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Lista de obras de Peter D. Karp

A Bayesian method for identifying missing enzymes in predicted metabolic pathway databases

artículo científico publicado en 2004

A framework for application of metabolic modeling in yeast to predict the effects of nsSNV in human orthologs

artículo científico publicado en 2014

A genome-scale metabolic flux model of Escherichia coli K-12 derived from the EcoCyc database

artículo científico publicado en 2014

A genome-scale metabolic reconstruction for Escherichia coli K-12 MG1655 that accounts for 1260 ORFs and thermodynamic information

artículo científico publicado en 2007

A knowledge base of the chemical compounds of intermediary metabolism ⬇️

artículo científico publicado el 1 de agosto de 1992

A protocol for maintaining multidatabase referential integrity ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 1996

A strategy for database interoperation

artículo científico

A survey of metabolic databases emphasizing the MetaCyc family ⬇️

artículo científico publicado el 27 de abril de 2011

A survey of orphan enzyme activities

artículo científico publicado en 2007

A systematic comparison of the MetaCyc and KEGG pathway databases

artículo científico publicado en 2013

A systematic study of genome context methods: calibration, normalization and combination

artículo científico publicado en 2010

Accurate atom-mapping computation for biochemical reactions

artículo científico publicado en 2012

Adapting EcoCyc for use on the World Wide Web.

artículo científico

Addition of Escherichia coli K-12 growth observation and gene essentiality data to the EcoCyc database

artículo científico publicado en 2013

An advanced web query interface for biological databases

artículo científico publicado en 2010

An evaluation of ontology exchange languages for bioinformatics.

artículo científico

An evidence ontology for use in pathway/genome databases.

artículo científico

An ontology for biological function based on molecular interactions

artículo científico

Annotation-based inference of transporter function

artículo científico publicado en 2008

Artificial intelligence methods for theory representation and hypothesis formation.

artículo científico publicado en 1991

Beyond the genome (BTG) is a (PGDB) pathway genome database: HumanCyc.

artículo científico publicado en 2010

BioWarehouse: a bioinformatics database warehouse toolkit

artículo científico publicado en 2006

Browsing metabolic and regulatory networks with BioCyc

artículo científico publicado en 2012

Call for an enzyme genomics initiative

artículo científico publicado en 2004

Changes to NIH Grant System May Backfire

artículo científico publicado en 2008

Computational analysis of Plasmodium falciparum metabolism: organizing genomic information to facilitate drug discovery

artículo científico publicado en 2004

Computational prediction of human metabolic pathways from the complete human genome

artículo científico publicado en 2005

Computer-assisted three-dimensional and two-dimensional reconstructions of autoradiographic images of the cerebral cortex

artículo científico publicado en 1984

Computing minimal nutrient sets from metabolic networks via linear constraint solving

artículo científico publicado en 2013

Construction and completion of flux balance models from pathway databases

artículo científico publicado en 2012

Corrigendum: The BioPAX community standard for pathway data sharing

correction; published 7 December 2010

Creation of a genome-wide metabolic pathway database for Populus trichocarpa using a new approach for reconstruction and curation of metabolic pathways for plants

artículo científico

Curation accuracy of model organism databases

artículo científico publicado en 2014

Data mining in the MetaCyc family of pathway databases

artículo científico publicado en 2013

Database links are a foundation for interoperability

artículo científico

Database verification studies of SWISS-PROT and GenBank

artículo científico publicado en 2001

Dead end metabolites--defining the known unknowns of the E. coli metabolic network

artículo científico publicado en 2013

Discovering novel subsystems using comparative genomics

artículo científico publicado en 2011

Eco Cyc: encyclopedia of Escherichia coli genes and metabolism

artículo científico

EcoCyc: Encyclopedia of Escherichia coli genes and metabolism

artículo científico publicado en 1998

EcoCyc: Enyclopedia of Escherichia coli Genes and Metabolism

artículo científico publicado en 1997

EcoCyc: a comprehensive database of Escherichia coli biology

artículo científico publicado en 2011

EcoCyc: a comprehensive database resource for Escherichia coli

artículo científico publicado en 2005

EcoCyc: a comprehensive view of Escherichia coli biology

scientific article published on 30 October 2008

EcoCyc: an encyclopedia of Escherichia coli genes and metabolism

artículo científico publicado en 1996

EcoCyc: fusing model organism databases with systems biology

artículo científico publicado en 2012

Erratum: Corrigendum: The BioPAX community standard for pathway data sharing

scholarly article published in Nature Biotechnology

Erratum: The complete genome sequence of the gastric pathogen Helicobacter pylori

artículo científico publicado en 1997

Estimation of equilibrium constants using automated group contribution methods.

artículo científico publicado en 1997

Evaluation of computational metabolic-pathway predictions for Helicobacter pylori

artículo científico publicado en 2002

Evidence supporting predicted metabolic pathways for Vibrio cholerae: gene expression data and clinical tests

artículo científico publicado en 2006

Expansion of the BioCyc collection of pathway/genome databases to 160 genomes

artículo científico publicado en 2005

Genome annotation errors in pathway databases due to semantic ambiguity in partial EC numbers

artículo científico publicado en 2005

Global properties of the metabolic map of Escherichia coli

artículo científico publicado en 2000

Groups: knowledge spreadsheets for symbolic biocomputing

scientific article published on 14 September 2013

HinCyc: a knowledge base of the complete genome and metabolic pathways of H. influenzae

article by P D Karp et al published 1996 in Proceedings. International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology

