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Lista de obras de Brian Kuhlman

A "solvated rotamer" approach to modeling water-mediated hydrogen bonds at protein-protein interfaces

artículo científico publicado en 2005

A comparison of successful and failed protein interface designs highlights the challenges of designing buried hydrogen bonds ⬇️

artículo científico publicado el 29 de noviembre de 2012

A generic program for multistate protein design

artículo científico publicado en 2011

A genetically encoded photoactivatable Rac controls the motility of living cells

artículo científico publicado en 2009

A large scale test of computational protein design: folding and stability of nine completely redesigned globular proteins

artículo científico publicado en 2003

Accurate computer-based design of a new backbone conformation in the second turn of protein L

artículo científico publicado en 2002

Adding diverse noncanonical backbones to rosetta: enabling peptidomimetic design

artículo científico publicado en 2013

Advances in protein structure prediction and design

artículo científico publicado en 2019

Alternative computational protocols for supercharging protein surfaces for reversible unfolding and retention of stability

artículo científico publicado en 2013

An adaptive dynamic programming algorithm for the side chain placement problem.

artículo científico publicado en 2005

An improved protein decoy set for testing energy functions for protein structure prediction.

artículo científico publicado en 2003

An optogenetic switch for the Set2 methyltransferase provides evidence for transcription-dependent and -independent dynamics of H3K36 methylation

artículo científico publicado en 2020

Author Correction: Optogenetic control of cofilin and αTAT in living cells using Z-lock

artículo científico publicado en 2020

Biochemistry. From computational design to a protein that binds

artículo científico publicado en 2011

Boosting protein stability with the computational design of β-sheet surfaces

artículo científico publicado en 2015

Catalysis by a De Novo Zinc-Mediated Protein Interface: Implications for Natural Enzyme Evolution and Rational Enzyme Engineering ⬇️

artículo científico publicado el 24 de abril de 2012

Cells lay their own tracks - optogenetic Cdc42 activation stimulates fibronectin deposition supporting directed migration

artículo científico publicado en 2017

Combined computational design of a zinc-binding site and a protein-protein interaction: one open zinc coordination site was not a robust hotspot for de novo ubiquitin binding

artículo científico publicado en 2013

Combined covalent-electrostatic model of hydrogen bonding improves structure prediction with Rosetta

artículo científico publicado en 2015

Community-wide assessment of protein-interface modeling suggests improvements to design methodology

artículo científico publicado en 2011

Computational Design of the Sequence and Structure of a Protein-Binding Peptide ⬇️

artículo científico publicado el 9 de marzo de 2011

Computational de novo design of a four-helix bundle protein--DND_4HB.

artículo científico publicado en 2014

Computational design of a PAK1 binding protein

artículo científico publicado en 2010

Computational design of a symmetric homodimer using β-strand assembly ⬇️

artículo científico publicado el 5 de diciembre de 2011

Computational design of affinity and specificity at protein-protein interfaces

artículo científico publicado en 2009

Computational design of second-site suppressor mutations at protein-protein interfaces

artículo científico publicado en 2010

Computational protein design with explicit consideration of surface hydrophobic patches ⬇️

artículo científico publicado el 16 de diciembre de 2011

Computer-Based Redesign of a β Sandwich Protein Suggests that Extensive Negative Design Is Not Required for De Novo β Sheet Design

artículo científico publicado en 2008

Computer-based design of novel protein structures

artículo científico publicado en 2006

Control of Protein Activity and Cell Fate Specification via Light-Mediated Nuclear Translocation

artículo científico publicado en 2015

Correction to Rapid Sampling of Hydrogen Bond Networks for Computational Protein Design

artículo científico publicado en 2018

Correlating in Vitro and in Vivo Activities of Light-Inducible Dimers: A Cellular Optogenetics Guide

artículo científico

Crystal structures and increased stabilization of the protein G variants with switched folding pathways NuG1 and NuG2

artículo científico publicado en 2002

Designing Photoswitchable Peptides Using the AsLOV2 Domain ⬇️

artículo científico publicado el 20 de abril de 2012

Designing protein structures and complexes with the molecular modeling program Rosetta

scientific article published on 07 November 2019

Engineering Improved Photoswitches for the Control of Nucleocytoplasmic Distribution

scientific article published on 29 November 2018

Engineering a Protein Binder Specific for p38α with Interface Expansion

scientific article published on 19 July 2018

Engineering a genetically encoded competitive inhibitor of the KEAP1-NRF2 interaction via structure-based design and phage display

artículo científico publicado en 2015

Engineering an improved light-induced dimer (iLID) for controlling the localization and activity of signaling proteins

artículo científico publicado en 2014

Ensuring scientific reproducibility in bio-macromolecular modeling via extensive, automated benchmarks

artículo científico publicado en 2021

Evolution of a highly active and enantiospecific metalloenzyme from short peptides

artículo científico publicado en 2018

Exploring folding free energy landscapes using computational protein design.

