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Lista de obras de Erik Sonnhammer

A Novel ACKR2-Dependent Role of Fibroblast-Derived CXCL14 in Epithelial-to-Mesenchymal Transition and Metastasis of Breast Cancer

artículo científico publicado en 2019

A Workbench for large-scale sequence homology analysis

article

A combined transmembrane topology and signal peptide prediction method

artículo científico publicado en 2004

A comparison of sequence and structure protein domain families as a basis for structural genomics.

artículo científico publicado en 1999

A comprehensive structural, biochemical and biological profiling of the human NUDIX hydrolase family

artículo científico publicado en 2017

A dot-matrix program with dynamic threshold control suited for genomic DNA and protein sequence analysis

artículo científico publicado en 1995

A general model of G protein-coupled receptor sequences and its application to detect remote homologs

artículo científico publicado en 2006

A genome-wide IR-induced RAD51 foci RNAi screen identifies CDC73 involved in chromatin remodeling for DNA repair.

artículo científico publicado en 2015

A large-scale benchmark of gene prioritization methods

artículo científico

A novel method for crosstalk analysis of biological networks: improving accuracy of pathway annotation

artículo científico publicado en 2016

A novel transmembrane topology of presenilin based on reconciling experimental and computational evidence

article

Advances and Applications in the Quest for Orthologs

scientific article published on 01 October 2019

Advantages of combined transmembrane topology and signal peptide prediction--the Phobius web server

artículo científico publicado en 2007

An HMM posterior decoder for sequence feature prediction that includes homology information

artículo científico publicado en 2005

Analysis of Protein Domain Families in Caenorhabditis elegans ⬇️

artículo científico publicado el 1 de diciembre de 1997

Assessment of protein distance measures and tree-building methods for phylogenetic tree reconstruction

artículo científico publicado en 2005

Automated ortholog inference from phylogenetic trees and calculation of orthology reliability

artículo científico publicado en 2002

Automatic assessment of alignment quality

artículo científico publicado en 2005

Automatic clustering of orthologs and in-paralogs from pairwise species comparisons

artículo científico publicado en 2001

Automatic clustering of orthologs and inparalogs shared by multiple proteomes

artículo científico publicado en 2006

Automatic extraction of reliable regions from multiple sequence alignments.

artículo científico publicado en 2007

Avoiding pitfalls in L1-regularised inference of gene networks.

artículo científico publicado en 2014

Avoiding pitfalls in gene (co)expression meta-analysis

artículo científico publicado en 2013

Benchmarking homology detection procedures with low complexity filters

artículo científico publicado en 2009

Benchmarking the next generation of homology inference tools

artículo científico publicado en 2016

Big data and other challenges in the quest for orthologs

artículo científico publicado en 2014

ChromoWheel: a new spin on eukaryotic chromosome visualization

scholarly article by S. Ekdahl & Erik Sonnhammer published 22 January 2004 in Bioinformatics

Chromosomal clustering of nuclear genes encoding mitochondrial and chloroplast proteins in Arabidopsis

article

Classification of transmembrane protein families in the Caenorhabditis elegans genome and identification of human orthologs

artículo científico publicado en 2000

Comparative analysis and unification of domain-domain interaction networks

artículo científico publicado en 2009

Comparative interactomics with Funcoup 2.0.

artículo científico publicado en 2011

Comparison of the human germline and rearranged VH repertoire reveals complementarity between germline variability and somatic mutation

article

Comprehensive analysis of orthologous protein domains using the HOPS database

artículo científico publicado en 2003

Comprehensive sequence analysis of the 182 predicted open reading frames of yeast chromosome III.

artículo científico publicado en 1992

Computational antisense oligo prediction with a neural network model

artículo científico publicado en 2002

Conspicuous accumulation of transcription elongation repressor hrp130/CA150 on the intron-rich Balbiani ring 3 gene

article

DASher: a stand-alone protein sequence client for DAS, the Distributed Annotation System

artículo científico publicado en 2009

Discovering viral genomes in human metagenomic data by predicting unknown protein families

artículo científico publicado en 2018

Domain architecture conservation in orthologs

artículo científico publicado en 2011

Domain tree-based analysis of protein architecture evolution

artículo científico publicado en 2007

Dynamic contact maps of protein structures

artículo científico publicado en 1998

Dynamic zebrafish interactome reveals transcriptional mechanisms of dioxin toxicity

artículo científico publicado en 2010

Employing conservation of co-expression to improve functional inference

artículo científico publicado en 2008

Evolution of protein domain architectures

artículo científico publicado en 2012

Experimental validation of predicted cancer genes using FRET.

