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Lista de obras de Ludovic Orlando

"Adopt-a-Tissue" Initiative Advances Efforts to Identify Tissue-Specific Histone Marks in the Mare

publication published on 26 March 2021

137 ancient human genomes from across the Eurasian steppes

artículo científico publicado en 2018

A 400,000-year-old mitochondrial genome questions phylogenetic relationships amongst archaic hominins: using the latest advances in ancient genomics, the mitochondrial genome sequence of a 400,000-year-old hominin has been deciphered

artículo científico publicado en 2014

A comparative study of ancient environmental DNA to pollen and macrofossils from lake sediments reveals taxonomic overlap and additional plant taxa

article

A comparative study of ancient sedimentary DNA, pollen and macrofossils from permafrost sediments of northern Siberia reveals long-term vegetational stability

artículo científico publicado en 2012

A new genus of horse from Pleistocene North America

artículo científico publicado en 2017

A single-nucleotide mutation within the TBX3 enhancer increased body size in Chinese horses

publication published on 13 December 2021

A southern African origin and cryptic structure in the highly mobile plains zebra

artículo científico publicado en 2018

Accurate continuous geographic assignment from low- to high-density SNP data

artículo científico publicado en 2015

AdapterRemoval v2: rapid adapter trimming, identification, and read merging

artículo científico publicado en 2016

Amplification of TruSeq ancient DNA libraries with AccuPrime Pfx: consequences on nucleotide misincorporation and methylation patterns

An Aboriginal Australian genome reveals separate human dispersals into Asia

artículo científico publicado en 2011

An epigenetic window into the past?

artículo científico publicado en 2014

Ancient DNA analyses exclude humans as the driving force behind late Pleistocene musk ox (Ovibos moschatus) population dynamics

artículo científico publicado en 2010

Ancient DNA analysis

artículo científico publicado en 2021

Ancient DNA analysis identifies marine mollusc shells as new metagenomic archives of the past

artículo científico publicado en 2017

Ancient DNA analysis reveals divergence of the cave bear, Ursus spelaeus, and brown bear, Ursus arctos, lineages

artículo científico publicado en 2001

Ancient DNA analysis reveals woolly rhino evolutionary relationships

artículo científico publicado en 2003

Ancient DNA and human evolution

artículo científico publicado en 2015

Ancient DNA and the population genetics of cave bears (Ursus spelaeus) through space and time

artículo científico publicado en 2002

Ancient DNA clarifies the evolutionary history of American Late Pleistocene equids

artículo científico publicado en 2008

Ancient DNA refines taxonomic classification of Roman equids north of the Alps, elaborated with osteomorphology and geometric morphometrics

artículo científico publicado en 2022

Ancient DNA sequences point to a large loss of mitochondrial genetic diversity in the saiga antelope (Saiga tatarica) since the Pleistocene

artículo científico publicado en 2010

Ancient Genomes Reveal Unexpected Horse Domestication and Management Dynamics

scientific article published on 06 December 2019

Ancient Genomics Reveals Four Prehistoric Migration Waves into Southeast Asia

article

Ancient and modern environmental DNA

artículo científico publicado en 2015

Ancient genomes revisit the ancestry of domestic and Przewalski's horses

artículo científico publicado en 2018

Ancient genomes show social and reproductive behavior of early Upper Paleolithic foragers

artículo científico publicado en 2017

Ancient genomic changes associated with domestication of the horse

artículo científico publicado en 2017

Ancient genomics

artículo científico publicado en 2015

Ancient hepatitis B viruses from the Bronze Age to the Medieval period

artículo científico publicado en 2018

Ancient horse genomes reveal the timing and extent of dispersals across the Bering Land Bridge

scientific article published in 2021

Ancient human genome sequence of an extinct Palaeo-Eskimo

artículo científico publicado en 2010

Ancient proteins resolve the evolutionary history of Darwin’s South American ungulates

artículo científico publicado en 2015

Animal domestication in the era of ancient genomics

scientific article published on 07 April 2020

Annotation of the Protein Coding Regions of the Equine Genome

artículo científico publicado en 2015

Assessing DNA Sequence Alignment Methods for Characterizing Ancient Genomes and Methylomes

artículo científico publicado en 2020

Assessing the impact of USER‐treatment on hyRAD capture applied to ancient DNA

artículo científico publicado en 2022

Authentication and Assessment of Contamination in Ancient DNA

scientific article published on 01 January 2019

Author Correction: 137 ancient human genomes from across the Eurasian steppes

artículo científico publicado en 2018

Author Correction: Ancient hepatitis B viruses from the Bronze Age to the Medieval period

