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Lista de obras de Patrick Wincker

"Changing by doubling", the impact of Whole Genome Duplications in the evolution of eukaryotes

artículo científico publicado en 2008

A Plasmodium falciparum FcB1-schizont-EST collection providing clues to schizont specific gene structure and polymorphism

artículo científico publicado en 2009

A combination of LongSAGE with Solexa sequencing is well suited to explore the depth and the complexity of transcriptome

artículo científico publicado en 2008

A gene graveyard in the genome of the fungus Podospora comata

article

A holistic approach to marine eco-systems biology

artículo científico publicado en 2011

A new genomic resource dedicated to wood formation in Eucalyptus

artículo científico publicado en 2009

A new sequence data set of SSU rRNA gene for Scleractinia and its phylogenetic and ecological applications

artículo científico publicado en 2016

A panoramic view of gene expression in the human kidney ⬇️

artículo científico publicado el 31 de octubre de 2003

A reference microsatellite kit to assess for genetic diversity of Sorghum bicolor (Poaceae).

artículo científico

A role for RNAi in the selective correction of DNA methylation defects

artículo científico publicado en 2009

A thousand plants' phylogeny

artículo científico publicado en 2019

A vesicular glutamate transporter in lampreys: cDNA cloning and early expression in the nervous system

artículo científico publicado en 2010

ASEtrap: a biological method for speeding up the exploration of spliceomes

artículo científico publicado en 2006

Analysis of 13000 unique Citrus clusters associated with fruit quality, production and salinity tolerance.

artículo científico publicado en 2007

Analysis of BAC-end sequences in rainbow trout: content characterization and assessment of synteny between trout and other fish genomes.

artículo científico publicado en 2011

Analysis of sequence variability in the macronuclear DNA of Paramecium tetraurelia: a somatic view of the germline

artículo científico publicado en 2008

Analysis of virion structural components reveals vestiges of the ancestral ichnovirus genome

artículo científico publicado en 2010

Ancestral regulatory circuits governing ectoderm patterning downstream of Nodal and BMP2/4 revealed by gene regulatory network analysis in an echinoderm

artículo científico publicado en 2010

Anchoring of a large set of markers onto a BAC library for the development of a draft physical map of the grapevine genome

artículo científico publicado en 2006

Annotating genomes with massive-scale RNA sequencing

artículo científico publicado en 2008

Annotation of microsporidian genomes using transcriptional signals.

artículo científico publicado en 2012

AphanoDB: a genomic resource for Aphanomyces pathogens

artículo científico publicado en 2007

Are Hox genes ancestrally involved in axial patterning? Evidence from the hydrozoan Clytia hemisphaerica (Cnidaria).

artículo científico publicado en 2009

Assessing the Drosophila melanogaster and Anopheles gambiae genome annotations using genome-wide sequence comparisons

artículo científico publicado en 2003

Atlas of gene expression in the mouse kidney: new features of glomerular parietal cells

artículo científico publicado en 2010

BAC ends library generation for Illumina sequencing

Biogeography of Soil Bacterial Networks along a Gradient of Cropping Intensity

scholarly article by Battle Karimi et al published 7 March 2019 in Scientific Reports

Biogeography of marine giant viruses reveals their interplay with eukaryotes and ecological functions

artículo científico publicado en 2020

Bioinformatic analysis of ESTs collected by Sanger and pyrosequencing methods for a keystone forest tree species: oak

artículo científico publicado en 2010

Bracovirus gene products are highly divergent from insect proteins

artículo científico publicado en 2008

Chaetognath phylogenomics: a protostome with deuterostome-like development

artículo científico publicado en 2006

Chaetognath transcriptome reveals ancestral and unique features among bilaterians

artículo científico publicado en 2008

Chitin distribution in the Oithona digestive and reproductive systems revealed by fluorescence microscopy.

artículo científico publicado en 2018

Community‐Level Responses to Iron Availability in Open Ocean Plankton Ecosystems

article

Comparative Time-Scale Gene Expression Analysis Highlights the Infection Processes of Two Strains

article

Comparative analysis of BAC and whole genome shotgun sequences from an Anopheles gambiae region related to Plasmodium encapsulation

artículo científico publicado en 2005

Comparative genome and proteome analysis of Anopheles gambiae and Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2002

