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Lista de obras de James Taylor

28-way vertebrate alignment and conservation track in the UCSC Genome Browser

artículo científico publicado en 2007

A Novel Long Non-Coding RNA in the hTERT Promoter Region Regulates hTERT Expression

artículo científico publicado en 2017

A comparative encyclopedia of DNA elements in the mouse genome

artículo científico publicado en 2014

A framework for collaborative analysis of ENCODE data: making large-scale analyses biologist-friendly

artículo científico publicado en 2007

A reference model for deploying applications in virtualized environments

A single-cell RNA-sequencing training and analysis suite using the Galaxy framework

artículo científico publicado en 2020

A sustainable national gateway for biological computation

An encyclopedia of mouse DNA elements (Mouse ENCODE).

artículo científico publicado en 2012

An integrative view of the regulatory and transcriptional landscapes in mouse hematopoiesis

artículo científico publicado en 2020

Analyses of deep mammalian sequence alignments and constraint predictions for 1% of the human genome

artículo científico publicado en 2007

Architectural protein subclasses shape 3D organization of genomes during lineage commitment

artículo científico publicado en 2013

Biology Needs Evolutionary Software Tools: Let's Build Them Right.

artículo científico publicado en 2018

Building and provisioning bioinformatics environments on public and private Clouds

Chromosome Conformation Paints Reveal The Role Of Lamina Association In Genome Organization And Regulation

article

Cloud bursting galaxy: federated identity and access management

scientific article published on 01 January 2020

CloudLaunch: Discover and deploy cloud applications

CloudMan as a platform for tool, data, and analysis distribution

artículo científico publicado en 2012

Community-Driven Data Analysis Training for Biology

artículo científico publicado en 2018

Comparative analyses of bidirectional promoters in vertebrates

artículo científico publicado en 2008

Dissemination of scientific software with Galaxy ToolShed

artículo científico publicado en 2014

Dynamics of mitochondrial heteroplasmy in three families investigated via a repeatable re-sequencing study

artículo científico publicado en 2011

Dynamics of the epigenetic landscape during erythroid differentiation after GATA1 restoration

artículo científico publicado en 2011

ESPERR: learning strong and weak signals in genomic sequence alignments to identify functional elements

artículo científico publicado en 2006

Enabling cloud bursting for life sciences within Galaxy

Enhancing pre-defined workflows with ad hoc analytics using Galaxy, Docker and Jupyter

Erratum: The anatomy of successful computational biology software

article

Evaluation of regulatory potential and conservation scores for detecting cis-regulatory modules in aligned mammalian genome sequences

artículo científico publicado en 2005

Experimental validation of predicted mammalian erythroid cis-regulatory modules

artículo científico publicado en 2006

Finding cis-regulatory elements using comparative genomics: some lessons from ENCODE data

artículo científico publicado en 2007

Galaxy CloudMan: delivering cloud compute clusters

artículo científico publicado en 2010

Galaxy Cluster to Cloud - Genomics at Scale

Galaxy: A Gateway to Tools in e-Science

Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences ⬇️

artículo científico publicado el 25 de agosto de 2010

Galaxy: a platform for interactive large-scale genome analysis

artículo científico publicado en 2005

Galaxy: a web-based genome analysis tool for experimentalists

artículo científico publicado en 2010

Generation and annotation of the DNA sequences of human chromosomes 2 and 4

artículo científico publicado en 2005

Genome analysis of the platypus reveals unique signatures of evolution

artículo científico publicado en 2008

Genome analysis of the platypus reveals unique signatures of evolution

artículo científico publicado en 2008

Genome sequence of the Brown Norway rat yields insights into mammalian evolution

artículo científico publicado en 2004

Genome-wide comparative analysis reveals human- mouse regulatory landscape and evolution

Genome-wide comparative analysis reveals human-mouse regulatory landscape and evolution

artículo científico publicado en 2015

Genomic approaches towards finding cis-regulatory modules in animals ⬇️

artículo científico publicado el 18 de junio de 2012

Harnessing cloud computing with Galaxy Cloud

artículo científico publicado en 2011

HiFive: a tool suite for easy and efficient HiC and 5C data analysis

artículo científico publicado en 2015

HiFive: a tool suite for easy and efficient HiC and 5C data analysis

scholarly article published 3 October 2014

Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project

artículo científico publicado en 2007

Integrating diverse databases into an unified analysis framework: a Galaxy approach

artículo científico publicado en 2011

Integrative approach reveals composition of endoparasitoid wasp venoms

artículo científico publicado en 2013

Jetstream

Jupyter and Galaxy: Easing entry barriers into complex data analyses for biomedical researchers.

