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Lista de obras de Eric Westhof

A Large-Scale Assessment of Nucleic Acids Binding Site Prediction Programs

artículo científico publicado en 2015

A new understanding of the decoding principle on the ribosome

artículo científico publicado en 2012

A novel double kink-turn module in euryarchaeal RNase P RNAs

artículo científico publicado en 2017

A pH-responsive riboregulator

artículo científico publicado en 2009

A structural module in RNase P expands the variety of RNA kinks

artículo científico publicado en 2012

A surprisingly large RNase P RNA in Candida glabrata

artículo científico publicado en 2005

A tale in molecular recognition: the hammerhead ribozyme.

artículo científico publicado en 2007

An integrated, structure- and energy-based view of the genetic code

artículo científico publicado en 2016

An mRNA is capped by a 2', 5' lariat catalyzed by a group I-like ribozyme

artículo científico publicado en 2005

Anion binding to nucleic acids

artículo científico publicado en 2004

Antibacterial aminoglycosides with a modified mode of binding to the ribosomal-RNA decoding site

artículo científico publicado en 2004

Architecture and folding mechanism of the Azoarcus Group I Pre-tRNA.

artículo científico publicado en 2004

Architecture of a Diels-Alderase ribozyme with a preformed catalytic pocket

artículo científico publicado en 2004

Assemble: an interactive graphical tool to analyze and build RNA architectures at the 2D and 3D levels

artículo científico publicado en 2010

Assembly of core helices and rapid tertiary folding of a small bacterial group I ribozyme

artículo científico publicado en 2003

Automated prediction of three-way junction topological families in RNA secondary structures

artículo científico publicado en 2012

Base pairs and pseudo pairs observed in RNA-ligand complexes

artículo científico publicado en 2010

Binding of manganese(II) to a tertiary stabilized hammerhead ribozyme as studied by electron paramagnetic resonance spectroscopy

artículo científico publicado en 2005

Binding of tobramycin leads to conformational changes in yeast tRNA(Asp) and inhibition of aminoacylation

artículo científico publicado en 2002

Biogenesis of Circular RNAs.

artículo científico publicado en 2014

Brownian-dynamics simulations of metal-ion binding to four-way junctions

artículo científico publicado en 2002

Chemistry. Self-assembled RNA nanostructures

artículo científico publicado en 2014

Classification of pseudo pairs between nucleotide bases and amino acids by analysis of nucleotide–protein complexes ⬇️

artículo científico publicado el 7 de julio de 2011

Comparative genomics of emerging pathogens in the Candida glabrata clade

artículo científico publicado en 2013

Comparative genomics of protoploid Saccharomycetaceae

artículo científico publicado en 2009

Comparative patterns of modified nucleotides in individual tRNA species from a mesophilic and two thermophilic archaea

artículo científico publicado en 2020

Computational Pipeline for Reference-Free Comparative Analysis of RNA 3D Structures Applied to SARS-CoV-2 UTR Models

artículo científico publicado en 2022

Cryo-EM structure and rRNA model of a translating eukaryotic 80S ribosome at 5.5-A resolution

artículo científico publicado en 2010

Crystal structure and fluorescence properties of the iSpinach aptamer in complex with DFHBI.

artículo científico publicado en 2017

Crystal structure of a complex between the aminoglycoside tobramycin and an oligonucleotide containing the ribosomal decoding a site

artículo científico publicado en 2002

Crystal structure of geneticin bound to a bacterial 16S ribosomal RNA A site oligonucleotide

artículo científico publicado en 2003

Crystal structure of the bacterial ribosomal decoding site complexed with a synthetic doubly functionalized paromomycin derivative: a new specific binding mode to an a-minor motif enhances in vitro antibacterial activity

artículo científico publicado en 2007

Crystal structure of the bacterial ribosomal decoding site complexed with amikacin containing the gamma-amino-alpha-hydroxybutyryl (haba) group

artículo científico

Crystal structures of a group II intron lariat primed for reverse splicing.

