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Lista de obras de John-Marc Chandonia

ANDY: a general, fault-tolerant tool for database searching on computer clusters

artículo científico publicado en 2006

Bacterial Interactomes: Interacting Protein Partners Share Similar Function and Are Validated in Independent Assays More Frequently Than Previously Reported

scientific journal article

CORAL: A framework for rigorous self-validated data modeling and integrative, reproducible data analysis

artículo científico publicado en 2022

Comparative mapping of sequence-based and structure-based protein domains

artículo científico publicado en 2005

Correction for Vangay et al., “Microbiome Metadata Standards: Report of the National Microbiome Data Collaborative’s Workshop and Follow-On Activities”

artículo científico publicado en 2021

Ecogenomics of Groundwater Phages Suggests Niche Differentiation Linked to Specific Environmental Tolerance

artículo científico publicado en 2021

Generalized schemes for high-throughput manipulation of the Desulfovibrio vulgaris genome

artículo científico publicado en 2011

High-resolution autoreactive epitope mapping and structural modeling of the 65 kDa form of human glutamic acid decarboxylase

artículo científico publicado en 1999

High-throughput isolation and characterization of untagged membrane protein complexes: outer membrane complexes of Desulfovibrio vulgaris

artículo científico publicado en 2012

Implications of structural genomics target selection strategies: Pfam5000, whole genome, and random approaches

artículo científico publicado en 2005

KBase: The United States Department of Energy Systems Biology Knowledgebase

article

Large Circular Plasmids from Groundwater Plasmidomes Span Multiple Incompatibility Groups and Are Enriched in Multimetal Resistance Genes

article

Lessons from the CAGI-4 Hopkins clinical panel challenge

artículo científico publicado en 2017

Microbiome Metadata Standards: Report of the National Microbiome Data Collaborative’s Workshop and Follow-On Activities

artículo científico publicado en 2021

NMR structure of the N-terminal domain of the replication initiator protein DnaA

artículo científico publicado en 2007

Neural networks for secondary structure and structural class predictions.

artículo científico publicado en 1995

New local potential useful for genome annotation and 3D modeling

artículo científico publicado en 2003

Quantitative Tagless Copurification: A Method to Validate and Identify Protein-Protein Interactions

scientific journal article

SCOPe: Manual Curation and Artifact Removal in the Structural Classification of Proteins - extended Database

artículo científico publicado en 2016

SCOPe: Structural Classification of Proteins--extended, integrating SCOP and ASTRAL data and classification of new structures

artículo científico publicado en 2013

SCOPe: classification of large macromolecular structures in the structural classification of proteins-extended database

scholarly article by John-Marc Chandonia et al published 8 January 2019 in Nucleic Acids Research

SCOPe: improvements to the structural classification of proteins - extended database to facilitate variant interpretation and machine learning

artículo científico publicado en 2022

StrBioLib: a Java library for development of custom computational structural biology applications.

artículo científico publicado en 2007

Structural genomics and structural biology: compare and contrast

artículo científico publicado en 2004

Structural genomics of minimal organisms and protein fold space

artículo científico publicado en 2005

Structural proteomics of minimal organisms: conservation of protein fold usage and evolutionary implications

artículo científico publicado en 2006

Survey of large protein complexes in D. vulgaris reveals great structural diversity

scholarly article

Target selection and deselection at the Berkeley Structural Genomics Center

artículo científico publicado en 2006

Temporal Dynamics of In-Field Bioreactor Populations Reflect the Groundwater System and Respond Predictably to Perturbation.

artículo científico publicado en 2017

The Sorcerer II Global Ocean Sampling expedition: expanding the universe of protein families

artículo científico publicado en 2007

The impact of structural genomics: expectations and outcomes

artículo científico publicado en 2006

The value of protein structure classification information-Surveying the scientific literature.

artículo científico publicado en 2015

Towards a rigorous network of protein-protein interactions of the model sulfate reducer Desulfovibrio vulgaris Hildenborough

artículo científico publicado en 2011

WIST: toolkit for rapid, customized LIMS development ⬇️

artículo científico publicado el 21 de enero de 2011

WebLogo: A Sequence Logo Generator

artículo científico publicado en 2004

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