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Lista de obras de Rolf Backofen

5'-Hydroxymethylcytosine Precedes Loss of CpG Methylation in Enhancers and Genes Undergoing Activation in Cardiomyocyte Maturation

artículo científico publicado en 2016

A case study: semantic integration of gene-disease associations for type 2 diabetes mellitus from literature and biomedical data resources

artículo científico publicado en 2013

A complex of Cas proteins 5, 6, and 7 is required for the biogenesis and stability of clustered regularly interspaced short palindromic repeats (crispr)-derived rnas (crrnas) in Haloferax volcanii

artículo científico publicado en 2014

A dynamic programming approach for finding common patterns in RNAs.

artículo científico publicado en 2007

A global data-driven census of Salmonella small proteins and their potential functions in bacterial virulence

artículo científico publicado en 2020

A graph kernel approach for alignment-free domain-peptide interaction prediction with an application to human SH3 domains

artículo científico publicado en 2013

A multiple-feature framework for modelling and predicting transcription factor binding sites.

artículo científico publicado en 2005

A mutually exclusive stem-loop arrangement in roX2 RNA is essential for X-chromosome regulation in Drosophila

artículo científico publicado en 2017

A pan-cancer analysis of synonymous mutations

artículo científico publicado en 2019

A partition function algorithm for interacting nucleic acid strands

artículo científico publicado en 2009

A phase-field-crystal approach to critical nuclei

artículo científico publicado en 2010

ABERRANT SPLICING OF A BRAIN-ENRICHED ALTERNATIVE EXON ELIMINATES TUMOR SUPPRESSOR FUNCTION AND PROMOTES ONCOGENE FUNCTION DURING BRAIN TUMORIGENESIS.

artículo científico publicado en 2014

Abstract folding space analysis based on helices

artículo científico publicado en 2012

Accessibility and conservation: general features of bacterial small RNA-mRNA interactions?

artículo científico publicado en 2012

Accurate prediction of NAGNAG alternative splicing

artículo científico publicado en 2009

Activation of a GPCR leads to eIF4G phosphorylation at the 5' cap and to IRES-dependent translation.

artículo científico publicado en 2014

Adaptation induced by self-targeting in a type I-B CRISPR-Cas system

artículo científico publicado en 2020

Alternative splicing at NAGNAG acceptors in Arabidopsis thaliana SR and SR-related protein-coding genes

artículo científico publicado en 2008

Alternative splicing at NAGNAG acceptors: simply noise or noise and more?

artículo científico publicado en 2006

An Efficient Semi-supervised Learning Approach to Predict SH2 Domain Mediated Interactions.

artículo científico publicado en 2017

An active immune defense with a minimal CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) RNA and without the Cas6 protein

artículo científico publicado en 2014

An archaeal sRNA targeting cis- and trans-encoded mRNAs via two distinct domains.

artículo científico publicado en 2012

An updated evolutionary classification of CRISPR-Cas systems

artículo científico publicado en 2015

Analysis of the androgen receptor-regulated lncRNA landscape identifies a role for ARLNC1 in prostate cancer progression.

artículo científico publicado en 2018

Application of constraint programming techniques for structure prediction of lattice proteins with extended alphabets.

artículo científico publicado en 1999

AptaSUITE: A Full-Featured Bioinformatics Framework for the Comprehensive Analysis of Aptamers from HT-SELEX Experiments.

artículo científico publicado en 2018

AptaTRACE Elucidates RNA Sequence-Structure Motifs from Selection Trends in HT-SELEX Experiments

artículo científico publicado en 2016

Assessing the fraction of short-distance tandem splice sites under purifying selection

artículo científico publicado en 2008

Atom Mapping with Constraint Programming

Atom mapping with constraint programming

artículo científico publicado en 2014

Autosomal dominant immune dysregulation syndrome in humans with CTLA4 mutations

artículo científico publicado en 2014

BioBayesNet: a web server for feature extraction and Bayesian network modeling of biological sequence data

artículo científico publicado en 2007

Bioinformatics of prokaryotic RNAs

artículo científico publicado en 2014

Biological and bioinformatical approaches to study crosstalk of long-non-coding RNAs and chromatin-modifying proteins.

