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Lista de obras de Frank Oliver Glöckner

16S rRNA-targeted oligonucleotide probes for the in situ detection of members of the phylum Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides

artículo científico publicado en 2000

25 years of serving the community with ribosomal RNA gene reference databases and tools

artículo científico publicado en 2017

A DNA microarray platform based on direct detection of rRNA for characterization of freshwater sediment-related prokaryotic communities

artículo científico publicado en 2006

A comprehensive fungi-specific 18S rRNA gene sequence primer toolkit suited for diverse research issues and sequencing platforms

article

A conspicuous nickel protein in microbial mats that oxidize methane anaerobically

artículo científico publicado en 2003

A generally applicable lightweight method for calculating a value structure for tools and services in bioinformatics infrastructure projects.

artículo científico publicado en 2017

A phylogenetic framework for the kingdom Fungi based on 18S rRNA gene sequences

artículo científico publicado en 2017

A standard MIGS/MIMS compliant XML Schema: toward the development of the Genomic Contextual Data Markup Language (GCDML).

artículo científico publicado en 2008

A standard operating procedure for phylogenetic inference (SOPPI) using (rRNA) marker genes

artículo científico publicado en 2008

Achromatium

artículo científico publicado en 2015

An Information System for European culture collections: the way forward

artículo científico publicado en 2016

An open-source GIS-enabled lookup service for Nagoya Protocol party information

artículo científico publicado en 2020

Anaerobic degradation of ethylbenzene by a new type of marine sulfate-reducing bacterium

artículo científico publicado en 2003

Analysis of 23S rRNA genes in metagenomes - a case study from the Global Ocean Sampling Expedition

artículo científico publicado en 2011

Analysis of N-acetylglucosamine metabolism in the marine bacterium Pirellula sp. strain 1 by a proteomic approach

artículo científico publicado en 2002

Analysis of bacterial communities in a municipal duck pond during a phytoplankton bloom and isolation of Anatilimnocola aggregata, Lacipirellula limnantha and Urbifossiella limnaia belonging to the phylum Planctomycetes

scientific article published on 16 December 2020

Application and validation of DNA microarrays for the 16S rRNA-based analysis of marine bacterioplankton.

artículo científico publicado en 2004

Application of tetranucleotide frequencies for the assignment of genomic fragments

artículo científico publicado en 2004

Applying graph theoretic approaches to microbial metagenomes

Archaea-like genes for C1-transfer enzymes in Planctomycetes: phylogenetic implications of their unexpected presence in this phylum

artículo científico publicado en 2004

Author Correction: Surface properties of SAR11 bacteria facilitate grazing avoidance

artículo científico publicado en 2017

Bacterioplankton compositions of lakes and oceans: a first comparison based on fluorescence in situ hybridization.

artículo científico publicado en 1999

CDinFusion--submission-ready, on-line integration of sequence and contextual data

artículo científico publicado en 2011

Candidatus Desulfofervidus auxilii, a hydrogenotrophic sulfate-reducing bacterium involved in the thermophilic anaerobic oxidation of methane

artículo científico publicado en 2016

Cell surface proteome of the marine planctomycete Rhodopirellula baltica

artículo científico publicado en 2012

Characterisation of non-autoinducing tropodithietic Acid (TDA) production from marine sponge Pseudovibrio species.

artículo científico publicado en 2014

Characterization of Planctomyces limnophilus and development of genetic tools for its manipulation establish it as a model species for the phylum Planctomycetes

artículo científico publicado en 2011

Characterization of a marine gammaproteobacterium capable of aerobic anoxygenic photosynthesis

artículo científico publicado en 2007

Clustered genes related to sulfate respiration in uncultured prokaryotes support the theory of their concomitant horizontal transfer

artículo científico publicado en 2005

Comparative 16S rRNA analysis of lake bacterioplankton reveals globally distributed phylogenetic clusters including an abundant group of actinobacteria

