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Lista de obras de David D. Pollock

A call for benchmarking transposable element annotation methods

artículo científico publicado en 2015

A case for evolutionary genomics and the comprehensive examination of sequence biodiversity.

artículo científico publicado en 2000

A multi-organ transcriptome resource for the Burmese Python (Python molurus bivittatus) ⬇️

artículo científico publicado el 25 de agosto de 2011

A proposal to sequence the genome of a garter snake (Thamnophis sirtalis) ⬇️

artículo científico publicado en 2011

Adaptive evolution and functional redesign of core metabolic proteins in snakes

artículo científico publicado en 2008

Adaptive molecular convergence: Molecular evolution versus molecular phylogenetics.

artículo científico publicado en 2010

Amalgamated cross-species transcriptomes reveal organ-specific propensity in gene expression evolution

artículo científico publicado en 2020

Amino acid coevolution induces an evolutionary Stokes shift.

artículo científico publicado en 2012

Ancestral sequence reconstruction in primate mitochondrial DNA: compositional bias and effect on functional inference.

artículo científico publicado en 2004

Assessing an unknown evolutionary process: effect of increasing site-specific knowledge through taxon addition.

artículo científico publicado en 2000

Assessing the accuracy of ancestral protein reconstruction methods

artículo científico publicado en 2006

Bayesian analysis of high-throughput quantitative measurement of protein-DNA interactions

artículo científico publicado en 2011

Chinese alligator genome illustrates molecular adaptations

artículo científico publicado en 2013

Coevolutionary patterns in cytochrome c oxidase subunit I depend on structural and functional context

artículo científico publicado en 2007

Coevolving protein residues: maximum likelihood identification and relationship to structure.

artículo científico publicado en 1999

Comparative mitochondrial genomics of snakes: extraordinary substitution rate dynamics and functionality of the duplicate control region

artículo científico publicado en 2007

Comparison of normalization methods for construction of large, multiplex amplicon pools for next-generation sequencing

artículo científico publicado en 2010

Context dependence and coevolution among amino acid residues in proteins.

artículo científico publicado en 2005

Correction: Rapid Microsatellite Identification from Illumina Paired-End Genomic Sequencing in Two Birds and a Snake

artículo científico publicado en 2015

Detecting gradients of asymmetry in site-specific substitutions in mitochondrial genomes

artículo científico publicado en 2004

Divergence, recombination and retention of functionality during protein evolution.

artículo científico publicado en 2005

Dynamic nucleotide mutation gradients and control region usage in squamate reptile mitochondrial genomes

artículo científico publicado en 2009

EGenBio: a data management system for evolutionary genomics and biodiversity

artículo científico publicado en 2006

Editorial

Effectiveness of correlation analysis in identifying protein residues undergoing correlated evolution

artículo científico publicado en 1997

Estimating the degree of saturation in mutant screens

artículo científico publicado en 2004

Evidence for an ancient adaptive episode of convergent molecular evolution.

scholarly article

Evolution of base-substitution gradients in primate mitochondrial genomes

artículo científico publicado en 2005

Evolution of functionality in lattice proteins

artículo científico publicado en 2001

Finding and extending ancient simple sequence repeat-derived regions in the human genome

artículo científico publicado en 2020

From DNA to fitness differences: sequences and structures of adaptive variants of Colias phosphoglucose isomerase (PGI).

artículo científico publicado en 2005

Gene-specific RNA polymerase II phosphorylation and the CTD code

artículo científico publicado en 2010

Genome of the marsupial Monodelphis domestica reveals innovation in non-coding sequences

artículo científico publicado en 2007

Germline TRAV5D-4 T-cell receptor sequence targets a primary insulin peptide of NOD mice

artículo científico publicado en 2012

Identification of repeat structure in large genomes using repeat probability clouds

artículo científico publicado en 2008

Increased Accuracy in Analytical Molecular Distance Estimation ⬇️

artículo científico publicado el 1 de agosto de 1998

Increased taxon sampling is advantageous for phylogenetic inference

artículo científico publicado en 2002

Inference of transposable element ancestry

artículo científico publicado en 2014

Intrinsic amino acid side-chain hydrophilicity/hydrophobicity coefficients determined by reversed-phase high-performance liquid chromatography of model peptides: comparison with other hydrophilicity/hydrophobicity scales

artículo científico publicado en 2009

Is sparse taxon sampling a problem for phylogenetic inference?

