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Lista de obras de Philippe Rocca-Serra

'Omics data sharing

artículo científico publicado en 2009

A Data Citation Roadmap for Scholarly Data Repositories ⬇️

journal article from 'bioRxiv' published in 2016

A call for an international network of genomic observatories (GOs)

artículo científico publicado en 2012

A simple spreadsheet-based, MIAME-supportive format for microarray data: MAGE-TAB

artículo científico publicado en 2006

A strategy capitalizing on synergies: the Reporting Structure for Biological Investigation (RSBI) working group

artículo científico publicado en 2006

Addendum: The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship

article by Mark D Wilkinson et al published 19 March 2019 in Scientific Data

Agenda of the “BioSharing workshop – Bringing catalogues of bio-resource and standards together”

Agenda of the “BioSharing workshop – Unifying Bio-Resources Descriptors”

Agenda of the “BioSharing workshop – Unifying Bio-Resources Descriptors”

Annotation of environmental OMICS data: application to the transcriptomics domain

artículo científico publicado en 2006

ArrayExpress update--from an archive of functional genomics experiments to the atlas of gene expression

artículo científico publicado en 2008

ArrayExpress--a public repository for microarray gene expression data at the EBI

artículo científico publicado en 2005

ArrayExpress--a public repository for microarray gene expression data at the EBI

artículo científico publicado en 2003

ArrayExpress: a public database of gene expression data at EBI.

artículo científico publicado en 2003

Author Correction: Evaluating FAIR maturity through a scalable, automated, community-governed framework

scientific article published on 21 October 2019

Bio-GraphIIn: a graph-based, integrative and semantically-enabled repository for life science experimental data

artículo científico publicado en 2014

BioHackEU22 Project 22: Plant data exchange and standard interoperability

BioHackEU22 Report for Project 31: The What & How in data management: Improving connectivity between RDMkit and FAIR Cookbook

BioHackathon series in 2011 and 2012: penetration of ontology and linked data in life science domains

artículo científico publicado en 2014

BioSharing Overview

BioSharing Overview

artículo científico publicado en 2011

BioSharing: Harnessing Metadata Standards For The Data Commons

BioSharing: curated and crowd-sourced metadata standards, databases and data policies in the life sciences

artículo científico publicado en 2016

COordination of Standards in MetabOlomicS (COSMOS): facilitating integrated metabolomics data access

artículo científico publicado en 2015

Challenges of molecular nutrition research 6: the nutritional phenotype database to store, share and evaluate nutritional systems biology studies

artículo científico publicado en 2010

Chemical effects in biological systems--data dictionary (CEBS-DD): a compendium of terms for the capture and integration of biological study design description, conventional phenotypes, and 'omics data

artículo científico publicado en 2005

Community standards for open cell migration data

scientific article published on 01 May 2020

DATS, the data tag suite to enable discoverability of datasets

artículo científico publicado en 2017

DATS: the data tag suite to enable discoverability of datasets

Data discovery with DATS: exemplar adoptions and lessons learned.

artículo científico publicado en 2017

Data standards can boost metabolomics research, and if there is a will, there is a way

artículo científico publicado en 2016

Data storage: bringing us a step closer to data sharing?

artículo científico publicado en 2006

DataMed - an open source discovery index for finding biomedical datasets

artículo científico publicado en 2018

DataMed: Finding useful data across multiple biomedical data repositories

scholarly article published 17 December 2016

Defining best practice for microarray analyses in nutrigenomic studies

artículo científico publicado en 2005

Development of FuGO: an ontology for functional genomics investigations

artículo científico publicado en 2006

Discovering Data Access and Use Requirements Using the Data Tags Suite (DATS) Model

EBI metagenomics--a new resource for the analysis and archiving of metagenomic data

artículo científico publicado en 2013

ELIXIR and Toxicology: a community in development

ELIXIR and Toxicology: a community in development

artículo científico publicado en 2023

ELIXIR biovalidator for semantic validation of life science metadata

artículo científico publicado en 2022

Embedding standards in metabolomics: the Metabolomics Society data standards task group

Enabling reusability of plant phenomic datasets with MIAPPE 1.1.