artículo científico publicado en 2000

Comparative Genomic Analysis Reveals a Diverse Repertoire of Genes Involved in Prokaryote-Eukaryote Interactions within the Pseudovibrio Genus

artículo científico publicado en 2016

Comparative genome analysis of four magnetotactic bacteria reveals a complex set of group-specific genes implicated in magnetosome biomineralization and function

artículo científico publicado en 2007

Comparative sequence analysis and oligonucleotide probe design based on 23S rRNA genes of Alphaproteobacteria from North Sea bacterioplankton

artículo científico publicado en 2004

Complete genome sequence of Marinobacter adhaerens type strain (HP15), a diatom-interacting marine microorganism ⬇️

artículo científico publicado el 28 de septiembre de 2010

Complete genome sequence of the marine planctomycete Pirellula sp. strain 1

artículo científico publicado en 2003

Correction to: A comprehensive fungi-specific 18S rRNA gene sequence primer toolkit suited for diverse research issues and sequencing platforms

scientific article published on 08 November 2019

Corrigendum: Minimum information about a single amplified genome (MISAG) and a metagenome-assembled genome (MIMAG) of bacteria and archaea

artículo científico publicado en 2018

Corrigendum: Minimum information about a single amplified genome (MISAG) and a metagenome-assembled genome (MIMAG) of bacteria and archaea

article

Culturability and In situ abundance of pelagic bacteria from the North Sea

artículo científico publicado en 2000

Current opportunities and challenges in microbial metagenome analysis--a bioinformatic perspective

artículo científico publicado en 2012

Data shopping in an open marketplace: Introducing the Ontogrator web application for marking up data using ontologies and browsing using facets

artículo científico publicado en 2011

Decoding the ocean's microbiological secrets for marine enzyme biodiscovery

artículo científico publicado en 2019

Designing the MIRRI information system

Detailed proteome analysis of growing cells of the planctomycete Rhodopirellula baltica SH1T.

artículo científico publicado en 2008

Determinants and Prediction of Esterase Substrate Promiscuity Patterns.

artículo científico publicado en 2017

Dethiosulfovibrio russensis sp. nov., Dethosulfovibrio marinus sp. nov. and Dethosulfovibrio acidaminovorans sp. nov., novel anaerobic, thiosulfate- and sulfur-reducing bacteria isolated from 'Thiodendron' sulfur mats in different saline environment

artículo científico publicado en 2001

Diversity and activity of marine bacterioplankton during a diatom bloom in the North Sea assessed by total RNA and pyrotag sequencing

artículo científico publicado en 2014

Ecogenomic perspectives on domains of unknown function: correlation-based exploration of marine metagenomes

artículo científico publicado en 2013

Ecogenomics and genome landscapes of marine Pseudoalteromonas phage H105/1

artículo científico publicado en 2010

Ecological structuring of bacterial and archaeal taxa in surface ocean waters

artículo científico publicado en 2012

Enriching public descriptions of marine phages using the Genomic Standards Consortium MIGS standard

artículo científico

Evaluation of gene expression analysis using RNA-targeted partial genome arrays

artículo científico

Evaluation of general 16S ribosomal RNA gene PCR primers for classical and next-generation sequencing-based diversity studies

artículo científico publicado en 2012

Evaluation of the phylogenetic position of the planctomycete 'Rhodopirellula baltica' SH 1 by means of concatenated ribosomal protein sequences, DNA-directed RNA polymerase subunit sequences and whole genome trees

artículo científico publicado en 2004

Expanding the World of Marine Bacterial and Archaeal Clades

artículo científico publicado en 2015

Expression of sulfatases in Rhodopirellula baltica and the diversity of sulfatases in the genus Rhodopirellula.

