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Lista de obras de Ross Hardison

28-way vertebrate alignment and conservation track in the UCSC Genome Browser

artículo científico publicado en 2007

34 Synthesis of affinity labels for steroid-receptor proteins

artículo científico publicado el 1 de enero de 1975

A GATA-1-regulated microRNA locus essential for erythropoiesis

artículo científico publicado en 2008

A T-to-G transversion at nucleotide -567 upstream of HBG2 in a GATA-1 binding motif is associated with elevated hemoglobin F.

artículo científico publicado en 2008

A brief history of hemoglobins: plant, animal, protist, and bacteria

artículo científico publicado en 1996

A cluster to remember

artículo científico publicado en 2013

A comparative encyclopedia of DNA elements in the mouse genome

artículo científico publicado en 2014

A complex chromatin landscape revealed by patterns of nuclease sensitivity and histone modification within the mouse beta-globin locus

artículo científico publicado en 2003

A comprehensive and high-resolution genome-wide response of p53 to stress

artículo científico publicado en 2014

A database of experimental results on globin gene expression.

artículo científico publicado en 1998

A framework for collaborative analysis of ENCODE data: making large-scale analyses biologist-friendly

artículo científico publicado en 2007

A genome-editing strategy to treat β-hemoglobinopathies that recapitulates a mutation associated with a benign genetic condition.

artículo científico publicado en 2016

A guide to translation of research results from model organisms to human

artículo científico publicado en 2016

A hyperactive transcriptional state marks genome reactivation at the mitosis-G1 transition

artículo científico publicado en 2016

A map of cis-regulatory elements and 3D genome structures in zebrafish

artículo científico publicado en 2020

A space-efficient algorithm for local similarities.

artículo científico publicado en 1990

Access to a Syllabus of Human Hemoglobin Variants (1996) Via the World Wide Web ⬇️

artículo científico publicado el 1 de marzo de 1998

Accurate and reproducible functional maps in 127 human cell types via 2D genome segmentation

artículo científico publicado en 2017

Alteration of genome folding via contact domain boundary insertion

scientific article published on 31 August 2020

An Integrative Framework For Detecting Structural Variations In Cancer Genomes

An apparent pause site in the transcription unit of the rabbit α-globin gene ⬇️

artículo científico publicado el 20 de julio de 1991

An approach to histone nearest neighbours in extended chromatin ⬇️

artículo científico publicado el 1 de octubre de 1975

An effective method for detecting gene conversion events in whole genomes

artículo científico publicado en 2010

An electronic database of human hemoglobin variants on the World Wide Web.

artículo científico publicado en 1998

An encyclopedia of mouse DNA elements (Mouse ENCODE).

artículo científico publicado en 2012

An integrative view of the regulatory and transcriptional landscapes in mouse hematopoiesis

artículo científico publicado en 2020

An iron responsive element-like stem-loop regulates alpha-hemoglobin-stabilizing protein mRNA.

artículo científico publicado en 2008

Analyses of deep mammalian sequence alignments and constraint predictions for 1% of the human genome

artículo científico publicado en 2007

Analysis of conserved domains and sequence motifs in cellular regulatory proteins and locus control regions using new software tools for multiple alignment and visualization

artículo científico publicado el 1 de marzo de 1992

Analysis of rabbit beta-like globin gene transcripts during development.

artículo científico publicado en 1983

Between form and function: the complexity of genome folding.

artículo científico publicado en 2017

Bromodomain protein Brd3 associates with acetylated GATA1 to promote its chromatin occupancy at erythroid target genes

artículo científico publicado en 2011

Characterization of a widely expressed gene (LUC7-LIKE; LUC7L) defining the centromeric boundary of the human alpha-globin domain

artículo científico publicado en 2001

Comparative analysis of the alpha-like globin clusters in mouse, rat, and human chromosomes indicates a mechanism underlying breaks in conserved synteny

artículo científico publicado en 2004

Comparative analysis of the locus control region of the rabbit beta-like gene cluster: HS3 increases transient expression of an embryonic epsilon-globin gene

artículo científico publicado en 1993

Comparative analysis of three-dimensional chromosomal architecture identifies a novel fetal hemoglobin regulatory element.