Comparative genomics of emerging pathogens in the Candida glabrata clade

artículo científico publicado en 2013

Comparative genomics of protoploid Saccharomycetaceae

artículo científico publicado en 2009

Comparison of library preparation methods reveals their impact on interpretation of metatranscriptomic data

artículo científico publicado en 2014

Complete DNA sequence of Kuraishia capsulata illustrates novel genomic features among budding yeasts (Saccharomycotina)

artículo científico publicado en 2013

Complete circular DNA in the mitochondria-like organelles of Blastocystis hominis

artículo científico publicado en 2008

Complete genome sequence of the clinical Streptococcus salivarius strain CCHSS3

artículo científico publicado en 2011

Complete genome sequence of the commensal Streptococcus salivarius strain JIM8777.

artículo científico

Complete genome sequence of the entomopathogenic and metabolically versatile soil bacterium Pseudomonas entomophila

artículo científico publicado en 2006

Complete genome sequence of the highly hemolytic strain Bacillus cereus F837/76.

artículo científico publicado en 2012

Complete nucleotide sequence of the mitochondrial DNA from Kluyveromyces lactis

artículo científico publicado en 2005

Construction of a medicinal leech transcriptome database and its application to the identification of leech homologs of neural and innate immune genes

artículo científico publicado en 2010

Convergent genomic signatures of domestication in sheep and goats

artículo científico publicado en 2018

Convergent origins and rapid evolution of spliced leader trans-splicing in metazoa: insights from the ctenophora and hydrozoa

artículo científico publicado en 2010

Coprolites as a source of information on the genome and diet of the cave hyena

artículo científico publicado en 2012

Correction: Mapping and predictive variations of soil bacterial richness across France

artículo científico publicado en 2017

Corrigendum: Differential gene retention as an evolutionary mechanism to generate biodiversity and adaptation in yeasts

artículo científico publicado en 2015

Cyanobacterial symbionts diverged in the late Cretaceous towards lineage-specific nitrogen fixation factories in single-celled phytoplankton

artículo científico publicado en 2016

De novo assembly and annotation of three Leptosphaeria genomes using Oxford Nanopore MinION sequencing

Deciphering the evolution and metabolism of an anammox bacterium from a community genome

artículo científico publicado en 2006

Deciphering the genome structure and paleohistory of Theobroma cacao

Deciphering the genome structure and paleohistory of Theobroma cacao

Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies

artículo científico publicado en 2015

Deep sequencing of amplified Prasinovirus and host green algal genes from an Indian Ocean transect reveals interacting trophic dependencies and new genotypes

artículo científico publicado en 2015

Deep transcriptome sequencing provides new insights into the structural and functional organization of the wheat genome

artículo científico publicado en 2015

Degeneration of the nonrecombining regions in the mating-type chromosomes of the anther-smut fungi

artículo científico publicado en 2014

Delineating ecologically significant taxonomic units from global patterns of marine picocyanobacteria

artículo científico publicado en 2016

Detection and analysis of alternative splicing in Yarrowia lipolytica reveal structural constraints facilitating nonsense-mediated decay of intron-retaining transcripts

artículo científico publicado en 2010

Detection of Trypanosoma cruzi and Leishmania using the polymerase chain reaction

artículo científico publicado en 1994

Differential gene retention as an evolutionary mechanism to generate biodiversity and adaptation in yeasts

artículo científico publicado en 2015

Differential global distribution of marine picocyanobacteria gene clusters reveals distinct niche-related adaptive strategies

artículo científico publicado en 2023

Ecogenomics and biogeochemical impacts of uncultivated globally abundant ocean viruses

Ecogenomics and potential biogeochemical impacts of globally abundant ocean viruses

artículo científico publicado en 2016

Ecology of Endozoicomonadaceae in three coral genera across the Pacific Ocean

artículo científico publicado en 2023

Effector diversification within compartments of the Leptosphaeria maculans genome affected by Repeat-Induced Point mutations

artículo científico publicado en 2011

Eukaryote-to-eukaryote gene transfer events revealed by the genome sequence of the wine yeast Saccharomyces cerevisiae EC1118.