artículo científico publicado en 2017

Lamins Organize the Global Three-Dimensional Genome from the Nuclear Periphery

artículo científico publicado en 2018

Lessons learned from Galaxy, a Web-based platform for high-throughput genomic analyses

Leveraging the national cyberinfrastructure for biomedical research

artículo científico publicado en 2014

Making whole genome multiple alignments usable for biologists

artículo científico publicado en 2011

Manipulation of FASTQ data with Galaxy

artículo científico publicado en 2010

Measuring the reproducibility and quality of Hi-C data

article by Galip Gürkan Yardımcı et al published 19 March 2019 in Genome Biology

MetaWRAP - a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis

MetaWRAP-a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis

artículo científico publicado en 2018

NGS analyses by visualization with Trackster

artículo científico publicado en 2012

Natural variation in stochastic photoreceptor specification and color preference in Drosophila.

artículo científico publicado en 2017

Next-generation sequencing data interpretation: enhancing reproducibility and accessibility ⬇️

artículo científico publicado el 1 de septiembre de 2012

No more business as usual: Agile and effective responses to emerging pathogen threats require open data and open analytics

scientific article published on 13 August 2020

Online resources for genomic analysis using high-throughput sequencing

artículo científico publicado en 2015

Open pipelines for integrated tumor genome profiles reveal differences between pancreatic cancer tumors and cell lines

artículo científico publicado en 2015

Parasitoid wasp venom SERCA regulates Drosophila calcium levels and inhibits cellular immunity

artículo científico publicado en 2013

Phylogenomic resources at the UCSC Genome Browser

artículo científico publicado en 2008

Practical Computational Reproducibility in the Life Sciences

artículo científico publicado en 2018

Practical computational reproducibility in the life sciences

artículo científico publicado en 2017

Primary sequence and epigenetic determinants of in vivo occupancy of genomic DNA by GATA1.

artículo científico publicado en 2009

QuASAR: Quality Assessment of Spatial Arrangement Reproducibility in Hi-C Data

Regulatory potential scores from genome-wide three-way alignments of human, mouse, and rat

artículo científico publicado en 2004

Ribosome A and P sites revealed by length analysis of ribosome profiling data

artículo científico publicado en 2015

Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution

artículo científico publicado en 2004

Strong and weak male mutation bias at different sites in the primate genomes: insights from the human-chimpanzee comparison

artículo científico publicado en 2005

Systematic integration of GATA transcription factors and epigenomes via IDEAS paints the regulatory landscape of hematopoietic cells

artículo científico publicado en 2020

TADs pair homologous chromosomes to promote interchromosomal gene regulation

artículo científico publicado en 2018

Ten simple rules for reproducible computational research

artículo científico publicado en 2013

The 2nd DBCLS BioHackathon: interoperable bioinformatics Web services for integrated applications

artículo científico publicado en 2011

The 3rd DBCLS BioHackathon: improving life science data integration with Semantic Web technologies

artículo científico publicado en 2013

The DNA60IFX contest

artículo científico publicado en 2013

The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2016 update

artículo científico publicado en 2016

The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2018 update.

artículo científico publicado en 2018

The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2020 update

artículo científico publicado en 2020

The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2020 update

artículo científico publicado en 2020

The anatomy of successful computational biology software

artículo científico publicado en 2013

The elastic analysis with galaxy on the cloud.

artículo científico publicado en 2010

The full-length transcriptome of C. elegans using direct RNA sequencing

artículo científico publicado en 2020

The genome sequence of the leaf-cutter ant Atta cephalotes reveals insights into its obligate symbiotic lifestyle

artículo científico publicado en 2011

Thyroid hormone signaling specifies cone subtypes in human retinal organoids

artículo científico publicado en 2018

Topologically associating domains are stable units of replication-timing regulation

artículo científico publicado en 2014

Toward the commoditization of translational genomic research: Design and implementation features of the Galaxy genomic workbench

artículo científico publicado en 2008

Using Galaxy to perform large-scale interactive data analyses

artículo científico publicado en 2012

Using cloud computing infrastructure with CloudBioLinux, CloudMan, and Galaxy

artículo científico

Using galaxy to perform large-scale interactive data analyses

artículo científico publicado en 2007

Web-based analysis of (Epi-) genome data using EpiGRAPH and Galaxy

artículo científico publicado en 2010

Web-based visual analysis for high-throughput genomics

artículo científico publicado en 2013

Windshield splatter analysis with the Galaxy metagenomic pipeline

scientific article published on 09 October 2009

Wrangling Galaxy's reference data

artículo científico publicado en 2014

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