artículo científico

BlockClust: efficient clustering and classification of non-coding RNAs from short read RNA-seq profiles

artículo científico publicado en 2014

CARNA--alignment of RNA structure ensembles

artículo científico publicado en 2012

CMV: visualization for RNA and protein family models and their comparisons

scientific article published on 01 August 2018

CPSP-tools--exact and complete algorithms for high-throughput 3D lattice protein studies

artículo científico publicado en 2008

CPSP-web-tools: a server for 3D lattice protein studies.

artículo científico publicado en 2009

CRISPR-Cas bioinformatics

scientific article published on 19 July 2019

CRISPR-Cas systems in multicellular cyanobacteria

scientific article published on 15 August 2018

CRISPR-Cas systems in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC6803 exhibit distinct processing pathways involving at least two Cas6 and a Cmr2 protein

artículo científico publicado en 2013

CRISPRcasIdentifier: Machine learning for accurate identification and classification of CRISPR-Cas systems

artículo científico publicado en 2020

CRISPRidentify: identification of CRISPR arrays using machine learning approach

scientific article published on 08 December 2020

CRISPRmap: an automated classification of repeat conservation in prokaryotic adaptive immune systems

artículo científico publicado en 2013

CRISPRstrand: predicting repeat orientations to determine the crRNA-encoding strand at CRISPR loci

artículo científico publicado en 2014

Cell type specific gene expression analysis of prostate needle biopsies resolves tumor tissue heterogeneity.

artículo científico publicado en 2015

Characterization of CRISPR RNA processing in Clostridium thermocellum and Methanococcus maripaludis

artículo científico publicado en 2012

Characterizing leader sequences of CRISPR loci

artículo científico publicado en 2016

Chemotherapy-induced transposable elements activate MDA5 to enhance haematopoietic regeneration

artículo científico publicado en 2021

Classifying proteinlike sequences in arbitrary lattice protein models using LatPack.

artículo científico publicado en 2008

Cluster based prediction of PDZ-peptide interactions

artículo científico publicado en 2014

Combinatorial ensemble miRNA target prediction of co-regulation networks with non-prediction data

artículo científico publicado en 2017

Combinatorial omics analysis reveals perturbed lysosomal homeostasis in collagen VII-deficient keratinocytes.

artículo científico publicado en 2018

Community-Driven Data Analysis Training for Biology

artículo científico publicado en 2018

Comparative RNA Genomics

artículo científico publicado en 2018

Comparative analysis of the antioxidant properties of Icelandic and Hawaiian lichens

artículo científico publicado en 2015

Comparative analysis ofCas6b processing and CRISPR RNA stability.

artículo científico publicado en 2013

Comparative genomics boosts target prediction for bacterial small RNAs

artículo científico publicado en 2013

Comprehensive search for accessory proteins encoded with archaeal and bacterial type III CRISPR-cas gene cassettes reveals 39 new cas gene families

artículo científico publicado en 2018

Computational analysis of CLIP-seq data

artículo científico publicado en 2017

Computational discovery of human coding and non-coding transcripts with conserved splice sites.

artículo científico publicado en 2011

Computational prediction of RNA-RNA interactions.

artículo científico

Computational prediction of sRNAs and their targets in bacteria.

scientific article published on 13 January 2010

Conserved introns reveal novel transcripts in Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2009

CopomuS-Ranking Compensatory Mutations to Guide RNA-RNA Interaction Verification Experiments

artículo científico publicado en 2020

CopraRNA and IntaRNA: predicting small RNA targets, networks and interaction domains

artículo científico publicado en 2014

Corrigendum: Differential transcriptional responses to Ebola and Marburg virus infection in bat and human cells

artículo científico publicado en 2017

Creation and disruption of protein features by alternative splicing -- a novel mechanism to modulate function

artículo científico publicado en 2005

Cross-cleavage activity of Cas6b in crRNA processing of two different CRISPR-Cas systems in Methanosarcina mazei Gö1

artículo científico publicado en 2018

DHX9 suppresses RNA processing defects originating from the Alu invasion of the human genome.

