Filtros de búsqueda

Lista de obras de Philippe Lemey

1970s and ‘Patient 0’ HIV-1 genomes illuminate early HIV/AIDS history in North America

artículo científico publicado en 2016

A comparative study of HIV-1 clade C env evolution in a Zambian infant with an infected rhesus macaque during disease progression

artículo científico publicado en 2009

A counting renaissance: combining stochastic mapping and empirical Bayes to quickly detect amino acid sites under positive selection

artículo científico publicado en 2012

A near full-length HIV-1 genome from 1966 recovered from formalin-fixed paraffin-embedded tissue

scientific article published on 19 May 2020

A uniquely prevalent nonnucleoside reverse transcriptase inhibitor resistance mutation in Russian subtype A HIV-1 viruses

artículo científico publicado en 2014

APOBEC3 deaminase editing in mpox virus as evidence for sustained human transmission since at least 2016

artículo científico publicado en 2023

ASSESSING PHENOTYPIC CORRELATION THROUGH THE MULTIVARIATE PHYLOGENETIC LATENT LIABILITY MODEL. ⬇️

artículo científico publicado en 2015

Accommodating individual travel history and unsampled diversity in Bayesian phylogeographic inference of SARS-CoV-2

scientific article published on 09 October 2020

Accommodating individual travel history, global mobility, and unsampled diversity in phylogeography: a SARS-CoV-2 case study

artículo científico publicado en 2020

Accurate model selection of relaxed molecular clocks in bayesian phylogenetics

artículo científico publicado en 2012

Accurate quantification of within- and between-host HBV evolutionary rates requires explicit transmission chain modelling.

artículo científico publicado en 2017

Adaptive MCMC in Bayesian phylogenetics: an application to analyzing partitioned data in BEAST.

artículo científico publicado en 2017

Air travel is associated with intracontinental spread of dengue virus serotypes 1-3 in Brazil

artículo científico publicado en 2014

Ancient DNA analyses exclude humans as the driving force behind late Pleistocene musk ox (Ovibos moschatus) population dynamics

artículo científico publicado en 2010

Ancient hybridization and an Irish origin for the modern polar bear matriline

artículo científico publicado en 2011

Ancient papillomavirus-host co-speciation in Felidae

artículo científico publicado en 2007

Archival influenza virus genomes from Europe reveal genomic variability during the 1918 pandemic

artículo científico publicado en 2022

Are hepatitis B virus "subgenotypes" defined accurately?

artículo científico publicado en 2010

Assessing the role of live poultry trade in community-structured transmission of avian influenza in China

artículo científico publicado en 2020

Bayesian Evaluation of Temporal Signal in Measurably Evolving Populations

artículo científico publicado en 2019

Bayesian Inference Reveals Host-Specific Contributions to the Epidemic Expansion of Influenza A H5N1.

artículo científico publicado en 2015

Bayesian evolutionary model testing in the phylogenomics era: matching model complexity with computational efficiency

artículo científico publicado en 2013

Bayesian phylogenetic and phylodynamic data integration using BEAST 1.10.

artículo científico publicado en 2018

Bayesian phylogeography finds its roots

artículo científico publicado en 2009

COVID-19 pandemic interventions reshaped the global dispersal of seasonal influenza viruses

artículo científico publicado en 2024

Characterization of a putative ancestor of coxsackievirus B5.

