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Lista de obras de Hervé Philippe

A Large and Consistent Phylogenomic Dataset Supports Sponges as the Sister Group to All Other Animals

artículo científico publicado en 2017

A congruent solution to arthropod phylogeny: phylogenomics, microRNAs and morphology support monophyletic Mandibulata

artículo científico publicado en 2011

A dirichlet process covarion mixture model and its assessments using posterior predictive discrepancy tests

artículo científico publicado en 2009

A maximum likelihood framework for protein design

artículo científico publicado en 2006

A phylogenomic framework and timescale for comparative studies of tunicates

A phylogenomic framework and timescale for comparative studies of tunicates.

artículo científico publicado en 2018

A software tool 'CroCo' detects pervasive cross-species contamination in next generation sequencing data.

artículo científico publicado en 2018

Acoel flatworms are not platyhelminthes: evidence from phylogenomics

artículo científico publicado en 2007

Acoelomorph flatworms are deuterostomes related to Xenoturbella

artículo científico publicado en 2011

Additional molecular support for the new chordate phylogeny

artículo científico publicado en 2008

An empirical assessment of long-branch attraction artefacts in deep eukaryotic phylogenomics

artículo científico publicado en 2005

An unusual choanoflagellate protein released by Hedgehog autocatalytic processing

artículo científico publicado en 2006

Archaeal phylogeny based on ribosomal proteins

scholarly article by Oriane Matte-Tailliez et al published May 2002 in Molecular Biology and Evolution

Assessing site-interdependent phylogenetic models of sequence evolution

artículo científico publicado en 2006

Bayesian comparisons of codon substitution models

artículo científico publicado en 2008

Broccoli: combining phylogenetic and network analyses for orthology assignment

scientific article published on 30 June 2020

Cnidarian phylogenetic relationships as revealed by mitogenomics

artículo científico publicado en 2013

Computational methods for evaluating phylogenetic models of coding sequence evolution with dependence between codons.

artículo científico publicado en 2009

Computing Bayes factors using thermodynamic integration

artículo científico publicado en 2006

Conditional Approximate Bayesian Computation: A New Approach for Across-Site Dependency in High-Dimensional Mutation-Selection Models

scientific article published on 01 November 2018

Consensus assessment of the contamination level of publicly available cyanobacterial genomes

artículo científico publicado en 2018

Data access for the 1,000 Plants (1KP) project

artículo científico publicado en 2014

Detecting and Overcoming Systematic Errors in Genome-Scale Phylogenies

artículo científico publicado en 2007

Difficult phylogenetic questions: more data, maybe; better methods, certainly ⬇️

artículo científico publicado el 29 de diciembre de 2011

Environmental temperatures shape thermal physiology as well as diversification and genome-wide substitution rates in lizards

artículo científico publicado en 2019

Eubacterial phylogeny based on translational apparatus proteins ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2002

Evaluating the usefulness of alignment filtering methods to reduce the impact of errors on evolutionary inferences

artículo científico publicado en 2019

Evaluation of the models handling heterotachy in phylogenetic inference

artículo científico publicado en 2007

Evolution of eukaryotic translation elongation and termination factors: variations of evolutionary rate and genetic code deviations

artículo científico publicado en 2002

Exploring fast computational strategies for probabilistic phylogenetic analysis

artículo científico publicado en 2007

Functional divergence prediction from evolutionary analysis: a case study of vertebrate hemoglobin

artículo científico publicado en 2003

Genomic data do not support comb jellies as the sister group to all other animals

artículo científico publicado en 2015

Heterotachy and long-branch attraction in phylogenetics

artículo científico publicado en 2005

Heterotachy, an Important Process of Protein Evolution ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2002

Human myosin VIIA responsible for the Usher 1B syndrome: a predicted membrane-associated motor protein expressed in developing sensory epithelia

artículo científico publicado en 1996

Impact of missing data on phylogenies inferred from empirical phylogenomic data sets

artículo científico publicado en 2012

Improved Modeling of Compositional Heterogeneity Supports Sponges as Sister to All Other Animals

artículo científico publicado en 2017

Improvement of molecular phylogenetic inference and the phylogeny of Bilateria

artículo científico publicado en 2008

Inferring the shallow phylogeny of true salamanders (Salamandra) by multiple phylogenomic approaches.

artículo científico

Lack of resolution in the animal phylogeny: closely spaced cladogeneses or undetected systematic errors?