artículo científico publicado en 2017

DOT1L promotes progenitor proliferation and primes neuronal layer identity in the developing cerebral cortex

artículo científico publicado en 2019

Deciphering the Epigenetic Code of Cardiac Myocyte Transcription.

artículo científico publicado en 2015

Derivation of the phase-field-crystal model for colloidal solidification.

artículo científico publicado en 2009

Differential transcriptional responses to Ebola and Marburg virus infection in bat and human cells

artículo científico publicado en 2016

Differentiation of ncRNAs from small mRNAs in Escherichia coli O157:H7 EDL933 (EHEC) by combined RNAseq and RIBOseq - ryhB encodes the regulatory RNA RyhB and a peptide, RyhP

artículo científico publicado en 2017

Distinct epigenetic programs regulate cardiac myocyte development and disease in the human heart in vivo.

artículo científico publicado en 2018

Distribution of Graph-Distances in Boltzmann Ensembles of RNA Secondary Structures

Dynamic DNA methylation orchestrates cardiomyocyte development, maturation and disease.

artículo científico publicado en 2014

EBF1 binds to EBNA2 and promotes the assembly of EBNA2 chromatin complexes in B cells.

artículo científico publicado en 2017

Efficient prediction of alternative splice forms using protein domain homology

artículo científico publicado en 2004

Engineered Coalescence by Annealing 3D Ge Microstructures into High-Quality Suspended Layers on Si.

artículo científico publicado en 2015

Enhancing pre-defined workflows with ad hoc analytics using Galaxy, Docker and Jupyter

Essential requirements for the detection and degradation of invaders by the Haloferax volcanii CRISPR/Cas system I-B.

artículo científico publicado en 2013

Evaluating gold standard corpora against gene/protein tagging solutions and lexical resources

artículo científico publicado en 2013

Evaluation and cross-comparison of lexical entities of biological interest (LexEBI)

artículo científico publicado en 2013

Evolutionary classification of CRISPR-Cas systems: a burst of class 2 and derived variants

artículo científico publicado en 2019

ExpaRNA-P: simultaneous exact pattern matching and folding of RNAs

artículo científico publicado en 2014

Exploring the lower part of discrete polymer model energy landscapes

article

FLASH: ultra-fast protocol to identify RNA-protein interactions in cells

scientific article published on 01 February 2020

FOXG1 Regulates PRKAR2B Transcriptionally and Posttranscriptionally via miR200 in the Adult Hippocampus

artículo científico publicado en 2018

Fast RNA structure alignment for crossing input structures

Fast and accurate structure probability estimation for simultaneous alignment and folding of RNAs with Markov chains

scientific article published on 13 November 2020

Fast prediction of RNA-RNA interaction

artículo científico publicado en 2010

Freiburg RNA Tools: a web server integrating INTARNA, EXPARNA and LOCARNA

artículo científico publicado en 2010

Freiburg RNA tools: a central online resource for RNA-focused research and teaching.

artículo científico publicado en 2018

GLASSgo - Automated and Reliable Detection of sRNA Homologs From a Single Input Sequence.

artículo científico publicado en 2018

GRIN3B missense mutation as an inherited risk factor for schizophrenia: whole-exome sequencing in a family with a familiar history of psychotic disorders.

artículo científico publicado en 2017

Galaxy HiCExplorer 3: a web server for reproducible Hi-C, capture Hi-C and single-cell Hi-C data analysis, quality control and visualization

scientific article published on 17 April 2020

Galaxy HiCExplorer: a web server for reproducible Hi-C data analysis, quality control and visualization.

artículo científico publicado en 2018

GenToS: Use of Orthologous Gene Information to Prioritize Signals from Human GWAS.