artículo científico publicado en 2017

Comparative genome analysis delimits a chromosomal domain and identifies key regulatory elements in the alpha globin cluster

article

Comparative genomics

artículo científico publicado en 2003

Comparative genomics

artículo científico publicado en 2004

Comparative structural and functional analysis of the olfactory receptor genes flanking the human and mouse beta-globin gene clusters

artículo científico publicado en 2000

Comparison of five methods for finding conserved sequences in multiple alignments of gene regulatory regions

artículo científico publicado en 1999

Comparison of the beta-like globin gene families of rabbits and humans indicates that the gene cluster 5'-epsilon-gamma-delta-beta-3' predates the mammalian radiation.

artículo científico publicado en 1984

Complete Khoisan and Bantu genomes from southern Africa

artículo científico publicado en 2010

Computational Prediction of cis -Regulatory Modules from Multispecies Alignments Using Galaxy, Table Browser, and GALA

artículo científico publicado en 2006

Conserved E boxes function as part of the enhancer in hypersensitive site 2 of the beta-globin locus control region. Role of basic helix-loop-helix proteins.

artículo científico publicado en 1997

Conserved noncoding sequences are reliable guides to regulatory elements.

artículo científico publicado en 2000

Constrained sequence alignment.

artículo científico publicado en 1993

Constructing aligned sequence blocks.

artículo científico publicado en 1994

Conversion events in gene clusters

artículo científico publicado en 2011

Covariation in frequencies of substitution, deletion, transposition, and recombination during eutherian evolution

artículo científico publicado en 2003

CpG islands from the alpha-globin gene cluster increase gene expression in an integration-dependent manner.

artículo científico publicado en 1997

Cross-species sequence comparisons: a review of methods and available resources

artículo científico publicado en 2003

Defining functional DNA elements in the human genome

artículo científico publicado en 2014

Discovering enhancers directly by activity

artículo científico publicado en 2014

Distinguishing regulatory DNA from neutral sites

artículo científico publicado en 2003

Divergent functions of hematopoietic transcription factors in lineage priming and differentiation during erythro-megakaryopoiesis

artículo científico publicado en 2014

Domain-focused CRISPR screen identifies HRI as a fetal hemoglobin regulator in human erythroid cells

artículo científico publicado en 2018

Dynamic shifts in occupancy by TAL1 are guided by GATA factors and drive large-scale reprogramming of gene expression during hematopoiesis

artículo científico publicado en 2014

Dynamics of GATA1 binding and expression response in a GATA1-induced erythroid differentiation system

artículo científico publicado en 2015

Dynamics of the epigenetic landscape during erythroid differentiation after GATA1 restoration

artículo científico publicado en 2011

ESPERR: learning strong and weak signals in genomic sequence alignments to identify functional elements

artículo científico publicado en 2006

Efficient and Reliable Transfection of Mouse Erythroleukemia Cells Using Cationic Lipids

artículo científico publicado en 1999

Electronic access to sequence alignments, experimental results, and human mutations as an aid to studying globin gene regulation.

artículo científico publicado en 1998

Erythroid GATA1 function revealed by genome-wide analysis of transcription factor occupancy, histone modifications, and mRNA expression

artículo científico publicado en 2009

Establishment of regulatory elements during erythro-megakaryopoiesis identifies hematopoietic lineage-commitment points.

artículo científico publicado en 2018

Evaluation of regulatory potential and conservation scores for detecting cis-regulatory modules in aligned mammalian genome sequences

artículo científico publicado en 2005

Evolution and functional classification of vertebrate gene deserts

artículo científico publicado en 2004

Evolution of Hemoglobin and Its Genes ⬇️

artículo científico publicado el 1 de diciembre de 2012

Evolution of hemoglobin loci and their regulatory elements

artículo científico publicado en 2017

Evolutionary and Biomedical Insights from the Rhesus Macaque Genome

artículo científico publicado en 2007

Expanded encyclopaedias of DNA elements in the human and mouse genomes

artículo científico publicado en 2020

Experimental validation of predicted mammalian erythroid cis-regulatory modules

artículo científico publicado en 2006

Exploiting genetic variation to uncover rules of transcription factor binding and chromatin accessibility.

artículo científico publicado en 2018

Exponential decay of GC content detected by strand-symmetric substitution rates influences the evolution of isochore structure

artículo científico publicado en 2007

Finding cis-regulatory elements using comparative genomics: some lessons from ENCODE data

artículo científico publicado en 2007

Finding partners to play the music of regulation

artículo científico publicado en 2016

Flanking and Intragenic Sequences Regulating the Expression of the Rabbit α-Globin Gene

article

Function of GATA factors in the adult mouse liver

artículo científico publicado en 2013

Functional and binding studies of HS3.2 of the beta-globin locus control region

artículo científico publicado en 2002

Functions of BET proteins in erythroid gene expression

artículo científico publicado en 2015

GALA, a database for genomic sequence alignments and annotations

artículo científico publicado en 2003

Galaxy: a platform for interactive large-scale genome analysis

artículo científico publicado en 2005

Genetics. GWAS to therapy by genome edits?

