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Lista de obras de Alexei J. Drummond

A Bayesian phylogenetic method to estimate unknown sequence ages

artículo científico publicado en 2010

A stochastic simulator of birth-death master equations with application to phylodynamics

artículo científico

A virus reveals population structure and recent demographic history of its carnivore host

artículo científico publicado en 2006

Accommodating the effect of ancient DNA damage on inferences of demographic histories

artículo científico publicado en 2008

Accounting for Errors in Data Improves Divergence Time Estimates in Single-cell Cancer Evolution

artículo científico publicado en 2022

Accounting for errors in data improves timing in single-cell cancer evolution

Accuracy of rate estimation using relaxed-clock models with a critical focus on the early metazoan radiation

artículo científico publicado en 2005

Accurate Bayesian phylogenetic point estimation using a tree distribution parameterized by clade probabilities

Accurate model selection of relaxed molecular clocks in bayesian phylogenetics

artículo científico publicado en 2012

Ancient DNA: would the real Neandertal please stand up?

artículo científico publicado en 2004

Approximate Bayesian computation of transcriptional pausing mechanisms

BEAST 2.5: An advanced software platform for Bayesian evolutionary analysis

artículo científico publicado en 2019

BEAST 2: a software platform for Bayesian evolutionary analysis

artículo científico publicado en 2014

BEAST: Bayesian evolutionary analysis by sampling trees

artículo científico publicado en 2007

Bayesian Evolutionary Analysis with BEAST

article

Bayesian Inference of Species Networks from Multilocus Sequence Data

artículo científico publicado en 2018

Bayesian Total-Evidence Dating Reveals the Recent Crown Radiation of Penguins. ⬇️

artículo científico publicado en 2017

Bayesian coalescent inference of major human mitochondrial DNA haplogroup expansions in Africa

artículo científico publicado en 2009

Bayesian coestimation of phylogeny and sequence alignment

artículo científico publicado en 2005

Bayesian inference and comparison of stochastic transcription elongation models

artículo científico publicado en 2020

Bayesian inference of population size history from multiple loci

artículo científico publicado en 2008

Bayesian inference of sampled ancestor trees for epidemiology and fossil calibration ⬇️

artículo científico publicado en 2014

Bayesian inference of species trees from multilocus data

artículo científico publicado en 2010

Bayesian phylodynamics of avian influenza A virus H9N2 in Asia with time-dependent predictors of migration

artículo científico publicado en 2019

Bayesian phylodynamics of avian influenza virus H9N2 in Asia with time-dependent predictors of migration

article

Bayesian phylogenetic and phylodynamic data integration using BEAST 1.10.

artículo científico publicado en 2018

Bayesian phylogenetic estimation of fossil ages

artículo científico publicado en 2016

Bayesian phylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7

artículo científico publicado en 2012

Bayesian phylogeography finds its roots

artículo científico publicado en 2009

Bayesian random local clocks, or one rate to rule them all

artículo científico publicado en 2010

Bayesian selection of nucleotide substitution models and their site assignments

artículo científico publicado en 2012

Birth–death skyline plot reveals temporal changes of epidemic spread in HIV and hepatitis C virus (HCV) ⬇️

artículo científico publicado el 17 de diciembre de 2012

Calibrated Tree Priors for Relaxed Phylogenetics and Divergence Time Estimation ⬇️

artículo científico publicado el 18 de agosto de 2011

Calibrated birth-death phylogenetic time-tree priors for bayesian inference

artículo científico publicado en 2015

Choosing Appropriate Substitution Models for the Phylogenetic Analysis of Protein-Coding Sequences

article

Computational Performance and Statistical Accuracy of *BEAST and Comparisons with Other Methods ⬇️

artículo científico publicado en 2016

Computational Statistical Inference for Molecular Evolution and Population Genetics ⬇️

2002 doctoral thesis by Alexei James Drummond at University of Auckland

Divergence time estimates for major cephalopod groups: evidence from multiple genes

article

Efficient Bayesian inference under the structured coalescent

artículo científico publicado en 2014

Epidemic dynamics revealed in dengue evolution.

