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Lista de obras de Alvis Brazma

4DXpress: a database for cross-species expression pattern comparisons

artículo científico

A CD8+ T cell transcription signature predicts prognosis in autoimmune disease

artículo científico publicado en 2010

A General Framework for Interrogation of mRNA Stability Programs Identifies RNA-Binding Proteins that Govern Cancer Transcriptomes ⬇️

artículo científico publicado en 2018

A Pan-Cancer Transcriptome Analysis Reveals Pervasive Regulation through Tumor-Associated Alternative Promoters

A Pan-cancer Transcriptome Analysis Reveals Pervasive Regulation through Alternative Promoters

scientific article published on 01 September 2019

A System for Information Management in BioMedical Studies--SIMBioMS.

artículo científico publicado en 2009

A call for public archives for biological image data

artículo científico publicado en 2018

A fully scalable online pre-processing algorithm for short oligonucleotide microarray atlases.

artículo científico publicado en 2013

A genome-wide metabolic QTL analysis in Europeans implicates two loci shaped by recent positive selection

artículo científico publicado en 2011

A global map of human gene expression

artículo científico publicado en 2010

A guide to microarray experiments-an open letter to the scientific journals

scientific article published in The Lancet

A new algorithm for comparing and visualizing relationships between hierarchical and flat gene expression data clusterings

artículo científico publicado en 2005

A novel atlas of gene expression in human skeletal muscle reveals molecular changes associated with aging

artículo científico publicado en 2015

A pipeline for RNA-seq data processing and quality assessment

artículo científico publicado en 2011

A proteomics sample metadata representation for multiomics integration and big data analysis

artículo científico publicado en 2021

A public repository for DNA microarray-based gene expression data

article

A simple spreadsheet-based, MIAME-supportive format for microarray data: MAGE-TAB

artículo científico publicado en 2006

A user's guide to the encyclopedia of DNA elements (ENCODE)

artículo científico publicado en 2011

Aberration hubs in protein interaction networks highlight actionable targets in cancer. ⬇️

artículo científico publicado en 2018

Abstract 389: Integrating diverse transcriptomic alterations to identify cancer-relevant genes

article

An information retrieval perspective on visualization of gene expression data with ontological annotation

article

An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome

artículo científico publicado en 2012

An integrated genomic analysis of anaplastic meningioma identifies prognostic molecular signatures

scientific article published in Scientific Reports

An integrated genomic analysis of anaplastic meningioma identifies prognostic molecular signatures

An integrated landscape of protein expression in human cancer

artículo científico publicado en 2021

An open letter on microarray data from the MGED Society

artículo científico publicado en 2004

Annotare--a tool for annotating high-throughput biomedical investigations and resulting data

artículo científico publicado en 2010

Approaches to the automatic discovery of patterns in biosequences.

artículo científico publicado en 1998

ArrayExpress service for reviewers/editors of DNA microarray papers

artículo científico publicado en 2006

ArrayExpress update - from bulk to single-cell expression data

artículo científico publicado en 2019

ArrayExpress update--an archive of microarray and high-throughput sequencing-based functional genomics experiments

artículo científico publicado en 2010

ArrayExpress update--from an archive of functional genomics experiments to the atlas of gene expression

artículo científico publicado en 2008

ArrayExpress update--simplifying data submissions

artículo científico publicado en 2014

ArrayExpress update--trends in database growth and links to data analysis tools

artículo científico publicado en 2013

ArrayExpress--a public database of microarray experiments and gene expression profiles

artículo científico publicado en 2006

ArrayExpress--a public repository for microarray gene expression data at the EBI

artículo científico publicado en 2005

ArrayExpress--a public repository for microarray gene expression data at the EBI

artículo científico publicado en 2003

ArrayExpress: a public database of gene expression data at EBI.

artículo científico publicado en 2003

Assessing the Gene Regulatory Landscape in 1,188 Human Tumors

article

BioMart and Bioconductor: a powerful link between biological databases and microarray data analysis

artículo científico publicado en 2005

Blood transcriptome profile induced by an efficacious vaccine formulated with salivary antigens from cattle ticks

artículo científico publicado en 2019

Building and analysing genome-wide gene disruption networks.