artículo científico publicado en 2010

Circulation of HRSV in Belgium: from multiple genotype circulation to prolonged circulation of predominant genotypes

artículo científico publicado en 2013

Combining phylogeography and spatial epidemiology to uncover predictors of H5N1 influenza A virus diffusion

artículo científico publicado en 2014

Comparing patterns and scales of plant virus phylogeography: Rice yellow mottle virus in Madagascar and in continental Africa

scientific article published on 01 July 2019

Complete genome sequence of Montana Myotis leukoencephalitis virus, phylogenetic analysis and comparative study of the 3' untranslated region of flaviviruses with no known vector

artículo científico publicado en 2002

Complete genome sequence, taxonomic assignment, and comparative analysis of the untranslated regions of the Modoc virus, a flavivirus with no known vector

artículo científico publicado en 2002

Complete genomic sequence of human coronavirus OC43: molecular clock analysis suggests a relatively recent zoonotic coronavirus transmission event

artículo científico publicado en 2005

Contribution of Epidemiological Predictors in Unraveling the Phylogeographic History of HIV-1 Subtype C in Brazil

artículo científico publicado en 2015

Correction: Geographic and Temporal Trends in the Molecular Epidemiology and Genetic Mechanisms of Transmitted HIV-1 Drug Resistance: An Individual-Patient- and Sequence-Level Meta-Analysis

artículo científico publicado en 2015

Determinants of dengue virus dispersal in the Americas

artículo científico publicado en 2020

Distinct rates and patterns of spread of the major HIV-1 subtypes in Central and East Africa

scientific article published on 06 December 2019

Divergence dating using mixed effects clock modelling: An application to HIV-1

scientific article published on 01 July 2019

Ecuador Paraiso Escondido Virus, a New Flavivirus Isolated from New World Sand Flies in Ecuador, Is the First Representative of a Novel Clade in the Genus Flavivirus

artículo científico publicado en 2015

Emergence in Japan of an HIV-1 variant associated with transmission among men who have sex with men (MSM) in China: first indication of the International Dissemination of the Chinese MSM lineage

artículo científico publicado en 2013

Emergence of primary NNRTI resistance mutations without antiretroviral selective pressure in a HAART-treated child

artículo científico publicado en 2009

Emerging Concepts of Data Integration in Pathogen Phylodynamics ⬇️

artículo científico publicado en 2017

Endogenous viral elements in shrew genomes provide insights into <i>Pestivirus</i> ancient history

artículo científico publicado en 2022

Enzootic transmission of yellow fever virus, Venezuela

artículo científico publicado en 2015

Epidemiological history and genomic characterization of non-D1 HBV strains identified in Iran

artículo científico publicado en 2014

Epidemiological hypothesis testing using a phylogeographic and phylodynamic framework

artículo científico publicado en 2020

Estimating the individualized HIV-1 genetic barrier to resistance using a nelfinavir fitness landscape

artículo científico publicado en 2010

Evolution and epidemic spread of SARS-CoV-2 in Brazil

preprint publicado en 2020

Evolutionary analysis of HBV "S" antigen genetic diversity in Iranian blood donors: a nationwide study

artículo científico publicado en 2013

Evolutionary dynamics of human rotaviruses: balancing reassortment with preferred genome constellations

artículo científico publicado en 2009

Evolutionary history of the closely related group 2 coronaviruses: porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus, bovine coronavirus, and human coronavirus OC43

artículo científico publicado en 2006

Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic

artículo científico publicado en 2020

Exceptional Heterogeneity in Viral Evolutionary Dynamics Characterises Chronic Hepatitis C Virus Infection

artículo científico publicado en 2016

Generalized linear models for identifying predictors of the evolutionary diffusion of viruses

artículo científico publicado en 2014

Genetic history of hepatitis C virus in East Asia

artículo científico publicado en 2009

Genetic variability among complete human respiratory syncytial virus subgroup A genomes: bridging molecular evolutionary dynamics and epidemiology

artículo científico publicado en 2012

Genetic variability and molecular evolution of the human respiratory syncytial virus subgroup B attachment G protein

artículo científico publicado en 2005

Genome-Wide Evolutionary Analyses of G1P[8] Strains Isolated Before and After Rotavirus Vaccine Introduction

artículo científico publicado en 2015

Genomic analysis of hepatitis B virus reveals antigen state and genotype as sources of evolutionary rate variation

