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Lista de obras de Lior Pachter

A Genome-Wide Map of Conserved MicroRNA Targets in C. elegans

artículo científico publicado en 2006

A Python library for probabilistic analysis of single-cell omics data

artículo científico

A closer look at RNA editing ⬇️

artículo científico publicado el 7 de marzo de 2012

A curated database reveals trends in single-cell transcriptomics

artículo científico publicado en 2020

A dictionary based approach for gene annotation

article

A dictionary-based approach for gene annotation

artículo científico publicado en 1999

A direct comparison of genome alignment and transcriptome pseudoalignment

A discriminative learning approach to differential expression analysis for single-cell RNA-seq

scientific article published on 21 January 2019

A diverse epigenetic landscape at human exons with implication for expression

artículo científico publicado en 2015

A dynamic alternative splicing program regulates gene expression during terminal erythropoiesis

artículo científico publicado en 2014

A dynamic intron retention program enriched in RNA processing genes regulates gene expression during terminal erythropoiesis

artículo científico publicado en 2015

A multimodal cell census and atlas of the mammalian primary motor cortex

artículo científico publicado en 2021

A transcriptomic and epigenomic cell atlas of the mouse primary motor cortex

artículo científico publicado en 2021

AVID: A global alignment program

artículo científico publicado en 2003

Accurate design of translational output by a neural network model of ribosome distribution

artículo científico publicado en 2018

Accurate identification of novel human genes through simultaneous gene prediction in human, mouse, and rat.

artículo científico publicado en 2004

Addressing the pooled amplification paradox with unique molecular identifiers in single-cell RNA-seq

artículo científico publicado en 2020

Analyses of deep mammalian sequence alignments and constraint predictions for 1% of the human genome

artículo científico publicado en 2007

Analysis of epistatic interactions and fitness landscapes using a new geometric approach

artículo científico publicado en 2007

Applications of Generalized Pair Hidden Markov Models to Alignment and Gene Finding Problems

article

Association mapping from sequencing reads using k-mers.

artículo científico publicado en 2018

BUTTERFLY: addressing the pooled amplification paradox with unique molecular identifiers in single-cell RNA-seq

artículo científico publicado en 2021

Barcode identification for single cell genomics

Beyond pairwise distances: neighbor-joining with phylogenetic diversity estimates

artículo científico publicado en 2005

Binding site turnover produces pervasive quantitative changes in transcription factor binding between closely related Drosophila species

artículo científico publicado en 2010

Bioinformatics for whole-genome shotgun sequencing of microbial communities

artículo científico publicado en 2005

CGAL: computing genome assembly likelihoods

artículo científico publicado en 2013

Combinatorics of least-squares trees

artículo científico publicado en 2008

Combining statistical alignment and phylogenetic footprinting to detect regulatory elements

artículo científico publicado en 2008

Comparison of pattern detection methods in microarray time series of the segmentation clock

artículo científico publicado en 2008

Comprehensive, Integrative Genomic Analysis of Diffuse Lower-Grade Gliomas

artículo científico publicado en 2015

Controlling for conservation in genome-wide DNA methylation studies

artículo científico publicado en 2015

Coverage statistics for sequence census methods

artículo científico publicado en 2010

Decrease in ACE2 mRNA expression in aged mouse lung

artículo científico publicado en 2020

Determining coding CpG islands by identifying regions significant for pattern statistics on Markov chains

artículo científico publicado en 2011

Deterministic column subset selection for single-cell RNA-Seq

scientific article published in PLoS ONE

Development of a low bias method for characterizing viral populations using next generation sequencing technology

artículo científico publicado en 2010

Differential analysis of RNA-seq incorporating quantification uncertainty

artículo científico publicado en 2017

Differential analysis of gene regulation at transcript resolution with RNA-seq

artículo científico publicado en 2013

Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks

artículo científico publicado en 2012

Discovery of functional elements in 12 Drosophila genomes using evolutionary signatures

artículo científico publicado en 2007

Disordered microbial communities in asthmatic airways

artículo científico publicado en 2010

Erratum: Near-optimal probabilistic RNA-seq quantification

scientific article published on 01 August 2016

Estimating intrinsic and extrinsic noise from single-cell gene expression measurements

artículo científico publicado en 2016

Evolution at the nucleotide level: the problem of multiple whole-genome alignment

artículo científico publicado en 2006

Evolution of genes and genomes on the Drosophila phylogeny

artículo científico publicado en 2007

Exon-level microarray analyses identify alternative splicing programs in breast cancer

artículo científico publicado en 2010

Exploring the genetic basis of variation in gene predictions with a synthetic association study

