid modeling and simulation of stochastic effects on progression through the eukaryotic cell cycle

artículo científico publicado en 2012

Hysteresis drives cell-cycle transitions in Xenopus laevis egg extracts

artículo científico publicado en 2003

Identification and changes in activity of five thymidine kinase forms during the cell cycle of Physarum polycephalum

artículo científico publicado en 1983

Induction of polyploid nuclei in Physarum polycephalum by cycloheximide treatment in prophase

artículo científico publicado en 1984

Irreversible cell-cycle transitions are due to systems-level feedback.

artículo científico publicado en 2007

Is nuclear division in Physarum controlled by a continuous limit cycle oscillator?

artículo científico publicado el 21 de agosto de 1978

Law of mass action

artículo científico publicado el 14 de mayo de 1992

Mathematical analysis of robustness of oscillations in models of the mammalian circadian clock

artículo científico publicado en 2022

Mathematical model for early development of the sea urchin embryo

artículo científico publicado en 2000

Mathematical model of the cell division cycle of fission yeast.

artículo científico publicado en 2001

Mathematical model of the fission yeast cell cycle with checkpoint controls at the G1/S, G2/M and metaphase/anaphase transitions ⬇️

artículo científico publicado el 5 de mayo de 1998

Mathematical model of the morphogenesis checkpoint in budding yeast.

artículo científico publicado en 2003

Mathematical modeling as a tool for investigating cell cycle control networks

artículo científico publicado en 2007

Mathematical models of the transitions between endocrine therapy responsive and resistant states in breast cancer.

artículo científico publicado en 2014

Measurement and modeling of transcriptional noise in the cell cycle regulatory network.

artículo científico publicado en 2013

Minimal models for cell-cycle control based on competitive inhibition and multisite phosphorylations of Cdk substrates.

artículo científico publicado en 2013

Misuse of the Michaelis-Menten rate law for protein interaction networks and its remedy

artículo científico publicado en 2020

Model aggregation: a building-block approach to creating large macromolecular regulatory networks

artículo científico publicado en 2009

Model composition for macromolecular regulatory networks

artículo científico publicado en 2010

Modeling molecular regulatory networks with JigCell and PET.

artículo científico publicado en 2009

Modeling networks of coupled enzymatic reactions using the total quasi-steady state approximation

artículo científico publicado en 2007

Modeling regulatory networks at Virginia Tech

artículo científico publicado en 2003

Modeling the cell division cycle: cdc2 and cyclin interactions ⬇️

artículo científico publicado el 15 de agosto de 1991

Modeling the control of DNA replication in fission yeast

artículo científico publicado en 1997

Modeling the dynamic behavior of biochemical regulatory networks

artículo científico publicado en 2018

Modeling the estrogen receptor to growth factor receptor signaling switch in human breast cancer cells

artículo científico publicado en 2013

Modeling the fission yeast cell cycle: quantized cycle times in wee1- cdc25Delta mutant cells

artículo científico publicado en 2000

Modeling the interactions of sense and antisense Period transcripts in the mammalian circadian clock network.

artículo científico publicado en 2018

Modeling the septation initiation network (SIN) in fission yeast cells

artículo científico publicado en 2007

Modelling the effect of GRP78 on anti-oestrogen sensitivity and resistance in breast cancer

artículo científico publicado en 2013

Modelling the fission yeast cell cycle

artículo científico publicado en 2004

Models of cell cycle control in eukaryotes

artículo científico publicado en 1999

Molecular mechanisms creating bistable switches at cell cycle transitions.

artículo científico publicado en 2013

Monitoring p53's pulse

artículo científico publicado en 2004

Multistate Model Builder (MSMB): a flexible editor for compact biochemical models

artículo científico publicado en 2014

Network dynamics and cell physiology

artículo científico publicado en 2001

Nonspiral excitation waves beyond the eikonal approximation

artículo científico publicado en 1996

Nucleation of stem cell domains in a bistable activator–inhibitor model of the shoot apical meristem

scientific article published in 2022

Optimization and model reduction in the high dimensional parameter space of a budding yeast cell cycle model.

artículo científico publicado en 2013

Oscillatory dynamics of cell cycle proteins in single yeast cells analyzed by imaging cytometry

artículo científico publicado en 2011

Parameter estimation for a mathematical model of the cell cycle in frog eggs.

artículo científico publicado en 2005

Periodic enzyme synthesis and oscillatory repression: Why is the period of oscillation close to the cell cycle time? ⬇️

artículo científico publicado el 21 de julio de 1983

Periodic enzyme synthesis: Reconsideration of the theory of oscillatory repression ⬇️

artículo científico publicado el 7 de septiembre de 1979

Periodic forcing of a mathematical model of the eukaryotic cell cycle

artículo científico publicado en 2006

Potential role of a bistable histidine kinase switch in the asymmetric division cycle of Caulobacter crescentus

artículo científico publicado en 2013

Propagation of waves through a line of discontinuity in two-dimensional excitable media: Refraction and reflection of autowaves

artículo científico publicado en 1996

Quasi-Newton Stochastic Optimization Algorithm for Parameter Estimation of a Stochastic Model of the Budding Yeast Cell Cycle

artículo científico publicado en 2017

Regulated protein kinases and phosphatases in cell cycle decisions

artículo científico publicado en 2010

Regulation of the eukaryotic cell cycle: molecular antagonism, hysteresis, and irreversible transitions

artículo científico publicado en 2001

Role for regulated phosphatase activity in generating mitotic oscillations in Xenopus cell-free extracts.

artículo científico publicado en 2013

Spatial controls for growth zone formation during the fission yeast cell cycle

artículo científico publicado en 2008

Steady states and oscillations in the p53/Mdm2 network.

artículo científico publicado en 2005

Stochastic exit from mitosis in budding yeast: model predictions and experimental observations

artículo científico publicado en 2011

Stochastic simulation of enzyme-catalyzed reactions with disparate timescales

artículo científico publicado en 2008

Synchronization of eukaryotic cells by periodic forcing

artículo científico publicado en 2006

System-level feedbacks control cell cycle progression.

scientific article published on December 2009

System-level feedbacks make the anaphase switch irreversible

artículo científico publicado en 2011

Systems biologists seek fuller integration of systems biology approaches in new cancer research programs

artículo científico publicado en 2009

Temporal controls of the asymmetric cell division cycle in Caulobacter crescentus

artículo científico publicado en 2009

Temporal organization of the cell cycle

scientific article published on September 2008

The JigCell model builder: a spreadsheet interface for creating biochemical reaction network models.

artículo científico publicado en 2006

The distributions of cell size and generation time in a model of the cell cycle incorporating size control and random transitions.

artículo científico publicado en 1985

The dynamics of cell cycle regulation.

artículo científico publicado en 2002

The interleukin-1 receptor-associated kinase M selectively inhibits the alternative, instead of the classical NFkappaB pathway

scientific article published on January 2009

Top-down network analysis to drive bottom-up modeling of physiological processes

artículo científico publicado en 2013

Turbulence near cyclic fold bifurcations in birhythmic media.

artículo científico publicado en 2004

Unstable activator models for size control of the cell cycle.

artículo científico publicado en 1983

the JigCell model builder and run manager.

artículo científico publicado en 2004

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