artículo científico publicado en 2018

Exploring the foundation of genomics: a northern blot reference set for the comparative analysis of transcript profiling technologies

artículo científico publicado en 2004

FAT: a novel domain in PIK-related kinases

scientific article published on 01 May 2000

Focusing on RISC assembly in mammalian cells

artículo científico publicado en 2008

FunCoup 3.0: database of genome-wide functional coupling networks

artículo científico publicado en 2013

FunCoup 4: new species, data, and visualization

artículo científico publicado en 2017

FunShift: a database of function shift analysis on protein subfamilies

artículo científico publicado en 2005

Functional association networks as priors for gene regulatory network inference

artículo científico publicado en 2014

Functional characterization in Caenorhabditis elegans of transmembrane worm-human orthologs

artículo científico publicado en 2004

GRNbenchmark - a web server for benchmarking directed gene regulatory network inference methods

artículo científico publicado en 2022

Gearing up to handle the mosaic nature of life in the quest for orthologs

artículo científico publicado en 2017

GeneSPIDER - gene regulatory network inference benchmarking with controlled network and data properties.

artículo científico publicado en 2017

Genome informatics: taming the avalanche of genomic data

artículo científico publicado en 2005

Genomic gene clustering analysis of pathways in eukaryotes

artículo científico publicado en 2003

Global networks of functional coupling in eukaryotes from comprehensive data integration

artículo científico publicado en 2009

HieranoiDB: a database of orthologs inferred by Hieranoid

artículo científico publicado en 2017

Hieranoid: hierarchical orthology inference

artículo científico publicado en 2013

Improved and automated prediction of effective siRNA.

artículo científico publicado en 2004

Improved orthology inference with Hieranoid 2.

artículo científico publicado en 2017

Improved profile HMM performance by assessment of critical algorithmic features in SAM and HMMER

artículo científico publicado en 2005

Improving profile HMM discrimination by adapting transition probabilities

artículo científico publicado en 2004

InParanoid 6: eukaryotic ortholog clusters with inparalogs

artículo científico publicado en 2007

InParanoid 7: new algorithms and tools for eukaryotic orthology analysis

artículo científico publicado en 2010

InParanoid 8: orthology analysis between 273 proteomes, mostly eukaryotic

artículo científico publicado en 2014

Inparanoid: a comprehensive database of eukaryotic orthologs

artículo científico publicado en 2005

Kalign, Kalignvu and Mumsa: web servers for multiple sequence alignment

artículo científico publicado en 2006

Kalign--an accurate and fast multiple sequence alignment algorithm

artículo científico publicado en 2005

Kalign2: high-performance multiple alignment of protein and nucleotide sequences allowing external features

artículo científico publicado en 2009

Large-scale prediction of function shift in protein families with a focus on enzymatic function

scholarly article by Saraswathi Abhiman published in July 2005

Letter to the editor: SeqXML and OrthoXML: standards for sequence and orthology information

artículo científico publicado en 2011

MGclus: network clustering employing shared neighbors

artículo científico publicado en 2013

MaxLink: network-based prioritization of genes tightly linked to a disease seed set.

artículo científico publicado en 2014

Membrane topology of the Drosophila OR83b odorant receptor

artículo científico publicado en 2007

MetaTM - a consensus method for transmembrane protein topology prediction

artículo científico publicado en 2009

Modular arrangement of proteins as inferred from analysis of homology.

artículo científico publicado en 1994

Network analysis of functional genomics data: application to avian sex-biased gene expression

artículo científico publicado en 2012

Network-based Identification of novel cancer genes

artículo científico publicado en 2009

NovelFam3000--uncharacterized human protein domains conserved across model organisms

artículo científico publicado en 2006

Optimal sparsity criteria for network inference.

