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Lista de obras de Thomas D Otto

A cascade of DNA-binding proteins for sexual commitment and development in Plasmodium

artículo científico publicado en 2014

A comprehensive evaluation of assembly scaffolding tools ⬇️

artículo científico publicado en 2014

A comprehensive evaluation of rodent malaria parasite genomes and gene expression

artículo científico publicado en 2014

A forward genetic screen reveals a primary role for Plasmodium falciparum Reticulocyte Binding Protein Homologue 2a and 2b in determining alternative erythrocyte invasion pathways ⬇️

artículo científico publicado en 2018

A hybrid-hierarchical genome assembly strategy to sequence the invasive golden mussel Limnoperna fortunei ⬇️

artículo científico publicado en 2017

A new Plasmodium vivax reference sequence with improved assembly of the subtelomeres reveals an abundance of pir genes

artículo científico publicado en 2016

A novel multiple-stage antimalarial agent that inhibits protein synthesis

artículo científico publicado en 2015

A post-assembly genome-improvement toolkit (PAGIT) to obtain annotated genomes from contigs

artículo científico publicado en 2012

A scalable pipeline for highly effective genetic modification of a malaria parasite

artículo científico publicado en 2011

A single-nucleotide polymorphism in a Plasmodium berghei ApiAP2 transcription factor alters the development of host immunity

artículo científico publicado en 2020

A systematically improved high quality genome and transcriptome of the human blood fluke Schistosoma mansoni

artículo científico publicado en 2012

A tale of three next generation sequencing platforms: comparison of Ion Torrent, Pacific Biosciences and Illumina MiSeq sequencers

artículo científico publicado en 2012

ABACAS: algorithm-based automatic contiguation of assembled sequences

artículo científico publicado en 2009

An Experimental Human Blood-Stage Model for Studying Plasmodium malariae Infection

artículo científico publicado en 2020

An In-Solution Hybridisation Method for the Isolation of Pathogen DNA from Human DNA-rich Clinical Samples for Analysis by NGS

artículo científico publicado en 2012

An improved Plasmodium cynomolgi genome assembly reveals an unexpected methyltransferase gene expansion

artículo científico publicado en 2017

AnEnPi: identification and annotation of analogous enzymes

artículo científico publicado en 2008

Antigenic diversity is generated by distinct evolutionary mechanisms in African trypanosome species

artículo científico publicado en 2012

Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species

artículo científico publicado en 2013

Atypical mitogen-activated protein kinase phosphatase implicated in regulating transition from pre-S-Phase asexual intraerythrocytic development of Plasmodium falciparum

artículo científico publicado en 2013

Author Correction: Genomes of all known members of a Plasmodium subgenus reveal paths to virulent human malaria

artículo científico publicado en 2020

BamView: viewing mapped read alignment data in the context of the reference sequence

artículo científico publicado en 2010

BamView: visualizing and interpretation of next-generation sequencing read alignments

artículo científico publicado en 2013

Cereal killers

artículo científico publicado en 2013

Characterization and gene expression analysis of the cir multi-gene family of Plasmodium chabaudi chabaudi (AS).

artículo científico publicado en 2012

ChromaPipe: a pipeline for analysis, quality control and management for a DNA sequencing facility.

artículo científico

Chromerid genomes reveal the evolutionary path from photosynthetic algae to obligate intracellular parasites

artículo científico publicado en 2015

Chromosome and gene copy number variation allow major structural change between species and strains of Leishmania

artículo científico publicado en 2011

Circlator: automated circularization of genome assemblies using long sequencing reads

artículo científico publicado en 2015

Companion: a web server for annotation and analysis of parasite genomes

artículo científico

Comparative genome-wide analysis and evolutionary history of haemoglobin-processing and haem detoxification enzymes in malarial parasites

artículo científico publicado en 2016

Comparative genomics in Chlamydomonas and Plasmodium identifies an ancient nuclear envelope protein family essential for sexual reproduction in protists, fungi, plants, and vertebrates

artículo científico publicado en 2013

Complete avian malaria parasite genomes reveal features associated with lineage-specific evolution in birds and mammals

artículo científico publicado en 2018

Comprehensive evaluation of Toxoplasma gondii VEG and Neospora caninum LIV genomes with tachyzoite stage transcriptome and proteome defines novel transcript features

artículo científico publicado en 2015

Correction: Variant Exported Blood-Stage Proteins Encoded by Plasmodium Multigene Families Are Expressed in Liver Stages Where They Are Exported into the Parasitophorous Vacuole

artículo científico publicado en 2017

Correction: Variant Exported Blood-Stage Proteins Encoded by Plasmodium Multigene Families Are Expressed in Liver Stages Where They Are Exported into the Parasitophorous Vacuole

artículo científico publicado en 2016

Corrigendum: A novel multiple-stage antimalarial agent that inhibits protein synthesis

artículo científico publicado en 2016

Cyclin-dependent kinase 12 is a drug target for visceral leishmaniasis

scientific article published in Nature

Distinct synovial tissue macrophage subsets regulate inflammation and remission in rheumatoid arthritis

artículo científico publicado en 2020

Divergent mitochondrial respiratory chains in phototrophic relatives of apicomplexan parasites.