artículo científico publicado en 2013

Genome accessibility is widely preserved and locally modulated during mitosis

artículo científico publicado en 2014

Genome analysis of the platypus reveals unique signatures of evolution

artículo científico publicado en 2008

Genome analysis of the platypus reveals unique signatures of evolution

artículo científico publicado en 2008

Genome sequence of the Brown Norway rat yields insights into mammalian evolution

artículo científico publicado en 2004

Genome-Wide Organization of GATA1 and TAL1 Determined at High Resolution

artículo científico publicado en 2015

Genome-wide ChIP-Seq reveals a dramatic shift in the binding of the transcription factor erythroid Kruppel-like factor during erythrocyte differentiation

artículo científico publicado en 2011

Genome-wide Epigenetic Data Facilitate Understanding of Disease Susceptibility Association Studies ⬇️

artículo científico publicado el 5 de septiembre de 2012

Genome-wide comparative analysis reveals human- mouse regulatory landscape and evolution

Genome-wide comparative analysis reveals human-mouse regulatory landscape and evolution

artículo científico publicado en 2015

Genomic approaches towards finding cis-regulatory modules in animals ⬇️

artículo científico publicado el 18 de junio de 2012

Global regulation of erythroid gene expression by transcription factor GATA-1

artículo científico publicado en 2004

Globin gene server: a prototype E-mail database server featuring extensive multiple alignments and data compilation for electronic genetic analysis.

artículo científico publicado en 1994

Globin genes on the move

artículo científico publicado en 2008

Graded repression of PU.1/Sfpi1 gene transcription by GATA factors regulates hematopoietic cell fate

artículo científico publicado en 2009

HRI depletion cooperates with pharmacologic inducers to elevate fetal hemoglobin and reduce sickle cell formation

scientific article published on 01 September 2020

HRI-regulated transcription factor ATF4 activates BCL11A transcription to silence fetal hemoglobin expression

scientific article published on 16 April 2020

HbVar database of human hemoglobin variants and thalassemia mutations: 2007 update

artículo científico publicado en 2007

HbVar: A relational database of human hemoglobin variants and thalassemia mutations at the globin gene server

artículo científico publicado en 2002

Hemoglobins from bacteria to man: evolution of different patterns of gene expression.

artículo científico publicado en 1998

HiCRep: assessing the reproducibility of Hi-C data using a stratum- adjusted correlation coefficient

artículo científico

Histone neighbors in nuclei and extended chromatin

artículo científico publicado en 1977

Human-macaque comparisons illuminate variation in neutral substitution rates

artículo científico publicado en 2008

Human-mouse alignments with BLASTZ

artículo científico publicado en 2003

Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project

artículo científico publicado en 2007

Identification of biologically relevant enhancers in human erythroid cells

artículo científico publicado en 2013

Improvements in the HbVar database of human hemoglobin variants and thalassemia mutations for population and sequence variation studies

artículo científico publicado en 2004

Improvements to GALA and dbERGE II: databases featuring genomic sequence alignment, annotation and experimental results

artículo científico publicado en 2005

Insights into GATA-1-mediated gene activation versus repression via genome-wide chromatin occupancy analysis

artículo científico publicado en 2009

Integrating and mining the chromatin landscape of cell-type specificity using self-organizing maps

artículo científico

Integrative annotation of chromatin elements from ENCODE data

artículo científico publicado en 2012

Integrative detection and analysis of structural variation in cancer genomes

artículo científico publicado en 2018

Isolation and nucleotide sequence of the rabbit globin gene cluster psi zeta-alpha 1-psi alpha. Absence of a pair of alpha-globin genes evolving in concert.

artículo científico publicado en 1986

It takes (LMO) 2 to tango

artículo científico publicado en 2009

Jointly characterizing epigenetic dynamics across multiple human cell types

artículo científico publicado en 2016

Levels of GATA-1/GATA-2 transcription factors modulate expression of embryonic and fetal hemoglobins

scientific article published on 01 December 2000

Lineage and species-specific long noncoding RNAs during erythro-megakaryocytic development

artículo científico publicado en 2014

Localization of the α-like globin gene cluster to region q12 of rabbit chromosome 6 by in situ hybridization

article

Localization of the β-like globin gene cluster and the genes for parathyroid hormone and c-Harvey-ras 1 to region q14→q21 of rabbit chromosome 1 by in situ hybridization

article

Locating well-conserved regions within a pairwise alignment.

