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Lista de obras de Henning Hermjakob

2016 update of the PRIDE database and its related tools

artículo científico publicado en 2016

2016 update of the PRIDE database and its related tools.

scientific article published on 28 September 2016

6th HUPO Annual World Congress - Proteomics Standards Initiative Workshop 6-10 October 2007, Seoul, Korea

artículo científico publicado en 2008

A Data Citation Roadmap for Scholarly Data Repositories ⬇️

journal article from 'bioRxiv' published in 2016

A Reagent Resource to Identify Proteins and Peptides of Interest for the Cancer Community: Table I

article by Brian B. Haab et al published 24 July 2006 in Molecular & Cellular Proteomics

A common open representation of mass spectrometry data and its application to proteomics research

artículo científico publicado en 2004

A community standard format for the representation of protein affinity reagents

artículo científico publicado en 2009

A comparison of signal sequence prediction methods using a test set of signal peptides

artículo científico publicado en 2000

A critical appraisal of techniques, software packages, and standards for quantitative proteomic analysis

artículo científico publicado en 2012

A data citation roadmap for scholarly data repositories

scientific article published on 10 April 2019

A domain level interaction network of amyloid precursor protein and Abeta of Alzheimer's disease

artículo científico

A guide to the Proteomics Identifications Database proteomics data repository

artículo científico publicado en 2009

A new reference implementation of the PSICQUIC web service

scientific article published on 13 May 2013

A public repository for mass spectrometry imaging data

artículo científico publicado en 2015

A reference set of curated biomedical data and metadata from clinical case reports

artículo científico publicado en 2018

A visual review of the interactome of LRRK2: Using deep-curated molecular interaction data to represent biology

artículo científico publicado en 2015

AAgAtlas 1.0: a human autoantigen database

artículo científico publicado en 2016

Accurate estimation of isoelectric point of protein and peptide based on amino acid sequences

artículo científico publicado en 2015

Addressing <i>barriers in comprehensiveness, accessibility, reusability, interoperability and reproducibility of computational models in systems biology</i>

Advances in the development of common interchange standards for proteomic data

artículo científico publicado en 2004

An informatic pipeline for the data capture and submission of quantitative proteomic data using iTRAQ

artículo científico publicado en 2007

An open invitation to the Understudied Proteins Initiative

artículo científico publicado en 2022

Analysis of the experimental detection of central nervous system-related genes in human brain and cerebrospinal fluid datasets

article

Analyzing large-scale proteomics projects with latent semantic indexing

artículo científico publicado en 2007

Analyzing protein-protein interaction networks

artículo científico publicado en 2012

Annotating cancer variants and anti-cancer therapeutics in reactome

artículo científico publicado en 2012

Annotating the human proteome

artículo científico publicado en 2005

Annual spring meeting of the Proteomics Standards Initiative

artículo científico publicado en 2009

Annual spring meeting of the Proteomics Standards Initiative 23-25 April 2008, Toledo, Spain

artículo científico publicado en 2008

Author Correction: COVID-19 Disease Map, building a computational repository of SARS-CoV-2 virus-host interaction mechanisms

scientific article published on 17 July 2020

Author response: Wikidata as a knowledge graph for the life sciences

scholarly article, peer review and author response published on 24 January 2020

Autumn 2005 Workshop of the Human Proteome Organisation Proteomics Standards Initiative (HUPO-PSI) Geneva, September, 4–6, 2005

article

BioJS: an open source standard for biological visualisation - its status in 2014

artículo científico publicado en 2014

BioModels Parameters: a treasure trove of parameter values from published systems biology models

artículo científico publicado en 2020

BioModels linked dataset

artículo científico publicado en 2014

BioModels-15 years of sharing computational models in life science

artículo científico publicado en 2020

BioModels: Content, Features, Functionality, and Use

artículo científico publicado en 2015

BioModels: expanding horizons to include more modelling approaches and formats

artículo científico publicado en 2017

BioModels: ten-year anniversary

artículo científico publicado en 2015

Biomedical Informatics on the Cloud: A Treasure Hunt for Advancing Cardiovascular Medicine

artículo científico publicado en 2018

Broadening the horizon--level 2.5 of the HUPO-PSI format for molecular interactions

artículo científico publicado en 2007

COVID-19 Disease Map, a computational knowledge repository of SARS-CoV-2 virus-host interaction mechanisms