artículo científico publicado en 2020

EnsMart: a generic system for fast and flexible access to biological data

artículo científico publicado en 2004

Erratum to: COordination of Standards in MetabOlomicS (COSMOS): facilitating integrated metabolomics data access

scholarly article published in Metabolomics

Evaluating FAIR maturity through a scalable, automated, community-governed framework

artículo científico publicado en 2019

Experiment design driven FAIRification of omics data matrices, an exemplar

scientific article published on 12 December 2019

FAIR Principles: Interpretations and Implementation Considerations

scholarly article

FAIRsharing as a community approach to standards, repositories and policies

artículo científico publicado en 2019

FAIRsharing, a cohesive community approach to the growth in standards, repositories and policies

Finding useful data across multiple biomedical data repositories using DataMed.

artículo científico publicado en 2017

From Peer-Reviewed to Peer-Reproduced in Scholarly Publishing: The Complementary Roles of Data Models and Workflows in Bioinformatics

artículo científico publicado en 2015

From peer-reviewed to peer-reproduced: a role for data standards, models and computational workflows in scholarly publishing

Galaxy-Kubernetes integration: scaling bioinformatics workflows in the cloud

Global analysis of human SARS-CoV-2 infection and host-virus interaction

Helping the Consumers and Producers of Standards, Repositories and Policies to Enable FAIR Data

ISA API: An open platform for interoperable life science experimental metadata

scientific article published on 16 September 2021

ISA software suite: supporting standards-compliant experimental annotation and enabling curation at the community level

artículo científico publicado en 2010

Identifiers for the 21st century: How to design, provision, and reuse persistent identifiers to maximize utility and impact of life science data

artículo científico publicado en 2017

Identifiers for the 21st century: How to design, provision, and reuse persistent identifiers to maximize utility and impact of life science data

artículo científico publicado en 2017

Interoperable and scalable data analysis with microservices: Applications in Metabolomics

Interoperable and scalable data analysis with microservices: Applications in Metabolomics

Interoperable and scalable data analysis with microservices: Applications in Metabolomics

scientific article published in 2019

Machine actionable metadata models

artículo científico publicado en 2022

Measures for interoperability of phenotypic data: minimum information requirements and formatting

artículo científico publicado en 2016

Meeting Report from the Second "Minimum Information for Biological and Biomedical Investigations" (MIBBI) workshop

artículo científico publicado en 2010

Meeting Report: BioSharing at ISMB 2010

artículo científico publicado en 2010

Meeting report: advancing practical applications of biodiversity ontologies

artículo científico publicado en 2014

MetaboLights--an open-access general-purpose repository for metabolomics studies and associated meta-data

artículo científico publicado en 2012

MetaboLights: An Open-Access Database Repository for Metabolomics Data

artículo científico publicado en 2016

MetaboLights: towards a new COSMOS of metabolomics data management

artículo científico publicado en 2012

Metabolomics - the stethoscope for the 21st century

artículo científico publicado en 2020

Metabolomics standards initiative: ontology working group work in progress

Minimum information about a marker gene sequence (MIMARKS) and minimum information about any (x) sequence (MIxS) specifications

artículo científico publicado en 2011

Modeling a microbial community and biodiversity assay with OBO Foundry ontologies: the interoperability gains of a modular approach

artículo científico publicado en 2015

Modeling biomedical experimental processes with OBI

artículo científico publicado en 2010

On the evolving portfolio of community-standards and data sharing policies: turning challenges into new opportunities ⬇️

artículo científico publicado el 12 de julio de 2012

OntoMaton: a bioportal powered ontology widget for Google Spreadsheets

artículo científico publicado en 2012

Overcoming the Ontology Enrichment Bottleneck with Quick Term Templates

Overcoming the Ontology Enrichment Bottleneck with Quick Term Templates

Owner controlled data exchange in nutrigenomic collaborations: the NuGO information network

artículo científico publicado en 2009

PhenoMeNal: Processing and analysis of Metabolomics data in the Cloud

PhenoMeNal: Processing and analysis of Metabolomics data in the Cloud

scholarly article by Kristian Peters et al published 7 December 2018 in GigaScience