scientific article published on 09 September 2009

Evolution of Hox gene clusters in gnathostomes: insights from a survey of a shark (Scyliorhinus canicula) transcriptome.

artículo científico publicado en 2010

Evolution of axis specification mechanisms in jawed vertebrates: insights from a chondrichthyan

artículo científico publicado en 2007

Exploring nervous system transcriptomes during embryogenesis and metamorphosis in Xenopus tropicalis using EST analysis

artículo científico publicado en 2007

Exploring nucleo-cytoplasmic large DNA viruses in Tara Oceans microbial metagenomes

artículo científico publicado en 2013

Expressed sequences tags of the anther smut fungus, Microbotryum violaceum, identify mating and pathogenicity genes

artículo científico publicado en 2007

Expression sequence tag library derived from peripheral blood mononuclear cells of the chlorocebus sabaeus

artículo científico publicado en 2012

Extending the Bacillus cereus group genomics to putative food-borne pathogens of different toxicity

artículo científico publicado en 2007

Extreme Diversity of Diplonemid Eukaryotes in the Ocean

artículo científico publicado en 2016

Features of the Arabidopsis recombination landscape resulting from the combined loss of sequence variation and DNA methylation

artículo científico publicado en 2012

Feminizing Wolbachia: a transcriptomics approach with insights on the immune response genes in Armadillidium vulgare

artículo científico publicado en 2012

Fifty thousand years of Arctic vegetation and megafaunal diet

artículo científico publicado en 2014

Fungal genome and mating system transitions facilitated by chromosomal translocations involving intercentromeric recombination

artículo científico publicado en 2017

Gene functionalities and genome structure in Bathycoccus prasinos reflect cellular specializations at the base of the green lineage

artículo científico publicado en 2012

Generation and analysis of a 29,745 unique Expressed Sequence Tags from the Pacific oyster (Crassostrea gigas) assembled into a publicly accessible database: the GigasDatabase

artículo científico publicado en 2009

Genes under positive selection in a model plant pathogenic fungus, Botrytis

artículo científico publicado en 2012

Genome analysis and genome-wide proteomics of Thermococcus gammatolerans, the most radioresistant organism known amongst the Archaea

artículo científico publicado en 2009

Genome assembly using Nanopore-guided long and error-free DNA reads

artículo científico publicado en 2015

Genome duplication in the teleost fish Tetraodon nigroviridis reveals the early vertebrate proto-karyotype

artículo científico publicado en 2004

Genome evolution in yeasts

artículo científico publicado en 2004

Genome sequence and gene compaction of the eukaryote parasite Encephalitozoon cuniculi

artículo científico publicado en 2001

Genome sequence of the cyanobacterium Prochlorococcus marinus SS120, a nearly minimal oxyphototrophic genome

artículo científico publicado en 2003

Genome sequence of the metazoan plant-parasitic nematode Meloidogyne incognita

artículo científico publicado en 2008

Genome sequence of the stramenopile Blastocystis, a human anaerobic parasite

artículo científico publicado en 2011

Genome structure and metabolic features in the red seaweed Chondrus crispus shed light on evolution of the Archaeplastida

artículo científico publicado en 2013

Genomic adaptation of the picoeukaryote Pelagomonas calceolata to iron-poor oceans revealed by a chromosome-scale genome sequence

scientific article published in 2022

Genomic analysis of the necrotrophic fungal pathogens Sclerotinia sclerotiorum and Botrytis cinerea

artículo científico publicado en 2011

Genomic evidence for ameiotic evolution in the bdelloid rotifer Adineta vaga

artículo científico publicado en 2013

Genomics and fruit crop selection ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2013

Global distribution patterns of marine nitrogen-fixers by imaging and molecular methods

artículo científico publicado en 2021

Global patterns of pelagic dinoflagellate diversity across protist size classes unveiled by metabarcoding

artículo científico publicado en 2015

Global trends of whole-genome duplications revealed by the ciliate Paramecium tetraurelia

artículo científico publicado en 2006

High coding density on the largest Paramecium tetraurelia somatic chromosome

artículo científico publicado en 2004

High quality draft sequences for prokaryotic genomes using a mix of new sequencing technologies

artículo científico publicado en 2008

High-Quality de Novo Genome Assembly of the Dekkera bruxellensis Yeast Isolate Using Nanopore MinION Sequencing

artículo científico

High-quality de novo genome assembly of the Dekkera bruxellensis UMY321 yeast isolate using Nanopore MinION sequencing