COVID-19 Disease Map, building a computational repository of SARS-CoV-2 virus-host interaction mechanisms

artículo científico publicado en 2020

COVID19 Disease Map, a computational knowledge repository of virus–host interaction mechanisms ⬇️

artículo científico

Calling on a million minds for community annotation in WikiProteins

artículo científico publicado en 2008

Capturing cooperative interactions with the PSI-MI format

artículo científico publicado en 2013

Capturing variation impact on molecular interactions in the IMEx Consortium mutations data set

scientific article published in Nature Communications

Capturing variation impact on molecular interactions: the IMEx Consortium mutations data set

CausalTAB: the PSI-MITAB 2.8 updated format for signalling data representation and dissemination

scientific article published on 01 October 2019

CausalTab: PSI-MITAB 2.8 updated format for signaling data representation and dissemination

artículo científico publicado en 2018

Characterization, design, and function of the mitochondrial proteome: from organs to organisms

artículo científico publicado en 2013

Charting online OMICS resources: A navigational chart for clinical researchers.

artículo científico publicado en 2008

Clinical proteomics: A need to define the field and to begin to set adequate standards

artículo científico publicado en 2007

Common interchange standards for proteomics data: Public availability of tools and schema

artículo científico publicado en 2004

Complex Portal 2018: extended content and enhanced visualization tools for macromolecular complexes

artículo científico publicado en 2019

Complex Portal 2022: new curation frontiers

artículo científico publicado en 2021

ComplexViewer: visualization of curated macromolecular complexes

artículo científico publicado en 2017

Computational proteomics pitfalls and challenges: HavanaBioinfo 2012 workshop report.

artículo científico publicado en 2013

Consequences of the discontinuation of the International Protein Index (IPI) database and its substitution by the UniProtKB "complete proteome" sets.

artículo científico

Controlled vocabularies and ontologies in proteomics: overview, principles and practice

artículo científico publicado en 2013

Critical amino acid residues in proteins: a BioMart integration of Reactome protein annotations with PRIDE mass spectrometry data and COSMIC somatic mutations

artículo científico publicado en 2011

Current status of proteomic standards development

artículo científico publicado en 2004

DAS writeback: a collaborative annotation system ⬇️

artículo científico publicado en 2011

Dasty and UniProt DAS: a perfect pair for protein feature visualization

artículo científico publicado en 2005

Dasty2, an Ajax protein DAS client

artículo científico publicado en 2008

Dasty3, a WEB framework for DAS.

artículo científico

Data Standardization by the HUPO-PSI: How has the Community Benefitted? ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2011

Data management and preliminary data analysis in the pilot phase of the HUPO Plasma Proteome Project

artículo científico publicado en 2005

Data management and preliminary data analysis in the pilot phase of the HUPO Plasma Proteome Project

Data standardization and the HUPO proteomics standards initiative

Data standards and controlled vocabularies for proteomics

artículo científico publicado en 2008

Databases on transcriptional regulation: TRANSFAC, TRRD and COMPEL

artículo científico publicado en 1998

Delivering 'Cool URIs' That Do Not Change ⬇️

Development of data representation standards by the human proteome organization proteomics standards initiative

artículo científico publicado en 2015

Discovering and linking public omics data sets using the Omics Discovery Index.

artículo científico publicado en 2017

Disrupted in Schizophrenia 1 Interactome: evidence for the close connectivity of risk genes and a potential synaptic basis for schizophrenia

artículo científico publicado en 2007

Do we want our data raw? Including binary mass spectrometry data in public proteomics data repositories

artículo científico publicado en 2005

Do we want our data raw? Including binary mass spectrometry data in public proteomics data repositories

EBI Proteomics Services

ENFIN - An Integrative Structure for Systems Biology

article

ENFIN--A European network for integrative systems biology

artículo científico publicado en 2009

Enabling BioSharing - a report on the Annual Spring Workshop of the HUPO-PSI April 11-13, 2011, EMBL-Heidelberg, Germany

artículo científico publicado en 2011

Encompassing new use cases - level 3.0 of the HUPO-PSI format for molecular interactions.

