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Lista de obras de Marie-France Sagot

A Combinatorial Algorithm for Microbial Consortia Synthetic Design

artículo científico publicado en 2016

A new distance for high level RNA secondary structure comparison

artículo científico publicado en 2005

A polynomial delay algorithm for the enumeration of bubbles with length constraints in directed graphs

artículo científico publicado en 2015

Algorithms and complexity of enumerating minimal precursor sets in genome-wide metabolic networks

artículo científico publicado en 2012

All maximal-pairs in step–leap representation of melodic sequence

article

An asymmetric approach to preserve common intervals while sorting by reversals

artículo científico publicado en 2009

An efficient algorithm for the identification of structured motifs in DNA promoter sequences

artículo científico publicado en 2006

An integrative, multi-omics approach towards the prioritization of Klebsiella pneumoniae drug targets.

artículo científico publicado en 2018

An introduction to metabolic networks and their structural analysis

artículo científico publicado en 2008

Analysis of fine-scale mammalian evolutionary breakpoints provides new insight into their relation to genome organisation

artículo científico publicado en 2009

Assessing the exceptionality of coloured motifs in networks

artículo científico publicado en 2009

BRASERO: A Resource for Benchmarking RNA Secondary Structure Comparison Algorithms

artículo científico publicado en 2012

BacHBerry: BACterial Hosts for production of Bioactive phenolics from bERRY fruits

article

Bacterial syntenies: an exact approach with gene quorum ⬇️

artículo científico publicado el 24 de mayo de 2011

Cassis: detection of genomic rearrangement breakpoints

artículo científico publicado en 2010

Close 3D proximity of evolutionary breakpoints argues for the notion of spatial synteny ⬇️

artículo científico publicado el 10 de junio de 2011

Combination of measures distinguishes pre-miRNAs from other stem-loops in the genome of the newly sequenced Anopheles darlingi

artículo científico publicado en 2010

Current methods of gene prediction, their strengths and weaknesses

artículo científico publicado en 2002

CycADS: an annotation database system to ease the development and update of BioCyc databases

artículo científico publicado en 2011

DegreeCox - a network-based regularization method for survival analysis

artículo científico publicado en 2016

EUCALYPT: efficient tree reconciliation enumerator

artículo científico publicado en 2015

Efficient Extraction of Structured Motifs Using Box-Links

article

Efficient representation and P-value computation for high-order Markov motifs

artículo científico publicado en 2008

Endosymbiosis in trypanosomatids: the genomic cooperation between bacterium and host in the synthesis of essential amino acids is heavily influenced by multiple horizontal gene transfers.

artículo científico publicado en 2013

Enumeration of minimal stoichiometric precursor sets in metabolic networks

artículo científico publicado en 2016

Evolution under reversals: parsimony and conservation of common intervals

artículo científico publicado en 2007

Exploration of the core metabolism of symbiotic bacteria

artículo científico publicado en 2012

Exploring the solution space of sorting by reversals, with experiments and an application to evolution

artículo científico publicado en 2008

Fast-SG: an alignment-free algorithm for hybrid assembly.

artículo científico publicado en 2018

Footprints of inversions at present and past pseudoautosomal boundaries in human sex chromosomes

artículo científico publicado en 2009

Genome reduction and potential metabolic complementation of the dual endosymbionts in the whitefly Bemisia tabaci

artículo científico publicado en 2015

Graph-based analysis of the metabolic exchanges between two co-resident intracellular symbionts, Baumannia cicadellinicola and Sulcia muelleri, with their insect host, Homalodisca coagulata

artículo científico publicado en 2010

How Long Does Wolbachia Remain on Board?

artículo científico publicado en 2017

ISMB/ECCB 2009 Stockholm

artículo científico publicado en 2009

Identification of expressed transposable element insertions in the sequenced genome of Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2009

Insights on the virulence of swine respiratory tract mycoplasmas through genome-scale metabolic modeling

artículo científico publicado en 2016

KISSPLICE: de-novo calling alternative splicing events from RNA-seq data

artículo científico publicado en 2012

Longest Repeats with a Block of Don’t Cares

article

Longest repeats with a block of k don’t cares

article

Lossless filter for multiple repeats with bounded edit distance

artículo científico publicado en 2009

MassBlast: A workflow to accelerate RNA-seq and DNA database analysis

article

MetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks

artículo científico publicado en 2010

Metabolic network visualization eliminating node redundance and preserving metabolic pathways

artículo científico publicado en 2007

Mirinho: An efficient and general plant and animal pre-miRNA predictor for genomic and deep sequencing data

artículo científico publicado en 2015

Modes and cuts in metabolic networks: complexity and algorithms

artículo científico publicado en 2008

Motif search in graphs: application to metabolic networks

artículo científico publicado en 2006

Mycoplasma non-coding RNA: identification of small RNAs and targets

artículo científico publicado en 2016

Navigating the unexplored seascape of pre-miRNA candidates in single-genome approaches

artículo científico publicado en 2012

On the genetic architecture of cytoplasmic incompatibility: inference from phenotypic data

artículo científico publicado en 2013

OptPipe - a pipeline for optimizing metabolic engineering targets

artículo científico publicado en 2017

Playing hide and seek with repeats in local and global de novo transcriptome assembly of short RNA-seq reads

artículo científico publicado en 2017

Precise detection of rearrangement breakpoints in mammalian chromosomes

artículo científico publicado en 2008

Predicting the proteins of Angomonas deanei, Strigomonas culicis and their respective endosymbionts reveals new aspects of the trypanosomatidae family

artículo científico publicado en 2013

Sampling solution traces for the problem of sorting permutations by signed reversals

artículo científico publicado en 2012

Short and long-term genome stability analysis of prokaryotic genomes

artículo científico publicado en 2013

Sparse network-based regularization for the analysis of patientomics high-dimensional survival data

article

Structural and dynamical analysis of biological networks

artículo científico publicado en 2012

Systemic analysis of the symbiotic function of Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid Acyrthosiphon pisum

artículo científico publicado en 2009

Telling metabolic stories to explore metabolomics data: a case study on the yeast response to cadmium exposure

artículo científico publicado en 2013

Telling stories: Enumerating maximal directed acyclic graphs with a constrained set of sources and targets

article

Two host clades, two bacterial arsenals: evolution through gene losses in facultative endosymbionts

artículo científico publicado en 2015

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