artículo científico publicado en 2010

Expression reflects population structure

artículo científico publicado en 2018

Factor analysis for survival time prediction with informative censoring and diverse covariates

scientific article published on 04 June 2019

Fast and accurate diagnostics from highly multiplexed sequencing assays

artículo científico publicado en 2020

Fast and accurate single-cell RNA-seq analysis by clustering of transcript-compatibility counts

artículo científico publicado en 2016

Fast and scalable querying of eukaryotic linear motifs with <i>gget elm</i>

artículo científico publicado en 2024

Fast statistical alignment

artículo científico publicado en 2009

Finding Convex Sets Among Points in the Plane

artículo científico publicado en 1998

Fragment assignment in the cloud with eXpress-D

artículo científico publicado en 2013

Fusion detection and quantification by pseudoalignment

article published in 2017

Gene-level differential analysis at transcript-level resolution.

artículo científico publicado en 2018

Genome methylation in D. melanogaster is found at specific short motifs and is independent of DNMT2 activity

artículo científico publicado en 2014

Genome sequence of the Brown Norway rat yields insights into mammalian evolution

artículo científico publicado en 2004

HMM sampling and applications to gene finding and alternative splicing

article

Highly multiplexed single-cell RNA-seq by DNA oligonucleotide tagging of cellular proteins

artículo científico publicado en 2019

Human Intestinal Tissue with Adult Stem Cell Properties Derived from Pluripotent Stem Cells.

artículo científico publicado en 2014

Human intestinal tissue with adult stem cell properties derived from pluripotent stem cells

artículo científico publicado en 2014

Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project

artículo científico publicado en 2007

Identification and correction of systematic error in high-throughput sequence data

artículo científico publicado en 2011

Identification of evolutionary hotspots in the rodent genomes

artículo científico publicado en 2004

Identification of novel transcripts in annotated genomes using RNA-Seq

artículo científico publicado en 2011

Identification of transposable elements using multiple alignments of related genomes

artículo científico publicado en 2005

Improving RNA-Seq expression estimates by correcting for fragment bias

artículo científico publicado en 2011

Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome

artículo científico publicado en 2002

Interpretable factor models of single-cell RNA-seq via variational autoencoders

scientific article published on 16 March 2020

Interpreting the unculturable majority

artículo científico publicado en 2007

Intraspecies sequence comparisons for annotating genomes

artículo científico publicado en 2004

Isoform cell-type specificity in the mouse primary motor cortex

artículo científico publicado en 2021

Large multiple organism gene finding by collapsed Gibbs sampling.

artículo científico publicado en 2005

Low-cost, scalable, and automated fluid sampling for fluidics applications

artículo científico publicado en 2021

MAVID multiple alignment server

artículo científico publicado en 2003

MAVID: constrained ancestral alignment of multiple sequences

artículo científico publicado en 2004

Mapping and identification of essential gene functions on the X chromosome of Drosophila

artículo científico publicado en 2001

MetMap enables genome-scale Methyltyping for determining methylation states in populations

artículo científico publicado en 2010

Modeling and automation of sequencing-based characterization of RNA structure

artículo científico publicado en 2011

Modeling bursty transcription and splicing with the chemical master equation

artículo científico publicado en 2022

Multimodal Analysis of Cell Types in a Hypothalamic Node Controlling Social Behavior

artículo científico publicado en 2019

Multiple alignment by sequence annealing.

artículo científico publicado en 2007

Multiple-sequence functional annotation and the generalized hidden Markov phylogeny

artículo científico publicado en 2004

Multiplexed RNA structure characterization with selective 2'-hydroxyl acylation analyzed by primer extension sequencing (SHAPE-Seq)

artículo científico publicado en 2011

Museum of spatial transcriptomics

artículo científico publicado en 2022

Near-optimal probabilistic RNA-seq quantification

artículo científico publicado en 2016

Odd-paired is a pioneer-like factor that coordinates with Zelda to control gene expression in embryos

scientific article published on 23 July 2020

On the optimality of the neighbor-joining algorithm

artículo científico publicado en 2008

PROBer Provides a General Toolkit for Analyzing Sequencing-Based Toeprinting Assays

artículo científico publicado en 2017

Pair hidden Markov models

Parametric alignment of Drosophila genomes

artículo científico publicado en 2006

Parametric alignment of Drosophila genomes

artículo científico publicado en 2006

Parametric inference for biological sequence analysis

artículo científico publicado en 2004

Patterns of gene duplication and intron loss in the ENCODE regions suggest a confounding factor

artículo científico publicado en 2007

Phyloepigenomic comparison of great apes reveals a correlation between somatic and germline methylation states