artículo científico publicado en 2012

FAIR data in meta-omics research: Using the MOD-CO schema to describe structural and operational elements of workflows from field to publication

artículo científico publicado en 2019

Fast and accurate average genome size and 16S rRNA gene average copy number computation in metagenomic data

scientific article published on 05 September 2019

FastaValidator: an open-source Java library to parse and validate FASTA formatted sequences

artículo científico publicado en 2014

Fine-scale evolution: genomic, phenotypic and ecological differentiation in two coexisting Salinibacter ruber strains

artículo científico publicado en 2010

Fosmids of novel marine Planctomycetes from the Namibian and Oregon coast upwelling systems and their cross-comparison with planctomycete genomes.

artículo científico publicado en 2007

Genetic diversity of Rhodopirellula strains

artículo científico publicado en 2013

Genome and physiology of a model Epsilonproteobacterium responsible for sulfide detoxification in marine oxygen depletion zones

artículo científico publicado en 2011

Genome and proteome characterization of the psychrophilic Flavobacterium bacteriophage 11b.

artículo científico publicado en 2006

Genome sequence of Desulfobacterium autotrophicum HRM2, a marine sulfate reducer oxidizing organic carbon completely to carbon dioxide

artículo científico publicado en 2009

Genomic Standards Consortium Projects

article

Genomic characterization of filamentous phage vB_VpaI_VP-3218, an inducible prophage of Vibrio parahaemolyticus

scientific article published on 11 March 2020

Genomic content of uncultured Bacteroidetes from contrasting oceanic provinces in the North Atlantic Ocean

artículo científico publicado en 2011

Genomic encyclopedia of bacteria and archaea: sequencing a myriad of type strains

artículo científico publicado en 2014

Genomic standards consortium projects

artículo científico publicado en 2014

Genomics in marine monitoring: new opportunities for assessing marine health status

artículo científico publicado en 2013

Graphical representation of ribosomal RNA probe accessibility data using ARB software package

artículo científico publicado en 2005

Habitat and taxon as driving forces of carbohydrate catabolism in marine heterotrophic bacteria: example of the model algae-associated bacterium Zobellia galactanivorans DsijT.

artículo científico publicado en 2016

Halorhabdus tiamatea: proteogenomics and glycosidase activity measurements identify the first cultivated euryarchaeon from a deep-sea anoxic brine lake as potential polysaccharide degrader

artículo científico publicado en 2014

Highly enantioselective sec-alkyl sulfatase activity of the marine planctomycete Rhodopirellula baltica shows retention of configuration

scientific article published on 01 October 2005

Identification of Habitat-Specific Biomes of Aquatic Fungal Communities Using a Comprehensive Nearly Full-Length 18S rRNA Dataset Enriched with Contextual Data

artículo científico publicado en 2015

Identification of planctomycetes with order-, genus-, and strain-specific 16S rRNA-targeted probes

artículo científico publicado en 2004

Identification of proteins likely to be involved in morphogenesis, cell division, and signal transduction in Planctomycetes by comparative genomics

artículo científico publicado en 2012

Insights into the genome of large sulfur bacteria revealed by analysis of single filaments

artículo científico publicado en 2007

Insights into the genomes of archaea mediating the anaerobic oxidation of methane

artículo científico publicado en 2005

Isolation of novel pelagic bacteria from the German bight and their seasonal contributions to surface picoplankton

artículo científico publicado en 2001

JCoast - a biologist-centric software tool for data mining and comparison of prokaryotic (meta)genomes

artículo científico publicado en 2008

JSpeciesWS: a web server for prokaryotic species circumscription based on pairwise genome comparison.