artículo científico publicado en 2011

Genomic and epidemiological monitoring of yellow fever virus transmission potential

artículo científico publicado en 2018

Genomic assessment of invasion dynamics of SARS-CoV-2 Omicron BA.1

artículo científico publicado en 2023

Genomic characterization of novel dolphin papillomaviruses provides indications for recombination within the Papillomaviridae

artículo científico publicado en 2008

Genomic population structure associated with repeated escape of Salmonella enterica ATCC14028s from the laboratory into nature

artículo científico

Geographic and temporal trends in the molecular epidemiology and genetic mechanisms of transmitted HIV-1 drug resistance: an individual-patient- and sequence-level meta-analysis

artículo científico publicado en 2015

Global circulation patterns of seasonal influenza viruses vary with antigenic drift

artículo científico publicado en 2015

Graph hierarchies for phylogeography

artículo científico publicado en 2013

HIV epidemiology. The early spread and epidemic ignition of HIV-1 in human populations

artículo científico publicado en 2014

HIV evolutionary dynamics within and among hosts

artículo científico publicado en 2006

HIV-1 p24Gag adaptation to modern and archaic HLA-allele frequency differences in ethnic groups contributes to viral subtype diversification

artículo científico publicado en 2020

High GUD incidence in the early 20 century created a particularly permissive time window for the origin and initial spread of epidemic HIV strains

artículo científico publicado en 2010

Identifying recombinants in human and primate immunodeficiency virus sequence alignments using quartet scanning

artículo científico publicado en 2009

Identifying the patterns and drivers of enzootic dynamics using reservoir sampling

artículo científico publicado en 2019

Impact of CCR5delta32 Host Genetic Background and Disease Progression on HIV-1 Intrahost Evolutionary Processes: Efficient Hypothesis Testing through Hierarchical Phylogenetic Models ⬇️

artículo científico publicado el 6 de diciembre de 2010

Improving Bayesian population dynamics inference: a coalescent-based model for multiple loci

artículo científico publicado en 2013

In Search of Covariates of HIV-1 Subtype B Spread in the United States-A Cautionary Tale of Large-Scale Bayesian Phylogeography

scientific article published on 05 February 2020

Inferring Phenotypic Trait Evolution on Large Trees With Many Incomplete Measurements

artículo científico publicado en 2020

Inferring heterogeneous evolutionary processes through time: from sequence substitution to phylogeography

artículo científico publicado en 2014

Integrating influenza antigenic dynamics with molecular evolution

artículo científico publicado en 2014

International BioInformatics Workshop on Virus Evolution and Molecular Epidemiology

artículo científico publicado en 2013

Investigating the Origin and Spread of Hepatitis C Virus Genotype 5a

artículo científico publicado en 2006

Isolation and cloning of the raccoon (Procyon lotor) papillomavirus type 1 by using degenerate papillomavirus-specific primers

artículo científico publicado en 2005

Limited evolution of the yellow fever virus 17d in a mouse infection model

scientific article published on 01 January 2019

Longitudinal Genetic Characterization Reveals That Cell Proliferation Maintains a Persistent HIV Type 1 DNA Pool During Effective HIV Therapy

artículo científico publicado en 2015

Make the most of your samples: Bayes factor estimators for high-dimensional models of sequence evolution

artículo científico publicado en 2013

Mapping the origins and expansion of the Indo-European language family

artículo científico publicado en 2012

Measles virus and rinderpest virus divergence dated to the sixth century BCE

scientific article published on 01 June 2020

Metagenomic sequencing at the epicenter of the Nigeria 2018 Lassa fever outbreak

artículo científico publicado en 2019

Molecular characterization of hepatitis B virus (HBV) strains circulating in the northern coast of the Persian Gulf and its comparison with worldwide distribution of HBV subgenotype D1.