artículo científico publicado en 2018

Author Correction: Late Quaternary dynamics of Arctic biota from ancient environmental genomics

artículo científico publicado en 2022

Author Correction: Spotted phenotypes in horses lost attractiveness in the Middle Ages

artículo científico publicado en 2020

Back to the roots and routes of dromedary domestication

artículo científico publicado en 2016

CASCADE: A Custom-Made Archiving System for the Conservation of Ancient DNA Experimental Data

artículo científico publicado en 2020

Characterization of ancient and modern genomes by SNP detection and phylogenomic and metagenomic analysis using PALEOMIX.

artículo científico publicado en 2014

Combining bleach and mild predigestion improves ancient DNA recovery from bones

artículo científico publicado en 2016

Comparative genomics reveals insights into avian genome evolution and adaptation

artículo científico publicado en 2014

Comparing the performance of three ancient DNA extraction methods for high-throughput sequencing

artículo científico publicado en 2015

Comparison of the Equine Reference Sequence with Its Sanger Source Data and New Illumina Reads

artículo científico publicado en 2015

Conceptual bases for quantifying the role of the environment on gene evolution: the participation of positive selection and neutral evolution

artículo científico publicado en 2007

Convergent genomic signatures of domestication in sheep and goats

artículo científico publicado en 2018

Corrigendum

article published in 2014

DNA from extinct giant lemurs links archaeolemurids to extant indriids

artículo científico publicado en 2008

DNA from soil mirrors plant taxonomic and growth form diversity

artículo científico publicado en 2012

DNA metabarcoding—Need for robust experimental designs to draw sound ecological conclusions

artículo científico publicado en 2019

Dairy pastoralism sustained eastern Eurasian steppe populations for 5,000 years

scientific article published on 02 March 2020

DamMet: ancient methylome mapping accounting for errors, true variants, and post-mortem DNA damage

article by Kristian Ebbesen Hanghøj et al published 1 April 2019 in GigaScience

Decline of genetic diversity in ancient domestic stallions in Europe

artículo científico publicado en 2018

Detecting Signatures of Positive Selection along Defined Branches of a Population Tree Using LSD.

artículo científico publicado en 2018

Developing a 670k genotyping array to tag ~2M SNPs across 24 horse breeds

artículo científico publicado en 2017

Does the 43 bp sequence from an 800,000 year old cretan dwarf elephantid really rewrite the textbook on mammoths?

artículo científico publicado en 2007

EPAS1 gain-of-function mutation contributes to high-altitude adaptation in Tibetan horses

artículo científico publicado en 2019

Early Pleistocene enamel proteome from Dmanisi resolves Stephanorhinus phylogeny

artículo científico publicado en 2019

Early Pleistocene enamel proteome sequences from Dmanisi resolve Stephanorhinus phylogeny

scholarly article published 10 September 2018

Early cave art and ancient DNA record the origin of European bison

artículo científico publicado en 2016

Early dispersal of domestic horses into the Great Plains and northern Rockies

artículo científico publicado en 2023

Early divergent strains of Yersinia pestis in Eurasia 5,000 years ago

artículo científico publicado en 2015

Early pastoral economies along the Ancient Silk Road: Biomolecular evidence from the Alay Valley, Kyrgyzstan

artículo científico publicado en 2018

Equids

artículo científico publicado en 2015

Erratum: Author Correction: Improved reference genome for the domestic horse increases assembly contiguity and composition

artículo científico publicado en 2019

Evaluating the impact of domestication and captivity on the horse gut microbiome.

artículo científico publicado en 2017

Evolutionary Genomics and Conservation of the Endangered Przewalski's Horse

artículo científico publicado en 2015

Evolutionary Patterns and Processes: Lessons from Ancient DNA.

artículo científico publicado en 2017

Experimental conditions improving in-solution target enrichment for ancient DNA.

artículo científico publicado en 2016

Fast, Accurate and Automatic Ancient Nucleosome and Methylation Maps with epiPALEOMIX

artículo científico publicado en 2016

Fifty thousand years of Arctic vegetation and megafaunal diet

artículo científico publicado en 2014

Filling Important Gaps in the Genomic History of Southwest Asia

artículo científico publicado en 2020

First evidence of Equus asinus L. in the Chalcolithic disputes the Phoenicians as the first to introduce donkeys into the Iberian Peninsula

article

Genetic diversity, evolution and selection in the major histocompatibility complex DRB and DQB loci in the family Equidae

scientific article published on 30 September 2020

Genome-wide Ancestry and Demographic History of African-Descendant Maroon Communities from French Guiana and Suriname.

