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Lista de obras de Sebastian Bonhoeffer

A combined within-host and between-hosts modelling framework for the evolution of resistance to antimalarial drugs

artículo científico publicado en 2016

A random walk from the cello to the lab

A stochastic model for primary HIV infection: optimal timing of therapy.

artículo científico publicado en 1999

A systems analysis of mutational effects in HIV-1 protease and reverse transcriptase

article

African descent is associated with slower CD4 cell count decline in treatment-naive patients of the Swiss HIV Cohort Study

artículo científico publicado en 2009

Ambiguous nucleotide calls from population-based sequencing of HIV-1 are a marker for viral diversity and the age of infection

artículo científico publicado en 2011

An antigenic threshold for maintaining human immunodeficiency virus type 1-specific cytotoxic T lymphocytes.

artículo científico publicado en 2000

An evolutionary perspective on the systems of adaptive immunity.

artículo científico publicado en 2017

An evolutionary scenario for the transition to undifferentiated multicellularity

artículo científico publicado en 2003

Analysis of total human immunodeficiency virus (HIV)-specific CD4(+) and CD8(+) T-cell responses: relationship to viral load in untreated HIV infection

artículo científico publicado en 2001

Antagonism between bacteriostatic and bactericidal antibiotics is prevalent

artículo científico publicado en 2014

Anti-viral drug treatment: dynamics of resistance in free virus and infected cell populations

artículo científico publicado en 1997

Antibacterial effects of antiretrovirals, potential implications for microbiome studies in HIV.

artículo científico publicado en 2017

Antibiotic Resistance Detection Is Essential For Gonorrhoea Point-Of-Care Testing: A Mathematical Modelling Study

scholarly article published 10 April 2017

Antibiotic-Resistant Neisseria gonorrhoeae Spread Faster with More Treatment, Not More Sexual Partners

artículo científico publicado en 2016

Antibiotic-resistant Neisseria gonorrhoeae spread faster with more treatment, not more sexual partners

scholarly article published 24 October 2015

Antibiotic-resistant Neisseria gonorrhoeae spread faster with more treatment, not more sexual partners

scholarly article published 24 October 2015

Assessing predicted HIV-1 replicative capacity in a clinical setting

artículo científico publicado en 2011

Assessing the impact of adherence to anti-retroviral therapy on treatment failure and resistance evolution in HIV.

artículo científico publicado en 2012

Assessing the public health impact of tolerance-based therapies with mathematical models.

artículo científico publicado en 2018

Bacterial growth properties at low optical densities.

artículo científico publicado en 2009

Birth–death skyline plot reveals temporal changes of epidemic spread in HIV and hepatitis C virus (HCV) ⬇️

artículo científico publicado el 17 de diciembre de 2012

CCTTT-repeat polymorphism of the inducible nitric oxide synthase is not associated with HIV pathogenesis

article

Can High-Risk Fungicides be Used in Mixtures Without Selecting for Fungicide Resistance?

Can live attenuated virus work as post-exposure treatment?

artículo científico publicado en 1995

Cancer-Induced Immunosuppression can enable Effectiveness of Immunotherapy through Bistability Generation: a mathematical and computational Examination

Causes of HIV diversity

artículo científico publicado en 1995

Clonal dominance and transplantation dynamics in hematopoietic stem cell compartments

artículo científico publicado en 2017

Compensation of fitness costs and reversibility of antibiotic resistance mutations

artículo científico publicado en 2010

Contribution of peaks of virus load to simian immunodeficiency virus pathogenesis

artículo científico publicado en 2002

Contribution of recombination to the evolutionary history of HIV.

artículo científico

Cooperation and competition in the evolution of ATP-producing pathways

artículo científico publicado en 2001

Corrigendum to “Weighting for sex acts to understand the spread of STI on networks” [J. Theor. Biol. 311 (2012) 46–53]

scholarly article published in Journal of Theoretical Biology

Cycling empirical antibiotic therapy in hospitals: meta-analysis and models

artículo científico publicado en 2014

Death and population dynamics affect mutation rate estimates and evolvability under stress in bacteria

article

Death and population dynamics affect mutation rate estimates and evolvability under stress in bacteria.

artículo científico publicado en 2018

Decay kinetics of human immunodeficiency virus-specific effector cytotoxic T lymphocytes after combination antiretroviral therapy.

