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Lista de obras de Buyong Ma

"Similarity trap" in protein-protein interactions could be carcinogenic: simulations of p53 core domain complexed with 53BP1 and BRCA1 BRCT domains

artículo científico publicado en 2006

A Molecular Mechanics Study of the Cholesteryl Acetate Crystal: Evaluation of Interconversion amongrg,rz, andrαBond Lengths

artículo científico publicado en 1997

A broad view of scaffolding suggests that scaffolding proteins can actively control regulation and signaling of multienzyme complexes through allostery

artículo científico

A comparative study of amyloid fibril formation by residues 15-19 of the human calcitonin hormone: a single beta-sheet model with a small hydrophobic core

artículo científico publicado en 2004

Allosteric conformational barcodes direct signaling in the cell

artículo científico publicado en 2013

Allosteric control of antibody-prion recognition through oxidation of a disulfide bond between the CH and CL chains

artículo científico publicado en 2016

Allosteric effects of the oncogenic RasQ61L mutant on Raf-RBD

artículo científico publicado en 2015

Allosteric stabilization of the amyloid-β peptide hairpin by the fluctuating N-terminal

artículo científico publicado en 2015

Amplification of signaling via cellular allosteric relay and protein disorder

scholarly article

Amylin-Aβ oligomers at atomic resolution using molecular dynamics simulations: a link between Type 2 diabetes and Alzheimer's disease

artículo científico publicado en 2015

Annular structures as intermediates in fibril formation of Alzheimer Abeta17-42

artículo científico publicado en 2008

Antigen binding allosterically promotes Fc receptor recognition

artículo científico publicado en 2018

Atomistic-level study of the interactions between hIAPP protofibrils and membranes: Influence of pH and lipid composition.

artículo científico publicado en 2018

Aβ(1-42) fibril structure illuminates self-recognition and replication of amyloid in Alzheimer's disease

artículo científico publicado en 2015

Binding interactions between the core central domain of 16S rRNA and the ribosomal protein S15 determined by molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2003

Binding of protofibrillar Aβ trimers to lipid bilayer surface enhances Aβ structural stability and causes membrane thinning

artículo científico publicado en 2017

Bioinformatics study of cancer-related mutations within p53 phosphorylation site motifs

artículo científico publicado en 2014

CD4 binding partially locks the bridging sheet in gp120 but leaves the beta2/3 strands flexible

artículo científico publicado en 2005

Calculation of rz structures from rs structures

Carbon monoxide in controlling the surface formation of Group VIII metal nanoparticles.

artículo científico publicado en 2014

Characterization of the conformational state and flexibility of HIV-1 glycoprotein gp120 core domain

artículo científico publicado en 2004

Comparison of the human and worm p53 structures suggests a way for enhancing stability

artículo científico publicado en 2006

Comparison of the protein-protein interfaces in the p53-DNA crystal structures: towards elucidation of the biological interface

artículo científico publicado en 2005

Computational Investigation of Gantenerumab and Crenezumab's Recognition of Aβ Fibrils in Alzheimer's Disease Brain Tissue

artículo científico publicado en 2020

Conformational basis for asymmetric seeding barrier in filaments of three- and four-repeat tau.

artículo científico publicado en 2012

Conformational distribution and α-helix to β-sheet transition of human amylin fragment dimer

artículo científico publicado en 2013

Conformational dynamics of cancer-associated MyD88-TIR domain mutant L252P (L265P) allosterically tilts the landscape toward homo-dimerization

artículo científico publicado en 2016

Conformational selection in amyloid-based immunotherapy: Survey of crystal structures of antibody-amyloid complexes

artículo científico publicado en 2016

Conformational stability and dynamics of the cancer-associated isoform Δ133p53β are modulated by p53 peptides and p53-specific DNA

artículo científico publicado en 2018

Conformational study of the protegrin-1 (PG-1) dimer interaction with lipid bilayers and its effect

artículo científico publicado en 2007

Consensus features in amyloid fibrils: sheet-sheet recognition via a (polar or nonpolar) zipper structure

artículo científico publicado en 2006

Conservation of polar residues as hot spots at protein interfaces

artículo científico publicado en 2000

Conservation of polar residues as hot spots at protein interfaces

scholarly article by Zengjian Hu published in June 2000

Contribution of salt bridges toward protein thermostability

artículo científico publicado en 2000

Cooperativity among short amyloid stretches in long amyloidogenic sequences

artículo científico publicado en 2012

Correction to Familial Mutations May Switch Conformational Preferences in α-Synuclein Fibrils

artículo científico publicado en 2018

Coupling of Zinc-Binding and Secondary Structure in Nonfibrillar Aβ40 Peptide Oligomerization.

