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Lista de obras de Ben Langmead

A tandem simulation framework for predicting mapping quality

artículo científico

ASCOT identifies key regulators of neuronal subtype-specific splicing

artículo científico publicado en 2020

Aligning Short Sequencing Reads with Bowtie ⬇️

artículo científico publicado el 1 de diciembre de 2010

Analyzing whole genome bisulfite sequencing data from highly divergent genotypes

Arioc: high-throughput read alignment with GPU-accelerated exploration of the seed-and-extend search space

artículo científico publicado en 2015

Ballgown bridges the gap between transcriptome assembly and expression analysis

artículo científico publicado en 2015

Boiler: lossy compression of RNA-seq alignments using coverage vectors

artículo científico publicado en 2016

Cloud computing and the DNA data race

artículo científico publicado en 2010

Cloud computing for genomic data analysis and collaboration

artículo científico publicado en 2018

Cloud-scale RNA-sequencing differential expression analysis with Myrna

artículo científico publicado en 2010

Dashing: fast and accurate genomic distances with HyperLogLog

artículo científico publicado en 2019

Efficient taxa identification using a pangenome index

artículo científico publicado en 2023

FORGe: prioritizing variants for graph genomes

Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 ⬇️

artículo científico publicado el 4 de marzo de 2012

Flexible expressed region analysis for RNA-seq with derfinder

artículo científico publicado en 2016

Flexible expressed region analysis for RNA-seq with derfinder

scholarly article published 19 February 2015

HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements

artículo científico publicado en 2015

Human splicing diversity across the Sequence Read Archive

artículo científico publicado en 2016

Human splicing diversity and the extent of unannotated splice junctions across human RNA-seq samples on the Sequence Read Archive

artículo científico publicado en 2016

Improved metagenomic analysis with Kraken 2

scientific article published on 28 November 2019

Large-scale hypomethylated blocks associated with Epstein-Barr virus-induced B-cell immortalization

scientific article published on 25 September 2013

Polyester: simulating RNA-seq datasets with differential transcript expression

artículo científico publicado en 2015

Rail-RNA: Scalable analysis of RNA-seq splicing and coverage

artículo científico publicado en 2015

Rail-RNA: scalable analysis of RNA-seq splicing and coverage

artículo científico publicado en 2016

Rail-dbGaP: analyzing dbGaP-protected data in the cloud with Amazon Elastic MapReduce

artículo científico publicado en 2016

Rail-dbGaP: analyzing dbGaP-protected data in the cloud with Amazon Elastic MapReduce

artículo científico publicado en 2015

ReCount: a multi-experiment resource of analysis-ready RNA-seq gene count datasets

artículo científico publicado en 2011

Recounting the FANTOM CAGEAssociated Transcriptome

scientific article published on 20 February 2020

Reference flow: reducing reference bias using multiple population genomes

scientific article published on 04 January 2021

Reversible switching between epigenetic states in honeybee behavioral subcastes

artículo científico publicado en 2012

Searching for SNPs with cloud computing

artículo científico publicado en 2009

Snaptron: querying splicing patterns across tens of thousands of RNA-seq samples

artículo científico publicado en 2017

The DNA Data Deluge: Fast, efficient genome sequencing machines are spewing out more data than geneticists can analyze

artículo científico publicado en 2013

Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome

artículo científico publicado en 2009

Widespread splicing of repetitive element loci into coding regions of gene transcripts

artículo científico publicado en 2016

recount3: summaries and queries for large-scale RNA-seq expression and splicing

scientific article published on 29 November 2021

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