artículo científico publicado en 2017

Genome-wide ancestry of 17th-century enslaved Africans from the Caribbean

artículo científico publicado en 2015

Genome-wide nucleosome map and cytosine methylation levels of an ancient human genome

artículo científico publicado en 2014

Genomic affinities of two 7,000-year-old Iberian hunter-gatherers

artículo científico publicado en 2012

Genomics and the Evolutionary History of Equids

artículo científico publicado en 2020

Geographic distribution of an extinct equid (Equus hydruntinus: Mammalia, Equidae) revealed by morphological and genetical analyses of fossils

artículo científico publicado en 2006

Ginnerup Revisited. New Excavations at a Key Neolithic Site on Djursland, Denmark

Glacial survival of boreal trees in northern Scandinavia

artículo científico publicado en 2012

Grey wolf genomic history reveals a dual ancestry of dogs

scientific article published on 29 June 2022

Heterogeneous Hunter-Gatherer and Steppe-Related Ancestries in Late Neolithic and Bell Beaker Genomes from Present-Day France

High-Throughput DNA sequencing of ancient wood

artículo científico publicado en 2018

Horse Y chromosome assembly displays unique evolutionary features and putative stallion fertility genes

artículo científico publicado en 2018

Human evolution: a tale from ancient genomes.

artículo científico publicado en 2017

Improved de novo genomic assembly for the domestic donkey.

artículo científico publicado en 2018

Improved reference genome for the domestic horse increases assembly contiguity and composition

article

Improving access to endogenous DNA in ancient bones and teeth

artículo científico publicado en 2015

Improving access to endogenous DNA in ancient bones and teeth

Improving ancient DNA read mapping against modern reference genomes

artículo científico publicado en 2012

Improving the performance of true single molecule sequencing for ancient DNA

artículo científico publicado en 2012

Investigating the potential use of environmental DNA (eDNA) for genetic monitoring of marine mammals

artículo científico publicado en 2012

Islands in the ice: detecting past vegetation on Greenlandic nunataks using historical records and sedimentary ancient DNA meta-barcoding

artículo científico publicado en 2011

Joint Estimates of Heterozygosity and Runs of Homozygosity for Modern and Ancient Samples

scientific article published on 14 May 2019

Late Bronze Age cultural origins of dairy pastoralism in Mongolia

artículo científico publicado en 2018

Late Quaternary dynamics of Arctic biota from ancient environmental genomics

artículo científico publicado en 2021

Late Quaternary horses in Eurasia in the face of climate and vegetation change

article

Less effective selection leads to larger genomes

artículo científico publicado en 2017

Ligation bias in illumina next-generation DNA libraries: implications for sequencing ancient genomes

artículo científico publicado en 2013

Major transitions in human evolution revisited: a tribute to ancient DNA.

artículo científico publicado en 2014

Mammoth and Elephant Phylogenetic Relationships: <i>Mammut Americanum</i>, the Missing Outgroup

artículo científico publicado en 2007

Mammoth and elephant phylogenetic relationships: Mammut americanum, the missing outgroup

artículo científico publicado en 2007

Meta-barcoding of 'dirt' DNA from soil reflects vertebrate biodiversity

artículo científico publicado en 2011

Mitochondrial Genetic Diversity of Eurasian Red Squirrels (Sciurus vulgaris) from Denmark

artículo científico publicado en 2015

Mitochondrial genomes reveal the extinct Hippidion as an outgroup to all living equids

artículo científico publicado en 2015

Mitochondrial phylogenomics of modern and ancient equids

artículo científico publicado en 2013

Mitogenome sequencing reveals shallow evolutionary histories and recent divergence time between morphologically and ecologically distinct European whitefish (Coregonus spp.).

artículo científico publicado en 2012

Mitogenomic Phylogeny, Diversification, and Biogeography of South American Spiny Rats

artículo científico publicado en 2016

Mitogenomic phylogenetic analyses of the Delphinidae with an emphasis on the Globicephalinae

artículo científico publicado en 2011

Monitoring endangered freshwater biodiversity using environmental DNA.

artículo científico publicado en 2011

Morphological and genetic evidence for early Holocene cattle management in northeastern China.

