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Lista de obras de Jaap Heringa

A Fourier analysis of symmetry in protein structure.

artículo científico publicado en 2002

A framework for exhaustive modelling of genetic interaction patterns using Petri nets

scientific article published on 01 April 2020

A protein prioritization approach tailored for the FA/BRCA pathway

artículo científico publicado en 2013

A simple and fast secondary structure prediction method using hidden neural networks

artículo científico publicado en 2004

Accurate confidence aware clustering of array CGH tumor profiles

artículo científico publicado en 2009

Addendum: The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship

article by Mark D Wilkinson et al published 19 March 2019 in Scientific Data

An analysis of protein domain linkers: their classification and role in protein folding

artículo científico publicado en 2002

An overview of multiple sequence alignment

artículo científico publicado en 2003

AuberGene--a sensitive genome alignment tool

artículo científico publicado en 2006

Aurora kinase A (AURKA) interaction with Wnt and Ras-MAPK signalling pathways in colorectal cancer.

artículo científico publicado en 2018

Author Correction: Leveraging European infrastructures to access 1 million human genomes by 2022

artículo científico publicado en 2019

BioASF: a framework for automatically generating executable pathway models specified in BioPAX.

artículo científico publicado en 2016

Bioinformatics and systems biology: bridging the gap between heterogeneous student backgrounds

artículo científico publicado en 2013

Bioinformatics in the Netherlands: the value of a nationwide community

artículo científico publicado en 2018

Bioinformatics in the Netherlands: the value of a nationwide community.

artículo científico publicado en 2017

Both Intrinsic Substrate Preference and Network Context Contribute to Substrate Selection of Classical Tyrosine Phosphatases

artículo científico publicado en 2017

Bridging the translational innovation gap through good biomarker practice

artículo científico publicado en 2017

CGHnormaliter: a Bioconductor package for normalization of array CGH data with many CNAs

artículo científico publicado en 2010

CGHnormaliter: an iterative strategy to enhance normalization of array CGH data with imbalanced aberrations

artículo científico publicado en 2009

CLUB-MARTINI: Selecting Favourable Interactions amongst Available Candidates, a Coarse-Grained Simulation Approach to Scoring Docking Decoys.

artículo científico publicado en 2016

Coarse-grained versus atomistic simulations: realistic interaction free energies for real proteins

artículo científico publicado en 2013

Computational estimation of tricarboxylic acid cycle fluxes using noisy NMR data from cardiac biopsies ⬇️

artículo científico publicado el 21 de agosto de 2013

Computational quantification of metabolic fluxes from a single isotope snapshot: application to an animal biopsy

artículo científico publicado en 2010

ConBind: motif-aware cross-species alignment for the identification of functional transcription factor binding sites

artículo científico publicado en 2016

Construction and Experimental Validation of a Petri Net Model of Wnt/β-Catenin Signaling.

artículo científico publicado en 2016

Contact-based sequence alignment

artículo científico publicado en 2004

Correction: A Protein Prioritization Approach Tailored for the FA/BRCA Pathway

artículo científico publicado en 2013

ECCB 2016: The 15th European Conference on Computational Biology

artículo científico publicado en 2016

Editorial

Electron density fingerprints (EDprints): virtual screening using assembled information of electron density

artículo científico publicado en 2010

Enabling grand-canonical Monte Carlo: extending the flexibility of GROMACS through the GromPy python interface module.

artículo científico publicado en 2012

Executing multicellular differentiation: quantitative predictive modelling of C.elegans vulval development

artículo científico publicado en 2009

Explaining disease using big data: How valid is your pathway?

artículo científico publicado en 2015

Exploring familial relationships using multiple sequence alignment

artículo científico publicado en 2002

FAIR Principles: Interpretations and Implementation Considerations

scholarly article

From knotted to nested RNA structures: a variety of computational methods for pseudoknot removal

artículo científico publicado en 2008

General secretion signal for the mycobacterial type VII secretion pathway

artículo científico publicado en 2012

Global multiple-sequence alignment with repeats

scholarly article by Michael Sammeth published in April 2006

HIV-1 envelope glycoprotein signatures that correlate with the development of cross-reactive neutralizing activity.

artículo científico publicado en 2013

HIV-1 replication fitness of HLA-B*57/58:01 CTL escape variants is restored by the accumulation of compensatory mutations in gag

artículo científico publicado en 2013

Hard-wired heterogeneity in blood stem cells revealed using a dynamic regulatory network model

artículo científico publicado en 2013

Homology-extended sequence alignment

artículo científico publicado en 2005

Identifying foldable regions in protein sequence from the hydrophobic signal.

artículo científico publicado en 2007

Integrating Candida albicans metabolism with biofilm heterogeneity by transcriptome mapping

artículo científico publicado en 2016

Integration of EGA secure data access into Galaxy

artículo científico publicado en 2016

Lagrangian Relaxation Applied to Sparse Global Network Alignment

Leveraging European infrastructures to access 1 million human genomes by 2022

scientific article published on 27 August 2019

Local weighting schemes for protein multiple sequence alignment

artículo científico publicado en 2002

Mapping proteins in the presence of paralogs using units of coevolution

artículo científico publicado en 2013

Motif-Aware PRALINE: Improving the alignment of motif regions

artículo científico publicado en 2018

Multi-Harmony: detecting functional specificity from sequence alignment.