artículo científico publicado en 2015

Efficient depletion of host DNA contamination in malaria clinical sequencing

artículo científico publicado en 2012

Emergence of host-adapted Salmonella Enteritidis through rapid evolution in an immunocompromised host

artículo científico publicado en 2016

Evolutionary analysis of the most polymorphic gene family in falciparum malaria

artículo científico publicado en 2019

Experimental evolution, genetic analysis and genome re-sequencing reveal the mutation conferring artemisinin resistance in an isogenic lineage of malaria parasites

artículo científico publicado en 2010

Extreme mutation bias and high AT content in Plasmodium falciparum

artículo científico publicado en 2016

From Sequence Mapping to Genome Assemblies

artículo científico publicado en 2015

Generation of antigenic diversity in Plasmodium falciparum by structured rearrangement of Var genes during mitosis

artículo científico publicado en 2014

Genome sequence of Mycobacterium bovis BCG Moreau, the Brazilian vaccine strain against tuberculosis

artículo científico publicado en 2011

Genome sequencing of chimpanzee malaria parasites reveals possible pathways of adaptation to human hosts.

artículo científico publicado en 2014

Genome-wide profiling of chromosome interactions in Plasmodium falciparum characterizes nuclear architecture and reconfigurations associated with antigenic variation

artículo científico publicado en 2013

Genome-wide transposon mutagenesis indicates that Mycobacterium marinum customizes its virulence mechanisms for survival and replication in different hosts

artículo científico publicado en 2015

Genomes of all known members of a Plasmodium subgenus reveal paths to virulent human malaria.

artículo científico publicado en 2018

Genomic Characterization of Recrudescent Plasmodium malariae after Treatment with Artemether/Lumefantrine

artículo científico publicado en 2017

Genomic analysis of the causative agents of coccidiosis in domestic chickens

artículo científico publicado en 2014

Genomic expression catalogue of a global collection of BCG vaccine strains show evidence for highly diverged metabolic and cell-wall adaptations

artículo científico publicado en 2015

Genomic insights into the origin of parasitism in the emerging plant pathogen Bursaphelenchus xylophilus

artículo científico publicado en 2011

Genomics illuminates parasite biology

artículo científico publicado en 2014

Host cell maturation modulates parasite invasion and sexual differentiation in <i>Plasmodium berghei</i>

artículo científico publicado en 2022

Human vaccination against Plasmodium vivax Duffy-binding protein induces strain-transcending antibodies.

artículo científico publicado en 2017

IVA: accurate de novo assembly of RNA virus genomes

artículo científico publicado en 2015

Improving draft assemblies by iterative mapping and assembly of short reads to eliminate gaps

artículo científico publicado en 2010

In silico guided reconstruction and analysis of ICAM-1-binding var genes from Plasmodium falciparum.

artículo científico publicado en 2018

In silico reconstruction of the amino acid metabolic pathways of Trypanosoma cruzi

artículo científico publicado en 2008

Increased circulation time of Plasmodium falciparum underlies persistent asymptomatic infection in the dry season

artículo científico publicado en 2020

Integrated pathogen load and dual transcriptome analysis of systemic host-pathogen interactions in severe malaria

artículo científico publicado en 2018

Integrated transcriptomic and proteomic analysis of pathogenic mycobacteria and their esx-1 mutants reveal secretion-dependent regulation of ESX-1 substrates and WhiB6 as a transcriptional regulator

scientific article published in PLoS ONE

Iterative Correction of Reference Nucleotides (iCORN) using second generation sequencing technology

artículo científico publicado en 2010

Kinetoplastid Phylogenomics Reveals the Evolutionary Innovations Associated with the Origins of Parasitism

artículo científico publicado en 2016

Last parasite standing

artículo científico publicado en 2016

Leishmania (Viannia) braziliensis: influence of successive in vitro cultivation on the expression of promastigote proteinases

artículo científico publicado en 2010

Long read assemblies of geographically dispersed isolates reveal highly structured subtelomeres

article

Long- and short-term selective forces on malaria parasite genomes

artículo científico publicado en 2010

Low sulfated heparins target multiple proteins for central nervous system repair

artículo científico publicado en 2018

Machine learning approaches classify clinical malaria outcomes based on haematological parameters

artículo científico publicado en 2020

Modelling pathogen load dynamics to elucidate mechanistic determinants of host-Plasmodium falciparum interactions

artículo científico publicado en 2019

Molecular differentiation of sex chromosomes probed by comparative genomic hybridization.

