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Lista de obras de Yong Zhang

A DNA methylation state transition model reveals the programmed epigenetic heterogeneity in human pre-implantation embryos

artículo científico publicado en 2020

A comprehensive view of nuclear receptor cancer cistromes

artículo científico publicado en 2011

A transcriptional signature and common gene networks link cancer with lipid metabolism and diverse human diseases

artículo científico publicado en 2010

Androgen receptor regulates a distinct transcription program in androgen-independent prostate cancer

scientific article published on July 2009

BSeQC: quality control of bisulfite sequencing experiments

artículo científico publicado en 2013

CAM: A quality control pipeline for MNase-seq data

artículo científico

CR Cistrome: a ChIP-Seq database for chromatin regulators and histone modification linkages in human and mouse

artículo científico publicado en 2014

CSTEA: a webserver for the Cell State Transition Expression Atlas

artículo científico publicado en 2017

CaSNP: a database for interrogating copy number alterations of cancer genome from SNP array data

artículo científico publicado en 2011

Canonical nucleosome organization at promoters forms during genome activation

artículo científico publicado en 2013

ChiLin: a comprehensive ChIP-seq and DNase-seq quality control and analysis pipeline

artículo científico publicado en 2016

Chromatin signature of embryonic pluripotency is established during genome activation

artículo científico publicado en 2010

Cistrome: an integrative platform for transcriptional regulation studies

artículo científico publicado en 2011

CistromeFinder for ChIP-seq and DNase-seq data reuse

artículo científico publicado en 2013

CistromeMap: a knowledgebase and web server for ChIP-Seq and DNase-Seq studies in mouse and human

artículo científico publicado en 2012

Classify hyperdiploidy status of multiple myeloma patients using gene expression profiles

artículo científico publicado en 2013

Comprehensive profiling reveals mechanisms of SOX2-mediated cell fate specification in human ESCs and NPCs

artículo científico publicado en 2016

Computational inference of mRNA stability from histone modification and transcriptome profiles

artículo científico publicado en 2012

DiNuP: a systematic approach to identify regions of differential nucleosome positioning

artículo científico publicado en 2012

Direct induction of neural progenitor cells transiently passes through a partially reprogrammed state

artículo científico publicado en 2016

Distinct features of H3K4me3 and H3K27me3 chromatin domains in pre-implantation embryos

artículo científico publicado en 2016

Dr.seq2: A quality control and analysis pipeline for parallel single cell transcriptome and epigenome data

artículo científico publicado en 2017

Dr.seq: a quality control and analysis pipeline for droplet sequencing.

artículo científico publicado en 2016

Dynamic changes in subgraph preference profiles of crucial transcription factors

artículo científico publicado en 2006

Epigenome sequencing comes of age in development, differentiation and disease mechanism research

artículo científico

Evidence against a genomic code for nucleosome positioning. Reply to "Nucleosome sequence preferences influence in vivo nucleosome organization.".

artículo científico publicado en 2010

Faster and more accurate global protein function assignment from protein interaction networks using the MFGO algorithm

artículo científico publicado en 2006

FoxA1 translates epigenetic signatures into enhancer-driven lineage-specific transcription

artículo científico publicado en 2008

GFOLD: a generalized fold change for ranking differentially expressed genes from RNA-seq data

artículo científico publicado en 2012

GLEANER: a web server for GermLine cycle Expression ANalysis and Epigenetic Roadmap visualization

artículo científico publicado en 2021

Genome-wide analysis of mammalian DNA segment fusion/fission.

artículo científico publicado en 2005

H3K4 Methyltransferase Set1a Is A Key Oct4 Coactivator Essential for Generation of Oct4 Positive Inner Cell Mass

artículo científico publicado en 2016

HBO1 is a versatile histone acyltransferase critical for promoter histone acylations

artículo científico publicado en 2021

Histone Demethylase LSD1 Promotes Adipocyte Differentiation through Repressing Wnt Signaling

artículo científico publicado en 2016

Identification of key factors conquering developmental arrest of somatic cell cloned embryos by combining embryo biopsy and single-cell sequencing

artículo científico publicado en 2016

Identifying ChIP-seq enrichment using MACS.

artículo científico publicado en 2012

Identifying Hfq-binding small RNA targets in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2006

Identifying positioned nucleosomes with epigenetic marks in human from ChIP-Seq

artículo científico publicado en 2008

Inherited DNA methylation primes the establishment of accessible chromatin during genome activation

Integrated analysis of multiple data sources reveals modular structure of biological networks

artículo científico publicado en 2006

Integrative genomic analyses reveal clinically relevant long noncoding RNAs in human cancer

artículo científico publicado en 2013

Intrinsic histone-DNA interactions are not the major determinant of nucleosome positions in vivo

artículo científico publicado en 2009

Local chromatin dynamics of transcription factors imply cell-lineage specific functions during cellular differentiation

artículo científico publicado en 2012

Maternal Sall4 Is Indispensable for Epigenetic Maturation of Mouse Oocytes

artículo científico publicado en 2016

Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS)

artículo científico publicado en 2008

NONCODE: an integrated knowledge database of non-coding RNAs

artículo científico publicado en 2005

NPInter: the noncoding RNAs and protein related biomacromolecules interaction database

artículo científico publicado en 2006

Nucleosome depletion at yeast terminators is not intrinsic and can occur by a transcriptional mechanism linked to 3'-end formation

artículo científico publicado en 2010

Nucleosome dynamics define transcriptional enhancers

artículo científico publicado en 2010

PPARgamma and C/EBP factors orchestrate adipocyte biology via adjacent binding on a genome-wide scale

artículo científico publicado en 2008

Phylophenetic properties of metabolic pathway topologies as revealed by global analysis

artículo científico publicado en 2006

Reprogramming of H3K9me3-dependent heterochromatin during mammalian embryo development.

artículo científico publicado en 2018

SETDB1 modulates PRC2 activity at developmental genes independently of H3K9 trimethylation in mouse ES cells

artículo científico publicado en 2015

Systematic evaluation of factors influencing ChIP-seq fidelity

artículo científico publicado en 2012

Target analysis by integration of transcriptome and ChIP-seq data with BETA.

artículo científico publicado en 2013

The combination of Tet1 with Oct4 generates high-quality mouse-induced pluripotent stem cells

artículo científico publicado en 2015

The interactome as a tree--an attempt to visualize the protein-protein interaction network in yeast

artículo científico publicado en 2004

Transcription factor-pathway coexpression analysis reveals cooperation between SP1 and ESR1 on dysregulating cell cycle arrest in non-hyperdiploid multiple myeloma.

artículo científico publicado en 2013

Unique molecular events during reprogramming of human somatic cells to induced pluripotent stem cells (iPSCs) at naïve state.

artículo científico publicado en 2018

Using local chromatin structure to improve CRISPR/Cas9 efficiency in zebrafish

artículo científico publicado en 2017

ncHMR detector: a computational framework to systematically reveal non-classical functions of histone modification regulators

artículo científico publicado en 2020

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