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Lista de obras de Anton Nekrutenko

28-way vertebrate alignment and conservation track in the UCSC Genome Browser

artículo científico publicado en 2007

A High-Resolution View of Adaptive Event Dynamics in a Plasmid

artículo científico publicado en 2019

A first look at ARFome: dual-coding genes in mammalian genomes

artículo científico publicado en 2007

A framework for collaborative analysis of ENCODE data: making large-scale analyses biologist-friendly

artículo científico publicado en 2007

A massively parallel sequencing approach uncovers ancient origins and high genetic variability of endangered Przewalski's horses

artículo científico publicado en 2011

A reference model for deploying applications in virtualized environments

A single-cell RNA-sequencing training and analysis suite using the Galaxy framework

artículo científico publicado en 2020

A sustainable national gateway for biological computation

An evolutionary approach reveals a high protein-coding capacity of the human genome

artículo científico publicado en 2003

Assessment of compositional heterogeneity within and between eukaryotic genomes

artículo científico publicado en 2000

Biology Needs Evolutionary Software Tools: Let's Build Them Right.

artículo científico publicado en 2018

Bottleneck and selection in the germline and maternal age influence transmission of mitochondrial DNA in human pedigrees

scientific article published on 22 November 2019

Child Weight Gain Trajectories Linked To Oral Microbiota Composition

artículo científico publicado en 2018

Community-Driven Data Analysis Training for Biology

artículo científico publicado en 2018

Comparative genomics

artículo científico publicado en 2004

Complete Khoisan and Bantu genomes from southern Africa

artículo científico publicado en 2010

Controlling for contamination in re-sequencing studies with a reproducible web-based phylogenetic approach

artículo científico publicado en 2014

Densities, length proportions, and other distributional features of repetitive sequences in the human genome estimated from 430 megabases of genomic sequence

article

Detection of gene duplications and block duplications in eukaryotic genomes

artículo científico publicado en 2003

Dissemination of scientific software with Galaxy ToolShed

artículo científico publicado en 2014

Dynamics of mitochondrial heteroplasmy in three families investigated via a repeatable re-sequencing study

artículo científico publicado en 2011

ETOPE: Evolutionary test of predicted exons

artículo científico publicado en 2003

Enhancing pre-defined workflows with ad hoc analytics using Galaxy, Docker and Jupyter

Erratum: The anatomy of successful computational biology software

article

Evolutionary Dynamics of Oncogenes and Tumor Suppressor Genes: Higher Intensities of Purifying Selection than Other Genes

article

Evolutionary analyses of the human genome

artículo científico publicado en 2001

Family reunion via error correction: an efficient analysis of duplex sequencing data

artículo científico publicado en 2020

Freely accessible ready to use global infrastructure for SARS-CoV-2 monitoring

artículo científico publicado en 2021

Functionality of unspliced XBP1 is required to explain evolution of overlapping reading frames

artículo científico publicado en 2006

Galaxy CloudMan: delivering cloud compute clusters

artículo científico publicado en 2010

Galaxy: A Gateway to Tools in e-Science

Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences ⬇️

artículo científico publicado el 25 de agosto de 2010

Galaxy: a platform for interactive large-scale genome analysis

artículo científico publicado en 2005

Galaxy: a web-based genome analysis tool for experimentalists

artículo científico publicado en 2010

Genome sequence of the Brown Norway rat yields insights into mammalian evolution

artículo científico publicado en 2004

Harnessing cloud computing with Galaxy Cloud

artículo científico publicado en 2011

High-resolution mapping of evolutionary trajectories in a phage

artículo científico publicado en 2009

HyPhy 2.5-A Customizable Platform for Evolutionary Hypothesis Testing Using Phylogenies

artículo científico publicado en 2020

Identification of novel exons from rat-mouse comparisons

artículo científico publicado en 2004

In memory of James Taylor: the birth of Galaxy

artículo científico publicado en 2020

Increased yields of duplex sequencing data by a series of quality control tools

artículo científico publicado en 2021

Integrating diverse databases into an unified analysis framework: a Galaxy approach

artículo científico publicado en 2011

Integrative genomic analysis by interoperation of bioinformatics tools in GenomeSpace

artículo científico

Isolation of binary species-specific PCR-based markers and their value for diagnostic applications

artículo científico publicado en 2000

Jupyter and Galaxy: Easing entry barriers into complex data analyses for biomedical researchers.