artículo científico publicado en 2016

Global RNA recognition patterns of post-transcriptional regulators Hfq and CsrA revealed by UV crosslinking in vivo

artículo científico publicado en 2016

Global or local? Predicting secondary structure and accessibility in mRNAs

artículo científico publicado en 2012

Graph-distance distribution of the Boltzmann ensemble of RNA secondary structures

artículo científico publicado en 2014

GraphClust2: Annotation and discovery of structured RNAs with scalable and accessible integrative clustering

scientific article published on 01 December 2019

GraphClust: alignment-free structural clustering of local RNA secondary structures

artículo científico publicado en 2012

GraphDDP: a graph-embedding approach to detect differentiation pathways in single-cell-data using prior class knowledge

artículo científico publicado en 2018

GraphProt: modeling binding preferences of RNA-binding proteins.

artículo científico publicado en 2014

HRIBO - High-throughput analysis of bacterial ribosome profiling data

artículo científico publicado en 2020

Heterogeneous Networks Integration for Disease Gene Prioritization with Node Kernels

scientific article published on 28 January 2020

Hierarchical folding of multiple sequence alignments for the prediction of structures and RNA-RNA interactions.

artículo científico publicado en 2010

INFO-RNA--a fast approach to inverse RNA folding.

artículo científico publicado en 2006

INFO-RNA--a server for fast inverse RNA folding satisfying sequence constraints

artículo científico publicado en 2007

Identification and characterization of NAGNAG alternative splicing in the moss Physcomitrella patens

artículo científico publicado en 2010

Impact of the Energy Model on the Complexity of RNA Folding with Pseudoknots

Improved identification of conserved cassette exons using Bayesian networks.

artículo científico publicado en 2008

In vitro iCLIP-based modeling uncovers how the splicing factor U2AF2 relies on regulation by cofactors.

artículo científico publicado en 2018

Inferring Non-Coding RNA Families and Classes by Means of Genome-Scale Structure-Based Clustering

Inferring noncoding RNA families and classes by means of genome-scale structure-based clustering

artículo científico publicado en 2007

IntaRNA 2.0: enhanced and customizable prediction of RNA-RNA interactions

artículo científico publicado en 2017

IntaRNA: efficient prediction of bacterial sRNA targets incorporating target site accessibility and seed regions

artículo científico publicado en 2008

IntaRNAhelix-composing RNA-RNA interactions from stable inter-molecular helices boosts bacterial sRNA target prediction

scientific article published on 01 October 2019

Integration of accessibility data from structure probing into RNA-RNA interaction prediction

artículo científico publicado en 2019

Interactive implementations of thermodynamics-based RNA structure and RNA-RNA interaction prediction approaches for example-driven teaching

scientific article published on 30 August 2018

Jupyter and Galaxy: Easing entry barriers into complex data analyses for biomedical researchers.

artículo científico publicado en 2017

Lifting prediction to alignment of RNA pseudoknots.

artículo científico publicado en 2010

Lightweight comparison of RNAs based on exact sequence-structure matches

artículo científico publicado en 2009

Lineage-specific splicing of a brain-enriched alternative exon promotes glioblastoma progression

artículo científico publicado en 2014

LocARNA-P: accurate boundary prediction and improved detection of structural RNAs

artículo científico publicado en 2012

LocARNAscan: Incorporating thermodynamic stability in sequence and structure-based RNA homology search

artículo científico publicado en 2013

Local Exact Pattern Matching for Non-Fixed RNA Structures.

artículo científico publicado en 2014

Local sequence-structure motifs in RNA.

artículo científico publicado en 2004

Locality and gaps in RNA comparison.

artículo científico publicado en 2007

MARNA: multiple alignment and consensus structure prediction of RNAs based on sequence structure comparisons.

artículo científico publicado en 2005

MOF-associated complexes ensure stem cell identity and Xist repression.

artículo científico publicado en 2014

MechRNA: prediction of lncRNA mechanisms from RNA-RNA and RNA-protein interactions.

artículo científico publicado en 2018

Mechanism of β-actin mRNA Recognition by ZBP1

artículo científico publicado en 2017

Methanosarcina Spherical Virus, a Novel Archaeal Lytic Virus Targeting Methanosarcina Strains.

artículo científico publicado en 2017

Methods for multiple alignment and consensus structure prediction of RNAs implemented in MARNA

artículo científico publicado en 2007

MicroRNA Profiling in Aqueous Humor of Individual Human Eyes by Next-Generation Sequencing.