artículo científico publicado en 2014

Molecular characterization of hepatitis B virus strains circulating in Belgian patients co-infected with HIV and HBV: overt and occult infection

artículo científico publicado en 2011

Molecular dating of human-to-bovid host jumps by Staphylococcus aureus reveals an association with the spread of domestication

artículo científico publicado en 2012

Molecular detection and genomic characterization of diverse hepaciviruses in African rodents

artículo científico publicado en 2021

Molecular evolutionary analysis and mutational pattern of full-length genomes of hepatitis B virus isolated from Belgian patients with different clinical manifestations

artículo científico publicado en 2010

New insights into flavivirus evolution, taxonomy and biogeographic history, extended by analysis of canonical and alternative coding sequences

artículo científico publicado en 2015

Novel hepatitis B virus subgenotype A6 in African-Belgian patients

artículo científico publicado en 2009

On the biogeography of Centipeda: a species-tree diffusion approach

artículo científico publicado en 2014

On the importance of negative controls in viral landscape phylogeography

artículo científico publicado en 2018

Phylodynamic assessment of intervention strategies for the West African Ebola virus outbreak.

artículo científico publicado en 2018

Phylodynamic reconstruction reveals norovirus GII.4 epidemic expansions and their molecular determinants

artículo científico publicado en 2010

Phylodynamics and human-mediated dispersal of a zoonotic virus

artículo científico publicado en 2010

Phylodynamics of H5N1 avian influenza virus in Indonesia

artículo científico publicado en 2012

Phylogenetic analysis of hepatitis B virus full-length genomes reveals evidence for a large nosocomial outbreak in Belgium

artículo científico publicado en 2009

Phylogenetic reconstruction of a known HIV-1 CRF04_cpx transmission network using maximum likelihood and Bayesian methods.

artículo científico publicado en 2004

Phylogenetic relationships of the HA and NA genes between vaccine and seasonal influenza A(H3N2) strains in Korea

artículo científico publicado en 2017

Phylogeographical footprint of colonial history in the global dispersal of human immunodeficiency virus type 2 group A.

artículo científico publicado en 2011

Phylogeography and population dynamics of dengue viruses in the Americas

artículo científico publicado en 2012

Phylogeography of dengue virus serotype 4, Brazil, 2010-2011.

artículo científico publicado en 2012

Phylogeography takes a relaxed random walk in continuous space and time

artículo científico publicado en 2010

Plasma exchange-associated immunoglobulin m-negative hantavirus disease after a camping holiday in southern france

artículo científico publicado en 2004

Quantifying Next Generation Sequencing Sample Pre-Processing Bias in HIV-1 Complete Genome Sequencing

artículo científico publicado en 2016

Rates of viral evolution are linked to host geography in bat rabies

artículo científico publicado en 2012

Reassortment compatibility between PB1, PB2, and HA genes of the two influenza B virus lineages in mammalian cells

artículo científico publicado en 2016

Recombination confounds the early evolutionary history of human immunodeficiency virus type 1: subtype G is a circulating recombinant form

artículo científico publicado en 2007

Reconstructing the history of maize streak virus strain a dispersal to reveal diversification hot spots and its origin in southern Africa

artículo científico publicado en 2011

Reconstructing the initial global spread of a human influenza pandemic: A Bayesian spatial-temporal model for the global spread of H1N1pdm

artículo científico publicado en 2009

Reconstruction of the origin and dispersal of the worldwide dominant Hepatitis B Virus subgenotype D1

artículo científico publicado en 2022

Revealing the Micro-scale Signature of Endemic Zoonotic Disease Transmission in an African Urban Setting

artículo científico publicado en 2016

Role of viral evolutionary rate in HIV-1 disease progression in a linked cohort

artículo científico publicado en 2005

SPREAD: spatial phylogenetic reconstruction of evolutionary dynamics

artículo científico publicado en 2011

Simultaneously estimating evolutionary history and repeated traits phylogenetic signal: applications to viral and host phenotypic evolution

