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Lista de obras de James M. Berger

A Meier-Gorlin syndrome mutation in a conserved C-terminal helix of Orc6 impedes origin recognition complex formation

artículo científico publicado en 2013

A Primase-Induced Conformational Switch Controls the Stability of the Bacterial Replisome

scientific article published on 19 May 2020

A complex suite of loci and elements in eukaryotic type II topoisomerases determine selective sensitivity to distinct poisoning agents

artículo científico publicado en 2019

A conserved mechanism of DEAD-box ATPase activation by nucleoporins and InsP6 in mRNA export

artículo científico publicado en 2011

A domain insertion in Escherichia coli GyrB adopts a novel fold that plays a critical role in gyrase function ⬇️

artículo científico publicado el 31 de julio de 2010

A high-transparency, micro-patternable chip for X-ray diffraction analysis of microcrystals under native growth conditions

artículo científico publicado en 2015

A microfluidic device for kinetic optimization of protein crystallization and in situ structure determination.

artículo científico publicado en 2006

A naturally chimeric type IIA topoisomerase in Aquifex aeolicus highlights an evolutionary path for the emergence of functional paralogs ⬇️

artículo científico publicado el 12 de noviembre de 2010

A new class of disordered elements controls DNA replication through initiator self-assembly

artículo científico publicado en 2019

A novel and unified two-metal mechanism for DNA cleavage by type II and IA topoisomerases

artículo científico publicado en 2010

A robust and scalable microfluidic metering method that allows protein crystal growth by free interface diffusion

artículo científico publicado en 2002

A structural framework for replication origin opening by AAA+ initiation factors.

artículo científico publicado en 2012

AAA+ ATPases in the initiation of DNA replication

scientific article published on 01 May 2008

ATP binding controls distinct structural transitions of Escherichia coli DNA gyrase in complex with DNA ⬇️

artículo científico publicado el 8 de abril de 2012

ATP-dependent conformational dynamics underlie the functional asymmetry of the replicative helicase from a minimalist eukaryote

artículo científico publicado en 2012

Activation of the DExD/H-box protein Dbp5 by the nuclear-pore protein Gle1 and its coactivator InsP6 is required for mRNA export

artículo científico publicado en 2006

All tangled up: how cells direct, manage and exploit topoisomerase function ⬇️

artículo científico publicado el 23 de noviembre de 2011

An Atypical AAA+ ATPase Assembly Controls Efficient Transposition through DNA Remodeling and Transposase Recruitment

artículo científico publicado en 2015

Ancient Origin of cGAS-STING Reveals Mechanism of Universal 2',3' cGAMP Signaling

artículo científico publicado en 2015

Asf1-like structure of the conserved Yaf9 YEATS domain and role in H2A.Z deposition and acetylation

artículo científico publicado en 2009

Binding Mechanism of Metal⋅NTP Substrates and Stringent-Response Alarmones to Bacterial DnaG-Type Primases

artículo científico publicado en 2012

Bypassing fluoroquinolone resistance with quinazolinediones: studies of drug-gyrase-DNA complexes having implications for drug design

artículo científico publicado en 2014

Capture and X-ray diffraction studies of protein microcrystals in a microfluidic trap array

artículo científico publicado en 2015

Cdc45 (cell division cycle protein 45) guards the gate of the Eukaryote Replisome helicase stabilizing leading strand engagement.

artículo científico publicado en 2015

Cell Cycle-Dependent Control and Roles of DNA Topoisomerase II

scientific article published on 30 October 2019

Computational Redesign of the SHV-1 β-Lactamase/β-Lactamase Inhibitor Protein Interface

artículo científico publicado en 2008

Conformational control and DNA-binding mechanism of the metazoan origin recognition complex

article published in the Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Control of topoisomerase II activity and chemotherapeutic inhibition by TCA cycle metabolites

artículo científico publicado en 2022

Crosstalk between primase subunits can act to regulate primer synthesis in trans.

artículo científico publicado en 2005

Crystal structure and stability of gyrase-fluoroquinolone cleaved complexes from Mycobacterium tuberculosis.