artículo científico publicado en 1993

Locus control regions of mammalian beta-globin gene clusters: combining phylogenetic analyses and experimental results to gain functional insights

artículo científico publicado en 1997

Long Human–Mouse Sequence Alignments Reveal Novel Regulatory Elements: A Reason to Sequence the Mouse Genome

scientific article published on 01 October 1997

MRHMMs: multivariate regression hidden Markov models and the variantS.

artículo científico publicado en 2014

Mulan: multiple-sequence local alignment and visualization for studying function and evolution

artículo científico publicado en 2004

MultiPipMaker and supporting tools: Alignments and analysis of multiple genomic DNA sequences

artículo científico publicado en 2003

MultiPipMaker: A Comparative Alignment Server for Multiple DNA Sequences

artículo científico publicado en 2010

MultiPipMaker: comparative alignment server for multiple DNA sequences

artículo científico publicado en 2005

Multiple Regulatory Elements in the 5′-Flanking Sequence of the Human ε-Globin Gene

article

New views of evolution and regulation of vertebrate beta-like globin gene clusters from an orphaned gene in marsupials

artículo científico publicado en 2001

Nuclear protein-binding sites in a transcriptional control region of the rabbit alpha-globin gene

artículo científico

Nucleotide sequence and expression of rabbit globin genes zeta 1, zeta 2, and zeta 3. Pseudogenes generated by block duplications are transcriptionally competent.

artículo científico publicado en 1988

ORegAnno: an open-access community-driven resource for regulatory annotation

artículo científico publicado en 2008

Occupancy by key transcription factors is a more accurate predictor of enhancer activity than histone modifications or chromatin accessibility

artículo científico publicado en 2015

Parallelization of a local similarity algorithm ⬇️

artículo científico publicado el 1 de abril de 1992

Patterns of insertions and their covariation with substitutions in the rat, mouse, and human genomes

scientific article published on April 2004

Perspectives on ENCODE

artículo científico publicado en 2020

PhenCode: connecting ENCODE data with mutations and phenotype

artículo científico publicado en 2007

PipMaker--a web server for aligning two genomic DNA sequences

artículo científico publicado en 2000

PipMaker: a World Wide Web server for genomic sequence alignments

artículo científico publicado en 2003

PipTools: a computational toolkit to annotate and analyze pairwise comparisons of genomic sequences

artículo científico publicado en 2002

Planning the human variome project: the Spain report.

artículo científico publicado en 2009

Pluripotent stem cells reveal erythroid-specific activities of the GATA1 N-terminus

artículo científico publicado en 2015

Polyacrylamide gel electrophoretic fractionation of histones

artículo científico publicado el 1 de enero de 1978

Positive and negative regulatory elements of the rabbit embryonic epsilon-globin gene revealed by an improved multiple alignment program and functional analysis.

artículo científico publicado en 1993

Primary sequence and epigenetic determinants of in vivo occupancy of genomic DNA by GATA1.

artículo científico publicado en 2009

Principles of regulatory information conservation between mouse and human

artículo científico publicado en 2014

Rabbit alpha-like and beta-like globin gene clusters: comparisons among mammalian globin gene clusters

article

Rabbit globin pseudogene psi beta 2 is a hybrid of delta- and beta-globin gene sequences.

artículo científico publicado en 1984

Regulatory potential scores from genome-wide three-way alignments of human, mouse, and rat

artículo científico publicado en 2004

Reply to Brunet and Doolittle: Both selected effect and causal role elements can influence human biology and disease

artículo científico publicado en 2014

Restriction Enzyme Analysis of Tomato Chloroplast and Chromoplast DNA

artículo científico publicado en 1986

Restriction site and genetic map of Cucurbita pepo chloroplast DNA

artículo científico publicado en 1990

Revealing mammalian evolutionary relationships by comparative analysis of gene clusters

artículo científico publicado en 2012

Role of DNA sequences outside the cores of DNase hypersensitive sites (HSs) in functions of the beta-globin locus control region. Domain opening and synergism between HS2 and HS3.

artículo científico publicado en 1996

S3norm: simultaneous normalization of sequencing depth and signal-to-noise ratio in epigenomic data

SBR-Blood: systems biology repository for hematopoietic cells.