artículo científico publicado en 2018

Entering the Implementation Era A report on the HUPO-PSI Fall workshop 25–27 September 2006, Washington DC, USA

scholarly article by Sandra Orchard published in February 2007

Equipping Physiologists with an Informatics Tool Chest: Toward an Integerated Mitochondrial Phenome

artículo científico publicado en 2016

Erratum: Corrigendum: Protein interaction data curation: the International Molecular Exchange (IMEx) consortium

article

Expression data analysis with Reactome

artículo científico publicado en 2015

Five years of progress in the Standardization of Proteomics Data 4th Annual Spring Workshop of the HUPO-Proteomics Standards Initiative April 23-25, 2007 Ecole Nationale Supérieure (ENS), Lyon, France

artículo científico publicado en 2007

From Peptidome to PRIDE: public proteomics data migration at a large scale

artículo científico publicado en 2013

From proteomics data representation to public data flow: a report on the HUPO-PSI workshop September 2011, Geneva, Switzerland

artículo científico publicado en 2012

Further advances in the development of a data interchange standard for proteomics data

artículo científico publicado en 2003

Further steps in standardisation. Report of the second annual Proteomics Standards Initiative Spring Workshop (Siena, Italy 17-20th April 2005).

artículo científico publicado en 2005

Further steps towards data standardisation: the Proteomic Standards Initiative HUPO 3(rd) annual congress, Beijing 25-27(th) October, 2004.

artículo científico publicado en 2005

Gene regulation knowledge commons: community action takes care of DNA binding transcription factors

artículo científico publicado en 2016

HENA, heterogeneous network-based data set for Alzheimer's disease

scientific article published on 14 August 2019

HI-bone: a scoring system for identifying phenylisothiocyanate-derivatized peptides based on precursor mass and high intensity fragment ions

artículo científico publicado en 2013

HUPO 2011: The new Cardiovascular Initiative - integrating proteomics and cardiovascular biology in health and disease

artículo científico publicado en 2012

Harnessing the heart of big data

artículo científico publicado en 2015

How to submit MS proteomics data to ProteomeXchange via the PRIDE database

artículo científico publicado en 2014

Human Proteome Organisation Proteomics Standards Initiative Pre-Congress Initiative

article

Human Proteome Organization Proteomics Standards Initiative: data standardization, a view on developments and policy

artículo científico publicado en 2007

Human Proteome Project Mass Spectrometry Data Interpretation Guidelines 2.1.

artículo científico publicado en 2016

Hydra: a scalable proteomic search engine which utilizes the Hadoop distributed computing framework

artículo científico publicado en 2012

ISPIDER Central: an integrated database web-server for proteomics

artículo científico

Identifiers for the 21st century: How to design, provision, and reuse persistent identifiers to maximize utility and impact of life science data

artículo científico publicado en 2017

Identifiers for the 21st century: How to design, provision, and reuse persistent identifiers to maximize utility and impact of life science data

artículo científico publicado en 2017

Identifiers.org - Compact Identifier Services in the Cloud

artículo científico publicado en 2020

Identifying novel biomarkers through data mining-a realistic scenario?

artículo científico publicado en 2015

Implementing data standards: a report on the HUPOPSI workshop September 2009, Toronto, Canada

artículo científico publicado en 2010

Improvements in the Protein Identifier Cross-Reference service

artículo científico publicado en 2012

In-depth analysis of protein inference algorithms using multiple search engines and well-defined metrics.

artículo científico publicado en 2016

Infrastructure for distributed protein annotation

Initial sequencing and analysis of the human genome

artículo científico publicado en 2001

IntAct--open source resource for molecular interaction data

artículo científico publicado en 2007

IntAct: an open source molecular interaction database

artículo científico publicado en 2004

Integr8: enhanced inter-operability of European molecular biology databases

artículo científico publicado en 2003

Integrated omics dissection of proteome dynamics during cardiac remodeling

artículo científico publicado en 2018

Integrating biological data--the Distributed Annotation System

artículo científico publicado en 2008

Integration of cardiac proteome biology and medicine by a specialized knowledgebase

artículo científico publicado en 2013

InterPro--an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites

artículo científico publicado en 2000

InterPro: an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites

artículo científico publicado en 2002

Interleukins and their signaling pathways in the Reactome biological pathway database

artículo científico publicado en 2018

InteroPORC: an automated tool to predict highly conserved protein interaction networks