artículo científico publicado en 2017

Lessons learned from Galaxy, a Web-based platform for high-throughput genomic analyses

Making whole genome multiple alignments usable for biologists

artículo científico publicado en 2011

Manipulation of FASTQ data with Galaxy

artículo científico publicado en 2010

Maternal age effect and severe germ-line bottleneck in the inheritance of human mitochondrial DNA.

artículo científico publicado en 2014

NGS analyses by visualization with Trackster

artículo científico publicado en 2012

Next-generation sequencing data interpretation: enhancing reproducibility and accessibility ⬇️

artículo científico publicado el 1 de septiembre de 2012

No more business as usual: Agile and effective responses to emerging pathogen threats require open data and open analytics

scientific article published on 13 August 2020

No more business as usual: agile and effective responses to emerging pathogen threats require open data and open analytics

artículo científico publicado en 2020

Online resources for genomic analysis using high-throughput sequencing

artículo científico publicado en 2015

Oscillating evolution of a mammalian locus with overlapping reading frames: an XLalphas/ALEX relay

artículo científico publicado en 2005

Practical Computational Reproducibility in the Life Sciences

artículo científico publicado en 2018

Practical computational reproducibility in the life sciences

artículo científico publicado en 2017

Predicting runtimes of bioinformatics tools based on historical data: five years of Galaxy usage

scientific article published on 01 September 2019

RNA-DNA differences in human mitochondria restore ancestral form of 16S ribosomal RNA

artículo científico publicado en 2013

Rapid and asymmetric divergence of duplicate genes in the human gene coexpression network

artículo científico publicado en 2006

Rapid asymmetric evolution of a dual-coding tumor suppressor INK4a/ARF locus contradicts its function

artículo científico publicado en 2007

Reconciling the numbers: ESTs versus protein-coding genes

artículo científico publicado en 2004

Representational difference analysis to distinguish cryptic species

artículo científico publicado en 1999

Reproducible and accessible analysis of transposon insertion sequencing in Galaxy for qualitative essentiality analyses

artículo científico publicado en 2021

Selection Analysis Identifies Clusters of Unusual Mutational Changes in Omicron Lineage BA.1 That Likely Impact Spike Function

artículo científico publicado en 2022

Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution

artículo científico publicado en 2004

Sequencing error profiles of Illumina sequencing instruments

artículo científico publicado en 2021

Signatures of domain shuffling in the human genome

artículo científico publicado en 2002

Streamlined analysis of duplex sequencing data with Du Novo

artículo científico publicado en 2016

StructureFold: genome-wide RNA secondary structure mapping and reconstruction in vivo.

artículo científico publicado en 2015

Subgenome-specific markers in allopolyploid cotton Gossypium hirsutum: implications for evolutionary analysis of polyploids

article

Ten simple rules for reproducible computational research

artículo científico publicado en 2013

The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2016 update

artículo científico publicado en 2016

The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2018 update.

artículo científico publicado en 2018

The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2020 update

artículo científico publicado en 2020

The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2020 update

artículo científico publicado en 2020

The Galaxy platform for accessible, reproducible, and collaborative data analyses: 2024 update

artículo científico publicado en 2024

The K(A)/K(S) ratio test for assessing the protein-coding potential of genomic regions: an empirical and simulation study

artículo científico publicado en 2002

The anatomy of successful computational biology software

artículo científico publicado en 2013

The elastic analysis with galaxy on the cloud.

artículo científico publicado en 2010

Toward the commoditization of translational genomic research: Design and implementation features of the Galaxy genomic workbench

artículo científico publicado en 2008

Transcriptome of embryonic and neonatal mouse cortex by high-throughput RNA sequencing.

scholarly article

Transposable elements are found in a large number of human protein-coding genes

article

Using Galaxy to perform large-scale interactive data analyses

artículo científico publicado en 2012

Using galaxy to perform large-scale interactive data analyses

artículo científico publicado en 2007

Web-based analysis of (Epi-) genome data using EpiGRAPH and Galaxy

artículo científico publicado en 2010

Web-based visual analysis for high-throughput genomics

artículo científico publicado en 2013

Wheels within wheels: clues to the evolution of the Gnas and Gnal loci

artículo científico publicado en 2008

Windshield splatter analysis with the Galaxy metagenomic pipeline

scientific article published on 09 October 2009

Wrangling Galaxy's reference data

artículo científico publicado en 2014

mNSC1 shows no evidence of protein-coding capacity

artículo científico publicado en 2006

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