artículo científico publicado en 2016

Crystal structure of the DNA gyrase GyrA N-terminal domain fromMycobacterium tuberculosis

artículo científico publicado en 2010

Crystal structure of the eukaryotic origin recognition complex

artículo científico publicado en 2015

DNA Replication: Making Two Forks from One Prereplication Complex ⬇️

artículo científico publicado el 22 de diciembre de 2010

DNA binding polarity, dimerization, and ATPase ring remodeling in the CMG helicase of the eukaryotic replisome.

artículo científico publicado en 2014

DNA recognition by a σ(54) transcriptional activator from Aquifex aeolicus

artículo científico publicado en 2014

DNA stretching by bacterial initiators promotes replication origin opening

artículo científico publicado en 2011

Direct control of type IIA topoisomerase activity by a chromosomally encoded regulatory protein

artículo científico publicado en 2014

Distinct regions of the Escherichia coli ParC C-terminal domain are required for substrate discrimination by topoisomerase IV.

artículo científico publicado en 2013

Dynamic coupling between conformations and nucleotide states in DNA gyrase

artículo científico publicado en 2018

Emerging roles for plant topoisomerase VI.

artículo científico publicado en 2003

Escherichia coli condensin MukB stimulates topoisomerase IV activity by a direct physical interaction.

artículo científico publicado en 2010

Evybactin is a DNA gyrase inhibitor that selectively kills Mycobacterium tuberculosis

artículo científico publicado en 2022

FASTDXL: a generalized screen to trap disulfide-stabilized complexes for use in structural studies

artículo científico publicado en 2007

Fluoroquinolone interactions with Mycobacterium tuberculosis gyrase: Enhancing drug activity against wild-type and resistant gyrase

artículo científico publicado en 2016

Fluoroquinolone-gyrase-DNA complexes: two modes of drug binding

artículo científico publicado en 2014

Formation of MacroH2A-containing senescence-associated heterochromatin foci and senescence driven by ASF1a and HIRA

artículo científico publicado en 2005

Function and Structure of a Prokaryotic Formylglycine-generating Enzyme

artículo científico publicado en 2008

Holoenzyme assembly and ATP-mediated conformational dynamics of topoisomerase VI

artículo científico publicado en 2007

How do type II topoisomerases use ATP hydrolysis to simplify DNA topology beyond equilibrium? Investigating the relaxation reaction of nonsupercoiling type II topoisomerases

artículo científico publicado en 2008

Hyperthermophilic Aquifex aeolicus initiates primer synthesis on a limited set of trinucleotides comprised of cytosines and guanines

artículo científico publicado en 2008

IOTA: integration optimization, triage and analysis tool for the processing of XFEL diffraction images

artículo científico publicado en 2016

Identification of a DNA primase template tracking site redefines the geometry of primer synthesis

artículo científico publicado en 2008

Identification, function and structure of the mycobacterial sulfotransferase that initiates sulfolipid-1 biosynthesis

scientific journal article

Interdomain Communication of the Chd1 Chromatin Remodeler across the DNA Gyres of the Nucleosome

artículo científico publicado en 2017

Lethal synergy involving bicyclomycin: an approach for reviving old antibiotics

artículo científico publicado en 2014

Ligand-induced and small-molecule control of substrate loading in a hexameric helicase

artículo científico publicado en 2016

Loading strategies of ring-shaped nucleic acid translocases and helicases

artículo científico

Macro-to-Micro Structural Proteomics: Native Source Proteins for High-Throughput Crystallization ⬇️

artículo científico publicado el 29 de febrero de 2012

Mechanism for the Regulated Control of Bacterial Transcription Termination by a Universal Adaptor Protein

scholarly article by Michael R Lawson published in September 2018

Mechanism of Action of Mycobacterium tuberculosis Gyrase Inhibitors: A Novel Class of Gyrase Poisons