PlatformTM, a standards-based data custodianship platform for translational medicine research

artículo científico publicado en 2019

Promoting coherent minimum reporting guidelines for biological and biomedical investigations: the MIBBI project

artículo científico publicado en 2008

Selected papers from the 16th Annual Bio-Ontologies Special Interest Group Meeting.

artículo científico publicado en 2014

Semantic concept schema of the linear mixed model of experimental observations

scientific article published on 27 February 2020

Sharing and archiving nucleic acid structure mapping data

artículo científico publicado en 2011

Special issue on bio-ontologies and phenotypes

artículo científico publicado en 2015

Standardization Initiatives in the (eco)toxicogenomics domain: a review

artículo científico publicado en 2004

Standardizing data

artículo científico publicado en 2013

Standards and infrastructure for managing experimental metadata

Survey-based naming conventions for use in OBO Foundry ontology development

artículo científico publicado en 2009

Taxonomy-Based Glyph Design—with a Case Study on Visualizing Workflows of Biological Experiments

artículo científico publicado en 2012

The ArrayExpress gene expression database: a software engineering and implementation perspective

artículo científico publicado en 2004

The Data Tags Suite (DATS) model for discovering data access and use requirements

artículo científico publicado en 2020

The FAIR Cookbook - the essential resource for and by FAIR doers

artículo científico publicado en 2023

The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship

artículo científico publicado en 2016

The MGED Ontology: a resource for semantics-based description of microarray experiments

artículo científico

The MetaboLights repository: curation challenges in metabolomics

artículo científico publicado en 2013

The Metadata Coverage Index (MCI): A standardized metric for quantifying database metadata richness

artículo científico publicado en 2012

The OBO Foundry: coordinated evolution of ontologies to support biomedical data integration

artículo científico publicado en 2007

The Ontology for Biomedical Investigations

artículo científico publicado en 2016

The Risa R/Bioconductor package: integrative data analysis from experimental metadata and back again

artículo científico publicado en 2014

The Stem Cell Commons: an exemplar for data integration in the biomedical domain driven by the ISA framework

artículo científico publicado en 2013

The carcinoGENOMICS project: critical selection of model compounds for the development of omics-based in vitro carcinogenicity screening assays

artículo científico publicado en 2008

The center for expanded data annotation and retrieval

artículo científico publicado en 2015

The first RSBI (ISA-TAB) workshop: "can a simple format work for complex studies?".

artículo científico publicado en 2008

The future of metabolomics in ELIXIR

artículo científico publicado en 2017

The future of metabolomics in ELIXIR.

artículo científico publicado en 2017

The use of concept maps during knowledge elicitation in ontology development processes--the nutrigenomics use case

artículo científico publicado en 2006

The “Minimum Information about an ENvironmental Sequence” (MIENS) specification

The “Minimum Information about an ENvironmental Sequence” (MIENS) specification

Thematic issue of the Second combined Bio-ontologies and Phenotypes Workshop

artículo científico

Toward interoperable bioscience data

artículo científico publicado en 2012

Towards BioDBcore: a community-defined information specification for biological databases

artículo científico publicado en 2011

Towards BioDBcore: a community-defined information specification for biological databases

artículo científico publicado en 2011

Towards interoperable reporting standards for omics data: hopes and hurdles

artículo científico publicado en 2009

Use cases, best practice and reporting standards for metabolomics in regulatory toxicology

artículo científico publicado en 2019

Using pathway signatures as means of identifying similarities among microarray experiments

artículo científico publicado en 2009

Visual compression of workflow visualizations with automated detection of macro motifs

artículo científico publicado en 2013

Wrestling with SUMO and bio-ontologies

artículo científico publicado en 2006

graph2tab, a library to convert experimental workflow graphs into tabular formats

artículo científico publicado en 2012

linkedISA: semantic representation of ISA-Tab experimental metadata

artículo científico publicado en 2014

mzML2ISA & nmrML2ISA: generating enriched ISA-Tab metadata files from metabolomics XML data

artículo científico publicado en 2017

mzTab-M: A Data Standard for Sharing Quantitative Results in Mass Spectrometry Metabolomics

artículo científico publicado en 2019

nmrML: a community supported open data standard for the description, storage, and exchange of NMR data

artículo científico publicado en 2017

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