artículo científico publicado en 1999

Decelerating decay of latently infected cells during prolonged therapy for human immunodeficiency virus type 1 infection

artículo científico publicado en 2002

Detection of antibiotic resistance is essential for gonorrhoea point-of-care testing: a mathematical modelling study

artículo científico publicado en 2017

Developing smarter host mixtures to control plant disease

article

Dissecting HIV Virulence: Heritability of Setpoint Viral Load, CD4+ T-Cell Decline, and Per-Parasite Pathogenicity

artículo científico publicado en 2018

Dose-dependent infection rates of parasites produce the Allee effect in epidemiology

artículo científico publicado en 2002

Dynamic variation in cycling of hematopoietic stem cells in steady state and inflammation

artículo científico publicado en 2011

Ecological effects of stress drive bacterial evolvability under sub-inhibitory antibiotic treatments

artículo científico publicado en 2022

Effect of varying epistasis on the evolution of recombination

artículo científico publicado en 2006

Effective polyploidy causes phenotypic delay and influences bacterial evolvability

Effective polyploidy causes phenotypic delay and influences bacterial evolvability.

artículo científico publicado en 2018

Eight challenges in phylodynamic inference.

artículo científico publicado en 2014

Emergence of Resistance to Fungicides: The Role of Fungicide Dose

artículo científico publicado en 2017

Emergence of drug-resistant influenza virus: population dynamical considerations.

artículo científico publicado en 2006

Emergence of minor populations of human immunodeficiency virus type 1 carrying the M184V and L90M mutations in subjects undergoing structured treatment interruptions

artículo científico publicado en 2003

Entry and transcription as key determinants of differences in CD4 T-cell permissiveness to human immunodeficiency virus type 1 infection.

artículo científico publicado en 2004

Epistasis and Pleiotropy Affect the Modularity of the Genotype-Phenotype Map of Cross-Resistance in HIV-1

artículo científico publicado en 2016

Epistasis between deleterious mutations and the evolution of recombination

artículo científico publicado en 2007

Epitope down-modulation as a mechanism for the coexistence of competing T-cells

artículo científico publicado en 2004

Error Thresholds on Correlated Fitness Landscapes

Estimating seroprevalence with imperfect serological tests: exploiting cutoff-free approaches

scientific article published on 01 May 2020

Estimating the basic reproductive number from viral sequence data.

artículo científico publicado en 2011

Estimating the fitness cost of escape from HLA presentation in HIV-1 protease and reverse transcriptase.

artículo científico publicado en 2012

Estimating the stoichiometry of human immunodeficiency virus entry

artículo científico publicado en 2008

Evaluating treatment protocols to prevent antibiotic resistance

artículo científico publicado en 1997

Evidence for Positive Epistasis in HIV-1

artículo científico publicado en 2004

Evolution and emergence of infectious diseases in theoretical and real-world networks

artículo científico publicado en 2015

Evolution of complexity in signaling pathways

artículo científico publicado en 2006

Evolution of cooperation by generalized reciprocity

article

Evolution of cross-feeding in microbial populations

artículo científico publicado en 2004

Evolution of drug resistance in malaria parasites

scholarly article by Mathieu Legros & Sebastian Bonhoeffer published 2012 in Malaria Journal

Evolution of stress response in the face of unreliable environmental signals

artículo científico publicado en 2012

Evolution of virulence in a heterogeneous host population

artículo científico publicado en 2000

Evolutionary rescue: linking theory for conservation and medicine

artículo científico publicado en 2014

Experimental tests for an evolutionary trade-off between growth rate and yield in E. coli.

artículo científico publicado en 2006

Explaining "linguistic features" of noncoding DNA.

artículo científico publicado en 1996

Exploring the complexity of the HIV-1 fitness landscape

artículo científico publicado en 2012

Fixation probability of mobile genetic elements such as plasmids

article

From "What Is?" to "What Isn't?" Computational Biology

artículo científico publicado en 2015

Glancing behind virus load variation in HIV-1 infection

artículo científico publicado en 2003

Global trends in antimicrobial resistance in animals in low- and middle-income countries

scientific article published on 01 September 2019

Guanine-adenine bias: a general property of retroid viruses that is unrelated to host-induced hypermutation

artículo científico publicado en 2005

HIV coreceptor usage and drug treatment

artículo científico publicado en 2002

HIV replication elicits little cytopathic effects in vivo: analysis of surrogate markers for virus production, cytotoxic T cell response and infected cell death

artículo científico publicado en 2006

HIV results in the frame

scientific article published in Nature

HIV-1 antigen-specific and -nonspecific B cell responses are sensitive to combination antiretroviral therapy

artículo científico publicado en 1998

HIV-1 evolution and disease progression.