artículo científico publicado en 2009

Epidemiology, genetic diversity, and evolution of endemic feline immunodeficiency virus in a population of wild cougars

artículo científico publicado en 2003

Estimating epidemic incidence and prevalence from genomic data

article

Estimating mutation parameters, population history and genealogy simultaneously from temporally spaced sequence data

artículo científico publicado en 2002

Estimating the basic reproductive number from viral sequence data.

artículo científico publicado en 2011

Estimating the biodiversity of terrestrial invertebrates on a forested island using DNA barcodes and metabarcoding data

artículo científico publicado en 2019

Evaluating a multigene environmental DNA approach for biodiversity assessment

artículo científico publicado en 2015

Evidence of the recombinant origin of a bat severe acute respiratory syndrome (SARS)-like coronavirus and its implications on the direct ancestor of SARS coronavirus

artículo científico publicado en 2007

Evolution of the human immunodeficiency virus envelope gene is dominated by purifying selection.

artículo científico publicado en 2006

Evolutionary history of cotranscriptional editing in the paramyxoviral phosphoprotein gene

Extinction Times in Autocatalytic Systems ⬇️

artículo científico publicado el 7 de octubre de 2010

Extreme reversed sexual size dimorphism in the extinct New Zealand moa Dinornis

artículo científico publicado en 2003

Fast Bayesian inference of phylogenies from multiple continuous characters

Fully Bayesian tests of neutrality using genealogical summary statistics

artículo científico publicado en 2008

Genealogies from Time-Stamped Sequence Data

Geneious Basic: an integrated and extendable desktop software platform for the organization and analysis of sequence data

artículo científico publicado en 2012

Genomic Evidence of In-Flight Transmission of SARS-CoV-2 Despite Predeparture Testing

artículo científico publicado en 2021

Genomic epidemiology reveals transmission patterns and dynamics of SARS-CoV-2 in Aotearoa New Zealand

scientific article published on 11 December 2020

Guided tree topology proposals for Bayesian phylogenetic inference

artículo científico publicado en 2011

How accurate and robust are the phylogenetic estimates of Austronesian language relationships?

artículo científico publicado en 2010

How well can the exponential-growth coalescent approximate constant-rate birth-death population dynamics?

artículo científico publicado en 2015

Impacts of DNA extraction and PCR on DNA metabarcoding estimates of soil biodiversity

article

Improving the performance of Bayesian phylogenetic inference under relaxed clock models

artículo científico publicado en 2020

Inference of species histories in the presence of gene flow

article

Inference of viral evolutionary rates from molecular sequences

artículo científico publicado en 2003

Inferring Ancestral Recombination Graphs from Bacterial Genomic Data.

artículo científico publicado en 2016

Inferring Species Trees Using Integrative Models of Species Evolution

article

Inferring epidemiological dynamics with Bayesian coalescent inference: the merits of deterministic and stochastic models ⬇️

artículo científico publicado en 2014

Inferring evolutionary rates using serially sampled sequences from several populations

artículo científico publicado en 2003

Inferring host roles in bayesian phylodynamics of global avian influenza A virus H9N2

scientific article published on 27 September 2019

Influenza a virus migration and persistence in North American wild birds

artículo científico publicado en 2013

Joint Inference of Microsatellite Mutation Models, Population History and Genealogies Using Transdimensional Markov Chain Monte Carlo ⬇️

artículo científico publicado el 8 de marzo de 2011

LinguaPhylo: a probabilistic model specification language for reproducible phylogenetic analyses