artículo científico publicado en 2015

Coupling of the non-amyloid-component (NAC) domain and the KTK(E/Q)GV repeats stabilize the α-synuclein fibrils

artículo científico publicado en 2016

Critical Nucleus Structure and Aggregation Mechanism of the C-terminal Fragment of Copper-Zinc Superoxide Dismutase Protein

artículo científico publicado en 2016

Cross-seeding and conformational selection between three- and four-repeat human Tau proteins

artículo científico publicado en 2012

Crystal structure of a plectonemic RNA supercoil

artículo científico publicado en 2012

Defining the Domain Arrangement of the Mammalian Target of Rapamycin Complex Component Rictor Protein

artículo científico publicado en 2015

Dimerization of the SP1 Region of HIV-1 Gag Induces a Helical Conformation and Association into Helical Bundles: Implications for Particle Assembly

artículo científico publicado en 2015

Dipeptide analysis of p53 mutations and evolution of p53 family proteins.

artículo científico publicado en 2013

Disruption of the Rbm38-eIF4E Complex with a Synthetic Peptide Pep8 Increases p53 Expression

artículo científico publicado en 2018

Druggable orthosteric and allosteric hot spots to target protein-protein interactions.

artículo científico publicado en 2014

Dynamic allostery: linkers are not merely flexible

scientific article published on July 2011

Dynamics differentiate between active and inactive inteins

artículo científico publicado en 2014

Effects of the C-Terminal Tail on the Conformational Dynamics of Human Neuronal Calcium Sensor-1 Protein.

artículo científico publicado en 2015

Energy landscape and dynamics of the beta-hairpin G peptide and its isomers: Topology and sequences

artículo científico publicado en 2003

Enzyme dynamics point to stepwise conformational selection in catalysis ⬇️

artículo científico publicado el 6 de septiembre de 2010

Experimental and Computational Protocols for Studies of Cross-Seeding Amyloid Assemblies.

artículo científico publicado en 2018

Explicit and implicit water simulations of a ?-hairpin peptide

scholarly article by Buyong Ma published in October 1999

Explicit and implicit water simulations of a beta-hairpin peptide

artículo científico publicado en 1999

Familial Mutations May Switch Conformational Preferences in α-Synuclein Fibrils

artículo científico publicado en 2017

Fewer Dimensions, More Structures for Improved Discrete Models of Dynamics of Free versus Antigen-Bound Antibody

artículo científico publicado en 2022

Folding and binding cascades: shifts in energy landscapes

artículo científico publicado en 1999

Fragmentation surface of triplet ketene

article published in 1998

From computational quantum chemistry to computational biology: experiments and computations are (full) partners

artículo científico publicado en 2004

From structure to function: methods and applications

artículo científico publicado en 2005

Hollow core of Alzheimer's Abeta42 amyloid observed by cryoEM is relevant at physiological pH.

artículo científico publicado en 2010

Hot regions in protein--protein interactions: the organization and contribution of structurally conserved hot spot residues

artículo científico publicado en 2004

How Does Hyperphopsphorylation Promote Tau Aggregation and Modulate Filament Structure and Stability?

artículo científico publicado en 2016

How do transcription factors select specific binding sites in the genome?

artículo científico publicado en 2009

How similar are protein folding and protein binding nuclei? Examination of vibrational motions of energy hot spots and conserved residues

artículo científico publicado en 2004

Human Neuronal Calcium Sensor-1 Protein Avoids Histidine Residues To Decrease pH Sensitivity

artículo científico publicado en 2016

IKKα inactivation promotes Kras-initiated lung adenocarcinoma development through disrupting major redox regulatory pathways

artículo científico publicado en 2018

In Silico Methods in Antibody Design

artículo científico publicado en 2018

In silico protein design by combinatorial assembly of protein building blocks

artículo científico publicado en 2004

In the quest for stable rescuing mutants of p53: computational mutagenesis of flexible loop L1.