artículo científico publicado en 1996

HIV-1-specific immune responses in subjects who temporarily contain virus replication after discontinuation of highly active antiretroviral therapy

artículo científico publicado en 1999

High Frequency of Cytomegalovirus‐Specific Cytotoxic T‐Effector Cells in HLA‐A*0201–Positive Subjects during Multiple Viral Coinfections

article

High epitope expression levels increase competition between T cells

artículo científico publicado en 2006

High heritability is compatible with the broad distribution of set point viral load in HIV carriers

artículo científico publicado en 2015

Host population structure impedes reversion to drug sensitivity after discontinuation of treatment

artículo científico publicado en 2017

How Good Are Statistical Models at Approximating Complex Fitness Landscapes?

artículo científico publicado en 2016

Human immunodeficiency virus drug therapy and virus load.

artículo científico publicado en 1997

Human immunodeficiency virus type 1 fitness is a determining factor in viral rebound and set point in chronic infection

artículo científico publicado en 2003

Humoral immunity to HIV-1: kinetics of antibody responses in chronic infection reflects capacity of immune system to improve viral set point

artículo científico publicado en 2004

Increase in antimicrobial resistance in <i>Escherichia coli</i> in food animals between 1980 and 2018 assessed using genomes from public databases

artículo científico publicado en 2021

Inference of epidemiological dynamics based on simulated phylogenies using birth-death and coalescent models

artículo científico publicado en 2014

Inferring epidemic contact structure from phylogenetic trees

artículo científico publicado en 2012

Influence of recombination on acquisition and reversion of immune escape and compensatory mutations in HIV-1.

artículo científico publicado en 2015

Informed switching strongly decreases the prevalence of antibiotic resistance in hospital wards

artículo científico publicado en 2011

Interchromatid and interhomolog recombination in Arabidopsis thaliana

artículo científico publicado en 2004

Intra-host versus inter-host selection: viral strategies of immune function impairment

artículo científico publicado en 1994

Invasiveness of plant pathogens depends on the spatial scale of host distribution

article

Is antimicrobial resistance evolution accelerating?

artículo científico publicado en 2020

Long-term trends of HIV type 1 drug resistance prevalence among antiretroviral treatment-experienced patients in Switzerland

artículo científico publicado en 2009

Mathematical approaches in the study of viral kinetics and drug resistance in HIV-1 infection

artículo científico publicado en 2003

Metabolically cohesive microbial consortia and ecosystem functioning

artículo científico publicado en 2020

Modeling antibiotic treatment in hospitals: A systematic approach shows benefits of combination therapy over cycling, mixing, and mono-drug therapies

artículo científico publicado en 2017

Modeling antimicrobial cycling and mixing: Differences arising from an individual-based versus a population-based perspective

artículo científico publicado en 2017

Modelling cytomegalovirus replication patterns in the human host: factors important for pathogenesis

artículo científico publicado en 2006

Models of viral kinetics and drug resistance in HIV-1 infection

artículo científico publicado en 1998

Molecular epidemiology reveals long-term changes in HIV type 1 subtype B transmission in Switzerland

artículo científico publicado en 2010

Molecular tracking of an Human Immunodeficiency Virus nef specific cytotoxic T-cell clone shows persistence of clone-specific T-cell receptor DNA but not mRNA following early combination antiretroviral therapy

artículo científico publicado en 1999

Mutation accumulation in space and the maintenance of sexual reproduction

scientific article published in 2006

Nested model reveals potential amplification of an HIV epidemic due to drug resistance.

artículo científico publicado en 2012

Neutral drift and polymorphism in gene-for-gene systems

article

No Signs of Hidden Language in Noncoding DNA

artículo científico publicado en 1996

On being the right size: the impact of population size and stochastic effects on the evolution of drug resistance in hospitals and the community

artículo científico publicado en 2011

On the causes of selection for recombination underlying the red queen hypothesis

artículo científico publicado en 2009

On the evolution of sexual reproduction in hosts coevolving with multiple parasites

artículo científico publicado en 2010

On the role of resonance in drug failure under HIV treatment interruption

artículo científico publicado en 2013

Passive infusion of immune serum into simian immunodeficiency virus-infected rhesus macaques undergoing a rapid disease course has minimal effect on plasma viremia

artículo científico publicado en 2000

Persistence of transmitted HIV-1 drug resistance mutations associated with fitness costs and viral genetic backgrounds