artículo científico publicado en 2003

LTR retrotransposons contribute to genomic gigantism in plethodontid salamanders

artículo científico publicado en 2012

Launching microsatellites: a review of mutation processes and methods of phylogenetic interference

artículo científico publicado en 1997

Least squares estimation of molecular distance--noise abatement in phylogenetic reconstruction

artículo científico publicado en 1994

Microsatellite behavior with range constraints: parameter estimation and improved distances for use in phylogenetic reconstruction

artículo científico

Nonadaptive Amino Acid Convergence Rates Decrease over Time.

artículo científico publicado en 2015

Observations of amino acid gain and loss during protein evolution are explained by statistical bias.

artículo científico publicado en 2006

Patterns of relatedness and genetic diversity inferred from whole genome sequencing of archival blood fluke miracidia (Schistosoma japonicum)

scientific article published on 06 January 2021

Phylogenetics, likelihood, evolution and complexity

artículo científico publicado en 2012

Platform technology to generate broadly cross-reactive antibodies to α-helical epitopes in hemagglutinin proteins from influenza a viruses.

artículo científico publicado en 2016

Rapid changes in gene expression direct rapid shifts in intestinal form and function in the Burmese python after feeding

artículo científico publicado en 2015

Rapid identification of thousands of copperhead snake (Agkistrodon contortrix) microsatellite loci from modest amounts of 454 shotgun genome sequence

artículo científico publicado en 2009

Rapid likelihood analysis on large phylogenies using partial sampling of substitution histories

artículo científico publicado en 2009

Rapid microsatellite identification from Illumina paired-end genomic sequencing in two birds and a snake

artículo científico publicado en 2012

Regional variation in the density of essential genes in mice

artículo científico publicado en 2007

Repetitive elements may comprise over two-thirds of the human genome

artículo científico publicado en 2011

Report from the first snake genomics and integrative biology meeting

artículo científico publicado en 2012

SELECTIVE ADVANTAGE OF RECOMBINATION IN EVOLVING PROTEIN POPULATIONS: A LATTICE MODEL STUDY.

artículo científico publicado en 2006

SINEs, evolution and genome structure in the opossum

artículo científico publicado en 2007

SP transcription factor paralogs and DNA-binding sites coevolve and adaptively converge in mammals and birds

artículo científico publicado en 2012

Sequence entropy of folding and the absolute rate of amino acid substitutions

artículo científico publicado en 2017

Sequencing the genome of the Burmese python (Python molurus bivittatus) as a model for studying extreme adaptations in snakes

artículo científico publicado en 2011

Sequencing three crocodilian genomes to illuminate the evolution of archosaurs and amniotes

artículo científico publicado en 2012

Strong evidence for protein epistasis, weak evidence against it.

artículo científico publicado en 2014

Structural, Biochemical, and in Vivo Characterization of the First Virally Encoded Cyclophilin from the Mimivirus

artículo científico publicado en 2008

The Ambush Hypothesis: Hidden Stop Codons Prevent Off-Frame Gene Reading

article

The Burmese python genome reveals the molecular basis for extreme adaptation in snakes

artículo científico publicado en 2013

The ambush hypothesis: hidden stop codons prevent off-frame gene reading

artículo científico publicado en 2004

The beetle gut: a hyperdiverse source of novel yeasts

artículo científico publicado en 2005

The genome of a songbird

artículo científico publicado en 2010

The genome of the green anole lizard and a comparative analysis with birds and mammals ⬇️

artículo científico publicado en 2011

The interface of protein structure, protein biophysics, and molecular evolution

artículo científico publicado en 2012

The king cobra genome reveals dynamic gene evolution and adaptation in the snake venom system

artículo científico publicado en 2013

The tangled bank of amino acids

artículo científico publicado en 2016

The western painted turtle genome, a model for the evolution of extreme physiological adaptations in a slowly evolving lineage.

artículo científico publicado en 2013

Thousands of microsatellite loci from the venomous coralsnake Micrurus fulvius and variability of select loci across populations and related species.

artículo científico publicado en 2012

Three crocodilian genomes reveal ancestral patterns of evolution among archosaurs

artículo científico publicado en 2014

Transcriptome sequencing of black grouse (Tetrao tetrix) for immune gene discovery and microsatellite development

artículo científico publicado en 2012

Two Antarctic penguin genomes reveal insights into their evolutionary history and molecular changes related to the Antarctic environment

artículo científico publicado en 2014

Whole Genome Amplification and Reduced-Representation Genome Sequencing of Schistosoma japonicum Miracidia.

artículo científico publicado en 2017

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