artículo científico publicado en 2002

Cellular phenotype database: a repository for systems microscopy data

artículo científico publicado en 2015

Chip Technology

ChroCoLoc: an application for calculating the probability of co-localization of microarray gene expression

artículo científico publicado en 2005

Comparison of GENCODE and RefSeq gene annotation and the impact of reference geneset on variant effect prediction

artículo científico publicado en 2015

Comprehensive genome and transcriptome analysis reveals genetic basis for gene fusions in cancer

article

Contributions of the EMERALD project to assessing and improving microarray data quality

artículo científico publicado en 2011

Contributions of transcription and mRNA decay to gene expression dynamics of fission yeast in response to oxidative stress

artículo científico publicado en 2014

Cooperativity and rapid evolution of cobound transcription factors in closely related mammals

artículo científico publicado en 2013

Correlating gene promoters and expression in gene disruption experiments

artículo científico publicado en 2002

Current approaches to gene regulatory network modelling

artículo científico publicado en 2007

Data mining for regulatory elements in yeast genome.

artículo científico publicado en 1997

Data storage and analysis in ArrayExpress

artículo científico publicado en 2006

Data storage and analysis in ArrayExpress and Expression Profiler

artículo científico publicado en 2008

Data-driven information retrieval in heterogeneous collections of transcriptomics data links SIM2s to malignant pleural mesothelioma

artículo científico publicado en 2011

Design and implementation of microarray gene expression markup language (MAGE-ML)

artículo científico publicado en 2002

Development of the Minimum Information Specification for In Situ Hybridization and Immunohistochemistry Experiments (MISFISHIE).

artículo científico publicado en 2006

Discovering patterns and subfamilies in biosequences

artículo científico publicado en 1996

Discovery of putative transcription factor binding sites from microarray-based gene expression profiles

article

Distinct developmental profile of lower-body adipose tissue defines resistance against obesity-associated metabolic complications

artículo científico publicado en 2014

Dynamics of gene regulatory networks and their dependence on network topology and quantitative parameters - the case of phage λ

scientific article published on 31 May 2019

Dysregulation at multiple points of the kynurenine pathway is a ubiquitous feature of renal cancer: implications for tumour immune evasion

artículo científico publicado en 2020

Efficient algorithm for learning simple regular expressions from noisy examples

Efficient learning of regular expressions from good examples

Expression Atlas update--a database of gene and transcript expression from microarray- and sequencing-based functional genomics experiments

artículo científico publicado en 2014

Expression Atlas update--an integrated database of gene and protein expression in humans, animals and plants.

artículo científico publicado en 2015

Expression Atlas update: from tissues to single cells

artículo científico publicado en 2020

Expression Atlas: gene and protein expression across multiple studies and organisms.

artículo científico publicado en 2017

Expression Profiler: next generation--an online platform for analysis of microarray data

artículo científico publicado en 2004

Expression and Genetic Variation Databases for Cancer Research

Extensive compensatory cis-trans regulation in the evolution of mouse gene expression

artículo científico publicado en 2012

From ArrayExpress to BioStudies

artículo científico publicado en 2020

From gene networks to gene function

artículo científico publicado en 2003

Funding high-throughput data sharing

artículo científico publicado en 2004

Fusing microarray experiments with multivariate regression

artículo científico publicado en 2005

Gastric Microbiome Diversities in Gastric Cancer Patients from Europe and Asia Mimic the Human Population Structure and Are Partly Driven by Microbiome Quantitative Trait Loci

artículo científico publicado en 2020

Gene Expression Atlas update--a value-added database of microarray and sequencing-based functional genomics experiments

artículo científico publicado en 2011

Gene expression atlas at the European bioinformatics institute

artículo científico publicado en 2010

Gene expression data analysis

artículo científico publicado en 2000

Gene expression data analysis#1Abridged version of article in FEBS Lett. 480 (2000) 17–24; with permission from Elsevier Science. PII of original article: S0014-5793(00)01772-5

artículo científico publicado en 2001

Genomic Determinants of Protein Abundance Variation in Colorectal Cancer Cells.

artículo científico

Genomic basis for RNA alterations in cancer

artículo científico publicado en 2020

Genomic basis for RNA alterations revealed by whole-genome analyses of 27 cancer types

Genomic clustering and co-regulation of transcriptional networks in the pathogenic fungus Fusarium graminearum

artículo científico publicado en 2013

Genomic determinants of protein abundance variation in colorectal cancer cells

Germline determinants of the somatic mutation landscape in 2,642 cancer genomes

article

Global transcriptional responses of fission and budding yeast to changes in copper and iron levels: a comparative study.