artículo científico publicado en 2015

Phenotypic changes in drug susceptibility associated with failure of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) triple combination therapy

artículo científico publicado en 1999

Phylogenetic approach reveals that virus genotype largely determines HIV set-point viral load

artículo científico publicado en 2010

Plasmid- and strain-specific factors drive variation in ESBL-plasmid spread in vitro and in vivo

scientific article published on 04 November 2020

Plasmids and evolutionary rescue by drug resistance

artículo científico publicado en 2014

Population Biology, Evolution, and Infectious Disease: Convergence and Synthesis

artículo científico publicado en 1999

Population Heterogeneity in Mutation Rate Increases the Frequency of Higher-Order Mutants and Reduces Long-Term Mutational Load.

artículo científico publicado en 2016

Population biological principles of drug-resistance evolution in infectious diseases

scientific article published on March 2011

Population heterogeneity in mutation rate increases mean fitness and the frequency of higher order mutants

Potential Pitfalls in Estimating Viral Load Heritability

artículo científico publicado en 2016

Potential pitfalls in estimating viral load heritability

article

Practical considerations for measuring the effective reproductive number, Rt

artículo científico publicado en 2020

Pre-existence and emergence of drug resistance in HIV-1 infection

artículo científico publicado en 1997

Pre-existence and emergence of drug resistance in a generalized model of intra-host viral dynamics.

artículo científico publicado en 2012

Predicting the evolution of sex on complex fitness landscapes

artículo científico publicado en 2009

Principal component analysis of general patterns of HIV-1 replicative fitness in different drug environments.

artículo científico publicado en 2010

Procedures for reliable estimation of viral fitness from time-series data.

artículo científico publicado en 2002

Production of resistant HIV mutants during antiretroviral therapy

artículo científico publicado en 2000

Quantification of cell turnover kinetics using 5-bromo-2'-deoxyuridine

artículo científico publicado en 2000

Quantification of in vivo replicative capacity of HIV-1 in different compartments of infected cells

artículo científico publicado en 2001

Quantification of infectious HIV-1 plasma viral load using a boosted in vitro infection protocol

artículo científico publicado en 2004

Quantifying the fitness cost of HIV-1 drug resistance mutations through phylodynamics

artículo científico publicado en 2018

Quantitation of HIV-1-Specific Cytotoxic T Lymphocytes and Plasma Load of Viral RNA

artículo científico publicado en 1998

Quantitative constraints on the scope of negative selection

artículo científico publicado en 2003

RNA multi-structure landscapes. A study based on temperature dependent partition functions

artículo científico publicado en 1993

Rapid clearance of simian immunodeficiency virus particles from plasma of rhesus macaques

artículo científico publicado en 1999

Rapid parasite adaptation drives selection for high recombination rates

artículo científico publicado en 2007

Rapid production and clearance of HIV-1 and hepatitis C virus assessed by large volume plasma apheresis

artículo científico publicado en 1999

Rapid turnover of T lymphocytes in SIV-infected rhesus macaques

artículo científico publicado en 1998

Rapid viral decay in simian immunodeficiency virus-infected macaques receiving quadruple antiretroviral therapy

artículo científico publicado en 2006

Recombination accelerates adaptation on a large-scale empirical fitness landscape in HIV-1

artículo científico publicado en 2014

Recombination and drug resistance in HIV: Population dynamics and stochasticity

article

Recombination in HIV and the evolution of drug resistance: for better or for worse?

artículo científico publicado en 2004

Red Queen dynamics with non-standard fitness interactions

artículo científico publicado en 2009

Reducing antimicrobial use in food animals

artículo científico publicado en 2017

Research on infectious disease dynamics. Introduction

article

Residual viral replication during antiretroviral therapy boosts human immunodeficiency virus type 1-specific CD8+ T-cell responses in subjects treated early after infection

artículo científico publicado en 2002

Resistance to antimicrobial chemotherapy: a prescription for research and action

artículo científico publicado en 1998

Response to Bandeira and Faro: Closing the circle of constraints ⬇️

artículo científico publicado el 1 de abril de 2003

Response to Comment on "Evidence for Positive Epistasis in HIV-1"

artículo científico publicado en 2006

Reversing resistance: different routes and common themes across pathogens.

artículo científico publicado en 2017

Risks and benefits of structured antiretroviral drug therapy interruptions in HIV-1 infection.