artículo científico publicado en 2015

Simultaneously reconstructing viral cross-species transmission history and identifying the underlying constraints

artículo científico publicado en 2013

Single cell analysis of lymph node tissue from HIV-1 infected patients reveals that the majority of CD4+ T-cells contain one HIV-1 DNA molecule

artículo científico publicado en 2013

Spatial and temporal fluctuations in COVID-19 fatality rates in Brazilian hospitals

artículo científico publicado en 2022

Spatial dynamics of human-origin H1 influenza A virus in North American swine

artículo científico publicado en 2011

Synonymous and nonsynonymous distances help untangle convergent evolution and recombination

artículo científico publicado en 2015

Synonymous substitution rates predict HIV disease progression as a result of underlying replication dynamics

artículo científico publicado en 2007

Temporal signal and the phylodynamic threshold of SARS-CoV-2

scientific article published on 01 July 2020

The International Virus Bioinformatics Meeting 2022

publication published on 05 May 2022

The Spread of Tomato Yellow Leaf Curl Virus from the Middle East to the World ⬇️

artículo científico publicado el 28 de octubre de 2010

The comparative genomics of human respiratory syncytial virus subgroups A and B: genetic variability and molecular evolutionary dynamics

artículo científico publicado en 2013

The emergence of SARS-CoV-2 in Europe and North America

artículo científico publicado en 2020

The genealogical population dynamics of HIV-1 in a large transmission chain: bridging within and among host evolutionary rates

artículo científico publicado en 2014

The mode and tempo of hepatitis C virus evolution within and among hosts ⬇️

artículo científico publicado en 2011

The molecular population genetics of HIV-1 group O

artículo científico publicado en 2004

The phylogeography and spatiotemporal spread of south-central skunk rabies virus

artículo científico publicado en 2013

The recent ancestry of Middle East respiratory syndrome coronavirus in Korea has been shaped by recombination

artículo científico publicado en 2016

Three roads diverged? Routes to phylogeographic inference ⬇️

artículo científico publicado el 20 de septiembre de 2010

Time-measured phylogenies of gag, pol and env sequence data reveal the direction and time interval of HIV-1 transmission ⬇️

artículo científico publicado el 15 de mayo de 2011

Toward a quantitative understanding of viral phylogeography

artículo científico publicado en 2011

Towards a unified classification for human respiratory syncytial virus genotypes

scientific article published on 24 July 2020

Tracing the origin and history of the HIV-2 epidemic

artículo científico publicado en 2003

U.S. Human immunodeficiency virus type 1 epidemic: date of origin, population history, and characterization of early strains

artículo científico publicado en 2003

Understanding Past Population Dynamics: Bayesian Coalescent-Based Modeling with Covariates

artículo científico publicado en 2016

Unifying the spatial epidemiology and molecular evolution of emerging epidemics

artículo científico publicado en 2012

Unlocking capacities of genomics for the COVID-19 response and future pandemics

artículo científico publicado en 2022

Untangling introductions and persistence in COVID-19 resurgence in Europe

artículo científico

Using phylogeographic approaches to analyse the dispersal history, velocity and direction of viral lineages - Application to rabies virus spread in Iran

artículo científico publicado en 2019

Virus evolution and transmission in an ever more connected world

artículo científico publicado en 2015

Whole genome analysis of local Kenyan and global sequences unravels the epidemiological and molecular evolutionary dynamics of RSV genotype ON1 strains

article

Yellow fever virus maintenance in Trinidad and its dispersal throughout the Americas

artículo científico publicado en 2010

nosoi: A stochastic agent-based transmission chain simulation framework in r

scientific article published on 21 June 2020

πBUSS: a parallel BEAST/BEAGLE utility for sequence simulation under complex evolutionary scenarios

artículo científico publicado en 2014

Dominio Público Uruguay está sostenido por:

Acerca de Dominio Público Uruguay

Ayuda