artículo científico publicado en 2015

SCL and associated proteins distinguish active from repressive GATA transcription factor complexes

scientific journal article

Selenoproteins regulate stress erythroid progenitors and spleen microenvironment during stress erythropoiesis

artículo científico publicado en 2018

Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution

artículo científico publicado en 2004

Sharing data between LSDBs and central repositories

artículo científico publicado en 2009

Short interspersed repeats in rabbit DNA can provide functional polyadenylation signals.

artículo científico publicado en 1990

Single-nucleotide-level mapping of DNA regulatory elements that control fetal hemoglobin expression

scientific article published on 06 May 2021

Snapshot: clustering and visualizing epigenetic history during cell differentiation

Survey of plastid RNA abundance during tomato fruit ripening: the amounts of RNA from the ORF 2280 region increase in chromoplasts ⬇️

artículo científico publicado el 1 de diciembre de 1991

Systematic documentation and analysis of human genetic variation in hemoglobinopathies using the microattribution approach

artículo científico publicado en 2011

Systematic integration of GATA transcription factors and epigenomes via IDEAS paints the regulatory landscape of hematopoietic cells

artículo científico publicado en 2020

The 3D Genome Browser: a web-based browser for visualizing 3D genome organization and long-range chromatin interactions

artículo científico publicado en 2018

The 3D Genome Browser: a web-based browser for visualizing 3D genome organization and long-range chromatin interactions

The 5' ends of LINE1 repeats in rabbit DNA define subfamilies and reveal a short sequence conserved between rabbits and humans

artículo científico publicado el 1 de octubre de 1992

The BET Protein BRD2 Cooperates with CTCF to Enforce Transcriptional and Architectural Boundaries

artículo científico publicado en 2017

The E3 ligase adaptor molecule SPOP regulates fetal hemoglobin levels in adult erythroid cells

artículo científico publicado en 2019

The Role of H1 in the Structure of Chromatin ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 1978

The changing mouse embryo transcriptome at whole tissue and single-cell resolution

artículo científico publicado en 2020

The complete sequences of the galago and rabbit beta-globin locus control regions: extended sequence and functional conservation outside the cores of DNase hypersensitive sites.

artículo científico publicado en 1997

The effects of chromatin organization on variation in mutation rates in the genome

artículo científico publicado en 2015

The linkage arrangement of four rabbit beta-like globin genes.

artículo científico publicado en 1979

The nucleotide sequence of rabbit embryonic globin gene beta 3 ⬇️

artículo científico publicado el 25 de noviembre de 1981

The nucleotide sequence of the rabbit embryonic globin gene beta 4.

artículo científico publicado en 1983

The rabbit alpha-like globin gene cluster is polymorphic both in the sizes of BamHI fragments and in the numbers of duplicated sets of genes

article

Tissue-specific mitotic bookmarking by hematopoietic transcription factor GATA1.

artículo científico publicado en 2012

Topologically associating domains are stable units of replication-timing regulation

artículo científico publicado en 2014

Transcriptional Burst Initiation and Polymerase Pause Release Are Key Control Points of Transcriptional Regulation

Transcriptional burst initiation and polymerase pause release are key control points of transcriptional regulation

Transcriptional enhancement by GATA1-occupied DNA segments is strongly associated with evolutionary constraint on the binding site motif.

artículo científico publicado en 2008

Trisomy 21-associated defects in human primitive hematopoiesis revealed through induced pluripotent stem cells

artículo científico publicado en 2012

Understanding Heterogeneity of Fetal Hemoglobin Induction through Comparative Analysis of F- and A-erythroblasts

artículo científico publicado en 2020

Unique sequence organization and erythroid cell-specific nuclear factor-binding of mammalian theta 1 globin promoters

artículo científico publicado en 1989

Unlinking an lncRNA from Its Associated cis Element

artículo científico publicado en 2016

Updates of the HbVar database of human hemoglobin variants and thalassemia mutations

artículo científico publicado en 2013

Use of long sequence alignments to study the evolution and regulation of mammalian globin gene clusters.

artículo científico publicado en 1993

Variable evolutionary signatures at the heart of enhancers ⬇️

artículo científico publicado el 1 de septiembre de 2010

What fraction of the human genome is functional?

artículo científico publicado en 2011

ZNF410 Uniquely Activates the NuRD Component CHD4 to Silence Fetal Hemoglobin Expression

scientific article published on 01 December 2020

dCaP: detecting differential binding events in multiple conditions and proteins

artículo científico publicado en 2014

zPicture: dynamic alignment and visualization tool for analyzing conservation profiles

artículo científico publicado en 2004

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