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Lista de obras de Christian von Mering

A Family of Interaction-Adjusted Indices of Community Similarity

A comprehensive set of protein complexes in yeast: mining large scale protein-protein interaction screens

artículo científico publicado en 2003

A family of interaction-adjusted indices of community similarity.

artículo científico publicado en 2016

A global network of coexisting microbes from environmental and whole-genome sequence data

artículo científico publicado en 2010

A phylogeny-based benchmarking test for orthology inference reveals the limitations of function-based validation

artículo científico publicado en 2014

A sentinel protein assay for simultaneously quantifying cellular processes

artículo científico publicado en 2014

Analyses of non-coding somatic drivers in 2,658 cancer whole genomes

artículo científico publicado en 2020

Analysis of genomic context: prediction of functional associations from conserved bidirectionally transcribed gene pairs

artículo científico publicado en 2004

Analysis of the Human Kinome and Phosphatome by Mass Cytometry Reveals Overexpression-Induced Effects on Cancer-Related Signaling.

artículo científico publicado en 2019

Analysis of the human kinome and phosphatome reveals diseased signaling networks induced by overexpression

Arabidopsis female gametophyte gene expression map reveals similarities between plant and animal gametes

artículo científico publicado en 2010

Assessing systems properties of yeast mitochondria through an interaction map of the organelle

artículo científico publicado en 2006

Bacterial anoxygenic photosynthesis on plant leaf surfaces

artículo científico publicado en 2012

Bacterial diversity and composition in the fluid of pitcher plants of the genus Nepenthes

artículo científico publicado en 2015

Cell-sorting at the A/P boundary in the Drosophila wing primordium: a computational model to consolidate observed non-local effects of Hh signaling

artículo científico publicado en 2011

Cell-wide analysis of protein thermal unfolding reveals determinants of thermostability.

artículo científico publicado en 2017

ChromID identifies the protein interactome at chromatin marks

artículo científico publicado en 2020

Chromothripsis-like patterns are recurring but heterogeneously distributed features in a survey of 22,347 cancer genome screens

artículo científico publicado en 2014

Community proteogenomics reveals insights into the physiology of phyllosphere bacteria

artículo científico publicado en 2009

Comparative analysis of environmental sequences: potential and challenges

artículo científico publicado en 2006

Comparative functional analysis of the Caenorhabditis elegans and Drosophila melanogaster proteomes

artículo científico publicado en 2009

Comparative genome and proteome analysis of Anopheles gambiae and Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2002

Complex genomic rearrangements lead to novel primate gene function

artículo científico publicado en 2005

Consistency of genome-based methods in measuring Metazoan evolution

artículo científico publicado en 2005

Cross-Regulation between TDP-43 and Paraspeckles Promotes Pluripotency-Differentiation Transition.

artículo científico publicado en 2019

Disentangling the impact of environmental and phylogenetic constraints on prokaryotic within-species diversity

artículo científico publicado en 2020

Ecological consistency of SSU rRNA-based operational taxonomic units at a global scale

artículo científico publicado en 2014

Ecologically informed microbial biomarkers and accurate classification of mixed and unmixed samples in an extensive cross-study of human body sites

article

Effects of oral antibiotics and isotretinoin on the murine gut microbiota

artículo científico publicado en 2017

Environments shape the nucleotide composition of genomes

artículo científico publicado en 2005

Erratum to: gespeR: a statistical model for deconvoluting off-target-confounded RNA interference screens

artículo científico publicado en 2015

Expression of amino-terminally truncated PrP in the mouse leading to ataxia and specific cerebellar lesions

artículo científico publicado en 1998

Fast genome-wide functional annotation through orthology assignment by eggNOG-mapper

artículo científico

Fast genome-wide functional annotation through orthology assignment by eggNOG-mapper

article

Fermentation Ability of Gut Microbiota of Wild Japanese Macaques in the Highland and Lowland Yakushima: In Vitro Fermentation Assay and Genetic Analyses

scientific article published on 24 April 2020

Fifteen years SIB Swiss Institute of Bioinformatics: life science databases, tools and support

artículo científico publicado en 2014

Function prediction and protein networks

artículo científico publicado en 2003

Functional clues for hypothetical proteins based on genomic context analysis in prokaryotes

artículo científico publicado en 2004

Genome evolution reveals biochemical networks and functional modules

artículo científico publicado en 2003

Genome-wide small interfering RNA screens reveal VAMP3 as a novel host factor required for Uukuniemi virus late penetration

artículo científico publicado en 2014

Global analysis of bacterial transcription factors to predict cellular target processes

artículo científico publicado en 2004

Growth-restricting effects of siRNA transfections: a largely deterministic combination of off-target binding and hybridization-independent competition

article

HPC-CLUST: distributed hierarchical clustering for large sets of nucleotide sequences

artículo científico publicado en 2013

High confidence prediction of essential genes in Burkholderia cenocepacia ⬇️

artículo científico publicado en 2012

High-Resolution RNA Maps Suggest Common Principles of Splicing and Polyadenylation Regulation by TDP-43.