artículo científico publicado en 2013

Morphological convergence in Hippidion and Equus (Amerhippus) South American equids elucidated by ancient DNA analysis

artículo científico publicado en 2003

Museomics identifies genetic erosion in two butterfly species across the 20th century in Finland

scientific article published on 17 April 2020

Napoleon Bonaparte and the fate of an Amazonian rat: new data on the taxonomy of Mesomys hispidus (Rodentia: Echimyidae).

artículo científico publicado en 2003

Neanderthals in central Asia and Siberia

artículo científico publicado en 2007

New insights on single-stranded versus double-stranded DNA library preparation for ancient DNA.

artículo científico publicado en 2015

Next-generation sequencing offers new insights into DNA degradation

artículo científico

No particular genomic features underpin the dramatic economic consequences of 17th century plague epidemics in Italy

artículo científico publicado en 2021

Oral health status in historic population: Macroscopic and metagenomic evidence

artículo científico publicado en 2018

Origin and Evolution of Deleterious Mutations in Horses

scientific article published on 28 August 2019

Out of the Pacific and back again: insights into the matrilineal history of Pacific killer whale ecotypes

artículo científico publicado en 2011

Paleogenomics. Genomic structure in Europeans dating back at least 36,200 years

artículo científico publicado en 2014

Paleogenomics: reconstruction of plant evolutionary trajectories from modern and ancient DNA

article

Partial genetic turnover in neandertals: continuity in the East and population replacement in the West

artículo científico publicado en 2012

Performance and automation of ancient DNA capture with RNA hyRAD probes

artículo científico publicado en 2021

Plankton-derived environmental DNA extracted from abyssal sediments preserves patterns of plankton macroecology

Planktonic foraminifera-derived environmental DNA extracted from abyssal sediments preserves patterns of plankton macroecology

scientific article published in 2017

Planning tiger recovery: Understanding intraspecific variation for effective conservation

artículo científico publicado en 2015

Population Demography and Genetic Diversity in the Pleistocene Cave Lion

scholarly article by Erik Ersmark et al published 9 March 2015 in Open quaternary

Population characteristics of a large whale shark aggregation inferred from seawater environmental DNA

artículo científico publicado en 2016

Population genomics of Bronze Age Eurasia

artículo científico publicado en 2015

Population genomics of post-glacial western Eurasia

artículo científico publicado en 2024

Population genomics of the Viking world

scientific article published on 16 September 2020

Population genomics reveal recent speciation and rapid evolutionary adaptation in polar bears

artículo científico publicado en 2014

Positive selection in the SLC11A1 gene in the family Equidae

artículo científico publicado en 2016

Postglacial viability and colonization in North America's ice-free corridor.

artículo científico publicado en 2016

Prehistoric genomes reveal the genetic foundation and cost of horse domestication

artículo científico publicado en 2014

Pros and cons of methylation-based enrichment methods for ancient DNA

artículo científico publicado en 2015

Proteomic Analysis of a Pleistocene Mammoth Femur Reveals More than One Hundred Ancient Bone Proteins

artículo científico publicado en 2012

Radiocarbon and genomic evidence for the survival of Equus Sussemionus until the late Holocene

artículo científico publicado en 2022

Recalibrating Equus evolution using the genome sequence of an early Middle Pleistocene horse

artículo científico publicado en 2013

Reconstructing ancient genomes and epigenomes

artículo científico publicado en 2015

Reconstructing genome evolution in historic samples of the Irish potato famine pathogen.

artículo científico publicado en 2013

Regulatory mutations in TBX3 disrupt asymmetric hair pigmentation that underlies Dun camouflage color in horses

artículo científico publicado en 2015

Revising the recent evolutionary history of equids using ancient DNA

artículo científico publicado en 2009

Revisiting Neandertal diversity with a 100,000 year old mtDNA sequence

artículo científico publicado en 2006

Rodents of the Caribbean: origin and diversification of hutias unravelled by next-generation museomics

artículo científico publicado en 2014

Sexing Viking Age horses from burial and non-burial sites in Iceland using ancient DNA

scholarly article by Heidi M. Nistelberger et al published January 2019 in Journal of Archaeological Science

Speciation with gene flow in equids despite extensive chromosomal plasticity

artículo científico publicado en 2014

Species-specific responses of Late Quaternary megafauna to climate and humans

artículo científico publicado en 2011

Spotted phenotypes in horses lost attractiveness in the Middle Ages

artículo científico publicado en 2016

Statistical guidelines for detecting past population shifts using ancient DNA.