Host gene response to endosymbiont and pathogen in the cereal weevil Sitophilus oryzae ⬇️

artículo científico publicado el 18 de enero de 2012

Hox cluster disintegration with persistent anteroposterior order of expression in Oikopleura dioica

artículo científico publicado en 2004

Human neural crest cells display molecular and phenotypic hallmarks of stem cells

artículo científico publicado en 2008

Hunting down fungal secretomes using liquid-phase IEF prior to high resolution 2-DE.

artículo científico publicado en 2009

Hyposoter didymator uses a combination of passive and active strategies to escape from the Spodoptera frugiperda cellular immune response

artículo científico publicado en 2013

Identification of an Alternative Splicing Product of the Otx2 Gene Expressed in the Neural Retina and Retinal Pigmented Epithelial Cells

artículo científico publicado en 2016

Identification of the Anopheles gambiae ATP-binding cassette transporter superfamily genes

artículo científico publicado en 2003

Identification of transcriptional signals in Encephalitozoon cuniculi widespread among Microsporidia phylum: support for accurate structural genome annotation

artículo científico publicado en 2009

In vitro propagation of the microsporidian pathogen Brachiola algerae and studies of its chromosome and ribosomal DNA organization in the context of the complete genome sequencing project

artículo científico publicado en 2007

Influence of Wolbachia on host gene expression in an obligatory symbiosis.

artículo científico publicado en 2012

Initial sequencing and analysis of the human genome

artículo científico publicado en 2001

Insights into global diatom distribution and diversity in the world's ocean

artículo científico publicado en 2016

Insights into metazoan evolution from Alvinella pompejana cDNAs

artículo científico publicado en 2010

Large-scale gene discovery in the pea aphid Acyrthosiphon pisum (Hemiptera)

artículo científico publicado en 2006

Large-scale identification of human genes implicated in epidermal barrier function

artículo científico publicado en 2007

Life-cycle modification in open oceans accounts for genome variability in a cosmopolitan phytoplankton

artículo científico publicado en 2015

Light color acclimation is a key process in the global ocean distribution of Synechococcus cyanobacteria

artículo científico publicado en 2018

Linkage to the mating-type locus across the genus Microbotryum: insights into nonrecombining chromosomes

artículo científico publicado en 2012

Maintaining two mating types: structure of the mating type locus and its role in heterokaryosis in Podospora anserina

artículo científico publicado en 2014

Mapping and predictive variations of soil bacterial richness across France

artículo científico publicado en 2017

Marine DNA Viral Macro- and Microdiversity from Pole to Pole

Mechanisms of endoderm formation in a cartilaginous fish reveal ancestral and homoplastic traits in jawed vertebrates

artículo científico publicado en 2014

Metagenomic 16S rDNA Illumina tags are a powerful alternative to amplicon sequencing to explore diversity and structure of microbial communities

artículo científico publicado en 2013

Microbial community structure in hadal sediments: high similarity along trench axes and strong changes along redox gradients

artículo científico publicado en 2021

Molecular biomass and MetaTaxogenomic assessment of soil microbial communities as influenced by soil DNA extraction procedure

artículo científico publicado en 2011

Mutator-like element in the yeast Yarrowia lipolytica displays multiple alternative splicings

artículo científico publicado en 2005

Neurodevelopment genes in lampreys reveal trends for forebrain evolution in craniates

artículo científico publicado en 2009

New insights into global biogeography, population structure and natural selection from the genome of the epipelagic copepod Oithona

artículo científico publicado en 2017

New perspectives in diet analysis based on DNA barcoding and parallel pyrosequencing: the trnL approach

artículo científico publicado en 2008

Numerous novel annotations of the human genome sequence supported by a 5'-end-enriched cDNA collection