artículo científico publicado en 1999

Multi-population genomic analysis of malaria parasites indicates local selection and differentiation at the gdv1 locus regulating sexual development

scientific article published in Scientific Reports

New insights into the blood-stage transcriptome of Plasmodium falciparum using RNA-Seq

artículo científico publicado en 2010

Optimal enzymes for amplifying sequencing libraries

artículo científico publicado en 2011

Optimizing Illumina next-generation sequencing library preparation for extremely AT-biased genomes.

artículo científico publicado en 2012

Plasmodium falciparum schizont stage transcriptome variation among clinical isolates and laboratory-adapted clones

Plasmodium knowlesi genome sequences from clinical isolates reveal extensive genomic dimorphism

artículo científico publicado en 2015

Plasmodium malariae and P. ovale genomes provide insights into malaria parasite evolution ⬇️

artículo científico publicado en 2017

Plasmodium vivax-like genome sequences shed new insights into Plasmodium vivax biology and evolution

artículo científico publicado en 2018

Profiling invasive Plasmodium falciparum merozoites using an integrated omics approach ⬇️

artículo científico publicado en 2017

Progression of the canonical reference malaria parasite genome from 2002-2019

artículo científico publicado en 2019

ProteinWorldDB: querying radical pairwise alignments among protein sets from complete genomes

artículo científico

Proteomic and genetic analyses demonstrate that Plasmodium berghei blood stages export a large and diverse repertoire of proteins

artículo científico publicado en 2012

Pyrazoleamide compounds are potent antimalarials that target Na+ homeostasis in intraerythrocytic Plasmodium falciparum

artículo científico publicado en 2014

Quantitative insertion-site sequencing (QIseq) for high throughput phenotyping of transposon mutants

artículo científico publicado en 2016

RATT: Rapid Annotation Transfer Tool

artículo científico publicado en 2011

REAPR: a universal tool for genome assembly evaluation

artículo científico publicado en 2013

ReRep: computational detection of repetitive sequences in genome survey sequences (GSS).

artículo científico publicado en 2008

Real-time sequencing

artículo científico publicado en 2011

Robust high-throughput prokaryote de novo assembly and improvement pipeline for Illumina data

artículo científico publicado en 2016

SC83288 is a clinical development candidate for the treatment of severe malaria.

artículo científico publicado en 2017

Schizont transcriptome variation among clinical isolates and laboratory-adapted clones of the malaria parasite Plasmodium falciparum

scientific article published on 10 December 2018

Seeking perfection

scientific article published on 01 October 2010

Structural modelling and comparative analysis of homologous, analogous and specific proteins from Trypanosoma cruzi versus Homo sapiens: putative drug targets for chagas' disease treatment

artículo científico publicado en 2010

Targeted disruption of py235ebp-1: invasion of erythrocytes by Plasmodium yoelii using an alternative Py235 erythrocyte binding protein ⬇️

artículo científico publicado en 2011

The evolutionary dynamics of variant antigen genes in Babesia reveal a history of genomic innovation underlying host-parasite interaction

artículo científico publicado en 2014

Transcriptomic Studies of Malaria: a Paradigm for Investigation of Systemic Host-Pathogen Interactions

scholarly article by Hyun Jae Lee et al published 1 June 2018 in Microbiology and Molecular Biology Reviews

Two nonrecombining sympatric forms of the human malaria parasite Plasmodium ovale occur globally

artículo científico publicado en 2010

Uncovering the essential genes of the human malaria parasitePlasmodium falciparumby saturation mutagenesis

artículo científico publicado en 2018

Variant Exported Blood-Stage Proteins Encoded by Plasmodium Multigene Families Are Expressed in Liver Stages Where They Are Exported into the Parasitophorous Vacuole

artículo científico publicado en 2016

Whole genome sequencing and microsatellite analysis of the Plasmodium falciparum E5 NF54 strain show that the var, rifin and stevor gene families follow Mendelian inheritance

article

Whole genome sequencing of Plasmodium falciparum from dried blood spots using selective whole genome amplification

artículo científico publicado en 2016

peaks2utr: a robust Python tool for the annotation of 3′ UTRs

artículo científico publicado en 2023

pfk13-Independent Treatment Failure in Four Imported Cases of Plasmodium falciparum Malaria Treated with Artemether-Lumefantrine in the United Kingdom

artículo científico publicado en 2017

β2 Integrins differentially regulate γδ T cell subset thymic development and peripheral maintenance

scientific article published on 26 August 2020

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