artículo científico publicado en 2013

OrthoDisease: a database of human disease orthologs

artículo científico publicado en 2004

OrthoDisease: tracking disease gene orthologs across 100 species

artículo científico publicado en 2011

OrthoGUI: graphical presentation of Orthostrapper results

artículo científico publicado en 2002

Orthology confers intron position conservation

artículo científico publicado en 2010

Orthology, paralogy and proposed classification for paralog subtypes

artículo científico publicado en 2002

Overview and comparison of ortholog databases

artículo científico

PathwAX: a web server for network crosstalk based pathway annotation

artículo científico publicado en 2016

Pfam: clans, web tools and services

artículo científico publicado en 2006

Pfam: multiple sequence alignments and HMM-profiles of protein domains

artículo científico publicado en 1998

Pfam: the protein families database

artículo científico publicado en 2014

PfamAlyzer: domain-centric homology search

artículo científico publicado en 2007

Predicting protein function from domain content

artículo científico

Predicting protein function from domain content

artículo científico publicado en 2009

Predicting protein function from domain content

artículo científico publicado en 2008

Predicting transmembrane protein topology with a hidden Markov model: application to complete genomes

artículo científico publicado en 2001

Prediction of function divergence in protein families using the substitution rate variation parameter alpha

artículo científico publicado en 2006

Profiled support vector machines for antisense oligonucleotide efficacy prediction

artículo científico publicado en 2004

Prognostic significance in breast cancer of a gene signature capturing stromal PDGF signaling

artículo científico publicado en 2013

Quality assessment of multiple alignment programs

artículo científico publicado en 2002

Quality criteria for finding genes with high mRNA-protein expression correlation and coexpression correlation

artículo científico publicado en 2012

Reliability of transmembrane predictions in whole-genome data

artículo científico publicado en 2002

Scoredist: a simple and robust protein sequence distance estimator

artículo científico publicado en 2005

Sequence of the human immunoglobulin diversity (D) segment locus: a systematic analysis provides no evidence for the use of DIR segments, inverted D segments, “minor” D segments or D-D recombination 1 1Edited By J. Karn ⬇️

artículo científico publicado el 25 de julio de 1997

Sfixem--graphical sequence feature display in Java

artículo científico publicado en 2004

Spatial maps of prostate cancer transcriptomes reveal an unexplored landscape of heterogeneity.

artículo científico publicado en 2018

Standardized benchmarking in the quest for orthologs

artículo científico publicado en 2016

Statistical assessment of crosstalk enrichment between gene groups in biological networks ⬇️

artículo científico publicado en 2013

Sub-grouping and sub-functionalization of the RIFIN multi-copy protein family

artículo científico publicado en 2008

The C. elegans expression pattern database: a beginning

artículo científico publicado en 1996

The Chironomus tentans genome sequence and the organization of the Balbiani ring genes

artículo científico publicado en 2014

The Imprint of Somatic Hypermutation on the Repertoire of Human Germline V Genes

article

The Pfam protein families database

artículo científico publicado en 2004

The Pfam protein families database

artículo científico publicado en 2012

The Pfam protein families database

artículo científico publicado en 2010

The Pfam protein families database ⬇️

artículo científico publicado en 2008

The Pfam protein families database

artículo científico publicado en 2002

The Pfam protein families database in 2019

scholarly article by Sara El-Gebali et al published 24 October 2018 in Nucleic Acids Research

The Quest for Orthologs benchmark service and consensus calls in 2020

scientific article published on 06 May 2020

Toward community standards in the quest for orthologs ⬇️

artículo científico publicado el 12 de febrero de 2012

TreeDom: a graphical web tool for analysing domain architecture evolution

artículo científico publicado en 2016

Uncovering cancer gene regulation by accurate regulatory network inference from uninformative data

artículo científico publicado en 2020

Volume changes in protein evolution

artículo científico publicado en 1994

What's in a genome?

artículo científico publicado en 1992

jSquid: a Java applet for graphical on-line network exploration

artículo científico publicado en 2008

siRNA specificity searching incorporating mismatch tolerance data

artículo científico publicado en 2008

siRNAdb: a database of siRNA sequences

artículo científico publicado en 2005

siRNAdb: a database of siRNA sequences

artículo científico publicado en 2005

transition priors for protein hidden Markov models: an empirical study towards maximum discrimination

artículo científico publicado en 2004

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