artículo científico publicado en 2010

Multi-RELIEF: a method to recognize specificity determining residues from multiple sequence alignments using a Machine-Learning approach for feature weighting

artículo científico publicado en 2007

Multiple Sequence Alignment

artículo científico publicado en 2017

Multiple alignment of transmembrane protein sequences

Multiple sequence alignment

artículo científico publicado en 2008

NGS-eval: NGS Error analysis and novel sequence VAriant detection tooL.

artículo científico publicado en 2015

Natalie 2.0: Sparse Global Network Alignment as a Special Case of Quadratic Assignment

NatalieQ: a web server for protein-protein interaction network querying

artículo científico publicado en 2014

On defining the dynamics of hydrophobic patches on protein surfaces

scientific article published on 01 July 2008

PRALINE: a multiple sequence alignment toolbox that integrates homology-extended and secondary structure information

artículo científico publicado en 2005

PRALINE: a versatile multiple sequence alignment toolkit

artículo científico publicado en 2014

PRALINETM: a strategy for improved multiple alignment of transmembrane proteins

artículo científico publicado en 2008

Parallelized multiple alignment

artículo científico publicado en 2002

PhyloPars: estimation of missing parameter values using phylogeny

scientific article published on 13 May 2009

Predicting the relationships between gut microbiota and mental disorders with knowledge graphs

artículo científico publicado en 2020

Protein Secondary Structure Prediction

Protein analysis tools and services at IBIVU

artículo científico publicado el 8 de septiembre de 2011

Protein domain identification and improved sequence similarity searching using PSI-BLAST.

artículo científico publicado en 2002

Quantifying the displacement of mismatches in multiple sequence alignment benchmarks

artículo científico publicado en 2015

Rapid asymmetric evolution of a dual-coding tumor suppressor INK4a/ARF locus contradicts its function

artículo científico publicado en 2007

SCRY: Extending SPARQL with Custom Data Processing Methods for the Life Sciences ⬇️

SEQATOMS: a web tool for identifying missing regions in PDB in sequence context.

artículo científico publicado en 2008

Scooby-domain: prediction of globular domains in protein sequence

artículo científico publicado en 2005

SeRenDIP: SEquential REmasteriNg to DerIve profiles for fast and accurate predictions of PPI interface positions

artículo científico publicado en 2019

Seeing the trees through the forest: sequence-based homo- and heteromeric protein-protein interaction sites prediction using random forest.

artículo científico publicado en 2017

Sequence comparison by sequence harmony identifies subtype-specific functional sites

artículo científico publicado en 2006

Sequence harmony: detecting functional specificity from alignments.

artículo científico publicado en 2007

Sequence specificity between interacting and non-interacting homologs identifies interface residues--a homodimer and monomer use case

artículo científico publicado en 2015

Side-chain clusters in protein structures and their role in protein folding

artículo científico publicado en 1991

SnapDRAGON: a method to delineate protein structural domains from sequence data

artículo científico publicado en 2002

Structure and function analysis of flexible alignment regions in proteins.

artículo científico publicado en 2009

Systematically linking tranSMART, Galaxy and EGA for reusing human translational research data. ⬇️

artículo científico publicado en 2017

Tailor-made multiple sequence alignments using the PRALINE 2 alignment toolkit

artículo científico publicado en 2019

Testing homology with Contact Accepted mutatiOn (CAO): a contact-based Markov model of protein evolution

artículo científico publicado en 2003

The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship

artículo científico publicado en 2016

The ability of transcription factors to differentially regulate gene expression is a crucial component of the mechanism underlying inversion, a frequently observed genetic interaction pattern.

artículo científico publicado en 2019

The meaning of alignment: lessons from structural diversity.

artículo científico publicado en 2008

The potential use of big data in oncology

artículo científico publicado en 2019

Tools for computational processing of LC-MS datasets: a user's perspective

artículo científico publicado en 2007

Tracking repeats using significance and transitivity

artículo científico publicado en 2004

Training for translation between disciplines: a philosophy for life and data sciences curricula

artículo científico publicado en 2018

Unraveling the outcome of 16S rDNA-based taxonomy analysis through mock data and simulations

artículo científico publicado en 2014

Yves Moreau and Jaap Heringa, on behalf of the ECCB10 organizing and steering committees ⬇️

artículo científico publicado el 15 de septiembre de 2010

metaModules identifies key functional subnetworks in microbiome-related disease

artículo científico publicado en 2015

webPRC: the Profile Comparer for alignment-based searching of public domain databases

artículo científico publicado en 2009

xHeinz: an algorithm for mining cross-species network modules under a flexible conservation model

artículo científico publicado en 2015

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