scientific article published on 17 May 2018

Mechanisms and regulation of DNA replication initiation in eukaryotes

artículo científico publicado en 2017

Mechanisms for Defining Supercoiling Set Point of DNA Gyrase Orthologs: II. THE SHAPE OF THE GyrA SUBUNIT C-TERMINAL DOMAIN (CTD) IS NOT A SOLE DETERMINANT FOR CONTROLLING SUPERCOILING EFFICIENCY

artículo científico publicado en 2012

Mechanisms for defining supercoiling set point of DNA gyrase orthologs: I. A nonconserved acidic C-terminal tail modulates Escherichia coli gyrase activity

artículo científico publicado en 2012

Mechanisms for initiating cellular DNA replication

artículo científico publicado en 2017

Mechanisms for initiating cellular DNA replication

artículo científico publicado en 2013

Modulated control of DNA supercoiling balance by the DNA-wrapping domain of bacterial gyrase

artículo científico publicado en 2020

Molecular Basis for ATP-Hydrolysis-Driven DNA Translocation by the CMG Helicase of the Eukaryotic Replisome

scientific article published on 01 September 2019

Molecular basis for G protein control of the prokaryotic ATP sulfurylase

artículo científico publicado en 2006

Molecular determinants of origin discrimination by Orc1 initiators in archaea

artículo científico publicado en 2011

Molecular mechanisms of substrate-controlled ring dynamics and substepping in a nucleic acid-dependent hexameric motor

artículo científico publicado en 2016

Nanoscale protein assemblies from a circular permutant of the tobacco mosaic virus

artículo científico publicado en 2010

Narrowing substrate specificity in a directly evolved enzyme: the A293D mutant of aspartate aminotransferase

artículo científico publicado en 2004

Nucleotide and Partner-Protein Control of Bacterial Replicative Helicase Structure and Function

artículo científico publicado en 2013

Nucleotide-dependent conformational changes in the DnaA-like core of the origin recognition complex.

artículo científico publicado en 2006

Origin remodeling and opening in bacteria rely on distinct assembly states of the DnaA initiator

artículo científico publicado en 2010

Physical Basis for the Loading of a Bacterial Replicative Helicase onto DNA

artículo científico publicado en 2019

Recognition of DNA Supercoil Geometry by Mycobacterium tuberculosis Gyrase.

artículo científico publicado en 2017

Regulation of bacterial priming and daughter strand synthesis through helicase-primase interactions

artículo científico publicado en 2006

Replication origin recognition and deformation by a heterodimeric archaeal Orc1 complex

artículo científico publicado en 2007

Resveratrol: a novel type of topoisomerase II inhibitor

artículo científico publicado en 2017

Running in Reverse: The Structural Basis for Translocation Polarity in Hexameric Helicases

artículo científico publicado en 2009

Structural Synergy and Molecular Crosstalk between Bacterial Helicase Loaders and Replication Initiators

artículo científico publicado en 2008

Structural and Biochemical Characterization of the Interaction between KPC-2 β-Lactamase and β-Lactamase Inhibitor Protein,

artículo científico publicado en 2009

Structural and computational characterization of the SHV-1 beta-lactamase-beta-lactamase inhibitor protein interface

artículo científico publicado en 2006

Structural and functional characterization of the Spo11 core complex

scientific article published on 04 January 2021

Structural basis for ATP-dependent DnaA assembly and replication-origin remodeling

artículo científico publicado en 2006

Structural basis for the MukB-topoisomerase IV interaction and its functional implicationsin vivo

artículo científico publicado en 2013

Structural basis for topoisomerase VI inhibition by the anti-Hsp90 drug radicicol

artículo científico publicado en 2006

Structural dissection of ATP turnover in the prototypical GHL ATPase TopoVI.