artículo científico publicado en 2005

Insights Into the Allosteric Inhibition of the SUMO E2 Enzyme Ubc9

Insights Into the Allosteric Inhibition of the SUMO E2 Enzyme Ubc9.

artículo científico publicado en 2016

Insights into amyloid structural formation and assembly through computational approaches

artículo científico publicado en 2004

Interaction of protegrin-1 with lipid bilayers: membrane thinning effect

artículo científico publicado en 2006

Interdependence of backbone flexibility, residue conservation, and enzyme function: a case study on beta1,4-galactosyltransferase-I.

artículo científico publicado en 2003

Interface-Based Structural Prediction of Novel Host-Pathogen Interactions

artículo científico publicado en 2019

Intermolecular disulfide bonds between unpaired cysteines retard the C-terminal trans-cleavage of Npu DnaE

artículo científico publicado en 2018

Intra-molecular chaperone: the role of the N-terminal in conformational selection and kinetic control

artículo científico publicado en 2009

Investigation of the interactions between the EphB2 receptor and SNEW peptide variants

artículo científico publicado en 2014

Is allostery an intrinsic property of all dynamic proteins?

artículo científico publicado en 2004

Ligand binding and circular permutation modify residue interaction network in DHFR.

artículo científico publicado en 2007

Local and global anatomy of antibody-protein antigen recognition

artículo científico publicado en 2017

Mapping the Conformation Space of Wildtype and Mutant H-Ras with a Memetic, Cellular, and Multiscale Evolutionary Algorithm

artículo científico publicado en 2015

Mechanisms of recognition of amyloid-β (Aβ) monomer, oligomer, and fibril by homologous antibodies

artículo científico publicado en 2017

Mechanisms of transcription factor selectivity

artículo científico publicado en 2010

Metal binding sites in amyloid oligomers: Complexes and mechanisms

Modeling the Alzheimer Abeta17-42 fibril architecture: tight intermolecular sheet-sheet association and intramolecular hydrated cavities

artículo científico publicado en 2007

Models of toxic beta-sheet channels of protegrin-1 suggest a common subunit organization motif shared with toxic alzheimer beta-amyloid ion channels

artículo científico publicado en 2008

Molecular Recognition between Aβ-Specific Single-Domain Antibody and Aβ Misfolded Aggregates

artículo científico publicado en 2018

Molecular dynamics based improvement of the solubilizing self-cleavable tag Zbasic-ΔI-CM application in the preparation of recombinant proteins in Escherichia coli.

artículo científico publicado en 2019

Molecular dynamics simulation of Escherichia coli dihydrofolate reductase and its protein fragments: relative stabilities in experiment and simulations

artículo científico publicado en 2001

Molecular dynamics simulations of Alzheimer Abeta40 elongation and lateral association.

artículo científico publicado en 2008

Molecular dynamics simulations of a beta-hairpin fragment of protein G: balance between side-chain and backbone forces

artículo científico publicado en 2000

Molecular dynamics simulations of alanine rich beta-sheet oligomers: Insight into amyloid formation

artículo científico publicado en 2002

Molecular dynamics simulations of the unfolding of beta(2)-microglobulin and its variants

artículo científico publicado en 2003

Molecular insights into the reversible formation of tau protein fibrils

artículo científico publicado en 2013

Molecular-level examination of Cu2+ binding structure for amyloid fibrils of 40-residue Alzheimer's β by solid-state NMR spectroscopy

artículo científico publicado en 2011

Multiple conformational selection and induced fit events take place in allosteric propagation.

artículo científico publicado en 2013

Multiple diverse ligands binding at a single protein site: a matter of pre-existing populations

artículo científico publicado en 2002

Multiple-targeting and conformational selection in the estrogen receptor: computation and experiment

artículo científico publicado en 2011

Mutational analysis and allosteric effects in the HIV-1 capsid protein carboxyl-terminal dimerization domain

artículo científico publicado en 2009

Network effect of Wt-mutant p53 interactions and implications on p53 gene therapy

artículo científico publicado en 2014

Nuclease activity gives an edge to host-defense peptide piscidin 3 over piscidin 1, rendering it more effective against persisters and biofilms.