artículo científico publicado en 2015

Laying the foundation for a Genomic Rosetta Stone: creating information hubs through the use of consensus identifiers

artículo científico

Life cycle analysis of the model organism Rhodopirellula baltica SH 1(T) by transcriptome studies

artículo científico publicado en 2010

Mainstreaming Molecular Biodiversity: A call for a unified and interoperable framework

artículo científico publicado en 2019

Marine microbial biodiversity, bioinformatics and biotechnology (M2B3) data reporting and service standards

artículo científico publicado en 2015

Marine microbial genomics in Europe: current status and perspectives

artículo científico publicado en 2010

Meeting Report from the Genomic Standards Consortium (GSC) Workshop 8

artículo científico publicado en 2010

Meeting Report from the Genomic Standards Consortium (GSC) Workshop 9

artículo científico publicado en 2010

Meeting Report from the Genomic Standards Consortium (GSC) Workshops 6 and 7

artículo científico publicado en 2009

Meeting Report: "Metagenomics, Metadata and Meta-analysis" (M3) Special Interest Group at ISMB 2009

artículo científico publicado en 2009

Meeting report: the fifth Genomic Standards Consortium (GSC) workshop

artículo científico publicado en 2008

Meeting report: the fourth Genomic Standards Consortium (GSC) workshop

artículo científico publicado en 2008

Megx.net--database resources for marine ecological genomics

artículo científico publicado en 2006

Megx.net: integrated database resource for marine ecological genomics.

artículo científico publicado en 2009

Meta-omics data and collection objects (MOD-CO): a conceptual schema and data model for processing sample data in meta-omics research

article by Gerhard Rambold et al published 1 January 2019 in Database

MetaBar - a tool for consistent contextual data acquisition and standards compliant submission

artículo científico publicado en 2010

MetaLook: a 3D visualisation software for marine ecological genomics

artículo científico publicado en 2007

MetaMine--a tool to detect and analyse gene patterns in their environmental context

artículo científico publicado en 2008

Metagenome and mRNA expression analyses of anaerobic methanotrophic archaea of the ANME-1 group

artículo científico publicado en 2009

Metagenomes: 23S Sequences

Metatranscriptome of marine bacterioplankton during winter time in the North Sea assessed by total RNA sequencing

artículo científico publicado en 2014

Mg-Traits pipeline: advancing functional trait-based approaches in metagenomics

artículo científico publicado en 2021

Microbial and chemical characterization of underwater fresh water springs in the Dead Sea

artículo científico publicado en 2012

Microbial diversity of the freshwater sponge Spongilla lacustris

artículo científico publicado en 2005

Minimum Information about a Biosynthetic Gene cluster.

artículo científico publicado en 2015

Minimum information about a marker gene sequence (MIMARKS) and minimum information about any (x) sequence (MIxS) specifications

artículo científico publicado en 2011

Minimum information about a single amplified genome (MISAG) and a metagenome-assembled genome (MIMAG) of bacteria and archaea.

artículo científico publicado en 2017

MyOSD 2014: Evaluating Oceanographic Measurements Contributed by Citizen Scientists in Support of Ocean Sampling Day

artículo científico publicado en 2016

NFDI4BioDiversity: Biodiversity, ecology and environmental data

artículo científico publicado en 2019

Niches of two polysaccharide-degrading Polaribacter isolates from the North Sea during a spring diatom bloom

artículo científico publicado en 2014

On-Site Analysis of Bacterial Communities of the Ultraoligotrophic South Pacific Gyre

scientific article published on 01 July 2019

Optimization strategies for DNA microarray-based detection of bacteria with 16S rRNA-targeting oligonucleotide probes

artículo científico publicado en 2003

Permanent draft genome of Rhodopirellula rubra SWK7.

artículo científico publicado en 2013

Permanent draft genome of Rhodopirellula sallentina SM41.

artículo científico publicado en 2013

Permanent draft genomes of the Rhodopirellula maiorica strain SM1.

artículo científico publicado en 2013

Permanent draft genomes of the three Rhodopirellula baltica strains SH28, SWK14 and WH47.

artículo científico publicado en 2013

Permanent draft genomes of the two Rhodopirellula europaea strains 6C and SH398.

artículo científico publicado en 2013

Phylogenetic characterisation of picoplanktonic populations with high and low nucleic acid content in the North Atlantic Ocean.

artículo científico publicado en 2011

Phylogenetic diversity and metagenomics of candidate division OP3.

