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Lista de obras de Luay Nakhleh

A divide-and-conquer method for scalable phylogenetic network inference from multilocus data

scientific article published on 01 July 2019

A maximum pseudo-likelihood approach for phylogenetic networks

artículo científico publicado en 2015

A metric on the space of reduced phylogenetic networks

artículo científico publicado en 2010

ALPHA: a toolkit for Automated Local PHylogenomic Analyses

artículo científico publicado en 2018

Algorithms for MDC-Based Multi-Locus Phylogeny Inference: Beyond Rooted Binary Gene Trees on Single Alleles ⬇️

artículo científico publicado el 28 de octubre de 2011

An Evaluation of Methods for Inferring Boolean Networks from Time-Series Data

artículo científico publicado en 2013

An HMM-based comparative genomic framework for detecting introgression in eukaryotes

artículo científico publicado en 2014

Annotation-free delineation of prokaryotic homology groups

artículo científico publicado en 2022

Assessing the performance of methods for copy number aberration detection from single-cell DNA sequencing data

artículo científico publicado en 2020

Bayesian Inference of Reticulate Phylogenies under the Multispecies Network Coalescent

artículo científico publicado en 2016

Bayesian inference of phylogenetic networks from bi-allelic genetic markers

artículo científico publicado en 2018

Boosting forward-time population genetic simulators through genotype compression

artículo científico publicado en 2013

Bootstrap-based support of HGT inferred by maximum parsimony

artículo científico publicado en 2010

Co-estimating Reticulate Phylogenies and Gene Trees from Multi-locus Sequence Data

artículo científico publicado en 2017

Coalescent Histories on Phylogenetic Networks and Detection of Hybridization Despite Incomplete Lineage Sorting ⬇️

artículo científico publicado el 19 de enero de 2011

Comments on the model parameters in "SiFit: inferring tumor trees from single-cell sequencing data under finite-sites models"

artículo científico publicado en 2019

Complexity of avian evolution revealed by family-level genomes

artículo científico publicado en 2024

Computational approaches to species phylogeny inference and gene tree reconciliation

artículo científico publicado en 2013

Confounding factors in HGT detection: statistical error, coalescent effects, and multiple solutions

artículo científico publicado en 2007

Convergent evolution of modularity in metabolic networks through different community structures ⬇️

artículo científico publicado el 14 de septiembre de 2012

Correction: Bayesian Inference of Reticulate Phylogenies under the Multispecies Network Coalescent

artículo científico publicado en 2017

Designing fast converging phylogenetic methods

scientific article published on 01 January 2001

Efficient inference of bacterial strain trees from genome-scale multilocus data

artículo científico publicado en 2008

Efficient parsimony-based methods for phylogenetic network reconstruction

artículo científico publicado en 2007

Embracing heterogeneity: coalescing the Tree of Life and the future of phylogenomics

artículo científico publicado en 2019

Evolution after whole-genome duplication: a network perspective

artículo científico publicado en 2013

Exploring phylogenetic hypotheses via Gibbs sampling on evolutionary networks

artículo científico publicado en 2016

Fast algorithms and heuristics for phylogenomics under ILS and hybridization

artículo científico publicado en 2013

GS2: an efficiently computable measure of GO-based similarity of gene sets

artículo científico publicado en 2009

Gene Duplicability-Connectivity-Complexity across Organisms and a Neutral Evolutionary Explanation ⬇️

artículo científico publicado el 11 de septiembre de 2012

HySA: a Hybrid Structural variant Assembly approach using next-generation and single-molecule sequencing technologies

artículo científico publicado en 2017

Hypothesis generation in signaling networks

artículo científico publicado en 2006

Identification of three distinct phylogenetic groups of CAX cation/proton antiporters.

artículo científico publicado en 2006

In the light of deep coalescence: revisiting trees within networks

artículo científico publicado en 2016

Inference of reticulate evolutionary histories by maximum likelihood: the performance of information criteria

artículo científico publicado en 2012

Inference of species phylogenies from bi-allelic markers using pseudo-likelihood.

artículo científico publicado en 2018

Inferring Local Genealogies on Closely Related Genomes

artículo científico publicado en 2017

Inferring Phylogenetic Networks Using PhyloNet

scientific article published on 01 July 2018

Inferring phylogenetic networks by the maximum parsimony criterion: a case study

artículo científico publicado en 2006

Integrated likelihood for phylogenomics under a no-common-mechanism model

scientific article published on 16 April 2020

Interspecific introgressive origin of genomic diversity in the house mouse

artículo científico publicado en 2014

Irrational exuberance for resolved species trees

artículo científico publicado en 2015

Mapping network motif tunability and robustness in the design of synthetic signaling circuits

artículo científico publicado en 2014

Matrilysin/MMP-7 Cleavage of Perlecan/HSPG2 Complexed with Semaphorin 3A Supports FAK-Mediated Stromal Invasion by Prostate Cancer Cells.