InteroPORC: automated inference of highly conserved protein interaction networks

artículo científico publicado en 2008

Introducing the PRIDE Archive RESTful web services

artículo científico publicado en 2015

LipidHome: a database of theoretical lipids optimized for high throughput mass spectrometry lipidomics

artículo científico publicado en 2013

MEMOTE for standardized genome-scale metabolic model testing

artículo científico publicado en 2020

MINT and IntAct contribute to the Second BioCreative challenge: serving the text-mining community with high quality molecular interaction data

artículo científico publicado en 2008

Making proteomics data accessible and reusable: current state of proteomics databases and repositories

artículo científico publicado en 2015

Mapping plant interactomes using literature curated and predicted protein-protein interaction data sets

artículo científico publicado en 2010

Meeting Report from the Second "Minimum Information for Biological and Biomedical Investigations" (MIBBI) workshop

artículo científico publicado en 2010

Meeting new challenges: The 2014 HUPO-PSI/COSMOS Workshop: 13-15 April 2014, Frankfurt, Germany

artículo científico publicado en 2014

Memote: A community-driven effort towards a standardized genome-scale metabolic model test suite

Merging and scoring molecular interactions utilising existing community standards: tools, use-cases and a case study.

artículo científico publicado en 2015

Minimum information about a bioactive entity (MIABE).

artículo científico publicado en 2011

Minimum information about a protein affinity reagent (MIAPAR)

artículo científico publicado en 2010

MyDas, an extensible Java DAS server

artículo científico publicado en 2012

New open drug activity data at EBI

Omics Discovery Index - Discovering and Linking Public Omics Datasets

On the frequency of protein glycosylation, as deduced from analysis of the SWISS-PROT database

scientific journal article

OntoDas - a tool for facilitating the construction of complex queries to the Gene Ontology

artículo científico publicado en 2008

Open Targets: a platform for therapeutic target identification and validation

artículo científico publicado en 2016

Open source libraries and frameworks for biological data visualisation: a guide for developers

artículo científico publicado en 2015

Open source libraries and frameworks for mass spectrometry based proteomics: a developer's perspective

artículo científico publicado en 2014

Organelle proteomics experimental designs and analysis

artículo científico publicado en 2010

Overview of the HUPO Plasma Proteome Project: Results from the pilot phase with 35 collaborating laboratories and multiple analytical groups, generating a core dataset of 3020 proteins and a publicly-available database

Overview of the HUPO Plasma Proteome Project: results from the pilot phase with 35 collaborating laboratories and multiple analytical groups, generating a core dataset of 3020 proteins and a publicly-available database

artículo científico publicado en 2005

PRIDE Cluster: building a consensus of proteomics data

artículo científico publicado en 2013

PRIDE Inspector Toolsuite: Moving Toward a Universal Visualization Tool for Proteomics Data Standard Formats and Quality Assessment of ProteomeXchange Datasets

artículo científico publicado en 2015

PRIDE Inspector: a tool to visualize and validate MS proteomics data

artículo científico publicado en 2012

PRIDE: a public repository of protein and peptide identifications for the proteomics community

artículo científico publicado en 2006

PRIDE: new developments and new datasets

artículo científico publicado en 2008

PRIDE: quality control in a proteomics data repository

artículo científico publicado en 2012

PRIDE: the proteomics identifications database

artículo científico publicado en 2005

PSICQUIC and PSISCORE: accessing and scoring molecular interactions

artículo científico publicado en 2011

Path2Models: large-scale generation of computational models from biochemical pathway maps

artículo científico publicado en 2013

PathwayMatcher: proteoform-centric network construction enables fine-granularity multiomics pathway mapping

artículo científico publicado en 2019

Perspectives on tracking data reuse across biodata resources

PhaSepDB: a database of liquid-liquid phase separation related proteins

artículo científico publicado en 2020

Pharmacometrics Markup Language (PharmML): Opening New Perspectives for Model Exchange in Drug Development.

artículo científico publicado en 2015

Preparing molecular interaction data for publication

artículo científico publicado en 2011

Preparing to work with big data in proteomics - a report on the HUPO-PSI Spring Workshop: April 15-17, 2013, Liverpool, UK.