artículo científico publicado en 2004

Ocean plankton. Determinants of community structure in the global plankton interactome

artículo científico publicado en 2015

Ocean plankton. Environmental characteristics of Agulhas rings affect interocean plankton transport

artículo científico publicado en 2015

Ocean plankton. Eukaryotic plankton diversity in the sunlit ocean

artículo científico publicado en 2015

Ocean plankton. Patterns and ecological drivers of ocean viral communities

artículo científico publicado en 2015

Ocean plankton. Structure and function of the global ocean microbiome

artículo científico publicado en 2015

OikoBase: a genomics and developmental transcriptomics resource for the urochordate Oikopleura dioica.

artículo científico publicado en 2012

Organization and evolution of transposable elements along the bread wheat chromosome 3B

artículo científico publicado en 2014

Patterns of rare and abundant marine microbial eukaryotes

artículo científico publicado en 2014

Peculiar hybrid genomes of devastating plant pests promote plasticity in the absence of sex and meiosis

article

Phylogenomics revives traditional views on deep animal relationships

artículo científico publicado en 2009

Pichia sorbitophila, an Interspecies Yeast Hybrid, Reveals Early Steps of Genome Resolution After Polyploidization

artículo científico publicado en 2012

Pilot Anopheles gambiae full-length cDNA study: sequencing and initial characterization of 35,575 clones

artículo científico publicado en 2005

Plankton networks driving carbon export in the oligotrophic ocean

artículo científico publicado en 2016

Plasticity of animal genome architecture unmasked by rapid evolution of a pelagic tunicate

artículo científico publicado en 2010

Polydnaviruses of braconid wasps derive from an ancestral nudivirus

artículo científico publicado en 2009

Population genomics of apricots unravels domestication history and adaptive events

artículo científico publicado en 2021

Périgord black truffle genome uncovers evolutionary origins and mechanisms of symbiosis

artículo científico publicado en 2010

Quantitative gene expression profiling of mouse brain regions reveals differential transcripts conserved in human and affected in disease models

artículo científico publicado en 2008

Reference transcriptomes and detection of duplicated copies in hexaploid and allododecaploid Spartina species (Poaceae). ⬇️

artículo científico publicado en 2016

Remodelling of the homeobox gene complement in the tunicate Oikopleura dioica.

artículo científico publicado en 2005

Reverse transcriptase genes are highly abundant and transcriptionally active in marine plankton assemblages

artículo científico publicado en 2016

Sequencing of diverse mandarin, pummelo and orange genomes reveals complex history of admixture during citrus domestication

artículo científico publicado en 2014

Sequencing of the smallest Apicomplexan genome from the human pathogen Babesia microti

artículo científico publicado en 2012

Sequencing platform and library preparation choices impact viral metagenomes

artículo científico publicado en 2013

Shifting the limits in wheat research and breeding using a fully annotated reference genome

artículo científico publicado en 2018

Soil metatranscriptomics for mining eukaryotic heavy metal resistance genes

artículo científico publicado en 2013

Stage-specific gene expression during spermatogenesis in the dogfish (Scyliorhinus canicula).

artículo científico publicado en 2010

Structural and functional partitioning of bread wheat chromosome 3B.

artículo científico publicado en 2014

Subtle limits to connectivity revealed by outlier loci within two divergent metapopulations of the deep‐sea hydrothermal gastropod <i>Ifremeria nautilei</i>

artículo científico publicado en 2022

TE-Tracker: systematic identification of transposition events through whole-genome resequencing

artículo científico publicado en 2014

Tara Oceans: towards global ocean ecosystems biology

artículo científico publicado en 2020

Telomere-to-telomere gapless chromosomes of banana using nanopore sequencing

artículo científico publicado en 2021

The DNA sequence and analysis of human chromosome 14

artículo científico publicado en 2003

The Dogfish Scyliorhinus canicula: A Reference in Jawed Vertebrates

artículo científico publicado en 2008

The Ectocarpus Genome and Brown Algal Genomics

article published in 2012

The Ectocarpus genome and the independent evolution of multicellularity in brown algae

artículo científico publicado en 2010

The Eukaryote Genome Annotation Platform at Genoscope

The Eukaryote Genome Annotation Platform at Genoscope

The Genome Sequence of the Malaria Mosquito Anopheles gambiae

artículo científico publicado en 2002

The Medicago genome provides insight into the evolution of rhizobial symbioses

artículo científico publicado en 2011

The Paramecium germline genome provides a niche for intragenic parasitic DNA: evolutionary dynamics of internal eliminated sequences

artículo científico publicado en 2012

The banana (Musa acuminata) genome and the evolution of monocotyledonous plants

artículo científico publicado en 2012

The coffee genome provides insight into the convergent evolution of caffeine biosynthesis.