artículo científico publicado en 2017

Oncogenic Mutations Differentially Affect Bax Monomer, Dimer, and Oligomeric Pore Formation in the Membrane

artículo científico publicado en 2016

Peptide-MHC (pMHC) binding to a human antiviral T cell receptor induces long-range allosteric communication between pMHC- and CD3-binding sites

artículo científico publicado en 2018

Peptide-MHC Binding Reveals Conserved Allosteric Sites in MHC Class I- and Class II-Restricted T Cell Receptors (TCRs)

artículo científico publicado en 2020

Periodic Trends for Transition Metal Dihydrides MH2, Dihydride Dihydrogen Complexes MH2·H2, and Tetrahydrides MH4(M = Ti, V, and Cr)

artículo científico publicado en 1996

Polymophism of A-Beta1-42 Peptide Oligomer - Membrane Interactions

Polymorphic C-terminal β-Sheet Interactions Determine the Formation of Fibril or Amyloid β-derived Diffusible Ligand-like Globulomer for the Alzheimer Aβ42 Dodecamer ⬇️

artículo científico publicado el 16 de septiembre de 2010

Polymorphic Triple β-Sheet Structures Contribute to Amide Hydrogen/Deuterium (H/D) Exchange Protection in the Alzheimer Amyloid β42 Peptide ⬇️

artículo científico publicado el 5 de agosto de 2011

Polymorphism in Alzheimer Abeta amyloid organization reflects conformational selection in a rugged energy landscape

artículo científico publicado en 2010

Polymorphism in self-assembly of peptide-based β-hairpin contributes to network morphology and hydrogel mechanical rigidity

artículo científico publicado en 2014

Polymorphism of Alzheimer's Abeta17-42 (p3) oligomers: the importance of the turn location and its conformation

artículo científico publicado en 2009

Prediction of Host-Pathogen Interactions for Helicobacter pylori by Interface Mimicry and Implications to Gastric Cancer

artículo científico publicado en 2017

Principles and Overview of Sampling Methods for Modeling Macromolecular Structure and Dynamics

artículo científico publicado en 2016

Principles of docking: An overview of search algorithms and a guide to scoring functions

artículo científico publicado en 2002

Principles of docking: An overview of search algorithms and a guide to scoring functions

scholarly article by Inbal Halperin published in May 2002

Principles of protein-protein interactions: what are the preferred ways for proteins to interact?

artículo científico publicado en 2008

Probing Oligomerized Conformations of Defensin in the Membrane.

artículo científico publicado en 2017

Probing potential binding modes of the p53 tetramer to DNA based on the symmetries encoded in p53 response elements

artículo científico publicado en 2007

Promiscuous and specific recognition among ephrins and Eph receptors

artículo científico publicado en 2014

Protein Ensembles: How Does Nature Harness Thermodynamic Fluctuations for Life? The Diverse Functional Roles of Conformational Ensembles in the Cell

artículo científico publicado en 2016

Protein charge and mass contribute to the spatio-temporal dynamics of protein-protein interactions in a minimal proteome

artículo científico publicado en 2013

Protein dynamics and conformational selection in bidirectional signal transduction ⬇️

artículo científico publicado el 25 de enero de 2012

Protein dynamics: Conformational footprints.

artículo científico publicado en 2016

Protein functional epitopes: hot spots, dynamics and combinatorial libraries

artículo científico publicado en 2001

Protein-protein interaction networks: how can a hub protein bind so many different partners?

artículo científico publicado en 2009

Protein-protein interactions: hot spots and structurally conserved residues often locate in complemented pockets that pre-organized in the unbound states: implications for docking

artículo científico publicado en 2004

Protein-protein interactions: organization, cooperativity and mapping in a bottom-up Systems Biology approach

artículo científico publicado en 2005

Protein-protein interactions: structurally conserved residues distinguish between binding sites and exposed protein surfaces

artículo científico publicado en 2003

R102Q mutation shifts the salt-bridge network and reduces the structural flexibility of human neuronal calcium sensor-1 protein

artículo científico publicado en 2014

Recent Progress in Antibody Epitope Prediction

artículo científico publicado en 2023

Regulating highly dynamic unstructured proteins and their coding mRNAs

artículo científico publicado en 2009

Release factors eRF1 and RF2: a universal mechanism controls the large conformational changes

artículo científico publicado en 2004

Release of Cytochrome C from Bax Pores at the Mitochondrial Membrane

artículo científico publicado en 2017

Replica Exchange Molecular Dynamics: A Practical Application Protocol with Solutions to Common Problems and a Peptide Aggregation and Self-Assembly Example

artículo científico publicado en 2018

Selective Molecular Recognition in Amyloid Growth and Transmission and Cross-Species Barriers ⬇️

artículo científico publicado el 19 de noviembre de 2011

Self-aggregation and coaggregation of the p53 core fragment with its aggregation gatekeeper variant.