How accurate is automated gap filling of metabolic models?

artículo científico publicado en 2018

Integrated access to metabolic and genomic data

artículo científico publicado en 1996

Integrated pathway–genome databases and their role in drug discovery

artículo científico publicado en 1999

Knowledge acquisition, consistency checking and concurrency control for Gene Ontology (GO).

artículo científico

Machine learning methods for metabolic pathway prediction

artículo científico publicado en 2010

Many Genbank entries for complete microbial genomes violate the Genbank standard

artículo científico publicado en 2001

MetaCyc and AraCyc. Metabolic pathway databases for plant research

artículo científico

MetaCyc: a multiorganism database of metabolic pathways and enzymes

artículo científico publicado en 2006

MetaCyc: a multiorganism database of metabolic pathways and enzymes.

artículo científico publicado en 2004

Metabolic databases

artículo científico publicado en 1998

Metabolic pathways for the whole community

artículo científico publicado en 2014

Metabolomics reveals amino acids contribute to variation in response to simvastatin treatment

artículo científico publicado en 2012

Multidimensional annotation of the Escherichia coli K-12 genome

artículo científico publicado en 2007

Nutrient-related analysis of pathway/genome databases

artículo científico publicado en 2001

Optimal metabolic route search based on atom mappings

artículo científico publicado en 2014

Pathway Tools Visualization of Organism-Scale Metabolic Networks

artículo científico publicado en 2021

Pathway Tools version 13.0: integrated software for pathway/genome informatics and systems biology

artículo científico publicado en 2009

Pathway collages: personalized multi-pathway diagrams

artículo científico publicado en 2016

Pathway databases: a case study in computational symbolic theories

artículo científico

PortEco: a resource for exploring bacterial biology through high-throughput data and analysis tools.

artículo científico publicado en 2013

Prediction of enzyme classification from protein sequence without the use of sequence similarity.

artículo científico publicado en 1997

PseudoCyc, a pathway-genome database for Pseudomonas aeruginosa

artículo científico publicado en 2003

Querying and computing with BioCyc databases

artículo científico publicado en 2005

Regulatory network operations in the Pathway Tools software

artículo científico publicado en 2012

Representations of metabolic knowledge.

artículo científico publicado en 1993

Representations of metabolic knowledge: pathways.

artículo científico publicado en 1994

Simultaneous cross-evaluation of heterogeneous E. coli datasets via mechanistic simulation

artículo científico publicado en 2020

The BioPAX community standard for pathway data sharing

artículo científico publicado en 2010

The COMBREX project: design, methodology, and initial results

artículo científico publicado en 2013

The EcoCyc Database

artículo científico publicado en 2002

The EcoCyc and MetaCyc databases

artículo científico publicado en 2000

The MetaCyc Database

artículo científico publicado en 2002

The MetaCyc Database of metabolic pathways and enzymes and the BioCyc collection of Pathway/Genome Databases

artículo científico publicado en 2008

The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes and the BioCyc collection of Pathway/Genome Databases

artículo científico publicado en 2013

The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes and the BioCyc collection of pathway/genome databases

artículo científico publicado en 2010

The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes and the BioCyc collection of pathway/genome databases ⬇️

artículo científico publicado en 2012

The Pathway Tools cellular overview diagram and Omics Viewer

artículo científico publicado en 2006

The Pathway Tools software

scientific article (publication date: 2002)

The challenge of constructing, classifying, and representing metabolic pathways

artículo científico publicado en 2013

The complete genome sequence of Francisella tularensis, the causative agent of tularemia

artículo científico publicado en 2005

The complete genome sequence of the gastric pathogen Helicobacter pylori

artículo científico publicado en 1997

The comprehensive updated regulatory network of Escherichia coli K-12.

artículo científico publicado en 2006

The genome of the natural genetic engineer Agrobacterium tumefaciens C58

artículo científico publicado en 2001

The outcomes of pathway database computations depend on pathway ontology

artículo científico publicado en 2006

The past, present and future of genome-wide re-annotation

artículo científico publicado en 2002

The pathway tools pathway prediction algorithm

artículo científico publicado en 2011

Using Pathway Covering to Explore Connections among Metabolites.

artículo científico publicado en 2019

Using functional and organizational information to improve genome-wide computational prediction of transcription units on pathway-genome databases

artículo científico publicado en 2004

Using genome-context data to identify specific types of functional associations in pathway/genome databases

artículo científico publicado en 2007

Using the MetaCyc pathway database and the BioCyc database collection

artículo científico publicado en 2007

Web-based metabolic network visualization with a zooming user interface

artículo científico publicado en 2011

What database management system(s) should be employed in bioinformatics applications?

artículo científico publicado en 2003

What we can learn about Escherichia coli through application of Gene Ontology

artículo científico publicado en 2009

What we do not know about sequence analysis and sequence databases

artículo científico publicado en 1998

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