artículo científico publicado en 2007

Global transcriptional responses of fission yeast to environmental stress

artículo científico publicado en 2003

Guidelines for reporting single-cell RNA-seq experiments

artículo científico publicado en 2020

HMGB1 binds to the rs7903146 locus in TCF7L2 in human pancreatic islets

artículo científico publicado en 2016

HSM - a hybrid system based approach for modelling intracellular networks

artículo científico publicado en 2012

High-coverage whole-genome analysis of 1220 cancers reveals hundreds of genes deregulated by rearrangement-mediated cis-regulatory alterations

artículo científico publicado en 2020

Human genomics. Effect of predicted protein-truncating genetic variants on the human transcriptome

artículo científico publicado en 2015

Identification of Cancer Related Genes Using a Comprehensive Map of Human Gene Expression

artículo científico publicado en 2016

Identification of recurrent FGFR3 fusion genes in lung cancer through kinome-centred RNA sequencing

artículo científico publicado en 2013

Impact of Alternative Splicing on the Human Proteome

artículo científico publicado en 2017

Importing ArrayExpress datasets into R/Bioconductor

artículo científico publicado en 2009

Improving GENCODE reference gene annotation using a high-stringency proteogenomics workflow

artículo científico publicado en 2016

Integrating sequence, evolution and functional genomics in regulatory genomics

artículo científico publicado en 2009

International network of cancer genome projects

artículo científico publicado en 2010

Large scale comparison of global gene expression patterns in human and mouse.

artículo científico publicado en 2010

Learning about gene regulatory networks from gene deletion experiments

artículo científico publicado en 2002

Learning of regular expressions by pattern matching

Loss of chromosome Y leads to down regulation of KDM5D and KDM6C epigenetic modifiers in clear cell renal cell carcinoma ⬇️

artículo científico publicado en 2017

MGED standards: work in progress

artículo científico publicado en 2006

MageComet--web application for harmonizing existing large-scale experiment descriptions

artículo científico

Microarray data representation, annotation and storage

artículo científico publicado en 2002

Minimum Information About a Microarray Experiment (MIAME)--successes, failures, challenges

artículo científico publicado en 2009

Minimum information about a microarray experiment (MIAME)-toward standards for microarray data

artículo científico publicado en 2001

Minimum information specification for in situ hybridization and immunohistochemistry experiments (MISFISHIE)

artículo científico publicado en 2008

Mining for putative regulatory elements in the yeast genome using gene expression data

artículo científico publicado en 2000

Modeling and Analysis of Qualitative Behavior of Gene Regulatory Networks

article

Modeling sample variables with an Experimental Factor Ontology

artículo científico publicado en 2010

Modelling gene networks at different organisational levels

artículo científico publicado en 2005

Modelling in molecular biology: describing transcription regulatory networks at different scales

artículo científico publicado en 2006

Modelling-based experiment retrieval: a case study with gene expression clustering ⬇️

artículo científico publicado en 2016

On the Importance of Standardisation in Life Sciences

artículo científico publicado en 2001

One-stop shop for microarray data

artículo científico publicado en 2000

Orchestrating differential data access for translational research: a pilot implementation

artículo científico publicado en 2017

PASSIM--an open source software system for managing information in biomedical studies

artículo científico publicado en 2007

Periodic gene expression program of the fission yeast cell cycle.

artículo científico publicado en 2004

Plant-based microarray data at the European Bioinformatics Institute. Introducing AtMIAMExpress, a submission tool for Arabidopsis gene expression data to ArrayExpress

artículo científico publicado en 2005

Pol III binding in six mammals shows conservation among amino acid isotypes despite divergence among tRNA genes.

artículo científico publicado en 2011

Predicting gene regulatory elements in silico on a genomic scale

artículo científico publicado en 1998

Prediction of gene expression in embryonic structures of Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2007

Probabilistic retrieval and visualization of biologically relevant microarray experiments

artículo científico publicado en 2009

Probabilistic retrieval and visualization of biologically relevant microarray experiments

artículo científico publicado en 2009

Promoting coherent minimum reporting guidelines for biological and biomedical investigations: the MIBBI project

artículo científico publicado en 2008

Protein interaction verification and functional annotation by integrated analysis of genome-scale data.

artículo científico publicado en 2002

Publisher Correction: Image Data Resource: a bioimage data integration and publication platform

scholarly article by Eleanor Williams published in October 2018

Putative cell type discovery from single-cell gene expression data

artículo científico publicado en 2020

REMBI: Recommended Metadata for Biological Images—enabling reuse of microscopy data in biology

scientific article published on 21 May 2021

RNA-Seq gene profiling--a systematic empirical comparison

artículo científico publicado en 2014

Reconstruction of gene regulatory networks under the finite state linear model

artículo científico publicado en 2005

Regulatory Divergence of Transcript Isoforms in a Mammalian Model System

artículo científico publicado en 2015

Repeat associated mechanisms of genome evolution and function revealed by the Mus caroli and Mus pahari genomes

artículo científico publicado en 2018

Repeat associated mechanisms of genome evolution and function revealed by the Mus caroli and Mus pahari genomes