artículo científico publicado en 2012

Struct-f4: a Rcpp package for ancestry profile and population structure inference from <i>f</i>4-statistics

artículo científico publicado en 2022

Surprising migration and population size dynamics in ancient Iberian brown bears (Ursus arctos)

artículo científico publicado en 2008

Survival and divergence in a small group: The extraordinary genomic history of the endangered Apennine brown bear stragglers

artículo científico publicado en 2017

Synergistic roles of climate warming and human occupation in Patagonian megafaunal extinctions during the Last Deglaciation

artículo científico publicado en 2016

Taming the Past: Ancient DNA and the Study of Animal Domestication

artículo científico publicado en 2017

Terminal Pleistocene Alaskan genome reveals first founding population of Native Americans.

artículo científico publicado en 2018

The Effects of Captivity on the Mammalian Gut Microbiome

artículo científico publicado en 2017

The Evolutionary Origin and Genetic Makeup of Domestic Horses

artículo científico publicado en 2016

The Evolutionary and Historical Foundation of the Modern Horse: Lessons from Ancient Genomics

scientific article published on 22 September 2020

The ancestry and affiliations of Kennewick Man

artículo científico publicado en 2015

The derived FOXP2 variant of modern humans was shared with Neandertals

artículo científico publicado en 2007

The first aurochs genome reveals the breeding history of British and European cattle

artículo científico publicado en 2015

The first horse herders and the impact of early Bronze Age steppe expansions into Asia

artículo científico publicado en 2018

The genetic prehistory of the New World Arctic

artículo científico publicado en 2014

The genome of a Late Pleistocene human from a Clovis burial site in western Montana

artículo científico publicado en 2014

The genomic history and global expansion of domestic donkeys

artículo científico publicado en 2022

The microcephalin ancestral allele in a Neanderthal individual

artículo científico publicado en 2010

The origin of ambling horses.

artículo científico publicado en 2016

The origins and spread of domestic horses from the Western Eurasian steppes

The prehistoric peopling of Southeast Asia

artículo científico publicado en 2018

The wolf reference genome sequence (Canis lupus lupus) and its implications for Canis spp. population genomics

artículo científico publicado en 2017

Tracking Five Millennia of Horse Management with Extensive Ancient Genome Time Series.

artículo científico publicado en 2019

Tracking the origins of Yakutian horses and the genetic basis for their fast adaptation to subarctic environments

artículo científico publicado en 2015

True single-molecule DNA sequencing of a pleistocene horse bone

artículo científico publicado en 2011

Twelve Years of Neandertal Genetic Discoveries: State-of-the-Art and Future Challenges

Two ancient human genomes reveal Polynesian ancestry among the indigenous Botocudos of Brazil

artículo científico publicado en 2014

Uncovering Signatures of DNA Methylation in Ancient Plant Remains From Patterns of Post-mortem DNA Damage

artículo científico publicado en 2020

Unveiling the Ecological Applications of Ancient DNA From Mollusk Shells

artículo científico

Upper Palaeolithic Siberian genome reveals dual ancestry of Native Americans

artículo científico publicado en 2014

Using Ancient DNA to Understand Evolutionary and Ecological Processes

article published in 2014

Using classical population genetics tools with heterochroneous data: time matters!

artículo científico publicado en 2009

Using paleo-archives to safeguard biodiversity under climate change

artículo científico publicado en 2020

Variola virus in a 300-year-old Siberian mummy

artículo científico publicado en 2012

Vibrio tapetis Displays an Original Type IV Secretion System in Strains Pathogenic for Bivalve Molluscs

artículo científico publicado en 2018

Whole-genome analyses resolve early branches in the tree of life of modern birds

artículo científico publicado en 2014

Widespread horse-based mobility arose around 2,200 BCE in Eurasia

artículo científico publicado en 2024

gargammel: a sequence simulator for ancient DNA

artículo científico publicado en 2016

mapDATAge: a ShinyR package to chart ancient DNA data through space and time

artículo científico publicado en 2022

mapDamage2.0: fast approximate Bayesian estimates of ancient DNA damage parameters

artículo científico publicado en 2013

mapDamage: testing for damage patterns in ancient DNA sequences

artículo científico publicado en 2011

metaBIT, an integrative and automated metagenomic pipeline for analysing microbial profiles from high-throughput sequencing shotgun data

artículo científico publicado en 2016