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Lista de obras de Roman A. Laskowski

1,000 structures and more from the MCSG.

artículo científico publicado en 2011

A genome-wide meta-analysis identifies 22 loci associated with eight hematological parameters in the HaemGen consortium

artículo científico publicado en 2009

A method for localizing ligand binding pockets in protein structures

artículo científico publicado en 2006

A structural biology community assessment of AlphaFold 2 applications

A structural biology community assessment of AlphaFold2 applications

artículo científico publicado en 2022

AQUA and PROCHECK-NMR: programs for checking the quality of protein structures solved by NMR

artículo científico publicado en 1996

Abstracting knowledge from the protein data bank ⬇️

artículo científico publicado el 29 de septiembre de 2012

Amino acid changes in disease-associated variants differ radically from variants observed in the 1000 genomes project dataset.

artículo científico publicado en 2013

Anatomy of enzyme channels

artículo científico publicado en 2014

ArchSchema: a tool for interactive graphing of related Pfam domain architectures

artículo científico publicado en 2010

BetaCavityWeb: a webserver for molecular voids and channels

artículo científico publicado en 2015

BetaSCPWeb: side-chain prediction for protein structures using Voronoi diagrams and geometry prioritization

artículo científico publicado en 2016

BetaVoid: molecular voids via beta-complexes and Voronoi diagrams

artículo científico publicado en 2014

Bioinformatics and protein design

artículo científico publicado en 2002

CATH: comprehensive structural and functional annotations for genome sequences.

artículo científico publicado en 2014

Chemical fragments that hydrogen bond to Asp, Glu, Arg, and His side chains in protein binding sites

artículo científico publicado en 2010

Chopping and Changing: the Evolution of the Flavin-dependent Monooxygenases

artículo científico publicado en 2016

Conformational analysis of pentapeptide sequences matching a proposed recognition motif for lysosomal degradation

artículo científico publicado en 1996

Conserved protein YecM fromEscherichia coli shows structural homology to metal-binding isomerases and oxygenases

artículo científico publicado en 2003

Crystal Structure of Enterococcus faecalis SlyA-like Transcriptional Factor

artículo científico publicado en 2003

Crystal Structure of Thermotoga maritima 0065, a Member of the IclR Transcriptional Factor Family

artículo científico publicado en 2002

Crystal structure ofEscherichia coli EC1530, a glyoxylate induced protein YgbM

artículo científico publicado en 2002

Derivation of 3D coordinate templates for searching structural databases: application to Ser-His-Asp catalytic triads in the serine proteinases and lipases

artículo científico publicado en 1996

Determining Function from Structure

Energy Matrix of Structurally Important Side-Chain/Side-Chain Interactions in Proteins

artículo científico publicado en 2010

Enhancing the functional annotation of PDB structures in PDBsum using key figures extracted from the literature

artículo científico publicado en 2007

Error estimates of protein structure coordinates and deviations from standard geometry by full-matrix refinement of gammaB- and betaB2-crystallin.

artículo científico publicado en 1998

Estimation of weights and validation: a marginal likelihood approach

artículo científico publicado en 2003

Exome sequencing identifies a missense mutation in Isl1 associated with low penetrance otitis media in dearisch mice

artículo científico publicado en 2011

Exploring the evolution of novel enzyme functions within structurally defined protein superfamilies

artículo científico publicado en 2012

From protein structure to biochemical function?

artículo científico publicado en 2003

FunTree: a resource for exploring the functional evolution of structurally defined enzyme superfamilies

artículo científico publicado en 2011

In silico prediction of heme binding in proteins

artículo científico publicado en 2024

Integrating Structure, Bioinformatics, and Enzymology to Discover Function: BioH, A NEW CARBOXYLESTERASE FROM ESCHERICHIA COLI

artículo científico publicado en 2003

Integrating population variation and protein structural analysis to improve clinical interpretation of missense variation: application to the WD40 domain

artículo científico publicado en 2016

LIGPLOT: a program to generate schematic diagrams of protein-ligand interactions

artículo científico publicado en 1995

Large-Scale Quantitative Assessment of Binding Preferences in Protein-Nucleic Acid Complexes.