Mapping the origins and expansion of the Indo-European language family

artículo científico publicado en 2012

Measurably evolving populations

scientific article published in 2003

Model averaging and Bayes factor calculation of relaxed molecular clocks in Bayesian phylogenetics

artículo científico publicado en 2011

Molecular phylogeny of coleoid cephalopods (Mollusca: Cephalopoda) using a multigene approach; the effect of data partitioning on resolving phylogenies in a Bayesian framework

artículo científico publicado en 2005

Neotenous origins for pelagic octopuses

artículo científico publicado en 2004

Novel Integrative Modeling of Molecules and Morphology across Evolutionary Timescales

artículo científico publicado en 2021

Phylodynamic Model Adequacy Using Posterior Predictive Simulations

artículo científico publicado en 2018

Phylodynamic model adequacy using posterior predictive simulations

Phylodynamics with Migration: A Computational Framework to Quantify Population Structure from Genomic Data

artículo científico publicado en 2016

Phylogenetic Evidence for Deleterious Mutation Load in RNA Viruses and Its Contribution to Viral Evolution

article

Phylogenetic analysis reveals a correlation between the expansion of very virulent infectious bursal disease virus and reassortment of its genome segment B.

artículo científico publicado en 2006

Phylogenetic and epidemic modeling of rapidly evolving infectious diseases ⬇️

artículo científico publicado el 31 de agosto de 2011

Population genetic estimation of the loss of genetic diversity during horizontal transmission of HIV-1.

artículo científico publicado en 2006

Posterior Summarization in Bayesian Phylogenetics Using Tracer 1.7

scholarly article by Andrew Rambaut et al published 1 September 2018 in Systematic Biology

Rates of evolution in ancient DNA from Adélie penguins.

artículo científico publicado en 2002

Recursive algorithms for phylogenetic tree counting

artículo científico publicado en 2013

Relaxed phylogenetics and dating with confidence

artículo científico publicado en 2006

Report of the 14th Genomic Standards Consortium Meeting, Oxford, UK, September 17-21, 2012

artículo científico publicado en 2014

Rise and fall of the Beringian steppe bison

artículo científico publicado en 2004

SANTA-SIM: Simulating Viral Sequence Evolution Dynamics Under Selection and Recombination

SANTA-SIM: simulating viral sequence evolution dynamics under selection and recombination

artículo científico publicado en 2019

Simulating gene trees under the multispecies coalescent and time-dependent migration

artículo científico publicado en 2013

Simultaneous reconstruction of evolutionary history and epidemiological dynamics from viral sequences with the birth-death SIR model

artículo científico publicado en 2014

StarBEAST2 brings faster species tree inference and accurate estimates of substitution rates

artículo científico publicado en 2017

StarBEAST2 brings faster species tree inference and accurate estimates of substitution rates

article

Statistical Alignment: Recent Progress, New Applications, and Challenges

Synonymous Substitution Rates Predict HIV Disease Progression as a Result of Underlying Replication Dynamics

artículo científico publicado en 2007

Synonymous substitution rates predict HIV disease progression as a result of underlying replication dynamics

artículo científico publicado en 2007

Taming the BEAST - A community teaching material resource for BEAST 2.

artículo científico publicado en 2018

The epidemiology and iatrogenic transmission of hepatitis C virus in Egypt: a Bayesian coalescent approach

artículo científico publicado en 2003

The evolutionary history of the extinct ratite moa and New Zealand Neogene paleogeography

artículo científico publicado en 2009

The fossilized birth-death model for the analysis of stratigraphic range data under different speciation modes

artículo científico publicado en 2018

The founding charter of the Genomic Observatories Network

artículo científico publicado en 2014

The genealogical population dynamics of HIV-1 in a large transmission chain: bridging within and among host evolutionary rates

artículo científico publicado en 2014

The molecular population genetics of HIV-1 group O

artículo científico publicado en 2004

The space of ultrametric phylogenetic trees ⬇️

artículo científico publicado en 2016

Time dependency of molecular rate estimates and systematic overestimation of recent divergence times

artículo científico publicado en 2005

Tree measures and the number of segregating sites in time-structured population samples

artículo científico publicado en 2005

bModelTest: Bayesian phylogenetic site model averaging and model comparison

artículo científico publicado en 2017

bModelTest: Bayesian phylogenetic site model averaging and model comparison

article

mtDNA variation predicts population size in humans and reveals a major Southern Asian chapter in human prehistory

artículo científico publicado en 2007

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