artículo científico publicado en 2016

Sequence analysis of p53 response-elements suggests multiple binding modes of the p53 tetramer to DNA targets

artículo científico publicado en 2007

Short peptide amyloid organization: stabilities and conformations of the islet amyloid peptide NFGAIL

artículo científico publicado en 2003

Side chain interactions determine the amyloid organization: a single layer beta-sheet molecular structure of the calcitonin peptide segment 15-19.

artículo científico publicado en 2004

Simulations as analytical tools to understand protein aggregation and predict amyloid conformation

artículo científico publicado en 2006

Single mutations in tau modulate the populations of fibril conformers through seed selection

artículo científico publicado en 2014

Singlet-triplet energy separation and barrier for ring closure for trimethylenemethane and its complexes

Stabilities and conformations of Alzheimer's beta -amyloid peptide oligomers (Abeta 16-22, Abeta 16-35, and Abeta 10-35): Sequence effects

artículo científico publicado en 2002

Structural Insight into Tau Protein's Paradox of Intrinsically Disordered Behavior, Self-Acetylation Activity, and Aggregation

artículo científico publicado en 2014

Structural and functional consequences of phosphate-arsenate substitutions in selected nucleotides: DNA, RNA, and ATP.

artículo científico publicado en 2012

Structural disorder in four-repeat Tau fibrils reveals a new mechanism for barriers to cross-seeding of Tau isoforms

artículo científico publicado en 2018

Structural stability and dynamics of an amyloid-forming peptide GNNQQNY from the yeast prion sup-35.

artículo científico publicado en 2006

Structure and energetic basis of overrepresented λ light chain in systemic light chain amyloidosis patients

artículo científico publicado en 2017

Structured crowding and its effects on enzyme catalysis.

artículo científico

Structured disorder and conformational selection

artículo científico publicado en 2001

Synergistic interactions between repeats in tau protein and Aβ amyloids may be responsible for accelerated aggregation via polymorphic states

artículo científico publicado en 2011

Temperature-Dependent Conformational Properties of Human Neuronal Calcium Sensor-1 Protein Revealed by All-Atom Simulations.

artículo científico publicado en 2016

The contribution of the Trp/Met/Phe residues to physical interactions of p53 with cellular proteins

artículo científico publicado en 2005

The distinct structural preferences of tau protein repeat domains

The origin of allosteric functional modulation: multiple pre-existing pathways

artículo científico publicado en 2009

The stability and dynamics of the human calcitonin amyloid peptide DFNKF

artículo científico publicado en 2004

The stability of monomeric intermediates controls amyloid formation: Abeta25-35 and its N27Q mutant

artículo científico publicado en 2006

The underappreciated role of allostery in the cellular network.

artículo científico publicado en 2013

The unique Alzheimer's β-amyloid triangular fibril has a cavity along the fibril axis under physiological conditions

artículo científico publicado en 2011

Theoretical Studies of the Potential Energy Surfaces and Compositions of thed-Aldo- andd-Ketohexoses

artículo científico publicado en 1998

Thermal unfolding molecular dynamics simulation of Escherichia coli dihydrofolate reductase: thermal stability of protein domains and unfolding pathway

artículo científico publicado en 2002

Toward the observation of silanone (H2SiO) and hydroxysilylene (HSiOH) via microwave spectroscopy

Towards drugs targeting multiple proteins in a systems biology approach

artículo científico publicado en 2007

Transition-state ensemble in enzyme catalysis: possibility, reality, or necessity?

artículo científico publicado en 2000

Triggering loops and enzyme function: identification of loops that trigger and modulate movements

artículo científico publicado en 2003

Trp/Met/Phe hot spots in protein-protein interactions: potential targets in drug design

artículo científico publicado en 2007

Why does binding of proteins to DNA or proteins to proteins not necessarily spell function?

artículo científico publicado en 2010

Zinc ions promote Alzheimer Abeta aggregation via population shift of polymorphic states

artículo científico publicado en 2010

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