artículo científico publicado en 2016

Crystal structures of complexes between aminoglycosides and decoding A site oligonucleotides: role of the number of rings and positive charges in the specific binding leading to miscoding

artículo científico publicado en 2005

Determination of thermodynamic parameters for HIV DIS type loop-loop kissing complexes

artículo científico publicado en 2004

Differential selectivity of natural and synthetic aminoglycosides towards the eukaryotic and prokaryotic decoding A sites

artículo científico publicado en 2007

Distinctive structures between chimpanzee and human in a brain noncoding RNA

artículo científico publicado en 2008

Docking of aminoglycosides to hydrated and flexible RNA.

artículo científico publicado en 2006

Effects of magnesium ions on the stabilization of RNA oligomers of defined structures

artículo científico publicado en 2002

Evaluation of the stereochemical quality of predicted RNA 3D models in the RNA-Puzzles submissions

artículo científico publicado en 2022

Evaluation of the stereochemical quality of predicted RNA 3D models in the RNA-Puzzles submissions

artículo científico publicado en 2021

Frequency and isostericity of RNA base pairs

artículo científico publicado en 2009

Functional hammerhead ribozymes naturally encoded in the genome of Arabidopsis thaliana

artículo científico publicado en 2005

Genome evolution in yeasts

artículo científico publicado en 2004

High-resolution cryo-electron microscopy structure of the Trypanosoma brucei ribosome

artículo científico publicado en 2013

How to fold and protect mitochondrial ribosomal RNA with fewer guanines

How to silence silencing

artículo científico publicado en 2004

Identification and annotation of noncoding RNAs in Saccharomycotina ⬇️

artículo científico publicado el 6 de julio de 2011

Importance of potassium ions for ribosome structure and function revealed by long-wavelength X-ray diffraction.

artículo científico publicado en 2019

In-line alignment and Mg²⁺ coordination at the cleavage site of the env22 twister ribozyme

artículo científico publicado en 2014

Inhibition of Aminoglycoside‐Deactivating Enzymes APH(3′)‐IIIa and AAC(6′)‐Ii by Amphiphilic Paromomycin O2′′‐Ether Analogues ⬇️

artículo científico publicado el 8 de septiembre de 2011

Isostericity and tautomerism of base pairs in nucleic acids

artículo científico publicado en 2014

Localization of eukaryote-specific ribosomal proteins in a 5.5-Å cryo-EM map of the 80S eukaryotic ribosome

artículo científico publicado en 2010

MAO: a Multiple Alignment Ontology for nucleic acid and protein sequences

artículo científico publicado en 2005

Melting of the solvent structure around a RNA duplex: a molecular dynamics simulation study

artículo científico publicado en 2002

Metal ion binding to RNA.

artículo científico

Mining for recurrent long-range interactions in RNA structures reveals embedded hierarchies in network families.

artículo científico publicado en 2018

Molecular adaptation in RNA complexes

artículo científico publicado en 2009

Molecular contacts between antibiotics and the 30S ribosomal particle

artículo científico publicado en 2006

Molecular modeling of the three-dimensional structure of the bacterial RNase P holoenzyme

scientific article (publication date: 24 January 2003)

Molecular modelling of the GIR1 branching ribozyme gives new insight into evolution of structurally related ribozymes

artículo científico publicado en 2008

Molecular recognition of aminoglycoside antibiotics by ribosomal RNA and resistance enzymes: an analysis of x-ray crystal structures

artículo científico publicado en 2003

Monitoring intermediate folding states of the td group I intron in vivo

artículo científico publicado en 2002

Mutant MRPS5 affects mitoribosomal accuracy and confers stress-related behavioral alterations

artículo científico publicado en 2018

Mutation in a primate-conserved retrotransposon reveals a noncoding RNA as a mediator of infantile encephalopathy

artículo científico publicado en 2012

New Dimensions of RNA in Molecular Recognition and Catalysis

New Structural Insights into Translational Miscoding

artículo científico publicado en 2016

New metrics for comparing and assessing discrepancies between RNA 3D structures and models