artículo científico publicado en 2005

Structural frameworks for considering microbial protein- and nucleic acid-dependent motor ATPases

artículo científico publicado en 2008

Structural insights into RNA-dependent ring closure and ATPase activation by the Rho termination factor

artículo científico publicado en 2006

Structural mechanism of inhibition of the Rho transcription termination factor by the antibiotic bicyclomycin

artículo científico publicado en 2005

Structure and Function of the Conserved Core of Histone Deposition Protein Asf1

Structure and function of the conserved core of histone deposition protein Asf1

artículo científico publicado en 2003

Structure of Human cGAS Reveals a Conserved Family of Second-Messenger Enzymes in Innate Immunity

artículo científico publicado en 2013

Structure of M11L: A myxoma virus structural homolog of the apoptosis inhibitor, Bcl-2

artículo científico publicado en 2007

Structure of a topoisomerase II–DNA–nucleotide complex reveals a new control mechanism for ATPase activity

artículo científico publicado en 2012

Structure of the ATP-binding domain of Plasmodium falciparum Hsp90

artículo científico publicado en 2010

Structure of the C-terminus of the mRNA export factor Dbp5 reveals the interaction surface for the ATPase activator Gle1

artículo científico publicado en 2009

Structure of the Rho transcription terminator: mechanism of mRNA recognition and helicase loading

artículo científico publicado en 2003

Structure of the topoisomerase II ATPase region and its mechanism of inhibition by the chemotherapeutic agent ICRF-187

artículo científico publicado en 2003

Structure of the topoisomerase VI-B subunit: implications for type II topoisomerase mechanism and evolution

artículo científico publicado en 2003

Structure of the yeast histone H3-ASF1 interaction: implications for chaperone mechanism, species-specific interactions, and epigenetics

artículo científico publicado en 2006

Structure, molecular mechanisms, and evolutionary relationships in DNA topoisomerases

artículo científico publicado en 2004

Structure-guided reprogramming of human cGAS dinucleotide linkage specificity

artículo científico publicado en 2014

Synergistic Coordination of Chromatin Torsional Mechanics and Topoisomerase Activity

scientific article published on 01 October 2019

THAP proteins target specific DNA sites through bipartite recognition of adjacent major and minor grooves

artículo científico publicado en 2010

The C-terminal domain of DNA gyrase A adopts a DNA-bending beta-pinwheel fold

artículo científico publicado en 2004

The Crystal Structure of the Hinge Domain of the Escherichia coli Structural Maintenance of Chromosomes Protein MukB

artículo científico publicado en 2010

The N-terminal domain of Nup159 forms a beta-propeller that functions in mRNA export by tethering the helicase Dbp5 to the nuclear pore

artículo científico publicado en 2004

The Structure of DNA-Bound Human Topoisomerase II Alpha: Conformational Mechanisms for Coordinating Inter-Subunit Interactions with DNA Cleavage

artículo científico publicado en 2012

The X-ray structure of the papillomavirus helicase in complex with its molecular matchmaker E2.

scientific article published on 02 August 2004

The ancestral role of ATP hydrolysis in type II topoisomerases: prevention of DNA double-strand breaks

artículo científico publicado en 2011

The bacterial DnaC helicase loader is a DnaB ring breaker

artículo científico publicado en 2013

The nuts and bolts of ring-translocase structure and mechanism

artículo científico publicado en 2011

The role of ATP-dependent machines in regulating genome topology

artículo científico publicado en 2016

The role of DNA bending in type IIA topoisomerase function

artículo científico publicado en 2013

The structural basis for MCM2-7 helicase activation by GINS and Cdc45.

artículo científico publicado en 2011

The structural basis for substrate specificity in DNA topoisomerase IV.

artículo científico publicado en 2005

Topoisomerase VI senses and exploits both DNA crossings and bends to facilitate strand passage

artículo científico publicado en 2018

Trapped topoisomerase II initiates formation of de novo duplications via the nonhomologous end-joining pathway in yeast

artículo científico publicado en 2020

Tuning the sequence specificity of a transcription terminator

scientific article published on 09 February 2019

Two surfaces on the histone chaperone Rtt106 mediate histone binding, replication, and silencing ⬇️

artículo científico publicado el 23 de diciembre de 2011

Viral hijacking of a replicative helicase loader and its implications for helicase loading control and phage replication

artículo científico publicado en 2016

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