artículo científico publicado en 2010

Phylogeny and Diversity of Achromatium oxaliferum

artículo científico publicado en 1999

Phylogeny and identification in situ of Nevskia ramosa.

artículo científico publicado en 1998

Phylogeny-aware Identification and Correction of Taxonomically Mislabeled Sequences

artículo científico publicado en 2016

Phylogeny-aware identification and correction of taxonomically mislabeled sequences.

artículo científico publicado en 2016

Poseidon: An information retrieval and extraction system for metagenomic marine science

scientific article published in 2012

Practical application of self-organizing maps to interrelate biodiversity and functional data in NGS-based metagenomics

artículo científico publicado en 2010

Predator-specific enrichment of actinobacteria from a cosmopolitan freshwater clade in mixed continuous culture.

artículo científico publicado en 2001

Proceedings of the international workshop on Ribosomal RNA technology, April 7-9, 2008, Bremen, Germany.

artículo científico publicado en 2008

Psychrobacter nivimaris sp. nov., a heterotrophic bacterium attached to organic particles isolated from the South Atlantic (Antarctica).

artículo científico publicado en 2004

Quantifying the effect of environment stability on the transcription factor repertoire of marine microbes

artículo científico publicado en 2011

Recommendations for connecting molecular sequence and biodiversity research infrastructures through ELIXIR

artículo científico publicado en 2021

Recommendations for connecting molecular sequence and biodiversity research infrastructures through ELIXIR

artículo científico publicado en 2022

Recurring patterns in bacterioplankton dynamics during coastal spring algae blooms

artículo científico publicado en 2016

Release LTPs104 of the All-Species Living Tree

artículo científico publicado en 2011

Report of the 14th Genomic Standards Consortium Meeting, Oxford, UK, September 17-21, 2012

artículo científico publicado en 2014

Repositories for Taxonomic Data: Where We Are and What is Missing

scientific article published on 16 April 2020

Revealing structure and assembly cues for Arabidopsis root-inhabiting bacterial microbiota.

artículo científico publicado en 2012

RibAlign: a software tool and database for eubacterial phylogeny based on concatenated ribosomal protein subunits

artículo científico publicado en 2006

SILVA tree viewer: interactive web browsing of the SILVA phylogenetic guide trees

artículo científico publicado en 2017

SILVA: Comprehensive Databases for Quality Checked and Aligned Ribosomal RNA Sequence Data Compatible with ARB

artículo científico publicado en 2011

SILVA: a comprehensive online resource for quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data compatible with ARB

artículo científico publicado en 2007

SINA: accurate high-throughput multiple sequence alignment of ribosomal RNA genes.

artículo científico publicado en 2012

Seasonal Dynamics of Pelagic Mycoplanktonic Communities: Interplay of Taxon Abundance, Temporal Occurrence, and Biotic Interactions

artículo científico publicado en 2020

Seasonal community and population dynamics of pelagic bacteria and archaea in a high mountain lake

artículo científico publicado en 1998

Sequencing orphan species initiative (SOS): Filling the gaps in the 16S rRNA gene sequence database for all species with validly published names

artículo científico

Substrate-controlled succession of marine bacterioplankton populations induced by a phytoplankton bloom

artículo científico publicado en 2012

Succession and dynamics of Pristionchus nematodes and their microbiome during decomposition of Oryctes borbonicus on La Réunion Island

artículo científico publicado en 2017

Succinate dehydrogenase functioning by a reverse redox loop mechanism and fumarate reductase in sulphate-reducing bacteria

artículo científico publicado en 2006

Surface properties of SAR11 bacteria facilitate grazing avoidance.