artículo científico publicado en 2014

The complete genome of Blastobotrys (Arxula) adeninivorans LS3 - a yeast of biotechnological interest

artículo científico publicado en 2014

The complete genome of Propionibacterium freudenreichii CIRM-BIA1, a hardy actinobacterium with food and probiotic applications

artículo científico publicado en 2010

The complete mitochondrial genome of the yeast Pichia sorbitophila.

artículo científico publicado en 2009

The complete mitochondrial genome sequence of the pathogenic yeast Candida (Torulopsis) glabrata

artículo científico publicado en 2003

The genome of Borrelia recurrentis, the agent of deadly louse-borne relapsing fever, is a degraded subset of tick-borne Borrelia duttonii

artículo científico publicado en 2008

The genome of Theobroma cacao

artículo científico publicado en 2010

The genome of the jellyfish Clytia hemisphaerica and the evolution of the cnidarian life-cycle

The genome sequence of the model ascomycete fungus Podospora anserina

artículo científico publicado en 2008

The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla

artículo científico publicado en 2007

The origins and spread of domestic horses from the Western Eurasian steppes

The rainbow trout genome provides novel insights into evolution after whole-genome duplication in vertebrates

artículo científico publicado en 2014

Towards the understanding of the cocoa transcriptome: Production and analysis of an exhaustive dataset of ESTs of Theobroma cacao L. generated from various tissues and under various conditions

artículo científico publicado en 2008

Transcript profiling of poplar leaves upon infection with compatible and incompatible strains of the foliar rust Melampsora larici-populina

artículo científico publicado en 2007

Transcriptome analyses to investigate symbiotic relationships between marine protists

artículo científico publicado en 2015

Transcriptome analysis of functional differentiation between haploid and diploid cells of Emiliania huxleyi, a globally significant photosynthetic calcifying cell

artículo científico publicado en 2009

Transcriptome of Aphanomyces euteiches: new oomycete putative pathogenicity factors and metabolic pathways

artículo científico publicado en 2008

Transcriptomics of actinorhizal symbioses reveals homologs of the whole common symbiotic signaling cascade

artículo científico publicado en 2011

Transferability of the EST-SSRs developed on Nules clementine (Citrus clementina Hort ex Tan) to other Citrus species and their effectiveness for genetic mapping.

artículo científico publicado en 2008

Translational control of intron splicing in eukaryotes

scientific article published in Nature

Transposon accumulation lines uncover histone H2A.Z-driven integration bias towards environmentally responsive genes

article

Unique features revealed by the genome sequence of Acinetobacter sp. ADP1, a versatile and naturally transformation competent bacterium

artículo científico publicado en 2004

Unraveling the genomic mosaic of a ubiquitous genus of marine cyanobacteria.

artículo científico publicado en 2008

Vertebrate-type intron-rich genes in the marine annelid Platynereis dumerilii

artículo científico publicado en 2005

Viral to metazoan marine plankton nucleotide sequences from the Tara Oceans expedition

artículo científico publicado en 2017

Whole Genome Profiling provides a robust framework for physical mapping and sequencing in the highly complex and repetitive wheat genome

artículo científico publicado en 2012

Whole genome sequence comparisons and "full-length" cDNA sequences: a combined approach to evaluate and improve Arabidopsis genome annotation

artículo científico publicado en 2004

de novo assembly and population genomic survey of natural yeast isolates with the Oxford Nanopore MinION sequencer

artículo científico publicado en 2017

de novo assembly and population genomic survey of natural yeast isolates with the Oxford Nanopore MinION sequencer

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