Report on EU-USA workshop: how systems biology can advance cancer research (27 October 2008)

artículo científico publicado en 2008

Report on the thirteenth international workshop on the identification and functional, evolutionary and expression analysis of transcribed sequences: comparative and functional genomics workshop.

artículo científico publicado en 2004

Reproducibility of high-throughput mRNA and small RNA sequencing across laboratories

artículo científico publicado en 2013

Reuse of public genome-wide gene expression data

artículo científico publicado en 2012

SAIL--a software system for sample and phenotype availability across biobanks and cohorts.

artículo científico publicado en 2010

Sequence variation between 462 human individuals fine-tunes functional sites of RNA processing

scientific article published on 12 September 2016

Standardization of microarray experiment data

artículo científico publicado en 2003

Standards for microarray data

artículo científico publicado en 2002

Standards for microarray data: an open letter

artículo científico publicado en 2004

Standards for systems biology

artículo científico publicado en 2006

Submission of microarray data to public repositories

artículo científico publicado en 2004

Subtype-specific micro-RNA expression signatures in breast cancer progression

artículo científico publicado en 2016

Tandem RNA chimeras contribute to transcriptome diversity in human population and are associated with intronic genetic variants

artículo científico publicado en 2014

The ArrayExpress gene expression database: a software engineering and implementation perspective

artículo científico publicado en 2004

The BREW workshop series: a stimulating experience in PhD education

artículo científico publicado en 2008

The BioSample Database (BioSD) at the European Bioinformatics Institute

artículo científico publicado en 2012

The BioStudies database

artículo científico publicado en 2015

The BioStudies database-one stop shop for all data supporting a life sciences study.

artículo científico publicado en 2017

The European Bioinformatics Institute's data resources.

artículo científico publicado en 2003

The Functional Genomics Experiment model (FuGE): an extensible framework for standards in functional genomics

article

The HUPO PSI's molecular interaction format--a community standard for the representation of protein interaction data

artículo científico publicado en 2004

The Image Data Resource: A Bioimage Data Integration and Publication Platform

artículo científico publicado en 2017

The Image Data Resource: A Scalable Platform for Biological Image Data Access, Integration, and Dissemination

The IronChip evaluation package: a package of perl modules for robust analysis of custom microarrays

artículo científico publicado en 2010

The PRIDE database and related tools and resources in 2019: improving support for quantification data

artículo científico publicado en 2019

The PRIDE database resources in 2022: a hub for mass spectrometry-based proteomics evidences

artículo científico publicado en 2022

The RNASeq-er API - a gateway to systematically updated analysis of public RNA-Seq data.

artículo científico publicado en 2017

The first RSBI (ISA-TAB) workshop: "can a simple format work for complex studies?".

artículo científico publicado en 2008

The fission yeast homeodomain protein Yox1p binds to MBF and confines MBF-dependent cell-cycle transcription to G1-S via negative feedback

artículo científico publicado en 2009

The underlying principles of scientific publication.

artículo científico publicado en 2002

Tools for mapping high-throughput sequencing data

artículo científico publicado en 2012

Top-down standards will not serve systems biology

artículo científico publicado en 2006

Towards reconstruction of gene networks from expression data by supervised learning

artículo científico publicado en 2003

Transcriptome analysis of human tissues and cell lines reveals one dominant transcript per gene

artículo científico publicado en 2013

Transcriptome and genome sequencing uncovers functional variation in humans

artículo científico publicado en 2013

Transparency and reproducibility in artificial intelligence

artículo científico publicado en 2020

Tumour gene expression signature in primary melanoma predicts long-term outcomes

artículo científico publicado en 2021

Updates to BioSamples database at European Bioinformatics Institute

artículo científico publicado en 2014

Use of genome-wide expression data to mine the "Gray Zone" of GWA studies leads to novel candidate obesity genes

artículo científico publicado en 2010

Variation in genomic landscape of clear cell renal cell carcinoma across Europe

artículo científico publicado en 2014

Visualization of large microarray experiments with space maps

Whole genome and RNA sequencing of 1,220 cancers reveals hundreds of genes deregulated by rearrangement of cis-regulatory elements

article

Wrestling with SUMO and bio-ontologies

artículo científico publicado en 2006

clustComp, a Bioconductor package for the comparison of clustering results

artículo científico publicado en 2017

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