artículo científico publicado en 2009

New structural insights into the decoding mechanism: translation infidelity via a G·U pair with Watson-Crick geometry

artículo científico

Nucleic acids: how high resolution structural biology help us to understand Darwinian evolution

artículo científico publicado en 2009

Pichia sorbitophila, an Interspecies Yeast Hybrid, Reveals Early Steps of Genome Resolution After Polyploidization

artículo científico publicado en 2012

Plasticity of animal genome architecture unmasked by rapid evolution of a pelagic tunicate

artículo científico publicado en 2010

Predicting and modeling RNA architecture

scientific article published on February 2011

Prediction of nucleic acid binding probability in proteins: a neighboring residue network based score

artículo científico publicado en 2015

Pronounced instability of tandem IU base pairs in RNA.

artículo científico

Proximity of conserved U6 and U2 snRNA elements to the 5' splice site region in activated spliceosomes

artículo científico publicado en 2006

RBscore&NBench: a high-level web server for nucleic acid binding residues prediction with a large-scale benchmarking database

artículo científico publicado en 2016

RNA Structure and Folding, edited by Dagmar Klostermeier and Christian Hammann. 2013. De Gruyter, Berlin/Boston.

artículo científico publicado en 2014

RNA Structure: Advances and Assessment of 3D Structure Prediction

artículo científico publicado en 2017

RNA as a Drug Target: The Case of Aminoglycosides ⬇️

artículo científico publicado el 6 de octubre de 2003

RNA modeling, naturally

artículo científico publicado en 2012

RNA structure analysis of human spliceosomes reveals a compact 3D arrangement of snRNAs at the catalytic core

artículo científico publicado en 2013

RNA structure from deep sequencing

artículo científico publicado en 2015

RNA structure: bioinformatic analysis

artículo científico publicado en 2007

RNA-Puzzles Round II: assessment of RNA structure prediction programs applied to three large RNA structures

artículo científico publicado en 2015

RNA-Puzzles Round III: 3D RNA structure prediction of five riboswitches and one ribozyme

artículo científico publicado en 2017

RNA-Puzzles Round IV: 3D structure predictions of four ribozymes and two aptamers

scientific article published on 05 May 2020

RNA-Puzzles toolkit: a computational resource of RNA 3D structure benchmark datasets, structure manipulation, and evaluation tools

artículo científico publicado en 2020

RNA-Puzzles: a CASP-like evaluation of RNA three-dimensional structure prediction

artículo científico publicado en 2012

RNAML: a standard syntax for exchanging RNA information.

artículo científico publicado en 2002

RNase P: at last, the key finds its lock

artículo científico publicado en 2011

Recent Advances in Mitochondrial Aminoacyl-tRNA Synthetases and Disease

artículo científico publicado en 2017

Recognition of Watson-Crick base pairs: constraints and limits due to geometric selection and tautomerism

scientific article published on April 2014

Recurrent structural RNA motifs, Isostericity Matrices and sequence alignments

artículo científico publicado en 2005

Riboswitch structures: purine ligands replace tertiary contacts

artículo científico publicado en 2005

Searching genomes for ribozymes and riboswitches

artículo científico publicado en 2007

Sequence elements outside the hammerhead ribozyme catalytic core enable intracellular activity

artículo científico publicado en 2003

Sequence to Structure (S2S): display, manipulate and interconnect RNA data from sequence to structure

artículo científico publicado en 2005

Sequence-based identification of 3D structural modules in RNA with RMDetect

artículo científico publicado en 2011

Speciation of a group I intron into a lariat capping ribozyme

artículo científico publicado en 2014

Specific features of telomerase RNA from Hansenula polymorpha

artículo científico publicado en 2013

Structural biology. Evolution of RNA architecture

artículo científico publicado en 2004

Structural insights into the translational infidelity mechanism

artículo científico publicado en 2015

Structure of Monomeric Yeast and Mammalian Sec61 Complexes Interacting with the Translating Ribosome

artículo científico publicado en 2009

Structure of an A-form RNA duplex obtained by degradation of 6S RNA in a crystallization droplet

artículo científico publicado en 2013

Structure of the ribosome-bound cricket paralysis virus IRES RNA.