artículo científico publicado en 2000

Robustness of cooperation

Rotating antibiotics does not minimize selection for resistance

artículo científico publicado en 2010

Sex and gender in infection and immunity: addressing the bottlenecks from basic science to public health and clinical applications

artículo científico publicado en 2023

Short Communication: HIV Type 2 Dynamics

article

Short-term activity cycles impede information transmission in ant colonies

artículo científico publicado en 2017

Signal transduction networks: topology, response and biochemical processes

artículo científico publicado en 2005

Simulating the evolution of signal transduction pathways

Social meets molecular: Combining phylogenetic and latent class analyses to understand HIV-1 transmission in Switzerland

artículo científico publicado en 2014

Spatial games and the maintenance of cooperation

artículo científico publicado en 1994

Spatial heterogeneity in drug concentrations can facilitate the emergence of resistance to cancer therapy ⬇️

artículo científico publicado en 2015

Spatial models of virus-immune dynamics

artículo científico publicado en 2004

Stable virulence levels in the HIV epidemic of Switzerland over two decades

article

Stochastic interplay between mutation and recombination during the acquisition of drug resistance mutations in human immunodeficiency virus type 1

artículo científico publicado en 2005

Stochastic or deterministic: what is the effective population size of HIV-1?

artículo científico publicado en 2006

Structured antiretroviral treatment interruptions in chronically HIV-1-infected subjects

artículo científico publicado en 2001

Temporal analyses of virus replication, immune responses, and efficacy in rhesus macaques immunized with a live, attenuated simian immunodeficiency virus vaccine.

artículo científico publicado en 1998

The Effect of Multifunctionality on the Rate of Evolution in Yeast

artículo científico publicado en 2005

The HIV coreceptor switch: a population dynamical perspective

artículo científico publicado en 2005

The Red Queen and the persistence of linkage-disequilibrium oscillations in finite and infinite populations

artículo científico publicado en 2007

The Role of Adherence and Retreatment in De Novo Emergence of MDR-TB

artículo científico publicado en 2016

The curse of the pharaoh: the evolution of virulence in pathogens with long living propagules

artículo científico publicado en 1996

The effect of opinion clustering on disease outbreaks

artículo científico publicado en 2008

The effect of population structure on the emergence of drug resistance during influenza pandemics.

artículo científico publicado en 2007

The evolution of connectivity in metabolic networks

artículo científico publicado en 2005

The evolution of groups of cooperating bacteria and the growth rate versus yield trade-off

artículo científico publicado en 2005

The evolution of network topology by selective removal

artículo científico publicado en 2005

The frequency of resistant mutant virus before antiviral therapy

artículo científico publicado en 1998

The path of least resistance: aggressive or moderate treatment?

artículo científico publicado en 2014

The role of epistasis on the evolution of recombination in host-parasite coevolution

artículo científico publicado en 2008

The role of migration and domestic transmission in the spread of HIV-1 non-B subtypes in Switzerland

artículo científico publicado en 2011

The role of recombination for the coevolutionary dynamics of HIV and the immune response

artículo científico publicado en 2011

The state of affairs in the kingdom of the Red Queen

artículo científico publicado en 2008

The virological and immunological consequences of structured treatment interruptions in chronic HIV-1 infection

artículo científico publicado en 2001

Uncovering epidemiological dynamics in heterogeneous host populations using phylogenetic methods ⬇️

artículo científico publicado el 4 de febrero de 2013

Using an epidemiological model for phylogenetic inference reveals density dependence in HIV transmission

artículo científico publicado en 2014

Viral dynamics and in vivo fitness of HIV-1 in the presence and absence of enfuvirtide

artículo científico publicado en 2008

Viral dynamics in hepatitis B virus infection

artículo científico publicado en 1996

Viral dynamics in human immunodeficiency virus type 1 infection

artículo científico publicado en 1995

Viral dynamics in vivo: limitations on estimates of intracellular delay and virus decay

artículo científico publicado en 1996

Virulence and pathogenesis of HIV-1 infection: an evolutionary perspective

artículo científico publicado en 2014

Virus dynamics and drug therapy

artículo científico publicado en 1997

Virus evolution: the importance of being erroneous

artículo científico publicado en 2002

Virus load and antigenic diversity

artículo científico publicado en 1997

Virus-induced target cell activation reconciles set-point viral load heritability and within-host evolution

artículo científico publicado en 2013

Virus-induced target cell activation reconciles set-point viral load heritability and within-host evolution

scholarly article published by Sebastian Bonhoeffer in 2014

Weighting for sex acts to understand the spread of STI on networks

artículo científico publicado en 2012

Why There Are No Essential Genes on Plasmids

article

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