artículo científico publicado en 2006

Large-scale sequencing and the new animal phylogeny

artículo científico publicado en 2006

Mechanistic revisions of phenomenological modeling strategies in molecular evolution

artículo científico publicado en 2010

MicroRNAs and phylogenomics resolve the relationships of Tardigrada and suggest that velvet worms are the sister group of Arthropoda

artículo científico publicado en 2011

Mitigating Anticipated Effects of Systematic Errors Supports Sister-Group Relationship between Xenacoelomorpha and Ambulacraria

artículo científico publicado en 2019

Molecular dating in the genomic era

Monophyly of primary photosynthetic eukaryotes: green plants, red algae, and glaucophytes

artículo científico publicado en 2005

Multiple factors confounding phylogenetic detection of selection on codon usage

artículo científico publicado en 2018

Mutation-selection models of coding sequence evolution with site-heterogeneous amino acid fitness profiles

artículo científico publicado en 2010

Origin of land plants revisited in the light of sequence contamination and missing data ⬇️

artículo científico publicado el 7 de agosto de 2012

Origin of land plants: do conjugating green algae hold the key?

artículo científico publicado en 2011

Origine des vertébrés : la tunique fait-elle le moine ?

Phylogenetic analyses of nuclear, mitochondrial, and plastid multigene data sets support the placement of Mesostigma in the Streptophyta

artículo científico publicado en 2006

Phylogenomic Insights into Animal Evolution

artículo científico

Phylogenomic analyses predict sistergroup relationship of nucleariids and fungi and paraphyly of zygomycetes with significant support

artículo científico publicado en 2009

Phylogenomic analyses support the monophyly of Taphrinomycotina, including Schizosaccharomyces fission yeasts

artículo científico publicado en 2008

Phylogenomic evidence for separate acquisition of plastids in cryptophytes, haptophytes, and stramenopiles

artículo científico publicado en 2010

Phylogenomics

scientific article published in 2005

Phylogenomics and the reconstruction of the tree of life

artículo científico publicado en 2005

Phylogenomics revives traditional views on deep animal relationships

artículo científico publicado en 2009

Phylogenomics: the beginning of incongruence?

artículo científico publicado en 2006

Phylotranscriptomic analysis of the origin and early diversification of land plants

artículo científico publicado en 2014

Phylotranscriptomic consolidation of the jawed vertebrate timetree.

artículo científico publicado en 2017

Phylotranscriptomic evidence for pervasive ancient hybridization among Old World salamanders

artículo científico publicado en 2020

Pitfalls in supermatrix phylogenomics

artículo científico publicado en 2017

Plasticity of animal genome architecture unmasked by rapid evolution of a pelagic tunicate

artículo científico publicado en 2010

Plastid Origin: Replaying the Tape

artículo científico publicado en 2006

Proceedings of the First International Conference on Phylogenomics. March 15-19, 2006. Quebec, Canada

artículo científico publicado en 2007

Rampant horizontal gene transfer and phospho-donor change in the evolution of the phosphofructokinase ⬇️

artículo científico publicado el 30 de octubre de 2003

Reply to Halanych et al.: Ctenophore misplacement is corroborated by independent datasets

artículo científico publicado en 2016

Resolving difficult phylogenetic questions: why more sequences are not enough

artículo científico publicado en 2011

Rooting the tree of life: the phylogenetic jury is still out

artículo científico publicado en 2015

SCaFoS: a tool for selection, concatenation and fusion of sequences for phylogenomics

artículo científico publicado en 2007

Serine codon-usage bias in deep phylogenomics: pancrustacean relationships as a case study

artículo científico publicado en 2012

Site interdependence attributed to tertiary structure in amino acid sequence evolution

artículo científico publicado en 2005

Site-specific time heterogeneity of the substitution process and its impact on phylogenetic inference ⬇️

artículo científico publicado el 14 de enero de 2011

State-of the art methodologies dictate new standards for phylogenetic analysis

artículo científico publicado en 2013

Statistical potentials for improved structurally constrained evolutionary models.

artículo científico publicado en 2010

Taking the first steps towards a standard for reporting on phylogenies: Minimum Information About a Phylogenetic Analysis (MIAPA)

artículo científico publicado en 2006

The African coelacanth genome provides insights into tetrapod evolution

artículo científico publicado en 2013

The analysis of 100 genes supports the grouping of three highly divergent amoebae: Dictyostelium, Entamoeba, and Mastigamoeba

artículo científico publicado en 2002

The potential value of indels as phylogenetic markers: position of trichomonads as a case study

scientific article published on 01 June 2002

The product of the mammalian orthologue of the Saccharomyces cerevisiae HBS1 gene is phylogenetically related to eukaryotic release factor 3 (eRF3) but does not carry eRF3-like activity

artículo científico publicado en 1998

The timing of eukaryotic evolution: does a relaxed molecular clock reconcile proteins and fossils?

artículo científico publicado en 2004

Toward resolving the eukaryotic tree: the phylogenetic positions of jakobids and cercozoans.

artículo científico publicado en 2007

Tunicates and not cephalochordates are the closest living relatives of vertebrates

artículo científico publicado en 2006

Uniformization for sampling realizations of Markov processes: applications to Bayesian implementations of codon substitution models

artículo científico publicado en 2007

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