artículo científico publicado en 2013

Present and future of proteomics data curation at the PRIDE database

Progress in Establishing Common Standards for Exchanging Proteomics Data: The Second Meeting of the HUPO Proteomics Standards Initiative

artículo científico publicado en 2003

Promoting coherent minimum reporting guidelines for biological and biomedical investigations: the MIBBI project

artículo científico publicado en 2008

Protein interaction data curation: the International Molecular Exchange (IMEx) consortium

artículo científico publicado en 2012

Protein-protein interactions: analysis and prediction

artículo científico publicado en 2008

ProteomeBinders: planning a European resource of affinity reagents for analysis of the human proteome

article

ProteomeXchange provides globally coordinated proteomics data submission and dissemination

artículo científico publicado en 2014

Proteomic Data Standardization, Deposition and Exchange

article published in 2006

Proteomic data exchange and storage: the need for common standards and public repositories

artículo científico publicado en 2007

Proteomics Data Visualisation

artículo científico publicado en 2015

Proteomics and Beyond: a report on the 3rd Annual Spring Workshop of the HUPO-PSI 21-23 April 2006, San Francisco, CA, USA.

artículo científico

Proteomics and data standardisation

Proteomics data validation: why all must provide data

artículo científico publicado en 2007

Published and perished? The influence of the searched protein database on the long-term storage of proteomics data

artículo científico publicado en 2011

Publisher Correction: Capturing variation impact on molecular interactions in the IMEx Consortium mutations data set

artículo científico publicado en 2019

Publisher Correction: MEMOTE for standardized genome-scale metabolic model testing

artículo científico publicado en 2020

Quantifying the impact of public omics data

Quantifying the impact of public omics data

artículo científico publicado en 2019

R spider: a network-based analysis of gene lists by combining signaling and metabolic pathways from Reactome and KEGG databases

artículo científico publicado en 2010

RIFLE: rapid identification of microorganisms by fragment length evaluation.

artículo científico publicado en 1997

Reactome and ORCID-fine-grained credit attribution for community curation

scientific article published on 01 January 2019

Reactome diagram viewer: Data structures and strategies to boost performance.

artículo científico publicado en 2017

Reactome enhanced pathway visualization.

artículo científico publicado en 2017

Reactome graph database: Efficient access to complex pathway data.

artículo científico publicado en 2018

Reactome knowledgebase of human biological pathways and processes

artículo científico publicado en 2009

Reactome pathway analysis to enrich biological discovery in proteomics data sets

artículo científico publicado en 2011

Reactome pathway analysis: a high-performance in-memory approach

artículo científico publicado en 2017

Reactome: a database of reactions, pathways and biological processes

artículo científico publicado en 2011

ReactomeGSA - Efficient Multi-Omics Comparative Pathway Analysis

scientific article published on 09 September 2020

ReactomeGSA: new features to simplify public data reuse

Recognizing millions of consistently unidentified spectra across hundreds of shotgun proteomics datasets

artículo científico publicado en 2016

Recommendations for mass spectrometry data quality metrics for open access data (corollary to the Amsterdam Principles)

artículo científico publicado en 2011

Recommendations for mass spectrometry data quality metrics for open access data (corollary to the Amsterdam Principles).

artículo científico publicado en 2011

Recommendations for mass spectrometry data quality metrics for open access data (corollary to the Amsterdam principles).

artículo científico publicado en 2011

Recommendations for mass spectrometry data quality metrics for open access data (corollary to the Amsterdam principles).

artículo científico publicado en 2011

Recommendations from the 2008 International Summit on Proteomics Data Release and Sharing Policy: the Amsterdam principles

artículo científico publicado en 2009

Recurated protein interaction datasets

article

Rintact: enabling computational analysis of molecular interaction data from the IntAct repository

artículo científico publicado en 2007

SBML Level 3: an extensible format for the exchange and reuse of biological models

artículo científico publicado en 2020

SPARQL-enabled identifier conversion with Identifiers.org

artículo científico publicado en 2015

Second Joint HUPO publication and Proteomics Standards Initiative workshop

artículo científico publicado en 2009

Second Proteomics Standards Initiative Spring Workshop

article

Shared resources, shared costs--leveraging biocuration resources

artículo científico publicado en 2015

Shouldn't enantiomeric purity be included in the 'minimum information about a bioactive entity? Response from the MIABE group