artículo científico publicado en 2004

Functional Class I and II Amino Acid-activating Enzymes Can Be Coded by Opposite Strands of the Same Gene

artículo científico publicado en 2015

G Protein Mono-ubiquitination by the Rsp5 Ubiquitin Ligase

artículo científico publicado en 2009

Generation of bispecific IgG antibodies by structure-based design of an orthogonal Fab interface

artículo científico publicado en 2014

High-resolution design of a protein loop

artículo científico publicado en 2007

High-resolution structural and thermodynamic analysis of extreme stabilization of human procarboxypeptidase by computational protein design

artículo científico publicado en 2007

Incorporation of Noncanonical Amino Acids into Rosetta and Use in Computational Protein-Peptide Interface Design ⬇️

artículo científico publicado el 14 de marzo de 2012

Increasing Sequence Diversity with Flexible Backbone Protein Design: The Complete Redesign of a Protein Hydrophobic Core ⬇️

artículo científico publicado el 24 de mayo de 2012

LOVTRAP: an optogenetic system for photoinduced protein dissociation

artículo científico publicado en 2016

Light-dependent cytoplasmic recruitment enhances the dynamic range of a nuclear import photoswitch.

artículo científico publicado en 2018

Macromolecular modeling and design in Rosetta: recent methods and frameworks

artículo científico publicado en 2020

Maintaining solvent accessible surface area under rotamer substitution for protein design

artículo científico publicado en 2007

Mechanism of Lysine 48 Selectivity during Polyubiquitin Chain Formation by the Ube2R1/2 Ubiquitin-Conjugating Enzyme

artículo científico publicado en 2016

Metal templated design of protein interfaces

artículo científico publicado en 2010

Metal-Mediated Affinity and Orientation Specificity in a Computationally Designed Protein Homodimer ⬇️

artículo científico publicado el 15 de diciembre de 2011

Mis-translation of a computationally designed protein yields an exceptionally stable homodimer: implications for protein engineering and evolution

artículo científico publicado en 2006

On-the-Fly Rotamer Pair Energy Evaluation in Protein Design

scholarly article

Optogenetic control of cofilin and αTAT in living cells using Z-lock

artículo científico publicado en 2019

Perturbing the energy landscape for improved packing during computational protein design

artículo científico publicado en 2020

Probing the minimal determinants of zinc binding with computational protein design

artículo científico publicado en 2016

Protein-protein docking with simultaneous optimization of rigid-body displacement and side-chain conformations

artículo científico publicado en 2003

Protocols for Requirement-Driven Protein Design in the Rosetta Modeling Program.

artículo científico publicado en 2018

ROSETTA3: an object-oriented software suite for the simulation and design of macromolecules

artículo científico publicado en 2011

Rapid E2-E3 assembly and disassembly enable processive ubiquitylation of cullin-RING ubiquitin ligase substrates

artículo científico publicado en 2009

Rapid Sampling of Hydrogen Bond Networks for Computational Protein Design

artículo científico publicado en 2018

Redesign of the PAK1 Autoinhibitory Domain for Enhanced Stability and Affinity in Biosensor Applications ⬇️

artículo científico publicado el 24 de agosto de 2011

Redesigning the NEDD8 Pathway with a Bacterial Genetic Screen for Ubiquitin-Like Molecule Transfer ⬇️

artículo científico publicado el 3 de marzo de 2012

RosettaDesign server for protein design

artículo científico publicado en 2006

Rotamer-Pair Energy Calculations Using a Trie Data Structure

article by Andrew Leaver-Fay et al published 2005 in Lecture Notes in Computer Science

Scientific benchmarks for guiding macromolecular energy function improvement

artículo científico publicado en 2013

Sequence determinants of E2-E6AP binding affinity and specificity

artículo científico publicado en 2007

Serverification of molecular modeling applications: the Rosetta Online Server that Includes Everyone (ROSIE)

artículo científico publicado en 2013

Strategies to control the binding mode of de novo designed protein interactions ⬇️

artículo científico publicado el 31 de mayo de 2013

Structural Determinants of Affinity Enhancement between GoLoco Motifs and G-Protein   Subunit Mutants

artículo científico publicado en 2011

Structure-based Protocol for Identifying Mutations that Enhance Protein–Protein Binding Affinities

artículo científico publicado en 2007

Structure-based design of supercharged, highly thermoresistant antibodies

artículo científico publicado en 2012

SwiftLib: rapid degenerate-codon-library optimization through dynamic programming

artículo científico publicado en 2014

Tuning the Binding Affinities and Reversion Kinetics of a Light Inducible Dimer Allows Control of Transmembrane Protein Localization

artículo científico publicado en 2016

UbSRD: The Ubiquitin Structural Relational Database

artículo científico publicado en 2015

Using anchoring motifs for the computational design of protein-protein interactions

artículo científico publicado en 2013

Using quantum mechanics to improve estimates of amino acid side chain rotamer energies

artículo científico publicado en 2008

We FRET so You Don't Have To: New Models of the Lipoprotein Lipase Dimer

artículo científico publicado en 2018

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