artículo científico publicado en 2016

MoDPepInt: an interactive web server for prediction of modular domain-peptide interactions

artículo científico publicado en 2014

MutaRNA: analysis and visualization of mutation-induced changes in RNA structure

artículo científico publicado en 2020

Navigating the unexplored seascape of pre-miRNA candidates in single-genome approaches

artículo científico publicado en 2012

Non-EST based prediction of exon skipping and intron retention events using Pfam information

artículo científico publicado en 2005

PETcofold: predicting conserved interactions and structures of two multiple alignments of RNA sequences

artículo científico publicado en 2010

Phase-field simulation of stripe arrays on metal bcc(110) surfaces

scientific article published on 22 May 2008

Photorhabdus-nematode symbiosis is dependent on hfq-mediated regulation of secondary metabolites

artículo científico publicado en 2016

Phylogenetically widespread alternative splicing at unusual GYNGYN donors

artículo científico publicado en 2006

Plasticity of archaeal C/D box sRNA biogenesis

artículo científico publicado en 2016

Practical Computational Reproducibility in the Life Sciences

artículo científico publicado en 2018

Practical computational reproducibility in the life sciences

artículo científico publicado en 2017

Pre-mRNA secondary structures influence exon recognition.

artículo científico publicado en 2007

Producing high-accuracy lattice models from protein atomic coordinates including side chains

artículo científico publicado en 2012

Protein similarity search under mRNA structural constraints: application to targeted selenocysteine insertion

artículo científico publicado en 2002

RC3H1 post-transcriptionally regulates A20 mRNA and modulates the activity of the IKK/NF-κB pathway

artículo científico publicado en 2015

RIP-Seq Suggests Translational Regulation by L7Ae in Archaea

artículo científico publicado en 2017

RNA-bioinformatics: Tools, services and databases for the analysis of RNA-based regulation

artículo científico publicado en 2017

RNAs everywhere: genome-wide annotation of structured RNAs

artículo científico publicado en 2007

RNAscClust: clustering RNA sequences using structure conservation and graph based motifs

artículo científico publicado en 2017

Recent advances in RNA folding

artículo científico publicado en 2017

Regulatory RNAs in archaea: first target identification in Methanoarchaea.

artículo científico publicado en 2013

Requirements for a successful defence reaction by the CRISPR-Cas subtype I-B system.

artículo científico

RiboReport - Benchmarking tools for ribosome profiling-based identification of open reading frames in bacteria

artículo científico publicado en 2021

SECISDesign: a server to design SECIS-elements within the coding sequence.

artículo científico publicado en 2005

SPARSE: quadratic time simultaneous alignment and folding of RNAs without sequence-based heuristics.

artículo científico publicado en 2015

Seed-based INTARNA prediction combined with GFP-reporter system identifies mRNA targets of the small RNA Yfr1

artículo científico publicado en 2010

Selection against tandem splice sites affecting structured protein regions

artículo científico publicado en 2008

Semi-supervised prediction of SH2-peptide interactions from imbalanced high-throughput data.

artículo científico publicado en 2013

Sequencing errors or SNPs at splice-acceptor guanines in dbSNP?

article published in 2006

ShaKer: RNA SHAPE prediction using graph kernel

scientific article published on 01 July 2019

SimiRa: A tool to identify coregulation between microRNAs and RNA-binding proteins

artículo científico publicado en 2015

Simultaneous alignment and folding of protein sequences

artículo científico publicado en 2014

Single-nucleotide polymorphisms in NAGNAG acceptors are highly predictive for variations of alternative splicing

artículo científico publicado en 2005

SnoReport 2.0: new features and a refined Support Vector Machine to improve snoRNA identification.

artículo científico publicado en 2016

Solid-liquid interfacial energies and equilibrium shapes of nanocrystals

artículo científico publicado en 2009

Sparsification of RNA structure prediction including pseudoknots

artículo científico publicado en 2010

Stress Induced Branching of Growing Crystals on Curved Surfaces

artículo científico publicado en 2016

Structator: fast index-based search for RNA sequence-structure patterns

artículo científico publicado en 2011

Structural constraints and enzymatic promiscuity in the Cas6-dependent generation of crRNAs

artículo científico publicado en 2016

Structure and Interaction Prediction in Prokaryotic RNA Biology.