Submit your interaction data the IMEx way: a step by step guide to trouble-free deposition

artículo científico publicado en 2007

Swissknife - 'lazy parsing' of SWISS-PROT entries

article

TEMBLOR - Perspectives of EBI Database Services

artículo científico publicado en 2002

Tackling quantitation: a report on the annual Spring Workshop of the HUPO-PSI 28-30 March 2010, Seoul, South Korea

artículo científico publicado en 2010

Ten years of standardizing proteomic data: a report on the HUPO-PSI Spring Workshop: April 12-14th, 2012, San Diego, USA

artículo científico publicado en 2012

Testing and Validation of Computational Methods for Mass Spectrometry

artículo científico publicado en 2015

The EBI enzyme portal

artículo científico publicado en 2012

The ESF Programme on Functional Genomics Workshop on 'Data Integration in Functional Genomics: Application to Biological Pathways'.

artículo científico publicado en 2004

The European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) in 2021

artículo científico publicado en 2021

The Functional Genomics Experiment model (FuGE): an extensible framework for standards in functional genomics

article

The HUPO Brain Proteome Project jamboree: centralised summary of the pilot studies

artículo científico publicado en 2006

The HUPO PSI's molecular interaction format--a community standard for the representation of protein interaction data

artículo científico publicado en 2004

The HUPO Proteomics Standards Initiative Meeting: Towards Common Standards for Exchanging Proteomics Data

artículo científico publicado en 2003

The HUPO initiative on Model Organism Proteomes, iMOP.

artículo científico publicado en 2012

The HUPO proteomics standards initiative- mass spectrometry controlled vocabulary

artículo científico publicado en 2013

The HUPO proteomics standards initiative--easing communication and minimizing data loss in a changing world

artículo científico publicado en 2007

The HUPO proteomics standards initiative--overcoming the fragmentation of proteomics data

artículo científico publicado en 2006

The IMEx Coronavirus interactome: an evolving map of Coronaviridae-Host molecular interactions

artículo científico publicado en 2020

The IMEx coronavirus interactome: an evolving map of Coronaviridae-host molecular interactions

scientific article published on 01 January 2020

The Impact of Mathematical Modeling in Understanding the Mechanisms Underlying Neurodegeneration: Evolving Dimensions and Future Directions.

artículo científico publicado en 2017

The IntAct database: efficient access to fine-grained molecular interaction data

artículo científico publicado en 2021

The IntAct molecular interaction database in 2010

artículo científico publicado en 2010

The IntAct molecular interaction database in 2012

artículo científico publicado en 2012

The InterPro database, an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites

artículo científico publicado en 2001

The MIntAct project--IntAct as a common curation platform for 11 molecular interaction databases

artículo científico publicado en 2014

The Minimum Information about a Molecular Interaction Causal Statement (MI2CAST)

artículo científico publicado en 2020

The Ontology Lookup Service, a lightweight cross-platform tool for controlled vocabulary queries

artículo científico publicado en 2006

The Ontology Lookup Service: bigger and better

artículo científico publicado en 2010

The Ontology Lookup Service: more data and better tools for controlled vocabulary queries

artículo científico publicado en 2008

The PRoteomics IDEntification (PRIDE) Converter 2 framework: an improved suite of tools to facilitate data submission to the PRIDE database and the ProteomeXchange consortium

artículo científico publicado en 2012

The PRoteomics IDEntifications (PRIDE) database and associated tools: status in 2013

artículo científico publicado en 2013

The PSI formal document process and its implementation on the PSI website

artículo científico publicado en 2007

The PSI semantic validator: a framework to check MIAPE compliance of proteomics data

artículo científico publicado en 2009

The Protein Feature Ontology: a tool for the unification of protein feature annotations

artículo científico publicado en 2008

The Protein Identifier Cross-Referencing (PICR) service: reconciling protein identifiers across multiple source databases

artículo científico publicado en 2007

The ProteomeXchange consortium in 2017: supporting the cultural change in proteomics public data deposition

artículo científico publicado en 2017

The ProteomeXchange consortium in 2020: enabling 'big data' approaches in proteomics

artículo científico publicado en 2020

The Proteomics Identifications Database (PRIDE) and the ProteomExchange Consortium: making proteomics data accessible.

artículo científico publicado en 2006

The Proteomics Identifications database: 2010 update

artículo científico publicado en 2010

The Proteomics Standards Initiative: Fifteen Years of Progress and Future Work.