artículo científico publicado en 2011

Phylogenetic shadowing of primate sequences to find functional regions of the human genome

artículo científico publicado en 2003

Picking alignments from (Steiner) trees

artículo científico publicado en 2003

Population genomics: whole-genome analysis of polymorphism and divergence in Drosophila simulans

artículo científico publicado en 2007

Pregnancy-Induced Changes in Systemic Gene Expression among Healthy Women and Women with Rheumatoid Arthritis

artículo científico publicado en 2015

Pregnancy-induced gene expression changes in vivo among women with rheumatoid arthritis: a pilot study

artículo científico publicado en 2017

Principles of open source bioinstrumentation applied to the poseidon syringe pump system

scientific article published on 27 August 2019

Protein velocity and acceleration from single-cell multiomics experiments

scientific article published on 18 February 2020

Quantifying uniformity of mapped reads

artículo científico publicado en 2012

RNA Velocity: Molecular Kinetics from Single-Cell RNA-Seq

scientific article published on 01 October 2018

RNA-Seq and find: entering the RNA deep field

artículo científico publicado en 2011

Rational experiment design for sequencing-based RNA structure mapping

artículo científico publicado en 2014

RefShannon: A genome-guided transcriptome assembler using sparse flow decomposition

artículo científico publicado en 2020

Reference based annotation with GeneMapper

artículo científico publicado en 2006

Reliable and accurate diagnostics from highly multiplexed sequencing assays

scientific article published on 10 December 2020

SHAPE-Seq: High-Throughput RNA Structure Analysis

artículo científico publicado en 2012

SLAM web server for comparative gene finding and alignment

artículo científico publicado en 2003

SLAM: cross-species gene finding and alignment with a generalized pair hidden Markov model

artículo científico publicado en 2003

Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution

artículo científico publicado en 2004

Shape-based peak identification for ChIP-Seq

artículo científico publicado en 2011

Single-cell analysis at the threshold

artículo científico publicado en 2016

Single-cell transcriptomics reveals receptor transformations during olfactory neurogenesis

artículo científico publicado en 2015

Special function methods for bursty models of transcription

scientific article published on 01 August 2020

Specific alignment of structured RNA: stochastic grammars and sequence annealing

artículo científico publicado en 2008

Strategies and tools for whole-genome alignments

artículo científico publicado en 2003

Streaming fragment assignment for real-time analysis of sequencing experiments

artículo científico publicado en 2012

Structural variation among wild and industrial strains of Penicillium chrysogenum

artículo científico publicado en 2014

Subtree power analysis and species selection for comparative genomics

artículo científico publicado en 2005

Swab-Seq: A high-throughput platform for massively scaled up SARS-CoV-2 testing

scientific article published on 03 September 2020

The BUS Format for Single-Cell RNA-Seq Processing and Analysis

The Barcode, UMI, Set format and BUStools

The Lair: a resource for exploratory analysis of published RNA-Seq data

artículo científico publicado en 2016

The NIH BD2K center for big data in translational genomics

artículo científico publicado en 2015

The barcode, UMI, set format and BUStools

scientific article published on 01 November 2019

The computational challenges of applying comparative-based computational methods to whole genomes

artículo científico publicado en 2002

The cyclohedron test for finding periodic genes in time course expression studies

artículo científico publicado en 2007

TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq

artículo científico publicado en 2009

Toward the human genotope

artículo científico publicado en 2007

Tracing the most parsimonious indel history

artículo científico publicado en 2011

Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation

artículo científico publicado en 2010

Transcriptomic response of Drosophila melanogaster pupae developed in hypergravity

artículo científico publicado en 2016

Tropical geometry of statistical models

artículo científico publicado en 2004

Updating RNA-Seq analyses after re-annotation

artículo científico publicado en 2013

VISTA: computational tools for comparative genomics

artículo científico publicado en 2004

Viral population estimation using pyrosequencing

artículo científico publicado en 2008

Visualization of multiple genome annotations and alignments with the K-BROWSER.

artículo científico publicado en 2004

Whole-animal multiplexed single-cell RNA-seq reveals transcriptional shifts across <i>Clytia</i> medusa cell types

artículo científico publicado en 2021

Why Neighbor-Joining Works

Zika infection of neural progenitor cells perturbs transcription in neurodevelopmental pathways

artículo científico publicado en 2016

Zika infection of neural progenitor cells perturbs transcription in neurodevelopmental pathways

artículo científico publicado en 2017

log(x+1)* and log(1+x)*

artículo científico publicado en 2020

rVista for comparative sequence-based discovery of functional transcription factor binding sites

artículo científico publicado en 2002

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