artículo científico publicado en 2017

Symbiosis insights through metagenomic analysis of a microbial consortium

artículo científico publicado en 2006

TETRA: a web-service and a stand-alone program for the analysis and comparison of tetranucleotide usage patterns in DNA sequences

artículo científico publicado en 2004

Taxonomic and functional diversity of a coastal planktonic bacterial community in a river-influenced marine area

artículo científico publicado en 2017

The All-Species Living Tree project: a 16S rRNA-based phylogenetic tree of all sequenced type strains

artículo científico publicado en 2008

The Genomic Standards Consortium

artículo científico publicado en 2011

The North Sea goes viral: Occurrence and distribution of North Sea bacteriophages

artículo científico publicado en 2018

The SILVA Database Project: An ELIXIR core data resource for high-quality ribosomal RNA sequences

artículo científico publicado en 2019

The SILVA and "All-species Living Tree Project (LTP)" taxonomic frameworks

artículo científico publicado en 2013

The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools

artículo científico publicado en 2013

The UNITE database for molecular identification of fungi: handling dark taxa and parallel taxonomic classifications

scholarly article by Henrik Nilsson et al published 29 October 2018 in Nucleic Acids Research

The de.NBI / ELIXIR-DE training platform - Bioinformatics training in Germany and across Europe within ELIXIR

artículo científico publicado en 2019

The founding charter of the Genomic Observatories Network

artículo científico publicado en 2014

The genome of Desulfotalea psychrophila, a sulfate-reducing bacterium from permanently cold Arctic sediments

artículo científico publicado en 2004

The genome of the alga-associated marine flavobacterium Formosa agariphila KMM 3901T reveals a broad potential for degradation of algal polysaccharides.

artículo científico publicado en 2013

The genomic standards consortium: bringing standards to life for microbial ecology

artículo científico publicado en 2011

The gill chamber epibiosis of deep-sea shrimp Rimicaris exoculata: an in-depth metagenomic investigation and discovery of Zetaproteobacteria

artículo científico publicado en 2014

The minimum information about a genome sequence (MIGS) specification

artículo científico publicado en 2008

The ocean sampling day consortium

artículo científico publicado en 2015

The transcriptional regulator pool of the marine bacterium Rhodopirellula baltica SH 1T as revealed by whole genome comparisons.

artículo científico publicado en 2005

The “Minimum Information about an ENvironmental Sequence” (MIENS) specification

The “Minimum Information about an ENvironmental Sequence” (MIENS) specification

Three Novel Species with Peptidoglycan Cell Walls form the New Genus Lacunisphaera gen. nov. in the Family Opitutaceae of the Verrucomicrobial Subdivision 4.

artículo científico publicado en 2017

Toward a standards-compliant genomic and metagenomic publication record

artículo científico publicado en 2008

Towards a multisensor station for automated biodiversity monitoring

artículo científico publicado en 2022

Towards the proteome of the marine bacterium Rhodopirellula baltica: mapping the soluble proteins

artículo científico publicado en 2005

Transcriptional organization and regulation of magnetosome operons in Magnetospirillum gryphiswaldense

artículo científico publicado en 2006

Transcriptional response of the model planctomycete Rhodopirellula baltica SH1(T) to changing environmental conditions

artículo científico publicado en 2009

Understanding Marine Microbes, the Driving Engines of the Ocean

UniEuk: Time to Speak a Common Language in Protistology!

artículo científico publicado en 2017

Uniting the classification of cultured and uncultured bacteria and archaea using 16S rRNA gene sequences

artículo científico publicado en 2014

Unlabeled helper oligonucleotides increase the in situ accessibility to 16S rRNA of fluorescently labeled oligonucleotide probes.

artículo científico

Unveiling microbial life in the new deep-sea hypersaline Lake Thetis. Part II: a metagenomic study.

artículo científico publicado en 2011

Update of the All-Species Living Tree Project based on 16S and 23S rRNA sequence analyses

artículo científico publicado en 2010

Whole genome analysis of the marine Bacteroidetes'Gramella forsetii' reveals adaptations to degradation of polymeric organic matter

artículo científico publicado en 2006

eGenomics: Cataloguing Our Complete Genome Collection III.

artículo científico publicado en 2007

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