artículo científico publicado en 2017

The Reactome BioMart

artículo científico publicado en 2011

The Reactome Pathway Knowledgebase 2024

The Reactome Pathway Knowledgebase.

artículo científico publicado en 2017

The Reactome pathway Knowledgebase

artículo científico publicado en 2015

The Reactome pathway knowledgebase

artículo científico publicado en 2014

The Reactome pathway knowledgebase

artículo científico publicado en 2020

The cardiovascular gene annotation initiative: Impact on data analysis

artículo científico publicado en 2015

The complex portal--an encyclopaedia of macromolecular complexes

artículo científico publicado en 2014

The effects of pathogenic and likely pathogenic variants for inherited hemostasis disorders in 140 214 UK Biobank participants

The evolution of standards and data management practices in systems biology

artículo científico publicado en 2015

The first 10 years of the international coordination network for standards in systems and synthetic biology (COMBINE)

artículo científico publicado en 2020

The gel electrophoresis markup language (GelML) from the Proteomics Standards Initiative

artículo científico publicado en 2010

The implications of alternative splicing in the ENCODE protein complement

artículo científico publicado en 2007

The landscape of microRNA interaction annotation: analysis of three rare disorders as a case study

artículo científico publicado en 2023

The minimum information about a genome sequence (MIGS) specification

artículo científico publicado en 2008

The minimum information required for reporting a molecular interaction experiment (MIMIx).

artículo científico publicado en 2007

The mzIdentML data standard for mass spectrometry-based proteomics results

artículo científico publicado en 2012

The mzTab data exchange format: communicating mass-spectrometry-based proteomics and metabolomics experimental results to a wider audience

artículo científico publicado en 2014

The omics discovery REST interface

scientific article published on 06 May 2020

The proteomics standards initiative

artículo científico publicado en 2003

The publication and database deposition of molecular interaction data

artículo científico publicado en 2010

The reactome pathway knowledgebase 2022

scientific article published on 14 October 2021

The role SWISS-PROT and TrEMBL play in the genome research environment.

artículo científico publicado en 2000

The systematic annotation of the three main GPCR families in Reactome

artículo científico publicado en 2010

The use of common ontologies and controlled vocabularies to enable data exchange and deposition for complex proteomic experiments

artículo científico publicado en 2005

The work of the Human Proteome Organisation's Proteomics Standards Initiative (HUPO PSI).

artículo científico publicado en 2006

Tools (Viewer, Library and Validator) that facilitate use of the peptide and protein identification standard format, termed mzIdentML

artículo científico publicado en 2013

Toward interoperable bioscience data

artículo científico publicado en 2012

Towards a unified open access dataset of molecular interactions

artículo científico publicado en 2020

Towards the collaborative curation of the registry underlying Identifiers.org

artículo científico publicado en 2013

Understudied proteins: opportunities and challenges for functional proteomics

artículo científico publicado en 2022

Uniform Resolution of Compact Identifiers for Biomedical Data

preprint

Uniform resolution of compact identifiers for biomedical data.

artículo científico publicado en 2018

Using Reactome to build an autophagy mechanism knowledgebase

artículo científico publicado en 2020

VARSPLIC: alternatively-spliced protein sequences derived from SWISS-PROT and TrEMBL

article

Wikidata as a FAIR knowledge graph for the life sciences

scholarly article posted as a preprint in BioRxiv on 11 February 2020

Wikidata as a knowledge graph for the life sciences ⬇️

artículo científico publicado en 2020

easyDAS: automatic creation of DAS servers

artículo científico publicado en 2011

iAnn: an event sharing platform for the life sciences

artículo científico publicado en 2013

iProX in 2021: connecting proteomics data sharing with big data

artículo científico publicado en 2021

iProX: an integrated proteome resource.

artículo científico publicado en 2019

jmzIdentML API: A Java interface to the mzIdentML standard for peptide and protein identification data

artículo científico publicado en 2012

jmzReader: A Java parser library to process and visualize multiple text and XML-based mass spectrometry data formats

artículo científico publicado en 2012

jmzTab: a java interface to the mzTab data standard

artículo científico publicado en 2014

ms-data-core-api: an open-source, metadata-oriented library for computational proteomics

artículo científico publicado en 2015

mzML--a community standard for mass spectrometry data

artículo científico publicado en 2011

qcML: an exchange format for quality control metrics from mass spectrometry experiments

artículo científico

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