artículo científico publicado en 2018

Maximum likelihood inference of reticulate evolutionary histories

artículo científico publicado en 2014

Maximum likelihood of phylogenetic networks

artículo científico publicado en 2006

Methods for copy number aberration detection from single-cell DNA-sequencing data

artículo científico publicado en 2020

Modeling integrated cellular machinery using hybrid Petri-Boolean networks

artículo científico publicado en 2013

Monovar: single-nucleotide variant detection in single cells

artículo científico publicado en 2016

Mutations in global regulators lead to metabolic selection during adaptation to complex environments

artículo científico publicado en 2014

Networks: expanding evolutionary thinking

artículo científico publicado en 2013

Neutral forces acting on intragenomic variability shape the Escherichia coli regulatory network topology

artículo científico publicado en 2013

PRec-I-DCM3: a parallel framework for fast and accurate large-scale phylogeny reconstruction

artículo científico publicado en 2006

Parsimonious inference of hybridization in the presence of incomplete lineage sorting

artículo científico publicado en 2013

Parsimony score of phylogenetic networks: hardness results and a linear-time heuristic

artículo científico publicado en 2009

Perfect Phylogenetic Networks: A New Methodology for Reconstructing the Evolutionary History of Natural Languages

scholarly article by Luay Nakhleh et al published 2005 in Language

PhyloNet: a software package for analyzing and reconstructing reticulate evolutionary relationships

artículo científico publicado en 2008

Phylogenetic networks: modeling, reconstructibility, and accuracy

artículo científico publicado en 2004

Phylogenomic assessment of the role of hybridization and introgression in trait evolution

artículo científico publicado en 2021

Population Genomics in Bacteria: A Case Study of Staphylococcus aureus ⬇️

artículo científico publicado el 17 de octubre de 2011

Practical Speedup of Bayesian Inference of Species Phylogenies by Restricting the Space of Gene Trees

artículo científico publicado en 2020

Properties of metabolic graphs: biological organization or representation artifacts? ⬇️

artículo científico publicado el 4 de mayo de 2011

Quantifying and Assessing the Effect of Chemical Symmetry in Metabolic Pathways ⬇️

artículo científico publicado el 28 de septiembre de 2012

Rapidly exploring structural and dynamic properties of signaling networks using PathwayOracle

artículo científico publicado en 2008

Recombination and phylogeny: effects and detection

artículo científico publicado en 2005

Reconstructing phylogenetic networks using maximum parsimony.

artículo científico publicado en 2005

Reconstructing reticulate evolution in species-theory and practice

artículo científico publicado en 2005

Reticulate evolutionary history and extensive introgression in mosquito species revealed by phylogenetic network analysis

artículo científico publicado en 2016

SiCloneFit: Bayesian inference of population structure, genotype, and phylogeny of tumor clones from single-cell genome sequencing data

scientific article published on 18 October 2019

SiFit: inferring tumor trees from single-cell sequencing data under finite-sites models

artículo científico publicado en 2017

Species tree inference by minimizing deep coalescences

artículo científico publicado en 2009

Stranger in a strange land: the experiences of immigrant researchers

artículo científico publicado en 2017

The Probability of a Gene Tree Topology within a Phylogenetic Network with Applications to Hybridization Detection ⬇️

artículo científico publicado el 19 de abril de 2012

The accuracy of fast phylogenetic methods for large datasets

scientific article published on 01 January 2002

The signaling petri net-based simulator: a non-parametric strategy for characterizing the dynamics of cell-specific signaling networks

artículo científico publicado en 2008

The strength of chemical linkage as a criterion for pruning metabolic graphs ⬇️

artículo científico publicado el 5 de mayo de 2011

Towards accurate characterization of clonal heterogeneity based on structural variation

artículo científico publicado en 2014

Towards an accurate and efficient heuristic for species/gene tree co-estimation

artículo científico publicado en 2018

Towards the development of computational tools for evaluating phylogenetic network reconstruction methods.

artículo científico publicado en 2003

ncDNA and drift drive binding site accumulation ⬇️

artículo científico publicado el 30 de agosto de 2012

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