artículo científico publicado en 2017

IFN-γ Hinders Recovery from Mucosal Inflammation during Antibiotic Therapy for Salmonella Gut Infection

artículo científico publicado en 2016

Immunity-related genes and gene families in Anopheles gambiae

artículo científico publicado en 2002

In situ enzyme activity in the dissolved and particulate fraction of the fluid from four pitcher plant species of the genus Nepenthes

artículo científico publicado en 2011

Large-scale functional analysis of the roles of phosphorylation in yeast metabolic pathways

artículo científico publicado en 2014

Like will to like: abundances of closely related species can predict susceptibility to intestinal colonization by pathogenic and commensal bacteria

artículo científico publicado en 2010

Limits to robustness and reproducibility in the demarcation of operational taxonomic units

artículo científico publicado en 2014

MAPseq: Improved Speed, Accuracy And Consistency In Ribosomal RNA Sequence Analysis

MAPseq: highly efficient k-mer search with confidence estimates, for rRNA sequence analysis

artículo científico publicado en 2017

MLTreeMap--accurate Maximum Likelihood placement of environmental DNA sequences into taxonomic and functional reference phylogenies

artículo científico publicado en 2010

Metaproteogenomic analysis of microbial communities in the phyllosphere and rhizosphere of rice

artículo científico publicado en 2011

Microbial rhodopsins on leaf surfaces of terrestrial plants

artículo científico publicado en 2011

Microbiota-derived hydrogen fuels Salmonella typhimurium invasion of the gut ecosystem

artículo científico publicado en 2013

Millimeter-scale genetic gradients and community-level molecular convergence in a hypersaline microbial mat

artículo científico publicado en 2008

Natural Genetic Variation Differentially Affects the Proteome and Transcriptome in Caenorhabditis elegans.

artículo científico publicado en 2016

Pathogenic impact of transcript isoform switching in 1,209 cancer samples covering 27 cancer types using an isoform-specific interaction network

scientific article published on 02 September 2020

Pathogens and host immunity in the ancient human oral cavity

artículo científico publicado en 2014

Pathway and network analysis of more than 2,500 whole cancer genomes

Pathway and network analysis of more than 2500 whole cancer genomes

artículo científico publicado en 2020

PaxDb, a database of protein abundance averages across all three domains of life

artículo científico publicado en 2012

Phosphoproteomic analysis reveals interconnected system-wide responses to perturbations of kinases and phosphatases in yeast

artículo científico publicado en 2010

Prediction of effective genome size in metagenomic samples

artículo científico publicado en 2007

Preventive Trichuris suis ova (TSO) treatment protects immunocompetent rabbits from DSS colitis but may be detrimental under conditions of immunosuppression

artículo científico publicado en 2017

Protein interaction networks from yeast to human

artículo científico publicado en 2004

Protein tyrosine phosphatase non-receptor type 22 modulates colitis in a microbiota-dependent manner

artículo científico publicado en 2019

Publisher Correction: ChromID identifies the protein interactome at chromatin marks

artículo científico publicado en 2020

Quantitative Phylogenetic Assessment of Microbial Communities in Diverse Environments

artículo científico publicado en 2007

Quantitative assessment of protein function prediction from metagenomics shotgun sequences

artículo científico publicado en 2007

RAIN: RNA-protein Association and Interaction Networks

artículo científico publicado en 2017

RNAi screen of Salmonella invasion shows role of COPI in membrane targeting of cholesterol and Cdc42 ⬇️

artículo científico publicado en 2011

Rapid Inference of Direct Interactions in Large-Scale Ecological Networks from Heterogeneous Microbial Sequencing Data

scientific article published on 18 September 2019

Reproducible Propagation of Species-Rich Soil Bacterial Communities Suggests Robust Underlying Deterministic Principles of Community Formation

artículo científico publicado en 2022

STITCH 2: an interaction network database for small molecules and proteins

artículo científico publicado en 2010

STITCH 3: zooming in on protein-chemical interactions

artículo científico publicado en 2011

STITCH 4: integration of protein-chemical interactions with user data

artículo científico publicado en 2013

STITCH 5: augmenting protein–chemical interaction networks with tissue and affinity data

artículo científico publicado en 2015

STITCH: interaction networks of chemicals and proteins

artículo científico publicado en 2007

STRING 7--recent developments in the integration and prediction of protein interactions

artículo científico publicado en 2007

STRING 8--a global view on proteins and their functional interactions in 630 organisms

