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Lista de obras de Alexander Stark

A computational pipeline for comparative ChIP-seq analyses

artículo científico publicado en 2011

A conserved role for Snail as a potentiator of active transcription

artículo científico publicado en 2014

A dynamic structural model for estrogen receptor-alpha activation by ligands, emphasizing the role of interactions between distant A and E domains

artículo científico publicado en 2002

A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals

artículo científico publicado en 2011

A high-throughput method to identify trans-activation domains within transcription factor sequences

scholarly article by Cosmas D Arnold published in August 2018

A histone deacetylase adjusts transcription kinetics at coding sequences during Candida albicans morphogenesis

artículo científico publicado en 2012

A model for statistical significance of local similarities in structure.

artículo científico publicado en 2003

A single Hox locus in Drosophila produces functional microRNAs from opposite DNA strands

artículo científico publicado en 2008

A systematic analysis of Drosophila TUDOR domain-containing proteins identifies Vreteno and the Tdrd12 family as essential primary piRNA pathway factors

artículo científico publicado en 2011

Accurate prediction of peptide binding sites on protein surfaces.

artículo científico publicado en 2009

An endogenous small interfering RNA pathway in Drosophila

artículo científico publicado en 2008

An epigenetic role for maternally inherited piRNAs in transposon silencing

artículo científico publicado en 2008

Animal MicroRNAs confer robustness to gene expression and have a significant impact on 3'UTR evolution

artículo científico publicado en 2005

Annotation in three dimensions. PINTS: Patterns in Non-homologous Tertiary Structures

artículo científico publicado en 2003

Coherent but overlapping expression of microRNAs and their targets during vertebrate development

artículo científico publicado en 2009

Combinatorial function of transcription factors and cofactors

artículo científico publicado en 2017

Comparative genomics of gene regulation-conservation and divergence of cis-regulatory information.

artículo científico publicado en 2009

Conservation of small RNA pathways in platypus

artículo científico publicado en 2008

Coordinating the human looks

artículo científico publicado en 2015

Crystal structure of an archaeal class I aldolase and the evolution of (betaalpha)8 barrel proteins

artículo científico publicado en 2003

Deciphering the transcriptional cis-regulatory code

artículo científico

Denoising feedback loops by thresholding--a new role for microRNAs

artículo científico publicado en 2006

Developmental gene regulation in the era of genomics

artículo científico publicado en 2010

Differential cofactor dependencies define distinct types of human enhancers

artículo científico publicado en 2022

Discovery of functional elements in 12 Drosophila genomes using evolutionary signatures

artículo científico publicado en 2007

Discrete small RNA-generating loci as master regulators of transposon activity in Drosophila

artículo científico publicado en 2007

Dissection of thousands of cell type-specific enhancers identifies dinucleotide repeat motifs as general enhancer features.

artículo científico publicado en 2014

Diverse endonucleolytic cleavage sites in the mammalian transcriptome depend upon microRNAs, Drosha, and additional nucleases

artículo científico publicado en 2010

Enhancer-core-promoter specificity separates developmental and housekeeping gene regulation.

artículo científico publicado en 2014

Eukaryotic core promoters and the functional basis of transcription initiation

scientific article published on 01 October 2018

Evolution of genes and genomes on the Drosophila phylogeny

artículo científico publicado en 2007

Evolution, biogenesis, expression, and target predictions of a substantially expanded set of Drosophila microRNAs

artículo científico publicado en 2007

Finding functional sites in structural genomics proteins.

artículo científico publicado en 2004

Forward and reverse genetics through derivation of haploid mouse embryonic stem cells.

artículo científico publicado en 2011

Genome analysis of the platypus reveals unique signatures of evolution

artículo científico publicado en 2008

Genome-scale functional characterization of Drosophila developmental enhancers in vivo

artículo científico publicado en 2014

Genome-wide analysis of mRNAs regulated by Drosha and Argonaute proteins in Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2006