artículo científico publicado en 2006

Structure-based design, synthesis and A-site rRNA co-crystal complexes of novel amphiphilic aminoglycoside antibiotics with new binding modes: A synergistic hydrophobic effect against resistant bacteria ⬇️

artículo científico publicado el 19 de septiembre de 2010

Structure-based design, synthesis, and A-site rRNA cocrystal complexes of functionally novel aminoglycoside antibiotics: C2" ether analogues of paromomycin.

artículo científico publicado en 2007

Symmetric K+ and Mg2+ ion-binding sites in the 5S rRNA loop E inferred from molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2004

The Endless Subtleties of RNA-Protein Complexes ⬇️

artículo científico publicado el 13 de julio de 2011

The Molecular Basis for A‐Site Mutations Conferring Aminoglycoside Resistance: Relationship between Ribosomal Susceptibility and X‐ray Crystal Structures ⬇️

artículo científico publicado el 6 de octubre de 2003

The RNA Ontology Consortium: an open invitation to the RNA community

artículo científico publicado en 2006

The RNA polymerase III-dependent family of genes in hemiascomycetes: comparative RNomics, decoding strategies, transcription and evolutionary implications

artículo científico publicado en 2006

The RNA structure alignment ontology

artículo científico publicado en 2009

The amazing world of bacterial structured RNAs

artículo científico publicado en 2010

The annotation of RNA motifs

artículo científico publicado en 2002

The bacterial and mitochondrial ribosomal A-site molecular switches possess different conformational substates

artículo científico publicado en 2008

The complete genome of Blastobotrys (Arxula) adeninivorans LS3 - a yeast of biotechnological interest

artículo científico publicado en 2014

The multiple flavors of GoU pairs in RNA.

artículo científico publicado en 2019

The non-Watson-Crick base pairs and their associated isostericity matrices

artículo científico publicado en 2002

The ribosome prohibits the G•U wobble geometry at the first position of the codon-anticodon helix

artículo científico publicado en 2016

The ribozyme core of group II introns: a structure in want of partners

artículo científico publicado en 2009

The three-dimensional architecture of the class I ligase ribozyme

artículo científico publicado en 2004

The unforeseeable hammerhead ribozyme ⬇️

artículo científico publicado el 21 de enero de 2009

The viral protein NSP1 acts as a ribosome gatekeeper for shutting down host translation and fostering SARS-CoV-2 translation

scientific article published on 02 December 2020

The viral protein NSP1 acts as a ribosome gatekeeper for shutting down host translation and fostering SARS-CoV-2 translation

artículo científico publicado en 2020

Tools for the automatic identification and classification of RNA base pairs

artículo científico publicado en 2003

Topology of three-way junctions in folded RNAs

artículo científico publicado en 2006

Toward predicting self-splicing and protein-facilitated splicing of group I introns

artículo científico publicado en 2008

Transcriptome-wide identification of A > I RNA editing sites by inosine specific cleavage

artículo científico publicado en 2012

Translation of non-standard codon nucleotides reveals minimal requirements for codon-anticodon interactions

artículo científico publicado en 2018

Twenty years of RNA crystallography

artículo científico publicado en 2015

Two conformational states in the crystal structure of the Homo sapiens cytoplasmic ribosomal decoding A site

artículo científico publicado en 2006

Unusual tertiary pairs in eukaryotic tRNA-Ala

artículo científico publicado en 2020

Using droplet-based microfluidics to improve the catalytic properties of RNA under multiple-turnover conditions

artículo científico publicado en 2015

Visualization of macromolecular structures.

artículo científico publicado en 2010

iSpinach: a fluorogenic RNA aptamer optimized for in vitro applications

artículo científico publicado en 2016

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