artículo científico publicado en 2009

STRING v10: protein-protein interaction networks, integrated over the tree of life

artículo científico publicado en 2015

STRING v11: protein–protein association networks with increased coverage, supporting functional discovery in genome-wide experimental datasets

artículo científico publicado en 2018

STRING v9.1: protein-protein interaction networks, with increased coverage and integration

artículo científico publicado en 2013

STRING: a database of predicted functional associations between proteins

artículo científico publicado en 2003

STRING: known and predicted protein-protein associations, integrated and transferred across organisms

artículo científico publicado en 2005

SVD-phy: improved prediction of protein functional associations through singular value decomposition of phylogenetic profiles

artículo científico publicado en 2015

Salmonella enterica serovar typhimurium exploits inflammation to compete with the intestinal microbiota

artículo científico publicado en 2007

Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution

artículo científico publicado en 2004

Sequence-based factors influencing the expression of heterologous genes in the yeast Pichia pastoris--A comparative view on 79 human genes

artículo científico publicado en 2007

Shared components of protein complexes--versatile building blocks or biochemical artefacts?

artículo científico publicado en 2004

Shotgun proteomics data from multiple organisms reveals remarkable quantitative conservation of the eukaryotic core proteome

artículo científico publicado en 2010

Simultaneous analysis of large-scale RNAi screens for pathogen entry

artículo científico publicado en 2014

Specific genomic regions are differentially affected by copy number alterations across distinct cancer types, in aggregated cytogenetic data.

artículo científico publicado en 2012

Specific inhibition of diverse pathogens in human cells by synthetic microRNA-like oligonucleotides inferred from RNAi screens

artículo científico publicado en 2014

Sputum DNA sequencing in cystic fibrosis: non-invasive access to the lung microbiome and to pathogen details.

artículo científico publicado en 2017

Standardized benchmarking in the quest for orthologs

artículo científico publicado en 2016

Teamed up for transcription

artículo científico publicado en 2002

Termites in the woodwork

artículo científico publicado en 2007

The HUPO PSI's molecular interaction format--a community standard for the representation of protein interaction data

artículo científico publicado en 2004

The HUPO initiative on Model Organism Proteomes, iMOP.

artículo científico publicado en 2012

The SIB Swiss Institute of Bioinformatics Semantic Web of data

artículo científico publicado en 2023

The SIB Swiss Institute of Bioinformatics' resources: focus on curated databases

artículo científico publicado en 2016

The STRING database in 2011: functional interaction networks of proteins, globally integrated and scored

artículo científico publicado en 2011

The STRING database in 2017: quality-controlled protein-protein association networks, made broadly accessible

artículo científico publicado en 2016

The STRING database in 2021: customizable protein-protein networks, and functional characterization of user-uploaded gene/measurement sets

scientific article published on 25 November 2020

The hedgehog signaling pathway: where did it come from?

artículo científico publicado en 2009

The initiative on Model Organism Proteomes (iMOP) Session September 6, 2011, Geneva, Switzerland

artículo científico publicado en 2012

The microbiota mediates pathogen clearance from the gut lumen after non-typhoidal Salmonella diarrhea

artículo científico publicado en 2010

Toward Automatic Reconstruction of a Highly Resolved Tree of Life

artículo científico publicado en 2006

Tree reconciliation combined with subsampling improves large scale inference of orthologous group hierarchies

scientific article published on 06 May 2019

Unexplored therapeutic opportunities in the human genome

scientific article published on 23 March 2018

Unexplored therapeutic opportunities in the human genome.

artículo científico publicado en 2018

Version 4.0 of PaxDb: Protein abundance data, integrated across model organisms, tissues, and cell-lines.

artículo científico publicado en 2015

Viruses.STRING: A Virus-Host Protein-Protein Interaction Database

scholarly article by Helen Victoria Cook published in September 2018

eggNOG 4.5: a hierarchical orthology framework with improved functional annotations for eukaryotic, prokaryotic and viral sequences

artículo científico publicado en 2015

eggNOG 5.0: a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated orthology resource based on 5090 organisms and 2502 viruses

artículo científico publicado en 2019

eggNOG v2.0: extending the evolutionary genealogy of genes with enhanced non-supervised orthologous groups, species and functional annotations

artículo científico publicado en 2010

eggNOG v3.0: orthologous groups covering 1133 organisms at 41 different taxonomic ranges

artículo científico publicado en 2012

eggNOG v4.0: nested orthology inference across 3686 organisms

artículo científico publicado en 2013

eggNOG: automated construction and annotation of orthologous groups of genes

artículo científico publicado en 2007

gespeR: a statistical model for deconvoluting off-target-confounded RNA interference screens

artículo científico publicado en 2015

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