artículo científico publicado en 2015

LigPlot+: multiple ligand-protein interaction diagrams for drug discovery

artículo científico publicado en 2011

LigSearch: a knowledge-based web server to identify likely ligands for a protein target

artículo científico publicado en 2013

Molecular basis of inherited diseases: a structural perspective

artículo científico publicado en 2003

NUCPLOT: a program to generate schematic diagrams of protein-nucleic acid interactions

artículo científico publicado en 1997

New tools and resources for analysing protein structures and their interactions

artículo científico publicado en 1998

Non-randomness in side-chain packing: the distribution of interplanar angles

artículo científico publicado en 1997

On the diversity of physicochemical environments experienced by identical ligands in binding pockets of unrelated proteins

artículo científico publicado en 2010

PDBsum additions

artículo científico publicado en 2014

PDBsum more: new summaries and analyses of the known 3D structures of proteins and nucleic acids

artículo científico publicado en 2005

PDBsum new things

artículo científico publicado en 2009

PDBsum: Structural summaries of PDB entries

artículo científico publicado en 2017

PDBsum: a Web-based database of summaries and analyses of all PDB structures

artículo científico publicado en 1997

PROCHECK: a program to check the stereochemical quality of protein structures

artículo científico publicado en 1993

Predicting protein function from sequence and structural data.

artículo científico publicado en 2005

Predicting protein ligand binding sites by combining evolutionary sequence conservation and 3D structure

artículo científico publicado en 2009

ProFunc: a server for predicting protein function from 3D structure

artículo científico publicado en 2005

Protein Structure Databases

Protein folds and functions

artículo científico publicado en 1998

Protein function prediction using local 3D templates

artículo científico publicado en 2005

Protein structure and phenotypic analysis of pathogenic and population missense variants in STXBP1.

artículo científico publicado en 2017

Protein structure databases

artículo científico publicado en 2011

Protein structure databases.

artículo científico publicado en 2010

Proteins: interaction at a distance

artículo científico publicado en 2015

Representative Amino Acid Side Chain Interactions in Proteins. A Comparison of Highly Accurate Correlated ab Initio Quantum Chemical and Empirical Potential Procedures

artículo científico publicado en 2009

Representative Amino Acid Side-Chain Interactions in Protein-DNA Complexes: A Comparison of Highly Accurate Correlated Ab Initio Quantum Mechanical Calculations and Efficient Approaches for Applications to Large Systems

artículo científico publicado en 2015

Rfree and the rfree ratio. I. Derivation of expected values of cross-validation residuals used in macromolecular least-squares refinement.

artículo científico publicado en 1998

Rfreeand theRfreeratio. II. Calculation of the expected values and variances of cross-validation statistics in macromolecular least-squares refinement

article

Rising levels of atmospheric oxygen and evolution of Nrf2

artículo científico publicado en 2016

SPINE bioinformatics and data-management aspects of high-throughput structural biology

artículo científico publicado en 2006

SURFNET: a program for visualizing molecular surfaces, cavities, and intermolecular interactions

artículo científico publicado en 1995

Sequence-Specific Recognition of DNA by Proteins: Binding Motifs Discovered Using a Novel Statistical/Computational Analysis

artículo científico publicado en 2016

Shape variation in protein binding pockets and their ligands

artículo científico publicado en 2007

Streptococcus pneumoniaYlxR at 1.35 Å shows a putative new fold

article

Structural analysis of pathogenic mutations in the DYRK1A gene in patients with developmental disorders

artículo científico publicado en 2017

Structural annotation of Mycobacterium tuberculosis proteome

artículo científico publicado en 2011

Structural bioinformatics: from protein structure to function

Structural quality assurance

artículo científico publicado en 2003

Structure of SAICAR synthase from Thermotoga maritima at 2.2 angstroms reveals an unusual covalent dimer.

artículo científico publicado en 2006

THE RAMACHANDRAN PLOT AND PROTEIN STRUCTURE VALIDATION

Target selection and determination of function in structural genomics

artículo científico publicado en 2003

The ProFunc Function Prediction Server

artículo científico publicado en 2017

The effects of pathogenic and likely pathogenic variants for inherited hemostasis disorders in 140 214 UK Biobank participants

The fine details of evolution

artículo científico publicado en 2009

The implications of alternative splicing in the ENCODE protein complement

artículo científico publicado en 2007

The structural basis of allosteric regulation in proteins

artículo científico publicado en 2009

Towards fully automated structure-based function prediction in structural genomics: a case study

artículo científico publicado en 2007

Understanding the molecular machinery of genetics through 3D structures

artículo científico publicado en 2008

Validation of protein models derived from experiment

artículo científico publicado en 1998

VarMap: a web tool for mapping genomic coordinates to protein sequence and structure and retrieving protein structural annotations

artículo científico publicado en 2019

VarSite: Disease variants and protein structure

artículo científico publicado en 2019

Visualization of macromolecular structures.

artículo científico publicado en 2010

WSsas: a web service for the annotation of functional residues through structural homologues

artículo científico publicado en 2009

X-SITE: use of empirically derived atomic packing preferences to identify favourable interaction regions in the binding sites of proteins

artículo científico publicado en 1996

X-ray crystal structure of CutA from Thermotoga maritima at 1.4 Å resolution

artículo científico publicado en 2004

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