Genome-wide quantitative enhancer activity maps identified by STARR-seq

artículo científico publicado en 2013

Genomics: Hiding in plain sight

artículo científico publicado en 2014

HOT regions function as patterned developmental enhancers and have a distinct cis-regulatory signature

artículo científico publicado en 2012

High conservation of transcription factor binding and evidence for combinatorial regulation across six Drosophila species

artículo científico publicado en 2011

Histone modifications at human enhancers reflect global cell-type-specific gene expression

artículo científico publicado en 2009

Hormone-responsive enhancer-activity maps reveal predictive motifs, indirect repression, and targeting of closed chromatin

artículo científico publicado en 2014

Identification of Drosophila MicroRNA targets

artículo científico publicado en 2003

Learning the transcriptional regulatory code

artículo científico publicado en 2009

Loss of the Mili-interacting Tudor domain-containing protein-1 activates transposons and alters the Mili-associated small RNA profile

scientific journal article

Mouse MOV10L1 associates with Piwi proteins and is an essential component of the Piwi-interacting RNA (piRNA) pathway

scientific journal article

Multiplexed detection of SARS-CoV-2 and other respiratory infections in high throughput by SARSeq

artículo científico publicado en 2021

Neural-specific elongation of 3' UTRs during Drosophila development

artículo científico publicado en 2011

Not miR-ly muscular: microRNAs and muscle development

artículo científico publicado en 2005

PHF3 regulates neuronal gene expression through the Pol II CTD reader domain SPOC

artículo científico publicado en 2021

Predictions without templates: New folds, secondary structure, and contacts in CASP5

artículo científico publicado el 1 de enero de 2003

Principles of microRNA-target recognition

artículo científico publicado en 2005

Quantitative genome-wide enhancer activity maps for five Drosophila species show functional enhancer conservation and turnover during cis-regulatory evolution

artículo científico publicado en 2014

RNA polymerase stalling at developmental control genes in the Drosophila melanogaster embryo

artículo científico publicado en 2007

RNA-binding profiles of Drosophila CPEB proteins Orb and Orb2.

scientific article published on 24 October 2016

Reliable prediction of regulator targets using 12 Drosophila genomes

artículo científico publicado en 2007

Resolving systematic errors in widely used enhancer activity assays in human cells.

artículo científico publicado en 2017

Specialized piRNA pathways act in germline and somatic tissues of the Drosophila ovary

artículo científico publicado en 2009

Systematic discovery and characterization of fly microRNAs using 12 Drosophila genomes

artículo científico publicado en 2007

Systematic discovery of new recognition peptides mediating protein interaction networks

artículo científico publicado en 2005

Systematic genetic analysis of muscle morphogenesis and function in Drosophila

artículo científico publicado en 2010

Temporal reciprocity of miRNAs and their targets during the maternal-to-zygotic transition in Drosophila

artículo científico publicado en 2008

The Mitochondrial Permeability Transition Augments Fas-induced Apoptosis in Mouse Hepatocytes

scientific article published in Journal of Biological Chemistry

The Relationship Between Sequence and Interaction Divergence in Proteins

artículo científico publicado el 3 de octubre de 2003

The TDRD9-MIWI2 complex is essential for piRNA-mediated retrotransposon silencing in the mouse male germline

scientific journal article

The Tasmanian devil transcriptome reveals Schwann cell origins of a clonally transmissible cancer

artículo científico publicado en 2010

Transcriptional enhancers: from properties to genome-wide predictions

artículo científico

Transcriptional plasticity promotes primary and acquired resistance to BET inhibition

scientific article published on 14 September 2015

Uncovering cis-regulatory sequence requirements for context-specific transcription factor binding

artículo científico publicado en 2012

Whole-genome ChIP-chip analysis of Dorsal, Twist, and Snail suggests integration of diverse patterning processes in the Drosophila embryo

artículo científico publicado en 2007

Widespread regulatory specificities between transcriptional co-repressors and enhancers in <i>Drosophila</i>

artículo científico publicado en 2023

bantam encodes a developmentally regulated microRNA that controls cell proliferation and regulates the proapoptotic gene hid in Drosophila

artículo científico publicado en 2003

cis-regulatory requirements for tissue-specific programs of the circadian clock

artículo científico publicado en 2013

mRNA degradation by miRNAs and GW182 requires both CCR4:NOT deadenylase and DCP1:DCP2 decapping complexes

artículo científico publicado en 2006