artículo científico publicado en 2018

Structure-aware machine learning identifies microRNAs operating as Toll-like receptor 7/8 ligands

artículo científico publicado en 2021

Tandem stem-loops in roX RNAs act together to mediate X chromosome dosage compensation in Drosophila

artículo científico publicado en 2013

TassDB2 - A comprehensive database of subtle alternative splicing events

artículo científico publicado en 2010

TassDB: a database of alternative tandem splice sites

artículo científico publicado en 2007

Temporospatial distribution and transcriptional profile of retinal microglia in the oxygen-induced retinopathy mouse model

artículo científico publicado en 2020

The PETfold and PETcofold web servers for intra- and intermolecular structures of multiple RNA sequences

artículo científico publicado en 2011

The RNA workbench 2.0: next generation RNA data analysis

artículo científico publicado en 2019

The RNA workbench: best practices for RNA and high-throughput sequencing bioinformatics in Galaxy

artículo científico

The RNA-binding protein ARPP21 controls dendritic branching by functionally opposing the miRNA it hosts.

artículo científico publicado en 2018

The SH2-domain of SHIP1 interacts with the SHIP1 C-terminus: impact on SHIP1/Ig-α interaction.

artículo científico publicado en 2011

The impact of various seed, accessibility and interaction constraints on sRNA target prediction- a systematic assessment

artículo científico publicado en 2020

The influence of membrane bound proteins on phase separation and coarsening in cell membranes.

artículo científico publicado en 2012

The lncRNA landscape of breast cancer reveals a role for DSCAM-AS1 in breast cancer progression

artículo científico publicado en 2016

The locality dilemma of Sankoff-like RNA alignments

artículo científico publicado en 2020

The nuts and bolts of the Haloferax CRISPR-Cas system I-B.

artículo científico publicado en 2018

The role of Cas8 in type I CRISPR interference.

artículo científico publicado en 2015

The small RNA PhrS stimulates synthesis of the Pseudomonas aeruginosa quinolone signal

artículo científico publicado en 2011

The temperature-regulated DEAD-box RNA helicase CrhR interactome: autoregulation and photosynthesis-related transcripts

artículo científico publicado en 2021

Two CRISPR-Cas systems in Methanosarcina mazei strain Gö1 display common processing features despite belonging to different types I and III.

artículo científico publicado en 2013

Two-dimensional liquid crystalline growth within a phase-field-crystal model

artículo científico publicado en 2015

Unifying evolutionary and thermodynamic information for RNA folding of multiple alignments

artículo científico publicado en 2008

Unraveling the small proteome of the plant symbiont by ribosome profiling and proteogenomics

artículo científico publicado en 2023

Using RNA secondary structures to guide sequence motif finding towards single-stranded regions

artículo científico publicado en 2006

Variations on RNA folding and alignment: lessons from Benasque.

artículo científico publicado en 2007

Violating the splicing rules: TG dinucleotides function as alternative 3' splice sites in U2-dependent introns

artículo científico publicado en 2007

Widespread occurrence of alternative splicing at NAGNAG acceptors contributes to proteome plasticity

artículo científico publicado en 2004

antaRNA--Multi-objective inverse folding of pseudoknot RNA using ant-colony optimization

artículo científico publicado en 2015

antaRNA: ant colony-based RNA sequence design

artículo científico publicado en 2015

hnRNP R and its main interactor, the noncoding RNA 7SK, coregulate the axonal transcriptome of motoneurons.

artículo científico publicado en 2018

pyGenomeTracks: reproducible plots for multivariate genomic data sets

artículo científico publicado en 2020

sRNA154 a newly identified regulator of nitrogen fixation in Methanosarcina mazei strain Gö1

artículo científico publicado en 2017

uORF-Tools-Workflow for the determination of translation-regulatory upstream open reading frames

scientific article published on 12 September 2019

uvCLAP is a fast and non-radioactive method to identify in vivo targets of RNA-binding proteins.

artículo científico publicado en 2018

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